Im Bahnhof von Annemasse werden auf französischem Hoheitsgebiet nebeneinanderliegende Grenzabfertigungsstellen errichtet. Bei diesen Grenzabfertigungsstellen findet die schweizerische und die französische Grenzabfertigung des Reisendenverkehrs und des diesem gleichgestellten Verkehrs (Privatwaren, Handelsmuster, kleine Mengen von Handelswaren, Devisen, Wertpapiere usw.) statt.
In Reisezügen kann die Grenzabfertigung von Personen und mitgeführten Waren während der Fahrt auf der Strecke zwischen Annemasse und dem ersten Halt in der Schweiz oder dem letzten Halt in der Schweiz und Annemasse vorgenommen werden.