Im Bahnhof Konstanz werden nebeneinanderliegende Grenzabfertigungsstellen errichtet. Die schweizerische und die deutsche Grenzabfertigung finden bei diesen Grenzabfertigungsstellen statt.
In Reisezügen kann die schweizerische und die deutsche Grenzabfertigung auch während der Fahrt von Kreuzlingen‑Bahnhof oder Kreuzlingen‑Hafen nach Konstanz und umgekehrt vorgenommen werden. Sie erstreckt sich auf alle Personen in den nach Artikel 5 Absatz 2 bestimmten Zügen einschliesslich des mitgeführten und in der Regel auch des aufgegebenen Reisegepäcks. Sie kann auf Expressgut ausgedehnt werden.