Lexipedia

Décision

FI.2018.0164

CDAP - FI.2018.0164 - 2020-04-09 - A.________/Administration cantonale des impôts, Service cantonal des contributions du canton du Valais

9 avril 2020Français55 min

suivantes: B.________; C.________ (C.________); D.________; E.________; F.________;

Source vd.ch

Faits

Vu les faits suivants:

A.

A.________ (ci-après aussi: la société, la contribuable ou la

recourante) est inscrite au registre du commerce ******** depuis le 11 juin

2010. Elle a son siège à ******** et a pour but: «exploitation des branches

d'assurances non vie».

La société a repris, par contrats de transfert de

patrimoine du 20 avril 2011, avec effet au 1er janvier 2011, les

activités d’assurance-maladie complémentaire au sens de la loi fédérale du 2

avril 1908 sur le contrat d’assurance (LCA; RS 221.229.1) des fondations

suivantes: B.________; C.________ (C.________); D.________; E.________; F.________;

G.________; H.________; I.________; J.________.

Durant les périodes fiscales 2006 à 2010, ces fondations

avaient leur siège dans le canton du Valais, à l'exception d'Avenir Assurances,

Assurance maladie et accidents (siège à Fribourg jusqu'au 29 juillet 2010), de

CMBB Caisse maladie suisse du bois et du bâtiment (siège à Zurich jusqu'au 29

juillet 2010), d'Easy Sana Fondation (précédemment: La Caisse Vaudoise, avec siège

à Lausanne jusqu'au 10 septembre 2010), de Caisse Maladie de la Fonction

Publique (siège à Fribourg jusqu'au 29 juillet 2010), de Philos Caisse

maladie-accident (siège à Tolochenaz jusqu'au 29 juillet 2010) et de Krankenversicherung

Easy Sana (siège à Kilchberg [ZH] jusqu'au 29 juillet 2010).

Les fondations sises dans un autre canton que le

Valais durant les périodes fiscales en cause avaient leur administration

effective dans ce canton, de sorte qu'elles y étaient assujetties de manière

illimitée.

Du fait de l'existence d’établissements stables ou

d'immeubles, ces fondations étaient assujetties de façon limitée notamment dans

les cantons de Vaud et de Genève.

B.

La décision attaquée retient, s’agissant de l’imposition des fondations

précitées, les faits suivants, qui ne sont pas contestés:

« (…)

B.________

3. Le

Service cantonal des contributions (ci-après : SCC) du canton du Valais a rendu

les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et l'impôt fédéral direct

sur le bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2010 les 16 janvier

2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17 septembre 2010 (période fiscale

2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009) et 29 décembre 2011 (période

fiscale 2010).

4. Sur

la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM (réd.: l’Office d’impôt des personnes morales)

a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur

le bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009 [recte: 2010] les 18 septembre 2009 (périodes

fiscales 2006, 2007 et 2008), 22 septembre 2011 (période fiscale 2009) et 27

mars 2013 (période fiscale 2010).

C.________

5. Le

SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt

cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes

fiscales 2006 à 2009 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17

septembre 2010 (période fiscale 2008) et 23 septembre 2011 (période fiscale

2009).

6. Sur

la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a

rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le

bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009 les 30 septembre 2009

(périodes fiscales 2006 et 2007), 30 septembre 2010 (période fiscale 2008) et

30 septembre 2011 (période fiscale 2009).

D.________

7. Le

SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt

cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes

fiscales 2006 à 2009 les 20 février 2009 (période fiscale 2006), 16 janvier

2009 (période fiscale 2007), 17 septembre 2010 (période fiscale 2008), et 23

septembre 2011 (période fiscale 2009).

8. Sur

la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a

rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le

bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009 les 25 mars 2009

(période fiscale 2006), 22 janvier 2009 (période fiscale 2007), 7 décembre 2009

(période fiscale 2008) et 5 juillet 2011 (période fiscale 2009).

E.________

9. Le

SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt

cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes

fiscales 2006 à 2010 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17

septembre 2010 (période fiscale 2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009)

et 29 décembre 2011 (période fiscale 2010).

10. Sur

la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a

rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le

bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2010 les 24 avril 2008

(période fiscale 2006), 2 avril 2009 (période fiscale 2007), 6 janvier 2011

(période fiscale 2008), 22 septembre 2011 (période fiscale 2009) et 5 octobre

2012 (période fiscale 2010).

F.________

11. Le

SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt

cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes

fiscales 2006 à 2010 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17

septembre 2010 (période fiscale 2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009)

et 29 décembre 2011 (période fiscale 2010).

12. Sur

la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a

rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le

bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009 les 1er septembre 2009

(période fiscale 2006), 21 août 2009 (période fiscale 2007), 1er octobre 2010

(période fiscale 2008), 29 septembre 2011 (période fiscale 2009) et 6 mars 2013

(période fiscale 2010).

G.________

13. Le

SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt

cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes

fiscales 2006 à 2009 les 30 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 15

octobre 2010 (période fiscale 2008) et 23 septembre 2011 (période fiscale

2009).

14. Sur

la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a

rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le

bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2009 les 9 octobre 2009

(périodes fiscales 2006 et 2007), 30 octobre 2010 (période fiscale 2008) et 27

septembre 2011 (période fiscale 2009).

H.________

15. Le

SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt

cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes

fiscales 2007 à 2009 les 16 janvier 2009 (période fiscale 2007), 17 septembre

2010 (période fiscale 2008) et 23 septembre 2011 (période fiscale 2009).

16. Sur

la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a

rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le

bénéfice et le capital des périodes fiscales 2007 à 2009 les 2 septembre 2010

(périodes fiscales 2007 et 2008) et 13 décembre 2010 (période fiscale 2009).

H.________

17. Le

SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt

cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes

fiscales 2006 à 2010 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17

septembre 2010 (période fiscale 2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009)

et 29 décembre 2011 (période fiscale 2010).

18. Sur

la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a

rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le

bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2010 les 7 décembre 2009

(périodes fiscales 2006 et 2007), 1er octobre 2010 (période fiscale 2008), 30

septembre 2011 (période fiscale 2009) et 25 mars 2013 (période fiscale 2010).

J.________

19. Le

SCC du canton du Valais a rendu les décisions de taxation concernant l'impôt

cantonal et l'impôt fédéral direct sur le bénéfice et le capital des périodes

fiscales 2006 à 2010 les 16 janvier 2009 (périodes fiscales 2006 et 2007), 17

septembre 2010 (période fiscale 2008), 23 septembre 2011 (période fiscale 2009)

et 29 décembre 2011 (période fiscale 2010).

20. Sur

la base de la répartition établie par le canton du siège (Valais), l'OIPM a

rendu les décisions de taxation concernant l'impôt cantonal et communal sur le

bénéfice et le capital des périodes fiscales 2006 à 2010 les 22 janvier 2009

(période fiscale 2006), 30 septembre 2009 (période fiscale 2007), 6 janvier

2011 (période fiscale 2008) et 1er novembre 2012 (périodes fiscales 2009 et

2010).

(…)»

Certaines des décisions de taxation rendues par

l’OIPM comportaient l'une des indications suivantes:

«Décision

définitive sans décision canton du SIEGE

Sans changement.

Taxation définitive sur la base des éléments déclarés. En cas de modification

ultérieure de vos éléments par le canton du siège, une nouvelle décision pourra

être rendue.»

(taxations B.________ du

18 septembre 2009 pour les périodes 2006, 2007 et 2008), ou:

«Sans

changement. Taxation sur la base des éléments déclarés.

En cas de

modification ultérieure de vos éléments par le canton du siège, une nouvelle

décision pourra être rendue.»

(taxations D.________ du 7 décembre 2009 pour la

période 2008 et du 5 juillet 2011 pour la période 2009; taxations J.________ du

30 septembre 2009 pour la période 2006, du 6 janvier 2011 pour la période 2008

et du 1er novembre 2012 pour la période 2010; taxations E.________

du 2 avril 2009 pour la période 2007, du 6 janvier 2011 pour la période 2008 et

du 5 octobre 2012 pour la période 2010; taxations H.________ du 2 septembre

2010 pour la période 2008 et du 13 décembre 2010 pour la période 2009).

Les taxations notifiées par l’OIPM n’ont pas été

attaquées.

C.

Antérieurement, durant les mois d’octobre 2007 et février 2008,

l’Administration fiscale du canton de Genève (AFC-GE) avait notifié aux

fondations précitées les bordereaux d’impôts dus dans ce canton pour la période

2006; elle en a fait de même durant le deuxième semestre 2008 pour les

bordereaux 2007. Le 4 mars 2009, suite aux premières décisions rendues par le Service

cantonal des contributions du canton du Valais (SCC-VS), les fondations ont

requis des autorités fiscales genevoises d’être radiées du registre des contribuables,

en expliquant en substance qu’elles n’avaient pas d’établissement stable dans le

canton de Genève, et d’annuler les taxations pour les années 2006 à 2008. L’AFC-GE

a traité cette correspondance comme une réclamation. Il s’en est suivi un

échange entre les autorités fiscales des deux cantons concernés. Le 18 août

2010, l’AFC-GE a adressé au SCC-VS une correspondance aux termes de laquelle:

«(…)

Comme nous avons déjà eu l'occasion de le préciser lors d'un

courrier que nous avons adressé en date du 11 juin 2009 à l'intention de

Monsieur ******** (et dont vous trouverez une copie jointe à la présente pour

votre convenance) et en accord avec la Direction générale de notre

administration, nous vous informons que nous ne partageons pas nécessairement

vos conclusions au sujet des modalités de répartition intercantonale des

assurances-maladie et notamment en ce qui concerne le ******** dont est objet

notre courrier précité.

Il en résulte que nous n'entendons clairement pas déroger aux

principes énoncés dans la Circulaire 23 du 21 novembre 2006 de la Conférence

suisse des impôts (CSl) relative à la répartition fiscale des éléments

imposables des compagnies d'assurances.

Cela étant, nous vous informons être disposés à mettre

temporairement en suspens le traitement fiscal des dossiers concernés, le temps

pour la CSI de se positionner au sujet de votre demande.

Pour des

raisons liées à la prescription du droit de taxer, nous procéderons néanmoins à

la taxation des dossiers fiscaux concernés, au plus tard dans le courant de

l'année civile 2011 en fonction des principes de répartition reconnus

actuellement, si et dans la mesure où la CSI ne s'est pas encore prononcée au

sujet de votre demande d'ici là.

(…)»

Par décision du 26 juin 2012, l’AFC-GE a rejeté la

réclamation que les neuf fondations précitées avaient interjetée. Le 20 juillet

2012, A.________ a recouru contre ces décisions auprès du Tribunal

administratif de première instance (TAPI) du canton de Genève (soit s'agissant

des périodes fiscales 2006 pour B.________, D.________ et I.________; 2007

pour H.________ et F.________; 2006 et 2007 pour C.________, J.________, E.________

et G.________). Par jugement du 9 septembre 2013, le TAPI a rejeté le recours.

Le 17 octobre 2013, A.________ a saisi la Cour de

Justice du canton de Genève d’un recours contre ce jugement. Elle a conclu à ce

que les taxations notifiées aux neuf fondations pour les périodes 2006 et 2007

soient annulées et à ce qu’il soit constaté que les fondations n’avaient pas

d’établissement stable dans le canton de Genève durant les années 2006 et

suivantes.

D.

Le 27 novembre 2013, la Conférence suisse des impôts (CSI) a adopté la circulaire

n°12 sur l'assujettissement des caisses-maladie selon la loi fédérale du 18

mars 1994 sur l'assurance-maladie (LAMaI; RS 832.10). Cette circulaire remplace

le texte homonyme, du 23 mars 2000, et est applicable «(…) jusqu’à nouvel

ordre aux exercices commerciaux bouclés durant l’année civile 2013 ou

ultérieurement ainsi que pour les périodes fiscales antérieures encore ouvertes

à la date de sa publication» (ch. 1). La circulaire a pour effet de

modifier les règles de répartition intercantonale, s’agissant du bénéfice et du

capital des caisses-maladie.

Dans les nonante jours suivant la publication de

cette nouvelle circulaire, A.________ a proposé au SCC-VS une modification de

la répartition intercantonale de l’imposition des neuf fondations dont elle a

repris les activités, pour les périodes 2006 à 2010. Le 10 juin 2014, cette

proposition a été soumise à l’AFC-GE qui, par courrier électronique du 13 juin

2014 au SCC-VS, a confirmé son accord.

Le 30 juin 2014, A.________ a soumis au SCC-VS une

nouvelle proposition de répartition intercantonale de l'imposition des neuf

fondations pour les périodes 2006 à 2010. Par décisions du 25 juillet 2014, le

SCC-VS a "rectifié" les décisions de taxation concernant l'impôt

cantonal sur le bénéfice et le capital des fondations précitées, mentionnées

aux chiffres 3, 5, 7, 9, 11, 13, 15, 17 et 19 sous lettre B ci-dessus

(assujettissement illimité), en se fondant sur la nouvelle clé de répartition

intercantonale. Sur la base des nouveaux prononcés, la contribuable devait

verser des compléments d'impôt au canton du Valais, puisque la nouvelle

circulaire avait modifié la répartition à l'avantage du canton du siège ou de

l'administration effective.

Ces décisions n’ont pas été contestées.

Le 8 septembre 2014, A.________ a retiré le recours

dont elle avait saisi la Cour de Justice du canton de Genève le 17 octobre

2013. Par décision du 9 septembre 2014, cette juridiction a pris acte du

retrait et rayé la cause du rôle.

E.

Le 17 novembre 2014, A.________ a saisi l’OIPM d’une demande de "rectification"

des taxations concernant l’impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le

capital des fondations précitées, mentionnées aux chiffres 4, 6, 8, 10, 12, 14,

16, 18 et 20 sous lettre B ci-dessus (assujettissement limité dans le canton de

Vaud), pour tenir compte de la nouvelle clé de répartition intercantonale et

des décisions du 25 juillet 2014 du fisc valaisan. Le 5 mars 2015, la société a

adressé sa demande à l'Administration cantonale des impôts (ci-après: ACI).

Le 22 avril 2015, l'OIPM a indiqué à A.________ que

la voie de la réclamation contre des décisions de taxation entrées en force ne lui

paraissait pas ouverte et qu'il n’y avait pas lieu d’entrer en matière sur une

demande de révision, dès lors que les conditions ne lui semblaient pas

réalisées; en outre, l’OIPM a constaté que les nouvelles répartitions avaient

été opérées par les autorités valaisannes en date du 25 juillet 2014, alors que

la "rectification" des décisions de taxation vaudoises avait été

requise le 17 novembre 2014, soit après l'échéance du délai de nonante jours dans

lequel il convient de faire valoir un motif de révision. Le 12 mai 2015, le SCC-VS

est intervenu auprès de l’ACI, afin qu’il soit donné suite à la demande de A.________

tendant à la "rectification" des décisions de taxation en cause.

Le 26 janvier 2017, l'ACI a établi une proposition

de règlement, consistant à réviser les décisions de taxation des périodes

fiscales 2008 à 2010 uniquement, et à maintenir les décisions de taxation des

périodes fiscales 2006 et 2007. Le 12 octobre 2017, A.________ a refusé cette

proposition de règlement, ce dont l’ACI a pris note le 7 novembre 2017, en

indiquant que celle-ci était caduque.

Par décision du 18 janvier 2018, l'OIPM a refusé de

réviser les décisions de taxation litigieuses. Le 9 février 2018, A.________ a

formé une réclamation contre cette décision, que l’ACI a rejetée, le 9 juillet

2018. L'ACI a considéré que les nouvelles décisions de taxation rendues par le

SCC-VS le 25 juillet 2014 sur la base de la circulaire no 12 de la CSI du 27

novembre 2013 ne constituaient pas un motif de révision. D'ailleurs, à supposer

même que tel ait été le cas, la demande de révision avait été déposée au-delà de

l'échéance du délai légal de 90 jours à compter de la découverte du motif de

révision, de sorte qu'elle était tardive.

F.

Par acte du 7 août 2018, A.________ a recouru à la Cour de droit administratif

et public du Tribunal cantonal (CDAP) contre cette dernière décision; elle a

pris les conclusions suivantes:

«(…)

1. Déclarer recevable la présente écriture.

2. Admettre le recours de A.________.

3. Annuler

la décision sur réclamation du 9 juillet 2018 de l'Administration cantonale des

impôts du canton de Vaud.

4. Condamner

l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud à rectifier ses

décisions de taxations des exercices 2006 à 2010 et à restituer à A.________ un

montant de Fr. 1'204'756.20 avec intérêt de 5 % dès le 17 novembre 2014.

5. Débouter

l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud de toutes ses

conclusions ou conclusions contraires contre A.________.

6. Condamner

l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud aux frais et aux

dépens.

7. Subsidiairement,

acheminer A.________ à prouver par toutes voies de droit ou moyens les faits

allégués dans ses écritures.

(…)»

Dans sa réponse du 12 septembre 2018, l'autorité

intimée propose le rejet du recours et la confirmation de la décision attaquée.

Appelé en cause comme autorité concernée, le SCC-VS

s’est déterminé le 21 septembre 2018. Il appuie les conclusions du recours.

Dans sa réplique du 13 novembre 2018, A.________ maintient

ses conclusions.

Dans sa duplique, l’ACI maintient les siennes.

G.

Le Tribunal a tenu une audience de jugement le 28 novembre 2019, au

cours de laquelle il a recueilli les explications des parties et de leurs

représentants, soit ********, juriste, et ********, fiscaliste, pour A.________,

ainsi que ********, responsable de la taxation, et ********, juriste fiscaliste,

pour l’ACI. A sa demande, le SCC-VS a été dispensé de comparaître.

A la demande du Tribunal A.________ a produit après

l’audience une copie de son recours au Tribunal administratif de première

instance du canton de Genève, une copie de l’arrêt rendu par cette dernière

juridiction le 9 septembre 2013, une copie de son recours à la Cour de justice

du 17 octobre 2013, ainsi qu’une copie de la correspondance adressée par les

autorités fiscales du canton de Genève à leurs homologues du canton du Valais,

du 18 août 2010.

Les parties ont été invitées à produire leurs

explications finales écrites. A.________ a maintenu ses conclusions. Le 20

janvier, 2020, l'autorité intimée a précisé ses conclusions dans le sens

suivant:

« (…)

2. Pour rappel, la Circulaire n°12 de la Conférence

suisse des impôts sur l'assujettissement des caisses-maladie selon la loi sur

l'assurance-maladie (LAMaI) du 27 novembre 2013 (ci-après : la Circulaire n°12)

est en principe applicable aux exercices commerciaux bouclés durant l'année

civile 2013 ou ultérieurement ainsi que pour les périodes fiscales antérieures

encore ouvertes à la date de sa publication (chiffre 1 de la Circulaire n°12).

3. Dès lors, l'intimée concède que les décisions de

taxation émises par l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud et

relatives aux sociétés et périodes fiscales suivantes n'étaient pas entrées en

force au moment de la publication de la Circulaire n°12, et qu'il convient dès lors

de les rectifier:

a)

B.________: période fiscale 2006 (décision de taxation du 18

septembre 2009);

b)

D.________: période fiscale 2006 (décision de taxation du 25 mars

2009) ;

c)

C.________ : périodes fiscales 2006 et 2007 (décisions

de taxation du 30 septembre 2009);

d)

H.________: période fiscale 2007 (décision de taxation du 2

septembre 2010);

e)

I.________: période fiscale 2006 (décision de taxation

du 7 décembre 2009);

f)

J.________: périodes fiscales 2006 et 2007 (décisions

de taxation du 22 janvier 2009 et du 30 septembre 2009);

g)

F.________ : périodes fiscales 2006 et 2007 (décisions de taxation

du 1er septembre 2009 et du 21 août 2009);

h)

E.________ : périodes fiscales 2006 et 2007 (décisions de taxation

du 24 avril 2008 et du 2 avril 2009) ;

i)

G.________ : périodes fiscales 2006 et 2007 (décisions de

taxation du 9 octobre 2009).

4. Elle estime toutefois que les décisions de

taxation émises par l'Office d'impôt des personnes morales du canton de Vaud et

relatives aux sociétés et périodes fiscales suivantes sont entrées en force et

que les conditions de la révision ne sont pas réunies dans le cas d'espèce:

j)

B.________ : périodes fiscales 2007 à 2010;

k)

D.________ : périodes fiscales 2007 à 2009;

l)

C.________: périodes fiscales 2008 et 2009;

m)H.________

: périodes fiscales 2008 et 2009;

n)

I.________: périodes fiscales 2007 à 2010;

o)

J.________ : périodes fiscales 2008 à 2010;

p)

F.________ : périodes fiscales 2008 à 2010;

q)

E.________ : périodes fiscales 2008 à 2010;

r)

G.________ : périodes fiscales 2008 et 2009.

(…)»

Par courrier du 27 janvier

2020, le juge instructeur, constatant que la procédure administrative ouverte

dans le canton de Genève n’avait trait qu’aux années 2006 et 2007, a encore

requis de A.________ des explications complémentaires et la production de

certaines pièces. A.________ s’est déterminée le 4 février 2020. Il ressort de

ses explications qu'à la suite de la décision de radiation du rôle de la Cour

de justice du 9 septembre 2014, l’AFC-GE a admis les réclamations formées

contre les décisions de taxation de la période 2008 (prononcés du 24 septembre

2014). L'AFC-GE a en outre rendu les décisions de taxation pour les périodes 2009

et 2010.

H.

Le Tribunal a statué à huis clos, par voie de circulation.

Considérants

1.

Aux termes de l’art. 199 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les

impôts directs cantonaux (LI; BLV 642.11), le recours au Tribunal cantonal

s'exerce conformément à la loi sur la procédure administrative. Le recours a

été interjeté dans la forme prescrite (cf. art. 79 de la loi cantonale du 28

octobre 2008 sur la procédure administrative [LPA-VD; BLV 173.36]) et dans le

délai de trente jours (cf. art. 95 LPA-VD).

Par contrats de transfert de patrimoine du 20 avril

2011, la société recourante a repris les actifs et passifs des activités

d’assurance-maladie complémentaire des fondations précitées. Au nombre de ces

actifs et passifs figurent les créances vis-à-vis du fisc et les dettes d'impôt

en lien avec ces activités. La recourante est dès lors devenue débitrice de

l'impôt à la place des fondations et s'est substituée à elles sur le plan de la

procédure (cf. TF 2C_895/2008 du 9 juin 2009 consid. 1.1, en cas de reprise par

voie de fusion; voir en outre Markus Zweifel/Hugo Casanova/Michael Beusch/Silvia

Hunziker, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, 2e

éd., Zurich 2018, § 6 n. 30). La recourante a, partant, qualité pour recourir.

Il y a lieu d'entrer en matière.

2.

a) Les sociétés de capitaux, les sociétés coopératives, les

associations, les fondations et les autres personnes morales sont assujetties à

l’impôt lorsqu’elles ont leur siège ou leur administration effective dans le

canton (art. 20 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur

l’harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS

642.14]; art. 85 LI). Le siège ou l'administration effective fonde un

assujettissement illimité dans le canton.

Selon les art. 21 al. 1 LHID et 86 al. 1 LI, les

personnes morales qui n'ont ni leur siège, ni leur administration effective

dans le canton y sont assujetties à l’impôt à raison de leur rattachement

économique notamment lorsqu'elles exploitent un établissement stable dans le

canton (let. b) ou qu'elles sont propriétaires d’un immeuble sis dans le canton

ou qu’elles ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des

droits personnels assimilables économiquement à des droits de jouissance réels

(let. c). L'exploitation d'un établissement stable et la titularité de droits

sur un immeuble fondent un assujettissement limité dans le canton.

b) Sous le titre "Obligations des autorités",

l’art. 39 al. 2 LHID prescrit aux autorités fiscales de se communiquer

gratuitement toutes informations utiles et de s’autoriser réciproquement à

consulter leurs dossiers. Lorsqu’il ressort de la déclaration d’impôt d’un

contribuable ayant son domicile ou son siège dans le canton qu’il est aussi

assujetti à l’impôt dans un autre canton, l’autorité de taxation porte le

contenu de sa déclaration et sa taxation à la connaissance des autorités

fiscales de l’autre canton.

Aux termes de l’art. 2 de l’ordonnance fédérale

du 9 mars 2001 sur l’application de la LHID dans les rapports intercantonaux

(RS 642.141; ci-après: OLHID):

"1 En cas d’assujettissement à l’impôt à

raison du rattachement économique dans d’autres cantons que ceux du domicile ou

du siège du contribuable, la procédure de taxation se déroule aussi dans ces

autres cantons.

2.

Le contribuable assujetti à l’impôt dans plusieurs

cantons peut y remplir son obligation de déposer une déclaration d’impôt par la

remise d’une copie de la déclaration d’impôt du canton du domicile ou du siège.

3.

L’autorité de taxation du canton du domicile ou

du siège porte gratuitement à la connaissance des autorités de taxation des

autres cantons le contenu de la taxation, y compris la répartition

intercantonale et d’éventuelles modifications apportées à la déclaration

d’impôt.

4.

La procédure est régie par le droit cantonal de

procédure."

Il découle de cette disposition que le canton du

domicile fiscal principal remplit en quelque sorte le rôle de canton «leader»

et de «coordinateur» entre les cantons appelés à taxer le contribuable (cf.

Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, 2ème

éd., Berne 2013, n°1200; Martin Zweifel/Silvia Hunziker, in:

Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern, Zweifel/Beusch

[éds], 3ème éd., Bâle 2017, n°29 ad art. 39 LHID;

Olivier Margraf, Ausgewählte Aspekte des interkantonalen Steuerverfahrensrechts,

RF 2016 p. 732; ATF 139 I 64 consid. 3.6 p. 71; 142 II 182 consid. 2.3.4 p. 195).

Pour autant, cela ne change rien aux prérogatives des autres cantons de

procéder eux-mêmes à la taxation et à la répartition intercantonale (Zweifel/Casanova/Beusch/Hunziker, op.

cit., § 11 n. 9), prérogatives qui découlent de la souveraineté cantonale

garantie par l'art. 3 Cst. (cf. Olivier

Margraf, Rulings im interkantonalen Verhältnis, Archives 88 p. 199 ss [cité:

Margraf, Rulings], 202 s.).

En lien avec l'OLHID, la CSI a adopté la circulaire

16.

du 31 août 2001 (disponible à l'adresse <https://www.steuerkonferenz.ch/fr/?Documents:Circulaires>).

Aux termes de cette circulaire (ch. 22), pour les personnes morales, c’est

en principe le canton du siège ou de l’administration effective qui

le premier procède à la taxation et établit la proposition de

répartition en faveur des cantons où l’entreprise a un établissement

stable ou des immeubles de placement. Ce canton effectue les opérations

de contrôle de la déclaration et d’éventuelles corrections. Sur cette base, il

établit sa taxation et, à l’attention des autres cantons, une proposition de

répartition intercantonale. Si les cantons sont en désaccord avec la

méthode de répartition du canton du siège ou de l’administration effective,

ils en aviseront les autorités de taxation de ce canton. Un conflit entre

cantons, ou entre cantons et contribuable, portant sur la méthode de

répartition applicable sera tranché en dernier ressort par le Tribunal fédéral.

Chaque canton applique sa propre législation pour la détermination du bénéfice

et du capital imposable de la personne morale. Tant dans le canton du siège que

dans celui où l’entreprise a un établissement stable ou possède un immeuble de

placement, les autorités fiscales sont en droit de procéder aux investigations

nécessaires à la taxation (cf. art. 46 al. 1 LHID). Si ces investigations

sont conduites par un canton autre que celui du siège ou de l’administration

effective, une collaboration étroite avec le canton du siège est recommandée.

La CSI a adopté en outre la circulaire 21 du 28

novembre 2001, intitulée "Procédure pour les cas particuliers concernant

plusieurs cantons". Celle-ci envisage en particulier les cas de transfert

d'une participation d'une personne physique à une personne morale, les

restructurations et les cas assimilables à des restructurations et les

liquidations, en ajoutant que tous les autres cas complexes ayant une portée

intercantonale seront traités par analogie (ch. 2).

S'il appartient en principe au canton du siège de

procéder à la taxation en premier, le canton de l'assujettissement limité n'a

pas pour autant l'obligation d'attendre la décision du premier (cf. arrêt du

Tribunal administratif du canton de Zurich du 2 décembre 2015 SB.2015.00021

consid. 3.3). Toutefois, lorsque le

canton du domicile fiscal secondaire statue avant que le canton du domicile

fiscal principal n'ait rendu sa propre décision de taxation, il ne peut le

faire, selon la pratique, que sur une base provisoire, à défaut de quoi il ne

peut ultérieurement procéder à un rappel d'impôt si le canton du domicile

fiscal principal applique d'autres règles de répartition (ATF 139

I 64 consid. 3.6 p. 71 s. avec renvoi à l'arrêt 2A.585/2005 du 8 mai 2006

consid. 3.4.2, StE 2007 B 97.41 no 19).

Il est usuel que le canton du domicile fiscal

principal – ou plus souvent le contribuable lui-même – établisse un plan de

répartition intercantonale qui sera soumis aux cantons intéressés. Ces cantons

peuvent alors l'examiner et le discuter préalablement, plutôt que de procéder

immédiatement à des taxations courant le risque d'être attaquées (Walter

Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse [impôts directs], 4ème

éd., 2002, p. 128).

3.

a) L'art. 127 al. 3 1ère phrase de la Constitution fédérale

de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101) interdit la double

imposition intercantonale. Cette interdiction fait obstacle à ce qu'un

contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le

même objet, pendant la même période, à des impôts analogues (double imposition

effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale

et, violant des règles de conflit, prétende prélever un impôt dont la

perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition

virtuelle; cf. ATF 138 I 297 consid. 3.1 p. 300; 134 I 303 consid. 2.1 p. 306

s.; 133 I 308 consid. 2.1 p. 311). Le Tribunal fédéral a déduit des art. 46 al. 2 aCst. et 127 al. 3 1e phrase Cst.

le principe selon lequel un canton ne peut pas imposer plus lourdement un

contribuable du fait qu'il est assujetti aux impôts dans un autre canton (interdiction

de l'imposition discriminatoire, "Schlechterstellungsverbot"; ATF 141

I 235 consid. 7.2 p. 240 avec renvoi à ATF 139 II 373 consid. 3.5; ATF 137 I

145.

consid. 2.2 p. 147; 130 I 205 consid. 4.1 p. 210 et les références citées).

b) La voie de droit fédérale qui permet d'éliminer

la double imposition intercantonale est le recours en matière de droit public,

régi par les art. 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF;

RS 173.110).

En vertu de l'art. 86 al. 1 let. d LTF, seules les

décisions des autorités cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un

recours en matière de droit public. Dans le contexte du recours pour violation

de la double imposition intercantonale, cette disposition oblige le

contribuable à épuiser les instances cantonales seulement dans l'un des cantons

en cause. En formant un recours en matière de droit public contre la décision

rendue par ce canton, le contribuable peut s'en prendre aux décisions des

autres cantons rendues auparavant, quand bien même elles n'auraient pas été

prises en dernière instance cantonale (ATF 133 I 308 consid. 2.4 p. 313). En

interjetant recours dans le délai prévu par l'art. 100 al. 5 LTF, il est

possible de remettre en cause les décisions des autres cantons, même si celles-ci

sont entrées en force (ATF 139 II 373 consid. 1.4 p. 376).

Selon certains auteurs, il découle de l'art. 100 al.

5.

LTF que le prononcé de dernière instance rendu par un canton, s'il n'est pas

contesté, entre en force sous la condition résolutoire qu'un autre canton ne

fasse pas valoir de prétention fiscale. Si cette condition résolutoire se

réalise, le contribuable pourrait, en vertu de l'art. 100 al. 5 LTF, invoquer

un motif de restitution de délai aux fins de contester la taxation par le

premier canton (Michael Beusch/Urban Broger, in: Kommentar zum

Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales Steuerrecht,

Zweifel/Beusch/Mäusli-Allenspach [édit.], Bâle 2011, § 44 n. 21-25).

c) La question de savoir si la taxation par le

canton du siège peut constituer un motif de révision ou de rappel d'impôt de la

taxation effectuée par le canton de l'assujettissement limité a été abordée par

la jurisprudence et la doctrine.

Les décisions et prononcés entrés en force peuvent

être modifiés en faveur du contribuable aux conditions de la révision (art. 51

LHID, art. 203 ss LI); lorsque les conditions du rappel d'impôt (art. 53 LHID, art.

207.

ss LI) sont réunies, l'autorité fiscale peut les modifier au détriment du

contribuable.

aa) Selon les art. 51 al. 1 LHID et 203 al. 1 LI,

une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable:

- lorsque des faits importants ou des preuves

concluantes sont découverts (let. a), ou

- lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu

compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou

devait connaître ou qu'elle a violé de quelque autre manière l'une des règles

essentielles de la procédure (let. b), ou encore

- lorsqu'un crime ou un délit a influé sur la

décision ou le prononcé (let. c).

La révision est exclue lorsque le requérant invoque

des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire,

s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être

exigée de lui (art. 51 al. 2 LHID et 203 al. 2 LI). Cette limitation s'explique

par le caractère subsidiaire de la révision et par les exigences de sécurité du

droit (cf. TF 2C_941/2015 du 9 août 2016 consid. 6.3;2C_917/2015 du 29 octobre

2015.

consid. 2.1;2C_754/2015 du 14 septembre 2015 consid. 2.3 et les

références citées; voir ég. Hugo Casanova/Claude-Emmanuel Dubey, in: Commentaire

Romand, Impôt fédéral direct, 2ème éd., Noël/Aubry Girardin [éds], Bâle

2017, n°15 ad art. 147 LIFD).

Les motifs des art. 51 al. 1 LHID et 203 al. 1 LI sont

les mêmes que ceux de l’art. 147 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur

l’imp. fédéral direct (LIFD; RS 642.11). Ces dispositions ouvrent la voie de

révision notamment lorsque le requérant découvre des faits nouveaux importants

ou des preuves qu'il n'avait pas pu invoquer dans la procédure de taxation ou

de recours. Par fait nouveau, on entend des faits antérieurs à la décision de

taxation, mais découverts seulement par la suite (pseudo-nova). Ainsi, une

nouvelle appréciation juridique ou une nouvelle jurisprudence ne sauraient être

assimilée à un fait (v. Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale

d'organisation judiciaire, vol. V, Berne 1992, n° 2.2.1 ad 137). Le Tribunal

fédéral a constamment rappelé sur ce point qu'un changement de jurisprudence

(v. arrêts 2C_134/2007 du 20 septembre 2007 consid. 2.3;2P.18/2005 du 14 février

2005.

consid. 3; cf. en outre ATF 111 Ib 209 consid. 3; 103 Ib 87 consid.

3; 102 Ib 45 consid. 1b) ou d'interprétation d'une disposition légale (v. ATF

83.

I 326; Archives 38, 163 consid. 4c/cc) ne constituent pas des motifs de

révision d'une décision de taxation entrée en force.

La demande de révision doit être déposée dans les

nonante jours qui suivent la découverte du motif de révision, mais au plus tard

dans les dix ans dès la notification de la décision ou du prononcé (art. 51 al.

3.

LHID et 204 LI).

bb) L'existence d'un motif de révision peut

être envisagée notamment sous l'angle de l'art. 127 al. 3 Cst., qui interdit la

double imposition intercantonale.

Certaines législations cantonales admettent

expressément l'existence d'un motif de révision en cas de double imposition

intercantonale lorsqu'il résulte d'une décision de l'autorité compétente que le

canton doit limiter son imposition pour éviter une double imposition

intercantonale (cf. art. 232 al. 1 let. d loi TI; art. 189 al. 1 let. d StG AR;

art. 186 al. 1 let. d StG LU, art. 165 al. 1 let. e StG SO, cités par Hugo

Casanova, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Interkantonales

Steuerrecht, op. cit., § 45 n. 10; voir aussi Philipp Betschart/Andrea

Hildebrand, Die vorgezogene Revision wegen interkantonaler oder internationaler

Doppelbesteuerung, Archives 88 p. 211 ss, 214 s.). Une partie de la doctrine

ainsi que la jurisprudence cantonale zurichoise considèrent que cette voie de

la révision en cas de double imposition intercantonale existe de par l'art. 127

al. 3 Cst., indépendamment de l'existence d'une base légale expresse en droit

cantonal (Casanova, op. cit., § 45 n. 10 et réf. citées; de Vries Reilingh, op.

cit., n. 1245/1246; Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht,

4ème éd., Berne 2015, pp. 133-135). Le Tribunal fédéral a évoqué la

question, sans la trancher (ATF 139 II 373 consid. 1.5 p. 377; voir aussi arrêt

2C_495/2018 du 7 mai 2019 consid. 4.3).

Dans un arrêt du 9 mai 2019, la Cour de céans a

relevé qu'au contraire des législations cantonales précitées, la LI ne contenait

pas de disposition spécifique créant un motif de révision en cas de double

imposition intercantonale. Elle a retenu que l'existence d'une possible

situation de double imposition ne constitue pas en tant que telle un motif de

révision (arrêt FI.2018.0216 consid. 2b, avec avis minoritaire sur ce point

d'un membre de la section).

En pratique, il arrive que les cantons dont la

législation ne prévoit pas le motif de révision de la double imposition procèdent

à la révision d'une décision de taxation entrée en force, lorsqu'une décision

ultérieure d'un autre canton la fait apparaître comme clairement erronée et

qu'il en résulte une double imposition. Dans un tel cas, il est en effet

conforme au principe de proportionnalité et à l'économie de procédure que le

canton concerné révise son prononcé sans attendre (d'où le terme de

"révision anticipée", "vorgezogene Revision") que le

Tribunal fédéral, saisi d'un recours contre la décision de l'autre canton, annule

la taxation erronée, avec les conséquences qui en découlent en termes de frais

et dépens. Le contribuable ne dispose toutefois pas d'un droit à ce que

l'autorité fiscale cantonale révise sa taxation. En outre, le procédé est

réservé aux cas clairs et suppose que la révision ne soit pas exclue en

application – par analogie – de l'art. 51 al. 2 LHID (cf. Betschart/

Hildebrand, op. cit., spéc. p. 211, 217, 224).

cc) S'agissant du rappel d'impôt, selon la

jurisprudence du Tribunal fédéral, lorsque le canton de l'assujettissement

limité établit la taxation sans attendre celle du canton du domicile ou du

siège et sans non plus réserver cette dernière, en procédant à une taxation

provisoire, le prononcé du canton du domicile ou du siège ne constitue pas un

motif de rappel d'impôt (ATF 139 I 64 consid. 3.6 p. 71 s. avec renvoi à

2A.585/2005 du 8 mai 2006 consid. 3.4.2, StE 2007 B 97.41 no 19). Cette

jurisprudence envisage le cas où la taxation ultérieure par le canton du

domicile ou du siège révèle une sous-imposition par le canton de

l'assujettissement limité (cf. Casanova, op. cit., § 45 n. 23).

4.

a) Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de

l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la

confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités,

lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un

comportement déterminé de l'administration. Selon la jurisprudence, un

renseignement ou une décision erronés de l'administration agissant dans les

limites de ses compétences peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré

un avantage contraire à la réglementation en vigueur. Il faut pour cela (1) que

l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes

déterminées, (2) que l'autorité ait agi dans les limites de ses compétences, (3)

que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude

du renseignement obtenu, (4) qu'il se soit fondé sur les assurances ou le

comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne

saurait renoncer sans subir de préjudice et (5) que la situation juridique

n'ait pas changé entre le moment où l'autorité a donné le renseignement et

celui où les dispositions ont été réalisées. Lorsque ces conditions sont

réunies, il faut encore peser l'intérêt à une application correcte du droit par

rapport à l'intérêt de l'administré à la protection de sa bonne foi (ATF 141 V

530.

consid. 6.2 p. 538; 141 I 161 consid. 3.1 p. 164 s.; 137 II 182 consid. 3.6.2

p. 193; 137 I 69 consid. 2.5.1 p. 72 s.; Danielle Yersin/Florence Aubry

Girardin, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, op. cit., n°76

ad remarques préliminaires).

Le principe de la confiance, découlant de celui de

la bonne foi, commande à l'administration d'adopter un comportement cohérent et

dépourvu de contradictions. Une émanation du principe de la bonne foi est

l'interdiction du comportement contradictoire. En lien avec la doctrine de

droit privé relative à l'art. 2 al. 2 CC, le comportement contradictoire peut

consister à adopter deux comportements incompatibles ou à décevoir les attentes

légitimes de quelqu'un. Il est alors essentiel de peser les intérêts et de

prendre en compte ce faisant le fait que l'autorité a éventuellement eu un comportement

qui a suscité la confiance (ATF 143 V 66 consid. 4.3 p. 69; 137 V 394 consid.

7.1

p. 403). A cet égard, une décision doit être interprétée d'après le sens

qui peut et doit lui être donné de bonne foi, d'après son texte et son

contexte, ainsi que d'après toutes les circonstances qui l'ont précédée et

accompagnée (ATF 130 III 417 consid. 3.2 p. 424; 129 III 118 consid. 2.5 p.122;

126.

III 119 consid. 2a p. 120, 125 III 435 consid. 2a/aa p. 436/437). La

précision que l'attente ou l'espérance doit être "légitime" est une

autre façon de dire que l'administré doit avoir eu des raisons sérieuses

d'interpréter comme il l'a fait le comportement de l'administration et d'en

tirer les conséquences qu'il en a tirées. Tel n'est notamment pas le cas s'il

apparaît, au vu des circonstances, qu'il devait raisonnablement avoir des

doutes sur la signification du comportement en cause et se renseigner à ce

sujet auprès de l'autorité (cf. ATF 134 I 199 consid. 1.3.1 p. 203; TF

2C_108/2011 du 29 août 2011 consid. 4.1 ; cf. en outre, sur la portée d'un

renseignement donné par l'Administration fédérale des douanes en matière de TVA

sur le territoire suisse, arrêt 2A.256/2003 du 8 janvier 2004 et les critiques

de Xavier Oberson/Annie Rochat Pauchard in: Archives 75 p. 27s. not. 49).

Enfin, l'administration qui s'aperçoit spontanément de l'erreur entachant un

renseignement qui la lie, doit prévenir immédiatement le citoyen du changement

de situation et révoquer l'engagement désormais obsolète (arrêt FI.2006.0023 du

6.

novembre 2006, in: RDAF 2006 II p. 575 consid. 4b).

b) Le droit fiscal étant dominé par le principe de

la légalité (art. 5 al. 1 et 127 al. 1 Cst.), le principe de la bonne foi

n'exerce qu'une influence limitée dans ce domaine du droit administratif,

surtout s'il vient à entrer en conflit avec le principe de la légalité (cf. ATF

142.

II 182 consid. 2.2.2 p. 187; 131 II 627 consid. 6.1 p. 637; 118 Ib 312

consid. 3b p. 316; arrêt 2C_1120/2015 du 26 avril 2017 consid. 6.3.2;

2C_334/2014 du 9 juillet 2015 consid. 2.5.3; cf. en outre Ernst

Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 7ème

éd., Zurich 2016, p. 33; voir toutefois les doutes chez certains auteurs:

Yersin/Aubry Girardin, op. cit., n. 77 ad remarques préliminaires; Xavier

Oberson, Droit fiscal suisse, 4ème éd., Bâle 2012, § 3 n. 73 p.

54s.). Le principe de la confiance

s’applique également à la procédure de taxation, par exemple dans le cadre

d’arrangements fiscaux ou de traitements anticipés ("rulings"; v.

not. ATF 141 I 161 consid. 3.1 p. 164; arrêt 2C_123/2014 du 30 septembre 2015 in:

RDAF 2015 II p. 567, consid. 7.1), dans le cas de non-respect des délais en

raison de renseignements inexacts (indication inexacte des voies de droit; cf.

ATF 138 I 49 consid. 8.3.2 p. 54; 131 I 153 consid. 4 p. 158; 124 I 255 consid. 1a/aa p. 258) ou lors

d’une nouvelle évaluation des éléments imposables (arrêt 2C_596/2012 du 18 mars

2013.

consid. 2.2; cf. Zweifel/Casanova/Beusch/Hunziker, op. cit., § 5 n. 23,

réf. citées).

Toutefois, le contribuable ne peut bénéficier d'un

traitement dérogeant à la loi que si les conditions mentionnées ci-dessus - qui

doivent être interprétées de manière stricte - sont remplies de manière claire

et sans équivoque (arrêts 2C_603/2012 du 10 décembre 2012 consid. 4;2C_382/2007

du 23 novembre 2007 consid. 3; cf. ég. CDAP FI.2018.0110 du 2 avril

2019.

consid. 6a/bb). Il reste que cette limitation n’a pas une grande

conséquence en pratique, car ce n’est que si les conditions précitées sont

clairement remplies que le contribuable pourra valablement se prévaloir du

principe de la confiance à l’égard des autorités fiscales (Yersin/Aubry

Girardin, loc. cit.). On doit même aller plus loin et se demander

s'il se justifie de faire une exception pour le domaine du droit fiscal, dans

la mesure où le principe de la bonne foi, s'il permet dans certains cas de

s'écarter de la solution résultant de l'application de la loi, ne pourra

précisément entrer en jeu qu'à titre exceptionnel, eu égard à des

considérations de justice et d'équité, elles aussi de rang constitutionnel (sur

le caractère exceptionnel de l'application du principe de la bonne foi, cf. Pierre

Moor/Alexandre Flückiger/Vincent Martenet, Droit administratif, vol. I, 3ème

éd., Berne 2012, n° 6.4.1.2, p. 521, réf. citées; voir également Jacques-André

Reymond, La bonne foi de l'administration en droit fiscal, in: Mélanges

offerts à la Société suisse des juristes pour son Congrès 1991 à Genève, p.

367s.).

c) Au demeurant, il arrive parfois que

la dérogation, envisagée sur la base du principe précité, se heurte à un

intérêt public supérieur; dans cette hypothèse ce dernier l'emportera et

l'administré devra se contenter d'une indemnisation (ATF 101 Ia 328 consid. 6c

p. 331). La violation du principe de la bonne foi peut, dans un tel cas,

notamment constituer un acte illicite au sens de la responsabilité étatique (TF

2C_597/2013 du 28 octobre 2013 consid. 5.1;2C_502/2013 du 30 septembre 2013

consid. 2.1;2A.511/2005 du 16 février 2009 consid. 5.5.2 et 5.5.3). Cependant, l'intérêt public à appliquer la loi ou à percevoir des

impôts plus élevés ne saurait être suffisant à cet égard (Danielle Yersin,

L'égalité de traitement en droit fiscal, in: RDS 1992 II 238).

5.

La circulaire 12 de la CSI, du 27 novembre 2013, a

la teneur suivante au ch. 1 "Remarques préalables":

"Dans ses lettres-circulaires du 27

septembre 1996 sur les conséquences fiscales de la nouvelle LAMaI et du 20 mars

1998.

sur l'assujettissement des caisses-maladie selon la loi sur

l'assurance-maladie, l'Administration fédérale des contributions (AFC) a fixé

les effets de la nouvelle législation au plan fiscal. La présente circulaire

traite des conséquences de la LAMaI sur l'étendue de l'assujettissement et la

tenue des comptes à des fins fiscales par les caisses-maladie, ainsi que les principes

de répartition intercantonale qui leur sont applicables.

La présente circulaire remplace la circulaire

no 12 du 23 mars 2000.

La présente circulaire est en principe

applicable jusqu'à nouvel ordre aux exercices commerciaux bouclés durant

l'année civile 2013 ou ultérieurement ainsi que pour les périodes fiscales

antérieures encore ouvertes à la date de sa publication.

Dans la circulaire n° 12 du 23 mars 2000, les

questions de répartitions intercantonales étaient traitées par un renvoi aux

règles de répartition applicables aux sociétés d'assurances non-vie définies

dans la circulaire sur les répartitions intercantonales des bénéfices des

compagnies d'assurance (Circ CSI n° 23). L'expérience pratique en la matière a

toutefois montré qu'en raison des particularités de l'activité des assurances

maladie, une répartition intercantonale appropriée basée sur ces règles était

souvent impossible. Les principes en matière de répartition intrercantonale

exposés dans la présente circulaire se basent sur la jurisprudence du Tribunal

Fédéral, mais tiennent cependant compte des particularités du secteur de

l'assurance maladie."

On rappelle que les

ordonnances administratives – dont font partie les circulaires des autorit.

fiscales – s'adressent aux organes d'exécution. Elles sont destinées à assurer l'application

uniforme de certaines dispositions légales, en explicitant l'interprétation que

l'administration leur donne (ATF 142 II 113 consid. 9.1 p. 125 s.). Sans force

de loi, elles ne lient ni les administrés, ni les tribunaux ni même

l'administration (ATF 145 II 2 consid. 4.3 p. 6). Le juge peut en tenir compte

lorsqu'elles permettent une application correcte des normes légales dans un cas

concret, mais il doit s'en écarter lorsqu'elles posent des règles qui ne sont

pas conformes à l'ordre juridique (ATF 143 II 443 consid. 4.5.2 p. 450; 141

II 338 consid. 6.1 p. 346; 141 III 173 consid.

3.2.2.2

p. 183).

Quant aux circulaires

de la CSI, elles tendent à l'harmonisation fiscale entre les cantons en étant

censées correspondre à la pratique administrative en vigueur; elles ne

constituent pas du droit intercantonal (TF 2C_450/2013 du 5 décembre 2013

consid. 2.3; concernant la circulaire no 12, voir TF 2C_216/2014 du 15 décembre

2016.

consid. 4.6). La CSI n'étant pas une autorité publique, mais une

association au sens des art. 60 ss CC, ses circulaires sont qualifiées de

quasi-ordonnances administratives; la jurisprudence du Tribunal fédéral tend à

leur reconnaître la même portée qu'aux ordonnances administratives (TF

2C_415/2017 du 2 juin 2017 consid. 2.2.4).

6.

a) En l'occurrence, la recourante se réfère à la nouvelle circulaire

n°12, adoptée le 27 novembre 2013 par la CSI, applicable notamment aux périodes

fiscales antérieures à 2013 "encore ouvertes" à la date de sa

publication. Elle fait valoir que tel était le cas en l'occurrence des périodes

2006.

à 2010 "puisque des procédures étaient en cours dans le canton de

Genève et qu'aucune taxation définitive n'avait été prononcée".

La recourante expose que, pour tenir compte de la nouvelle

circulaire, elle a adapté les répartitions intercantonales 2006 à 2010. Les

nouvelles répartitions ont été soumises aux administrations fiscales valaisanne

et genevoise. Le 13 juin 2014, l'AFC-GE a accepté les propositions, après

quelques ajustements. Par décisions du 25 juillet 2014, le SCC-VS a

"rectifié" les décisions de taxation des périodes 2006 à 2010.

L'administration fiscale vaudoise n'a pas contesté ces décisions rendues par le

canton du siège, comme elle pouvait le faire selon la circulaire no 16 de la

CSI. Dans ces conditions, l'autorité intimée était selon la recourante tenue de

réviser ses décisions, conformément à l'OLHID, ce qu'elle a refusé de faire. Du

fait de ce refus, la recourante se trouve doublement imposée dans les cantons

de Vaud et du Valais, à concurrence de 1'204'756 fr.20, montant dont elle s'est

acquittée à la suite des nouvelles décisions de taxation rendues par le SCC-VS.

Dans cette mesure, la recourante se plaint de violation de l’interdiction de la

double imposition intercantonale.

Dans sa réplique, la recourante invoque, à la suite

du SCC-VS dans sa détermination du 21 septembre 2018, le principe de la

protection de la bonne foi. Elle se prévaut des indications contenues dans les

décisions de taxation (cf. let. B ci-dessus). Elle fait valoir que, dans ces

conditions, l'autorité intimée était tenue de rectifier ses décisions de

taxation à la suite des nouveaux prononcés du canton du siège du 25 juillet

2014.

La recourante relève en outre que les membres de la CSI – dont le canton

de Vaud – savaient que la circulaire no 12 était en cours de révision, après

que certains cantons aient contesté les modalités de répartition proposées par

le canton du siège. L'issue de la procédure de révision de la circulaire étant

de nature à influer sur l'ensemble des décisions de taxation des cantons

concernés, celles-ci n'avaient pu entrer en force, sous peine de violer le

principe de l’interdiction de la double imposition intercantonale.

b) Dans sa détermination du 20 janvier 2020 (cf. let.

G ci-dessus), l'autorité intimée admet que les périodes fiscales qui faisaient

l'objet (depuis le 17 octobre 2013, date de dépôt du recours) de la procédure

de recours devant la Cour de justice du canton de Genève, n'étaient pas entrées

en force à la date de la publication de la circulaire 12 de la CSI (27 novembre

2013), de sorte qu'il conviendrait de les rectifier. Les taxations relatives

aux autres périodes seraient en revanche entrées en force et ne pourraient être

révisées, les conditions de la révision n'étant pas réalisées.

c) Le Tribunal, qui applique le droit d’office (art.

41.

LPA-VD), n’est pas lié par les conclusions des parties (art. 89 al. 1 et 99

LPA-VD).

7.

La recourante demande en substance que l'autorité intimée

"adapte" les décisions de taxation de l’impôt cantonal et communal

sur le bénéfice et le capital des fondations précitées, mentionnées aux

chiffres 4, 6, 8, 10, 12, 14, 16, 18 et 20 sous lettre B ci-dessus, à celles

rendues par le SCC-VS le 25 juillet 2014, afin d'éviter une double imposition.

Les modalités d'"adaptation" ou de modification de ces taxations

dépend du point de savoir si elles sont entrées en force ou non, ce qu'il y a

lieu d'examiner.

a) Au préalable, on rappelle que, dès l’instant où

une décision fiscale n’est plus susceptible d’être attaquée par un moyen de

droit ordinaire, elle entre en force. On distingue la force formelle ("formelle

Rechtskraft") et la force matérielle ("materielle Rechtskraft")

de chose jugée (ou décidée). La première signifie que la décision est définitive,

ne pouvant plus être contestée. La seconde se rapporte à la stabilité du

contenu de la décision ("Rechtsbeständigkeit"), laquelle lie

aussi bien le contribuable que les autorités fiscales et cela – en vertu du

principe de la sécurité juridique – indépendamment du point de savoir si elle est

matériellement fondée ou non (Zweifel/Casanova/Beusch/Hunziker,

op. cit., § 26, n. 3; voir aussi Xavier Oberson, Les types de

taxation, in: Les procédures en droit fiscal, 3ème éd., OREF [éd.],

Berne 2015, p. 808; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines

Verwaltungsrecht, 7ème éd., Zurich/St-Gall 2016, n. 1093 ss, p. 239

s. et n. 1224 ss, p. 264 ss; Thierry Tanquerel, Manuel de droit administratif,

2ème éd., Genève/Zurich/Bâle 2018, n. 867s. p. 308 et n. 937s. pp.

330/331).

b) aa) Dans le système instauré par les art. 39 al.

2.

LHID et 2 OLHID, le canton du siège ou de l’administration effective a un rôle

de leader ou de coordinateur. Selon la circulaire 16 de la CSI, il établit sa

taxation et, à l’attention des autres cantons, une proposition de répartition

intercantonale. Si les cantons sont en désaccord avec la méthode de

répartition du canton du siège ou de l’administration effective, ils en

aviseront les autorités de taxation de ce canton.

Cela

étant, le canton du domicile accessoire n'est lié ni par la taxation du canton

du siège ou de l'administration effective, ni par les critères de répartition

retenus par ce dernier (cf. arrêt du Tribunal administratif du canton de Zurich

SB.2015.0021 précité consid. 3.4). La circulaire 16 de la CSI prévoit certes

que les cantons se concertent au sujet de la méthode de répartition, mais

ajoute qu'un conflit sur ce point est tranché en dernier ressort par le

Tribunal fédéral. On rappelle à cet égard que, dans le cadre d'un recours en

matière de droit public au Tribunal fédéral pour violation de l'interdiction de

la double imposition, il est possible de remettre en cause les décisions des

autres cantons, même si celles-ci sont entrées en force (cf. consid. 3b

ci-dessus).

Par ailleurs, la circulaire 16, qui ne constitue pas

du droit intercantonal, ne saurait créer à la charge des cantons des obligations

à proprement parler (cf. Margraf, Rulings, op. cit., p. 204). C'est ainsi que,

selon la jurisprudence, le canton où le contribuable est assujetti de manière

limitée n'est pas tenu d'attendre la taxation par le canton du siège. S'il

statue avant que le canton du

domicile fiscal principal ait rendu sa propre décision de taxation, il ne peut

procéder à un rappel d'impôt dans le cas où le prononcé du canton du siège

ferait ultérieurement apparaître une sous-imposition qu'à la condition d'avoir

procédé sur une base provisoire, en réservant la taxation par ce dernier canton.

A défaut d'une telle réserve, le canton du domicile accessoire ne peut revenir

sur sa taxation, car le prononcé rendu ultérieurement par le canton du siège ne

constitue pas un motif de rappel d'impôt (cf. consid. 2b et 3c/cc ci-dessus). Cette

jurisprudence repose sur la prémisse que la décision de taxation du canton du

domicile accessoire est entrée en force dans l'intervalle et cela indépendamment

du prononcé du canton du siège (voir, dans le même sens, arrêt du Tribunal

administratif du canton de Zurich SB.2015.0021 précité consid. 3.3). D'ailleurs,

si tel n'était pas le cas, il ne ferait guère de sens d’instituer

à cet égard, comme certains cantons l’ont fait et comme une partie de la

doctrine le préconise (cf. supra consid. 3c/bb), une voie de droit

extraordinaire, sui generis, permettant la révision des décisions

définitives, pour modifier celles-ci une fois qu’elles se révèlent

constitutives d’une double imposition intercantonale prohibée.

Il

s'ensuit, dans le cas particulier, que les décisions de l'OIPM sont en principe

entrées en force indépendamment des prononcés du canton du Valais (canton du

siège ou de l'administration effective) et, a fortiori, de ceux du

canton de Genève (canton du domicile accessoire).

bb) Il

est vrai que certaines de ces décisions (mais pas toutes: procès-verbal

d'audience, p. 1) contiennent la réserve mentionnée plus haut (let. B), dont la

recourante se prévaut au titre de la protection de la bonne foi. Cette réserve était

dans la plupart des cas formulée ainsi:

«Sans changement.

Taxation sur la base des éléments déclarés. En cas de modification ultérieure

de vos éléments par le canton du siège, une nouvelle décision pourra être

rendue.»

La

comparaison des dates des décisions du SCC-VS et de l'OIPM permet de constater

que, dans huit cas, le fisc vaudois a statué avant que son

homologue valaisan ne procède à la taxation (à savoir, pour Avenir Assurances,

assurances maladie et accidents, les 18 septembre 2009 [période 2008] et 22

septembre 2011 [2009]; pour Easy Sana Fondation, les 7 décembre 2009 [2008] et

5.

juillet 2011 [2009]; pour Caisse maladie de la fonction publique, les 24

avril 2008 [2006] et 22 septembre 2011 [2009]; pour Philos Caisse

maladie-accident fondation, les 2 septembre 2010 [2008] et 13 décembre 2010

[2009]). Ces décisions correspondent (seulement) en partie à celles qui

comportent la réserve évoquée plus haut.

Quoi qu'il en soit, la réserve en question signifie

que la taxation avait été effectuée sur la base des éléments déclarés par le

contribuable et que, pour le cas où la taxation par le canton du siège ferait

apparaître d'autres éléments que ceux déclarés, l'autorité fiscale se réservait

de rendre une nouvelle décision tenant compte de ces nouveaux éléments. Comme

l'autorité intimée l'a indiqué en audience, il s'agissait en définitive de réserver

un rappel d'impôt sur la base de nouveaux éléments établis par le canton du

siège. L'autorité intimée a ajouté que cette réserve n'était pas nécessaire –

le rappel d'impôt étant prévu par la loi – et qu'entre-temps elle avait modifié

sa pratique en ne faisant plus figurer cette indication sur les bordereaux de

taxation.

La réserve en question ne saurait être interprétée,

comme le voudrait la recourante, en ce sens que l'autorité fiscale vaudoise se

serait engagée – en vue d'éviter une double imposition – à adapter sa taxation

pour le cas où le canton du siège ou de l'administration effective aurait

modifié ultérieurement les bases de la répartition intercantonale. En dehors du

texte de la réserve, la recourante n'allègue aucune circonstance liée par exemple

au comportement de l'autorité intimée qui accréditerait sa thèse.

A cela s’ajoute que la recourante n’a pas allégué et

encore moins démontré avoir pris, en se fiant à la réserve en question, des

dispositions auxquelles elle ne saurait renoncer sans subir de préjudice. La

recourante ne peut pas raisonnablement soutenir que c'est au vu de ce prétendu

engagement qu'aucune des neuf fondations n’a formé de réclamation à l’encontre

des décisions de taxation les concernant et que la recourante, lorsqu’elle leur

a succédé, n’a pas contesté les nouvelles décisions des autorités fiscales

valaisannes, après que celles-ci ont modifié en faveur du canton du siège ou de

l'administration effective la répartition des bénéfices et du capital

imposables des fondations.

Au vu de ce qui précède, il convient de retenir que les

décisions de taxation de l’impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le

capital des fondations précitées, mentionnées aux chiffres 4, 6, 8, 10, 12, 14,

16, 18 et 20 sous lettre B ci-dessus, sont entrées en force, nonobstant la

réserve figurant sur certaines d'entre elles, et cela indépendamment des

taxations par les cantons du Valais et de Genève.

Il s'ensuit que les décisions en question ne

pouvaient être modifiées en faveur de la recourante qu'aux conditions de la

révision (art. 51 LHID, art. 203 ss LI). Or, il est constant que le prononcé

ultérieur d'une décision de taxation par un autre canton ne représente pas en

tant que tel un motif de révision, s'agissant d'un véritable fait nouveau,

postérieur à la décision entrée en force qu'il est question de réviser. Les

conditions de la révision prévues par ces dispositions ne sont donc pas

réunies.

Par ailleurs, dans un arrêt récent, la Cour de céans

a retenu que l'existence d'une possible situation de double imposition ne

constitue pas un motif de révision sui generis, au-delà de ceux prévus

par les dispositions précitées (FI.2018.0216 du 9 mai 2019 consid. 2b). Le

Tribunal fédéral a pour sa part relevé que les lois fiscales connaissent en

principe un numerus clausus des motifs permettant de revenir sur une décision

ou un arrêt entré en force (ATF 143 II 646 consid. 3.1 p. 655; 142 II 433

consid. 3.1 p. 437; voir aussi Zweifel/Casanova/Beusch/Hunziker,

op. cit., § 26 n. 80 et les arrêts cités).

Dans ces conditions, l'autorité intimée n'était pas

tenue de réviser les décisions en cause à la suite des nouvelles décisions du

SCC-VS du 25 juillet 2014. La décision attaquée doit partant être confirmée. La

question de savoir si c'est à bon droit que l'autorité fiscale valaisanne a

"rectifié" ses décisions de taxation antérieures en appliquant la

circulaire no 12 du 27 novembre 2013 – laquelle a modifié les critères de

répartition intercantonale à l'avantage du canton du siège ou de

l'administration effective – peut demeurer indécise. On peut toutefois relever qu'il

est douteux que les périodes fiscales 2006 à 2010 aient été "encore

ouvertes", au sens du ch. 1 de la nouvelle circulaire 12, dans le canton

du Valais le 27 novembre 2013, date de la publication de cette dernière. En

effet, à cette date, toutes les périodes fiscales en cause avaient fait l'objet

de décisions de taxation du SCC-VS, lesquelles étaient entrées en force,

puisqu'elles n'avaient pas été contestées et qu'au demeurant leur entrée en

force ne dépendait pas du sort des procédures dans le canton de Genève, où les

périodes en question étaient encore ouvertes. On ne saurait dire par conséquent

que les nouvelles décisions rendues par le canton du Valais étaient manifestement

bien fondées, ce qui aurait été de nature à inciter le canton de Vaud à adapter

ses propres décisions.

8.

Les considérants qui précèdent conduisent le Tribunal à rejeter le

recours et à confirmer la décision attaquée.

Vu l’issue du recours, les frais seront mis à la

charge de la recourante, qui succombe (cf. art. 49 al. 1, 52 al. 1, 91 et 99

LPA-VD). L’allocation de dépens n’entre pas en ligne de compte (cf. art. 55 al.

1, 91 et 99 LPA-VD).

Par

ces motifs

la Cour de droit administratif et public

du Tribunal cantonal

arrête:

I.

Le recours est rejeté.

II.

La décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts, du

9.

juillet 2018, est confirmée.

III.

Les frais d’arrêt, par 15'000 (quinze mille) francs, sont mis à la

charge de A.________.

IV.

Il n’est pas alloué de dépens.

Lausanne, le 9 avril 2020

Le

président: Le

greffier:

Le présent arrêt est communiqué aux destinataires de

l'avis d'envoi ci-joint.

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa

notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000

Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des

articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS

173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss

LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,

indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.

Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit.

Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire,

pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la

décision attaquée.