Un bureau à contrôles nationaux juxtaposés est créé, sur le territoire français, en gare d’Annemasse. Les contrôles suisses et français concernant le trafic des voyageurs et assimilé (marchandises privées, échantillons commerciaux, petites quantités de marchandises de commerce, devises, papiers valeurs, etc.) sont effectués à ce bureau.
Ces contrôles peuvent également être effectués en cours de route dans les trains de voyageurs sur le parcours entre Annemasse et le premier arrêt en Suisse, respectivement entre le dernier arrêt en Suisse et Annemasse, sur les personnes et les biens qu’elles transportent.