Folgende Kommissionen, andere Organisationseinheiten (ohne Ämter) und Sachbereiche wechselten per 1. Januar 1999 die Direktion:
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- Kommission für die Prüfung der Gemeindeschreiber und deren Stellvertreter im Beurkundungsrecht: von der bisherigen Justizund Polizeidirektion zur Direktion des Innern
- Jagdkommission: von der bisherigen Forstdirektion zur Direktion des Innern
- Prüfungskommission für Jäger: von der bisherigen Forstdirektion zur Direktion des Innern
- Fischereikommission: von der bisherigen Forstdirektion zur Direktion des Innern
- Interkantonale Försterschule Maienfeld: von der bisherigen Forstdirektion zur Direktion des Innern
- Konkordatskommission Fischerei im Zugersee: von der bisherigen Forstdirektion zur Direktion des Innern
- Kantonale Schiesskommission: von der bisherigen Militärdirektion zur Sicherheitsdirektion (untersteht jedoch 1999/2002 dem Stellvertreter des Vorstehers der Sicherheitsdirektion)
- Verwaltungskommission des Winkelriedfonds: von der bisherigen Militärdirektion zur Sicherheitsdirektion (untersteht jedoch 1999/2002 dem Stellvertreter des Vorstehers der Sicherheitsdirektion)
- Kommission für den Steuerausgleich unter den katholischen Kirchgemeinden: von der bisherigen Erziehungsund Kultusdirektion zur Finanzdirektion
- Schlichtungsbehörde in Mietsachen: von der bisherigen Justizund Polizeidirektion zur Volkswirtschaftsdirektion
- Schlichtungsstelle für die Gleichstellung von Frau und Mann: von der bisherigen Justizund Polizeidirektion zur Volkswirtschaftsdirektion
- Sachbereich «Kultus»: von der bisherigen Erziehungsund Kultusdirektion zur Direktion des Innern
- Sachbereich «Aufsicht betreffend öffentliche Ruhetage und Öffnungszeiten der Verkaufsgeschäfte»: von der Finanzdirektion zur Volkswirtschaftsdirektion
- Sachbereich «Aufnahmeverfahren für die Brückenangebote»: vom Bildungsrat zur Volkswirtschaftsdirektion