Die Naturschutzzonen bezeichnen die Lebensräume von schutzwürdigen Tieren und Pflanzen. Die Naturschutzzonen umfassen die Inseln, die Trockenstandorte, die Feuchtgebiete mit Wasserstellen und die Umgebungsschutzgebiete.
Alle bestehenden oder sich bildenden Inseln, ohne die Stroppelinseln, werden der natürlichen Entwicklung des Flusslaufes überlassen. Die Pflege des Auenwaldes regelt § 7. Die Nutzung und das Betreten der Inseln und deren Ufer ist untersagt. Für eine beschränkte Anzahl namentlich bezeichneter Personen kann das BVU zum Zwecke des Unterhalts, der Naturbeobachtung und der Fischerei ein Betretungsrecht zugestehen. *
Die artenreichen Trockenstandorte entlang des Bahndammes sind durch entsprechende Bewirtschaftung zu erhalten.
Die bestehenden oder periodisch sich bildenden Wasserflächen sowie neu geschaffenen Wasserstellen in den Auenwaldgebieten sind geschützt und dürfen nicht zugeschüttet werden.
In demjenigen Feuchtgebiet, das militärisch genutzt werden kann, darf das Terrain verändert werden. Ein Teil der Fläche ist stets als offenes Gewässer zu belassen.
Das Umgebungsschutzgebiet ist Teil des Lebensraumes der Amphibien. Die militärische und teilweise landwirtschaftliche Nutzung ist zugelassen; sie ist jedoch auf die Bedürfnisse des Naturschutzes abzustimmen. Die Koordination erfolgt über die ständige Schutzkommission.
Die jeweils notwendigen und zweckmässigen Pflegemassnahmen werden von der ständigen Schutzkommission in einem Pflegeplan festgelegt und dem zuständigen Departement zur Genehmigung unterbreitet.