Die kantonale Naturschutzfachstelle sorgt in enger Zusammenarbeit mit dem Forstamt beider Basel, dem Landwirtschaftlichen Zentrum und den Grundeigentümern für die Betreuung und Pflege des Naturschutzgebietes gemäss §§ 17, 27 und 28 des Gesetzes vom 20. November 1991 über den Natur- und Landschaftsschutz.
Im Waldareal erfolgen Pflege und Aufsicht durch den Forstdienst. In gegenseitigem Einverständnis können Pflege und Aufsicht auch geeigneten Dritten übertragen werden.
Das Nutz- und Schutzkonzept für die Wald-Naturschutzgebiete «Stierengraben, Eselholden, Krintal und Müntel», Gemeinden Rünenberg, Rümlingen und Häfelfingen, vom 20. März 2003 mit zugehöriger Abgeltungsberechnung, bildet die Grundlage für Nutzung, Pflege und Unterhalt des geschützten Gebietes. Für den Wald sind die Schutzziele nach 25 Jahren von den beiden kantonalen Fachstellen gemeinsam mit den betroffenen Grundeigentümern zu überprüfen und bei Bedarf in gegenseitigem Einvernehmen anzupassen. Gleichzeitig ist die finanzielle Abgeltung allfälliger Mindererträge neu zu ermitteln und für die nächste Periode zu entrichten. Für Altholzinseln im Sinne von Totalreservatsflächen gelten die Schutzziele mindestens 50 Jahre.
Die den Schutzzielen entsprechende Pflege der Offenlandbereiche ist, soweit möglich, mittels Bewirtschaftungsvereinbarungen sicherzustellen.
Die Pflegearbeiten dürfen nur bei trockenem Wetter und bei trockenen Bodenverhältnissen ausgeführt werden. Um Gewässerverunreinigungen zu vermeiden, sind durch die Bewirtschafter jeweils die erforderlichen Vorsichtsmassnahmen zu treffen.