Die Dauerausstellung setzt sich zur Hauptsache aus originalen Skulpturen und anderen Bauteilen des Basler Münsters, einer Dokumentation zum Kloster Klingental, einem Modell der Stadt Basel und einer historischen Vogel Gryff-Maske zusammen.
Die Exponate der Dauerausstellung sind im Grossen Refektorium (Raum Nr. 7) und in der Klosterküche (Raum Nr. 8) im Erdgeschoss sowie in den Räumen Nr. 12 bis 18, Nr. 51 bis 53 und im Kleinen Refektorium (Raum Nr. 10) im 1. Obergeschoss ausgestellt.
Exponate, die nicht in der Dauerausstellung gezeigt werden können, werden in einem Depot sachgemäss aufbewahrt.