Für die Benutzung der Schweizerischen Rheinhäfen ist eine Hafenabgabe zu entrichten. In der Tarifordnung sind die Aufwendungen, insbesondere für Erstellung, Betrieb und Unterhalt der Anlagen, für Verzinsung und Abschreibungen, der Aufwand für die Hafenverwaltung sowie die Absicherung der Risiken zu berücksichtigen. Allfällige Mehrerträge sind zulässig.[3]
Die Hafenabgabe wird auf den Gütern erhoben, die mit Schiffen in die Rheinhäfen gelangen und daselbst umgeschlagen und weiterbefördert werden und die von der Landseite her in die Häfen gelangen und entweder auf Schiffen zur Weiterbeförderung umgeschlagen werden oder auf dem Landweg die Häfen wieder verlassen.
Die Hafenabgabe wird aufgrund der monatlichen Mitteilungen der Umschlagsfirmen an die Schweizerischen Rheinhäfen ermittelt. Dafür ist ausschliesslich das auf der Homepage der Schweizerischen Rheinhäfen abrufbare Meldeformular zu verwenden. Meldetermin ist der fünfte Arbeitstag des Folgemonates.