Bezüglich der Grenzabfertigung während der Fahrt umfasst die Zone für die Bediensteten des Nachbarstaates die gemäss Absatz 5 dieses Artikels bestimmten Züge auf dem im Gebietsstaat gelegenen Teil der Strecke Pontarlier–Neuchâtel und umgekehrt. Bei Bedarf kann sich die Grenzabfertigung auch auf die Strecke Frasne–Pontarlier und umgekehrt ausdehnen.
Im Bahnhof Neuenburg haben die französischen Bediensteten das Recht, nicht zugelassene oder festgenommene Personen und sichergestellte Waren und Beweismittel aus dem Zug in den ihnen zur Verfügung gestellten Raum zu verbringen und dort zu verwahren. Im Bahnhof von Pontarlier verfügen die schweizerischen Bediensteten über die gleichen Rechte. Der Bahnsteig, an dem der Zug hält, der Weg zwischen dem Zug und dem genannten Raum und der Raum selbst werden für Vornahme und Dauer dieser Handlungen als Zone betrachtet.
Abgewiesene oder festgenommene Personen und sichergestellte Waren oder Beweismittel werden mit dem nächsten Zug auf der Strecke Neuchâtel–Pontarlier und umgekehrt in den Nachbarstaat zurückgebracht.
Die Bediensteten der beiden Vertragsstaaten können Personen, die im letzten Zug festgenommen wurden oder denen die Einreise verweigert wurde, auf einem bewilligten Weg mit ihrem Fahrzeug an die Grenze führen. Das Fahrzeug und der bewilligte Weg werden als Zone betrachtet.
Die mit der Grenzabfertigung betrauten schweizerischen und französischen Behörden bestimmen im Einvernehmen mit den SBB und der SNCF die Züge, in denen die Grenzabfertigung während der Fahrt vorgenommen wird, und regeln die Durchführung dieser Abfertigung.