Die Mitglieder und die übrigen Sitzungsteilnehmerinnen und -teilnehmer sind verpflichtet, die Beratungen und Unterlagen vertraulich zu behandeln.
Die Mitglieder können die leitenden Gremien der Organisationen, die sie vertreten, über die Arbeit der MEBEKO und der Ressorts informieren. Protokolle dürfen nicht weitergegeben werden. Über die Weitergabe anderer Unterlagen entscheiden die MEBEKO, die Ressorts und die Subkommissionen von Fall zu Fall.
Informationen über einzelne Prüfungsfragen und Prüfungsergebnisse sowie über hängige Verfahren sind in jedem Fall vertraulich zu behandeln.
Verletzt ein Mitglied oder ein andere Person, die an der Sitzung teilgenommen hat, die Schweigepflicht, so trifft das EDI die notwendigen Massnahmen.