Die Zertifizierungsstelle kontrolliert die strukturellen Anforderungen im Rahmen des Erstzulassungsverfahrens.
Die Kontrolle der Warenflüsse, der Rückverfolgbarkeit und der Prozessanforderungen wird in den Verarbeitungs- und Veredelungsunternehmen mindestens alle zwei Jahre, in den Sömmerungsbetrieben mindestens alle vier Jahre durchgeführt. In Produktionsunternehmen wird sie anhand einer statistisch repräsentativen Stichprobe durchgeführt.
Bei den geschützten geografischen Angaben (GGA) wird der Test des Endprodukts jährlich anhand einer statistisch repräsentativen Stichprobe der Unternehmen durchgeführt. Bei den geschützten Ursprungsbezeichnungen (GUB) wird er mindestens einmal jährlich in jedem Produktions-, Verarbeitungs- oder Veredelungsunternehmen durchgeführt, welches das Endprodukt in Verkehr bringt. Wenn ein Unternehmen die Produktion mehrerer Akteure in Verkehr bringt, wird der Test des Endprodukts an einer Stichprobe der Warenlose jedes einzelnen Akteurs vorgenommen.
Unternehmen, welche Unregelmässigkeiten aufweisen, werden einer systematischen Nachkontrolle unterworfen.