L’organisme de certification contrôle les conditions structurelles lors de l’agrément initial de chaque entreprise.
Le contrôle des flux de marchandises, de la traçabilité et des conditions liées au processus est effectué au minimum tous les deux ans dans les entreprises de transformation et d’élaboration, et au minimum tous les quatre ans dans les exploitations d’estivage. Dans les entreprises de production, il est effectué sur un échantillon représentatif des entreprises.
Le test du produit final est effectué chaque année sur un échantillon représentatif des entreprises pour les indications géographiques protégées (IGP). Pour les appellations d’origine protégées (AOP), il a lieu au minimum une fois par année dans chaque entreprise de production, de transformation ou d’élaboration mettant le produit final sur le marché. Lorsqu’une entreprise met sur le marché la production de plusieurs opérateurs, le test du produit final doit être effectué sur un échantillon des lots de chaque opérateur.
Si une irrégularité est constatée, l’entreprise est recontrôlée systématiquement.