Das ISE besteht aus mindestens drei universitätsinternen stimmberechtigten Mitgliedern mit Ordinariat oder Extraordinariat. Die Mitglieder stammen aus der Theologischen Fakultät.
Über die Aufnahme und den Ausschluss von stimmberechtigten Mitgliedern entscheidet die Fakultätsversammlung der Theologischen Fakultät. Stimmberechtigte Mitglieder der Universität benötigen ein Doktorat oder eine noch höhere Qualifikation.
Das ISE kann auch Personen ausserhalb der Universität Luzern als Mitglieder aufnehmen. Dabei stellen die universitätsinternen stimmberechtigten Mitglieder die Mehrheit. Über Ausnahmen entscheidet die Fakultätsversammlung der Theologischen Fakultät.
Das ISE kann eine administrative Leiterin oder einen administrativen Leiter anstellen. Diese oder dieser ist Mitglied des Instituts.
Die Mitglieder können mittels Meldung an die Institutsleitung ihre Mitgliedschaft aufgeben. Die Austrittfrist für stimmberechtigte Mitglieder beträgt ein Jahr ab Meldung, anderweitige Abmachungen vorbehalten. Stimmberechtigungen entfallen mit dem Austritt. Die Mitgliedschaft endet in jedem Fall automatisch mit dem Ende des Arbeitsverhältnisses an der Universität Luzern.