Die Staatsanwaltschaft steht unter der Leitung der Generalstaatsanwältin oder des Generalstaatsanwaltes und gliedert sich in die Abteilungen Generalstaatsanwaltschaft, Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und organisierte Kriminalität, Staatsanwaltschaften Bischofszell, Frauenfeld sowie Kreuzlingen und Jugendanwaltschaft.
Die Abteilungen werden von der Generalstaatsanwältin oder vom Generalstaatsanwalt, von einer Oberstaatsanwältin oder einem Oberstaatsanwalt beziehungsweise von der leitenden Jugendanwältin oder dem leitenden Jugendanwalt geführt.