Die Betriebskommission BOA (BK BOA) koordiniert den Betrieb und die Weiterentwicklung von BOA, stellt die Einhaltung der Grundsätze nach § 20 sicher und entscheidet im Rahmen des Budgets über Anträge auf Ausweitung und Weiterentwicklung des Systems.
Sie besteht aus je einer Vertreterin oder einem Vertreter des GS DBU, des Amtes für Raumentwicklung (ARE), des Amtes für Umwelt (AfU), des AFI und des Amtes für Geoinformation (AGI).
Das GS DBU leitet die BK BOA und stellt die Geschäftsführung sicher.
Die Institutionen können über das GS DBU Anträge an die BK BOA stellen.
Bei Konflikten innerhalb der BK BOA entscheidet gemäss § 20 Abs. 1 der Informatikverordnung (ITV) der Steuerungsausschuss Informatik.