PSV ainsi que les médecins scolaires et les médecins référents se conforment aux directives annuelles de mise en oeuvre de la santé scolaire établies conjointement par les départements compétents.
Un groupe de référence est chargé, en tant qu'organe consultatif, d'examiner toute question relative à la santé scolaire et d'émettre des recommandations. Il est notamment composé du médecin cantonal, d'un représentant de la Société médicale du Valais (SMV), des médecins référents, ainsi que de la direction de PSV.
Le médecin référent a pour mission de soutenir les médecins scolaires dans leurs tâches médicales. Un médecin référent est nommé pour chaque région du canton (Haut-Valais, Valais central et Bas-Valais).
Le personnel infirmier gère les différentes tâches de dépistage, de prévention, d'information et d'éducation à la santé. En principe, seul le personnel infirmier diplômé est habilité à effectuer les activités de santé scolaire.