Kosten, die den Teilschulen aus der Auflösung des Konkordats entstehen, werden vom jeweiligen Standortkanton finanziert.
Die laufenden Kosten der Konkordatsorgane werden auch in der Zeit bis zur Auflösung gestützt auf Art. 20 Abs. 1 des PHZ-Konkordats zu gleichen Teilen von den Konkordatskantonen getragen.
In der Aufbauphase wurden die entstandenen Kosten von den Konkordatskantonen gestützt auf Art. 27 des PHZ-Konkordats nach Massgabe der Einwohnerzahl getragen. In sinngemässer Anwendung dieser Regelung wird vereinbart, alle Kosten, die in der Direktion oder beim Konkordatsrat für die Auflösung des Konkordats entstehen und die nicht über das laufende Budget finanziert werden können, nach dem Einwohnerschlüssel auf die Konkordatskantone umzulegen. Dazu zählen namentlich allfällige Aufwendungen für Abgangsentschädigungen, die gestützt auf das Luzernische Personalrecht zugunsten von Personal der Direktion ausgerichtet werden, Kosten für die Beauftragung Dritter mit Arbeiten für die Auflösung des Konkordats sowie alle Kosten für Arbeiten, die nach der Aufhebung des Konkordats anfallen.