ATA/1726/2019

1) A______ SA (ci-après : la société) est une société anonyme inscrite au registre du commerce de Genève, canton dans lequel elle a son siège. Elle a pour but statutaire toutes prestations médicales au chevet du patient.

2) La société emploie des médecins dont la plupart sont domiciliés en France et soumis à l’impôt à la source (ci-après : IS) en Suisse. Les médecins sont payés par la société, sur la base d’une rétribution de 42,25 % des honoraires acquittés par les patients. Dans le cas de patients de passage en Suisse, ceux-ci rétribuent toutefois directement le médecin par un « encaissé sur place » (ci-après : ESP), sans envoi de facture, la société prélevant une retenue forfaitaire de CHF 50.- par consultation à titre de frais administratifs.

3) Entre 2009 et 2014, l’administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) a régulièrement transmis à la société, en tant que débiteur de la prestation imposable (ci-après : DPI), des bordereaux d’IS, à savoir : le 19 mai 2009 pour l’IS 2008 (CHF 348'205.35), le 25 février 2010 pour l’IS 2009 (CHF 441'726.15), le 10 février 2011 pour l’IS 2010 (CHF 379'624.-), le 14 février 2012 pour l’IS 2011 (CHF 369'827.55), le 5 février 2013 pour l’IS 2012 (CHF 385'963.40) et le 11 février 2014 pour l’IS 2013 (CHF 448'091.-).

4) Le 21 octobre 2014, l’AFC-GE a informé la société de l’ouverture d’une procédure en rappel et soustraction d’impôt pour l’impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) et l’impôt fédéral direct (ci-après : IFD) 2004 à 2013.

5) Lors d’un contrôle effectué par l’AFC-GE du 11 au 13 novembre 2014 dans les locaux de la société, il est apparu que celle-ci n’avait pas soumis à l’IS les rétributions des ESP.

6) Par courrier du 5 décembre 2014, l’AFC-GE a informé la société de l’ouverture d’une procédure en rappel et soustraction de l’IS 2004 à 2013.

7) Lors d’un nouveau contrôle effectué par l’AFC-GE dans les locaux de la société les 18 et 19 décembre 2014, il est en outre apparu que les prestations soumises à l’IS avaient été imposées au taux annuel correspondant aux dites prestations.

8) Le 22 janvier 2015, l’AFC-GE a requis de la société de lui indiquer le nombre de jours de travail effectués pour chaque médecin pour les années 2004 à 2013.

9) Le 4 février 2015, la société a transmis à l’AFC-GE le tableau général des jours de consultation des différents médecins pour les années 2006 à 2013.

10) Le 24 mars 2015, les dirigeants de la société ont été reçus dans les locaux de l’AFC-GE.

11) Le 28 avril 2015, la société a fait suite à cet entretien et expliqué à l’AFC-GE les spécificités de sa situation, qui rendaient difficile la détermination du taux d’IS applicable. Les médecins qu’elle employait étaient payés à l’acte et travaillaient sur appel selon des durées variables, certains d’entre eux pouvant travailler deux jours par année, et d’autres plus de 230 jours. Leur taux d’activité dépendait de la fréquence à laquelle ils étaient sollicités et ne pouvait être déterminé à l’avance. D’autres facteurs, variables et imprévisibles, comme les saisons ou les épidémies, venaient en outre influer sur leur travail. Il n’existait pas de salaire annuel, mensuel, semestriel ou quotidien fixe, le mode de rémunération consistant en un pourcentage des honoraires encaissés, calculé en fonction des actes médicaux réalisés. Lorsqu’un patient ne s’acquittait pas de sa facture, elle ne percevait rien et le médecin non plus. Il en résultait un fréquent décalage entre le travail effectué et le montant de la rémunération, les factures qu’elle encaissait dans le mois pouvant concerner plusieurs mois de travail.

En raison de ces particularités, elle prélevait l’IS sur la base du salaire annuel. Pour ce faire, son système informatique effectuait chaque mois une correction du taux pour qu’en fin d’exercice le prélèvement de l’IS corresponde au taux annuel prévu pour la rémunération annuelle globale versée aux médecins concernés, étant précisé que certains médecins exerçaient également une autre activité professionnelle en parallèle, pour une entité de son groupe, une entité tierce ou en tant qu’indépendants en Suisse ou en France. D’ailleurs, la distinction entre les personnes ayant une activité accessoire et celles n’en ayant pas ne figurait pas dans la loi. Dans le premier cas, il appartenait au médecin concerné de l’indiquer et d’entreprendre les démarches nécessaires notamment d’un point de vue fiscal. Ce n’était qu’en 2014 qu’une nouvelle directive en matière d’IS incluait le principe d’annualisation et prévoyait une rubrique dans laquelle l’employé indiquait qu’il exerçait ou non une activité à temps complet, ce qui n’était pas le cas durant les périodes fiscales en cause. Au regard de la spécificité de son cas, elle partait ainsi du principe que les médecins avaient le cas échéant demandé une rectification et que le prélèvement final de l’IS était correct, ce dont elle ne pouvait être tenue pour responsable.

Pour les ESP, l’IS n’était pas prélevé, étant donné que les médecins étaient uniquement payés par les patients de passage, cette manière de procéder ayant été validée par les services de l’assurance-vieillesse et survivants (ci-après : AVS).

12) Par courriel du 29 juin 2015, l’AFC-GE a remis à la société une « ébauche de simulation des éventuels suppléments d’IS pour l’année 2013 », qui mentionnait les noms des collaborateurs concernés, les revenus annualisés pour le taux d’imposition sur la base de 240 jours de travail ainsi que le montant des ESP non déclarés.

13) Les 5 août, 20 et 23 décembre 2016, l’AFC-GE a informé la société de la clôture des procédures en rappel et soustraction pour l’IS 2006 à 2013.

Elle lui a notifié des bordereaux de supplément d’impôt de CHF 273'712.20 (2006), CHF 312'936.70 (2007), CHF 272'450.80 (2008), CHF 344'946.92 (2009), CHF 341'241.15 (2010), CHF 333'070.- (2011), CHF 448'474.94 (2012) et CHF 370'884.75 (2013). Elle a joint à ces bordereaux un tableau récapitulant, par médecin, les reprises, le nombre de jours travaillés, le montant des prestations déclarées ainsi que ce même montant annualisé sur 240 jours.

Elle lui a également notifié des bordereaux d’amende de CHF 91'237.- (2006), CHF 104'312.- (2007), CHF 90'817.- (2008), CHF 114'982.- (2009), CHF 113'747.- (2010), CHF 111'023.- (2011), CHF 149'491.- (2012) et CHF 123'628.- (2013). Pour la fixation de ces montants, il était tenu compte de ses explications, de l’incidence financière de la peine et de sa bonne collaboration, le montant de l’amende correspondant à un tiers de l’impôt soustrait.

14) Les 5 septembre 2016 et 20 janvier 2017, la société a élevé réclamation contre ces bordereaux, concluant à leur annulation.

Elle reprenait ses précédents arguments, précisant que certains de ses médecins exerçaient une autre activité en parallèle, soit pour une entité de son groupe, pour des entités tierces ou en tant qu’indépendants, en Suisse ou à l’étranger, ce dont il n’avait pas été tenu compte. Il était également inexact de prétendre que tous les médecins qu’elle employait travaillaient 240 jours par année, au regard de la spécificité et la pénibilité de la profession de médecin urgentiste, qui requérait de prendre en compte tout au plus 180 jours de travail par année. L’absence de base légale mentionnée dans les décisions litigieuses démontrait leur manque de fondement juridique, ce qui ne pouvait lui être imputé, pas davantage que le manque de clarté du système d’IS.

15) Par décision du 20 octobre 2017, l’AFC-GE a rejeté les réclamations de la société, confirmant les bordereaux de rappel d’impôt et d’amende pour l’IS 2006 à 2013.

Dans la mesure où ils constituaient une partie du revenu de l’activité lucrative dépendante des collaborateurs de la société, les ESP, d’un montant total de CHF 1'392'765.- de 2006 à 2013, devaient être soumis à l’IS, ce qui n’avait pas été le cas.

La société avait prélevé l’IS à des taux annuels correspondant aux prestations versées, quand bien même celles-ci n’avaient été réalisées que durant quelques jours par mois d’activité, de sorte que les taux appliqués s’étaient systématiquement révélés trop faibles, ce qui avait conduit, dans certains cas, à l’absence de tout prélèvement d’IS. S’agissant de revenus périodiques réguliers, ceux-ci auraient dû être convertis sur une année pour la détermination du taux d’imposition, étant précisé que les collaborateurs concernés n’effectuaient pour le compte de la société qu’un nombre de jours de travail limité durant l’année. Conformément à la pratique, il s’agissait de prendre en compte une base de 240 jours de travail par an, les spécificités de la profession ne permettant pas d’aboutir à un nombre inférieur. Étant donné que la société devait procéder aux retenues d’IS de manière adéquate, elle ne pouvait se défausser de sa responsabilité au motif que ses collaborateurs auraient dû lui signaler leurs autres sources de revenus.

Les amendes étaient également justifiées tant dans leur principe que dans leur quotité, dès lors que les organes de la société avaient fait preuve de négligence en omettant de prélever l’IS de manière suffisante, ce dont le montant de l’amende, fixé au minimum légal, tenait compte, ainsi que de leur bonne collaboration et de l’incidence financière de la peine.

16) Le 20 novembre 2017, la société a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) contre cette décision, concluant à son annulation ainsi qu’à celle des bordereaux y relatifs.

Elle reprenait les arguments figurant dans ses précédentes écritures, indiquant que l’AFC-GE avait fait fi des particularités de son cas, pourtant déterminantes pour le calcul de l’IS. L’annualisation pratiquée par l’AFC-GE ne reposait sur aucune base légale, les directives applicables jusqu’en 2013 ne la mentionnant pas non plus. Ce n’était que depuis 2014 que ce principe avait été consacré pour le contribuable exerçant plusieurs activités à temps partiel et que la formule y relative contenait une partie spécifique dans laquelle l’employé devait mentionner son taux d’activité et la perception d’un revenu de la part d’un ou de plusieurs employeurs. Ainsi, en l’absence de barème « à l’acte », elle avait prélevé l’IS sur la base du salaire annuel, ce qui permettait de prendre en compte de manière optimale le caractère variable des rémunérations perçues ainsi que des particularités de chaque cas. En tout état de cause, si une annualisation devait être retenue, elle devait se baser non sur 240 jours comme l’avait estimé l’AFC-GE, mais sur 120 jours, eu égard à la statistique fédérale de l’observatoire suisse de la santé, qui attestait que le taux d’activité des médecins de premier recours en médecine privée était de 50 % en cas d’activité dans un cabinet situé à proximité d’un centre universitaire.

La méthode de calcul de l’AFC-GE était en outre arbitraire et contraire à l’égalité de traitement, puisqu’elle avait appliqué, sans distinction, le procédé d’annualisation à tous les médecins, y compris à ceux travaillant exclusivement pour elle.

La décision relative aux ESP était également erronée, dès lors que les médecins étaient payés directement par les patients, de sorte qu’elle n’avait pas à prélever d’IS, une telle pratique ayant été admise par l’AVS.

S’agissant des amendes, elle ne devait pas supporter les conséquences du manque de clarté, voire des faiblesses juridiques du système d’IS, l’AFC-GE n’ayant jamais pu lui indiquer selon quelles modalités exactes devaient s’effectuer les prélèvements. Une éventuelle négligence de la part des médecins qui auraient rempli leurs déclarations de manière incorrecte ne pouvait pas non plus lui être imputée, dès lors qu’il ne lui appartenait pas de remettre en doute la véracité des indications fournies par ses employés ni de procéder à des investigations supplémentaires.

17) Le 26 février 2018, l’AFC-GE a conclu au rejet du recours.

S’agissant des ESP, les médecins ne pouvaient être considérés comme indépendants sous l’angle du droit fiscal, de sorte qu’il ne leur appartenait pas d’annoncer leurs revenus à ce titre. Il s’agissait de salaires versés par la société en tant qu’employeur, sur lesquels l’IS devait être perçu.

Au vu des dispositions légales applicables durant les périodes fiscales concernées, des annualisations devaient être effectuées pour déterminer le taux d’imposition applicable. Par ailleurs, dans la mesure où de nombreux médecins travaillaient plus de 120 jours, il ne se justifiait pas de retenir une telle base d’imposition.

18) Le TAPI a convoqué une audience de comparution personnelle des parties, qui s’est tenue le 12 septembre 2018.

a. Selon les représentants de l’AFC-GE, avant l’adoption de la directive de 2014, dans les cas d’emploi à temps partiel, elle ne se posait pas la question de savoir si l’employé travaillait également pour un autre employeur et annualisait systématiquement le taux, l’entrée en vigueur en 2014 de la nouvelle directive n’ayant pas modifié cette situation. Pour les employés à plein temps, les employeurs pouvaient rectifier en fin d’année l’imposition s’agissant du barème à appliquer, annuel ou horaire journalier, ce qui n’était pas le cas des employés à temps partiel. Dès qu’il y avait plus d’un employeur, le taux annualisé était applicable, en considération du fait que l’employeur principal ne pouvait pas connaître les éventuels autres employeurs. Une annualisation du taux évitait en outre qu’en fin d’année un employé ne se retrouve avec une imposition supplémentaire trop importante. En cas de doute, les employeurs la contactaient. S’agissant du risque qu’un patient ne paie pas ou seulement tardivement la facture qui lui était adressée, il était inhérent à toute activité professionnelle.

b. Les représentants de la société ont indiqué que, depuis 2001, la majeure partie de ses médecins étaient domiciliés à l’étranger.

19) Par courrier du 24 septembre 2018, l’AFC-GE a précisé qu’elle n’avait effectué aucune reprise s’agissant des médecins domiciliés à Genève, qui n’étaient pas soumis à l’IS. Entre son courriel du 29 juin 2015 et la clôture de la procédure en rappel et soustraction d’IS s’était écoulé plus d’un an, période durant laquelle la société ne lui avait fait parvenir aucune proposition.

20) Le 10 octobre 2018, la société a indiqué qu’elle avait eu connaissance de deux cas dans lesquels ses médecins, domiciliés à Genève, avaient fait l’objet de reprises. Par ailleurs, il n’était pas acceptable que l’AFC-GE effectue des reprises sur des médecins soumis à l’IS et à son égard, sous peine d’un paiement à double de l’impôt, pour le même revenu. L’AFC-GE n’avait pas non plus indiqué qu’elle rembourserait les contribuables concernés. En outre, l’AFC-GE n’était pas habilitée à ouvrir à son encontre une procédure en rappel d’impôt, qui ne pouvait être dirigée que contre le contribuable, le DPI étant, quant à lui, soumis à la procédure en paiement complémentaire, qui était désormais prescrite pour les années 2006 à 2008.

21) Les 19 novembre et 3 décembre 2018, l’AFC-GE a indiqué que pour les périodes fiscales 2006 et 2007, aucun bordereau n’avait été édité, dès lors qu’elle partait du principe que les listes récapitulatives des contribuables issues de son dossier informatique faisaient office de bordereaux. Les affirmations de la société étaient erronées, dès lors qu’une procédure en rappel et soustraction d’impôt pouvait être ouverte à l’encontre d’un employeur n’ayant pas prélevé l’IS sur le salaire de ses employés ou l’ayant prélevé de manière insuffisante. La prescription n’était ainsi pas acquise, les périodes fiscales litigieuses ayant déjà fait l’objet d’une taxation. Il en allait de même de la prescription des amendes. En outre, la présente procédure concernait uniquement les médecins soumis à l’IS et non ceux soumis au rôle ordinaire, étant précisé que deux procédures en rappel d’impôt ouvertes à l’encontre de médecins portaient sur les ESP, non inclus dans la procédure ouverte à l’encontre de la société.

22) Le 8 janvier 2019, la société a précisé que, dans les relations entre l’AFC-GE et le DPI, il n’existait pas de bordereaux, mais des décomptes. L’AFC-GE ne pouvait ainsi procéder par un rappel d’impôt qu’à l’encontre de taxations, soit dans sa relation avec le seul contribuable, et non la concernant en tant que DPI.

23) Par jugement du 14 janvier 2019, le TAPI a partiellement admis le recours de la société.

Pour l’IS 2006 et 2007, bien que l’AFC-GE ait qualifié la procédure de rappel d’impôt, il s’agissait d’un paiement complémentaire à l’IS insuffisamment perçu, en l’absence de décision fixant le montant de l’impôt préalablement notifiée à la société, pour lequel le délai de prescription, de cinq ans, était échu le 5 décembre 2014. Les bordereaux d’impôt devaient ainsi être annulés pour ces deux années. Il en allait différemment des autres années fiscales, pour lesquelles l’AFC-GE avait notifié à la société des bordereaux d’IS avant l’échéance du délai de prescription du droit de taxer. Il s’agissait dans ce cas d’un rappel d’impôt, dont le délai d’ouverture n’était pas échu et dont le bien-fondé n’était en outre pas contesté.

Les bases légales et réglementaires applicables permettaient de procéder à l’annualisation de revenus périodiques soumis à l’IS pour le calcul du taux d’imposition, que l’employé travaillât ou non à plein temps, le fait qu’avant 2014 les directives étaient muettes à ce sujet n’étant pas déterminant. La spécificité de la profession de médecin urgentiste ne changeait rien au fait que les revenus découlant des consultations se renouvelaient durant les années en cause, même s’il n’était pas possible de définir précisément cette régularité. La rémunération devait ainsi être qualifiée de périodique et être annualisée pour déterminer le taux d’imposition. Pour le calcul du taux, il devait être tenu compte d’une activité à plein temps, au regard du fait que les médecins de premier recours travaillaient plus de quarante-cinq heures par semaine, sur la base d’une durée annuelle de 231 jours correspondant aux jours travaillés par année à Genève. La société n’ayant pas procédé à une telle annualisation, elle avait effectué des retenues d’IS insuffisantes. Il en allait de même des ESP, qui étaient soumis à l’IS en tant que revenu de l’activité salariée, indépendamment de la dénomination du rapport juridique entre le médecin et la société et de l’avis des services de l’AVS, qui ne liait pas l’AFC-GE.

Le fait que l’AFC-GE ait annualisé le revenu de l’ensemble des médecins travaillant pour la société, sans égard à leur taux d’activité, pouvait certes paraître critiquable sous l’angle de l’égalité de traitement. Il n’en demeurait pas moins que les barèmes d’IS étaient limitativement prévus par la réglementation applicable et établis compte tenu d’un revenu horaire, mensuel ou annuel, un système tel que pratiqué par la société étant inconnu. Par nature schématique, les barèmes ne pouvaient prendre en compte la situation individuelle de chaque médecin.

S’agissant des amendes, elles n’étaient prescrites en application ni du nouveau ni de l’ancien droit, celles relatives aux années 2006 et 2007 n’entrant plus en considération. Durant les années en cause, la société avait prélevé des montants d’IS insuffisants, comme précédemment indiqué. Elle ne pouvait se prévaloir du manque de clarté des normes légales et des directives applicables et, en cas de doute, il lui appartenait de contacter l’AFC-GE, ce qu’elle n’apparaissait pas avoir fait. Ses organes avaient ainsi commis une faute, à tout le moins par négligence, qui lui était imputable. La quotité des amendes retenue par l’AFC-GE constituait la sanction minimale incompressible, et était confirmée.

24) Par acte du 15 février 2019, la société a recouru auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre ce jugement, concluant principalement à son annulation concernant les rappels d’impôt et les amendes pour l’IS 2008 à 2013 et à l'octroi d'une indemnité de procédure, subsidiairement à la modification des reprises en tenant compte de la base de calcul de 231 jours et à la modification des amendes en tenant compte de celle des reprises.

Elle reprenait ses précédents arguments, précisant que, contrairement à ce qu’avait retenu le TAPI, la période IS 2008 était prescrite, la procédure en rappel d’impôt ne pouvant être dirigée contre le DPI mais uniquement contre le contribuable, ce qu’elle avait du reste indiqué devant les premiers juges, qui avaient à tort considéré qu’elle n’avait pas contesté l’ouverture de la procédure en rappel d’impôt.

Il ne pouvait être question d’annualisation du revenu en considérant simplement qu’il suffisait a posteriori de demander une rectification de l’IS. En cette matière, il fallait au contraire tenir compte des principes constitutionnels, la charge fiscale des non-résidents ne devant pas différer de manière importante de celle des contribuables imposés selon la procédure ordinaire. À cela s’ajoutait qu’aucune disposition légale ne prévoyait une annualisation des revenus périodiques réguliers en cas d’assujettissement de moins d’une année. Une telle annualisation des revenus des médecins soumis à l’IS ayant une activité à temps partiel constituait en outre une inégalité de traitement par rapport à leurs confrères soumis à l’impôt ordinaire. La question de savoir si un médecin exerçait ou non une autre activité relevait de sa sphère privée et n’avait pas à être communiquée à son employeur, à qui il n’appartenait pas de mener des investigations à ce sujet. Subsidiairement, il convenait de retenir non pas 231 jours travaillés, mais bien 120 jours, sur la base de la statistique de l’observatoire suisse de la santé.

Le principe des amendes était contesté, en l’absence de faute commise, dès lors qu’il ne lui appartenait pas de supporter le manque de clarté et les faiblesses juridiques du système d’IS. Subsidiairement, le jugement du TAPI était erroné en tant qu’il maintenait en l’état, sans les corriger, les amendes relatives aux années 2008 à 2013, puisqu’il avait modifié la base de calcul retenue.

25) Le 20 février 2019, le TAPI a transmis son dossier, sans formuler d’observations.

26) Le 22 mars 2019, l’AFC-GE a conclu au rejet du recours.

Le litige ne portait pas sur le bien-fondé de l’ouverture de la procédure en rappel d’impôt, que la société n’avait pas contestée dans son recours au TAPI, mais évoqué en lien avec la qualité de contribuable dans des échanges ultérieurs d’écritures. En tout état de cause, le contribuable qui était partie à la présente procédure était bien la société, soit le DPI responsable du prélèvement correct de l’IS. Dès lors qu’elle avait notifié en date du 19 mai 2009 le bordereau d’IS 2008, la procédure ouverte le 5 décembre 2014 relevait de la procédure en rappel d’impôt, dont le délai de prescription n’était pas échu.

Les médecins travaillaient selon une grille horaire et une durée de travail convenues, de sorte que les revenus étaient obtenus de manière régulière pendant les périodes concernées ou acquis à intervalles réguliers. Le raisonnement du TAPI était fondé sur la législation en vigueur en matière d’IS, qui permettait de procéder à l’annualisation des revenus périodiques pour le calcul du taux d’imposition, la méthode proposée par la société ne reposant sur aucun fondement.

Une personne physique exerçant plusieurs activités à temps partiel se voyait imposer au rôle ordinaire sur la base du cumul des revenus, qui déterminait le taux, de sorte que dans un tel cas l’annualisation n’avait pas lieu d’être. Aux fins d’assurer le respect du principe de la capacité contributive des personnes imposées à l’IS exerçant plusieurs activités à temps partiel, chacune de ces activités était imposée pour elle-même, sans cumul, et donc annualisée, afin d’obtenir un taux correct. Le principe d’égalité de traitement était ainsi respecté, puisqu’elle opérait une rectification.

Elle se ralliait aux développements et conclusions du TAPI pour le surplus.

27) Le 29 mars 2019, le juge délégué a accordé aux parties un délai au 3 mai 2019 pour formuler toutes requêtes ou observations complémentaires, après quoi la cause serait gardée à juger.

28) Dans ses observations du 2 mai 2019, la société a persisté dans les conclusions et termes de son recours.

En alléguant devant le TAPI que le médecin était le contribuable et qu’elle était le DPI, elle avait contesté le bien-fondé de l’ouverture de la procédure en rappel d’impôt à son encontre. Contrairement à ce que prétendait l’AFC-GE, les bordereaux concernaient le contribuable, et non le DPI, qui se voyait remettre un décompte, de sorte que les dispositions en matière de rappel d’impôt ne lui étaient pas applicables.

29) Le 3 mai 2019, l’AFC-GE a indiqué au juge délégué qu’elle n’avait pas d’observations complémentaires à formuler, se réservant néanmoins le droit de dupliquer.

30) Invitée à se déterminer, l’administration fédérale des contributions (ciaprès : AFC-CH) ne s’est pas prononcée sur le recours.

31) Sur quoi, la cause a été gardée à juger.