Méthodes d'analyse et d'appréciation des cours d'eau. Diatomées Niveau R. Annexe

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> Méthodes d’analyse et d’appréciation des cours d’eau Diatomées Niveau R (région)

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Etat: juillet 2015

Publié par l’Office fédéral de l’environnement OFEV Berne, 2007

A1 > Liste des taxons avec leurs préférences autoécologique 61

> Annexe A1 Liste des taxons avec leurs préférences autoécologique

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Methoden zur Untersuchung und Beurteilung der Fliessgewässer. Kieselalgen Stufe F BAFU 2007 62

A2 Dossier photographique des taxons de diatomées les plus importants

Les photos de diatomées des 23 planches suivantes proviennent de cours d’eau suisses, à quelques rares exceptions près. Beaucoup de taxons pouvant être présents dans les exutoires de lacs et les écoulements de marais ont aussi été pris en considération. Les photos de diatomées sont censées représenter un grand nombre des taxons mentionnés dans la liste taxonomique (annexe A1), lesquels ont été utilisés, avec leurs formes, dans la base d'étalonnage de l'indice. Cependant, les planches ne constituent pas un ouvrage d’identification. Pour ce faire, le lecteur doit se référer aux ouvrages d’identification mentionnés au chiffre 3.3.

Les planches de diatomées de la seconde version, de juin 2014, sont basées sur celles de la première version. La révision comprend diverses corrections et un grand nombre de nouvelles désignations taxonomiques, ainsi que l'introduction de synonymes. Les espèces et leurs valeurs indicatrices D et G, ainsi que les planches ont en outre été l'objet de nombreuses discussions tenues au cours des ateliers annuels sur les diatomées (organisés par l'Association suisse pour l'étude de la microflore S.A.M. / A.S.E.M.). Les personnes suivantes ont participé plus spécialement à l'élaboration de la première, puis de la seconde version.

Première version:

> Prof. Horst Lange-Bertalot, Johann W. Goethe Universität, D-60054 Francfort > Gabi Hofmann, Hirtenstr. 19, D-61479 Schlossborn > Kurt Krammer, Hindenburgstr. 26A, D-40667 Meerbusch > Erwin Reichardt, Bubenheim 136, D-91757 Treuchtlingen > François Straub, PhycoEco, Laboratoire d’algologie, rue des XXII-Cantons 39, CH-

2300 La Chaux-de-Fonds

Seconde version:

> François Straub, PhycoEco, Laboratoire d’algologie, rue des XXII-Cantons 39, CH-

2300 La Chaux-de-Fonds

> Lukas Taxböck, Aachwiesen 8, CH-8599 Salmsach > Guido Erni, Lierenstrasse 74, CH-5417 Untersiggenthal

Nous remercions vivement ces personnes pour leurs contributions. Un remerciement tout particulier est adressé à:

Monsieur Erwin Reichardt, qui a fourni des photos des taxons Amphora inariensis, Navicula menisculus, Pinnularia microstauron et de nombreuses photos du genre Gomphonema. Monsieur Reichardt a apporté son soutien lors d’une rencontre de deux jours en novembre 2002 pour discuter de la délicate identification d’espèces autour de G. pumilum, G. angustum, G. micropus et d’autres formes. Le résultat de ces journées de travail est représenté par les planches 18 à 21.

A2 > Dossier photographique des taxons de diatomées les plus importants 63

Monsieur François Straub, qui a revu les deux versions avec la plus grande précision et qui a vérifié l'emploi des nouvelles dénominations. Ses nombreuses suggestions et remarques nous ont été très utiles. En outre, Monsieur Straub a traduit les commentaires des planches en français.

Monsieur Lukas Taxböck, qui a conçu la seconde version avec beaucoup d'engagement et de persévérance et qui a préparé bon nombre de nouvelles figures ou nous les a fournies à partir de son fonds photographique.

Monsieur Guido Erni pour ses nombreuses interventions au cours des ateliers annuels et pour les photos qu'il a mises à notre disposition.

Planche 1: fig. 1-25

Planche 1 Grossissement 1500x, trait = 10 μm DVNR D G

fig. 1-4 Aulacoseira granulata (EHRENBERG) SIMONSEN 6785 4.5 1 fig. 5 Aulacoseira ambigua (GRUNOW) SIMONSEN 6798 4 1 fig. 6-8 MeLesira varians J.G.AGARDH 6005 4.5 2 fig. 9-10 CycLestephanos dubius (FRICKE) ROUND 6943 fig. 11 Thalassiosira pseudonana HASLE et HEIMDAL 16098 4.5 1 fig. 12 Stephanodiscus neoastraea HAKANSSON et HICKEL 6796 fig. 13-16 Stephanodiscus alpinus HUSTEDT 1) 6795 fig. 17-18 Stephanodiscus hantzschii GRUNOW 6009 3.5 1 fig. 19-21 Stephanodiscus minutulus (KUETZING) CLEVE et MOELLER 2) 6226 4.5 1 fig. 22-25 Stephanodiscus parvus STOERMER et HAKANSSON 2) 6940 4 1

Remarques 1) Sur la figure 13, il pourrait s'agir de Stephanodiscus medius HAKANSSON. 6956 Par ailleurs les valves des figures 14-16 de Stephanodiscus alpinus représentent plutôt de petits exemplaires. 2) Il n'est pas simple de séparer les deux taxons en microscopie optique. Par focalisation et mise au point au centre de la valve, on peut différencier S. minutulus de S. parvus en observant son bombement. Par focalisation et mise au point, S. parvus apparaît plat.Par focalisation et mise au point au centre de la valve, on peut différencier S. minutulus de S. parvus en observant son bombement. Par focalisation et mise au point, S. parvus apparaît plat.

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Planche 2: fig. 1-30

Planche 2 Grossissement 1500x, trait = 10 μm DVNR D G

fig. 1-7 Cyclotella distinguenda HUSTEDT 6179 2 1 fig. 8-9 Cyclotella meneghiniana KUETZING 6002 6 1 fig. 10-11 Cyclotella costei DRUART et STRAUB 26891 2 1 fig. 12 Discostella pseudostelligera (HUSTEDT) HOUK et KLEE 1) 26895 fig. 13 Discostella stelligera (CLEVE et GRUNOW) HOUK et KLEE 1) 26897 fig. 14-16 Cyclotella radiosa (GRUNOW) LEMMERMANN 2) 6204 fig. 17-19 Cyclotella praetermissa LUND 2), 3) 6735 fig. 20-21 Cyclotella comensis sensu lato (Artengruppe) 4) 100083 2 1 fig. 22-30 Cyclotella ocellata PANTOCSEK 6936 2 1

Remarques 1) Le nouveau genre Discostella HOUK & KLEE a été décrit en 2004. Il a été fondé de manière satisfaisante sur des caractéristiques morphologiques et génétiques nouvelles. 2) HAKANSSON 2002 a proposé de déplacer certaines espèces de Cyclotella dans le nouveau genre Puncticulata. Ce nouveau genre n'a pas été adopté par les spécialistes pour l'instant. De ce fait, pour le DI-CH, les anciennes dénominations ont été maintenues. 3) Sur la figure 17, il pourrait aussi s'agir de Cyclotella bodanica GRUNOW. 6144 4) Le groupe d'espèces désigné par Cyclotella comensis recouvre beaucoup de morphotypes dont les positions taxonomiques sont incertaines.

Anciennes désignations fig. 10-11 Cyclotella cyclopuncta HAKANSSON et CARTER 1618⁵ 2 1 fig. 12 Cyclotella pseudostelligera HUSTEDT 6945 fig. 13 Cyclotella stelligera CLEVE et GRUNOW 6944 fig. 14-16 Cyclotella comta (EHRENBERG) KUETZING 6054

1 2 3 4 5 6 7

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Planche 3: fig. 1-78

Planche 3 Grossissement 1500x, trait = 10 μm DVNR D G

fig. 1-12 Achnanthidium minutissimum var. minutissimum (KUETZING) CZARNECKY 26060 3 0.5 fig. 13-14 Achnanthidium inconspicuum (OESTRUP) LANGE-BERTALOT 26062 1 4 fig. 15-16 Achnanthidium lineare sensu lato 1) 100225 1 8 fig. 17-23 Achnanthidium minutissimum var. jackii (RABENHORST) LANGE-BERT. 2) 26063 1 8 fig. 24-25 Achnanthidium straubianum (LANGE-BERTALOT) LANGE-BERTALOT 26088 2.5 1 fig. 26-31 Achnanthidium caledonicum (LANGE-BERTALOT) LANGE-BERTALOT 26010 1 8 fig. 32-37 Achnanthidium saprophilum (KOBAYASI et MAYAMA) ROUND & BUKHT. 3) 26065 7.5 4 fig. 38-40 Achnanthidium affine (GRUNOW) CZARNECKI 26000 2 4 fig. 41-45 Achnanthidium gracillimum (LANGE-BERTALOT) LANGE-BERTALOT 26061 1 1 fig. 46-58 Achnanthidium pyrenaicum (HUSTEDT) KOBAYASI 4) 26005 1.5 1 fig. 59-61 Achnanthidium delmontii PERES, LE COHU et BARTHES 5) 100244 1.5 1 fig. 62-66 Achnanthidium eutrophilum (LANGE-BERTALOT) LANGE-BERTALOT 6) 26024 3.5 2 fig. 67-78 Achnanthidium atomoides MONNIER, LANGE-BERTALOT et ECTOR 7) 26003 3 2

Remarques 1) A. lineare n'a jusqu'à présent pas été différencié d'A. minutissimum var. jackii. En 2011 le matériel type d'A. lineare a été révisé et plusieurs morphotypes ont été trouvés dans ce matériel. Mais ces variants ne peuvent être reconnus qu'à l'aide du microscope électronique à balayage. De ce fait pour le DI-CH, ce taxon est cité sous le nom d'A. lineare sensu lato. 2) Achnanthidium minutissimum var. jackii au sens du DI-CH, correspond à des valves plus petites et plus étroites qu'Achnanthidium minutissimum var. minutissimum. 3) Les valves des figures 35 et 36 sont atypiques, car leur pseudoraphé n'est pas lancéolé. Ces deux valves proviennent cependant aussi de stations d'épuration, dans lesquelles des populations d'Achnanthes minutissima var. saprophila ont été trouvées. 4) Sur les figures 55-58 il pourrait s'agir d'Achnanthes biasolettiana var. 16526 thienemannii (HUSTEDT) LANGE-BERTALOT. 5) Les photos ont été réalisées à partir du matériel type d'A. delmontii. 6) Le "vrai" A. eutrophilum a des stries radiales. Il reste à clarifier à quel taxon s'apparente A. eutrophilum au sens du DI-CH. 7) A. atomus HUSTEDT est une espèce qui a été décrite en Indonésie. Des formes européennes proches de ce taxon ont été citées par erreur sous ce nom. A. atomus au sens du DI-CH correspond à l'espèce A. atomoides décrite en 2004.

Anciennes désignations fig. 1-12 Achnanthes minutissima KUETZING 6014 3 0.5 fig. 13-14 Achnanthes minutissma var. inconspicua OESTRUP 16136 1 4 fig. 17-23 Achnanthes minutissima var. jackii (RABENHORST) LANGE-BERTALOT 6707 1 8 fig. 24-25 Achnanthes straubiana LANGE-BERTALOT 100003 2.5 1 fig. 26-31 Achnanthes minutissima var. scotica (CARTER) LANGE-BERTALOT 6267 1 8 fig. 32-37 Achnanthes minutissima var. saprophila KOBAYASI et MAYAMA 1613⁵ 7.5 4 fig. 38-40 Achnanthes minutissima var. affinis (GRUNOW) LANGE-BERTALOT 6173 2 4 fig. 41-45 Achnanthes minutissima var. gracillima (MEISTER) LANGE-BERTALOT 6240 1 1 fig. 46-58 Achnanthes biasolettiana GRUNOW 6139 1.5 1 fig. 62-66 Achnanthes eutrophila LANGE-BERTALOT 100103 3.5 2 fig. 67-78 Achnanthes atomus HUSTEDT 100084 3 2

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

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32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45

46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61

62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78

Planche 4: fig. 1-44

Planche 4 Grossissement 1500x, trait = 10 μm DVNR D G

fig. 1-2 Platessa conspicua (A.MAYER) LANGE-BERTALOT 26015 4 1 fig. 3-5 Karayeva clevei (GRUNOW) BUKTHIYAROVA 36098 3.5 2 fig. 6-9 Psammothidium grischunum (WUTHRICH) BUKTHYAROVA et ROUND 26030 fig. 10-13 Planothidium lanceolatum (BREBISSON) LANGE-BERTALOT 26048 4 1 fig. 14-23 Planothidium frequentissimum (LANGE-BERTALOT) LANGE-BERTALOT 1) 36209 6 1 fig. 24-42 Planothidium dubium (GRUNOW) ROUND et BUKTHIRAYOVA 26045 3 2 fig. 43-44 Planothidium rostratum (OESTRUP) LANGE-BERTALOT 2) 26051 4.5 1

Remarque