A.________, B.________ et C.________ /Municipalité de Prilly, Direction générale de l'environnement DGE-DIRNA, D.________, E.________

A.

A.________ et B.________ sont propriétaires des parcelles contiguës nos 28 et 41 de la commune de Prilly. Ces deux biens-fonds forment un parallélogramme sur un axe nord/est et sud/ouest. Située en aval (au sud), la parcelle n° 28, d’une surface de 2'590 m2, supporte un bâtiment d’habitation (n° ECA 1768), qui est relié au domaine public (chemin des Passiaux ; DP 15) par un chemin d’accès privé traversant la parcelle n° 41 (au nord). La parcelle n° 41, d’une surface de 2'159 m2, est libre de construction; elle est longée au nord/ouest par la parcelle n° 2039 et au nord/est par le chemin des Passiaux, sur lequel débouche la voie d’accès privée, soit à un endroit (angle nord/est de la parcelle n° 41) qui se trouve à proximité d’un important groupe d’arbres.

Ces parcelles sont colloquées en zone d'habitation de faible densité selon le Plan d’affectation général de la ville de Prilly et son règlement d’application, adoptés tous les deux le 10 juin 2020 par le département compétent.

Richement arborées, les parcelles nos 28 et 41 comportent une centaine d’arbres. Certains d'entre eux sont de grande taille; cinq ont été inventoriés comme arbres à potentiel remarquable par la Municipalité de Prilly en 2022 (soit deux platanes à feuilles d'érable [Platanus hispanica], un frêne commun [Fraxinus excelsior], un arbre de Judée [Cercis siliquastrum] et un érable plane [Acer platanoides]). Au nord de la parcelle n° 41, de part et d’autre du chemin d’accès privé débouchant sur chemin des Passiaux, se situent plusieurs groupes d’arbres, au sein desquels se distinguent par leur taille un pin noir [pinus nigra], un tilleul [tillia europea] et un érable plane [acer platanoïdes]. Le chemin d’accès privé existant (revêtu de pavés) passe sous la couronne de ces arbres.

B.

Les 27 septembre et 3 octobre 2023, la société C.________, en tant que promettante-acquéreuse des parcelles nos 28 et 41, a informé, par l’intermédiaire de son architecte, le Service d’urbanisme et constructions de la commune de Prilly (ci-après: le Service de l’urbanisme) d'un projet de construction de deux petits immeubles sur les parcelles nos 28 et 41 et ont présenté un avant-projet visant notamment à créer du côté nord du chemin privé existant une rampe d’accès à un parking souterrain commun.

Par courriel du 16 octobre 2023, le Service d’urbanisme relevait notamment ce qui suit:

"Un grand nombre d'arbres protégés sont présents sur les parcelles, dont quelques spécimens remarquables le long de la limite Nord-Ouest. Il très probable que la rampe d'accès au parking souterrain soit localisée dans le domaine vital de plusieurs de ces arbres. Si c'est le cas, elle doit être déplacée. Il faut également prendre en compte l'impact du chantier sur ces arbres, qu'ils soient sur les parcelles des propriétaires ou celles des voisins. Les arbres protégés qui devraient être abattus seront clairement représentés sur les documents, avec des propositions de remplacement. L'adaptation du projet sera favorisée par rapport à l'abattage des arbres, quand cela est possible."

Le 8 décembre 2023, l’architecte en question a produit différents plans, dont certains ont fait l'objet de diverses modifications par la suite.

Le 3 janvier 2024, l'architecte a adressé au Service de l’urbanisme un rapport de la société ******** Sàrl, à Morges, qui constatait le bon état sanitaire et la bonne pérennité des arbres situés à proximité du chemin d'accès pavé existant.

Le 19 février 2024, le Service de l’urbanisme répondait ce qui suit:

"La possibilité de réaliser tous les aménagements prévus dans le domaine vital des arbres protégés, notamment la rampe, reste un réel sujet ; la note succincte de M. ******** ne nous permet pas d'être rassurés quant à la possibilité réelle de réaliser ce projet sans porter atteinte aux arbres protégés. Par conséquent, nous souhaitons obtenir des compléments d'un.e spécialiste des arbres membre de l'Association suisse des soins aux arbres (www.assa.ch) précisant :

o L'emprise des domaines vitaux de tous les arbres protégés concernant par le chantier (y compris ceux situés sur fond voisin).

o Leurs chances de survies face à de tels travaux (devra se baser sur les plans d'enquête).

o Le cas échéant, la liste des mesures de protection à prévoir afin de garantir leur survie"

Dans un courriel du 2 avril 2024, il précisait:

"Protection des arbres : le rapport établi par ******** Sàrl joint au dossier n'est pas suffisant. Il me faut un rapport complet des arbres impactés par le projet, les tailles/et l'élagage prévu, le détail des arbres abattus (hauteur, état sanitaire à ajouter)".

C.

Le 18 mars 2024, une demande formelle de permis de construire a été déposée. Le projet de construction a été mis l'enquête publique du 18 mai au 16 juin 2024. Selon les plans, le projet prévoyait la démolition de la villa no ECA 1768 sur la parcelle n° 28 et la construction de deux immeubles d'habitation de trois niveaux, l’une sur la parcelle n° 28 et l’autre sur la parcelle n° 41. Il était prévu de supprimer le chemin d’accès privé existant. Les deux immeubles projetés seraient reliés en sous-sol par un parking commun accessible depuis le chemin des Passiaux par une rampe d'accès, laquelle passerait notamment sous la couronne du pin noir, du tilleul et de l’érable plane situés du côté nord/ouest de la parcelle n° 41. Les nouvelles canalisations eaux claires et eaux usées traversaient les parcelles d'est en ouest pour rejoindre les collecteurs communaux situés sur la route de Neuchâtel, en traversant, la bande forestière située du côté sud/ouest de la parcelle n° 28. L'abattage des sept arbres suivants était prévu (soit un noisetier, un houx, un if, un arbre de Judée, un forsythia, un noisetier et un thuya).

Par courriel du 5 juin 2024, l'architecte écrivait au Service de l’urbanisme ce qui suit:

"Suite à notre entretien, je vous transfère en pièce jointe les rapports complémentaires demandés concernant la protection des arbres de notre projet. Vous trouverez également le plan des aménagements extérieurs avec la proposition de plantation de trois arbres supplémentaires en limite de propriété Sud, que nous avons proposé aux voisins du Sud en réponse à leurs inquiétudes. Merci d'ajouter ces éléments au dossier en cas de nouvelles inquiétudes des voisins.

Pour rappel nous souhaitons préserver ce parc et ses arbres dans leur totalité. Les constructions sont positionnées à l'intérieur de la clairière afin de minimiser l'impact sur les arbres, car nous sommes convaincus que leur préservation est un atout majeur pour le projet et ses futurs habitants".

Un rapport de ******** Sàrl daté du 7 mars 2024 analysait la situation de trois arbres situés à proximité du chemin pavé existant (soit un pin noir d'Autriche [Pinus nigra Austriaca], un tilleul [Tilia europea] et un érable plane [Acer platanoïdes]). Il préconisait plusieurs mesures à prendre pour protéger les arbres pendant et après le chantier et indiquait également ce qui suit:

"Conclusions: au vu du type de revêtement [pavés], la rhizosphère s'est certainement étendue au-delà du chemin existant depuis de très nombreuses années. Des mesures de protection doivent être entreprises, pour préparer la rhizosphère à la création de la rampe d'accès au garage."

En juin 2024, A.________, B.________ et consorts ont déclaré faire opposition au projet de construction. Il en est allé de même de D.________.

D.

Le 17 juin 2024, le Service de l’urbanisme adressait deux courriels à l'architecte:

"Je vous écris concernant le plan des aménagements extérieurs et les rapports de l'Arboriste transmis à ma collègue, Mme ********.

Suite à l'analyse du dossier, j'ai retenu les points suivants :

- Abattage

o Deux arbres de moyen à grand développement (l'If et arbre de Judée).

o Deux arbres de petit à moyen développement.

o Trois grands arbustes.

- Ailes à gages (délimitation projetée de la couronne des arbres) :

o Deux zones : réduction des couronnes (arbre majeur)

o Une zone : réduction d'une partie du bosquet (Nord-Est de la parcelle).

Afin de pouvoir clarifier et valider votre proposition dans le respect du Règlement communal sur la protection des arbres ainsi que de la nouvelle loi LPrPNP, je vous prie de compléter le plan des aménagements extérieurs avec le relevé des arbres existants, arbustes ou/bosquets (au moins tous les arbres majeurs qui se trouvent dans les zones concernées par l'élagage ou pour lesquels le domaine vital sera touché). Pour les arbres à planter, il faut également préciser ces catégories au moins (arbres, haies vives ou arbustes)."

"Je vois que dans le diagnostic complémentaire d'arboriste, il y a 3 d'autres arbres d'essences majeures à abattre. Cela fait au total 5 arbres d'essences majeurs à abattre. Il est important que ceux-ci figurent sur le plan des aménagements extérieurs (Arbre à abattre, protégé et non protégé selon le Règlement communal de protection des arbres). En vous remerciant par avance pour la mise à jour du plan et avec mes meilleures salutations (…)"

Le même jour, l'architecte répondait ce qui suit:

"Veuillez trouver en pièce jointe le plan des aménagements extérieurs complété avec les indications selon notre entretien. Merci de nous indiquer si ce plan vous convient pour clarifier les arbres à couper et ceux à protéger. Effectivement, il y a une erreur dans le rapport de l'arboriste : les deux grands platanes (n°5 et n°6) ainsi que le grand frêne (n°7) ne seront pas coupés. L'arboriste corrigera son rapport et nous vous le transmettrons également."

Le 18 juin 2024, le service faisait parvenir à l'architecte un courriel dont la teneur était la suivante:

"Je vous remercie pour l'information concernant les 3 arbres au sud-ouest de la parcelle et le plan mis à jour. Effectivement, on voit mieux les couronnes des arbres.

Cependant, on n'a pas l'information sur les autres arbres, notamment ceux au nord-est de la parcelle. Le rapport de l'arboriste du 07.03.24 mentionne les mesures de protection racinaire (matelas pédologique, phasage des travaux) pour les 3 arbres principalement touchés (Pinus nigra Austriaca, Tilia europea, Acer platanoides). Cependant, il ne précise pas leur chance de survie après les travaux.

Nous avons besoin de voir clairement dans quelle mesure les interventions vont toucher le domaine vital de chaque arbre. À partir de là, un pronostic sur la survie de l'arbre doit être donné et les mesures de protection adéquates définies.

Par ailleurs, ce même rapport fait apparaître un plan avec un relevé des arbres existants avec les noms complets. Pour faciliter notre analyse, nous vous prions de nous le communiquer."

Le 26 septembre 2024, une séance s’est tenue à la demande des opposants d'abord sur place, puis dans les locaux de l'autorité imitée. À cette occasion, les opposants ont été entendus en présence des constructeurs et de leur représentant. Le Service de l’urbanisme a répété qu'il manquait des informations au dossier et a indiqué que l'atteinte au domaine vital des arbres semblait avérée. Une liste de précisions à faire figurer dans le rapport de l'arboriste quant aux arbres présents sur la parcelle a été annexée au procès-verbal (essence, hauteur, circonférence, âge approximatif, interventions projetées, mesures de protection, délimitation du domaine vital).

Le 28 juin 2024, la Direction générale de l'environnement (ci-après: la DGE) a invité la promettante-acquéreuse à faire établir une expertise propre à confirmer ou écarter la présence d'un biotope digne de protection.

C.________ a répondu à cette demande en mandatant la société ******** Sàrl, à ********, laquelle a établi le 24 juillet 2024 un rapport concluant à ce qui suit:

"Le projet prend forme sur deux parcelles déjà en partie aménagées. Aucune espèce particulière ou milieu jugé digne de protection n'est présent. Les valeurs naturelles sont tout de même à prendre en compte et reposent de prime abord sur les boisés qui seront préservés, exceptés quelques buissons sans intérêt biologique particulier. Les valeurs écologiques impactées sont les structures favorables pour la faune et une zone de gazon plutôt riche en espèces indicatrices de milieux maigres et secs.

Les mesures proposées au chapitre 5 permettent d'atténuer ces impacts en déplaçant: ou en recréant des structures et de la prairie diversifiée. De plus, la lutte contre les espèces envahissantes améliorerait la qualité biologique de ces parcelles. La plantation d'essences indigènes tout comme le respect des valeurs naturelles par la suite sont primordiaux pour proposer un projet en harmonie avec la biodiversité des lieux."

E.

Le 2 décembre 2024, la CAMAC a adressé à la Municipalité de Prilly la synthèse no 229456, dont il ressort notamment que la Direction des ressources et du patrimoine naturels, Division Ressources en eau et économie hydraulique - Eaux de surface (ci-après: la DGE/DIRNA/EAU/EH6) avait refusé de délivrer l’autorisation spéciale requise, au motif que la gestion des eaux claires n’était pas conforme à la législation en la matière.

Quant à la Direction des ressources et du patrimoine naturels, Division Biodiversité et paysage (DGE/DIRNA/BIOD14), elle indique qu'elle aurait, cas échéant, préavisé favorablement le projet à certaines conditions impératives :

" Ce projet a fait l'objet d'une expertise biologique afin de préciser l'éventuelle existence de milieux naturels ou d'espèces dignes de protection au sens de la Loi fédérale sur la protection de la nature (LPN, 451) et de son ordonnance (OPN, 451.1). La DGE-BIODIV note qu'aucun milieu naturel digne de protection ou de biotope protégé selon la LPN et son ordonnance n'ont été trouvés.

Protection du patrimoine naturel et paysager : conforme sous conditions

[…]

- Conditions et charges:

1. les mesures préconisées au chapitre 5 de l'expertise biologique seront suivies par le porteur du projet.

2. la Commune s'assure que toute la végétation protégée et impactée par le projet est décrite de manière complète sans rien oublier. Les arbres d'une circonférence égale ou supérieur à 40 cm (12. 7 cm de diamètre) sont protégés par le droit cantonal (RLPrPNP, annexe 3). La Commune veille à ce que la végétation protégée soit correctement décrite selon l'art. 19 alinéa 3 RLPrPNP (photographies, localisations, essences, hauteurs, âges approximatifs, diamètres des troncs), que chaque demande d'abattage soit pleinement justifiée au sens de l'art. 15 LPrPNP et que des plantations compensatoires soient prévues (localisations, essences, hauteurs) pour chaque demande d'abattage. Elle procède, sur la base d'un dossier complet et sans incohérence, à la pesée complète des intérêts et statuera sur les compensations.

3. les travaux devront être prévus de telle manière que les arbres et arbustes ne soient pas supprimés pendant la période de reproduction des oiseaux : aucune intervention entre les mois de mars et de juillet inclus.

4. un spécialiste en soins aux arbres veillera à suivre les travaux et à appliquer la norme VSS 40 577. Une attention particulière est portée aux chapitres 24. 3 « Excavations et travaux de fouille dans la zone racinaire » et 24.4 « Dommages à la couronne ». Toutes les mesures de protection des domaines vitaux des arbres à préserver sont mises en place sur le terrain. Aucun dépôt (matériels, machines, outils, véhicules, matériaux terreux, déchets, etc.), ne pourra être réalisé, même temporairement, sous la couronne des arbres à préserver pendant toute la durée du chantier. Les mesures de protection des zones racinaires décrites dans le rapport de l'arboriste conseil sont à charge du porteur de projet. Les travaux d'ajustement des couronnes des arbres se feront en période de repos de la végétation.

5. comme prévu dans les mesures 5.2. 3 et surtout 5. 3.4 de l'expertise biologique, les éclairages extérieurs veilleront à minimiser leur impact sur la faune en appliquant la norme SIA 491:2013 «Prévention des émissions inutiles de lumière à l'extérieur».

6. comme prévu dans le mesure 5. 3. 1 de l'expertise biologique, l'arrachage et la lutte contre les plantes exotiques envahissantes est intégré au projet. - Contrôle : à la suite des travaux et pendant 3 ans, un contrôle doit être effectué par le maître d'ouvrage pour constater qu'aucune plante exotique envahissante ne s'est développée sur les surfaces réaménagées. En cas d'apparition de ces plantes, les travaux d'élimination seront entrepris à la charge du maître de l'ouvrage.

Oppositions : ce préavis tient compte des oppositions."

Le 17 décembre 2024, la constructrice a produit plusieurs documents, dont un rapport établi les 17 octobre et 25 novembre 2024 par ******** Sàrl, accompagné d’un inventaire détaillé et rectifié des arbres, précisant leurs caractéristiques botaniques et morphologiques. Ce rapport relatif aux préconisations de protection des arbres relève qu’afin d’évaluer l’impact des travaux sur les arbres, des sondages avaient été effectués uniquement dans les zones où les constructions seraient en conflit avec le domaine vital des arbres, c’est-à-dire vers la rampe d’accès au sous-sol, tout en rappelant que le domaine vital correspond à la projection de la couronne plus 1.5 m (norme SIA 318). Les sondages avaient permis de constater ce qui suit :

"Seul les zones A-2 etA-3 possèdent une densité de racines élevées, avec des racines colonisatrices jusqu'à 5 cm.

· Le chemin n'a pas freiné l'expansion des systèmes racinaires de la plupart des arbres, même s'il est apparu bien après.

· Son épaisseur est faible, ce qui a probablement aidé les arbres en conservant une zone encore explorable sous la grave.

· La réaction des arbres est très différente selon l'essence. L'érable n'a pas été gêné par ce revêtement, et il a mis en place des racines charpentières sous le chemin. Le tilleul n'a par contre pas généré beaucoup de racines. Certainement dû au type de milieu qui ne lui est pas favorable, mais peut-être aussi dû à des racines sectionnées à l'époque de la construction du chemin et qui ne se sont jamais régénérées. Au sujet du pin noir, il a développé ses racines directement sous les pavés, dans la grave.

· Le hêtre n'a apparemment pas réussi à passer au-delà du chemin. Pas de racines visible à proximité.

· La zone du chemin situé entre les sondages A-1 et A-2 ne sera pas impacté par une future construction. Si des racines sont présentes sous les pavés, elles pourront être conservées. Comme le milieu situé sur la parcelle voisine est de type forestier, il est probable que les arbres ont plus cherché à développer les racines là où il y a le plus de nourriture à disposition. On le voit également avec la forte densité de racines du hêtre sur le sondage A-l, puisqu'une bonne partie de la surface censée être explorée est constitué du revêtement en pavés.

· Le domaine vital des arbres est difficilement définissable, lorsque l'environnement de l'arbre a été anthropomorphisé, et que les racines doivent se faire un autre chemin pour explorer. On peut donc ne pas les trouver là où l'on pense qu'elles seront.

· Le chemin ne sera pas une protection suffisante contre le tassement du sol durant le chantier, dû à sa faible épaisseur."

Des plans modifiés datés du 9 décembre 2024 ont également été produits. Il en résulte une réduction de l’emprise du sous-sol et de la rampe d'accès, le déplacement de cette même rampe de 1.61 m pour l'éloigner des arbres (sans empêcher toutefois qu’elle passe sous leur couronne) et la modification du tracé des canalisations, lesquelles ne passaient désormais plus par la zone forestière situ. de la parcelle no 28 mais rejoignaient le tracé de la canalisation eaux usées préexistantes à l'extrémité de la limite sud-est de la parcelle no 41.

F.

Par décision du 2 avril 2025, la Municipalité de Prilly (ci-après : la municipalité) a refusé de délivrer le permis de construire requis pour les motifs suivants:

"a. La Direction des ressources et du patrimoine naturel, Division Ressources en eau et économie hydraulique – Eaux de surface (DGE/DIRNA/EAU/EH6) ayant refusé d'octroyer l'autorisation spéciale requise, la Municipalité ne peut délivrer le permis de construire selon les art. 120 et 121 LATC.

b. Les travaux projetés portent atteinte au patrimoine arboré au sens de l'art. 14 LPrPNP et de l'art. 15 RLPrPNP. La dérogation selon l'art. 19 RLPrPNP ne peut être appliquée, l'impératif de construction n'est pas reconnu pour la rampe d'accès au parking, l'emprise du parking souterrain, l'implantation des angles sud-ouest et sud-est du bâtiment sur la parcelle no 28, l'angle Est pour le bâtiment sur la parcelle no 41 ainsi que les raccordements des nouvelles canalisations."

La municipalité relevait avoir sensibilisé l'architecte dès ses premiers échanges avec le Service de l’urbanisme sur l'impact important de l’accès aux bâtiments projetés sur le patrimoine arboré alentour. Elle estimait que ledit projet pouvait s'adapter afin de garantir la sauvegarde du patrimoine arboré sans perdre de droits à bâtir et que, de ce fait, l'impératif de construction ne pouvait être retenu. La municipalité soulignait également que les modifications proposées par l'architecte (déplacement de la rampe d’accès au parking et la réduction d’environ 40 m2) étaient insuffisantes pour garantir la protection des végétaux voisins.

G.

Par acte du 13 mai 2025, A.________, B.________ et C.________ ont interjeté recours à la fois contre la décision rendue le 2 avril 2025 rendue par la municipalité et contre le refus de délivrer l’autorisation spéciale prononcé le 2 décembre 2024 par DGE/DIRNA/EAU/EH6, en concluant en substance à la réforme des décisions en ce sens que le permis de construire était désormais accordé. Subsidiairement, les recourants concluent à l’annulation desdites décisions et au renvoi de la cause aux autorités en cause pour complément d'instruction et nouvelle décision.

Dans son écriture du 20 juin 2025, la Direction générale de l’environnement (DGE) a indiqué avoir pris connaissance des pièces produites par les recourants dans le cadre de son recours et avoir rendu, sur cette base, une nouvelle décision en ce sens que la DGE/IRNA/EAU/EH6 délivrait l’autorisation spéciale requise, moyennant le respect d’une série de conditions en matière de gestion des eaux claires.

Dans sa réponse du 4 juillet 2025, la municipalité a conclu au rejet du recours et, par courrier du 17 juillet 2025, a pris acte de la nouvelle décision de la DGE/DIRNA/EAU/EH6 du 20 juin 2025, qu’elle ne contestait pas.

Le 31 octobre 2025, les recourants ont répliqué, tout en relevant que la problématique du refus de l’autorisation spéciale était désormais réglée, vu la nouvelle décision de la DGE. Pour le surplus, ils ont confirmé leurs conclusions.

Le 12 décembre 2025, la municipalité a dupliqué.

Le 16 décembre 2025, la Direction générale de l'environnement (DGE) a déclaré renoncer à se prononcer sur les éléments du recours relatif au patrimoine arboré, rappelant que la position exprimée dans la synthèse CAMAC n'avait que valeur de préavis, la protection du patrimoine arboré relevant de la compétence de la municipalité.

D.________, d’une part, et le groupe d’opposants voisins, d’autre part, ont conclu au rejet du recours.