CDAP - AC.2017.0460 - 2019-01-09 - A., B., C., D., E., F., G., H., I., J., K., L., M., N./Municipalité de Lignerolle, Direction générale des immeubles et du patrimoine, O., Direction générale de l'environnement (DGE)

1.

Les recourants soulèvent un grief formel tiré du "manque de neutralité décisionnelle de la Municipalité".

a) aa) Les recourants exposent que le constructeur O.________ est l'ancien syndic de la commune de Lignerolle. Il a exercé ses fonctions avec les membres actuels de la Municipalité durant plusieurs années. Il a été remplacé par son fils qui est l'actuel conseiller municipal en charge de l'urbanisme. Lors de la procédure d'opposition, les recourants ont demandé la récusation du municipal P.________. Il leur a été répondu que P.________ ne participerait pas à la prise de décision.

Sur requête du juge instructeur, l'autorité intimée a produit le 11 septembre 2018 les procès-verbaux des séances municipales consacrées à l'examen du projet litigieux et à la prise des décisions dont est recours. Dans son courrier d'accompagnement, elle a précisé que, lors de la séance du 7 novembre 2017 également, P.________ avait quitté la salle de séance, même si cela n'était pas mentionné dans le procès-verbal. A cette date, en effet, la secrétaire municipale, en arrêt de travail, avait été remplacée par une secrétaire temporaire qui avait omis de préciser ce point.

bb) Les recourants soutiennent en outre que c'est la Municipalité toute entière qui aurait dû se récuser "en raison d'un parti pris évident en faveur du projet de son ex-syndic". Ils font valoir que cette prévention a dépassé le stade des apparences, au sens de l'art. 9 let. e de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), et s'est manifestée à plusieurs reprises: l'enquête principale a eu lieu du 24 décembre 2016 au 22 janvier 2017, soit en pleines fêtes de fin d'année; l'autorité intimée a renoncé à la pose des gabarits durant l'enquête principale et ne l'a exigée que pour l'enquête complémentaire, alors que celle-ci ne porte pas sur le volume des bâtiments et que les voisins ne peuvent plus soulever de griefs y relatifs; l'autorité intimée a "attendu des mois avant de statuer sur le permis de construire (la synthèse CAMAC date de mars 2017) pour permettre au constructeur de modifier son projet sur des points jugés non règlementaires".

b) L'art. 29 al. 1 Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement.

A teneur de l'art. 9 LPA-VD, toute personne appelée à rendre ou à préparer une décision ou un jugement doit se récuser si elle a un intérêt personnel dans la cause (let. a), ou si elle pourrait apparaître comme prévenue de toute autre manière, notamment en raison d'une amitié étroite ou d'une inimitié personnelle avec une partie ou son mandataire (let. e). Cette disposition n’offre pas de garanties plus étendues que l’art. 29 al. 1 Cst (cf. TF 2C_975/2014 du 27 mars 2015 consid. 3.4).

L’article 65a de la loi du 28 février 1956 sur les communes (LC; BLV 175.11) prévoit ce qui suit :

"1 Un membre de la municipalité ne peut prendre part à une décision ou à une discussion lorsqu'il a un intérêt personnel ou matériel à l'affaire à traiter. Il doit se récuser spontanément ou, à défaut, être récusé par un membre de la municipalité ou par le collège. La municipalité statue sur la récusation.

2 Les décisions sur la récusation et sur l'affaire à traiter sont prises à la majorité des membres restants de la municipalité.

3 Il est fait mention de la récusation au procès-verbal et sur l'extrait de décision.

4 Si le nombre des membres restants de la municipalité est inférieur à la majorité absolue, l'article 139a s'applique."

Selon la jurisprudence, le droit conféré par l'art. 29 Cst. permet notamment d’exiger la récusation des membres d’une autorité administrative dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur leur indépendance ou leur impartialité; il tend à éviter que des circonstances extérieures à l’affaire ne puissent influencer une décision en faveur ou au détriment de la personne concernée. La récusation peut s’imposer même si une prévention effective du membre de l’autorité visée n’est pas établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l’apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale. Cependant, seules des circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération; les impressions purement individuelles d’une personne impliquée ne sont pas décisives (cf. ATF 134 I 20 consid. 4.2 et les arrêts cités; ATF 127 I 196 consid. 2b; ATF 125 I 119 consid. 3b; TF 2C_975/2014 du 27 mars 2015 consid. 3.1).

La jurisprudence du Tribunal fédéral considère (v. arrêt 2C_831/2011 du 30 décembre 2011; dans le même sens pour la jurisprudence cantonale: AC.2014.0400 du 20 mai 2015 consid. 3; AC.2006.0213 du 13 mars 2008 consid. 3) que de manière générale, les dispositions sur la récusation sont moins sévères pour les membres des autorités administratives que pour les autorités judiciaires. Contrairement à l’art. 30 al. 1 Cst. (qui ne concerne que les procédures judiciaires), l’art. 29 al. 1 Cst. n'impose en effet pas l'indépendance et l'impartialité comme maxime d'organisation d'autorités gouvernementales, administratives ou de gestion et n'offre pas, dans ce contexte, une garantie équivalente à celle applicable aux tribunaux (cf. TF 2C_975/2014 du 27 mars 2015 consid. 3.2;2C_127/2010 du 15 juillet 2011 consid. 5.2; ATF 125 I 209 consid. 8a p. 217 s.). S'agissant des membres des autorités administratives, s'applique cependant le principe d'impartialité, qui fait partie de la garantie d'un traitement équitable; l'essentiel réside alors dans le fait que l'autorité n'ait pas de prévention, par exemple en adoptant un comportement antérieur faisant apparaître qu'elle ne sera pas capable de traiter la cause en faisant abstraction des opinions qu'elle a précédemment émises (ATF 138 IV 142 consid. 2.3). De manière générale, il doit y avoir récusation dès que, pour une raison ou une autre, il est plausible que le membre de la municipalité puisse avoir, de par une confusion d'intérêts, une opinion préconçue. La récusation est obligatoire; elle sera en principe spontanée (Bulletin du Grand Conseil [BGC] 2005, avril 2005, p. 9113; arrêt CCST.2009.0008 du 5 février 2010 consid. 5e).

Il résulte de ce qui précède que la portée de l'obligation de se récuser n'est pas la même suivant le type d'autorité : pour les autorités administratives, elle peut être réduite selon la nature de la fonction, dans la mesure où l'exercice normal de la compétence en cause implique cette réduction (Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, vol. II, 3ème éd., ch. 2.2.5.2, p. 27). En ce qui concerne les autorités administratives, la récusation ne touche en principe que les personnes physiques composant les autorités, et non l'autorité en tant que telle (cf. TF 1C_555/2015 du 30 mars 2016;2C_305/2011 du 22 août 2011 consid. 2.5; ATF 97 I 860 consid. 4 p. 862). Le Tribunal fédéral a relevé à cet égard que la récusation doit rester l'exception si l'on ne veut pas vider la procédure et la réglementation de l'administration de son sens. Il a ajouté que tel doit a fortiori être le cas lorsque la récusation vise à relever une autorité entière des tâches qui lui sont attribuées par la loi et qu'aucune autre autorité ordinaire ne peut reprendre ses fonctions (ATF 122 II 471 consid. 3b p. 477).

L'exposé des motifs relatif à la révision de la LC du 20 novembre 2012, qui a modifié l'art. 65a al. 1 LC, souligne que l'existence d'intérêts financiers – et pas seulement celle de liens d'amitiés ou familiaux – peut suffire à justifier une obligation de récusation (EMPL n° 453, BGC 2012-2017, Tome 2, Conseil d'Etat, p. 318; voir aussi David Equey, La réforme de la loi vaudoise sur les communes, RDAF 2013 I 231ss, 246).

Conformément à l'art. 10 al. 2 LPA-VD, les parties qui souhaitent demander la récusation d'une autorité ou de l'un de ses membres doivent le faire dès la connaissance du motif de récusation. Cette disposition correspond à la teneur de la jurisprudence du Tribunal fédéral en matière de récusation selon laquelle, si un justiciable entend faire valoir une situation d'incompatibilité, respectivement un motif de récusation en relation avec la composition irrégulière d'une autorité, il doit invoquer ce motif dès qu'il en a connaissance, sous peine d'être déchu du droit de s'en prévaloir ultérieurement (ATF 140 I 271 consid. 8.4.3; 139 III 120 consid. 3.2.1; 138 I 1 consid. 2.2; 134 I 20 consid. 4.3.1 et les arrêts cités).

c) aa) Il convient d'abord d'examiner la compétence du tribunal pour traiter ce grief.

Dans un arrêt récent (AC.2016.0045 du 11 avril 2017 consid. 2 in fine), qui a fait l'objet sur ce point d'une procédure de coordination au sens de l'art. 34 du règlement organique du Tribunal cantonal du 13 novembre 2007 (ROTC, BLV 173.31.1), la Cour a admis sa compétence, et écarté celle du Conseil d'Etat fondé sur l'art. 145 LC, pour statuer sur le grief de récusation de membres d'un conseil communal ou d'une municipalité dans le cadre d'un recours contre une décision relevant de sa compétence au fond. Pour les motifs indiqués dans l'arrêt précité, il s'ensuit que, conformément à la pratique suivie avant l'entrée en vigueur de la modification de la LC du 20 novembre 2012 (cf. notamment AC.2010.0314 du 21 juin 2012; AC.2011.0158 du 7 mai 2012; AC.2005.0235 du 20 novembre 2006) ainsi que dans un arrêt plus récent (AC.2017.0052 du 30 juin 2017), le tribunal est compétent pour connaître des griefs tels que celui soulevé en l'espèce, qui portent sur l'impartialité d'un membre de la Municipalité ou de celle-ci dans son ensemble pour statuer sur une demande de permis de construire.

bb) En ce qui concerne la demande de récusation de la Municipalité dans son ensemble, on rappelle qu'il s'agit d'une autorité administrative, de sorte que la récusation ne touche en principe que les personnes physiques qui en sont membres et non l'autorité elle-même (pas de récusation en corps; voir la jurisprudence citée ci-dessus). D'ailleurs, selon une jurisprudence constante, l'autorité communale compétente ne doit pas même se récuser lorsque la procédure d'autorisation porte sur un projet de la commune (ATF 143 II 588 consid. 3.2 p. 596 et réf.). En l'occurrence, il s'ajoute à cela que les représentants de l'autorité intimée se sont expliqués, lors de l'audience, sur les circonstances dans lesquelles les recourants voient des indices de partialité (cf. procès-verbal d'audience, p. 5 en bas et 6). La demande de récusation en corps doit donc être rejetée.

Pour ce qui est du rôle du municipal P.________, fils du constructeur, l'autorité intimée a produit les procès-verbaux des séances municipales consacrées à l'examen du projet litigieux et à la prise des décisions dont est recours (séances du 19 décembre 2016, du 9 janvier 2017, du 16 janvier 2017, du 7 novembre 2017, du 4 décembre 2017 et du 5 février 2018). Les procès-verbaux indiquent que P.________ a "quitté la séance", à l'exception de celui de la séance du 7 novembre 2017, lors de laquelle la demande de mise à l'enquête complémentaire a été acceptée. L'explication de l'autorité intimée tirée du fait qu'une autre personne a fonctionné comme secrétaire municipale à cette occasion (étant précisé que la signature correspondante figurant sur le procès-verbal de dite séance est effectivement différente de celle apposée sur les autres documents) est plausible. En outre, le Syndic a confirmé, lors de l'audience, que le municipal P.________ n'avait pas assisté à la partie de la séance du 7 novembre 2017 qui avait été consacrée au projet litigieux. Dans ces conditions, compte tenu aussi du fait que P.________ s'est récusé lors des séances précédentes et lors des suivantes, il serait formaliste à l'excès de retenir, au seul motif que le procès-verbal ne fait pas état de sa récusation, contrairement à ce que prescrit l'art. 65a al. 2 LC, que P.________ a participé à ladite séance et d'annuler pour cette raison les décisions dont est recours.

Le grief doit partant être rejeté.

2.

Les recourants font valoir que le plan d'affectation est obsolète.

a) Les recourants relèvent que le plan général d'affectation (PGA) de la commune de Lignerolle date de 1995, alors que cette commune a depuis lors été inscrite à l'Inventaire fédéral des sites construits d'importance nationale à protéger en Suisse (ISOS) comme village d'importance nationale, un premier relevé datant d'octobre 2006. La deuxième version du relevé, toujours en vigueur, a été établie en janvier 2011. Les recourants en concluent que le PGA est obsolète, de sorte qu'un contrôle incident s'imposerait en l'espèce.

b) Selon la jurisprudence, le contrôle incident ou préjudiciel d'un plan d'affectation dans le cadre d'une procédure relative à un acte d'application est en principe exclu. Un tel contrôle est néanmoins admis, à titre exceptionnel, lorsque les conditions d'un réexamen des plans au sens notamment de l'art. 21 al. 2 de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 22 juin 1979 (LAT; RS 700) sont réunies (cf. ATF 121 II 317 consid. 12c p. 346). Aux termes de l'art. 21 al. 2 LAT, lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées, les plans d'affectation feront l'objet des adaptations nécessaires; une modification sensible des circonstances au sens de l'art. 21 al. 2 LAT peut être purement factuelle, mais également d'ordre juridique, comme une modification législative (cf. ATF 144 II 41 consid. 5.1 p. 44 s. et les références citées; 127 I 103 consid. 6b p. 105).

L'art. 21 al. 2 LAT prévoit un examen en deux étapes: la première déterminera si les circonstances se sont sensiblement modifiées au point de justifier un réexamen du plan: si le besoin s'en fait réellement sentir, il sera adapté, dans une deuxième étape (cf. ATF 144 II 41 consid. 5.1 p. 44 s.; 140 II 25 consid. 3 p. 29).

Selon l'ATF 144 II 41, l'entrée en vigueur de la novelle de la LAT du 15 juin 2012 – en particulier l'obligation de réduire les zones à bâtir surdimensionnées (art. 15 al. 2 LAT) – ne constitue pas à elle seule une modification sensible des circonstances justifiant de procéder à un contrôle préjudiciel du plan; il faut que s'y ajoutent d'autres circonstances, parmi lesquelles la localisation de la parcelle par rapport à la zone à bâtir existante, le niveau d'équipement ou encore l'âge du plan (consid. 5.2).

Dans l'arrêt 1C_308/2017 du 4 juillet 2018 qui concernait la commune de Concise, le Tribunal fédéral a admis la nécessité de procéder à un contrôle préjudiciel au regard d'un "cumul rare d'éléments susceptibles de justifier une modification de la planification" (consid. 3.2.2). Il a relevé, outre l'entrée en vigueur de la novelle de la LAT du 15 juin 2012, le fait que le plan des zones datait de 1980 – et dépassait ainsi largement l'horizon des 15 ans pour la détermination des besoins en zones constructibles –, la localisation de la zone industrielle – où devait être réalisé le projet litigieux –excentrée par rapport au village, au sein d'une vaste zone agricole et viticole, ce qui n'était guère compréhensible, ainsi que l'inscription en tant que village d'importance nationale à protéger, lors de la révision de l'ordonnance du 9 septembre 1981 concernant l'ISOS (OISOS; RS 451.12). Cette inscription constituait également une circonstance étrangère à la situation ayant prévalu lors de l'adoption du plan des zones communal.

c) En l'occurrence, le PGA est nettement plus récent que celui de la commune de Concise, puisqu'il date de 1995. On ne saurait dire par ailleurs que la zone à bâtir où le projet litigieux doit être réalisé soit "incongrue", comme dans l'affaire à la base de l'arrêt 1C_308/2017. Au contraire, les parcelles nos 129 et 394 sont bordées de terrains construits, de sorte qu'il n'y a a priori pas lieu, sous l'angle des règles sur l'aménagement du territoire – la question de la protection par l'ISOS étant abordée plus loin –, d'en exclure toute construction (voir, dans le même sens, ATF 144 II 41 consid. 5.3 p. 47; arrêt AC.2017.0192 du 29 août 2018 consid. 2c). La commune de Lignerolle a certes été inscrite à l'ISOS après l'adoption de la planification communale. Pour autant, il n'y a pas en l'espèce de cumul de circonstances de nature à imposer un contrôle incident, comme cela était le cas dans l'affaire 1C_308/2017. Compte tenu du caractère exceptionnel du contrôle préjudiciel, il convient donc de s'en tenir à la règle selon laquelle le contrôle incident de la planification est exclu.

Le grief tiré de l'absence de contrôle incident doit donc être rejeté.

3.

Les recourants font valoir que le projet est situé sur des parcelles devant être déclassées.

a) Les recourants relèvent que, selon un document édité par le Service du développement territorial (SDT) en juillet 2017, Lignerolle fait partie des 169 communes "hors centre" du canton de Vaud qui doivent réviser – jusqu'au 20 juin 2022 – leur PGA en raison du surdimensionnement des zones à bâtir, pour se conformer à la 4ème adaptation du Plan directeur cantonal mettant en œuvre les dispositions de la LAT révisée en 2014. En effet, selon un document intitulé "Population résidante permanente des communes, Vaud, 31.12.2014, et croissance accordée par la mesure A11 du PDCn jusqu'en 2036", édité par le SDT, la population maximale admissible dans la commune de Lignerolle jusqu'au 31 décembre 2016 est de 456 habitants. Au 31 décembre 2017, la population communale s'élevait déjà à 417 habitants. Par conséquent, la réalisation du projet litigieux aurait pour effet d'absorber la quasi-totalité du potentiel de développement communal.

De l'avis des recourants, la parcelle no 129 fait "typiquement partie des surfaces hors du territoire urbanisé communal qui doivent être déclassées" d'ici juin 2022. En outre, à supposer que tel ne soit pas le cas et qu'elle doive être incluse dans le territoire urbanisé, elle devrait être colloquée dans une zone inconstructible. Les recourants se réfèrent à une fiche d'application du SDT intitulée "Comment traiter les zones à bâtir d'habitation et mixtes excédant les besoins à 15 ans ou peu adéquates pour le développement?", qui préconiserait de rendre totalement ou partiellement inconstructibles les secteurs concernés par un objectif de protection des sites construits, selon l'ISOS. De plus, le village de Lignerolle fait partie d'un périmètre actuellement à l'étude, dans lequel existe un risque de laves torrentielles, de glissements de terrains permanents et d'effondrements. La réalisation du projet litigieux impliquerait d'importantes excavations, avec des risques de déstabiliser le terrain, et poserait dès lors un problème de nature sécuritaire. Les recourants font valoir que, dans ces conditions, l'autorité intimée devait refuser le permis de construire sollicité, en se fondant sur l'art. 77 LATC ou en adoptant une zone réservée communale. Avec leur écriture du 31 octobre 2018, ils ont d'ailleurs produit une copie d'un article du journal "Le Régional Nord vaudois" du 18 octobre 2018, dont il ressort que le Conseil communal de Lignerolle a accordé le 15 octobre 2018 un crédit de 15'000 fr. afin d'entamer une étude préliminaire en vue de la révision du PGA.

b) L'art. 77 al. 1 LATC – disposition qui reste applicable en l'espèce, puisqu'elle était en vigueur lorsque l'autorité intimée a statué (cf. arrêt AC.2017.0237 du 29 novembre 2018 consid. 2) – prévoit que le permis de construire peut être refusé par la municipalité lorsqu'un projet de construction, bien que conforme à la loi, aux plans et aux règlements, compromet le développement futur d'un quartier ou lorsqu'il est contraire à un plan ou à un règlement d'affectation communal ou intercommunal envisagé, mais non encore soumis à l'enquête publique. Dans les mêmes conditions, le département peut s'opposer à la délivrance du permis de construire par la municipalité lorsqu'un plan cantonal d'affectation ou une zone réservée sont envisagés. La décision du département lie l'autorité communale.

Le refus du permis de construire sur la base de cet article s'apparente à une mesure provisionnelle qui doit empêcher que la réalisation d'un projet conforme à une réglementation devenue inadaptée ne compromette la révision de cette dernière (TF 1C_197/2009 du 28 août 2009 consid. 5.1). L’application de l’art. 77 LATC suppose que l’intention de réviser la réglementation en vigueur ait fait l’objet d’un début de concrétisation, au moins sous la forme d'études préliminaires, et que la révision réponde à un réel besoin de planification (TF 1C_694/2013 du 31 janvier 2014 consid. 2.2;1C_197/2009 du 28 août 2009 consid. 5.1; arrêts AC.2008.0230 du 18 septembre 2009 consid. 3a et b; AC.2009.0030 du 6 août 2009 consid. 1a; AC.2008.0074 du 27 mars 2009 consid. 5 et les arrêts cités). L’autorité doit avoir exprimé une volonté claire de modifier la planification en vigueur, ce qui peut résulter d'une décision municipale, d'un vote du conseil de la commune ou du mandat d'étude confié à un bureau d'urbanistes (arrêt AC.2006.0036 du 20 décembre 2006 consid. 3b). La révision doit de surcroît répondre à un réel besoin de planification (TF 1C_696/2013 du 31 janvier 2014 consid. 2.2; TF 1C_22/2012 du 30 août 2012 consid. 7).

D'après la jurisprudence relative à l'art. 77 LATC, si la loi reconnaît à la municipalité un large pouvoir d'appréciation dans l'application de cette disposition, cette autorité n'est pas libre d'agir comme bon lui semble. L'autorité ne peut ni renoncer à exercer son pouvoir d'appréciation ni faire abstraction des principes constitutionnels régissant le droit administratif, notamment la légalité, la bonne foi, l'égalité de traitement et l'interdiction de l'arbitraire. Dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation, l'autorité est également liée par des critères qui découlent du sens et du but de la réglementation applicable (AC.2016.0305 du 3 août 2017 consid. 2c/aa et les références). La municipalité doit tenir compte de la situation juridique au moment où elle statue et ne saurait donc se fonder sur le seul critère temporel du moment où la demande de permis de construire a été déposée ou mise à l'enquête pour autoriser celui-ci (AC.2016.0305 du 3 août 2017 consid. 2c/bb; AC.2017.0223 du 27 juin 2018 consid. 2d).

Même si la formulation de l'art. 77 LATC est potestative, l'exercice du pouvoir d'appréciation par la municipalité n'est donc pas discrétionnaire et fait l'objet d'un contrôle par l'autorité judiciaire (cf. Raymond Didisheim, Le permis de construire face à l'adaptation des plans et règlements en droit vaudois de la construction, RDAF 2010 I 6). Le Tribunal cantonal peut notamment contrôler, en cas d'octroi d'un permis de construire dans un secteur pour lequel un nouveau plan d'affectation est en voie d'élaboration, si le choix de la municipalité de ne reconnaître à ce projet aucun effet anticipé négatif résulte d'un exercice correct de son large pouvoir d'appréciation. Ainsi, la Cour de céans a récemment considéré, dans un cas d'espèce, que la municipalité avait fait un mauvais usage de son pouvoir d'appréciation et qu'elle aurait dû refuser de délivrer le permis de construire compte tenu des caractéristiques particulières du projet (AC.2017.0223, AC.2017.0224 du 27 juin 2018 consid. 2d).

Le Département, par l'intermédiaire du Service du développement territorial (SDT), peut également s'opposer à la délivrance du permis de construire en se fondant sur l'art. 77 LATC. Tel est en particulier le cas lorsque les zones à bâtir d'une commune sont surdimensionnées et que la délivrance du permis de construire par la commune concernée péjorerait la procédure de redimensionnement des zones à bâtir en cours ou à venir (arrêt AC.2017.0071 du 15 août 2017 consid. 3; Plan directeur cantonal [PDCn], 4ème adaptation, mesure A11, p. 51, qui mentionne toutefois l'art. 134 LATC).

c) En l'occurrence, c'est à tort que les recourants soutiennent que l'autorité intimée aurait dû refuser le permis de construire en se fondant sur l'art. 77 LATC. En effet, lors du prononcé de la décision attaquée, les travaux relatifs à la révision de la planification générale n'avaient selon toute vraisemblance pas encore débuté, puisque c'est seulement récemment qu'un crédit a été voté en vue d'effectuer une étude préliminaire. Dès lors, les conditions d'application de l'art. 77 LATC ne sont pas réunies, si bien qu'il n'y a pas lieu d'examiner si l'autorité intimée a correctement exercé son pouvoir d'appréciation. Par ailleurs, la Municipalité n'a en l'espèce pas manifesté son intention d'instaurer une zone réservée qui comprendrait les parcelles concernées, de sorte qu'on ne saurait lui faire grief de favoriser le projet litigieux au détriment d'autres propriétaires de la zone à bâtir (cf. à titre de comparaison arrêt AC.2017.0223, 2017.0224 précité où la CDAP a estimé que la municipalité aurait dû refuser le permis de construire en faisant application de l'art. 77 LATC, parce qu'elle avait manifesté l'intention d'établir une zone réservée sur l'ensemble des zones à bâtir communales). On relèvera encore que, bien qu'il exerce une surveillance depuis le mois de janvier 2016, le SDT ne s'est pas opposé à la délivrance du permis de construire au motif qu'il entraverait le redimensionnement des zones à bâtir communales. Pour le surplus, il n'est pas nécessaire d'interpeller cette autorité, qui dispose d'un outil adéquat de surveillance, pour connaître les motifs pour lesquels elle ne s'est pas opposée au projet (voir, dans le même sens, arrêt AC.2017.0192 précité consid. 2c).

S'agissant par ailleurs du risque de laves torrentielles, de glissements de terrains permanents et d'effondrements, il est de jurisprudence constante que la municipalité n'est tenue d'exiger un rapport géologique et géotechnique que si des indices sérieux font penser que le terrain ne se prête pas à la construction ou qu'il impose des précautions spéciales. En principe, les investigations et les travaux nécessaires à la réalisation d'une étude géotechnique (travaux de sondage, essais en laboratoire, établissement d'un rapport comprenant la synthèse des résultats des sondages et des essais, ainsi que les conclusions et propositions pour les fondations et fouilles) font partie des prestations relatives à l'établissement des plans d'exécution de l'ouvrage; ces travaux impliquent un investissement qu'il n'est pas raisonnable d'exiger avant que le droit de construire sur le terrain ne soit sanctionné par le permis de construire, attestant que toutes les prescriptions des plans et règlements d'affectation sont respectées et que les objections d'éventuels opposants ont été examinées. Il est ainsi contraire au principe de la proportionnalité d'exiger au stade de la procédure de demande de permis de construire l'établissement d'un rapport géologique et géotechnique complet (arrêt AC.2016.0268 du 12 février 2018 consid. 3a/aa et les arrêts cités). L'autorité intimée ne devait donc pas non plus refuser le permis de construire au motif que le terrain ne se prêterait pas à la construction en raison de risques géologiques.

Les griefs des recourants doivent être rejetés.

4.

Selon les recourants, le projet porte atteinte de manière inacceptable aux qualités du site.

a) Les recourants relèvent que, dans la zone de village, les restrictions générales des art. 9.1 et 9.3 RPAPC sont renforcées par l'art. 2.13, aux termes duquel les "transformations ou constructions nouvelles doivent s'intégrer harmonieusement parmi les bâtiments voisins, notamment en ce qui concerne la volumétrie, les teintes, le nombre de niveaux, la pente, la forme et l'orientation des toitures".

Selon les recourants, la principale caractéristique du village est de s'articuler autour d'une "poche verte centrale". Le maintien de cet espace en tant que verger et prairie est préconisé par l'ISOS. Les relevés ISOS décrivent en effet Lignerolle comme "un village […] avec noyau centré autour des édifices publics en aval se ramifiant en cellule rurale en amont. Poche verte centrale servant d'articulation". Les parcelles sur lesquelles les constructions projetées doivent prendre place sont incluses dans le périmètre bâti 1. Celui-ci est désigné comme "Emprise du tissu de l'agglomération agricole, bâti dense et faiblement organisé s'échelonnant, 18e-20e s., articulé par un espace vert intérieur agrémenté de vergers". Il est au bénéfice d'un objectif de sauvegarde A, ce qui signifie que tant sa substance que son état existant doivent être préservés (cf. art. 27 al. 1 let. a des directives du Département fédéral de l'intérieur concernant l'Inventaire fédéral des sites construits d'importance nationale à protéger en Suisse ISOS du 1er décembre 2017 [DISOS]). La réalisation du projet porterait une atteinte grave à ce site protégé. Il y aurait un intérêt public prépondérant à ce que les deux parcelles nos 129 et 394 restent vierges de nouvelles constructions, intérêt public mis en lumière par l'opposition du SIPAL, le soutien apporté au présent recours par l'association Patrimoine Suisse - Section vaudoise, ainsi que la pétition signée par 93 habitants du village durant l'enquête publique.

Par ailleurs, les bâtiments projetés ne s'intégreraient pas dans le site en raison de leur architecture et de leur volumétrie qui ne sont en rien semblables à celles des bâtiments alentour, en violation de l'art. 2.13 RPAPC. En effet, le projet prévoit la construction de deux bâtiments identiques de cinq niveaux sur une même courbe de niveau. Aucune construction à Lignerolle ne présente ces caractéristiques: le nombre d'étages maximum est de quatre et les constructions épousent la topographie (en pente) du terrain. Le rapport entre les vides et les pleins des façades n'est pas non plus cohérent par rapport au bâti existant. Le projet prévoit d'importantes surfaces vitrées, ainsi que de terrasses et de balcons, qui ne se retrouvent nulle part ailleurs dans les bâtiments villageois. La toiture des bâtiments accueillera des panneaux solaires qui seront particulièrement visibles. Les aménagements extérieurs "très bétonnés" s'intégreront mal. La présence de bâtiments "d'une architecture moderne et banale au milieu de ce village préservé et constitué d'édifices recensés des XVIIIe et XIXe siècles serait extrêmement choquante, ce d'autant plus que les constructions prendraient place sur un terrain pentu au centre du village, ce qui les rendrait extrêmement visibles". Au nombre de ces édifices figure en particulier la cure, sise sur la parcelle no 134 contiguë, qui est recensée en note 2 et inscrite à l'inventaire cantonal des monuments au sens des art. 49 ss de la loi cantonale du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS; BLV 450.11).

b) aa) Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (TF 1C_450/2008 du 19 mars 2009 consid. 2.4), une construction ou une installation s'intègre dans l'environnement lorsque son implantation et ses dimensions n'affectent ni les caractéristiques ni l'équilibre du site et si, par sa forme et les matériaux utilisés, elle en respecte l'originalité. Selon la jurisprudence, il incombe au premier chef aux autorités municipales de veiller à l'aspect architectural des constructions; elles disposent à cet égard d'un large pouvoir d'appréciation (ATF 115 Ia 114 consid. 3d, 363 consid. 3b; arrêt AC.2012.0032 du 24 août 2012 consid 1a et réf). Dans ce cadre, l'autorité doit cependant prendre garde à ce que la clause d'esthétique ne vide pas pratiquement de sa substance la réglementation de la zone en vigueur (ATF 115 Ia 114 consid. 3d; 114 Ia 343 consid. 4b). Certes, un projet peut être interdit sur la base de l'art. 86 LATC ou ses dérivés quand bien même il satisferait par ailleurs à toutes les dispositions cantonales et communales en matière de construction. Toutefois, lorsque la réglementation applicable prévoit que des constructions d'un certain volume peuvent être édifiées, une interdiction de construire fondée sur l'art. 86 LATC ou ses dérivés – par exemple en raison du contraste formé par le volume du bâtiment projeté avec les constructions existantes – ne peut se justifier que par un intérêt public prépondérant (ATF 115 Ia 363 consid. 3a; 115 Ia 118 consid. 3d; 114 Ia 345 consid. 4b; 101 Ia 213 consid. 6c); tel sera par exemple le cas s’il s’agit de protéger un site, un bâtiment ou un ensemble de bâtiments présentant des qualités esthétiques remarquables, qui font défaut à l’immeuble projeté ou que mettrait en péril sa construction (TF 1C_57/2011 du 17 octobre 2011 consid. 3.1.2 et les réf.; arrêt AC.2011.0045 du 1er février 2012 consid. 2b; Benoît Bovay et al., Droit fédéral et vaudois de la construction, 4e éd., Bâle 2010, n. 2.1.1 ad art. 86 LATC). L’autorité doit motiver sa décision en se fondant sur des critères objectifs et systématiques – ainsi les dimensions, l’effet urbanistique et le traitement architectural du projet –, l'utilisation des possibilités de construire réglementaires devant apparaître déraisonnable et irrationnelle (ATF 115 Ia 114 consid. 3d; 114 Ia 345 consid. 4b; 101 Ia 213 consid. 6c).

En tous les cas, l'autorité compétente doit indiquer les raisons pour lesquelles elle considère qu'une construction ou une installation serait de nature ou non à enlaidir le site (TF 1C_36/2014 du 16 décembre 2014 et les références citées).

Le tribunal s’impose dès lors une certaine retenue dans l’examen de la question de l’esthétique, en ce sens qu’il ne substitue pas son propre pouvoir d’appréciation à celui de l’autorité municipale, mais se borne à ne sanctionner que l’abus ou l’excès du pouvoir d’appréciation, la solution dépendant étroitement des circonstances locales (art. 98 let. a LPA-VD; cf. arrêt AC.2012.0032 du 24 août 2012 consid. 1a et les arrêts cités). L’intégration d’une construction ou d’une installation à l’environnement bâti doit être examinée sur la base de critères objectifs, sans sacrifier à un goût ou à un sens esthétique particulièrement aigu, de manière que le poids de la subjectivité, inévitable dans toute appréciation, n’influe que dans les limites de principes éprouvés et par référence à des notions communément admises (cf. notamment arrêt AC.2013.0478 du 3 septembre 2014 consid. 1a/cc et les références citées).

A cet égard, il sied encore de souligner que la jurisprudence récente du Tribunal fédéral (depuis 2015) accorde un poids toujours plus important à l’autonomie communale. Le Tribunal fédéral a confirmé que l’autorité communale, qui apprécie les circonstances locales dans le cadre d’une autorisation de construire, bénéficie d’une liberté d’appréciation particulièrement importante que l’autorité de recours ne contrôle qu’avec retenue. Ainsi, dans la mesure où la décision communale repose sur une appréciation soutenable des circonstances pertinentes, l'instance de recours doit la respecter et elle ne peut intervenir, le cas échéant substituer sa propre appréciation à celle des autorités communales, que si celle-ci n'est objectivement pas soutenable ou contraire au droit supérieur (voir les arrêts du TF 1C_337/2015 du 21 décembre 2015 consid. 6.1.1;1C_92/2015 du 18 novembre 2015 consid. 3.1.3;1C_849/2013 du 24 février 2015 consid. 3.1.2;1C_150/2014 du 6 janvier 2015 consid. 2 cités in AC.2015.0269 du 16 août 2016 consid. 3e).

bb) L’art. 5 de la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) prévoit l'établissement d'inventaires des objets d'importance nationale. L'ordonnance du 9 septembre 1981 concernant l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse (OISOS; RS 451.12) contient la réglementation afférente à l'ISOS. Selon l’art. 2 OISOS, le Département fédéral de l’intérieur édite une publication séparée, avec la description des objets, leur présentation sous forme de plans, de photographies et de textes. L'annexe de cette ordonnance mentionne Lignerolle parmi les sites construits d'importance nationale à protéger, en tant que village. Lignerolle a été inventorié au moyen de la méthode ISOS. Un premier relevé date d'octobre 2006. Le second relevé a été établi en janvier 2011.

L’art. 6 al. 1 LPN dispose que "l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates". En outre, selon l’art. 6 al. 2 LPN, "lorsqu'il s'agit de l'accomplissement d'une tâche de la Confédération, la règle suivant laquelle un objet doit être conservé intact dans les conditions fixées par l'inventaire ne souffre d'exception, que si des intérêts équivalents ou supérieurs, d'importance nationale également, s'opposent à cette conservation". L’octroi, par une municipalité, d’un permis de construire pour un bâtiment d’habitation en zone à bâtir, ne relève cependant pas de l’accomplissement d’une tâche de la Confédération, de sorte que l’art. 6 al. 2 LPN n’entre pas en considération en l’espèce.

Cela étant, si l’art. 6 al. 1 LPN indique qu’un objet d’importance nationale mérite spécialement d’être conservé intact ou en tout cas d’être ménagé le plus possible, le droit fédéral ne règle pas directement la mise en œuvre de cette protection (sur cette question, voir AC.2017.0279 du 17 octobre 2018 consid. 3f/aa).

L'ISOS n'est en principe déterminant qu'au travers de la planification communale, mais pas directement dans la procédure de permis de construire (cf. TF 1C_488/2015 du 24 août 2016 consid. 4.5.5). Les plans d'affectation (et les prescriptions qui leur sont étroitement liées) ne peuvent en principe pas faire l'objet d'un contrôle accessoire qui viserait à contrôler s'ils sont conformes à l'ISOS (TF 1C_488/2015 du 24 août 2016 consid. 4.6). Le Tribunal fédéral a toutefois aussi pris en considération l'inventaire ISOS, en tant que manifestation d'un intérêt fédéral, dans la pesée des intérêts de chaque cas d'espèce – y compris lors de l'accomplissement de tâches purement cantonales et communales –, et notamment lors d'un litige sur l'octroi de permis de démolition et de construction, quand bien même l'ISOS n'avait pas encore été transcrit dans les normes correspondantes (cf. TF 1C_308/2017 du 4 juillet 2018 consid. 3.2.2;1C_226/2016 du 28 juin 2017 consid. 4.3; cf. aussi TF 1C_353/2014 du 10 mars 2015 consid. 5.2). Les inventaires fédéraux interviennent dans les pesées d'intérêts et influencent l'interprétation des principes juridiques indéterminés du droit des constructions (cf. TF 1C_488/2015 précité, consid. 4.3 in fine et les réf. cit., notamment ATF 135 II 209 consid. 2.1 in fine; voir aussi VLP-ASPAN, Ortsbildschutz und Verdichtung, Raumplanerische Interessenabwägung in Gemeinden mit einem Ortsbild von nationaler Bedeutung [ISOS], 2018, brochure disponible à l'adresse <https://www.espacesuisse.ch> [cité ci-après: VLP-ASPAN, Ortsbildschutz und Verdichtung], p. 17).

Ainsi, les objectifs de l'ISOS ne sont pas directement applicables ni contraignants lorsque, comme en l’espèce, le litige concerne l’octroi d’un permis de construire. Ils pourront toutefois être pris en considération dans la pesée des intérêts et dans l’interprétation des dispositions cantonales et communales pertinentes, notamment celles relatives à la clause d’esthétique. L'évaluation de la valeur d'un objet dans le cadre des procédures d'établissement des inventaires fédéraux et cantonaux constitue en effet un élément d'appréciation à disposition de l'autorité communale pour statuer sur l'application de la clause d'esthétique (TF 1C_452/2016 du 7 juin 2017 consid. 3.3; arrêts AC.2015.0089 du 11 novembre 2015 consid. 3a/dd; AC.2014.0166 du 17 mars 2015 consid. 2a/bb).

Dans le canton de Vaud, le Plan directeur cantonal distingue les inventaires selon qu'ils ont un "effet contraignant" ou un "effet d'alerte" (p. 163 ss de la 4ème adaptation). L'inventaire à effet d'alerte "restreint les possibilités d'aménagement et de modification des objets qu’il protège, et pour certains les activités qui y sont pratiquées. Se traduit généralement par des dispositions permettant d'assurer leur protection". Cette dernière phrase signifie probablement que l'inventaire à "effet d'alerte" n'est contraignant qu'après sa mise en œuvre dans une base légale formelle, ce qui correspond à la jurisprudence fédérale citée plus haut. C'est dans cette catégorie-là ("effet d'alerte") que sont mentionnés notamment l'ISOS et l'inventaire des monuments historiques de l'art. 49 LPNMS (arrêt AC.2017.0093 du 23 novembre 2018 consid. 2d; pour plus de développements, cf. AC.2017.0279 du 17 octobre 2018 consid. 3f/bb; voir aussi Bovay/Sulliger/Pfeiffer, Aménagement du territoire, droit public des constructions et permis de construire, protection de l'environnement, Jurisprudence rendue en 2017 par la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois, RDAF 2018 I 105 ss, 120 s.).

c) En l'occurrence, la Cour de céans estime, sur la base des plans et autres documents figurant au dossier, ainsi que de ses constatations lors de l'inspection locale (en vue de laquelle le constructeur avait fait poser des gabarits), que l'autorité intimée n'a pour l'essentiel pas abusé de son large pouvoir d'appréciation en accordant les permis sollicités. La Cour de céans ne parviendrait d'ailleurs pas à un autre résultat si l'on devait admettre que l'autorité intimée dispose d'un pouvoir d'appréciation moindre, dans la mesure où, comme le font valoir les recourants, l'art. 2.13 pose des exigences accrues en termes d'intégration et d'esthétique, allant au-delà de celles de l'art. 86 LATC.

S'agissant de la volumétrie, même si l'on admet (cf. écriture des recourants du 31 octobre 2018 p. 2) que chacun des bâtiments projetés (avec 3'400 m2) dépasse de 25% le volume du bâtiment voisin le plus important, qui serait le bâtiment ECA no 13 sis sur la parcelle no 101 (avec 2'800 m3), cela ne révèle pas encore une disproportion manifeste. L'intégration du projet ne prête pas non plus le flanc à la critique au regard de la forme (toitures à deux pans, aussi sur les pignons secondaires des façades Nord) et de l'orientation des toitures. Quant aux panneaux solaires, d'autres toitures en sont revêtues dans les environs des bâtiments projetés, comme celles des bâtiments ECA nos 42 et 47, à en juger par les vues aériennes du guichet cartographique cantonal. Le dossier de l'enquête complémentaire contient par ailleurs une "coupe de principe représentant l'altitude des faîtes des bâtiments voisins". Sur la base de ce document, il n'apparaît pas que le nombre d'étages et la hauteur des bâtiments projetés seraient excessifs. Ceux-ci ne consacrent pas de rupture flagrante par rapport au bâti environnant. Ils sont certes un peu plus élevés que les bâtiments ECA nos 23 et 28, implantés au Nord-Ouest de la parcelle no 129 (bâtiment A du projet: faîte à 789.48 m et bât. B à 790.38 m contre 787.00 m pour le bât. ECA no 28 et 786.88 m pour le bât. ECA no 23), mais restent bien en-dessous des bâtiments ECA nos 13 (faîte à 796.15 m), 16 (797.36 m) et 21 (794.33 m), qui dominent la parcelle no 129 depuis le Nord. On peut ainsi considérer que le projet s'inscrit dans la ligne de faîtes des bâtiments du village.

Sous l'angle de l'intégration et de l'esthétique, une réserve doit être faite en lien avec les terrasses (ou couverts à voitures) qui sont de grandes dimensions et auraient un impact visuel important du fait de la pente du terrain. Le bâti existant dans les alentours ne comporte pas de telles terrasses. La décision attaquée méconnaît ces aspects et doit être réformée en ce sens que les terrasses (ou couverts à voitures) sont réduites à la dimension des balcons des étages supérieurs qui les surplombent (selon plan de l'étage de chacun des bâtiments A et B), sans appui au sol. Le recours est admis sur ce point.

S'agissant de la protection par l'ISOS, celle-ci ne saurait en l'état faire obstacle à la constructibilité des parcelles nos 129 et 394, dès lors que les conditions de l'art. 22 LAT sont réunies (cf. VLP-ASPAN, Ortsbildschutz und Verdichtung, op. cit., p. 17; voir aussi, sous l'angle du principe de proportionnalité, arrêt AC.2017.0093 précité consid. 6b), ce qui n'est pas contesté. En ce qui concerne l'objectif de sauvegarde, qui est de préserver le périmètre bâti dans sa substance et son état existant, force est d'admettre que le projet litigieux ne conserve pas intégralement la "poche verte centrale" servant d'articulation, constituée notamment par les parcelles en cause. Toutefois, compte tenu notamment du fait que les deux bâtiments prévus seront construits en ordre non contigu, le projet laisse subsister des espaces verts plus importants que dans les alentours, qui sont largement caractérisés par des constructions en ordre contigu. En outre, il conserve pour l'essentiel le mur d'enceinte et le constructeur s'est engagé à replanter des arbres fruitiers d'essences indigènes. Dans ces conditions, on peut considérer que les parcelles concernées continueront, à tout le moins partiellement, de jouer leur rôle structurant au centre du village de Lignerolle.

Les recourants font aussi valoir que le dossier d'enquête ne comporte aucune information concernant les teintes des façades et des tuiles des toitures. Il ressort toutefois de l'art. 9.29 RPAPC que ces couleurs devront être approuvées par la Municipalité préalablement au début des travaux.

Les griefs tirés du manque d'intégration doivent ainsi être rejetés, sauf en ce qui concerne les terrasses (ou couverts à voitures), point sur lequel le recours doit être admis, les décisions attaquées étant réformées dans le sens indiqué ci-dessus.

5.

Les recourants dénoncent la démolition d'un bâtiment protégé.

a) Les recourants se prévalent de l'art. 1.4 RPAPC, dont la teneur est la suivante (let. c):

"Les bâtiments ou parties de bâtiment remarquables ou intéressants du point de vue architectural ou historique doivent être en principe conservés. Des transformations, de modestes agrandissements, un changement d'affectation sont toutefois possibles si ces modifications sont objectivement fondées et si elles sont compatibles avec la conservation et la mise en valeur du bâtiment."

Les recourants relèvent que le permis de construire contesté autorise la démolition du bâtiment ECA no 43. Cet édifice est l'ancienne cave voûtée du château de Lignerolle utilisée pour les fromages, dont la construction remonte au XVIIIe siècle. Le bâtiment a été inscrit au recensement architectural en 1979, avec la note 3. Ses qualités ont été confirmées lors de la réévaluation patrimoniale du bâtiment en 2003; la note 3 a alors été étendue aux murs qui délimitent le pourtour de la parcelle no 129.

Les recourants contestent les motifs pour lesquels l'autorité intimée a autorisé la démolition du bâtiment en question, qui sont les suivants:

"Concernant le bâtiment de note architecturale recensée *3F* qui doit être démoli, il a été constaté qu'il était en mauvais état et construit de manière très disparate qui serait à moyen terme dangereux pour les habitants des bâtiments voisins et se révèle inesthétique par rapport aux constructions voisines. De plus, celui-ci ne pourrait pas être utilisé pour ses fonctions initiales et serait difficilement affectable à d'autres fins en rapport avec les bâtiments projetés. De plus, une documentation archéologique complète de cet édifice ancien sera réalisée ainsi que la surveillance de sa démolition sous contrôle des archéologues".

De l'avis des recourants, cette argumentation procède d'un abus du pouvoir d'appréciation. En effet, le bâtiment en question n'est pas dans un état tel qu'il présente un danger pour les habitants des bâtiments voisins. La cave date de la même époque que la majorité des bâtiments voisins. Elle pourrait tout à fait être utilisée comme dépôt ou cave à fromages.

L'autorité intimée relève pour sa part que la cave n'est ni classée, ni inventoriée. Sa démolition permettrait en outre de mettre en valeur la fontaine communale, qui mérite elle d'être préservée.

b) aa) Le recensement architectural n'est pas prévu par la LPNMS, mais par l'art. 30 de son règlement d'application du 22 mars 1989 (RLPNMS; BLV 450.11.1), qui dispose que le département "établit le recensement architectural des constructions en collaboration avec les communes concernées, selon les directives publiées à cet effet". Le recensement architectural, dont le processus est décrit dans une plaquette intitulée "Recensement architectural du canton de Vaud", éditée en novembre 1995 par la section monuments historiques et archéologie de l'ancien Service des bâtiments et rééditée en mai 2002 (disponible sur le site Internet cantonal à l'adresse <http://www.patrimoine.vd.ch/fileadmin/groups/60/pdf/MS_Brochure_Recensement_mai2002.pdf>), est une mesure qui tend à repérer et à mettre en évidence des bâtiments dignes d'intérêt, de manière à permettre à l'autorité de prendre, le cas échéant, les mesures de protection prévues par la loi. Il comporte l'attribution de notes qui sont les suivantes: *1*: Monument d'importance nationale; *2*: Monument d'importance régionale; *3*: Objet intéressant au niveau local; *4*: Objet bien intégré; *5*: Objet présentant des qualités et des défauts; *6*: Objet sans intérêt; *7*: Objet altérant le site (v. détails sur les notes du recensement sur le site Internet cantonal à l'adresse précitée). Le recensement architectural couvre en principe tous les bâtiments (voir pour les détails la plaquette précitée, p. 6)et n'entraîne pas en soi de mesures de protection spéciales au sens des art. 16 et 17 LPNMS (objets à l'inventaire) ou des art. 23 et 54 LPNMS (objets classés). La note attribuée doit être indiquée dans la demande de permis de construire (art. 69 al. 1 let. h du règlement du 19 septembre 1986 d'application de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions [RLATC; BLV 700.11.1]) et apparaître dans la publication relative à l'enquête (art. 72 al. 1 let. c RLATC).

Selon la plaquette précitée (p. 16), la note 3 est attribuée à un objet intéressant au niveau local, ce qui signifie qu'il mérite d'être conservé. Il peut cependant être modifié à condition de ne pas altérer les qualités qui ont justifié sa note 3. A priori, le bâtiment avec cette note n'a pas une valeur justifiant le classement comme monument historique. Jusqu'en 1987, il était inscrit à l'inventaire. Depuis lors, même si cette mesure reste possible de cas en cas, elle n'est plus systématique. Toujours selon la plaquette, les objets recensés en note 3 sont placés sous la protection générale prévue par la LPNMS à ses art. 46 ss.

La LPNMS prévoit à son chapitre IV une "protection générale" des monuments historiques et des antiquités selon laquelle "sont protégés conformément à la présente loi tous les monuments de la préhistoire, de l'histoire, de l'art et de l'architecture et les antiquités immobilières situés dans le canton, qui présentent un intérêt archéologique, historique, artistique, scientifique ou éducatif" (art. 46 al. 1 LPNMS). La formule utilisée dans la plaquette précitée selon laquelle "les objets recensés en note 3 sont placés sous la protection générale prévue par la loi à ses art. 46 et ss" prête à confusion dans la mesure où elle laisse entendre que, du seul fait que la note 3 a été attribuée à un bâtiment, il en découlerait conformément à l'art. 46 al. 3 LPNMS "qu'aucune atteinte qui en altère le caractère ne peut y être portée". En réalité, un objet qui n'est ni classé ni porté à l'inventaire et pour lequel le département compétent a renoncé à prendre des mesures conservatoires, n'est pas protégé par la LPNMS. Maintes fois cité, l’arrêt AC 2009.0209 a relevé qu'en indiquant que "les bâtiments recensés en note 3 […] méritent d'être sauvegardés sans toutefois pouvoir, en principe, être classés comme monuments historiques" (plaquette précitée, p. 22) et en renonçant systématiquement, après 1987 (p. 16; voir ég. <http://www.patrimoine.vd.ch/monuments-et-sites/conservation/proteger-entre-planification-et-surveillance/inventaire/>), à porter ces objets à l'inventaire, le département en charge de la protection du patrimoine bâti a introduit une contradiction irréductible dans l'application de la LPNMS: si l'objet mérite d'être sauvegardé, il doit être porté à l'inventaire, et la seule manière d'imposer sa sauvegarde contre la volonté du propriétaire est en définitive de le classer. Si le Conservateurn'est pas d'accord avec un projet de transformation ou de démolition et qu'il ne prend pas de mesures conservatoires (art. 47 LPNMS), il ne lui reste qu'à formuler des observations ou des recommandations durant l'enquête publique, sur lesquelles la municipalité statuera comme sur n'importe quelle opposition. A défaut de réglementation communale assurant une meilleure protection, sa décision ne pourra se fonder que sur l'art. 86 LATC (AC.2017.0279 du 17 octobre 2018 consid. 3f/ee).

En bref, les objets qui présentent de l'intérêt au sens de l'art. 46 LPNMS ne rentrent dans la catégorie de ceux qui "méritent d'être conservés" (selon les termes de l'art. 49 LPNMS) que s'ils sont mis à l'inventaire prévu par cette dernière disposition (AC.2017.0279 du 17 octobre 2018 consid. 3f/ee).

On rappellera encore qu’à l'exception des notes 1 et 2 (qui impliquent une mise à l'inventaire), les notes attribuées dans le recensement architectural ont un caractère purement indicatif et informatif; elles ne constituent pas une mesure de protection. Elles sont en revanche un élément d'appréciation important pour les autorités chargées de l'aménagement du territoire, notamment lors de l'adoption des zones à protéger prévues par l'art. 17 al. 1 LAT ou, dans la procédure de permis de construire, lorsque ces autorités appliquent les règles concernant l'intégration et l'esthétique des constructions ou statuent sur une autorisation cantonale spéciale (cf. TF 1C_493/2016 du 30 mai 2017 consid. 2.5 et 2.6; AC.2017.0279 du 17 octobre 2018 consid. 3f/ee et les réf. cit.).

bb) La LPNMS ne régit cependant pas de manière exhaustive la protection de la nature, des monuments et des sites dans le canton de Vaud. Selon l'art. 28 RLPNMS, les autorités communales doivent prendre les mesures appropriées pour protéger les paysages, localités ou sites construits dignes d'être sauvegardés selon la loi, en élaborant leurs plans directeurs ou d'affectation ou lorsqu'elles délivrent un permis de construire. De manière plus générale, l'art. 86 LATC attribue à la municipalité la tâche de veiller à ce que les constructions, quelle que soit leur destination, ainsi que les aménagements qui leur sont liés, présentent un aspect architectural satisfaisant et s'intègrent à l'environnement (al. 1). La municipalité doit refuser le permis pour les constructions ou les démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue, ou de nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou culturelle (al. 2). Ainsi, le recensement architectural est un outil ou un élément d'appréciation que les communes et les autorités cantonales doivent prendre en considération lorsqu'elles élaborent un plan d'affectation ou un plan directeur ou lorsqu'elles délivrent un permis de construire ou statuent sur une autorisation cantonale spéciale (arrêt AC.2010.0241 du 16 novembre 2011 et réf.). L'art. 47 al. 2 ch. 2 LATC permet par ailleurs aux communes d'intégrer dans leur règlementation des règles relatives notamment aux paysages, aux sites, aux rives de lacs et de cours d'eau, aux localités et aux ensembles ou aux bâtiments méritant protection.

Cela permet aux communes d’intégrer dans leur réglementation des règles matérielles visant des buts comparables à la LPNMS pour la protection des bâtiments dignes d’intérêt. Ces règles matérielles ne sont plus subordonnées à l’inscription d’un objet à l’inventaire ou à l’adoption d’un arrêté de classement, mais résultent des objectifs de protection propres arrêtés par la municipalité sur son territoire communal. C’est la municipalité qui est compétente en première ligne pour l’application de ces règles (art. 17 et 104 LATC), l’intervention du département étant limitée à un droit d’opposition et à un droit de recours (art. 104a et 110 LATC) lui permettant de contester une décision municipale qui ne serait pas conforme à la réglementation communale concernant la protection des ensembles bâtis ou des bâtiments dignes d’intérêt (arrêts AC.2012.0202 du 21 février 2013 consid. 1d/aa et les références; AC.2010.0127 du 6 janvier 2011 consid. 2c). Si un projet de transformation ou de démolition va à l’encontre des objectifs de sauvegarde mentionnés dans la directive concernant le recensement, et si le SIPAL ne prend pas les mesures conservatoires de l’art. 47 LPNMS en vue du classement, il doit ainsi formuler des observations ou une opposition durant l'enquête publique, opposition sur laquelle la municipalité statuera en se fondant sur le règlement communal (arrêts AC.2014.0208 du 9 février 2015 consid. 2b; AC.2012.0176 du 28 novembre 2012 consid. 2a/cc et les références; AC.2010.0241 précité consid. 4c).

cc) Faisant partie des dispositions générales et intitulé "Recensement architectural", l'art. 1.4 RPAPC a la teneur suivante (let. c):

"Les bâtiments ou parties de bâtiment remarquables ou intéressants du point de vue architectural ou historique doivent être en principe conservés. Des transformations, de modestes agrandissements, un changement d'affectation sont toutefois possibles si ces modifications sont objectivement fondées et si elles sont compatibles avec la conservation et la mise en valeur du bâtiment."

dd) S'agissant des conditions auxquelles l'interdiction faite au propriétaire de démolir un bâtiment protégé peut être conciliée avec la garantie de la propriété, il convient de rappeler ce qui suit.

La garantie de la propriété n'est pas absolue. Des restrictions ne sont toutefois admises que si elles reposent sur une base légale, sont justifiées par un intérêt public suffisant et respectent le principe de la proportionnalité (art. 36 al. 1 à 3 Cst. et art. 38 al. 1 à 3 Cst/VD).

D'après la jurisprudence, les restrictions de la propriété ordonnées pour protéger les monuments et les sites naturels ou bâtis sont en principe d'intérêt public (ATF 135 I 176 consid. 6.1 et les références).

Le principe de la proportionnalité commande que la mesure étatique soit nécessaire et apte à atteindre le but prévu et qu'elle soit raisonnable pour la personne concernée (cf. p. ex. ATF 140 I 257 consid. 6.3.1 et références). Selon l'art. 4 LATC, lorsque plusieurs mesures permettent d'atteindre l'objectif visé, l'autorité applique celle qui lèse le moins les intéressés.

Face à l'alternative d'autoriser la démolition d'un bâtiment protégé ou d'en imposer le maintien à son propriétaire, il convient, sous l'angle de la proportionnalité, de prendre en considération notamment les coûts qui en découlent pour ce dernier. Il faut ainsi comparer les coûts d'une restauration avec ceux d'une démolition suivie d'une reconstruction, ainsi que les possibilités de rendement offertes par chacune des deux options. A cet égard, la jurisprudence admet que le seul intérêt financier du propriétaire à une exploitation du bien-fonds la plus rentable possible ne prime pas sur l'intérêt à la conservation d'un objet digne de protection (AC.2007.0116 du 30 septembre 2008 consid. 9d et AC.2004.0031 du 21 février 2006 consid. 4d avec renvoi aux ATF 120 Ia 270 consid. 6c et 118 Ia 384 consid. 5e). En d'autres termes, il n'y a pas lieu d'autoriser la démolition d'un bâtiment protégé dans le seul but que le propriétaire puisse utiliser son bien-fonds de la manière la plus rentable possible. Selon la jurisprudence relative au classement comme mesure de protection d'un bâtiment, il faut toutefois qu'en cas de préservation de celui-ci – et, partant, de refus de sa démolition –, le propriétaire conserve la possibilité de se procurer un rendement acceptable (arrêts AC.2014.0273 du 11 mars 2015 consid. 1c; AC.2009.0209 du 26 mai 2010 consid. 3c avec renvoi à l'ATF 126 I 219 consid. 2h).

c) En l'occurrence, le litige porte uniquement sur la démolition de la cave voûtée, puisque les murs qui délimitent le pourtour de la parcelle no 129 seront eux pour l'essentiel préservés.

Le bâtiment en cause n'est pas classé, ni mis à l'inventaire, de sorte que sa démolition ne requiert pas une autorisation spéciale cantonale (art. 120 LATC) du département compétent, agissant par le SIPAL. La cave figure au recensement avec la note 3. Cela la qualifie selon la plaquette précitée du SIPAL d’"objet intéressant au niveau local méritant d’être conservé" (cf. p. 16). Pour autant, elle ne fait pas l'objet d'une mesure de protection particulière en vertu du droit cantonal.

Sous l'angle de l'ISOS, les parcelles nos 129 et 394 se trouvent certes dans le périmètre protégé par l'objectif de sauvegarde "A", mais la cave n'est pas identifiée de façon particulière par l'ISOS, à la différence notamment de la cure toute proche.

Quant au droit communal, l'art. 1.4 let. c RPAPC dispose que les bâtiments remarquables ou intéressants du point de vue architectural ou historique "doivent être en principe conservés", ce qui laisse place à des exceptions. En outre, il est de jurisprudence constante que la municipalité jouit d’un certain pouvoir d’appréciation et d’une latitude de jugement dans l’interprétation des règlements communaux (cf. arrêts AC.2014.0151 du 30 juillet 2014 consid. 1; AC.2013.230 du 4 février 2014 consid. 9c/bb). La municipalité bénéficie d'une liberté d'appréciation particulière dans l'interprétation des normes qui constituent des règles autonomes du droit communal (voir p. ex. arrêts AC.2018.0069 du 30 juillet 2018 consid. 2a; AC.2016.0085 du 21 mars 2018 consid. 4c et les références citées). Selon des arrêts récents du Tribunal fédéral, la Cour de céans, en dépit de son pouvoir d'examen complet, ne peut intervenir et, le cas échéant, substituer sa propre appréciation à celle des autorités communales, que si cette interprétation n'est objectivement pas soutenable ou contrevient au droit supérieur (cf. TF 1C_499/2017 du 19 avril 2018 consid. 3.1.2 et les arrêts cités).

Lors de l'inspection locale, la Cour de céans a procédé à la visite de la cave. Elle a pu constater que ce bâtiment, s'il ne risquait pas de s'effondrer, nécessiterait une rénovation, le constructeur ayant mentionné des problèmes d'infiltration d'eau au travers de la toiture. La fiche du recensement architectural (daté de mai 1979/avril 2003) indique d'ailleurs que l'état de conservation est mauvais. Dans l'optique de rénover cette cave, il conviendrait de lui trouver une affectation procurant au propriétaire un rendement acceptable. Or, une telle affectation ne va pas de soi. A cela s'ajoute que le maintien de la cave empêcherait le constructeur de bâtir sur une importante partie de la parcelle no 129 (cf. art. 2.8 RPAPC, selon lequel une distance d'au moins 8 m doit être observée entre bâtiments sis sur la même propriété).

Dans ces conditions, la Cour estime qu'en autorisant la démolition de la cave (moyennant la levée de l'opposition du SIPAL) et en renonçant par-là à la mettre au bénéfice de la protection offerte par l'art. 1.4 let. c RPAPC, l'autorité intimée n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation, ni mésusé de sa latitude de jugement. Le recours doit, partant, être rejeté à cet égard.

6.

Dans leur mémoire de recours, les recourants ont contesté le respect du COS en se basant (uniquement) sur la surface de la parcelle no 129. Dans sa réponse, l'autorité intimée rétorque que la surface des deux parcelles doit être additionnée – la délivrance du permis complémentaire étant expressément soumise à la condition de leur réunion –, de sorte que le COS est respecté. Dans leur réplique, les recourants ne contestent pas cela, mais relèvent que c'est seulement dans le cadre de la procédure d'enquête complémentaire que la question du COS a été réglée. Le grief est dès lors sans objet; il peut tout au plus avoir une incidence sur la répartition des frais et dépens.

7.

Les recourants font valoir que les balcons des combles ne sont pas réglementaires.

a) Selon les recourants, le projet prévoit la création de balcons en saillie dans les combles, ce qui n'est autorisé par aucune des dispositions du RPAPC. Ils formeraient "de véritables excroissances en saillie qui augmentent le volume habitable dans les combles, outrepassant ce qui est légalement admissible".

L'autorité intimée et le constructeur se réfèrent aux art. 2.15 et 9.20 RPAPC. Selon l'autorité intimée, l'art. 2.15 prévoit que l'éclairage des combles est assuré principalement par des ouvertures en façade pignon, de préférence à des ouvertures en toiture prévues par l'art. 9.20, qui sont accessoires (procès-verbal d'audience, p. 6 s. et courrier de l'autorité intimée du 31 octobre 2018, p. 2). Lors de l'audience, l'autorité intimée a d'ailleurs produit un plan daté du 25 septembre 2011 (modifié le 16 janvier 2012) concernant un projet de construction d'un immeuble de 6 appartements sur la parcelle no 643 de la commune de Lignerolle, parcelle située également dans la zone de village. Elle fait valoir que ce projet – pour lequel elle a délivré le permis de construire – prévoit des balcons en saillie au niveau de la toiture. Au terme de l'audience, le plan en question a été remis aux recourants, qui l'ont retourné à la Cour de céans avec leur écriture du 31 octobre 2018.

b) Faisant partie des dispositions applicables à la zone de village et intitulé "Combles", l'art. 2.15 RPAPC a la teneur suivante:

"Les combles sont habitables. Dans ce cas, l'éclairage est assuré par des ouvertures en façades pignons et accessoirement par des ouvertures dans la toiture. La Municipalité peut autoriser un deuxième niveau habitable dans les combles, pour autant que les locaux ne constituent pas une unité d'habitation indépendante et qu'ils soient directement dépendants du niveau inférieur des combles. (Duplex galerie).

Le niveau supérieur ne peut être éclairé que par des châssis rampants ou par des ouvertures en pignon."

Faisant partie des règles applicables à toutes les zones et intitulé "Ouvertures en toitures", l'art. 9.20 RPAPC dispose ce qui suit:

"D'une manière générale, les ouvertures suivantes sont autorisées dans le premier niveau des combles.

- Châssis rampants.

- Lucarnes.

Les dômes et les balcons-baignoires ne sont autorisés que si le projet proposé apporte une solution plus avantageuse du point de vue intégration ou respect des caractéristiques architecturales du bâtiment que les autres percements. Ils devront en outre constituer la seule ouverture dans le pan de toiture considéré. Toutefois la Municipalité peut autoriser l'adjonction de petits châssis rampants si l'ensemble architectural le permet.

Le parement vertical aval des ouvertures sera à l'aplomb ou en retrait du mur de façade.

Les ouvertures ne devront pas compromettre l'aspect et l'architecture d'une toiture existante. Leurs dimensions seront réduites au minimum fixé par les exigences de la salubrité.

En règle générale, les percements devront être plus hauts que larges. On veillera à conserver une certaine homogénéité dans le style des différents percements. Ceux-ci respecteront le rythme des ouvertures en façade. Les avant-toits ne doivent pas être interrompus au droit des lucarnes, des châssis rampants et des balcons-baignoires."

c) En l'occurrence, les balcons litigieux sont prévus sur les façades pignons, à l'Ouest et à l'Est des bâtiments A et B. Ils ne constituent pas à proprement parler des ouvertures en toiture comme le sont les balcons-baignoires ou des balcons aménagés en toiture en saillie de la façade ou de la corniche (cf. à ce sujet arrêt AC.2012.0141 du 24 septembre 2013 consid. 8; cette situation de balcons aménagés dans la toiture, en saillie de la façade semble d'ailleurs être celle du projet réalisé sur la parcelle no 643, dont un plan a été versé au dossier par l'autorité intimée). Il s'agit de balcons sur les façades pignons, à la hauteur du premier niveau habitable des combles. Les recourants peuvent ainsi invoquer l'art. 2.15 RPAPC – disposition spécialement applicable à la zone de village –, dont il ressort que l'éclairage des combles (habitables) est assuré principalement par des ouvertures en façades pignons. En l'occurrence, ces ouvertures sont pour ainsi dire prolongées par les balcons. Compte tenu de la liberté d'appréciation et de la latitude de jugement dont elle dispose dans l'interprétation de la réglementation communale (cf. consid. 5c ci-dessus), l'autorité intimée pouvait considérer que les balcons prévus sur les façades pignons, à la hauteur du premier niveau habitable des combles, étaient conformes au RPAPC. Partant, le recours doit être rejeté sur ce point.

8.

Selon les recourants, les surcombles sont aménagés de manière non réglementaire.

a) Les recourants se réfèrent à l'art. 2.15 RPAPC, aux termes duquel "la Municipalité peut autoriser un deuxième niveau habitable dans les combles, pour autant que les locaux ne constituent pas une unité d'habitation indépendante et qu'ils soient directement dépendants du niveau inférieur des combles. (Duplex galerie)". Ils en déduisent que les surcombles habitables doivent prendre la forme d'une mezzanine ouverte sur l'étage inférieur, condition qui ne serait pas remplie en l'espèce.

D'après l'autorité intimée, cette interprétation n'est conforme ni au texte de l'art. 2.15 ni à la pratique communale constante, selon laquelle cette disposition exige que les surcombles soient rattachés au niveau inférieur des combles et ne constituent pas un logement indépendant. Or, cette condition serait respectée en l'occurrence.

b) Les surcombles sont accessibles, depuis le premier niveau des combles, par un escalier qui débouche sur un hall d'environ 5 m2. Depuis ce hall, une porte donne sur une salle d'eau (douche) et une autre sur une chambre avec rangement adjacent. A tout le moins le hall est ainsi ouvert sur l'étage inférieur, comme le serait une mezzanine, et peut être comparé à la galerie d'un duplex.

S'agissant en particulier de la notion d'unité d'habitation indépendante, on peut d'ailleurs relever que, selon les règlements-types communaux sur la distribution de l'eau établis par l'Administration cantonale, une telle unité comprend nécessairement une cuisine, une salle d'eau/WC et une ou plusieurs pièces (cf. règlement communal sur la distribution de l'eau, modèles d'annexe nos 1 et 2 [documents disponibles à l'adresse <https://www.vd.ch/themes/environnement/eaux/eau-potable/loi-et-reglements-sur-la-distribution-deau>], art. 3 al. 2 dans sa teneur selon critère de l'unité locative ou de l'unité industrielle). Or, en l'occurrence, les surcombles ne répondent pas à cette définition, dans la mesure où ils ne comportent pas de cuisine. Du reste, les recourants admettent que les surcombles ne constituent pas une unité d'habitation indépendante (réplique, p. 5).

Lors de l'audience, un des recourants a relevé le cas d'un bâtiment reconstruit par le constructeur il y a 5 ou 6 ans, qui abritait un appartement dans les combles et surcombles, tel que ceux projetés en l'espèce (cf. écriture des recourants du 31 octobre 2018 p. 2). Le même recourant a cité deux autres exemples où les surcombles étaient aménagés en mezzanines ouvertes sur les combles. Ces différents projets ont été dûment autorisés par l'autorité intimée. On peut ainsi considérer que celle-ci a pour pratique d'autoriser non seulement les surcombles aménagés en galerie d'un duplex (selon une interprétation stricte, restrictive de l'art. 2.15 RPAPC), mais plus largement les surcombles reliés au niveau inférieur des combles. Compte tenu aussi de la latitude de jugement qui est celle de l'autorité intimée, cette pratique est compatible avec l'art. 2.15 RPAPC.

Le recours doit être rejeté sur ce point.

9.

a) Dans leur mémoire complémentaire, les recourants relèvent que, selon l'art. 2.15 RPAPC, dans les combles habitables, l'éclairage est assuré par des ouvertures en façades pignons et "accessoirement par des ouvertures dans la toiture". Ils font valoir qu'en l'occurrence, deux pièces dans les combles sont éclairées exclusivement par des "velux" ou châssis rampants. Ces ouvrants ne serviraient donc pas à un éclairage accessoire, comme le requiert le RPAPC, mais bien à un éclairage principal.

Dans sa réponse, l'autorité intimée interprète l'art. 2.15 RPAPC en ce sens que la première phrase signifie que la priorité est donnée autant que faire se peut aux ouvertures en façades pignons pour éclairer les combles, des ouvertures en toiture étant en outre accessoirement possibles, ce qui ressort d'ailleurs de la dernière phrase de l'art. 2.15 relative au niveau supérieur des combles. Cela correspondrait d'ailleurs à la pratique communale constante, qui autorise des "velux" pour éclairer les pièces des combles, en particulier celles qui ne donnent pas sur une façade pignon.

Dans leur réplique, les recourants ajoutent que l'éclairage du palier des surcombles se fait au moyen d'un système "Solatube", soit un puits de lumière qui permet par un jeu de miroirs de conduire la lumière naturelle à travers un tube jusqu'à une pièce borgne. Cela serait contraire à l'art. 2.15 RPAPC, qui prévoit l'éclairage par les "velux" et les ouvertures en pignon, mais non par des puits de lumière.

b) Comme le relève l'autorité intimée, l'art. 2.15 RPAPC ne prohibe pas l'éclairage des combles par des ouvertures dans la toiture, mais se limite à lui conférer un caractère accessoire. Le fait que deux pièces soient éclairées seulement par des "velux" n'est dès lors pas contraire à cette disposition. Quant à l'éclairage du palier (ou hall) des surcombles par le système "Solatube", si ce type d'ouverture en toiture n'est pas prévu par l'art. 2.15 RPAPC, lequel mentionne seulement les châssis rampants, il ressort des plans figurant au dossier que le réflecteur et dôme de ce système est de dimensions beaucoup plus modestes que les châssis rampants (sur les dimensions des ouvertures, voir art. 9.21 RPAPC). Dès lors, en vertu d'un raisonnement a maiore ad minus et compte tenu de la liberté d'appréciation et de la latitude de jugement dont l'autorité intimée dans l'interprétation de la réglementation communale (cf. consid. 5c ci-dessus), il n'est pas critiquable qu'elle ait autorisé la pose de dispositifs "Solatube" en toiture, afin d'éclairer les paliers des surcombles. Le recours doit être rejeté à cet égard.

10.

Les recourants font valoir que les accès sont insuffisants.

a) En vertu de l'art. 22 al. 2 let. b LAT, l'autorisation de construire n'est délivrée que si le terrain est équipé. En droit cantonal, l'art. 104 al. 3 LATC prévoit que la municipalité n'accorde le permis de construire que lorsque le bien-fonds est équipé pour la construction ou qu'il le sera à l'achèvement de la construction et que les équipements empruntant la propriété d'autrui sont au bénéfice d'un titre juridique. L'art. 19 al. 1 LAT dispose qu'un terrain est réputé équipé lorsqu'il est desservi d'une manière adaptée à l'utilisation prévue par des voies d'accès. Pour qu'une desserte routière soit adaptée, il faut d'abord que la sécurité (pente, visibilité, trafic) – celle des automobilistes comme celle des autres utilisateurs, les piétons en particulier – soit garantie, que le revêtement soit adéquat en fonction du type de véhicules qui vont l'emprunter, que la visibilité et les possibilités de croisement soient suffisantes et que l'accès des services de secours (ambulance, service du feu) et de voirie soit assuré. La voie d'accès est aussi adaptée à l'utilisation prévue lorsqu'elle peut accueillir tout le trafic de la zone qu'elle dessert. Un bien-fonds ne peut être considéré comme équipé si, une fois construit conformément aux règles du plan d'affectation, son utilisation entraîne un accroissement du trafic qui ne peut être absorbé par le réseau routier ou s'il provoque des atteintes nuisibles ou incommodantes pour le voisinage (ATF 129 II 238 consid. 2; AC.2017.0207 du 14 juin 2018 consid. 7 et les références citées). Il résulte en substance de la jurisprudence que la loi n’impose pas des voies d’accès idéales; il faut et il suffit que, par sa construction et son aménagement, une voie de desserte soit praticable pour le trafic lié à l’utilisation du bien-fonds et n’expose pas ses usagers ni ceux des voies publiques auxquelles elle se raccorderait à des dangers excessifs. Ainsi une voie, bien qu’étroite et sinueuse, remplit les conditions légales si elle permet à tous les véhicules usuels de gagner la ou les parcelles litigieuses en respectant les règles de prudence qu’imposent les prescriptions de la circulation routière.

Autrement dit, l’accès est suffisant lorsqu’il présente des conditions de commodité et de sécurité (pente, visibilité, trafic) tenant compte des besoins des constructions projetées et cela même si, en raison de l’accroissement prévisible du trafic, la circulation devient moins aisée et exige des usagers une prudence accrue (AC.2018.0069 précité consid. 5a; AC.2017.0207 précité consid. 7 et les références citées).

b) En l'occurrence, les recourants relèvent que le projet prévoit la création de 12 nouveaux logements et de 29 places de stationnement "qui vont avoir un impact non négligeable sur les routes de la Commune peu fréquentées et peu adaptées au trafic". Ils déplorent dès lors que le constructeur n'ait sollicité aucun avis d'expert en matière de circulation et d'aménagements routiers. Les recourants soulèvent également le problème de l'accès au bâtiment B, lequel doit se faire par le couvert à voitures du bâtiment A. Ce couvert n'ayant que 2,40 mètres de hauteur, il ne permet pas à une ambulance ou un camion de pompiers de passer.

c) L'inspection locale a permis de constater que les accès, s'ils ne sont pas excellents, sont suffisants. L'accroissement du trafic lié aux 24 places de stationnement (soit 6 pour chacun des bâtiments A et B, auxquelles s'ajoutent les 12 places à créer en bordure de la route ******** [au lieu de 17 prévues initialement]) n'est pas significatif au point de condamner le projet dans son ensemble. Il n'apparaît pas non plus qu'un expert en matière de circulation et d'aménagements routiers aurait dû être consulté.

Quant au problème de l'accès au bâtiment B, il est pour l'essentiel résolu du moment que les couverts à voitures sont réduits à la dimension des balcons aux étages supérieurs (cf. consid. 4c ci-dessus). Du reste, l'autorité intimée a exposé de manière convaincante lors de l'inspection que les pompiers pouvaient intervenir depuis la place qui se trouve en amont de la parcelle no 129.

Le recours est mal fondé à cet égard.

11.

Les recourants se plaignent d'une violation de l'art. 2.18 RPAPC, aux termes duquel "les toitures horizontales, à un pan incliné ou à pans inversés, sont interdites". Ils font valoir que les terrasses prévues au rez-de-chaussée des bâtiments servent de toitures plates aux couverts à voitures se trouvant au sous-sol. Du fait de leur superficie très importante qui avoisine 200 m2 par immeuble, il ne s'agirait pas de simples terrasses.

L'autorité intimée répond que les terrasses en question ne sauraient être assimilées à une toiture et que de telles terrasses ont déjà été autorisées dans le village.

Le grief est sans objet dès lors que les couverts à voitures sont réduits à la dimension des balcons des étages supérieurs qui les surplombent (cf. consid. 4c ci-dessus).

12.

a) Dans leur mémoire de recours, les recourants dénoncent l'abattage d'arbres protégés. Ne sachant pas si la commune de Lignerolle a établi un plan de classement des arbres, ils se réfèrent aux normes protectrices de la LPNMS.

Avec sa réponse, l'autorité intimée a produit le plan de classement communal des arbres, adopté par le Conseil communal le 24 mars 2014 et approuvé par la Cheffe du Département du territoire et de l'environnement le 25 juin 2014. Il en ressort qu'il n'y a pas d'arbres protégés dans le secteur où le projet doit être réalisé.

Dans leur réplique, les recourants font valoir que "cette réglementation a été élaborée en 2013 par la même Municipalité, dont l'impartialité est remise en cause, qui savait pertinemment que O.________ envisageait déjà de […] construire sur ce terrain".

Lors de l'audience, les recourants ont relevé que les autorités communales de Lignerolle avaient choisi, lors de l'élaboration du plan de classement, de protéger certains objets particuliers, plutôt que de fixer des critères de protection généraux, tels que le diamètre. Ils se sont étonnés de ce qu'aucun des arbres protégés ne figure sur la parcelle no 129.

b) Les allégations des recourants quant à la partialité de la Municipalité relèvent essentiellement de conjectures. On rappelle d'ailleurs qu'il n'y a en principe pas de récusation en corps des membres d'une autorité administrative (cf. consid. 1c/bb ci-dessus).

Pour le reste, la Cour de céans a déjà eu l'occasion de dire qu'une réglementation communale qui recense individuellement les objets protégés plutôt que d'établir des critères généraux de protection n'est pas contraire à la LPNMS (arrêt AC.2014.0185 du 17 novembre 2015 consid. 4c/aa). En l'occurrence, le règlement et plan de classement communal des arbres a été dûment approuvé par la Cheffe du Département du territoire et de l'environnement le 25 juin 2014. L'examen du plan permet de constater que l'ensemble des objets protégés se trouvent en dehors du village de Lignerolle, à l'exception de deux tilleuls (no 20) situés tout au bas du village. On ne saurait dire par conséquent que les parcelles nos 129 et 394 auraient bénéficié d'un traitement de faveur par rapport à d'autres immeubles de la zone de village. En outre, il a été rappelé lors de l'audience que les arbres fruitiers n'étaient généralement pas protégés; or, les arbres se trouvant sur les parcelles en cause devraient constituer pour l'essentiel de telles essences. Le constructeur s'est du reste engagé à replanter des arbres fruitiers d'essences indigènes.

Le recours doit être rejeté sur ce point.

13.

a) Les recourants font valoir que les plans mis à l'enquête ne permettent pas de savoir si les exigences posées par l'art. 9.16 RPAPC, aux termes duquel "aucun mouvement de terre ou talus ne peut être supérieur à plus ou moins 2 mètres", sont respectées. Dans la réplique, ils précisent que les plans ne contiennent pas les coupes avec les cotes d'altitude des terrains naturel et aménagé.

b) L'art. 108 al. 2 LATC dispose que le règlement cantonal et les règlements communaux déterminent, pour les divers modes de construction et catégories de travaux, les plans et pièces à produire avec la demande, ainsi que le nombre d'exemplaires requis. Pour l'essentiel, l'art. 69 du règlement du 19 septembre 1986 d'application de la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (RLATC; BLV 700.11.1) règle la matière. La demande de permis de construire et ses annexes, au sens de l'art. 69 RLATC, sont tenues à disposition du public, pendant le délai d'enquête, au greffe municipal ou au service technique de la commune concernée (art. 72 al. 2 RLATC).

L'enquête publique a un double but. D'une part, elle est destinée à porter à la connaissance de tous les intéressés, propriétaires voisins, associations à but idéal ou autre, les projets de construction au sens large du terme, y compris les démolitions et modifications d'affectation d'un fonds ou d'un bâtiment qui pourraient les toucher dans leurs intérêts; le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend en effet le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier, de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant à sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre. D'autre part, l'enquête publique doit permettre à l'autorité d'examiner si le projet est conforme aux dispositions légales et réglementaires ainsi qu'aux plans d'affectation légalisés ou en voie d'élaboration en tenant compte des éventuelles interventions de tiers intéressés ou des avis et autorisations spéciales des autorités cantonales; le cas échéant, de fixer les conditions nécessaires au respect de ces dispositions; l'enquête publique est en principe nécessaire lorsque la décision municipale implique une pesée des intérêts en présence.

De jurisprudence constante, l'enquête publique n'est pas une fin en soi. Elle a essentiellement pour but de renseigner les intéressés de façon complète sur la construction projetée. Les défauts dont elle peut être affectée ne peuvent donc être invoqués à l'encontre d'une décision que s'ils ont pour conséquence de gêner l'administré dans l'exercice de ses droits et qu'il en subit un préjudice (AC.2008.0264 du 3 septembre 2009 consid. 2; AC.2009.0140 du 28 octobre 2009 consid. 1c et références). Des lacunes dans les plans d'enquête ne peuvent par conséquent affecter la validité du permis de construire que si elles ne permettent pas de se faire une idée précise, claire et complète des travaux envisagés et de leur conformité aux règles de la police des constructions (arrêts AC.2017.0192 précité consid. 3a; AC.2008.0127 du 17 mars 2009 consid. 2 et réf.).

c) En l'occurrence, le plan de situation du dossier de l'enquête principale indique les cotes d'altitude du terrain naturel aux angles des bâtiments A et B (16 points cotés au total). Par ailleurs, le niveau du terrain naturel, ainsi que la hauteur des déblais et des remblais, figurent sur les plans de façades et sur les coupes. Rien n'indique que ces informations soient inexactes; en particulier, les recourants ne font pas valoir d'éléments qui conduiraient à remettre en cause l'exactitude des plans à cet égard. Dans ces conditions, il y a lieu d'admettre que le dossier d'enquête est suffisant pour s'assurer du respect de l'art. 9.16 RPAPC.

Cela étant, même si les plans et coupes devaient être qualifiés de sommaires, voire de lacunaires – dans la mesure où ils ne mentionnent pas les cotes d'altitude des terrains naturel et aménagé –, ces manquements ne seraient pas d'une gravité telle qu'ils justifieraient l'annulation du permis de construire.

Le recours doit être rejeté à cet égard.

14.

a) Les recourants dénoncent l'absence de certains équipements collectifs prescrits par l'art. 32 RLATC: il n'y aurait aucune place de stationnement ni garage pour les deux-roues, aucune buanderie ni local pour le rangement des poussettes.

b) Intitulé "Equipements collectifs", l'art. 32 RLATC a la teneur suivante:

"1 Les immeubles destinés à l'habitation collective doivent être pourvus d'équipements collectifs, tels que local pour voitures d'enfants, buanderie, séchoir et caves en relation avec leur importance. Les locaux communs doivent être convenablement aérés.

1bis Les immeubles destinés à l'habitation collective ou à une activité doivent être pourvus de garage pour deux-roues légers motorisés ainsi que d'un local ou d'un couvert adapté aux deux-roues légers non motorisés.

[…]."

c) En l'occurrence, l'autorité intimée a indiqué dans sa réponse en joignant les pièces nos 5 et 6 qu'un des locaux techniques (celui contenant le tableau électrique, selon la duplique p. 5) attenant à la cage d'ascenseur, au sous-sol, était un espace-poussettes. En outre, un système de suspension pour 18 vélos est prévu devant deux des six places de stationnement. Au surplus, il a déjà été jugé que lorsque, comme en l'espèce, chaque appartement est équipé d’une colonne avec machine à laver et sèche-linge, une buanderie n'est pas nécessaire (arrêt AC.2011.0018 du 6 juillet 2011 consid. 5). Partant, les exigences de l’art. 32 RLATC sont respectées et le recours doit être rejeté sur ce point.

15.

a) Dans leur mémoire complémentaire, les recourants soutiennent que les places de stationnement ne sont pas conformes à la LRou. En effet, ces places de stationnement – qui se trouvent à trois mètres du bord de la chaussée, conformément à l'art. 37 al. 1 de la loi sur les routes du 10 décembre 1991 (LRou; BLV 725.01) – ne sont pour la plupart (10 sur 12) pas accessibles depuis le domaine public (chemin ********, DP 42): sur une largeur d'environ 2 mètres, ce chemin abrite une plate-bande herbeuse et n'est donc pas carrossable sur toute sa largeur. Les plans mis à l'enquête ne prévoyant pas de modification du domaine public (DP 42), les places de stationnement en resteraient séparées par la plate-bande herbeuse, de sorte que le permis de construire complémentaire n'aurait pas dû être octroyé. En outre, à supposer que la plate-bande soit supprimée pour que toutes les places de parc puissent être raccordées au chemin ********, la route serait élargie et son bord déplacé vers le Nord, de sorte que la distance minimale de 3 mètres prescrite par la LRou ne serait plus respectée.

b) Faisant partie des dispositions sur les limites de constructions (art. 36 ss) et intitulé "Constructions souterraines et dépendances de peu d'importance", l'art. 37 al. 1 LRou a la teneur suivante:

" A défaut de plan fixant la limite des constructions souterraines, l'autorité compétente peut autoriser celles-ci ainsi que les dépendances de peu d'importance à une distance de 3 mètres au moins du bord de la chaussée; l'autorisation est refusée lorsque la sécurité du trafic ou la stabilité de la chaussée l'exigent."

c) Comme le relève l'autorité intimée, afin de permettre l'accès aux places de stationnement, il convient d'aménager la bande herbeuse par une surface pouvant être empruntée par des véhicules. Il appartiendra à l'autorité intimée de faire exécuter ces travaux, puisqu'il s'agit du domaine public communal. Les questions de savoir si ces aménagements sont soumis à autorisation (sur les conditions de l'assujettissement à autorisation, voir art. 103 LATC) et, dans l'affirmative, si une dispense d'enquête peut être accordée (à ce sujet, voir art. 111 LATC), ne font pas l'objet de la présente procédure.

Au demeurant, ces travaux auraient seulement pour but de permettre l'accès aux places de stationnement et non d'élargir le chemin ********. Le marquage de la chaussée devrait être adapté en conséquence, comme l'autorité intimée l'a évoqué en audience. Dans ces conditions, le respect de la distance de 3 m prescrite par l'art. 37 al. 1 LRou n'est pas remis en cause. Le recours est mal fondé sur ce point.

16.

a) Dans leur mémoire complémentaire, les recourants s'en prennent à la remise à ciel ouvert d'une partie du ruisseau. Ils font valoir que le dossier de l'enquête publique (complémentaire) n'est pas complet, dans la mesure où il ne précise pas si la création des places de stationnement sur le tracé du ruisseau et le nivellement du sol à cet endroit nécessiterait la modification ou la réfection du tronçon qui resterait couvert.

Selon la synthèse CAMAC du 23 janvier 2018, la DGE-EAU a délivré l'autorisation spéciale requise. Dans sa réponse du 27 mars 2018, l'autorité concernée se réfère à l'art. 38 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20), aux termes duquel les cours d'eau ne doivent ni être couverts ni mis sous terre (al. 1). Or, en l'espèce, le cours d'eau est déjà couvert et la modification du projet mise à l'enquête complémentaire prévoit de le mettre partiellement à ciel ouvert dans le cadre d'un projet paysager. La DGE-EAU et la DGE-BIODIV approuvent la modification du projet qui offre une (faible) plus-value paysagère et biologique.

b) Le dossier de l'enquête publique complémentaire ne prévoit pas que la coulisse contenant la partie du ruisseau qui resterait couverte doive subir une modification ou une réfection. Selon la synthèse CAMAC, la DGE-EAU a accordé l'autorisation spéciale requise pour le projet, tel qu'il a été mis à l'enquête complémentaire. Appelée en cause dans la présente procédure, la DGE, autorité spécialisée, n'a rien trouvé à redire au projet, son représentant relevant d'ailleurs lors de l'inspection locale que la carte des dangers naturels ne signale aucun risque dans la traversée du village de Lignerolle. A cette occasion, le Syndic a également affirmé, sans être contredit, que le ruisseau n'avait jamais débordé à cet endroit. Dans ces conditions, on ne voit pas en quoi le projet serait incomplet. On ne saurait dire en particulier qu'il omettrait de tenir compte de certains risques spécifiques au ruisseau en question. Le recours doit être rejeté sur ce point.

17.

Il suit de ce qui précède que le recours doit être très partiellement admis, en tant qu'il concerne les terrasses (ou couverts à voitures), lesquelles doivent être réduites à la dimension des balcons des étages supérieurs qui les surplombent, sans appui au sol (cf. consid. 4c ci-dessus). Les décisions attaquées sont confirmées pour le surplus.

Les recourants, qui succombent pour l'essentiel, supportent les frais judiciaires, légèrement réduits, solidairement entre eux (cf. art. 49 al. 1, 51 al. 2, 91 et 99 LPA-VD). Le solde des frais judiciaires est mis à la charge du constructeur. L'autorité intimée, qui obtient pour l'essentiel gain de cause avec le concours d'un mandataire professionnel, a droit à des dépens quelque peu réduits, lesquels sont mis à la charge des recourants, débiteurs solidaires (cf. art. 55, 57, 91 et 99 LPA-VD).