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A. X _________ était précédemment domiciliée à A _________, dans un appartement en location de 3,5 pièces.

Le 25 septembre 2020 (date de l’inscription au registre foncier), elle a acquis un appartement à B _________ pour le prix de 238’000 francs. Dès le mois suivant, elle a procédé à des travaux de rénovation qui ont duré plusieurs mois, pour un montant allégué de 49’000 ou 57’000 francs. Le 2 mai 2021, elle a transféré ses papiers à l’adresse de cet appartement.

Par acte de vente du 7 mars 2022, la contribuable a vendu l’appartement précité pour le prix de 373’000 francs. Le même jour, elle a acheté un appartement équipé de deux chambres supplémentaires (soit 4,5 pièces) dans la commune voisine de C _________, pour un prix de 985’000 francs. Elle y a déposé ses papiers le 20 mars 2022. Le transfert de propriété de l’appartement de B _________ est intervenu le 10 juin 2022.

La contribuable a résilié le bail de son appartement à A _________ pour le 30 novembre 2022.

B.

B.a Le 8 juillet 2022, le Service cantonal des contributions (SCC) a transmis à la contribuable une déclaration d’impôt sur les gains immobiliers s’agissant de la vente de l’appartement de B _________. Ce document précisait que l’imposition pouvait être différée en application de l’art. 46 let. e LF à la condition, notamment, qu’au moment de la cession, le bien cédé servait exclusivement, depuis au moins deux ans, de logement principal à l’aliénateur (p. 70 du dossier du SCC).

X _________ a rempli cette déclaration le 5 septembre 2022. Elle a indiqué que le bien aliéné avait constitué sa résidence principale jusqu’au moment de la vente et qu’elle requérait un différé d’imposition pour cause de réinvestissement.

Par courrier du 30 septembre 2022, le SCC a notamment informé la contribuable qu’une imposition différée du gain immobilier nécessitait que le bien vendu ait servi exclusivement et depuis au moins deux ans au logement principal de l’aliénateur. Cette condition n’était pas remplie puisqu’elle n’avait été propriétaire de l’appartement vendu qu’entre le 25 septembre 2020 et le 10 juin 2022.

B.b. Par décision de taxation du 15 novembre 2022, le SCC a arrêté l’impôt sur les gains immobiliers à 27’367 fr. 90.

C.

C.a Le 23 novembre 2022, X _________ a formé réclamation contre cette décision, en demandant que l’imposition soit différée en application de l’art. 46 let. e LF. Elle a notamment exposé que la LHID, à son article 12 al. 3 let. e, ne prévoyait pas d’obligation de vivre dans l’appartement depuis au moins deux ans. En outre, au moment où elle avait acheté ce bien, elle était en télétravail et passait beaucoup de temps à B _________. Elle y avait de ce fait annoncé sa résidence principale en 2021.

Le 23 janvier 2023, le SCC a expliqué à la contribuable que l’art. 46 al. 1 let. e LF permettait de différer le gain immobilier si le bien aliéné avait servi exclusivement, depuis au moins deux ans (sic), de logement principal à l’aliénateur. Cette disposition reposait effectivement sur la LHID, mais chaque canton avait la liberté d’en définir ses propres conditions d’application. Le canton du Valais avait fixé ce délai à deux ans, conformément à ce qui figurait au dos de la déclaration d’impôt qui lui avait été transmise. En l’espèce, la contribuable avait été propriétaire de l’appartement concerné pendant moins de deux ans et avait été inscrite en résidence principale dans la commune de B _________ durant moins d’une année, ce qui ne constituait pas un délai approprié. La décision d’impôt sur le gain immobilier était donc correcte et devait être maintenue telle quelle.

Le 20 février 2023, X _________ a répondu au SCC que son appartement avait été vendu comme résidence principale et n’avait jamais été loué. Les art. 12 al. 3 let. e LHID et 46 al. 1 let. e LF exigeaient que l’habitation ait servi durablement et exclusivement au propre usage de l’aliénateur. Selon la jurisprudence, le critère de durabilité était respecté si la résidence du contribuable se situait dans l’objet aliéné à la fin de la durée de possession. La contribuable a expliqué à cet égard qu’elle s’était établie à B _________ déjà quelques semaines avant la date de son inscription à la commune, le 2 mai 2021. Elle y avait depuis lors résidé avec l’intention d’y rester en permanence. Elle y faisait ses courses et avait la volonté d’y développer ses centres d’intérêts personnels. En outre, l’absence d’une durée minimale de détention dans la LHID constituait un silence qualifié du législateur, de sorte qu’aucun délai fixe ne pouvait être imposé pour admettre l’usage propre de l’aliénateur. De même, en vertu du principe de primauté du droit fédéral découlant de l’art. 49 Cst., les cantons n’étaient pas compétents pour poser des exigences supplémentaires au report d’imposition. Partant, les conditions d’un report au sens des art. 46 al. 1 let. e LF et 12 al. 3 let. e LHID étaient remplies.

C.b Par décision du 6 mars 2023, le SCC a rejeté la réclamation. Il a considéré qu’en vertu des art. 46 let. e LF et 12 al. 3 let. e LHID, une durée minimale d’un an apparaissait nécessaire pour admettre que le bien avait durablement servi au propre usage de l’aliénateur. Or, l’appartement de B _________ avait constitué la résidence secondaire de la contribuable jusqu’à ce qu’elle y transfère son domicile le 2 mai 2021. Il n’avait constitué son domicile principal que pendant une période de dix mois. Il était par ailleurs hautement vraisemblable que la contribuable ait formé le projet de déménager de B _________ à C _________ plusieurs semaines, voire plusieurs mois avant la signature des actes de vente et d’achat du 7 mars 2022, compte tenu du temps nécessaire à la recherche d’un acheteur et d’un logement de remplacement. On ne pouvait donc pas admettre que ce bien avait durablement servi à son propre usage au sens de la législation fiscale.

D. Le 4 avril 2023, X _________ a recouru contre cette décision devant la Commission cantonale de recours en matière fiscale (CCR), concluant, principalement, à son annulation et à ce que la décision de taxation soit réformée en ce sens qu’aucun impôt n’est dû sur le gain immobilier, subsidiairement, au renvoi de la cause au SCC pour nouvelle décision. A l’appui de ses conclusions, elle invoque une violation des art. 46 let. e LF et 12 al. 3 let. e LHID. A titre de moyens de preuve, elle sollicite l’édition du dossier du SCC. Elle produit également des certificats médicaux attestant de son incapacité de travail du 10 au 31 octobre 2020 dans le but d’établir que son emménagement à B _________ a été retardé à la suite d’un accident de ski. Elle remet également le relevé de ses transactions bancaires entre le 4 janvier 2021 et le 16 mai 2021 afin de démontrer qu’elle résidait déjà à B _________ durant cette période. Ces décomptes indiquent qu’elle a passé au moins 32 jours dans cette station avant d’y transférer ses papiers.

Le 18 juillet 2023, le SCC a produit son dossier. Il y a joint un échange de courriels des 6 et 7 mars 2023 entre l’administration fiscale et la recourante en lien avec sa taxation ordinaire pour la période fiscale 2021, relativement au fait qu’elle n’avait pas déclaré de jour de télétravail durant cette période. La recourante y indiquait notamment qu’elle se rendait à A _________ – lieu où se situe l’entreprise qui l’employait – pour travailler environ 1 à 2 jours par semaine, ou 2 à 3 jours toutes les deux semaines. En raison des incertitudes liées à la pandémie de Covid-19 et aux changements de directives de son employeur quant aux possibilités de travailler à distance, elle n’avait pas déplacé immédiatement son domicile à B _________, car elle était prête à revenir à A _________ si son employeur l’avait exigé. Selon le SCC, ce courriel montrait que la recourante hésitait encore en 2021 à prendre domicile à B _________, puisque son choix dépendait de l’évolution de la pandémie et des futures directives de son employeur. Le SCC a également rappelé que la contribuable avait vendu son appartement de B _________ et acquis son nouveau logement à C _________ le même jour. Elle avait donc sans doute commencé à chercher un nouveau bien plus grand au moins plusieurs semaines avant la vente et l’on pouvait ainsi douter qu’elle avait eu l’intention de résider durablement dans l’appartement de B _________. Or, cette preuve lui incombait, dans la mesure où elle entraînait un report d’imposition.

La recourante a répliqué le 23 août 2023, maintenant ses conclusions et requérant son interrogatoire à titre de moyen de preuve. Elle a rappelé avoir procédé à des travaux de rénovation de l’appartement de B _________ et a assuré avoir eu la ferme intention d’y résider durablement dès son acquisition. Des circonstances extérieures et personnelles expliquaient pourquoi elle n’avait procédé au changement de domicile que plus tard.

Le SCC a dupliqué le 1er septembre 2023, observant que la recourante n’avait pas prouvé son intention de s’établir durablement dans son premier logement. Le fait qu’elle y avait engagé certains travaux ne suffisait pas. L’expérience montrait en effet que de nombreux contribuables qui acquéraient un immeuble en résidence secondaire y faisaient également exécuter les travaux nécessaires pour en améliorer le confort. Cela ne signifiait toutefois pas encore qu’ils souhaitaient s’y installer à demeure.

Le 21 septembre 2023, la CCR a prononcé la clôture de l’instruction.

Le 23 novembre 2023, elle a informé la recourante de la cessation de ses activités au 31 décembre 2023 et du transfert de ses tâches à la nouvelle Cour de droit fiscal du Tribunal cantonal à partir du 1er janvier 2024.

E. Par ordonnance du 5 janvier 2024, le président de la Cour de droit fiscal a informé la recourante que son recours comptait au nombre des causes de la CCR non liquidées au 31 décembre 2023, de sorte qu’il avait été transféré au Tribunal cantonal pour traitement. Il lui a en outre indiqué que, dans la mesure où la CCR avait, en son temps, prononcé la clôture de l’instruction, la cause apparaissait en principe en l’état d’être jugée. Ainsi, sous réserve de mesures d’instruction complémentaires ordonnées d’office, un arrêt allait être porté par le Tribunal.

Le 20 décembre 2024, la recourante a été invitée à produire diverses pièces complémentaires, soit ses déclarations d’impôts et décisions de taxation 2020, ainsi que tout élément permettant de déterminer la date à laquelle elle avait remis et quitté son logement à A _________, la date à laquelle elle avait décidé de mettre en vente l’appartement de B _________ et la date des premiers pourparlers relatifs à la vente de celui de C _________. Le SCC a simultanément été invité à produire les déclarations d’impôts et décisions de taxation 2021 et 2022 de la recourante.

Le SCC a produit les pièces requises le 6 janvier 2025.

Le 17 janvier 2025, la recourante a versé en cause le bail à loyer de son appartement à A _________, qui avait été conclu pour la période allant du 15 novembre 2019 au 31 décembre 2022. Elle a expliqué avoir été contrainte de signer un bail d’une durée de trois ans, faute de ne pouvoir conclure le contrat. La pandémie de Covid-19 survenue en mars 2020 l’avait amenée à se domicilier hors des centres urbains. Elle avait cependant résilié son bail pour l’échéance contractuelle (recte : pour le 30 novembre 2022, cf. p. 143 du dossier du TC). S’agissant de l’appartement de C _________, elle s’y était intéressée au début de l’année 2022. A cet égard, elle a notamment produit un échange de courriels du 8 janvier 2022 avec l’agence D _________ au sujet de la visite de cet appartement, ainsi qu’un courriel du 27 janvier 2022 dans lequel elle formulait une proposition d’achat pour celui-ci et acceptait une offre pour la vente de son bien de B _________. Elle a précisé que la décision de vendre cet appartement était intimement liée à la possibilité d’acquérir celui de C _________. Elle a également produit sa déclaration d’impôt 2020 déposée auprès du fisc vaudois.

Le 23 janvier 2025, la recourante a remis la décision de taxation du 16 février 2023 de l’autorité fiscale vaudoise pour la période 2020.

Le 29 janvier 2025, le SCC s’est déterminé sur les pièces produites par la recourante. Il a relevé qu’à teneur de sa déclaration d’impôt 2020, l’intéressée avait revendiqué des frais de déplacement engendrés par un trajet A _________-A _________ pour l’entier de l’année (cf. p. 121 du dossier du TC). En outre, le fil des courriels produits démontrait qu’elle avait commencé à chercher un nouvel appartement plusieurs semaines avant la signature des actes de vente du 7 mars 2022, soit à tout le moins depuis le 8 janvier 2022. Quant au contrat de bail de l’appartement de A _________, il n’avait été résilié qu’après l’acquisition de l’appartement de C _________. Ces éléments constituaient des indices que l’appartement de B _________ n’avait été qu’une résidence secondaire et n’avait pas durablement constitué le domicile principal de la recourante.

Cette écriture a été transmise le 7 avril 2025 à la recourante, qui n’a pas déposé d’observations complémentaires.