2C_678/2012

1.

1.1

Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG; BGE 139 V 42 E. 1 S. 44; 138 I 367 E. 1 S. 369; 138 III 471 E. 1 S. 475; 138 IV 258 E. 1.4 S. 262).

1.2

Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der beim Bundesgericht unter Vorbehalt des Nachfolgenden mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden kann (Art. 82 ff. BGG).

1.3

In verfahrensrechtlicher Hinsicht massgebend ist hier gemäss seinem Art. 113 Abs. 2 das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG 2009; SR 641.20). Zur Frage der Legitimation der ESTV zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten spricht sich das Gesetz nicht aus. Immerhin verweist Art. 141 der Mehrwertsteuerverordnung vom 27. November 2009 (MWSTV 2009; SR 641.201) auf die (allgemeine) Behördenbeschwerde nach Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG (vgl. dazu BGE 136 II 359 E. 1.2 S. 362 ff.). Diese setzt keine ausdrückliche formell-gesetzliche Grundlage voraus (Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG e contrario). Die ESTV ist damit zur vorliegenden Beschwerde berechtigt.

1.4

Anfechtbar beim Bundesgericht sind Entscheide, die das Verfahren ganz (Endentscheide; Art. 90 BGG) oder in Bezug auf unabhängig voneinander zu beurteilende Begehren (objektive Klagehäufung) bzw. auf einen Teil der Streitgenossinnen und Streitgenossenen (subjektive Klagehäufung) abschliessen (Teilendentscheide; Art. 91 BGG). Selbstständig eröffnete Vor- oder Zwischenentscheide regeln eine formell- oder materiellrechtliche Frage im Hinblick auf die Verfahrenserledigung und stellen lediglich einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid dar (BGE 139 V 42 E. 2 S. 44; 136 V 131 E. 1.1 S. 133). Sie können vor Bundesgericht nur unter den einschränkenden Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG angefochten werden.

Mit einem Rückweisungsentscheid oder einem Rechtsmittelentscheid gegenüber einem Rückweisungsentscheid geht keine Beendigung des Verfahrens einher. Ein solcher Entscheid fällt grundsätzlich unter die Zwischenentscheide (Art. 93 BGG; BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteil 2C_645/2011 vom 12. März 2012 E. 1.3.1, in: StE 2012 B 72.19 Nr. 15), und zwar selbst dann, wenn die rückweisende Behörde in ihrem Entscheid zuhanden der unteren Instanz materiellrechtliche Teilaspekte des Streitverhältnisses klärt (BGE 135 II 30 E. 1.3.1 S. 34; 134 II 137 E. 1.3.2 S. 140; 133 V 477 E. 4.1.3 S. 481). Anders verhält es sich nur, sofern der unteren Instanz kein eigener Entscheidungsspielraum verbleibt und die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient. In solchen Fällen liegt ein (Quasi-) Endentscheid vor und unterliegt das angefochtene Urteil nunmehr Art. 90 BGG (BGE 135 V 141 E. 1.1 S. 143; 134 II 124 E. 1.3 S. 127; Urteile 2C_572/2012,2C_573/2012 vom 27. März 2013 E. 2.4;2C_383/2012 vom 6. September 2012 E. 1.3, in: StE 2013 B 23.43.2 Nr. 17, StR 67/2012 S. 836).

Im vorliegenden Fall reicht die Anweisung an die Unterinstanz über eine blosse rechnerische Umsetzung hinaus, indem die Unterinstanz verpflichtet wird, den Rückforderungsanspruch zu ermitteln (angefochtener Entscheid, E. 5.5). Damit entfällt ein (Quasi-) Endentscheid und bleibt es bei einem reinen Zwischenentscheid.

Gemäss Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist die Beschwerde gegen andere - als die in Art. 92 BGG genannten -, selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (BGE 137 III 380 E. 1.2.1 S. 382; 136 IV 92 E. 4 S. 95). Ein Rückweisungsentscheid, der mit materiellen Vorgaben an die Unterinstanz zum weiteren Vorgehen verbunden ist, kommt einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur gleich. Ausschlaggebend hiefür ist, dass die Verwaltungsbehörde, die gemäss Rückweisungsentscheid einen ihr nicht genehmen Entscheid zu erlassen hat, zu dessen späterer Anfechtung nicht befugt wäre, sodass im Ergebnis der allenfalls rechtswidrige Entscheid keiner bundesgerichtlichen Überprüfung unterzogen werden könnte (so u. a. BGE 134 II 124 E. 1.3 S. 128; 133 II 409 E. 1.2 S. 412; 133 V 477 E. 5.2 S. 483 ff.; Urteile 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.3, in: StE 2012 B 44.12.3 Nr. 6;2C_645/2011 vom 12. März 2012 E. 1.3.2, in: StE 2012 B 72.19 Nr. 15). Die frühere Praxis gemäss Urteil 2A.264/2006 vom 3. September 2008 E. 2.2, publ. in: RDAF 2009 II 186, auf die sich die ESTV bezieht, gilt unter Herrschaft des Bundesgerichtsgesetzes nicht mehr.

1.5

Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; BGE 138 III 537 E. 2.2 S. 540; 137 III 385 E. 3 S. 386; 133 III 545 E. 2.2. S. 550).

Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 135 II 384 E. 2.2.1 S. 389; 134 III 102 E. 1.1 S. 104; 133 II 249 E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur, soweit eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Die bundesgerichtliche Praxis verlangt, dass die geltend gemachte Verfassungsverletzung klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids dargelegt wird. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (BGE 136 II 489 E. 2.8 S. 494 mit Hinweisen; Urteile 2C_984/2012 vom 21. März 2013 E. 1.4;2C_545/2012 vom 22. Februar 2013 E. 2.2;2C_605/2012 vom 20. Februar 2013 E. 2.3).

Fragen des Bundesrechts klärt das Bundesgericht mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG; Urteile 2C_1003/2011 vom 18. Februar 2013 E. 1.3;2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.4;2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 1.4, in: StR 67/2012 S. 828).

1.6

Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Deren tatsächlichen Feststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d. h. willkürlich ermittelt worden sind (Art. 9 BV; BGE 137 II 353 E. 5.1 S. 356; zum Willkürbegriff: BGE 138 I 49 E. 7.1 S. 51; 138 V 74 E. 7 S. 82; 137 I 1 E. 2.4 S. 5) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 137 III 226 E. 4.2 S. 234).

1.7

Streitig und zu prüfen ist eine Mehrwertsteuerforderung der Jahre 1995 bis 2004. Am 1. Januar 2010 ist das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG 2009; SR 641.20) in Kraft getreten. Aufgrund von Art. 112 Abs. 1 MWSTG 2009 bleiben in Bezug auf das materielle Recht die bisherigen Bestimmungen anwendbar (Urteile 2C_1003/2011 vom 18. Februar 2013 E. 1.5;2C_835/2011 vom 4. Juni 2012 E. 1.5). Massgebend ist demnach das frühere Recht, d. h. das Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (MWSTG 1999; AS 2000 1300), das am 1. Januar 2001 in Kraft getreten war. Für den Zeitraum davor, die Jahre 1995 bis und mit 2000, ist die seinerzeitige Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV 1994; AS 1994 1464) heranzuziehen, auf welche Art. 93 Abs. 1 MWSTG 1999 verweist (Urteil 2C_399/2011 vom 13. April 2012 E. 1.4.1, nicht publ. in: BGE 138 II 251).

2.

2.1

Die Mehrwertsteuer in der bis Ende 2009 herrschenden Ausprägung folgt dem Konzept der reinen Selbstveranlagungssteuer (Art. 38 Abs. 1 MWSTV 1994, Art. 46 MWSTG 1999), während das seitherige System aufgrund der ausgeglicheneren Aufgabenverteilung zwischen steuerpflichtigen Personen und ESTV einer modifizierten Selbstveranlagung entspricht (Ivo P. Baumgartner/Diego Clavadetscher/Martin Kocher, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuerrecht, 2010, § 10 N. 8). Das bisherige Recht stellt beträchtliche Anforderungen an die steuerpflichtigen Personen. Ihnen obliegt die volle und alleinige Verantwortung für die richtige und vollständige umsatzsteuerrechtliche Behandlung der Geschäftsvorfälle. Die Aufgabe der ESTV beschränkt sich altrechtlich auf den Bezug und die Kontrolle der Steuer unter dem Gesichtspunkt der Richtigkeit und Vollständigkeit (Urteile 2C_232/2012 vom 23. Juli 2012 E. 4.1;2C_835/2011 vom 4. Juni 2012 E. 2.1;2C_650/2011 vom 16. Februar 2012 E. 2.5.2).

2.2

Das Legalitätsprinzip beherrscht das Abgaberecht in einem umfassenden Sinn (BGE 138 V 32 E. 3.1.1 S. 35; 136 II 337 E. 5.1 S. 348 f.; 132 I 157 E. 2.2 S. 159; 131 II 562 E. 3.1 S. 565; Urteile 2C_337/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 2.6;2C_196/2012 vom 10. Dezember 2012 E. 3.2.4). Zu den Abgaben des Bundes hält Art. 164 Abs. 1 lit. d BV fest, dass die grundlegenden Bestimmungen über den Kreis der Abgabepflichtigen sowie den Gegenstand und die Bemessung von Abgaben in einem formellen Gesetz zu erlassen sind (Urteil 1C_78/2012 vom 10. Oktober 2012 E. 6; BGE 127 I 60 E. 2d S. 64 ff.). Entsprechend der Erhebung unterliegt auch die Nichterhebung der (gesetzlich geschuldeten ) Steuer dem Vorbehalt des Gesetzes (Urteile 2C_596/2012 E. 5.3 und 2C_702/2012 E. 3.3, je vom 19. März 2013; zum Einzelfallverzicht Michael Beusch, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 259; Peter Stähli, Das Steuergrundpfandrecht, 2006, N. 4.630 S. 278).

2.3

Soweit es um die Rückvergütung einer (gesetzlich nicht geschuldeten ) Steuer geht, findet sich in den Steuergesetzen regelmässig keine positivrechtliche Norm. Dessen ungeachtet muss eine Rückerstattung der zu Unrecht erbrachten Steuerzahlung zulässig sein. Ausgangspunkt bildet der allgemeine öffentlich-rechtliche Grundsatz der Rückvergütung einer rechtsgrundlos erbrachten Leistung (Art. 62 ff. OR per analogiam; BGE 138 V 426 E. 5.1 S. 430 f.; 135 II 274 E. 3.1 S. 276; Pierre Moor/Etienne Poltier, Droit administratif, Band II, 3. Aufl., 2011, S. 168 N. 1.5.3; Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., 2010, N. 760 ff.; Fritz Gygi, Verwaltungsrecht, 1986, S. 287 [Zahlungen ohne Rechtstitel]; Beusch, a.a.O., S. 62).

Ausgehend davon hat sich im Bereich der einstigen Warenumsatzsteuer (Bundesrats-Beschluss vom 29. Juli 1941 über die Warenumsatzsteuer [WUStB; AS 1941 793]) eine langjährige Praxis entwickelt (BGE 102 Ib 45 E. 1b S. 47 f.; Urteile 2C_486/2009 vom 1. Februar 2010 E. 2.4; A.40/1982 vom 14. September 1984 E. 6, in: ASA 55 S. 62; Dieter Metzger, Handbuch der Warenumsatzsteuer, 1983/1992, N. 888 ff.; Wilhelm Wellauer, Die eidgenössischen Steuern, Zölle und Abgaben, Band 1, Warenumsatzsteuer, 1959, N. 879 ff.). Praxisgemäss können die zur Warenumsatzsteuer entwickelten Grundsätze auch für die Mehrwertsteuer herangezogen werden (Urteil 2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.4.2 f., in: ASA 74 S. 666, RDAF 2004 II 100). Danach ist die Rückvergütung bezahlter Mehrwertsteuern möglich, wenn:

(1.) die steuerpflichtige Person die Mehrwertsteuer aufgrund einer eigenen Abrechnung oder einer amtlichen Ergänzungsabrechnung, nicht jedoch aufgrund eines rechtkräftigen Steuerentscheids, entrichtet und dabei den ausdrücklichen Vorbehalt des Ausgangs des konkreten Steuerentscheidverfahrens oder der Vornahme einer allgemeinen Praxisänderung angebracht hat,

(2.) in der Folge das vorbehaltene Ereignis (Entscheid, Praxisänderung) eintritt und den Standpunkt der steuerpflichtigen Person bestätigt, womit die erbrachte Steuerzahlung rückblickend als Leistung einer Nichtschuld ("rechtsgrundlos") gilt, und

(3.) die zurückzuerstattende Steuer noch nicht verjährt ist

( dazu Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender/Marcel R. Jung/Simeon L. Probst, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 3. Aufl., 2012, N. 2060 ff. und 2154 ff.; Pascal Mollard/Xavier Oberson/Anne Tissot Benedetto, Traité TVA, 2009, Kap. 1 N. 447 ff. und Kap. 6 N. 176 ff.). Die Zahlung unter Vorbehalt stellt sich damit als Leistung unter ausdrücklicher Bestreitung der Steuerpflicht dar (Markus Küpfer, in: Martin Zweifel/Michael Beusch/Maja Bauer-Balmelli [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, VStG, 2. Aufl., 2012, N. 13 zu Art. 39 VStG). Sie dient dazu, den Lauf des Verzugszinses aufzuhalten ( Wellauer, a.a.O., N. 830; Hans Peter Hochreutener, in: Martin Zweifel/Peter Athanas/Maja Bauer-Balmelli [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band II/3, StG, 2002, N. 27 zu Art. 38 StG ). Aufgrund des Vorbehalts bleibt die durch die steuerpflichtige Person erstellte Abrechnung "hängig". Sie verweilt in der Schwebe, bis die ESTV das zu eröffnende Entscheidverfahren abgeschlossen hat (Art. 63 MWSTG 1999; Sandra Knopp Pisi, Das Selbstveranlagungsprinzip bei der Mehrwertsteuer, in: ASA 74 S. 389, insb. S. 394; z ur Bestreitung der Ergänzungsabrechnung auch Metzger, N. 828 und 842.), längstens aber bis zum Eintritt der Verjährung (Art. 49 f. MWSTG 1999; Art. 40 f. MWSTV 1994, die keine absolute Verjährung kennen).

2.4

Als Folge des Selbstveranlagungsprinzips hat die steuerpflichtige Person in eigener Verantwortung darüber zu befinden, ob sie die von ihr geschuldete Steuer vorbehaltlos, d. h. aufgrund der geltenden Praxis entrichten will (" paiement sans réserve" ), oder ob sie, wenn sie mit dem einen oder anderen Aspekt dieser Praxis nicht einverstanden ist, dies nur unter Vorbehalt tun will ("paiement sous réserve"). Sieht sie von einem Vorbehalt ab, ist die steuerpflichtige Person nach dem Mehrwertsteuerrecht von 1995 bzw. 2001 an ihre vorbehaltlose Abrechnung gebunden. Mit der vorbehaltlosen Abrechnung bringt sie zum Ausdruck, sie sei bereit, die Steuer zu entrichten (Urteile 2A.304/2003 vom 14. November 2003 E. 3.5, in: ASA 76 S. 627;2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.4.3.4, in: ASA 74 S. 666, RDAF 2004 II 100; direktsteuerlich: BGE 135 II 274 E. 3.1 S. 276 f. zur Rückvergütung zu viel entrichteter Quellensteuern). Bei vorbehaltloser Leistung gilt denn auch das Prinzip der Nichtrückwirkung einer Praxisänderung (Urteil 2A.320/2002 vom 2. Juni 2003 E. 3.4.3.7; Wellauer, N. 881). Tritt eine solche ein, wirkt sie sich unter Herrschaft des Mehrwertsteuerrechts von 1995 und 2001 für jedermann "ex nunc et pro futuro" aus, für jene, die ihre Leistung unter Vorbehalt erbracht hatten, überdies "ex tunc" (so Baumgartner/Clavadetscher/Kocher, a. a. O., § 10N. 5; vgl. auch Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, a. a. O., Kap. 1 N. 450; ).

2.5

In der Sache selbst liegt gemäss Art. 8 Abs. 2 lit. a MWSTV 1994 (baugewerblicher) Eigenverbrauch auf (Anlage-) Liegenschaften vor, wenn die steuerpflichtige Person an bestehenden oder neu zu erstellenden Bauwerken, die zur entgeltlichen Veräusserung oder entgeltlichen Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung bestimmt sind, Arbeiten vornimmt oder vornehmen lässt und hierfür nicht für die Versteuerung optiert (Urteile 2C_650/2011 vom 16. Februar 2012 E. 2.3 [Immobiliengesellschaft];2A.129/2005 vom 16. März 2006 E. 3, in: ASA 76 S. 786;2A.476/2002 vom 7. März 2003 E. 2 [Etablissements de Bellechasse], in: ASA 73 S. 493 [Green-Keeper];2A.451/1998 vom 30. März 2001 E. 2a [Hauswart], in: ASA 72 S. 158, RDAF 2001 II 376). Abgesehen von den Hauswartleistungen, die unter dem Recht von 2001 nicht mehr steuerbar waren, gilt dasselbe gemäss Art. 9 Abs. 2 lit. a MWSTG 1999.

2.6

Die baugewerbliche (Eigenverbrauchs-) Steuer wird berechnet vom Preis (ohne den Wert des Bodens), der im Falle der Lieferung einer unabhängigen Drittperson in Rechnung gestellt würde (Art. 26 Abs. 3 lit. c MWSTV 1994 bzw. Art. 34 Abs. 4 MWSTG 1999). In den Fällen, in welchen die steuerpflichtige Person keinen effektiven Drittpreis nachweisen kann, lässt die ESTV eine annäherungsweise Ermittlung anhand der Anlagekosten zu. Gemäss Ziff. 7.3.3 der Spezialbroschüre Nr. 04 der ESTV, Eigenverbrauch, in der ab 1. Januar 2001 geltenden Fassung, zählen zu den Anlagekosten namentlich auch die Bauzinsen (Fremd- und Eigenkapitalzinsen; Urteil 2C_650/2011 vom 16. Februar 2012 E. 3.3.4). Aufgrund der Praxisänderungen der ESTV ab 1. Januar 2005, Ziff. 2.2.2, sind die Baukredit- und anderen Kreditzinsen sowie Kreditkommissionen (Bauzinsen) zur annäherungsweisen Ermittlung nicht mehr in die Anlagekosten einzurechnen.

3.

3.1

Die ESTV rügt, die Vorinstanz habe den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Zu Unrecht gehe sie davon aus, da ss die Steuerpflichtige den am 21. Dezember 2001 erhobenen Vorbehalt aufrechterhalten habe und darüber hinaus annehme, der Vorbehalt habe inhaltlich neben den Eigenkapital- auch die Fremdkapitalzinsen erfasst. Mit dem formellen Erfordernis der Schriftlichkeit des Rückzugs des Vorbehalts verletze die Vorinstanz ebenso Bundesrecht wie mit der zeitlichen Erstreckung des Vorbehalts auf den Zeitraum von 2002 bis und mit 2004.

3.2

Die Vorinstanz hat in für das Bundesgericht verbindlicher Weise (Art. 105 Abs. 1 BGG) festgestellt, die Steuerpflichtige habe erstmals mit Schreiben vom 26. Oktober 2001 und nochmals am 7. November 2001 die Frage des Einbezugs der Kapitalzinsen in die Bemessungsgrundlage aufgeworfen. In der Folge habe sie am 21. Dezember 2001 schriftlich einen Vorbehalt angebracht ("... einzig zum Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage ..."). Ein schriftlicher Rückzug des Vorbehalts lasse sich, was auch von der ESTV anerkannt wird, den Akten nicht entnehmen.

3.3

Das System der reinen Selbstveranlagung, wie es bis Ende 2009 in Kraft stand, kennzeichnet sich allem voran durch die Verteilung der Aufgaben. Danach ist die ESTV (nur) für den Bezug und die Kontrolle der Steuer unter dem Gesichtspunkt der Richtigkeit und Vollständigkeit zuständig. Alles Übrige obliegt der steuerpflichtigen Person, wobei sie ihre Aufgaben hauptsächlich durch Einreichung der Abrechnungen und Bezahlung der abrechnungsgemäss geschuldeten Steuer erfüllt. Im Unterschied zur gemischten Veranlagung (z. B. Art. 123 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]; Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 4.4, in: StE 2013 A 24.21 Nr. 24, StR 67/2012 S. 828), die sich durch wechselseitige Handlungen kennzeichnet und die zu einer anfechtbaren Verfügung führt, bleibt die (mehrwert-) steuerpflichtige Person dem Grundsatze nach ohne Rückmeldung der ESTV. Anders kann es sich im Fall einer internen oder externen Kontrolle verhalten (Art. 50 MWSTV 1994, Art. 62 MWSTG 1999).

3.4

Ein schriftliches, auf einige wenige, überdies standardisierte Erklärungen der steuerpflichtigen Person beschränktes Verfahren erfordert der Form und dem Inhalt nach unmissverständliche, überprüf- und auch nach längerer Zeit noch nachweisbare Verfahrenshandlungen. Obliegt der steuerpflichtigen Person die volle und alleinige Verantwortung für die richtige und vollständige umsatzsteuerrechtliche Behandlung der Geschäftsvorfälle, hat sie sich zwingend in einer Art auszudrücken, die es der ESTV ermöglicht, die ihr obliegende Richtigkeits- und Vollständigkeitskontrolle ohne weitere Rückfragen vorzunehmen und etwaige Massnahmen zu ergreifen. Die steuerpflichtige Person hat sich nicht nur - der Form und dem Inhalt nach - klar zu äussern, sie muss sich in der Folge auf ihr Verhalten auch behaften lassen. Im Umkehrschluss ist die ESTV an die unmissverständlich abgegebene (Haupt-) Erklärung der steuerpflichtigen Person gebunden, es sei denn, diese gebe eine ebenso eindeutige Gegenerklärung ab. Dies gilt insbesondere auch im Bereich des Vorbehalts : Der Erklärungspflicht der steuerpflichtigen Person steht die Befolgungspflicht der Steuerverwaltung gegenüber. Vorbehaltserklärungen der steuerpflichtigen Person sind für diese und die ESTV gleichermassen verbindlich.

3.5

Wirft die Haupt- und/oder die Gegenerklärung Fragen auf, erweist sie sich beispielsweise als lückenhaft, unverständlich, mehrdeutig oder widersprüchlich, gebietet die das Verwaltungsverfahren beherrschende Untersuchungspflicht (hier: Art. 62 Abs. 1 MWSTG 1999 bzw. zuvor Art. 50 Abs. 1 MWSTV 1994) das Tätigwerden der Behörde von Amtes wegen (allgemein auf Stufe Bund Art. 12 des Bundesgesetzes vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren [VwVG; SR 172.021]). Das Untersuchungsprinzip gilt freilich nicht uneingeschränkt und findet seine Grenzen an der Mitwirkungspflicht der Parteien (auf Stufe Bund: Art. 13 VwVG; BGE 138 V 86 E. 5.2.3 S. 97; 138 V 218 E. 6 S. 221 f.; 125 V 193 E. 2 S. 195; 122 V 157 E. 1a S. 158; Urteile 2C_605/2012 vom 20. Februar 2013 E. 2.3;2C_3/2012 vom 15. August 2012 E. 6.4; vgl. ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl., 2010, N. 1625; Pierre Tschannen/ Ulrich Zimmerli/Markus Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl., 2009, § 30 N. 24; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2008, N. 3.120).

3.6

Soweit es sich im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes als unmöglich erweist, aufgrund der Beweiswürdigung einen Sachverhalt zu ermitteln, kommt im Steuerrecht die Normentheorie zum Tragen. In Konkretisierung des allgemeinen Grundsatzes von Art. 8 ZGB, der auch im öffentlichen Recht gilt (BGE 138 II 465 E. 6.8.2 S. 486; 138 V 218 E. 6 S. 222), trägt die Steuerbehörde die Beweislast für die steuerbegründenden und -erhöhenden Tatsachen, wogegen die steuerpflichtige Person für die steueraufhebenden und -mindernden Tatsachen beweisbelastet ist (Urteil 2C_92/2012 vom 17. August 2012 E. 4.3, in: StE 2013 A 24.21 Nr. 24, StR 67/2012 S. 828). Infolge dessen ist die steuerpflichtige Person für die Erklärung, die ESTV für den Rückzug des Vorbehalts beweisbelastet.

3.7

Der Nachweis des einen oder andern lässt sich in der Praxis allem voran durch die Vorlage einer Urkunde erbringen. Nur in seltenen Umständen wird der Beweis auf andere Weise erbracht werden können (zu einem dieser nicht häufig auftretenden Fälle Urteil 2C_508/2010 vom 24. März 2011 E. 3.6.2, in: ASA 80 S. 61). Auch die ESTV anerkennt dies, wenn sie ausführt, die steuerpflichtige Person habe den Vorbehalt respektive die Bestreitung grundsätzlich "in geeigneter Art" zum Ausdruck zu bringen, "in der Regel schriftlich". Die bisherige "reine" Selbstveranlagungssteuer kennzeichnet sich, wie gezeigt, durch einige wenige, allerdings standardisierte Willensäusserungen (Abrechnung, Bezahlung), denen im Regelfall keine wahrnehmbare Willensäusserung der ESTV gegenübersteht.

In einem an sich ausschliesslich schriftlichen Verfahren wie demjenigen der Mehrwertsteuer ist allein mit Blick auf das Beweisrecht im Ergebnis eine schriftliche Erklärung des Vorbehalts erforderlich. Rechtssicherheit lässt sich denn auch vornehmlich durch schriftliche Parteierklärungen erzielen. Dem Erfordernis der Schriftlichkeit genügen dabei elektronische Eingaben mit anerkannter elektronischer Signatur (Art. 21a VwVG) ebenso wie herkömmliche, handschriftlich unterzeichnete Dokumente (Art. 13 f. OR; Michael Beusch, in: Felix Geiger/Regine Schluckebier [Hrsg.], MWSTG, 2012, N. 6 zu Art. 43 MWSTG 2009). Von keiner Bedeutung ist, ob das Papierdokument von der steuerpflichtigen Person oder der ESTV - beispielsweise in Form eines gemeinsamen Protokolls - erstellt wurde; entscheidend ist einzig die unterschriftlich bezeugte Erklärung des Vorbehalts durch die steuerpflichtige Person.

3.8

Ergibt sich damit im Ergebnis das Erfordernis der schriftlichen Kundgabe des Vorbehalts, verhält es sich mit dessen Rückzug nicht anders. Dies führt zur Parallelität der Formen, wie sie die Vorinstanz anruft und sie sich im Zivilrecht etwa aus Art. 12 OR ergibt. Materielle Grundlage der unerlässlichen Schriftlichkeit des Rückzugs eines Vorbehalts bildet freilich, über dieses rein formale Kriterium hinaus, der Charakter der Mehrwertsteuer als einer (reinen) Selbstveranlagungssteuer. Unerheblich ist auch hierbei, ob der schriftliche Rückzug in einer elektronischen oder herkömmlichen Parteieingabe, einer von der Behörde vorbereiteten Rückzugserklärung oder einem gemeinsamen Protokoll kund getan wird. Entscheidend ist einzig die von der steuerpflichtigen Person anerkannte Verbriefung ihres Rückzugswillens.

3.9

Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 BGG) verblieb die "Kurznotiz für interne Zwecke" vom 19. Juni 2002 bei der ESTV, ohne dass die Steuerpflichtige über deren Erstellung in Kenntnis gesetzt und zur Unterzeichnung eingeladen worden wäre. Dass die ESTV in der Folge einen Abschreibungsbeschluss erliess, der durch den angeblichen Rückzug veranlasst sein soll, ändert daran nichts. Der autoritativ erlassene Beschluss, ohne Mitwirkung der Steuerpflichtigen ergangen, vermag den fehlenden Nachweis eines formgültigen Rückzugs nicht zu ersetzen. Abgesehen von der fehlenden Unterschrift der Steuerpflichtigen fällt auf, dass der Abschreibungsbeschluss auf die Frage des Vorbehalts ohnehin nicht ausdrücklich einging. Vor diesem Hintergrund hat die Vorinstanz den Sachverhalt willkürfrei gewürdigt und das Vorliegen einer Rückzugserklärung bundesrechtskonform verneint. Aufgrund des Fehlens eines gültigen Rückzugs ist der am 21. Dezember 2001 schriftlich erklärte Vorbehalt damit weiterhin aufrecht. Die Prüfung, ob das von der Steuerpflichtigen geäusserte Verhalten unter Umständen als "impliziter" Rückzug des Vorbehalts gedeutet werden könnte, erübrigt sich unter diesen Umständen.

4.

4.1

Ist der Bestand des Vorbehalts vom 21. Dezember 2001 erstellt, bleibt dessen Inhalt zu klären. Streitgegenstand sind der inhaltliche und zeitliche Umfang.

4.2

Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz steht fest, dass die Steuerpflichtige mit Schreiben vom 21. Dezember 2001 erklärte, sie müsse "einzig zum Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage einen Vorbehalt anbringen". Die Frage, ob auch Eigenkapitalzinsen in die Bemessungsgrundlage des baugewerblichen Eigenverbrauchs flössen, sei zu sistieren, bis in einem Parallelverfahren ein Entscheid vorliege. Die massgebende Passage des in den Akten liegenden Schreibens lautet wie folgt:

"Die [Steuerpflichtige] muss einzig zum Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage einen Vorbehalt anbringen. Die Frage, ob Eigenkapitalzinsen bei der Berechnung des baugewerblichen Eigenverbrauchs in die Bemessungsgrundlage einbezogen werden dürfen, ist bisher noch nicht entschieden worden. [...] Ohne zu diesem Zeitpunkt detailliert Stellung zu nehmen, möchten wir kurz unsere Überlegungen darlegen, wieso wir der Auffassung sind, dass Eigenkapitalzinsen nicht in die Bemessungsgrundlage einfliessen dürfen. [...]"

Wie die ESTV mit Recht ausführt, äussert sich der angefochtene Entscheid zur Frage der Bauzinsen nur beiläufig. Zusammenfassend gelangt die Vorinstanz zum Schluss, die Steuerpflichtige habe mit ihrem Schreiben vom 21. Dezember 2001 einen Vorbehalt angebracht und damit die (alte) Praxis der ESTV bestritten, wonach bei der Ermittlung des Eigenverbrauchs die Bauzinsen noch in die Bemessungsgrundlage einzubeziehen waren. Der ESTV ist darin zuzustimmen, dass dieser pauschale Hinweis an den Fakten vorbeizielt. Tatsächlich hat die Steuerpflichtige den Aspekt der Bauzinsen auf die Frage des Einbezugs der Eigenkapitalzinsen beschränkt. Mit Blick auf den hiervor wörtlich zitierten Wortlaut steht fest, dass der Einbezug der Fremdkapitalzinsen im Umkehrschluss nicht bestritten wird.

4.3

Der Inhalt eines Vorbehalts ist an den Regeln zu messen, wie sie für die Form gelten: Oberstes Ziel in einem System der reinen Selbstveranlagung muss die Wahrung der Rechtssicherheit sein. Ein erheblicher Vorbehalt liegt nur vor, "wenn klar wird, worauf er sich bezieht" ( BEUSCH, in: Geiger/Schluckebier, N. 7 zu Art. 43 MWSTG 2009, unter Bezugnahme auf Knopp Pisi, S. 389). Die Bestreitung bzw. der Vorbehalt erfordern einen Wortlaut "suffisamment concrétisé" ( Mollard/Oberson/Tissot Benedetto, Kap. 1 N. 450). Die Steuerpflichtige ist der gebotenen Deutlichkeit nachgekommen, indem sie ihren Einwand auf die Frage der Eigenkapitalzinsen richtete. Die davon abweichende Sichtweise der Vorinstanz überzeugt nicht. Eine vom eindeutigen Wortlaut abweichende Auslegung der Willenserklärung ist nicht am Platz.

4.4

Aus Sinn und Zweck des Vorbehalts ergibt sich weiter, dass in einem quartals- oder semesterbezogenen Abrechnungssystem, wie es altrechtlich bestand (Art. 36 Abs. 1 MWSTV 1994; Art. 45 Abs. 1 MWSTG 1999), ein Vorbehalt "periodenscharf" anzubringen ist. Idealerweise wird der Vorbehalt bis zur Klärung der aufgeworfenen Rechtsfrage fortlaufend auf jeder einzelnen Abrechnung erneuert oder immer wieder in einem Begleitschreiben zum Ausdruck gebracht. Die im Schreiben vom 21. Dezember 2001 gemachten Ausführungen bezogen sich auf die bis dahin ergangenen Ergänzungsabrechnungen. Ihnen eine darüber hinaus fortdauernde Wirkung beizumessen, steht im Widerspruch zum Selbstveranlagungsprinzip, das einen formell (schriftlich), inhaltlich (konkret) und zeitlich (periodenscharf) hinreichenden Vorbehalt voraussetzt.

5.

5.1

Zusammenfassend ergibt sich, dass ein Vorbehalt der Steuerpflichtigen insoweit besteht, als er inhaltlich die Eigenkapitalzinsen und zeitlich die Perioden bis Ende 2001 umfasst. Soweit weitergehend, fehlt eine rechtsgenügende Willenserklärung.

5.2

Bei ihrer Rechtsanwendung hat die Vorinstanz damit Bundesrecht verletzt (Art. 95 lit. a BGG). Infolge dessen erweist sich die Beschwerde als begründet. Sie ist im Sinne der Erwägungen teilweise gutzuheissen, und das angefochtene Urteil ist aufzuheben. Gemäss Art. 107 Abs. 2 BGG entscheidet das Bundesgericht in der Sache selbst oder weist diese an eine untere Instanz zurück, wenn es die Beschwerde gutheisst. Das Bundesgericht entscheidet mithin nicht nur kassatorisch, sondern kann den Streitpunkt auch reformatorisch neu regeln (BGE 139 V 21 E. 3 S. 26; Urteil 2C_900/2011 vom 2. Juni 2012 E. 6.4). Die vorliegende Sach- und Rechtslage lässt eine solche direkte Beurteilung freilich nicht zu. Dementsprechend ist die Sache zur weiteren Untersuchung und neuen Entscheidung an die Unterinstanz zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 Satz 2 BGG).

5.3

Bei diesem Ausgang des Verfahrens haben die Beschwerdeführerin, die in ihrer Eigenschaft als Abgabegläubigerin Vermögensinteressen im Sinne von Art. 66 Abs. 4 BGG verfolgt, und die Beschwerdegegnerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht je hälftig zu tragen (Art. 65 i. V. m. Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin eine dem Ausgang des Verfahrens entsprechend verminderte Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 BGG). Die Festsetzung der Kosten und Entschädigung für das vorinstanzliche Verfahren wird der Vorinstanz übertragen (Art. 67 i. V. m. Art. 68 Abs. 5 BGG).