Jurisprudence du Tribunal fédéral sur la réduction de l'impôt préalable TVA. Égalité de traitement entre collectivités publiques

Texte déposé

Les arrêts du Tribunal fédéral du 22 novembre 2022 et du 3 avril 2023 ont précisé que la couverture du déficit entre services d’une même collectivité publique ne constitue pas une subvention au sens de la TVA et ne doit dès lors pas entraîner de diminution de la déduction de l’impôt préalable.

À la suite de cette jurisprudence, plusieurs collectivités publiques ont entrepris des démarches afin d’obtenir le remboursement rétroactif des montants de l'impôt préalable acquittés à tort au cours des cinq années précédentes.

Or, certaines communes se voient aujourd’hui opposer un refus de l’Administration fédérale des contributions (AFC) au motif qu’un contrôle TVA avait déjà été effectué avant que cette jurisprudence ne soit connue ou appliquée, même lorsque les collectivités concernées n’avaient alors aucune raison de contester la pratique en vigueur.

Cette situation soulève une question d’égalité de traitement entre collectivités publiques. En effet, une commune n’ayant pas fait l’objet d’un contrôle TVA durant cette période pourrait obtenir un remboursement rétroactif, tandis qu’une commune contrôlée avant l’évolution jurisprudentielle en serait privée.

Dans ce contexte, le Conseil fédéral est prié de répondre aux questions suivantes :

1. Le Conseil fédéral considère-t-il conforme au principe d’égalité de traitement que des collectivités publiques soient traitées différemment selon qu’un contrôle TVA est intervenu avant ou après les arrêts du Tribunal fédéral précités ?

2. L’AFC entend-elle adapter sa pratique afin de permettre un réexamen des situations concernées lorsque les décisions de taxation ou de contrôle reposaient sur une pratique devenue contraire à la jurisprudence du Tribunal fédéral ?

3. Combien de collectivités publiques pourraient être concernées par cette problématique à l’échelle suisse ?

4. Le Conseil fédéral envisage-t-il une clarification légale ou réglementaire afin d’assurer une application uniforme de cette jurisprudence ?

Avis du Conseil fédéral

Questions 1 et 2 : Conformément à l’art. 43, al. 2, de la loi du 12 juin 2009 sur la TVA (RS 641.20641.20), une créance fiscale entrée en force ne peut plus être modifiée, sous réserve des exceptions prévues par la loi. Ainsi, le droit fiscal prévoit, en vertu de l’art. 127, al. 1, Cst., un numerus clausus de motifs juridiques permettant de revenir sur une décision ou une notification d’estimation entrée en force (ATF 151 II 345, consid. 3.4.2). Un arrêt du Tribunal fédéral modifiant la pratique de l’AFC n’entre pas dans ces exceptions. Cette réglementation, entrée en vigueur en 2010, a été notamment introduite afin d’améliorer la sécurité du droit. L’AFC applique la nouvelle pratique faisant suite à la jurisprudence du Tribunal fédéral à l’ensemble des procédures et contrôles encore pendants, dans la mesure où la créance fiscale concernée n’est pas encore entrée en force. En revanche, elle ne peut pas revenir sur des procédures ou contrôles déjà clôturés pour lesquels la créance fiscale est entrée en force.

Les différences invoquées découlent ainsi du cadre légal applicable de manière similaire à l’ensemble des assujettis et non d’une pratique de l’AFC. Elles ne constituent pas une violation du principe de l’égalité de traitement.

Question 3 : Il n’est pas possible d’établir en l’état une estimation, même très approximative, du nombre d’assujettis concernés. Les données à disposition regroupent en effet toutes les collectivités publiques et ne permettent pas d’isoler les services spécifiquement touchés par ce changement de pratique.

On peut en revanche relever que la pratique attaquée devant le Tribunal fédéral concernait des collectivités publiques qui établissaient leur décompte selon la méthode effective. 30 % des 8300 collectivités publiques inscrites dans le registre des assujettis entre 2017 et 2022 n’étaient pas concernées par cette pratique, dès lors qu’elles établissaient leurs décomptes selon la méthode des taux forfaitaires. Il convient en outre de relever que, depuis le 1^er janvier 2025, la révision de l’ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée permet aux collectivités publiques qui abandonnent la méthode des taux forfaitaires au profit de la méthode effective de faire valoir la déduction de l’impôt préalable résiduel grevant leurs investissements.

Question 4 : Le Conseil fédéral ne considère pas qu’une intervention législative ou réglementaire soit nécessaire. La jurisprudence du Tribunal fédéral a clarifié le traitement sur le plan de la TVA des flux financiers concernés, et l’AFC a adapté sa pratique en conséquence. Une modification de la loi dans le sens souhaité par l’interpellant conduirait à la réouverture de contrôles ou de procédures déjà clos lorsqu’une pratique administrative ne serait pas confirmée par les tribunaux, qu’elle soit favorable ou défavorable aux assujettis. Une telle situation engendrerait une charge administrative importante tant pour les entreprises que pour l’administration et irait également à l’encontre de la sécurité du droit. Le cadre légal actuel permet au contraire de garantir la sécurité du droit et d’éviter une charge administrative importante.