AC.2013.0062

CDAP - AC.2013.0062 - 2014-10-31 - HELVETIA NOSTRA/Conseil communal de Perroy, Département du territoire et de l’environnement

31 octobre 2014Français46 min

Source vd.ch

Faits

Vu les faits suivants :

La commune de Perroy est propriétaire de la

parcelle n° 614 du registre foncier, sur son territoire, d'une surface de

11'187 m2 et qui se trouve au bord du lac Léman. Il s'agit d'une

plage publique (pelouse avec arbres), directement adjacente à un port de

plaisance, le port de Plongeon. Il y a sur la parcelle n° 614 des installations

ou ouvrages liés à la plage et au port (parking, buvette de 27 m2,

restaurant de 199 m2, couvert de 114 m2 et baraque de

pêcheur de 87 m2, notamment). Cet endroit est accessible depuis la

route cantonale RC 1a (route suisse) par le chemin de la Plage.

La parcelle n°

614 a été classée en 1984 en zone d'utilité publique, en vertu du plan

d'extension "Le Plongeon" (modification du plan des zones communal

approuvée le 4 avril 1984 par le Conseil d'Etat).

Le port attenant

à la plage a actuellement une capacité de 30 places d'amarrage. Toutes les

places sont utilisées et une vingtaine de bateaux supplémentaires sont amarrés

à des corps-morts, au large de la rive de Perroy. La Société du Port de

Plongeon exploite le port, au bénéfice d'une concession cantonale d'usage des

eaux publiques qui arrivera à échéance le 31 décembre 2022. Actuellement, une

grosse embarcation (Le Venoge) est amarrée à l'entrée du port.

La Municipalité de Perroy (ci-après: la

municipalité) a envisagé dès 2004 ou 2006 le développement de l'installation

portuaire et des aménagements à terre (aire de détente, parking, accès et

bâtiments). Elle a établi un projet de plan partiel d'affectation (PPA)

intitulé "Port de Plongeon", dont le périmètre inclut la parcelle

communale n° 614 ainsi qu'une parcelle privée directement voisine, située entre

le chemin de la plage et le parking (parcelle no 613, de 893 m2,

propriété de Nicole et Véronique Baumann, avec une villa et un jardin). Le plan

figure un hexagone de près de 8'000 m2 sur le lac, correspondant à

la surface occupée par un nouveau port avec 67 places d'amarrage.

Le projet de PPA "Port de Plongeon" a

été soumis à l'examen préalable du Service du développement territorial (SDT). Dans

un premier rapport du 13 novembre 2007, ce service a émis un préavis favorable

quant aux objectifs et principes d'aménagement, mais a proposé diverses

modifications. Dans ce rapport, le SDT s'est prononcé sur la compatibilité du

projet avec le plan directeur cantonal des rives du lac; il a retenu que ce

plan ne prévoyait pas une telle extension du port, mais que cela pouvait être

admis "vu la modestie du projet et l'amélioration globale des

installations qui en résulte" (p. 3). Un des

principaux problèmes relevés par le SDT concernait l'aménagement d'une place de port par anticipation sur le lac, car le

Service des eaux, sols et assainissement, division économie hydraulique

(SESA-EH) jugeait un tel comblement comme étant non

conforme à l'art. 39 de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection

des eaux (LEaux; RS 814.20). Le Centre de conservation de

la faune et de la nature (CCFN) demandait également que la nécessité d'abattre

quatre arbres protégés soit justifiée, que l'actualité des indications

mentionnées sous l'inventaire des biotopes réalisés par le bureau Econat en

1982 soit vérifiée et que l'impact du nouveau port sur la faune piscicole soit

décrit.

Sur mandat de la

municipalité, le bureau Ecoscan a réalisé une "étude écologique"

du site et de la plage et du port de Perroy. Dans leur rapport du 2 décembre

2008, les auteurs relèvent que ce site ne figure dans aucun inventaire de

protection au niveau fédéral et que le secteur des rives entre Allaman et Rolle

présente un intérêt phyto-écologique faible. S'étant rendus sur place en

février 2008, les auteurs du rapport n'ont observé aucune espèce de poisson.

Ils précisent que l'absence d'herbiers macrophytes étendus, de caches ou de

digues de protection (hors périmètre du port existant) réduit fortement

l'intérêt du secteur pour la faune piscicole et qu'il en résulte

vraisemblablement une diversité locale faible et une exploitation occasionnelle

de la beine pour le nourrissage et la reproduction. Concernant les populations

d'oiseaux aquatiques, les auteurs du rapport indiquent que, de manière

générale, elles sont plus nombreuses et plus diversifiées en direction de

l'embouchure de l'Aubonne ou en direction de Rolle. Ils concluent que l'impact

principal du futur port de Plongeon concerne la modification d'une superficie

de l'ordre de 10'000 m2 de la beine lacustre. Celle-ci présente

néanmoins des fonctions biologiques actuellement faibles, notamment en ce qui

concerne la végétation aquatique et la faune piscicole. En outre, le projet

implique une augmentation modérée de la pression humaine sur l'avifaune

aquatique. Les auteurs du rapport proposent de réaliser les digues en utilisant

des enrochements non jointifs afin de créer des cavités accessibles à la faune,

de végétaliser les digues par exemple au moyen de saules pourpres, afin de

créer des refuges et des sites de nidification pour les oiseaux, et de laisser

des interruptions dans les digues ou des buses de canalisation, pour permettre

la circulation de l'eau. Ils mentionnent également la possibilité d'aménager

des plateformes flottantes pour la nidification d'oiseaux d'eau. Concernant la

partie terrestre, ils relèvent que le PPA permet la conservation du parc ainsi

que l'arborisation majestueuse des rives. La plantation d'une haie vive en

limite Nord agrémentera le site et pourra servir d'abri et de lieu de

nourrissage pour l'avifaune.

Le 12 novembre

2008, le SDT a rendu un rapport d'examen préalable complémentaire sur un projet

de PPA modifié, qui abandonnait le remblayage de 5'000 m3 sur le

domaine lacustre et conservait un tilleul classé. Le SDT a relevé qu'en raison

de cet arbre, le périmètre d'implantation des constructions ne pouvait être

maintenu tel qu'il était dessiné sur le plan et l'espace entre le lac et le

périmètre d'implantation devait être reconsidéré. Il a ajouté qu'il fallait

trouver une adéquation entre le périmètre de construction et le traitement des

bâtiments existants en leur réservant par exemple une réglementation spécifique

et qu'une augmentation de la surface SPB de 100% (de 400 m2

existants à 800 m2) semblait dépasser les besoins du programme à

réaliser et être excessive à cet endroit. Dans un dernier rapport d'examen

préalable complémentaire II du 11 septembre 2009, le SDT a relevé, que sous

réserve de la prise en compte des remarques émises dans les préavis des

services, le dossier pouvait être déposé à l'enquête publique. Il était en

particulier fait référence au préavis de la Commission des rives du lac (CRL),

généralement positif mais indiquant toutefois que la capacité constructive des

bâtiments, même diminuée de 800 m2 à 750 m2, demeurait

trop élevée.

Le projet de PPA "Port de Plongeon" a

été mis à l'enquête publique du 4 mai au 4 juin 2010.

Le périmètre

général englobe la parcelle communale n° 614, la parcelle n° 613 de Nicole

et Véronique Baumann, ainsi qu'une portion du lac (domaine public cantonal, n°

9001) d'environ 7'970 m2.

D'après la

légende du plan, l'affectation de cet espace sur le lac est "zone du port,

projet indicatif". Sur le plan lui-même sont indiqués des aménagements

portuaires, avec des places d'amarrage, munis de la mention "projet

indicatif". Dans le projet de règlement du plan partiel d'affectation

(RPPA), l'affectation de la zone du port est définie à l'art. 2.3 dans les

termes suivants:

"al. 1: La zone du port s'étend sur le

plan d'eau du Lac. Cette surface est affectée en priorité aux activités ou

usages qui sont en relation avec la navigation de plaisance et la pêche

professionnelle.

al. 2: Les constructions, installations et

aménagements qui peuvent être autorisés sont toutes les réalisations à ciel

ouvert nécessaires au fonctionnement traditionnel d'un port de petite batellerie

telles que, par exemple: digues fixes et flottantes, places d'amarrage, mâts de

signalisation, etc.

al. 3: Les conditions d'utilisation de

cette surface sont définies dans le cadre d'un acte de concession pour usage

d'eau."

La parcelle n°

614 est classée dans la zone d'utilité publique, elle-même subdivisée en une

"aire de détente et de loisirs" (pelouse arborée, à l'ouest du

périmètre) – qui est inconstructible selon l'art. 2.4 al. 2 RPPA – et une

"aire d'équipement" à laquelle est affectée la partie est de la parcelle

n° 614. L'affectation de l'aire d'équipement est définie à l'art. 2.4 al. 4 et

5 RPPA, dans les termes suivants:

"al. 4: L'aire d'équipement est une

surface destinée à la réalisation d'équipement en relation avec la vocation

publique et d'intérêt général de la zone. Les installations et aménagements qui

peuvent être réalisés sont:

– des bâtiments implantés dans le périmètre

mentionné sur le plan;

– une place de stationnement collectif à

ciel ouvert située à l'emplacement mentionné sur le plan;

– des aménagements en relation avec l'usage

de cette surface tels que, par exemple: terrasse, mur, râtelier, rail de mise à

l'eau, mobilier urbain, couvert à vélos, etc.;

– des parties de bâtiments réalisées en

empiétement, par exemple: avant-toits, marquises, corniches, etc.

al. 5: Les bâtiments implantés dans le

périmètre mentionné sur le plan sont destinés à recevoir des activités

d'intérêt public ainsi que des activités en relation avec le lac et la plage

telles que notamment:

– un restaurant/buvette y compris locaux de

service;

– des vestiaires et locaux sanitaires;

– des locaux liés à la pêche

professionnelle y compris la vente et la formation."

En vertu de

l'art. 3.1 RPPA, la capacité constructive totale, pour ces bâtiments, est

limitée à une surface de plancher déterminante (SPd) fixée à 600 m2

au maximum. Les bâtiments peuvent avoir deux niveaux (rez-de-chaussée + combles

ou attique) et leur hauteur ne peut pas dépasser la cote d'altitude de 380 m,

le niveau du terrain naturel étant environ à 373 m (art. 4.3 RPPA).

S'agissant du

régime applicable à la parcelle n° 613, le PPA reprend la réglementation

antérieure, à savoir celle de la zone du littoral pour la maison existante et

ses abords immédiats, et celle de la zone de verdure pour le jardin.

Le dossier du PPA

comprend un "rapport d'aménagement" ou "rapport 47 OAT",

qui décrit notamment les objectifs communaux pour ce site. Il précise notamment

que la capacité maximum du parking collectif à ciel ouvert est de 74 cases environ

(p.9). Il montre un programme indicatif pour les constructions de l'aire

d'équipement (restaurant-buvette de 400 m2, vestiaires-douches de

100 m2 et locaux divers de 100 m2 – p. 6/7). Ce rapport,

dans sa version mise à l'enquête publique, mentionne comme capacité maximum du

port 63 places + 4 places visiteurs (p. 9).

Le PPA a suscité 27 oppositions, dont celle

d'Helvetia Nostra.

A la suite de

l'enquête publique, le projet de PPA a été modifié dans le sens d'une réduction

de la surface de la zone du port, ramenée à 5'320 m2 environ. Il

ressort du rapport 47 OAT qu'un nouveau projet de conception du port a été

établi en novembre 2011 par le bureau d'ingénieurs Conus & Bignens; sa

capacité maximum est désormais de 62 places d'amarrage (p. 9). D'autres

modifications ponctuelles ont été apportées au projet de PPA (réglementation de

l'accès des véhicules par le chemin de la Plage).

La municipalité a

rédigé le 9 janvier 2012 un préavis à l'intention du conseil communal, où elle

propose d'adopter le PPA "Port de Plongeon" avec ses dernières

modifications, et de rejeter les oppositions (le préavis contient des

propositions de réponse aux opposants).

Dans sa séance du 16 février 2012, le Conseil

communal de Perroy a adopté le PPA "Port de Plongeon" et il a levé

les oppositions. Le 13 décembre 2012, la cheffe du Département de l'intérieur

(DINT) a approuvé préalablement ce PPA, sous réserve des droits des tiers.

Le 28 janvier 2013, Helvetia Nostra a recouru devant

la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal contre la décision

de la cheffe du DINT du 13 décembre 2012. Elle demande l'annulation de cette

décision.

La recourante fait valoir en

substance qu'il lui est difficile de critiquer le PPA dans la mesure où ce

dernier manque de précision, notamment en ce qui concerne l'emprise du port sur

le lac et le nombre de places d'amarrages projetées. Elle estime également que

le dossier ne contient aucune réponse à ses craintes concernant la

problématique de la modification des courants d'eau et de l'ensablement qui en

résultera. Selon elle, au vu de sa configuration, le port pourrait offrir plus de 100 places d'amarrage, de sorte qu'une

étude d’impact sur l’environnement (EIE) aurait dû être réalisée. Elle critique par ailleurs l'analyse des impacts biologiques du port

projeté sur les oiseaux, les poissons et les herbiers lacustres, en relevant

que les experts d'Ecoscan ont fait leurs observations en temps inopportun. Elle

produit à ce sujet un rapport intitulé "Expertise Port de Plongeon

Eléments biologiques (projets 2007 et 2011)" rédigé par le biologise

Jean-François Rubin. Elle rappelle que les lacs et leurs rives font partie des

zones à protéger au sens de l'art. 17 LAT et elle fait valoir que les intérêts

privés des propriétaires de bateaux amarrés actuellement dans le port de Perroy

à ce que ces derniers soient mieux protégés des intempéries ne sauraient l'emporter

sur l'intérêt public à préserver cet endroit. Elle estime également que le

projet viole les dispositions légales fédérales et cantonales protégeant les

biotopes, ainsi que l'art. 39 LEaux qui interdit d'introduire des substances

solides dans les eaux du lac.

Dans sa réponse

du 2 mai 2013, le conseil communal de Perroy conclut au rejet du recours.

Le Service du

développement territorial, au nom du DINT, s'est déterminé le 13 mars 2013 en

indiquant que l'approbation préalable du PPA résultait d'une pesée des

intérêts, et en se prononçant implicitement pour le rejet du recours.

La recourante a répliqué

le 21 octobre 2013 en confirmant ses conclusions.

Le 22 mai 2014, le tribunal a procédé à une

inspection locale en présence des parties et s'est déplacé le long du ponton

pour observer l'état de la flore lacustre. Les parties ont été entendues dans

leurs explications. Le conservateur de la pêche et des milieux aquatiques,

rattaché à la Direction générale de l'environnement, biodiversité et paysage

(DGE-BIODIV), et président de la Commission des Rives du Léman, a relevé que

les collaborateurs d'Ecoscan avaient fait leurs observations trop tôt dans

l'année, mais il a ajouté que son service n'avait rien observé de particulier

pour cette zone. Il a remis au tribunal une carte sur laquelle sont indiquées

les zones sensibles établies suite à un relevé qui a été fait sur les rives du

lac en période estivale en 2006 (carte imprimée le 5 février 2014); le port de

Perroy n'y figure pas. A l'issue de l'inspection des lieux, une séance

d'instruction a eu lieu dans la salle communale.

Le 11 juin 2014,

le conservateur de la pêche et des milieux aquatiques s'est déterminé par écrit

sur le rapport du biologiste Rubin, au nom de la division biodiversité et

paysage de la Direction générale de l'environnement (DGE-BIODIV). Ce rapport

rappelle que "le

site ne présente pas de valeur biologique particulière" et que "le territoire riverain d'importance biologique supérieure le plus

proche se situe à environ 1 km plus à l'est (embouchure de l'Eau Noire de

Féchy)". Puis ce rapport comporte les

passages suivants, en se référant aux chapitres du rapport Rubin:

"Chap. 6: Regroupement des bateaux

rattachés à des bouées d’amarrage sur corps morts dans le nouveau port

La DGE-BIODIV confirme que les corps morts

sont responsables de nuisances pour la flore (disparition de surfaces

d’herbiers de macrophytes par frottement de la chaîne sur le fond du lac) et

pour la pêche (entrave à l’exercice de la pêche professionnelle et de loisir).

Le principe de supprimer les amarrages en

pleine eau et le regroupement des bateaux dans des ports est soutenu par la

Commission des rives du lac (ci-après: CRL) et il est appliqué dans toutes les

eaux publiques du canton (pratique constante). Ce regroupement permet en effet

de diminuer les impacts liés à la navigation de plaisance sur toutes les rives

et de les concentrer sur quelques périmètres choisis (ports). Il permet

également de mettre à disposition des navigateurs les infrastructures

professionnelles nécessaires à l’entretien des bateaux et d’éviter ainsi des

pollutions dispersées et non contrôlables sur les rives.

Chap. 7: Impact sur les herbiers lacustres

La DGE-BIODIV confirme que la période

d’observation des herbiers lacustres (février) est inappropriée et ne permet

pas de refléter la diversité de la flore aquatique. Toutefois, sur la base de

relevés ponctuels réalisés dans les années 2000, la DGE-BIODIV ne dispose

d’aucune information, attestant la présence d’espèces de flore aquatique

menacées sur le périmètre influencé par le projet de port.

La présence d’herbiers de characées

(potentiellement favorable pour la reproduction du brochet) est aujourd’hui

attestée sur l’ensemble des zones littorales du Léman. La population de brochet

se maintient par ailleurs à un niveau élevé dans le lac depuis une décennie.

La présence de moules zébrées est

aujourd’hui attestée sur l’ensemble des zones littorales du Léman. Les zones de

nourrissage pour plusieurs espèces de canards sont en expansion.

La zone littorale est fréquentée par les

pêcheurs de loisir et professionnels, toutefois le réaménagement du port ne

devrait pas porter préjudice de manière significative à l’exercice de la pêche.

A noter que le projet prévoit également de restaurer/pérenniser l’implantation

d’une exploitation de pêche professionnelle sur le site.

Concernant la faune piscicole, le

déplacement au large de la digue réduira la surface de développement, voire de

reproduction pour certaines espèces. L’impact n’est pas jugé significatif

compte tenu de l’emprise du projet. On notera toutefois qu’un accroissement

local de la diversité des espèces est souvent constaté dans une enceinte

portuaire, en regard des conditions particulières qu’offre un tel milieu pour

le grossissement de stades juvéniles, par exemple.

Chap. 8: Conclusions

La DGE-BIODIV confirme que tout projet

d’extension d’un port sur le lac induit inévitablement des impacts accrûs sur

le milieu aquatique et les valeurs naturelles. Ces impacts peuvent cependant

être positifs pour certains aspects (plan d’eau calme apprécié par certains

poissons, regroupement des amarrages en pleine eau). Elle précise, dans le cas

présent, qu’il s’agit d’un port existant, situé dans un territoire de faible

valeur biologique.

Autres considérations — Plan directeur

des rives du Léman (ci-après: PDRL)

La DGE-BIODIV rappelle ci-dessous deux

mesures générales du PDRL:

— A2: orienter le développement et

l’aménagement des rives dans le respect de l’histoire de leur occupation, et en

tenant compte des activités et aménagements caractéristiques de cet espace.

— E5: Promouvoir l’extension des

installations portuaires existantes.

S’il est vrai que la fiche n°12 et le plan

n°8 (commune de Perroy) ne fait aucune référence au port existant de Perroy, la

DGE-BIODIV rappelle que ces documents sont regroupés au sein du deuxième cahier

du PDRL, lequel a une valeur indicative (et non contraignante) pour la

planification des rives."

Ce rapport a été

communiqué à la recourante. Elle ne s'est pas déterminée à ce propos dans le

délai fixé.

Le projet de PPA a été élaboré parallèlement à

des réaménagements routiers sur la RC 1a, principalement l'aménagement d'une

présélection au droit du chemin de la Plage. Le 13 décembre 2012, la cheffe du

Département des infrastructures et des ressources humaines (DIRH) a approuvé le

projet de présélection au droit du carrefour du chemin de la Plage et de la RC

1. Les recours contre ce projet routier, notamment celui d'Helvetia Nostra

(AC.2013.0070), ont été retirés et ces travaux peuvent être réalisés.

Considérants

1.

Le recours est dirigé contre la décision du

département cantonal compétent par laquelle le PPA "Port de Plongeon"

a été approuvé préalablement.

a) La procédure

d’établissement des plans d’affectation est définie aux art. 56 ss de la loi du

4.

décembre 1985 sur l’aménagement du territoire et les constructions

(LATC ; RSV 700.11). A l'issue de l'enquête publique sur un plan d'affectation

communal, la municipalité établit à l'intention du conseil de la commune un

préavis contenant un résumé des oppositions et des observations, ainsi que des

propositions de réponse aux oppositions non retirées (art. 58 al. 2 LATC). Le

conseil de la commune statue sur les réponses motivées aux oppositions en même

temps qu'il se prononce sur l'adoption du plan et du règlement (art. 58 al. 3

LATC). Le département en charge de l'aménagement du territoire (en 2012 le

DINT; actuellement le Département du territoire et de l'environnement [DTE])

notifie à chaque opposant la décision communale sur son opposition (art. 60

LATC). Le département décide préalablement s'il peut approuver le plan et le

règlement, l'approuver partiellement ou l'écarter (art. 61 al. 1 LATC). La

décision communale sur les oppositions et la décision d'approbation préalable

du département sont notifiées simultanément par ce dernier (art. 60, 2ème

phrase, LATC). Cette procédure a été respectée dans le cas présent.

Ainsi, la

décision du conseil communal du 16 février 2012, adoptant le PPA en levant les

oppositions, et la décision d'approbation préalable du 13 décembre 2012 du

département cantonal peuvent l'une et l'autre faire l'objet d'un recours de

droit administratif au Tribunal cantonal (art. 60 al. 1 et art. 61 al. 2 LATC).

C'est contre cette deuxième décision que le présent recours est dirigé. Il

importe peu que, du point de vue de la recevabilité, que la recourante ne

demande pas l'annulation de la décision de l'autorité communale de planification,

puisque la décision cantonale est attaquable en tant que telle.

b) Dans la procédure de recours

contre les plans d’affectation, la qualité pour recourir est reconnue au moins

dans les mêmes limites que pour le recours en matière de droit public devant le

Tribunal fédéral (art. 33 al. 3 let. a de la loi fédérale

du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire [LAT ; RS 700]). Cela signifie, en l’occurrence, que la qualité pour recourir,

réglée en droit cantonal à l'art. 75 de la loi du 28 octobre 2008 sur la

procédure administrative (LPA-VD ; RSV 173.36), doit être définie au moins

aussi largement qu’à l’art. 89 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal

fédéral (LTF; RS 173.110).

L'association Helvetia Nostra

n'agit pas au même titre qu'un particulier. Elle se prévaut au contraire de son

statut d'association d'importance nationale vouée à la protection de

l'environnement, de la nature et du paysage et invoque un droit de recours

fondé sur l’art. 12 de la loi fédérale du 1er

juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN ; RS 451),

ainsi que sur l'art. 55 de la loi fédérale du 7 octobre

1983.

sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01), en relation avec l’art. 75 let. b LPA-VD.

c) Selon l’art. 12 LPN, la qualité

pour recourir contre les décisions des autorités cantonales ou fédérales est

reconnue aux organisations qui se vouent à la protection de la nature, à la

protection du paysage, à la conservation des monuments historiques ou à des

tâches semblables, pour autant que l’organisation soit active au niveau

national et qu’elle poursuive un but non lucratif (al. 1 let. b). Conformément

à l’annexe de l’ordonnance du 27 juin 1990 relative à la désignation des

organisations habilitées à recourir dans les domaines de la protection de

l’environnement ainsi que de la protection de la nature et du paysage

(ODO ; RS 814.076), Helvetia Nostra fait partie des organisations

d’importance nationale auxquelles la législation fédérale accorde un droit de

recours selon l’art. 12 LPN. Un tel droit de recours concerne toutefois

exclusivement les décisions prises dans l’accomplissement de tâches de la

Confédération selon les art. 78 al. 2 Cst et 2 LPN.

Les décisions prises dans le cadre

d'une procédure cantonale d'adoption d'un plan d'affectation au sens des art.

14.

ss LAT, ou dans le cadre d'une procédure cantonale d'autorisation de

construire selon l'art. 22 LAT, ne font en principe pas partie de celles

tendant à l'accomplissement de tâches de la Confédération (cf. ATF 120 Ib 27

consid. 2c; 112 Ib 70 consid. 4). En revanche, l'application

de l'art. 18 al. 1bis et 1ter LPN - relatif à la protection des rives, des

roselières et des marais - et de l'art. 18b LPN - concernant les biotopes

d'importance régionale et locale - constitue une tâche fédérale attribuée aux

cantons en vertu de la large compétence conférée à la Confédération en matière

de législation sur la protection de la faune et de la flore. Il en va de même

de l'application des règles sur la protection des biotopes énoncées aux art. 8 ss

de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP; RS 923.0 – cf. ATF 139

II 271 consid. 9.2 et les arrêts cités).

En l'espèce, l'organisation recourante

critique essentiellement les atteintes aux biotopes, sur la rive et dans le

lac, que provoquerait la réalisation des installations portuaires prévues par

le plan partiel d'affectation litigieux. Comme cela sera exposé plus bas (consid.

3), le PPA ne règle pas directement les aménagements à réaliser sur le lac,

puisqu'il n'appartient pas à l'autorité communale, mais bien à l'autorité

cantonale, de statuer sur l'utilisation du domaine public lacustre, dans le

cadre d'une procédure de concession. Par ailleurs, la recourante n'indique pas

clairement quels biotopes présents actuellement sur la parcelle de la commune

seraient atteints en cas de transformation du port, qui dispose déjà

d'installations à terre existantes, sur une portion de la rive où il ne se

trouve donc plus de biotopes dignes de protection. On peut donc se demander si

le conseil communal, en adoptant le PPA litigieux, a pris une décision ayant

une influence directe sur le sort des biotopes lacustres ou riverains (cf. ATF

139.

II 271 consid. 10.2). Cette question peut toutefois demeurer indécise. Vu

le sort du recours sur le fond, il n'y a en effet pas lieu de déterminer si

Helvetia Nostra peut exercer son droit de recours fondé sur l'art. 12 LPN.

La recourante se prévaut en outre de

l'art. 55 al. 1 LPE, qui reconnaît aux organisations de protection de

l'environnement la qualité pour recourir contre les décisions des autorités

cantonales ou fédérales relatives à la planification, à la construction ou à la

modification d'installations soumises aux dispositions sur l'étude d'impact

(art. 10a LPE). Or, comme cela sera exposé plus bas (consid. 2), la

transformation du port de plaisance ne requiert pas une étude d'impact, compte

tenu des dimensions du projet. Le droit de recours ne peut donc pas, en

l'espèce, être fondé sur l'art. 55 LPE.

Cela étant, les autres conditions de recevabilité prévues par le droit cantonal sont

remplies (cf. art. 79, 95 et 99 LPA-VD), de sorte qu'il y a lieu d'entrer en

matière sur le fond.

2.

La recourante soutient qu'une étude d'impact sur

l'environnement aurait dû être effectuée au stade de l'adoption du PPA, en

faisant valoir qu'elle dispose d'"éléments […] laissant concrètement entendre qu'il existe la

possibilité de créer un port avec plus de 100 places d'amarrage".

La transformation

d'un port de plaisance de 30 places d'amarrage, pour qu'il atteigne une

capacité de 62 places, ne requiert pas une étude de l'impact sur

l'environnement (EIE, ou étude d'impact). L'étude d'impact

est une procédure à laquelle sont soumises, en vertu de l'art. 10a al. 2 LPE,

"les installations susceptibles d'affecter sensiblement l'environnement,

au point que le respect des dispositions en matière d'environnement ne pourra

probablement être garanti que par des mesures spécifiques au projet ou au

site". Les art. 10b, 10c et 10d LPE règlent les modalités principales de

cette procédure. Les types d'installations qui doivent faire l'objet d'une

étude d'impact sont désignés par le Conseil fédéral (art. 10a al. 3 LPE).

Celui-ci a adopté le 19 octobre 1988 l'Ordonnance relative à l'étude de

l'impact sur l'environnement (OEIE; RS 814.011) qui comporte, en annexe, une

liste des installations soumises à étude d'impact (art. 1 OEIE). C'est le cas

des ports de plaisance dans les lacs s'ils ont plus de 100 places d'amarrage

(ch. 13.3 annexe OEIE). Or cette valeur de seuil n'est pas atteinte dans le cas

particulier.

La recourante fait

certes valoir, en se référant dans sa réplique à l'argumentation d'autres

recourants dans une cause connexe, lesquels ont produit l'avis de deux bureaux

techniques spécialisés en construction de ports produits (cf. cause AC.2014.0071),

que dans la surface de la zone du port du PPA, il serait possible d'amarrer

davantage que 62 embarcations (en application d'un ratio secteur d'amarrage /

surface totale du port); plus de 100 places d'amarrage pourraient ainsi être

créées dans cette zone du port. Or ce n'est pas le projet de la commune et il

n'y a aucun indice, dans le dossier, que le département cantonal pourrait

autoriser, lors de l'octroi d'une nouvelle concession (cf. infra, consid. 3),

un triplement ou un quadruplement de la capacité actuelle du port de Plongeon,

au point que la valeur de seuil de 100 places serait dépassée. Les règles des

art. 10a ss LPE ne sont donc pas applicables au projet litigieux et c'est à

tort que la recourante dénonce l'absence d'EIE.

3.

La recourante se plaint du manque de précision

du PPA qui ne mentionne le périmètre sur le lac et le nombre de places

d'amarrage qu'à titre indicatif. Selon elle, le dossier est incomplet.

a) Les éléments graphiques du PPA

mentionnent le caractère indicatif des aménagements figurés dans la zone du

port, sur le lac. En revanche, les mesures d'aménagement prévues sur terre, à

savoir sur les parcelles n° 613 et 614, ne sont pas munies de la même réserve;

les dispositions du PPA sont présentées comme étant non pas indicatives, mais

impératives. Dans le rapport 47 OAT, il est indiqué que, à terre, le périmètre

d'aménagement englobe ces deux parcelles, mais que "par souci de cohérence entre les aménagements à terre

et sur l'eau, le périmètre du PPA a été étendu sur le domaine public du Lac sur

une surface correspondant à la superficie de la future concession"

(p. 8). L'art. 2.3 al. 3 RPPA dispose du reste que "les conditions

d'utilisation de cette surface [la zone du port, sur le plan d'eau du lac] sont

définies dans le cadre d'un acte de concession pour usage d'eau".

b) Selon la

définition du droit fédéral, les plans d'affectation règlent le mode

d'utilisation du sol (art. 14 al. 1 LAT, en allemand: "die zulässige

Nutzung des Bodens"). Un plan d'eau comme le lac Léman ne fait pas partie

du sol, et son mode d'utilisation ne doit en principe pas être réglé par un

plan d'affectation. En droit cantonal, l'art. 43 al. 1 LATC reprend la règle de

l'art. 14 LAT ("Les plans d'affectation règlent l'affectation, la

mesure de l'utilisation du sol et les conditions de construction dans les

diverses zones qu'ils délimitent"). Quant à l'art. 47 LATC, il définit

l'objet des plans d'affectation par une longue énumération de dispositions que

ces instruments peuvent contenir; il est ainsi prévu que ces dispositions

peuvent se rapporter "aux paysages, aux sites, aux rives de lacs et de

cours d'eau" (art. 47 al. 2 ch. 2 LATC), mais pas aux lacs et aux

cours d'eaux eux-mêmes. Cela étant, l'art. 47 al. 2. ch. 5 LATC prévoit que les

plans d'affectation peuvent contenir des dispositions relatives notamment

"à la création d'emplacements de délassement

tels que terrains ou locaux de récréation, places et pistes de sports, places

de jeux, campings et caravanings résidentiels et de lieux d'amarrage pour bateaux".

c) Dans le canton

de Vaud, les lacs, les cours d'eau et leurs lits de même que les ports, les

enrochements, les grèves ainsi que les rivages jusqu'à la limite des hautes

eaux normales, sont dépendants du domaine public (art. 64 al. 1 ch. 1 et 2 du Code

de droit privé judiciaire vaudois du 12 janvier 2010 [CDPJ; RSV 211.02]). En

vertu de l'art. 65 al. 1 CDPJ, l'exploitation et le

commun usage du domaine public font l'objet de dispositions spéciales. Il

s'agit en l'occurrence des dispositions de la loi du 5 septembre 1944 sur

l’utilisation des lacs et cours d’eaux dépendant du domaine public (LLC; RSV

731.

) qui pose le principe selon lequel le droit de disposer des eaux

dépendant du domaine public appartient à l’Etat (art. 1 LLC). L’art. 2 LLC prévoit

que nul ne peut détourner les eaux du domaine public ni les utiliser sans

l’autorisation préalable du département en charge de la gestion des eaux et du

domaine public. L’autorisation du département est accordée sous la forme d’une

concession dont la durée est de 80 ans au maximum (art. 4 al. 1 LLC). Pour les

demandes d’autorisation d’utiliser les eaux publiques à un autre usage que la

force motrice, l’art. 25 LLC prévoit une procédure d’enquête publique. Le règlement d’application du 17 juillet 1953 de la loi sur

l’utilisation des lacs et cours d’eaux dépendant du domaine public et de la loi

réglant l’occupation et l’exploitation des eaux souterraines dépendant du

domaine public cantonal (RLLC; RSV 731.01.1) précise que l’autorisation est

donnée sous forme de concession dont la durée n’excède pas cinquante ans s’il

s’agit d’installations communales (art. 84 RLLC).

Selon la

jurisprudence cantonale, dans le périmètre qu’elle délimite, la concession a en

quelque sorte les effets matériels d’un plan d’affectation au sens de l’art. 14

al. 1 LAT, en ce sens qu’elle fixe le mode d’utilisation non pas du sol, mais

des eaux du domaine public (AC.2012.0239 du 23 avril 2013, consid. 1b). Ainsi,

dans le périmètre défini par la concession, seules les constructions ou installations

permises par l’acte de concession sont admissibles (AC.2008.0065 du 31 août

2009.

consid. 1c).

d) Quand bien même,

selon l'art. 47 al. 2 ch. 5 LATC, un plan d'affectation peut contenir des

dispositions relatives à la création de lieux d'amarrage pour bateaux, cela ne

signifie pas qu'une commune riveraine du lac, qui envisage l'agrandissement

d'un port existant installé au bénéfice d'une concession cantonale, a

l'obligation de fixer de manière contraignante, dans un plan d'affectation

communal, l'emplacement et les dimensions du nouveau port. Ni le droit fédéral

ni le droit cantonal de l'aménagement du territoire n'imposent en pareil cas à

la commune d'adopter une "zone du port" réglant avec précision

l'utilisation des eaux publiques à l'endroit prévu pour l'agrandissement du

port. Il convient de relever que le plan d'extension "Le Plongeon" de

1984.

ne réglait que le statut du sol sur terre (dans la zone du littoral, la

zone d'utilité publique et la zone de verdure) et ne créait pas de "zone

de port" à l'endroit du port actuel.

La réglementation du

PPA litigieux est claire, en tant qu'elle mentionne le caractère indicatif de

la "zone du port" avec les ouvrages qui y sont dessinés, et en tant

qu'elle renvoie à l'acte de concession cantonale pour la définition des

conditions d'utilisation de cette surface. Dans ce contexte, on ne saurait donc

reprocher au conseil communal d'avoir adopté, à l'art. 2.3 al. 1 et 2 RPPA, une

disposition dont la densité normative serait insuffisante. C'est bien au département

cantonal compétent qu'il incombera de fixer l'emplacement ainsi que les

dimensions exacts des places d'amarrage et des autres ouvrages du port à

agrandir.

L'octroi de la

concession devra être coordonné avec la délivrance des autorisations cantonales

prescrites par des lois spéciales, notamment celle qui est prévue à l'art. 8

LFSP pour les interventions techniques sur les eaux, sur les rives ou le fond

des eaux, voire, s'il y a lieu, celle qui est prévue à l'art. 39 de la loi

fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20) au

cas où la transformation du port nécessiterait un remblayage dans le lac.

Cette façon de

procéder permet à l'autorité communale de planification – qui n'a pas la

compétence de régler l'utilisation du domaine public cantonal – d'apprécier le

projet de manière globale, en définissant l'infrastructure à développer à terre

pour les besoins du port et en obtenant au fur et à mesure de l'élaboration du

projet, dans le cadre de l'examen préalable par le SDT (art. 56 LATC), les

préavis des autorités cantonales compétentes pour autoriser le port lui-même.

Les autorités cantonale et communale ont ainsi veillé à la coordination des

procédures d'une part d'établissement d'un plan d'affectation communal lié au

projet de port, et d'autre part de concession, laquelle pourra être octroyée

ultérieurement, lorsque les caractéristiques du nouveau port auront été

précisément définies (la concession ayant la portée à la fois d'un plan

d'affectation et d'une autorisation de construire). Les principes de la

coordination de l'art. 25a LAT, qui visent d'abord les procédures

d'autorisation de construire et, par analogie, la procédure des plans

d'affectation (art. 25a al. 2 LAT), ont été pris en compte de manière adéquate

dans le cas particulier.

e) Le régime

juridique décrit ci-dessus ne prévoit donc pas, à proprement parler, le

classement du lac dans une zone au sens des art. 15 ss LAT. Or l'art. 17 al. 1

LAT, qui définit les zones à protéger, prévoit que celles-ci comprennent

"les cours d'eau, les lacs et leur rives" (let. a). L'art. 17 al. 2

LAT dispose toutefois que "au lieu de délimiter des zones à protéger, le

droit cantonal peut prescrire d'autres mesures adéquates". La

jurisprudence du Tribunal fédéral retient, à ce propos, que la réglementation

du droit cantonal vaudois relative à l'utilisation des eaux publiques des lacs

institue précisément des mesures de protection adéquates au sens de l'art. 17

al. 2 LAT, qui limitent en définitive les possibilités de construction de la même

manière que le ferait un classement en zone à protéger (ATF 132 II 10 consid.

2.

f) La

recourante estime que l'écoulement du temps depuis l'enquête publique initiale

justifie une enquête complémentaire.

L'art. 57 al. 1

première phrase LATC dispose qu'au plus tard trois mois

après réception des observations du SDT (pour l'examen préalable), les plans

d'affectation sont mis à l'enquête publique pendant une durée de trente jours. Les oppositions formulées lors de l'enquête publique sont traitées

par le conseil communal, qui adopte des réponses motivées en même temps qu'il

se prononce sur l'adoption du plan; cette décision doit intervenir en principe

dans un délai de huit mois dès la clôture de l'enquête publique, en vertu de

l'art. 58 al. 3 LATC. Lorsque le conseil communal adopte le projet sans

modification susceptible de porter atteinte à des intérêts dignes de

protection, le dossier est adressé sans délai par la municipalité au SDT en vue

de son approbation par le département (art. 58 al. 4 LATC). Si le conseil

apporte des modifications plus importantes, celles-ci sont soumises à une

enquête complémentaire de trente jours, après l'examen préalable du SDT; les

oppositions ne sont alors recevables que dans la mesure où elles visent les

modifications mises à l'enquête publique (art. 58 al. 5 LATC).

En l'occurrence, le

PPA a été mis à l'enquête publique du 4 mai au 4 juin 2010, soit plus de trois

mois après que le SDT a transmis son rapport d'examen préalable. Le conseil

communal s'est prononcé plus de huit mois après la clôture de l'enquête

publique. Les délais des art. 57 al. 1 et 58 al. 3 LATC n'ont pas été

respectés, mais il s'agit de délais d'ordre, dont

l'inobservation n'a pas de conséquence sur la validité de la procédure, et

n'impose en particulier pas une nouvelle mise à l'enquête publique

(AC.2007.0029 du 29 janvier 2008 et les références citées). Les modifications

adoptées par le conseil communal (par rapport au projet mis à l'enquête

publique) qui consistent à diminuer la surface de la zone du port (réduction de 2'650 m2), ne portent à

l'évidence atteinte à aucun intérêt digne de protection de la recourante ou de

tiers, compte tenu notamment de la portée juridique de l'adoption de cette zone

du port (cf. supra, consid. 3c-d). Il n'y a donc pas d'obligation, fondée sur

l'art. 58 al. 5 LATC, d'organiser une enquête complémentaire.

En définitive, les

griefs de la recourante visant l'adoption de la zone du port du PPA sont mal

fondés.

4.

La recourante soutient que le PPA contrevient à

l'art. 17 LAT parce qu'il n'y aurait pas d'intérêt public prépondérant à

aménager des installations pour les propriétaires de bateaux actuellement

amarrés dans le port de Perroy, et parce que les effets des constructions

projetées sur le lac et ses rives ne pourraient pas être évalués.

Comme cela a déjà été

exposé plus haut (consid. 3e), la loi fédérale sur l'aménagement du territoire

dispose que les zones à protéger comprennent les lacs et leurs rives (art. 17

al. 1 let. a LAT). Par ailleurs, dans l'énumération des principes régissant

l'aménagement (art. 3 LAT), elle prévoit, à propos de la préservation du

paysage, qu'il convient notamment de tenir libres les bords des lacs et des

cours d'eau et de faciliter au public l'accès aux rives et le passage le long

de celles-ci (art. 3 al. 2 let. c LAT). Cela ne signifie pas que les lacs et

leurs rives doivent, en vertu du droit fédéral, rester libres de constructions

ou d'installations. Celles-ci peuvent être admises - sur la base d'une

autorisation ordinaire au sens de l'art. 22 al. 2 let. a LAT, le cas échéant

après l'adoption d'un plan d'affectation spécial (par exemple pour un port ou

des installations nautiques importantes), ou au contraire sur la base d'une

dérogation selon les art. 24 ss LAT - si leur implantation sur le lac ou sur la

rive est justifiée par des intérêts prépondérants ou si elle est imposée par

leur destination (ATF 132 II 10 consid. 2.4). Créer une zone d'utilité publique

au bord d'un lac, avec une plage publique et un port de plaisance, n'est donc

pas en soi incompatible avec les principes de la LAT, pour autant que d'autres

intérêts publics prépondérants ne s'opposent pas à une telle mesure

d'aménagement. En l'occurrence, dès lors que la zone d'utilité publique et le

port existent déjà depuis de nombreuses années, il faut examiner uniquement les

nouveaux aménagements ou agrandissements, dans le cadre de la pesée des intérêts.

A l'évidence, l'art. 17 LAT n'empêche pas, à lui seul, un tel projet.

5.

La recourante invoque les dispositions du droit

fédéral qui protègent les biotopes, notamment l'art. 18 al. 1bis LPN qui

prescrit de "protéger

tout particulièrement les rives […]

et autres milieux

qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des conditions

particulièrement favorables pour les biocénoses", l'art.

21.

LPN qui dispose que "la végétation des rives (roselières et

jonchères, végétation alluviale et autres formations végétales naturelles

riveraines) ne doit pas être essartée ni recouverte ou détruite d'une autre manière", et l'art. 7 al. 1 LFSP qui charge les cantons d'assurer "la préservation des ruisseaux, des

rives naturelles et de la végétation aquatique servant de frayères aux poissons

ou d'habitat à

leur progéniture". Elle

invoque également l'art 39 al. 1 LEaux qui dispose qu'il est

interdit d'introduire des substances solides dans les lacs, même si elles ne

sont pas de nature à polluer l'eau. Selon l'alinéa 2, l'autorité cantonale peut

autoriser le remblayage pour des constructions qui ne peuvent être érigées en

un autre lieu et qui sont situées dans une zone bâtie, lorsque des intérêts

publics prépondérants l'exigent et que l'objectif visé ne peut pas être atteint

autrement (let.a) ou s'il permet une amélioration du rivage (let.b). La

recourante fait valoir que le projet litigieux n'a pas pour vocation

d'améliorer le rivage, que les intérêts privés des propriétaires de bateaux ne

sauraient être considérés comme prépondérants, et qu'aucune autre alternative

n'a été examinée, notamment la possibilité d'obtenir des places d'amarrages

supplémentaires à d'autres emplacements, dans les ports des communes voisines.

a) Le PPA a été

élaboré afin que l'affectation de la zone d'utilité publique (parcelle no

614) corresponde non seulement aux besoins des utilisateurs de la plage, mais

également au projet d'agrandissement du port de Plongeon. Quand bien même la

création du nouveau port devra faire l'objet d'une procédure de concession, il

faut examiner si ce projet est prima facie réalisable. En effet, s'il

apparaissait d'emblée que la protection de milieux naturels s'oppose à la

modification des infrastructures mises en place sur la base de la concession

actuelle, les mesures d'aménagement du PPA qui sont directement liées à ce

projet pourraient se révéler inappropriées.

b) Le port compte

actuellement 30 places et une vingtaine de bateaux sont amarrés au large sur

des corps-morts. Il ressort du rapport 47 OAT que la capacité actuelle du port

est largement atteinte et que les bateaux n'y bénéficient pas d'une bonne

protection les jours de bise (p. 1). Le projet de créer un nouveau port pouvant

accueillir 62 embarcations, et de supprimer ainsi les amarrages aux

corps-morts, n'implique pas véritablement un développement de la navigation de

plaisance dans ce secteur; au contraire, le nombre de places d'amarrage ne serait

que très légèrement augmenté. Le besoin en infrastructures à terre pour cette

activité nautique ne serait pas sensiblement modifié. Un regroupement des

amarrages dans les ports, avec la suppression des corps-morts, est un objectif

des autorités cantonales, comme cela a été rappelé par le conservateur de la

pêche dans ses observations du 11 juin 2014.

La recourante a

certes produit un rapport d'un biologiste où il est exposé que les corps-morts

sont fortement dispersés le long du littoral, de sorte que leur effet négatif

est dilué, alors qu'un trafic lacustre et terrestre augmenté et concentré

proche du nouveau port aura un impact négatif sur la faune et la flore,

notamment par le dérangement occasionné aux oiseaux et aux herbiers. Or, il ne

faut pas perdre de vue que l'objectif n'est pas de créer un nouveau port dans

une zone jusqu'alors libre de toute construction, mais bien d'agrandir un port

existant, situé à proximité d'un autre port, privé.

L'expert de la

recourante, le Prof. Rubin, a critiqué le rapport Ecoscan, sur lequel les

autorités intimées se sont fondées pour adopter et approuver le PPA. Les

observations d'Ecoscan concernant la végétation et la faune lacustre avaient

été faites depuis un bateau, en hiver, alors que pour le Prof. Rubin, une

analyse de l'impact du port sur les herbiers nécessite des observations d'un

plongeur au début du mois de juin sur l'ensemble du site; il ajoute que la

présence d'herbiers de characées indique que la zone est potentiellement

favorable pour la reproduction des brochets et que la présence de moules

zébrées indique que la zone est potentiellement une zone de nourrissage

importante pour plusieurs espèces de canards. Il fait également valoir que de

nombreux pêcheurs, tant amateurs que professionnels, fréquentent la zone proche

et en face du port actuel.

Même en tenant

compte de cet avis, il n'est pas démontré que le lac, au large de cette plage,

présenterait des caractéristiques écologiques particulières. Au contraire, ce

site ne fait pas partie des zones sensibles établies suite à un relevé fait sur

les rives du lac en été 2006. Par ailleurs, le conservateur de la pêche a

relevé la présence d'herbiers de characées et de moules zébrées sur l'ensemble

des zones littorales du Léman. Ces éléments ne confèrent dès lors aucun

caractère particulier au site. Concernant la faune piscicole, il expose que le

déplacement au large de la digue réduira la surface de développement voire de

reproduction pour certaines espèces, mais que cet impact n'est pas significatif

compte tenu de l'emprise du projet. Il ajoute qu'un accroissement local de la

diversité des espèces est souvent constaté dans une enceinte portuaire. Le

réaménagement du port ne devrait pas porter préjudice de manière significative

à l'exercice de la pêche. Tout projet d'extension d'un port sur le lac induit

inévitablement des impacts sur le milieu aquatique et les valeurs naturelles,

mais ces impacts peuvent être positifs pour certains aspects (plan d'eau calme

apprécié par certains poissons, regroupement des amarrages en pleine eau). En

l'espèce, le service spécialisé (DGE-BIODIV) a tenu compte du fait qu'il

s'agissait de l'agrandissement d'un port existant, situé dans un territoire de

faible valeur biologique.

Compte tenu de

ces éléments, en particulier de l'avis du service spécialisé du canton, qui

s'est prononcé de manière suffisamment détaillée sur la valeur naturelle ou

biologique des milieux riverains et lacustres à cet endroit, il faut considérer

que l'agrandissement du port n'est pas susceptible d'entraîner des impacts

négatifs significatifs sur les biotopes. Le dossier est suffisamment complet à

ce propos, avec les précisions données par le conservateur de la pêche à

l'inspection locale puis dans un rapport écrit.

Il faut également relever que la

première version du PPA soumise au SDT prévoyait l'aménagement d'une place de

port par anticipation sur le lac. Le service cantonal des eaux ayant fait

valoir qu'un remblayage de 5'000 m3 sur le domaine lacustre était contraire à l'art. 39 LEaux, le projet a été modifié en ce

sens que ce comblement a été abandonné. Le nouveau

projet a fait l'objet d'un préavis favorable du service compétent en matière

d'utilisation des lacs et cours d'eau (cf. préavis des services du 12 novembre

2008, préavis du SESA p.4). Au stade de l'examen prima facie de la faisabilité du port, on ne

voit pas en quoi les exigences de l'art. 39 LEaux pourraient ne pas être

respectées. Cela devra cependant faire l'objet d'un examen complet, le cas

échéant, par l'autorité cantonale dans le cadre de la procédure de concession,

afin de déterminer s'il y a lieu de délivrer une autorisation spéciale fondée

sur la norme précitée. C'est aussi dans le cadre de la procédure de concession

qu'il y aura lieu de statuer sur les autorisations spéciales pour les atteintes

éventuelles aux biotopes dignes de protection.

Enfin, on ne saurait reprocher à

l'autorité communale de n'avoir pas étudié une solution alternative, sous la

forme du maintien du port existant (sans réaménagement) avec la recherche de

places d'amarrage supplémentaires dans les ports de la région, pour les bateaux

attachés aux corps-morts. La modification prévue pour le port est en définitive

peu importante et le maintien de cette activité à cet endroit, avec un

agrandissement mesuré des installations portuaires sur le lac et à terre, ne

crée pas d'atteintes nouvelles significatives pour la nature et le paysage.

Les griefs de la recourante à

propos de la protection des milieux naturels se révèlent donc mal fondés.

6.

Il résulte des considérants

qui précèdent que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté dans la

mesure où il est recevable. Cela entraîne la confirmation de la décision

attaquée – la décision cantonale d'approbation préalable du PPA – ainsi que de

la décision communale faisant l'objet de l'approbation. Les frais de justice

doivent être mis à la charge de la recourante, dont les conclusions sont

rejetées (art. 49 LPA-VD). Elle versera en outre des dépens à la commune de

Perroy, représentée par un avocat (art. 55 LPA-VD).

Dispositif

Par ces motifs

la Cour de droit administratif et public

du Tribunal cantonal

arrête:

Le recours est rejeté, dans la mesure où il est

recevable.

II.

La décision du Conseil communal de Perroy du 16

février 2012 adoptant le plan partiel d'affectation "Port de Plongeon"

et la décision du Département de l'intérieur du 13 décembre 2012 approuvant

préalablement ce plan d'affectation, sont confirmées.

III.

Un émolument judiciaire de 2'500 (deux mille

cinq cents) francs est mis à la charge de la recourante.

IV.

Une indemnité de 1'500 (mille cinq cents)

francs, à payer à la Commune de Perroy à titre de dépens, est mise à la charge de

la recourante.

Lausanne, le 31 octobre 2014

Le président: La

greffière:

Le présent arrêt est communiqué aux

destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.

Il peut faire l'objet, dans les trente

jours suivant sa notification, d'un recours au Tribunal fédéral. Le recours en

matière de droit public s'exerce aux conditions des articles 82 ss de la loi du

17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS 173.110), le recours

constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,

indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.

Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit.

Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire,

pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la

décision attaquée.