CDAP - AC.2023.0427 - 2025-03-31 - Office fédéral de l'environnement OFEV/COMMUNE DE NOVILLE, Département des institutions, du territoire et du sport (DITS), Direction générale de l'environnement DGE-BIODIV, A.________

TRIBUNAL CANTONAL

COUR DE DROIT ADMINISTRATIF ET PUBLIC

Arrêt du 31 mars 2025

Composition

Mme Annick Borda, présidente;

Mme Danièle Revey et M. Alain Thévenaz, juges; Mme Fabia Jungo,

greffière.

Recourant

Office fédéral de l'environnement

OFEV, à Berne,

Autorités intimées

1.

Municipalité de Noville, représentée

par Me Daniel GUIGNARD, avocat à Lausanne,

2.

Département des institutions, du

territoire et du sport (DITS), représenté par la Direction générale du

territoire et du logement (DGTL), à Lausanne,

Autorité concernée

Direction générale de

l'environnement (DGE-BIODIV), à Lausanne,

Constructrice

A.________, à ********, représentée par Me Denis BETTEMS, avocat à Lausanne.

Objet

Permis de construire

Recours Office fédéral de l'environnement c/ décision de

la Municipalité de Noville du 23 juillet 2015 et toute décision de la

Synthèse CAMAC du 15 juillet 2015 autorisant la démolition du bâtiment ECA n° 220

et l'agrandissement du chantier naval sur la parcelle n° 883 (CAMAC 155057),

ainsi que contre le PPA du "Port de plaisance et du chantier naval"

approuvé le 17 avril 2007 par le Département des institutions et des

relations extérieures.

Vu les faits suivants:

A.

La société A.________ est propriétaire de la parcelle n° 883 du

cadastre de la Commune de Noville (ci-après: la commune). Ce bien-fonds, d'une

surface de 44'377 m2, est situé dans la vaste zone des

Grangettes formée par le delta du Rhône à l'endroit de son embouchure dans le Lac

Léman.

Un chantier naval y est exploité, comprenant un

bâtiment ECA n° 394 ainsi qu'un bassin - ou darse - dans lequel se trouve

également un port privé communiquant avec un bras du Vieux-Rhône; cette rivière

longe la parcelle à l'ouest et se jette dans le lac Léman environ 300 m

plus au nord. Le chantier naval paraît être exploité depuis 1903. La partie

nord de la parcelle accueille d'une part des places d'amarrage sur le

Vieux-Rhône et d'autre part des bâtiments (ex ECA n° 220 et ECA

n° 394) depuis respectivement 1955 et 1969 au plus tard, comme en

attestent les photographies aériennes tirées du géoportail fédéral (carte

SWISSIMAGE Voyage dans le temps); un bâtiment situé à l'emplacement de l'ancien

ECA n° 220 est visible sur une photographie aérienne de 1935. Le port

(darse) a été érigé au plus tard en 1986 dans sa partie sud et a été agrandi au

plus tard en 1992. Le bâtiment ECA n° 394 a fait l'objet d'un

agrandissement autorisé par permis de construire délivré le 4 mars 1981. La

propriétaire est également au bénéfice d'une concession pour usage d'eau depuis

le 4 avril 1990 et qui a été renouvelée jusqu'au 31 décembre 2049 par décision

rendue le 8 janvier 2020 par le département compétent.

B.

La parcelle n° 883 fait l'objet des mesures de protection

suivantes:

-

inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels

d'importance nationale (ci-après: IFP), objet n° 1502: Les Grangettes;

-

inventaire fédéral des zones alluviales d'importance nationale

(ci-après: IZA), objet n° 123: Les Grangettes (correspondant grosso

modo à la partie située en aire forestière);

-

inventaire fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance

nationale (ci-après: IBN), objet VD21: Les Grangettes (secteur A au sud de la

parcelle et secteur B au nord de la parcelle);

-

inventaire fédéral des sites marécageux d'une beauté particulière et

d'importance nationale (ci-après: ISM), objet n° 289: Les Grangettes,

depuis 1996;

-

inventaire fédéral des bas-marais d'importance nationale, objet VD 1382:

Gros Brasset, pour son angle nord-ouest;

-

inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs

d'importance internationale et nationale (ci-après: IROEM), objet n° 8:

Les Grangettes;

-

inventaire cantonal des monuments naturels et sites (ci-après: IMNS),

objet n° 183: Les Grangettes, les "Iles" du Rhône, forêts et

bosquets du secteur Crebelly-Dézaley;

-

inventaire cantonal des zones alluviales d'importance nationale,

régionale et locale, objet n° 123: Les Grangettes;

- inventaire

cantonal des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale,

régionale et locale, objet VD21 Les Grangettes.

C.

a) La parcelle n° 883 s'inscrit à l'intérieur du périmètre du plan

d'affectation cantonal n° 291 – Commune de Noville – Site marécageux de

Noville, approuvé par le département compétent le 20 mai 1997 (ci-après: le PAC

n° 291).

Le PAC n° 291, selon l'art. 1er de

son règlement, regroupe, coordonne et met en application l'ensemble des mesures

de protection concernant les marais et le site marécageux d'une beauté

particulière et présentant un intérêt national. Il a pour but de garantir la

sauvegarde des biotopes, des zones tampons et des biocénoses qui les

caractérisent, de favoriser l’amélioration des valeurs biologiques du site et

la réparation des atteintes qu’il a subies, de maintenir un paysage proche de

l’état naturel et enfin de permettre le maintien des activités humaines dans la

mesure où celles-ci sont compatibles avec les buts de protection. A cet effet, le

plan comprend plusieurs affectations distinctes du territoire, à savoir une zone

des biotopes protégés, une zone des prairies tampon, deux zones lacustres, une

zone agricole protégée, une zone de plage, une zone de port et du chantier

naval, une zone du camping, une zone des Fourches, une zone du hameau des Grangettes, des Territoires occupés par les constructions

isolées et leurs abords (ces six dernières affectations étant liées à des

activités humaines), ainsi que l'aire forestière.

La parcelle n° 883 est concernée par l'art. 8

du règlement du PAC n° 291 (ci-après: le RPAC), qui réglemente la zone du

port et du chantier naval qui occupe près de la moitié de sa surface, à l'ouest.

Cette zone est destinée à permettre le maintien des bâtiments et installations

existants tout en respectant le site marécageux (al. 1). Elle est soumise à

l'élaboration d'un plan partiel d'affectation communal (PPA) dans un délai de

trois ans après l'approbation du présent plan (al. 2). Le PPA prévoit notamment:

(a) des places d'amarrage pour bateaux de plaisance sur une surface de

25'600 m2, mais au maximum 125 places dont 25 pour les

visiteurs; (b) des infrastructures nécessaires telles que pontons d'amarrage et

d'accès, places de parc, petit bâtiment portuaire et installations sanitaires;

(c) les installations du chantier naval, y compris huitante places d'amarrage

aménagées dans la darse sur une surface de 6'450 m2; (d) l'aire

forestière est préservée (al. 3).

En outre, près de la moitié est de la parcelle

n° 883 est affectée à l'aire forestière au sens de l'art. 12 RPAC qui

prévoit ce qui suit: l'aire forestière est soumise à la législation forestière.

Elle est divisée en deux secteurs dont les limites peuvent légèrement varier au

cours du temps: (a) le secteur de la forêt tampon est destiné à la restauration

et la conservation de groupements forestiers proches de l'état naturel en

bordure des biotopes protégés. L'aménagement de clairières conformes aux

objectifs de protection est admis. (b) Le secteur de la forêt à vocation mixte

est destiné à permettre le développement de peuplements caractéristiques des

forêts alluviales dans leur composition et leur structure, tout en conservant

ses fonctions de production et d'espace de détente (al. 1). Un plan

d'aménagement forestier et des plans de gestion forestière sont élaborés en

temps utile. Ils tiennent compte des buts du présent plan (al. 2).

Le PAC n° 291 bis, approuvé en parallèle le 20

juin 2002, règle les circulations dans le secteur du site marécageux de

Noville.

b) Par arrêt du 7 mars 2000 (1A.14/1999), le

Tribunal fédéral a rejeté le recours formé par les précédents propriétaires de

la parcelle n° 883 contre l'arrêt rendu le 10 décembre 1998 par l'ancien

Tribunal administratif (devenu le 1er janvier 2008 la Cour de droit

administratif et public du Tribunal cantonal - CDAP; TA AC.98/0067) réformant

très partiellement le RPAC de sorte à régler de manière moins restrictive

l'affectation du port privé dans le bassin aménagé sur la parcelle. Dans cet

arrêt également notifié à l'Office fédéral de l'environnement (OFEV), le

Tribunal fédéral mentionnait que le nouvel art. 8 RPAC, tel que modifié par le

Tribunal administratif, destinait la zone du port et du chantier naval au

maintien des bâtiments et installations existants tout en respectant le site

marécageux et en la soumettant à l'élaboration d'un PPA prévoyant notamment les

installations du chantier naval, y compris huitante places d'amarrage aménagées

dans la darse sur une surface de 6'450 m2 (art. 8 al. 3 let. c RPAC)

ainsi que des infrastructures nécessaires telles que pontons d'amarrage et

d'accès, places de parc, petit bâtiment portuaire avec installations sanitaires

(art. 8 al. 3 let. b RPAC).

c) Le Plan partiel d'affectation du "Port de

plaisance et du Chantier naval" au lieu-dit "Vieux-Rhône" et son

règlement ont été approuvés le 17 avril 2007 par l'ancien Département des

institutions et des relations extérieures (désormais le Département des

institutions, du territoire et du sport - DITS) (ci-après: le PPA et le RPPA)

après avoir été mis à l'enquête publique du 25 novembre 2005 au 3 janvier 2006.

Le rapport 47 OAT établi à l'occasion de l'adoption du PPA expose notamment que

le Plan partiel d'affectation doit tenir compte à la fois des besoins du

chantier naval visant à optimiser son fonctionnement, et des contraintes du

PAC, qui prévoit le maintien de l'activité du chantier naval, dans la mesure où

elle reste compatible avec la protection de la nature visée par le Plan

d'affectation cantonal.

Le PPA prévoit une zone du chantier naval avec un

périmètre de construction A englobant le bâtiment ECA n° 394 et

permettant son extension en direction du nord et de l'est. La zone du chantier

naval est régie par les art. 13 à 22 RPPA. En particulier, il est prévu ce qui

suit:

"Art. 14 Bâtiments

existants

1 Le bâtiment existant

n° 220 peut faire l'objet d'un entretien courant. Il devra être démoli en

cas d'agrandissement du bâtiment n° 394

et du transfert des

activités dans le périmètre de construction A. Seules subsisteront la pompe à

matière fécale et la pompe hydraulique pour l'installation de mise à l'eau des

bateaux, qui seront abritées dans un local technique de 20 m2 -

l'implantation de ces équipements étant imposée par leur destination.

2 Le bâtiment existant

n° 394 peut être remplacé ou agrandi dans la limite définie par le

périmètre de construction A.

Art. 15 Possibilités de

construire

Les constructions existante et

nouvelle doivent totaliser au plus une surface au sol de 1'820 m2.

Art. 16 Périmètre de

construction A

La nouvelle construction doit être

érigée à l'intérieur de son périmètre de construction.

(...)

Art. 18 Hauteur des

constructions, nombre de niveaux et forme de la toiture

1 La hauteur des

constructions à la corniche est limitée à 9 mètres par rapport au niveau du

terrain naturel ou aménagé en remblai (voir art. 21) et le nombre de niveaux

n'est pas limité.

2 La toiture des

constructions est à 2 pans présentant une faible inclinaison.

(...)

Art. 22 Transition au

secteur des bas-marais

1 Une bande de terrain

d'une largeur de 10 mètres assure la transition entre le chantier naval et

le secteur des bas-marais. Elle permet de préserver la valeur écologique du

secteur naturel. Elle doit garantir les alimentations en eau et permettre d'éviter

les dérives de produits toxiques. Aucun dépôt, même temporaire, n'y sera

toléré.

2 Une bande de 3 mètres

réalisée en matériaux pierreux et servant de surface de roulement peut être

autorisée. En dehors de la surface de roulement, la bande définie restante doit

être libre de toute infrastructure et gérée comme une prairie extensive. Les

modifications du terrain naturel ne sont pas autorisées.

3 Une clôture

délimitant le site naturel ou un autre moyen de délimitation peut être édifiée

en bordure de l'aire de transition. Elle devra être intégrée au site et être

perméable au passage de la faune."

D.

Le 6 mars 2015, la propriétaire de la parcelle n° 883 a déposé

auprès de la Municipalité de Noville (ci-après: la municipalité) une demande de

permis de construire portant sur la démolition du bâtiment ECA n° 220

et l'agrandissement du bâtiment ECA n° 394 sur cette parcelle. Le bâtiment

ECA n° 220, d'une surface de 699 m2 et situé à moins de

10 m de la lisière forestière à l'ouest d'une part et du Vieux-Rhône au

sud-ouest d'autre part, était démoli au profit de l'agrandissement, en

direction du nord et dans le périmètre de construction A (art. 16 RPPA), du

bâtiment ECA n° 394; une petite partie de celui-ci (appentis) était

démolie afin de permettre son agrandissement, la partie faisant l'objet de la

demande de permis occupant une surface de 994 m2. La nouvelle

partie du bâtiment ECA n° 394 atteignait une hauteur de 9 m à la

corniche et de 10.90 m au faîte.

Le projet a été mis à l'enquête publique du 29 avril

au 28 mai 2015.

Le 15 juillet 2015, la Centrale des autorisations en

matière de construction (CAMAC) a délivré sa synthèse, dont il ressort

essentiellement que tous les services de l'Etat consultés ont délivré les

autorisations spéciales requises, à certaines conditions impératives. En

particulier, la division Hors zone à bâtir du Service du développement

territorial (SDT; désormais la Direction générale du

territoire et du logement, DGTL) précisait que la parcelle n° 883 se

trouvait à l'intérieur du PPA "Port de plaisance et chantier naval",

destiné à préciser les modalités d'application du PAC n° 291 pour la zone

du port et du chantier naval; étant destiné à une activité spécifique dont la

localisation s'impose hors de la zone à bâtir, ce PPA devait être considéré

comme une zone spéciale au sens de l'art. 50a de la loi du 4 décembre 1985

sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATC; BLV 700.11) et donc

situé hors de la zone à bâtir. Quant à la Direction générale de

l'environnement, Direction des ressources et du patrimoine naturels, section

Biodiversité et paysage (DGE/DIRNA/BIODI), il y a lieu de considérer qu'elle a

délivré l'autorisation spéciale requise, dès lors que le projet a été modifié

en date du 6 juillet 2015 pour réduire la surface construite de 1'848 m2

à 1'820 m2, conformément au PPA.

La municipalité a délivré le permis de construire le

23 juillet 2015 et le permis d'exploiter le 3 juillet 2017.

E.

La société A.________ a repris par contrat du 22 juin 2016 les actifs et

passifs de la raison individuelle B.________.

F.

Le 26 septembre 2023, la Cour de droit administratif et public du

Tribunal cantonal (ci-après: la CDAP ou la Cour) a communiqué à l'Office

fédéral de l’environnement (ci-après: l'OFEV) un arrêt par lequel elle

admettait un recours à l'encontre d’un ordre de la municipalité tendant à

l'éradication de plantations invasives et l'élagage d'arbres sur la parcelle n° 401

notamment (arrêt AC.2023.0036 du 25 septembre 2023).

Les 4 et 9 octobre 2023, l'OFEV a adressé un

courriel à la municipalité, demandant que lui soient transmises les

autorisations concernées, qu'il a reçues les 9 et 10 octobre 2024.

Le 12 octobre 2023, l'OFEV a demandé à la

municipalité de lui transmettre tous les permis de construire délivrés au cours

des dix dernières années pour des constructions érigées au sein du site

marécageux des Grangettes. La municipalité a répondu à cette demande le 2

novembre 2023 en y joignant dix permis de construire, dont celui délivré le 23

juillet 2015 objet de la présente affaire.

G.

Le 4 décembre 2023, l'OFEV a déposé un recours à la CDAP à l'encontre de

la décision d'octroi du permis de construire du 23 juillet 2015 et des

autorisations cantonales spéciales délivrées dans le cadre de la synthèse CAMAC

du 15 juillet 2015, ainsi qu'à l'encontre du PPA Port de plaisance et du

Chantier naval adopté par la Commune de Noville le 15 novembre 2007 et approuvé

par le département cantonal compétent le 17 avril 2007. Il a conclu à

l'annulation de la décision municipale et des autorisations spéciales, au

rétablissement de l'état conforme à la loi, ainsi qu'à l'annulation du PPA dans

la mesure de sa non-conformité avec le droit fédéral.

Dans sa réponse du 5 mars 2024, la municipalité a

conclu à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.

Dans sa réponse du 21 mars 2024, la propriétaire a

conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.

Dans sa réponse du 22 mai 2024, la DGTL a conclu à

l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet. La DGE s'est

déterminée le même jour, s'en remettant à justice quant à la recevabilité du

recours et concluant, au fond, à son rejet.

Le 12 août 2024, l'OFEV a déposé une réplique,

confirmant les conclusions de son recours.

La municipalité a dupliqué le 26 septembre 2024 et

la propriétaire le 8 novembre 2004. Dans sa duplique, celle-ci a requis la mise

en œuvre d'une expertise relative à la protection des batraciens en lien avec

l'éloignement du bâtiment de la lisière forestière et du chenal (suppression du

bâtiment ECA n° 220 au profit de l'agrandissement du bâtiment ECA

n° 394) et avec la couverture en gravier de la surface entourant les

bâtiments.

La Cour a tenu audience avec inspection locale le 11

février 2025. On extrait les éléments suivants du compte rendu de cette séance:

"Le tribunal et les parties

se déplacent sur la parcelle n° 883. La Cour visite le nouveau hangar, d'une

taille importante et plus élevé que le bâtiment préexistant sur son flanc sud.

Le nouveau hangar sert au stockage des bateaux durant la saison hivernale; il

contient également une machine servant à mettre les bateaux à l'eau. La

propriétaire explique que le radier a pu être aménagé sur le gravier existant,

celui-ci étant suffisamment tassé sans qu'il n'ait été nécessaire de prévoir de

pieux.

Au nord-ouest du hangar se trouve

un tunnel agricole gris qui aurait été aménagé il y a environ 30 ans selon les

déclarations de la propriétaire. Une étroite bande herbeuse sépare le tunnel et

le nouveau hangar de la limite du bas-marais au nord.

La propriétaire explique que cette

bande herbeuse est fauchée une fois par année, en automne; aucune barrière

n'entrave la faune. La place située à l'ouest du hangar, gravillonnée, sert à

l'entreposage hivernal des bateaux, soit de la fin de l'automne à Pâques

environ. Un bateau à la fois peut être sorti de l'eau ou mis à l'eau et les

mouvements sont donc peu nombreux.

Au sud-ouest de la place

gravillonnée, à proximité du canal, se trouve encore un container abritant les

locaux techniques et, au bord de l'eau, une grue.

La DGE précise que le secteur du

biotope est recensé dans le PAC mais qu'aucune zone tampon n'a été prévue.

L'OFEV détaille les trois périodes

importantes pour les batraciens: en premier lieu, en fin d'hiver et début de

printemps, les adultes se déplacent vers les sites de reproduction (étangs)

avant de retourner occuper l'ensemble de leur territoire; ensuite, vers le mois

de juin, les jeunes quittent l'eau pour occuper l'ensemble de leur territoire;

enfin, vers octobre et novembre, les batraciens s'abritent pour l'hiver, dans

des cavités situées dans le sol. Le nouveau bâtiment (hangar) constitue à cet

égard une barrière plus importante pour les déplacements des batraciens. Les

conditions permettant une nouvelle construction selon l'ordonnance sur les

batraciens ne sont pas remplies. S'agissant du site marécageux, le chantier

naval constitue une atteinte existante, alors que la législation topique exige

de supprimer les atteintes à chaque fois qu'une occasion se présente. Le

nouveau bâtiment est par ailleurs implanté plus près du bas-marais; de ce fait,

il peut réduire la surface disponible pour certains oiseaux, qui ne nichent par

exemple pas à moins de 50 m d'un bâtiment. La lumière émanant du bâtiment

constitue par ailleurs un dérangement pour les oiseaux. Enfin, certaines

espèces peuvent être affectées par la hauteur du bâtiment.

La propriétaire précise n'avoir

jamais observé de batraciens dans le hangar ou à proximité de celui-ci.

La DGTL explique qu'il a été

considéré, lors de l'adoption du PPA, qu'une surface bâtie de 1'820 m2

bénéficiait de la garantie de la situation acquise; la suppression de l'ancien

hangar au profit de la construction du nouveau hangar était possible pour

autant que la surface maximale soit respectée, ce qui était le cas en

l'espèce.

S'agissant de sa conclusion

tendant à la remise en état, l'OFEV précise que la parcelle doit à terme être

restituée au site marécageux. Cette échéance doit être fixée en tenant compte

du principe de proportionnalité et conjointement à des mesures de valorisation

du site."

Les parties se sont encore

déterminées le 3 mars 2025 (OFEV et municipalité) et le 10 mars 2025

(constructrice, DGTL et DGE). L'OFEV recommande une modification du compte

rendu en lien avec les périodes importantes pour les batraciens en ce sens que

pour la période du mois de juin, il est important de noter que les jeunes

batraciens sont particulièrement sensibles à un microclimat défavorable, comme

celui des places asphaltées et recouvertes de gravier en plein soleil. La

constructrice complète le compte rendu au sujet des conséquences financières

liées à la démolition du hangar (perte sèche annuelle d'au minimum 200'000 fr.

et risque de fermeture définitive d'une entreprise plus que centenaire),

précise que ce n'est pas la bande herbeuse située entre le hangar et le tunnel

qui est fauchée une fois l'an mais le grand terrain situé au nord du nouvel

hangar, ajoute que ce nouvel hangar ne bénéficie d'aucun éclairage artificiel

et rappelle sa réquisition de mise en œuvre d'une expertise au sujet de la

problématique des batraciens, déjà formulée dans sa duplique.

Considérant en droit:

1.

Le recours est formé par l'OFEV et dirigé à l'encontre de plusieurs

actes distincts, à savoir la synthèse CAMAC comprenant les autorisations

spéciales délivrées par les instances cantonales le 15 juillet 2015, dont l'ancien

SDT et la DGE, l'autorisation de construire rendue par la municipalité le 23

juillet 2015 et le PPA "Port de plaisance et du Chantier naval" au

lieu-dit "Vieux Rhône" approuvé par le département le 17 avril 2007.

Il y a ainsi lieu d'examiner la recevabilité du recours, contestée tant par la

municipalité que par la DGTL et la propriétaire de la parcelle litigieuse, et

de la distinguer cas échéant en fonction des actes attaqués. La DGE s'en est

remise à justice sur ce point.

2.

En premier lieu, il convient d'examiner la qualité pour recourir de

l'OFEV.

a) En vertu de l'art. 49 al. 2 de la Constitution

fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101), la

Confédération veille à ce que les cantons respectent le droit fédéral.

Afin d'assurer l'exécution correcte et uniforme du

droit fédéral, le législateur a prévu, à l'art. 89 al. 2 let. a de la loi du 17

juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), qu'ont qualité pour

recourir devant le Tribunal fédéral notamment la Chancellerie fédérale, les

départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, les

unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer

la législation fédérale dans leur domaine d'attribution. La doctrine précise à

cet égard que, sur la base de cette disposition, les offices fédéraux sont

habilités à recourir, mais que le droit fédéral doit le prévoir dans une loi ou

dans une ordonnance (cf. Aubry Girardin, Commentaire LTF, 3e éd.,

2022, n. 75 ad art. 89). En vertu de l'art. 111 al. 2 LTF, si une autorité

fédérale a la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, elle peut

recourir devant les autorités cantonales précédentes ou, pour autant qu'elle le

demande, participer à la procédure devant celles-ci.

Un office fédéral n'est admis à recourir que dans un

domaine qui relève de sa compétence. Le Tribunal fédéral a en particulier

considéré que le recours de l'Office fédéral de l’énergie (OFEN), qui

intervient hors d'un cas d'application de la loi fédérale du 30 septembre 2026

sur l’énergie (LEne; RS 730.0), doit être déclaré irrecevable (TF 1A.124/2005

du 17 juin 2005 consid. 1.3-1.4). De même, l'Office fédéral du développement

territorial (OFDT/ARE) n'a pas qualité pour recourir sur la base de l'art. 48 l’ordonnance

du 28 juin 2000 sur l’aménagement du territoire (OAT; RS 700.1) lorsque c'est

l'application du droit fédéral de la protection de l'environnement qui est en

jeu (Tanquerel, Le recours des offices fédéraux en matière d'aménagement du

territoire et d'environnement, in: Mélanges en l'honneur de Pierre Moor:

théorie du droit, droit administratif, organisation du territoire, Berne 2005,

p. 766).

b) D'après l'art. 12g al. 2 de la loi fédérale du 1er

juillet 1966 sur la protection de la nature et les paysages (LPN; RS 451),

intitulé "Recours des cantons et de l'office fédéral compétent",

l'office compétent a la qualité pour recourir contre les décisions cantonales

au sens de l'art. 12 al. 1 LPN et peut faire usage des voies de droit fédérales

et cantonales.

Cette disposition est entrée en vigueur le 1er

juillet 2007; il s'agit en réalité d'une reprise du texte de l'ancien art. 12b al.

2 LPN, introduit le 1er février 1996 (FF 2005 5041, p. 5067).

Elle confère à l'office compétent le droit de recourir en matière de LPN sur

les décisions prises en exécution de tâches fédérales. Contrairement aux autres

lois fédérales instaurant un droit de recours des offices fédéraux dans le

domaine de l'environnement (voir art. 56 al. 1 de la loi fédérale du 7 octobre

1983 sur la protection de l’environnement [LPE; RS 814.01], art. 67a de la loi

fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux [LEaux; RS 814.20], art.

46 al. 2 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts [LFo; RS 921.0] et

art. 29 al. 1 de la loi fédérale du 21 mars 2003 sur l’application du génie

génétique au domaine non humain [LGG; RS 814.91] qui prévoient que l'office

compétent est habilité à user de toutes les voies de recours prévues par le

droit fédéral et le droit cantonal contre les décisions rendues par des

autorités cantonales en "application de la présente loi ou de ses

dispositions [ou: actes] d’exécution"), l'art. 12g al. 2 LPN

contient une formulation différente s'agissant des décisions concernées. Il

renvoie en effet aux décisions cantonales au sens de l'art. 12 al. 1 LPN, ce

qui indique que l'habilitation concerne exclusivement le recours contre les

décisions prises dans l'accomplissement de tâches de la Confédération selon les

art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN (Grodecki/Pfeiffer, in Moor/Favre/Flückiger (éd.),

Loi sur la protection de l'environnement, Berne 2010, n. 9 ad art. 56 LPE).

L'art. 2 LPN définit ce qu'il faut entendre par

l'accomplissement d'une tâche de la Confédération au sens de l'art. 78 al. 2

Cst. Cet article n'est toutefois pas exhaustif. Selon une jurisprudence constante,

une tâche fédérale peut également exister lorsqu'une autorité cantonale a pris

une décision, par exemple lors de l'octroi d'une dérogation au droit de

l'aménagement du territoire selon l'art. 24 de la loi fédérale du

22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) (ATF 112 Ib

70 consid. 4b). L'autorisation de défrichement est expressément mentionnée à

l'art. 2 al. 1 let. b LPN (ATF 121 II 190 consid. 3c/cc). La protection

des biotopes selon les art. 18 ss LPN est une tâche fédérale confiée aux

cantons (ATF 133 II 220 consid. 2.2). Il en va de même pour l'autorisation

d'interventions techniques dans un cours d'eau selon les art. 8 ss de la loi

fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP; RS 923.0) ou l'octroi

d'autorisations relevant du droit de la pêche (ATF 110 lb 160 consid. 2). Font

également partie des tâches fédérales la protection des eaux et la garantie de

débits résiduels convenables (TF 1C_262/2011 du 15 novembre 2012 consid. 1.1,

non publié dans: ATF 139 II 28), la protection des marais et des sites

marécageux d'une beauté particulière et d'importance nationale (ATF 118 Ib 11

consid. 2e) ainsi que des mammifères et des oiseaux sauvages (ATF 136 II 101

consid. 1.1), même si ce sont les autorités cantonales ou communales qui

décident. La condition pour l'existence d'une "tâche fédérale" est

donc en premier lieu que la décision attaquée concerne une matière juridique

qui relève de la compétence de la Confédération et qui est réglée par le droit

fédéral.

Le droit de recours de l'OFEV est considéré comme

abstrait: il n'est pas nécessaire pour l'office concerné de démontrer un

intérêt particulier à contester la décision (ATF 136 II 359 consid. 1.2;

Keller, Commentaire LPN, 2ème éd. 2019, n. 5 ad art. 12g LPN, p.

359). Il permet par ailleurs à l'office de contester non seulement les

décisions cantonales de dernière instance, mais également celles des instances

inférieures. La qualité pour agir sur le plan cantonal n'est donc pas limitée à

la dernière instance et existe pour toutes les autorités cantonales précédentes

(Bovey, op. cit., n. 18 ad art. 111 LTF; Keller, op. cit., n. 7 ad art.

12g LPN, p. 359 s.; FF 1991 III 1151, p. 1157). Il s'agit toutefois d'une

faculté donnée à l'autorité fédérale, qui n'est pas obligée d'épuiser les

instances cantonales. Une renonciation à recourir devant une instance cantonale

ne privera pas l'autorité fédérale de son droit de recourir devant les

instances cantonales ultérieures ou devant le Tribunal fédéral. Par conséquent,

l'office n'a pas non plus d'obligation de participer à la procédure antérieure

(ATF 136 II 359 consid. 1.2; 116 Ib 418 consid. 3h; voir aussi arrêt TF 1C_184/2021

du 23 septembre 2021 consid. 2.3; Tanquerel, op. cit., p. 772;

Bovey, op. cit., n. 22 ad art. 111).

Les art. 12g al. 2 et 12 al. 1 LPN ne mentionnent

que les décisions des autorités cantonales. Chaque canton est toutefois libre

d'organiser les compétences de ses autorités comme il l'entend. Dans le canton

de Vaud, l'art. 114 LATC prévoit que la compétence de délivrer les permis de construire

appartient à la municipalité. L'intervention de la commune dans ce domaine ne

porte toutefois pas préjudice au droit des autorités fédérales de recourir

contre les décisions des autorités inférieures, qu'elles soient communales ou

cantonales (voir, pour la LPE: Grodecki/Pfeiffer, op. cit., n. 15 ad art. 56

LPE).

c) Au niveau cantonal, selon l'art. 75 let. b de la

loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA-VD; BLV 173.36), a

qualité pour former recours toute autre personne ou autorité que la loi

autorise à recourir.

d) Il résulte de ce qui précède que l'OFEV, en tant

qu'office fédéral compétent pour l'exécution de la LPN en matière de protection

de la nature et du paysage (art. 23 al. 1 let. a et al. 2 de l'ordonnance

du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage [OPN; RS

451.1]), est l'office compétent au sens de l'art. 12g

LPN pour se

plaindre des décisions cantonales et communales en cette matière (cf. ég. TF

1C_86/2020 du 22 avril 2021 consid. 6.1; Tanquerel, op. cit., p. 772). La

qualité pour recourir doit lui être reconnue même s'il n'a pas formé opposition

dans la procédure préalable aux décisions litigieuses. L'office intervient par

ailleurs dans des domaines recouvrant la définition de tâche de la

Confédération, singulièrement la protection des marais et des sites marécageux

d'une beauté particulière et d'importance nationale, ainsi que des mammifères

et des oiseaux sauvages. La qualité pour recourir à l'encontre des actes

attaqués doit partant lui être reconnue.

3.

Il convient ensuite d'examiner si l'OFEV pouvait encore contester dans

son recours des actes qui étaient datés respectivement de plus de huit ans

(permis de construire) et de plus de quinze ans (plan partiel d'affectation).

A ce sujet, l'OFEV se prévaut de l'absence totale de

notification des actes litigieux, qui ne lui auraient été communiqués qu'à sa

demande le 2 novembre 2023, en violation en particulier des art. 24g LPN, 27

al. 2 let. e et f OPN et 46 OAT. Il convient dès lors de se pencher sur

l'existence d'une obligation de notification, en distinguant, d'une part, le

cas des autorisations cantonales spéciales et du permis de construire des 15 et

23 juillet 2015 et, d'autre part, le cas de l'approbation du PPA Port de plaisance

et du Chantier naval.

a) aa) Selon l'art. 95 al. 1 LPA-VD, le recours au

Tribunal cantonal s'exerce dans les 30 jours dès la notification de la décision

ou du jugement attaqués.

La

question du respect du délai de recours et de ses conséquences dépend

directement de l'existence d'une obligation des autorités de notifier leurs

décisions. En l'absence d'obligation de communiquer les décisions

cantonales des instances inférieures à l'OFEV, il ne serait pas admissible

d'admettre un recours de l'OFEV après l'écoulement du délai de recours cantonal

ordinaire, quand bien même l'office ne se serait pas vu notifier la décision (Grodecki/Pfeiffer,

op. cit., n. 31 ad art. 56 LPE; Loretan, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, 2e

éd., Zurich 1996, état mars 2002, n. 16 ad art. 56 LPE).

bb) Selon

l'art. 112 al. 4 LTF, dans les domaines où les autorités fédérales ont qualité

pour recourir devant le Tribunal fédéral, le Conseil fédéral détermine quelles

décisions les autorités cantonales doivent leur notifier. Selon le Message

concernant la révision totale de la procédure judiciaire fédérale du 28 février

2001, les décisions cantonales ne devront en principe pas être communiquées

d'office aux autorités fédérales, sauf dans les cas spécifiés par une

ordonnance du Conseil fédéral. Une obligation de communiquer toute décision aux

autorités fédérales ne pourra être prévue que de manière très ponctuelle, par

exemple lorsque la mise en œuvre de normes particulièrement délicates est en

cause (FF 2001 4000, sp. 4147). Sur cette base, le Conseil fédéral a édicté

l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la notification des

décisions cantonales de dernière instance en matière de droit public (RS 173.110.47),

qui fait obligation aux autorité cantonales de notifier sans délai et

gratuitement aux autorités fédérales ayant qualité pour recourir les décisions

de dernière instance qui peuvent être attaquées devant le Tribunal fédéral,

notamment par un recours en matière de droit public (art. 1 al. 1 let. c).

Selon cette ordonnance, une obligation de notification n'existe que pour les

décisions de dernières instance cantonale (voir aussi ATF 136 II 359 consid.

1.2). Le Message précité n'exclut toutefois pas d'obliger des autorités

cantonales inférieures à communiquer leurs décisions aux autorités fédérales

(Bovey, op. cit., n. 66-68 ad art. 112).

cc) L'art. 27 al. 1 et 2 OPN, intitulé "Communication

des textes légaux et des décisions", prévoit que les cantons

communiquent à l'OFEV, l'OFC (Office fédéral de la culture) ou à l'OFROU (Office

fédéral des routes) leurs actes normatifs concernant la protection de la

nature, la protection du paysage et la conservation des monuments historiques

(al. 1). Les autorités compétentes communiquent en outre à l'OFEV les décisions

suivantes (al. 2):

"a. exceptions relatives aux dispositions de la

protection des espèces (art. 22, al. 1 et 3, LPN; art. 20, al. 3);

b. suppression de la

végétation des rives (art. 22, al. 2 et 3, LPN);

c. décisions de constatation dans le domaine de la

protection des biotopes et des espèces (art. 14, al. 4);

d. décisions concernant la remise en état (art. 24e LPN);

e. décisions concernant les constructions, les

installations et les modifications de la configuration du terrain dans les

biotopes d’importance nationale (art. 18a LPN) ou les sites marécageux (art.

23b LPN);

f. approbation de plans d’affectation (art. 26 de la loi

du 22 juin 1979 sur l’aménagement du territoire) s’ils portent atteinte à des

paysages, des sites naturels, des biotopes ou des sites marécageux d’importance

nationale."

L'art. 27 al. 2 let. e OPN a été introduit par le

ch. II 1 de l'ordonnance du 2 février 2000 relative à la loi fédérale sur la

coordination et la simplification des procédures de décision, et est entré en

vigueur le 1er mars 2000 (RO 2000 703). Cet article impose aux

autorités cantonales de communiquer à l'OFEV une série de décisions relatives

aux constructions dans les biotopes et sites marécageux. Quant à l'art. 27 al.

2 let. f OPN, qui porte sur l'approbation des plans d'affectation, il a été

introduit par le ch. II de l’ordonnance du 2 avril 2014 et est entré en vigueur

le 1er mai 2014 (RO 2014 909).

L'objectif poursuivi par l'art. 27 al. 2 OPN est

d'assurer un droit de recours effectif des offices fédéraux, dans le contexte

d'un besoin d'amélioration de la surveillance fédérale dans le domaine de la

protection du paysage et de la nature. Cet objectif trouve sa source dans le

rôle de surveillance de la Confédération vis-à-vis des cantons, prévu à l'art.

24g al. 1 LPN depuis le 1er septembre 2014 et, de manière générale,

à l'art. 49 al. 2 Cst. (Martenet, in: Martenet/Dubey (éd.),

Commentaire romand de la Constitution fédérale, 2021, n. 66 ss ad art. 49 Cst.;

Biaggini, BV Kommentar, 2e éd., Zurich 2017, n. 26 ad art. 49;

cf. ég. TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2 et les références

citées). L'obligation de notification découlant de l'art. 27 al. 2 OPN va plus

loin que celle de l'ordonnance fédérale du 8 novembre 2006 concernant la

notification des décisions cantonales de dernière instance en matière de droit

public. Cet article s'adresse en effet à toutes les autorités compétentes, à

savoir également aux autorités cantonales inférieures (Keller, op. cit., n. 8

ad art. 12g LPN; voir aussi Tanquerel, op cit., p. 773). Il en est ainsi

également dans le domaine de l'aménagement du territoire, où le Tribunal

fédéral est arrivé à la même solution s'agissant de l'obligation de notifier

une décision d'approbation d'un plan d'affectation sur la base de l'art. 46 OAT

(voir arrêt TF 1C_672/2020 du 2 septembre 2021 consid. 2.2, où le Conseil

d'Etat tessinois avait omis de notifier à l'ARE un plan d'affectation n'ayant

pas fait l'objet d'un recours cantonal).

b) En l'espèce, il convient de distinguer le cas des

décisions en lien avec le permis de construire et l'adoption du plan partiel

d'affectation.

S'agissant du plan partiel d'affectation du "Port

de plaisance et du Chantier naval" adopté par le Conseil général de

Noville le 26 septembre 2006 et approuvé par le département compétent le 17

avril 2007, ce plan est antérieur à l'entrée en vigueur, le 1er mai

2014, de l'art. 27 al. 2 let. f OPN, qui prévoit une obligation de

communication des plans d'affectation à l'OFEV. Il s'ensuit que, lors de

l'adoption du plan litigieux, il n'existait, dans la législation fédérale,

aucune obligation pour les autorités concernées de notifier leurs décisions à

l'office. Par conséquent, à défaut d'une telle obligation, il ne peut être

reproché au Conseil général de Noville et au département de n'avoir pas

transmis leurs décisions respectives à l'OFEV et celui-ci, qui ne peut se

prévaloir d'un défaut de notification, n'est plus en mesure de remettre en

question les décisions portant sur le plan d'affectation dans le cadre du

présent recours.

A cet égard, l'OFEV se méprend lorsqu'il se réfère à

l'art. 46 OAT, dans son état en vigueur au 1er janvier 2013, pour

justifier d'un défaut de communication à son égard de la décision d'approbation

du plan d'affectation. L'art. 46 OAT ne

concerne que l'ARE et ne saurait fonder une obligation de communication des

autorités concernées à l'OFEV, ni une obligation dérivée de communication de

l'ARE à l'OFEV des décisions émanant des autorités cantonales potentiellement

notifiées au premier cité. Chaque office n'exerce en effet sa surveillance sur

les autorités cantonales qu'à l'intérieur de son domaine de compétence (arrêt

du TF 1A.124/2005 du 17 juin 2005 consid. 1.3-1.4; voir aussi Tanquerel,

op. cit., p. 766).

c) Cette situation doit être distinguée de celle des

autorisations spéciales et du permis de construire datés des 15 et 23 juillet

2015. Lors de la reddition de ces décisions, l'art. 27 al. 2 let. e OPN était

applicable et les autorités vaudoises étaient donc en principe tenues de

notifier leurs décisions à l'OFEV. La municipalité et la DGE ont donc procédé

en violation du droit fédéral et l'office est autorisé à se prévaloir d'un

défaut de notification des décisions litigieuses lors de leur adoption.

aa) Selon l’art. 44 LPA-VD, les décisions sont en

principe notifiées à leurs destinataires sous pli recommandé ou par acte

judiciaire (al. 1). Si les circonstances l'exigent, notamment lors de décisions

rendues en grand nombre, l'autorité peut notifier ses décisions sous pli simple

ou sous une autre forme. La notification doit dans tous les cas intervenir par

écrit (al. 2). L'autorité peut notifier ses décisions par voie de publication

du dispositif dans la Feuille des avis officiels à une partie dont le lieu de

séjour est inconnu (al. 3 let. a) ou à un grand nombre de participants

qui ne peuvent pas être identifiés sans frais excessifs (al. 3 let. b).

Une notification irrégulière ne doit en principe entraîner

aucun préjudice pour les parties (ATF 138 I 49 consid. 8.3.2; voir, en droit fédéral, art. 49 LTF et 38

de la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative [PA; RS

172.021]). S'il s'agit d'un acte émanant d'une autorité, le fardeau de la

preuve de la notification et de sa date incombe en principe à l'autorité qui

entend en tirer une conséquence juridique (ATF 122 I 97 consid. 3b). L'autorité

supporte ainsi les conséquences de l'absence de preuves en ce sens que si la

notification ou sa date sont contestées, et qu'il existe effectivement un doute

à ce sujet, comme cela peut se présenter lors de la notification d'un acte sous

pli simple, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de

l'envoi (ATF 103 V 63 consid. 2 et 3). Cela ne suffit pas encore au

constat que le recours a été déposé en temps utile. Il y a donc lieu

d’examiner, d’après les circonstances du cas concret, si la partie intéressée a

réellement été induite en erreur par l’irrégularité de la notification et a, de

ce fait, subi un préjudice. Il convient à cet égard de s’en tenir aux règles de

la bonne foi qui imposent une limite à l’invocation du vice de forme. En vertu

de ce principe, la partie intéressée est tenue de se renseigner sur l’existence

et le contenu de la décision dès qu’elle peut en soupçonner l’existence, sous

peine de se voir opposer l’irrecevabilité d’un éventuel moyen pour cause de

tardiveté (ATF 139 IV 228 consid. 1.3; 111 V 149 consid. 4c; TF 1C_268/2021 du

26 novembre 2021 consid. 2.1; 2C_884/2019 du 10 mars 2020 consid. 7.2).

Selon la jurisprudence, un recours d'un office

fédéral est recevable s'il a été déposé trente jours après la notification de

la décision cantonale, elle-même notifiée à l'office fédéral recourant à sa

demande avec deux mois de retard (TF 6A.75/2003 du 5 décembre 2003 consid. 1).

L'ARE a également été admis à recourir en novembre 2019 contre une décision

d'approbation d'un plan d'affectation datant de mars 2015 alors que cette

décision ne lui avait pas été notifiée par le Conseil d'Etat (TF 1C_672/2020 du

2 septembre 2021 consid. 2 et 3). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a

considéré qu'il n'appartenait pas à l'ARE de parcourir les feuilles officielles

des différents cantons à la recherche d'éventuelles décisions relatives à la

délimitation des zones à bâtir (consid. 3.2). Le fait que l'ARE s'était vu

notifier des arrêts de la dernière instance de recours cantonale rendus à

l'encontre du plan d'affectation concerné n'était pas déterminant car il

s'agissait d'arrêts de renvoi, donc de décisions incidentes au sens de l'art.

93 LTF. L'ARE pouvait se limiter à prendre connaissance du dispositif de ces

arrêts et, sans violer le principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.) et sans

s'exposer au reproche de grave négligence procédurale, n'était pas tenu

d'examiner ces affaires plus avant, considérant qu'un recours au Tribunal

fédéral paraissait d'emblée irrecevable au vu de la nature incidente de ces

décisions (consid. 3.4). L'examen du bien-fondé du recours au regard du

principe fondamental de la séparation du bâti et du non-bâti l'emporte sur la

sécurité du droit (consid. 3.5).

bb) Dans le cas présent, rien ne permet de retenir

que l'OFEV aurait eu connaissance des décisions entreprises, ou de leur

contenu, avant leur communication le 2 novembre 2023. En particulier, le fait

que divers arrêts aient été rendus précédemment par la CDAP concernant le

secteur des Grangettes, mais en lien avec d'autres parcelles du site, ne peut

pas fonder une violation de son devoir de se renseigner qui pourrait aujourd'hui

être opposé à l'OFEV. On ne saurait attendre de l'office fédéral concerné qu'après

notification d'un arrêt relatif à un secteur, il procède à un examen étendu des

constructions de toutes les parcelles alentour afin de déterminer si celles-ci

ont fait l'objet de décisions qui ne lui ont pas été notifiées.

Il en est de même s'agissant de l'arrêt rendu par la

CDAP le 24 décembre 2015 (AC.2015.0026) dont se prévaut la municipalité. Selon

elle, l'OFEV aurait dû recourir contre les décisions litigieuses à la suite du

prononcé de cet arrêt, qui portait sur d'autres parcelles du site des

Grangettes. Cela étant, la municipalité perd de vue que, dans la mesure où la

cause précitée concernait un cas d'assujettissement à la loi fédérale du 4

octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11), cette question n'entrait

pas dans les compétences de l'OFEV qui ne s'est, à juste titre, pas vu notifier

l'arrêt. Le simple fait que d'autres offices fédéraux ont été destinataires de

l'arrêt ne permet pas de retenir automatiquement que l'OFEV en avait

connaissance, ni que ces offices auraient dû le transmettre à l'OFEV qui

n'était pas concerné par l'objet de l'affaire. On ne peut donc aujourd'hui

reprocher à l'OFEV de n'avoir pas recouru à l'encontre des décisions

litigieuses immédiatement après le prononcé de cet arrêt du 24 décembre 2015

par la CDAP.

Au demeurant, contrairement

à ce qu'invoque la municipalité, les documents reçus régulièrement par l'OFEV

en lien avec l'obligation qui incombe aux cantons de rendre compte de l'état de

la protection des zones alluviales, des sites marécageux et des sites de

reproduction de batraciens (cf. art. 3 al. 1, art. 5 et 10 de l'ordonnance

fédérale du 28 octobre 1992 sur les zones alluviales [Ordonnance sur les zones

alluviales; OZA; RS 451.31]; art. 3 al. 1, art. 5 et 10 de l'ordonnance

fédérale du 1er mai 1996 sur la protection des sites marécageux

d'une beauté particulière et d'importance nationale [OSM; RS 451.35]; art. 5

al. 1 et 2, art. 8 et 13 de l'ordonnance fédérale du 15 juin 2001 sur la

protection des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale

[OBat; RS 451.34]) font uniquement état d'éléments généraux en lien avec la

protection de ces sites et ne contiennent aucun détail relatif aux nouvelles

constructions (cf. rapports des années 2018 et 2021 dans le cadre des enquêtes

OFEV). Ils ne permettent dès lors pas non plus de fonder un devoir de l'OFEV de

se renseigner plus avant, en tout cas s'agissant d'actes d'exécution tels qu'un

permis de construire, sur le développement du secteur en question et de faire

partir un délai de recours.

Le même constat s'impose s'agissant de l'arrêt du

Tribunal fédéral relatif à la disposition du PAC 291 en lien avec le chantier

naval exploité sur la parcelle n° 883 (TF 1A.14/1999 du 7 mars 2000): cet

arrêt portait sur une disposition d'un plan d'affectation cantonal qui devait

encore être concrétisée dans un plan d'affectation communal dans le délai

prescrit par le PAC. Bien que l'OFEV ait été consulté dans le cadre de cette

procédure et que l'arrêt du Tribunal fédéral lui ait été notifié, il n'en

découle encore pas qu'il lui incombait de s'enquérir de l'adoption du PPA ni

d'en vérifier la teneur.

Il s'ensuit que, bien que formé plusieurs années

après leur prononcé, le recours contre les décisions des 15 et 23 juillet 2015

a été déposé en temps utile. L'importance des biens juridiques protégés,

constatée par plusieurs inventaires fédéraux et cantonaux consacrant des objets

d'importance nationale, voire internationale, a pour

conséquence que leur protection l'emporte sur la sécurité du droit.

Il convient donc d'entrer en matière sur le fond

dans le cadre du recours déposé à l'encontre du permis de construire et des

autorisations cantonales y relatives.

4.

L'OFEV s'oppose à la délivrance de l'autorisation de construire

litigieuse au motif qu'elle serait contraire à la protection instaurée par

plusieurs inventaires fédéraux, au périmètre desquels appartient la parcelle

n° 883. Il invoque à cet effet l'inventaire des sites marécageux d'une

beauté particulière et d'importance nationale n° 289 (ISM), l'inventaire

fédéral des sites de reproduction de batraciens d'importance nationale

n° VD21 (IBN) et l'inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de

migrateurs d'importance internationale et nationale n° 8 (IROEM), tous

désignés sous l'appellation "Les Grangettes".

Pour la municipalité, la construction litigieuse ne

porte pas atteinte au site marécageux et les travaux n'ont causé aucune

atteinte au paysage ni aux éléments et structures caractéristiques du site. La

DGTL relève en particulier que le PPA a été examiné par les instances

cantonales compétentes pour la protection de la nature et que la Commission

paritaire des Grangettes, chargée de la bonne application du PAC et composée

notamment de spécialistes en matière d'environnement, a retenu dans le rapport

OAT du PPA que la solution retenue diminuait la pression sur le milieu naturel;

la DGTL considère que les travaux litigieux portent une atteinte modeste au

droit fédéral. Enfin, la propriétaire estime que l'autorisation contestée

respecte le PPA et a eu pour effet de concentrer les espaces bâtis en un seul

endroit, créant une zone de transition et améliorant sensiblement la qualité du

site.

5.

a) Selon l'art. 78 al. 5 Cst., les

marais et les sites marécageux d'une beauté particulière qui présentent un

intérêt national sont protégés; il est interdit d'y aménager des installations

ou d'en modifier le terrain; font exception les installations qui servent à la

protection de ces espaces ou à la poursuite de leur exploitation à des fins

agricoles. L'art. 78 al. 5 Cst. prévoit donc une interdiction

absolue de modification, tant pour les marais que pour les sites marécageux, et

n'autorise des exceptions que si elles servent à la protection ou à

l'exploitation agricole actuelle.

Le législateur a concrétisé cette

disposition par l'adoption des art. 23a ss LPN (en vigueur depuis le

1er février 1996 [RO 1996 214]). Contrairement à l'art. 78 al. 5

Cst., selon ces dispositions, il convient de distinguer, d'une part, le régime

applicable aux marais d'une beauté particulière et d'importance nationale, pour

lesquels l'art. 23a LPN renvoie aux art. 18a, 18c et 18d LPN qui concernent les

biotopes, et, d'autre part, les sites marécageux d'importance nationale

régis par les art. 23b à 23d LPN.

L'art. 23b al. 1 LPN définit un

site marécageux comme "un paysage proche de l'état naturel, caractérisé

par la présence de marais. Une étroite relation écologique, visuelle,

culturelle ou historique unit les marais au reste du site".

L'al. 2 de cette disposition précise les conditions auxquelles un site

marécageux est d'une beauté particulière et d'importance nationale. L'al. 3

prévoit que le Conseil fédéral désigne les sites marécageux répondant à ces

conditions. Selon l'art. 23c LPN, la protection a pour but général de sauvegarder

les éléments naturels et culturels des sites marécageux qui leur confèrent leur

beauté particulière et leur importance nationale (al. 1). Les cantons veillent

à la concrétisation et à la mise en œuvre des buts de la protection (al. 2).

Quant à l'art. 23d LPN, il est formulé ainsi:

"Aménagement et exploitation

des sites marécageux

1 L'aménagement et

l'exploitation des sites marécageux sont admissibles, dans la mesure où ils ne

portent pas atteinte aux éléments caractéristiques des sites marécageux.

2 Sont en

particulier admis à la condition prévue à l'al. 1:

a. l'exploitation

agricole et sylvicole;

b. l'entretien

et la rénovation de bâtiments et d'installations réalisés légalement;

c. les mesures

visant à protéger l'homme contre les catastrophes naturelles;

d. les

installations d'infrastructure nécessaires à l'application des let. a à c

ci-dessus."

L'OSM a été édictée sur la base de ces dispositions.

Selon l'art. 4 al. 1 de cette ordonnance, le paysage sera protégé contre les

modifications qui portent atteinte à la beauté du site marécageux ou à son

importance nationale (let. a); les éléments et les structures caractéristiques

des sites marécageux seront sauvegardés, notamment les éléments

géomorphologiques, les biotopes, les éléments culturels ainsi que les

constructions et les structures traditionnelles de l'habitat (let. b); les

espèces végétales et animales protégées en vertu de l'art. 20 OPN, ainsi que

les espèces végétales et animales menacées et rares figurant dans les Listes

rouges publiées ou approuvées par l'office fédéral seront particulièrement

ménagées (let. c). Selon l'art. 5 al. 2 OSM, les cantons veillent notamment à

ce que les plans et les prescriptions qui règlent le mode d’utilisation du sol

au sens de la législation en matière d’aménagement du territoire soient

conformes à la présente ordonnance (let. a), à ce que les biotopes au sens de l'art.

18 al. 1bis LPN, qui se trouvent à l'intérieur d'un site marécageux

soient désignés (let. b), à ce que l’aménagement et l’exploitation admissibles

selon l’art. 23d, al. 2, LPN, ne portent pas atteinte aux éléments

caractéristiques des sites marécageux (let. c) et à ce que des installations et

constructions, autres que celles relatives à l’aménagement et l’exploitation

réglés sous lettre c, qui ne servent ni à l’entretien des biotopes, ni au

maintien des habitats typiques, ne soient érigées ou agrandies que si elles ont

une importance nationale, ne puissent être réalisées qu’à l’endroit prévu et

n’entrent pas en contradiction avec les buts visés par la protection (let. d).

b) Le Tribunal fédéral a relevé

que les marais et sites marécageux d'une beauté particulière et d'un intérêt

national bénéficient en vertu de la Constitution d'une protection absolue dans

le sens d'une interdiction de toute modification, sous réserve de l'exception

prévue à l'art. 78 al. 5 Cst.

in fine. La jurisprudence et la doctrine

considèrent que le législateur, en recourant aux termes "dans la mesure

où ils ne portent pas atteinte" dans l'art. 23d LPN, est allé à la

limite de la constitutionnalité, l'art. 78 al. 5 Cst. limitant les aménagements

à ceux qui servent à la protection de l'objet ou à son exploitation agricole.

De manière générale, il convient donc de donner une interprétation restrictive

aux aménagements permis par l'art. 23d LPN, qui sera ainsi aussi proche que

possible de l'esprit de l'art. 78 al. 5 Cst. (ATF 138 II 281 consid.

6.3; 138 II 23 consid. 3.3.;

1C_502/2016 du 21 février 2018 consid. 4 et les références citées).

Appliquant l'art. 23d LPN, le Tribunal fédéral a

jugé que l'exploitation traditionnelle paysanne de la tourbe, effectuée à la

main et destinée aux besoins personnels de l'exploitant, peut être maintenue

dans un site marécageux à la condition qu'elle ne porte pas atteinte aux

hauts-marais et aux bas-marais d'importance nationale compris dans le périmètre

du site et que la couche de tourbe restante, ainsi que la forme des lieux à la

fin de l'exploitation, permettent leur régénération (ATF 124 II 19 consid. 5c).

Le Tribunal fédéral a en revanche écarté toute

possibilité d'agrandir une construction dans le périmètre d'un site marécageux,

ce même sur la base de l’art. 23d al. 2 let. b LPN. Cela exclut a

fortiori la construction de nouveaux bâtiments, sans qu'il soit nécessaire

d'examiner de plus près la compatibilité avec les objectifs de protection (ATF 138 II 23). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a indiqué qu'il serait trop

général d'affirmer qu'il aurait reconnu, dans son précédent arrêt 1C_43/2010 du

25 octobre 2010, que, dans un cas concret, on pourrait admettre avec retenue

une atteinte à un site marécageux (par ex. en cas de brèche dans la continuité

du tissu bâti, ce qu'il n'avait d'ailleurs pas retenu dans l'arrêt en question,

qui concernait une zone attenante à la zone à bâtir). Cette jurisprudence a été

confirmée en relation avec un projet d’infrastructure routière (ATF 138 II 281). Le Tribunal fédéral a également jugé que des maisons de vacances datant

pour la plupart des années 1960 et construites de manière légale ne

constituaient pas une occupation typique du paysage marécageux au sens des art.

4 al. 1 let. b et 5 al. 2 let. d OSM, pour la conservation de laquelle de

nouvelles constructions et installations pourraient éventuellement être

autorisées. Une reconstruction de telles maisons sur la base de l'art. 23d

al. 2 let. b LPN n’a donc pas été admise. À cet égard, le tribunal précise que

les termes "entretien" et "rénovation" au sens de la lettre

b ne comprennent que les mesures de conservation et de modernisation des

bâtiments existants dans le cadre de leur durée de vie normale. En revanche, la

reconstruction donnerait lieu à un bâtiment entièrement neuf, dont la durée de

vie (contrairement au bâtiment précédent) n'est pas encore (même partiellement)

écoulée. Dans cette mesure, on ne peut considérer que l'état antérieur est

rétabli car la durée de l'atteinte à l'objectif de protection est

considérablement prolongée. En outre, l'expérience a montré que l'utilisation

de nouvelles technologies et de nouveaux matériaux de construction permet de

créer des bâtiments plus durables. De plus, la reconstruction s'accompagne de

modifications du sol et de perturbations (dues aux engins de chantier, etc.)

qui ne sont pas admissibles dans le paysage de tourbières. Pour toutes ces

raisons, il semble justifié de ne pas autoriser la reconstruction d'un bâtiment

détruit, même s'il existe d'autres maisons de vacances dans les environs (TF 1C_515/2012

du 17 septembre 2013 consid. 5).

Dans un arrêt récent 1C_601/2022 du 9 juillet 2024,

le Tribunal fédéral s'est penché sur la conformité à l'art. 23d al. 2 let. b

LPN du remplacement des lames de bois composant la terrasse d'un cabanon de

vacances. Dans ce cadre, il a tout d'abord rappelé que la garantie

constitutionnelle de la propriété (art. 26 Cst.) permet de conserver les

constructions et installations légalement érigées - dans le cadre de leur durée

de vie normale - et d'effectuer les travaux d'entretien nécessaires. Cette

garantie inclut tous les travaux d'entretien (réparations) et de modernisation

(rénovations), dans la mesure où l'étendue, l'apparence, la destination et la

valeur de l'installation restent inchangées. En revanche, les mesures visant à

accroître le confort ou à embellir les pièces, à améliorer l'éclairage ou à

raccorder des équipements de bureau n'en font pas partie (consid. 5.3). Dans le

cadre de l'art. 23d LPN, les notions d'entretien et de rénovation, qui sont

expressément autorisées par la loi, doivent être interprétées de manière

restrictive et limitées à l'essence des droits acquis garantis par la

Constitution (consid. 5.4). Le Tribunal fédéral précise ensuite que, dans le

cas d'une terrasse en bois, l'application d'un produit de protection du bois

serait à qualifier de simple entretien. En revanche, le fait de remplacer ne

serait-ce que quelques planches pourries par de nouvelles planches constitue

une étape vers la rénovation. Le remplacement de l'entier des lames de la

terrasse, même au-delà des simples planches pourries, constitue un

renouvellement de la construction visant à exploiter sa durée de vie normale,

qui peut être autorisé. La rénovation trouve ses limites en particulier lorsque

les éléments porteurs d'une maison ou le toit sont renouvelés dans leur ensemble

ou de manière ciblée en plusieurs étapes afin de prolonger l'utilisation du

bâtiment au-delà de sa durée de vie normale (consid. 5.4).

A ce propos, selon l'aide à l'exécution de l'OFEV

"Constructions et installations dans les sites marécageux"

(L'environnement pratique n° 1610, 2016), la rénovation d'un bâtiment ou d'une

installation équivaut à sa remise en état ou à son assainissement (énergétique

p. ex.). Volume, apparence générale et affectation ne doivent subir aucune

modification (p. 17).

Toujours selon la jurisprudence, l'interdiction

constitutionnelle d'aménager des installations ou d'en modifier le terrain dans

les sites marécageux d'importance nationale est immédiatement applicable (ATF 139 II 243 consid. 10.7; 127 II 184 consid. 5b/aa; 123 II 248

consid. 3a/aa) et impérative: elle n'autorise pas à procéder

dans chaque cas particulier à une pesée des intérêts entre cette interdiction

constitutionnelle et d'autres intérêts. Cela signifie que si un projet est

contraire aux objectifs de protection, il est inadmissible indépendamment du

poids des autres intérêts en jeu (ATF 138 II 281 consid. 6.2 et 6.5; 127

II 184 consid. 5b, et les références citées; 1C_515/2012 du 17

septembre 2013 consid. 5.4). La protection fédérale des sites

marécageux prime le droit cantonal et les plans d'aménagement cantonaux

(art. 49 al. 1 Cst.), même lorsque ceux-ci ont été adoptés sous l'empire

de la LAT (ATF 127 II 184 consid. 5b/aa; cf. aussi arrêt 1C_489/2011

du 21 juin 2012 consid. 2.1). Ces règles du droit fédéral

s'imposent donc aux cantons qui ne peuvent pas prévoir, dans leur

réglementation (loi cantonale, plan d'affectation cantonal ou communal),

d'autoriser des constructions dans un site marécageux qui ne correspondraient

pas aux exigences de l'art. 23d LPN (art. 46 al. 1 Cst.; ATF 127 II 184 consid. 5b/aa).

De la comparaison avec les prescriptions de l'art.

24c al. 2 LAT, il ressort que, dans le cadre de l'art. 23d LPN, n'entrent en

considération ni un changement partiel de la construction existante

(agrandissement ou modification partielle de son but), ni une reconstruction.

La protection des sites marécageux d'une beauté particulière prévoit donc une

garantie de la situation acquise plus restreinte que celle de l'art. 24c al. 2

LAT et se limite à la conservation de la substance au moyen de l'entretien

(régulier) et de la rénovation (sous forme des mesures nécessaires au maintien

de la construction et à sa modernisation dans le cadre de sa durée de vie

normale) (Keller, Commentaire LPN, op. cit., n. 14 ad art. 23d LPN).

c) En l'espèce, la parcelle litigieuse s'inscrit

dans l'inventaire des sites marécageux d'une beauté particulière et

d'importance nationale des Grangettes (ISM, objet n° 289), dont la

description est la suivante:

"Formé sur le delta du Rhône,

à son embouchure dans le lac Léman, le site des Grangettes est le dernier

témoin de l'immense paysage marécageux qui s'étendait autrefois dans la majeure

partie de la vallée du Rhône. Il constitue néanmoins une des plus grandes

régions marécageuses de ce type en Suisse et représente le dernier site

d'importance nationale sur un delta lacustre au nord des Alpes. Une part

importante figure à l'inventaire des zones alluviales d'importance nationale.

Les bas marais et les forêts

riveraines occupent pratiquement toute la rive. Vers l'intérieur, ils sont

remplacés par de vastes forêts alluviales, des bas marais et des cordons boisés

signalant les anciens bras du fleuve. Le Vieux Rhône en est le principal

exemple; traversant tout le site, il présente des stades d'atterrissement

variables selon les secteurs. Ces bras morts rappellent l'ancienne dynamique

naturelle du delta.

Les bas marais offrent une grande

diversité : tous les types de végétation propres à ces milieux sont

représentés, de la roselière au bas marais acide. Une partie des marais,

notamment le vaste ensemble du Gros Brasset, est entretenu comme pré à litière.

Durant ce siècle, les forêts humides, naturelles ou non (plantation de

peupliers), se sont développées de manière importante, au détriment des marais.

Le potentiel de revitalisation de la zone alluviale demeure cependant grand.

Les étangs, canaux et gouilles

dispersés dans le site contribuent à sa diversité, tant au niveau paysager que

biologique. Des bosquets, souvent humides, ponctuent certains terrains

agricoles, de même que des restes de marais et forêts marécageuses, en particulier

aux Saviez, à Perrausa et au Clos de la Delèze.

Des terres agricoles (production

maraîchère, maïs, betteraves, etc.), quelques vergers, des pâturages, des

friches et des étangs de gravières caractérisent le site. Le hameau des

Grangettes et quelques constructions agricoles (ferme de Perrausa, ancienne

ferme de l'Essert) participent à la structure du paysage.

Malgré les atteintes subies au

cours du temps (endiguement du Rhône, drainage, boisements artificiels,

extension des cultures, etc.), le site des Grangettes représente pour la flore

et la faune un milieu unique, d'une valeur exceptionnelle. Il sert de refuge à

de nombreuses espèces rares ou menacées, dont la survie dépend de la protection

du site. C'est également une réserve d'importance nationale et internationale

pour les oiseaux d'eau et les migrateurs (OROEM, convention de Ramsar)."

Il convient donc d'examiner si la construction

litigieuse respecte les conditions de l'art. 23d LPN applicable aux sites

inscrits dans l'ISM.

d) Le hangar litigieux ne poursuit pas un but

d'exploitation agricole ou sylvicole ni ne constitue une mesure visant à

protéger l'homme contre les catastrophes naturelles. Les cas prévus à l'art.

23d al. 2 let. a, c et d LPN ne sont donc manifestement pas applicables à la

présente situation.

Le hangar à bateaux litigieux constitue une nouvelle

construction, érigée entre 2015 et 2017, sur la base des décisions qui font

l'objet du recours. On ne saurait considérer qu'il s'agit d'une rénovation ou

de l'entretien d'une construction existante qui pourraient cas échéant être

autorisés sur la base de l'art. 23d al. 2 let. b LPN au bénéfice de la

situation acquise. Ce bâtiment ne peut par ailleurs pas être considéré comme un

cas de reconstruction d'un bâtiment existant, puisqu'il a été érigé en remplacement

d'un hangar de même dimension mais situé initialement à un autre endroit. Quoi

qu'il en soit, le Tribunal fédéral a considéré que la reconstruction n'était

pas couverte par le libellé de l'art. 23d al. 2 LPN, le législateur ayant

voulu limiter la garantie de la situation acquise dans les sites marécageux à

la conservation de la substance proprement dite dans le cadre de la durée de

vie normale d'une construction (arrêt 1C_515/2012 précité, consid. 5.6). A cet

égard, on observe que l'art. 23d LPN est plus restrictif que l'art. 24c al. 2

LAT. La construction litigieuse a été motivée par le but économique de la constructrice

et ne sert pas à la protection du site marécageux (art. 23d LPN) ni ne poursuit

un but d'importance nationale (art. 5 al. 2 let. d OSM). Le bâtiment ne

correspond en outre pas à une occupation typique et traditionnelle du site

marécageux des Grangettes. Si, selon le descriptif de l'ISM, le hameau

participe avec les constructions agricoles présentes sur le site à la structure

du paysage et qu'il résulte de l'IFP n° 1502 que seuls les petites granges

ou chalets des anciens prés marécageux, où l'on fauchait l'herbe dure comme

litière, sont mentionnés au titre de constructions traditionnelles du site

(IFP, ch. 2.4), le site du chantier naval n'est pas même évoqué dans le

descriptif de l'ISM ni dans celui de l'IFP. Or, selon le Tribunal fédéral, les

constructions et installations qui ne servent pas à la protection des biotopes

et qui ne font pas partie des éléments caractéristiques du paysage marécageux

constituent en principe une atteinte à la beauté du paysage (art. 4 al. 1 let.

a OSM; TF 1C_515/2012 du 17 septembre 2013 consid. 5.6). Tout au plus

pourrait-on considérer que les bâtiments historiques du hameau, qui existaient

au moment de l'inventaire de l'objet, contribuent à la structure

caractéristique décrite. Le nouveau bâtiment du chantier naval n'en fait pas

partie, bien que le chantier préexistât pourtant à l'ISM, dans lequel il n'a

toutefois pas été mentionné.

Dans ces conditions, la construction litigieuse

s'oppose à l'interdiction de bâtir consacrée par les art. 78 al. 5 Cst. et 23d

LPN dans les sites marécageux d'importance nationale. Contraire aux objectifs

de protection, elle n'aurait donc pas dû être autorisée, indépendamment des

autres intérêts en jeu.

6.

A cela s'ajoute que la construction litigieuse entre en conflit avec la

protection découlant des autres inventaires régissant le périmètre, tel que

cela découle des considérations qui suivent.

a) Selon l'art. 18 al. 1 LPN, "la disparition

d'espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien

d'un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d'autres

mesures appropriées". La notion de biotope est ainsi juridiquement définie

par cette disposition comme un "espace vital suffisamment étendu"

(sur cette problématique, voir Karin Sidi-Ali, La protection des biotopes en

droit suisse, thèse de l'Université de Lausanne, 2008, ch. 1.2 p. 8 ss et 1.3

p. 20 notamment). L'al. 1bis de l'art. 18 LPN introduit - de

manière exemplative - la notion plus restrictive de biotope "digne de

protection" dans les termes suivants: "il y a lieu de protéger tout

particulièrement les rives, les roselières et les marais, les associations

végétales forestières rares, les haies, les bosquets, les pelouses sèches et

autres milieux qui jouent un rôle dans l'équilibre naturel ou présentent des

conditions particulièrement favorables pour les biocénoses."

S'agissant des mesures générales de

sauvegarde des biotopes dignes de protection, l'art. 18 al. 1ter LPN

dispose que si, tous intérêts pris en compte, il est impossible d’éviter des atteintes

d’ordre technique aux biotopes dignes de protection, l’auteur de l’atteinte

doit veiller à prendre des mesures particulières pour en assurer la meilleure

protection possible, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat

(voir aussi l'art. 14 al. 7 OPN). Selon la lettre

de l'art. 18 al. 1ter

in fine LPN, la pesée des intérêts doit

être effectuée sans prendre en compte les mesures de compensation prévues,

celles-ci ne devant être décidées que si l'atteinte au biotope en question est

inévitable. Le raisonnement s'articule en effet en trois étapes: l'art. 18 al.

1ter LPN exige, une fois le caractère digne de protection reconnu au

biotope (1ère étape), qu'une pesée générale de tous les intérêts

soit effectuée (2e étape). Si, sur cette base, le biotope ne

l'emporte pas, il peut être décidé de lui porter atteinte. Dans un tel cas, il

faut en assurer la meilleure protection possible, la reconstitution ou le

remplacement adéquat (3e étape) (arrêt TF 1C_182/2022 du 20 octobre

2023 consid. 11.1). Exceptionnellement, lorsque de nombreux intérêts entrent en

ligne de compte, il peut être judicieux de prendre en considération, au stade

de la pesée des intérêts déjà, les effets sur le long terme, à savoir la

situation finale, après la mesure de reconstitution (arrêts TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1; 1C_294/2017 du 4 mai 2018 consid. 5.6.2; Sidi-Ali, op.

cit., p. 123).

La protection des

biotopes n'a ainsi pas de caractère absolu: ils sont soumis à une pesée des

intérêts qu'ils n'emportent pas aveuglément (Sidi-Ali, op. cit., ch.

3.1.4.2 p. 119 et la référence citée, soit Arnold Marti, Das Schutzkonzept

des Natur- und Heimatschutzgesetzes auf dem Prüfstand, in RSJ 2008 p. 81 ss,

spéc. p. 84 ss; Fahrländer, Commentaire LPN, 2e éd.,

Zurich/Bâle/Genève 2019, n. 28 ad art. 18a LPN). Dans la pesée des intérêts,

l'appréciation doit intégrer l'affectation planifiée du terrain en cause;

l'issue de la pesée des intérêts n'est donc pas la même, pour des biotopes de

valeur équivalente, selon que le milieu se trouve en zone à bâtir ou non,

l'atteinte d'ordre technique pouvant donc plus facilement être admise sur une

parcelle constructible (TF 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.1;

Sidi-Ali, op. cit., p. 105).

b) Si l'art. 18 LPN instaure une

protection générale, l'art. 21 LPN introduit en sus une protection spéciale -

accrue - en faveur de la végétation des rives. Cette disposition précise ainsi

que la végétation des rives (roselières et jonchères, végétation

alluviale et autres formations végétales naturelles riveraines) ne doit pas

être essartée ni recouverte ou détruite d’une autre manière (al. 1). Dans la

mesure du possible, les cantons veillent à ce que les rives soient

couvertes d’une végétation suffisante ou du moins à ce que soient réalisées les

conditions nécessaires à son développement (al. 2). S'agissant des exceptions

possibles à l'interdiction de défrichement prévue à l'art. 21 al. 1 LPN, l'art.

22 LPN dispose notamment que l'autorité cantonale compétente peut autoriser la

suppression de la végétation existant sur des rives dans le cas de projets qui

ne peuvent être réalisés ailleurs et qui ne contreviennent pas à la législation

en matière de police des eaux et de protection des eaux (al. 2).

c) La législation fédérale contient également des

prescriptions spéciales pour les biotopes que le Conseil fédéral a désignés

comme étant d'importance nationale (cf. art. 18a LPN,

art. 16 et 17 OPN), les cantons devant cependant

aussi veiller à la protection et à l'entretien des biotopes d'importance

régionale et locale (art. 18b LPN).

Aux termes de l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription

d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que

l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé

le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de

remplacement adéquates.

Il ne peut être garanti à un propriétaire d'utiliser

la totalité des possibilités de construire découlant du règlement communal des

constructions en présence d'un biotope, même d'importance régionale (TF

1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 6.2.3).

d) L'OBat a été adoptée en application des art. 18a

al. 1 et 3 LPN. L'OBat distingue les objets fixes et les objets itinérants

(art. 1 al. 2). Selon l'art. 2 OBat, les objets fixes comprennent le plan d'eau

de reproduction et des surfaces naturelles et quasi naturelles attenantes

(secteur A) ainsi que d'autres habitats terrestres et corridors de migration

des batraciens (secteur B). Il appartient aux cantons de fixer les limites

précises des objets fixes (art. 5 al. 1 OBat). Les cantons disposent d'un délai

de sept ans pour s'exécuter (art. 9 OBat). Tant qu'ils n’ont pas pris de

mesures de protection et d’entretien, ils veillent, par des mesures immédiates

appropriées, à ce que l’état des objets fixes ne se détériore pas et à ce que

la fonctionnalité des objets itinérants soit conservée (art. 10 OBat). Si la

délimitation n'a pas encore eu lieu, l’autorité cantonale prend, sur demande,

une décision de constatation de l’appartenance d’un bien-fonds à un objet

protégé (art. 5 al. 3 OBat).

En vertu de l'art. 6 OBat, étant donné qu’ils

constituent des sites de reproduction appropriés et de qualité pour les

batraciens et qu’ils servent de points d’appui garantissant aux espèces de

batraciens menacées une survie à long terme et une possibilité d’expansion

future, les objets fixes doivent être conservés intacts et la fonctionnalité

des objets itinérants doit être préservée (al. 1). La protection vise en particulier

à conserver et à valoriser:

l’objet en tant que site de reproduction de batraciens (let. a); les

populations de batraciens qui donnent à l’objet sa valeur (let. b); l’objet en

tant qu’élément du réseau de biotopes (let. c) (al. 2). Si la conservation et la

valorisation des populations de diverses espèces de batraciens s’excluent, les

priorités définies dans la description des objets sont applicables (al. 3).

L'art. 7 OBat fixe les dérogations possibles aux buts de protection. Pour les

objets fixes, de telles dérogations ne sont admises que pour des projets dont

l’emplacement s’impose par leur destination et qui servent un intérêt public

prépondérant d’importance nationale également. Celui qui déroge aux buts de la

protection doit être tenu de prendre toutes mesures possibles pour assurer la

protection, la reconstitution ou, à défaut, le remplacement adéquat. L'art. 11

OBat prescrit que les cantons veillent, chaque fois que l’occasion se présente,

à ce que les atteintes déjà portées à l’objet soient réparées dans la mesure du

possible.

Les sites de reproduction des batraciens sont aussi

considérés comme des biotopes. A ce titre, leur protection n'est pas absolue et

est soumise à une pesée des intérêts en présence (Fahrländer, op. cit., n. 29

ad art. 18a LPN).

Selon le Guide d'application de l'IBN publié par

l'OFEFP en 2002, dans le secteur A, la protection de la nature est strictement

prioritaire par rapport aux autres utilisations (p. 14). Le secteur B

correspond quant à lui essentiellement à des surfaces agricoles et forestières

et remplit diverses fonctions, en particulier celles de premier habitat

terrestre, de couloir de déplacement et de zone-tampon; il peut être inclus

dans une zone de protection paysagère qui le préserve des atteintes

consécutives à de nouvelles constructions (p. 14). Outre les plans d'eau, les

habitats terrestres sont également importants; les surfaces inexploitées avec

des cachettes, les surfaces agricoles extensives et les boisements naturels

fournissent de bons habitats terrestres aux amphibiens (p. 23).

7.

L'art. 1er al. 1

let. a de la loi fédérale du 20

juin 1986 sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages

(loi sur la chasse, LChP; RS 922.0) prévoit que la diversité des espèces et

celle des biotopes des mammifères et oiseaux indigènes et migrateurs vivant à

l'état sauvage doit être conservée. L'art. 11 LChP prescrit dans ce but que le

Conseil fédéral, après avoir consulté les cantons, délimite des réserves de

sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance internationale (al. 1).

D’entente avec les cantons, il délimite des districts francs fédéraux ainsi que

des réserves de sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance nationale (al.

2). Le Conseil fédéral édicte les dispositions concernant la protection dans

les réserves de sauvagine et d’oiseaux migrateurs, d’importance internationale

et nationale, ainsi que dans les districts francs fédéraux (al. 6).

Dans les réserves d'oiseaux d'eau et migrateurs, il

s'agit notamment de ne pas déranger, traquer ou attirer hors de la zone les

animaux, selon l'art. 5 al. 1 let. b de l'ordonnance du 21 janvier 1991 sur les

réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance internationale et

nationale (OROEM; RS 922.32). L'art. 6 OROEM prévoit que, dans

l’accomplissement de leurs tâches, la Confédération et les cantons veillent à

assurer la prise en compte de la protection visée par les réserves d’oiseaux

d’eau et de migrateurs. Dans le cas particulier où d’autres intérêts sont en

jeu, la décision sera prise sur la base d’une appréciation de tous les intérêts

(al. 1). Les réserves d’oiseaux d’eau et de migrateurs doivent être prises en

considération lors de l’élaboration de plans directeurs et de plans

d’affectation (al. 2). D'autres dispositions visant en particulier la

protection des biotopes prévue aux art. 18 ss LPN sont réservées (al. 3).

Selon la jurisprudence, la mise en œuvre de la

protection des oiseaux d'eau et migrateurs doit faire l'objet d'une pesée

d'intérêt (ATF 145 II 70 consid. 6.5-6.8). Les prescriptions applicables à un

site constituant une réserve d'oiseaux d'eau et de migrateurs d'importance

internationale doivent être coordonnées avec d'autres mesures de protection

fondées sur les art. 18 ss LPN, qu'elles n'excluent nullement (TF 1A.46/2005 du

23 juin 2005 consid. 4).

8.

a) aa) Dans le cas présent, la parcelle n° 883 s'inscrit à

l'intérieur du périmètre de l'inventaire fédéral des sites de reproduction de

batraciens d'importance nationale (IBN, objet VD21: Les Grangettes; secteur A

au sud de la parcelle et secteur B au nord de la parcelle) depuis 2001. La

partie concernée par les constructions litigieuses se situe en secteur B. Selon

cet inventaire, huit catégories d'amphibiens font l'objet d'un peuplement

décrit comme allant d'une taille moyenne à une très grande taille dans la zone.

La municipalité semble

vouloir tirer argument du fait que la parcelle litigieuse n'a été classée à

l'inventaire cantonal des sites de reproduction de batraciens que le 1er

novembre 2017, de sorte que les limites précises des objets fixes protégés par

l'inventaire fédéral n'auraient pas pu être définies avant cette date. En

réalité, on observe que la délimitation des secteurs A et B de l'inventaire

cantonal est identique à celle fixée par l'IBN et que la partie construite de la

parcelle litigieuse se situe clairement à l'intérieur du secteur B, de sorte

que le canton a confirmé le bien-fondé des délimitations posées par l'IBN. A ce

sujet, le Tribunal fédéral a de toute façon jugé que l'absence de délimitation

précise par le canton, alors que celui-ci était tenu de le faire au maximum

dans les sept ans dès l'adoption de l'inventaire fédéral (délai que le canton

de Vaud n'a au demeurant pas respecté en l'espèce), n'avait pas d'incidence sur

le fait que l'examen de l'autorisation litigieuse devait se faire sous l'angle

des buts de protection de l'art. 6 OBat puisque la parcelle se situait dans le

périmètre de l'IBN (ATF 146 II 376 consid. 4.4-4.5).

Les autorités communale et cantonales et la

constructrice considèrent que l'environnement naturel a dûment été pris en

compte. La constructrice requiert par ailleurs la mise en œuvre d'une expertise

tendant à démontrer d'une part qu'en éloignant un bâtiment de la lisière

forestière et du chenal (Vieux-Rhône), elle n'avait en aucun cas pu péjorer la

situation qui prévalait et avait au contraire amélioré le cheminement des

batraciens, qui n'ont plus à traverser une zone de travail située entre deux

bâtiments, et d'autre part que le fait que la surface entourant les bâtiments

est presque entièrement recouverte de gravier est favorable au déplacement

terrestre des batraciens.

bb) Le secteur protégé par l'IBN est ici caractérisé

par de grandes populations d'amphibiens, notamment de crapauds communs, de

grenouilles rousses, de tritons alpestres et de sonneurs à ventre jaune. Contrairement

à ce que soutient la municipalité, les objets fixes ne sont pas constitués que

des plans d'eau, mais aussi des surfaces naturelles et quasi naturelles

attenantes (art. 2 OBat). La construction du hangar litigieux a réduit ou à

tout le moins modifié la surface terrestre mise à disposition des amphibiens

pour leurs déplacements, compte tenu de la suppression d'une surface identique

à l'ouest, et ce même si la surface concernée était déjà recouverte de graviers

et n'était donc plus entièrement naturelle. Cette modification est contraire au

but de conservation intact des objets fixes prescrit par l'art. 6 al. 1 OBat.

Qui plus est, la surface occupée par l'ancien hangar est restée artificielle.

Or l'OFEV a relevé en audience que les jeunes batraciens sont particulièrement

sensibles, lorsqu'ils quittent les zones de ponte vers le mois de juin, à un

microclimat défavorable comme celui des places asphaltées et recouvertes de

gravier en plein soleil. Au surplus, une fois de plus, la construction du

hangar ne sert pas un intérêt public d'importance nationale de sorte qu'elle ne

pourrait de toute façon pas être autorisée dans la pesée préstructurée des

intérêts prescrite par l'art. 7 OBat.

cc) Vu que le recours doit de toute manière être

admis pour les motifs développés ci-dessus sous consid. 4 et 5, il n'y a pas

lieu de donner suite à la requête de la constructrice tendant à la mise en

œuvre d'une expertise relative à la protection des batraciens en lien avec

l'éloignement du bâtiment de la lisière forestière et du chenal (suppression du

bâtiment ECA n° 220 au profit de l'agrandissement du bâtiment ECA

n° 394) et avec la couverture en gravier de la surface entourant les

bâtiments.

b) La parcelle litigieuse s'inscrit en outre dans le

périmètre de l'inventaire fédéral des réserves d'oiseaux d'eau et de migrateurs

d'importance internationale et nationale (IROEM, objet n° 8: Les

Grangettes).

Le périmètre de cet inventaire fédéral s'étend sur

toute la partie est du Haut Lac Léman jusqu'à hauteur de Saint-Gingolph au sud

et de Saint-Saphorin au nord. Au sud, la réserve couvre également les terres

émergées autour de l'embouchure du Rhône jusqu'à plusieurs centaines de mètres

de la rive. Elle est caractérisée par une vaste surface d'eau, par des zones

humides étendues et des forêts alluviales dans le delta du Rhône. De très

nombreux oiseaux d'eau et limicoles passent chaque année l'hiver dans la zone.

La réserve a pour objectif de protection la conservation de zones de

tranquillité pour le séjour et l'alimentation de l'avifaune, en particulier

pour les oiseaux d’eau migrateurs et les limicoles, et la conservation du site

en tant que lieu de reproduction et de mue pour les oiseaux d'eau et en tant

que biotope diversifié pour les oiseaux et les mammifères sauvages.

Comme l'a relevé l'OFEV lors de l'audience, le

nouveau bâtiment est implanté plus près du bas-marais, situé juste au nord; de

ce fait, il peut réduire la surface disponible pour certains oiseaux, qui ne

nichent par exemple pas à moins de 50 m d'un bâtiment. La lumière et les

activités émanant du bâtiment constituent par ailleurs un dérangement pour les

oiseaux. Enfin, le vol de certaines espèces peut être affecté par la hauteur du

bâtiment. Qui plus est, il ne ressort pas de la décision entreprise et de la

synthèse CAMAC qu'une pesée des intérêts aurait été faite sur la base de l'art.

6 al. 1 OROEM. En particulier, ni l'une ni l'autre ne relève que la parcelle

concernée est inscrite à l'inventaire IROEM.

9.

La garantie de la propriété (art. 26 Cst.) n'est pas absolue et doit ici

céder le pas devant les intérêts contraires à la sauvegarde du site marécageux,

qui accueille notamment amphibiens et oiseaux d'eau. L'interdiction de

construire un nouveau hangar dans le cadre de l'exploitation d'un chantier

naval constitue par ailleurs une mesure appropriée, nécessaire et proportionnée

pour remédier à l'aggravation de l'atteinte au site marécageux.

Au final, pour tous les motifs qui précèdent et en

raison de la force dérogatoire du droit fédéral (art. 49 Cst.), l’existence

d’une planification cantonale autorisant la construction sur la parcelle en

question n’a pas d’incidence sur le résultat de l’examen des conditions légales

applicables au site marécageux protégé et à ses biotopes. Il en résulte que les

planificateurs communal et cantonal n'avaient pas adéquatement tenu compte des

intérêts en présence pour élaborer le PPA du Port de plaisance et du Chantier naval.

C'est ainsi en violation de l'art. 78 al. 5 Cst., de ses dispositions

d'application, en particulier l'art. 23d LPN, et de celles régissant les

inventaires fédéraux pertinents que le permis de construire contesté a été

délivré. Il en résulte que la construction litigieuse est matériellement

illégale, qu'elle n'aurait pas dû être autorisée et que le permis de construire

doit être annulé.

10.

En vertu de l'art. 7 al. 6 in fine LChP, lorsque des projets

affectent des zones protégées d’importance internationale et nationale, il y a

lieu de demander le préavis de l’Office fédéral de l’environnement. Selon

l'OFEV, cette disposition ne s'adresse pas qu'aux autorités fédérales dans la

mesure où cette obligation découle déjà de l'art. 62a al. 1 de la loi fédérale

du 21 mars 1997 sur l’organisation du gouvernement et de l’administration

(LOGA; RS 172.010). L'art. 6 al. 1bis OROEM prévoit en outre que,

lorsque des autorités fédérales autres que l'OFEV sont compétentes pour

l’exécution, la collaboration de ce dernier est régie par les art. 62a

et 62b LOGA. Les autorités communale et cantonale auraient donc violé

l'obligation de consulter l'OFEV dans le cadre de la procédure d'autorisation

de construire concernée. Au vu du sort du recours, la question de la violation

de l'art. 7 al. 6 LChP peut toutefois rester ouverte.

11.

L'OFEV conclut encore à ce que soit ordonné le rétablissement de l'état

conforme à la loi. La municipalité, la DGE, la DGTL, ainsi que la propriétaire

s'y opposent, arguant du fait que cela violerait le principe de la

proportionnalité et de la bonne foi.

Le présent recours est dirigé contre les décisions

spéciales cantonales du 15 juillet 2015 et l'autorisation de construire

délivrée le 23 juillet 2015, dont on a vu qu'elles étaient illégales et doivent

donc être réformées. Ces décisions, seuls objets du recours, ne portent pas sur

la question de la remise en état des installations litigieuses. Selon le

principe de l’unité de la procédure, ne peuvent être examinés et jugés par le

Tribunal en principe que les rapports juridiques à propos desquels l’autorité administrative

s’est prononcée préalablement, d’une manière qui la lie sous forme de décision.

L’objet du litige peut être réduit devant l’autorité de recours, mais pas

étendu, ni modifié (art. 79 LPA-VD applicable par renvoi de l'art. 99 LPA-VD;

ATF 136 V 362 consid. 3.4.2 p. 365). Dans ces conditions, l'examen des

conséquences de l’annulation du permis de construire, en particulier sous

l'angle de la bonne foi des constructeurs et de la proportionnalité d'une

remise en état sortent du cadre de la contestation et le Tribunal ne peut

examiner cette question dans le présent arrêt. Contrairement à ce que semble

soutenir l'OFEV, l'art. 8 OSM en particulier, qui prévoit que les cantons

veillent à ce que les atteintes déjà portées à des objets soient réparées le mieux

possible chaque fois que l’occasion s’en présente, ne permet pas de parvenir à

une autre conclusion.

Par conséquent, la question de la remise en état

devra être examinée ultérieurement par l'autorité cantonale compétente.

12.

Il résulte des considérants qui précèdent que le recours est irrecevable

s'agissant du plan partiel d'affectation. Concernant les décisions portant sur

l'autorisation de construire, le recours est admis et conduit à la réforme des

décisions attaquées en ce sens qu'aussi bien les autorisations cantonales

spéciales que l'autorisation de construire municipale ne sont pas délivrées. La

conclusion tendant à la remise en état est irrecevable.

Selon les art. 49 al. 1 et 55 al. 2 LPA-VD, les

frais et les dépens sont en principe mis à la charge de la partie qui succombe.

D'après la jurisprudence en la matière, lorsque la procédure met en présence,

outre le recourant et l'autorité intimée, une ou plusieurs autres parties dont

les intérêts sont opposés à ceux du recourant, c'est en principe à cette partie

adverse déboutée, à l'exclusion de la collectivité publique dont la décision

est annulée ou modifiée, d'assumer les frais et dépens (CDAP AC.2015.0296,

AC.2015.0297 du 8 février 2017 consid. 9 et les références). Dans le cas

présent, l'OFEV n'obtient que partiellement gain de cause puisque deux de ses

conclusions sont déclarées irrecevables. Par conséquent, seul un émolument de

justice réduit de moitié sera mis à la charge de la constructrice, qui succombe

s'agissant de l'autorisation de construire. Le solde de l'émolument restera à

la charge de l'Etat puisqu'aucuns frais ne peuvent être exigés de la

Confédération (art. 52 al. 1 LPA-VD). Succombant partiellement, l'OFEV versera

des dépens réduits à la constructrice. La municipalité, dont la décision est

entièrement annulée, n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs

la Cour de droit administratif et public

du Tribunal cantonal

arrête:

Faits

I.

Le recours déposé à l'encontre des décisions d'adoption du PPA

"Port de plaisance et du chantier naval" par la Commune de Noville le

26 septembre 2006 et d'approbation par le Département des institutions et des

relations extérieures le 17 avril 2007 est irrecevable.

Considérants

II.

Le recours déposé à l'encontre des décisions du Service du développement

territorial et de la Direction générale de l'environnement, Biodiversité et

paysage, du 15 juillet 2015 et de la décision de la Municipalité de Noville du

23.

juillet 2015 est admis.

III.

Par conséquent, les décisions du Service du développement territorial et

de la Direction générale de l'environnement, Biodiversité et paysage, du 15

juillet 2015 et la décision de la Municipalité de Noville du 23 juillet 2015

sont réformées en ce sens que les autorisations ne sont pas délivrées.

IV.

La conclusion tendant à la remise en état est irrecevable dans la

présente procédure.

V.

Un émolument de 1'500 (mille cinq cents) francs est mis à la charge de A.________.

VI.

L'Office fédéral de l'environnement versera à A.________ une indemnité

de 1'500 (mille cinq cents) francs à titre de dépens.

Lausanne, le 31 mars 2025

La

présidente: La greffière:

Le présent arrêt est communiqué

aux participants à la procédure mentionnés en tête de ce document ainsi

qu'à l'Office fédéral du développement territorial (ARE).

Il peut faire l'objet, dans les trente jours suivant sa

notification, d'un recours au Tribunal fédéral (Tribunal fédéral suisse, 1000

Lausanne 14). Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions des

articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS

173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss

LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle,

indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé.

Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit.

Les pièces invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire,

pour autant qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la

décision attaquée.