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Décision

FI.2009.0021

CDAP - FI.2009.0021 - 2009-10-06 - X.________ SA c/Administration cantonale des impôts, Administration fédérale des contributions

6 octobre 2009Français64 min

Source vd.ch

Faits

Vu les faits suivants

A.

X.________ SA (ci-après: la société, la

contribuable ou la recourante) est une société ayant pour but l'exploitation

d'un bureau de conseil en matière immobilière, l'étude et la réalisation de

projets dans le domaine immobilier, l'exploitation d'une entreprise générale du

bâtiment, l'achat, la vente, le courtage et la mise en valeur de tous biens

immobiliers. Elle est domiciliée à ********, dans le canton de Genève, où elle

est assujettie de manière illimitée. Son administrateur unique est M. Y.________,

domicilié à Genève.

B.

Période fiscale 1997

a) Selon contrat de vente notarié

du 29 avril 1997, la société a acheté une villa (parcelle 1********)

partiellement construite, située à 2********, pour le prix de 300'000 francs.

Après quelques travaux exécutés par l'administrateur unique, sous contrat de

mandat, elle l'a revendue le 16 décembre 1997 à M. Z.________ pour le prix

de 450'000 francs.

b) Le 15 décembre 1995, la société

avait conclu avec Mme A.________ une promesse de vente et d'achat sur une

parcelle (parcelle 3********) située à 4********. Le prix de vente avait été

fixé à 700'000 fr., "payé au comptant le jour de l'exécution de la

présente promesse de vente et d'achat, déduction faite d'un acompte de 70'000

fr. versé au comptant en cet instant, en mains de la promettante-venderesse,

dont ici quittance".

Par contrat de cession partielle de

promesse de vente et d'achat du 16 avril 1997, la société a cédé 5/8 de ses

droits d'acquisition sur cette parcelle, soit, 1/8 à M. et Mme B.________, 1/8

à M. C.________, 1/8 à M. et Mme D.________, 1/8 à M. et Mme E.________ et 1/8

à M. et Mme F.________. Le prix convenu pour ces cessions était de 25'000

fr. par huitième, soit 125'000 fr. pour les 5/8 du droit d'acquisition cédé.

Par acte notarié du 2 mai 1997, la

société et les autres promettants-acquéreurs ont acheté la parcelle 3********

suivant une répartition conforme à leur droit d'acquisition contractuel. Le

prix global de 721'000 fr. a été réparti conformément aux actes de cession

partielle de promesse de vente et d'achat, soit 1/8 du prix de l'immeuble pour

chacun des cessionnaires (87'500 fr.) et 3/8 (262'500 fr.+ intérêts = 283'000

fr.) pour la société. Celle-ci est donc devenue propriétaire de 3/8 de la

parcelle, soit des immeubles no 5********, 6******** et 7********, pour le prix

de 283'000 francs.

Au terme de la vente, la société a

loué l'appartement de l'immeuble no 5******** qu'elle finalement vendu en 2002

(cf. période fiscale 2002). Elle a vendu les immeubles no 6******** et 7********

en 1998 (cf. période fiscale 1998).

Le 5 janvier 1998, l'autorité de

taxation a requis de la société la production d'une déclaration d'impôt 1997.

Le 9 février 1998, la contribuable a répondu qu'elle avait acquis et vendu la

villa d'2******** la même année, qu'elle n'avait agi que comme intermédiaire,

et qu'elle n'avait donc pas à remplir de déclaration vaudoise.

Le 5 octobre 2000, l'autorité de

taxation a requis de la contribuable la production du relevé complet et

détaillé des décomptes d'achat et de vente des immeubles, avec copie des

justificatifs correspondants (2******** et 4********). Elle a également requis

une copie détaillée des comptes d'immeubles de 4******** figurant au bilan. Par

la suite, la société a produit le bilan 1997 qui mentionne des actifs bruts

pour un montant de 368'150 fr., dont les immeubles de 4******** pour un montant

de 281'867 fr. 35 ainsi que son compte de pertes et profits 1997 mentionnant un

bénéfice de 33'920 fr. 60. Elle a par ailleurs produit la copie d'une taxation

genevoise du 18 août 1998, fixant, dans le canton de Genève (siège de la

société), le bénéfice imposable à 2'920 fr. et le capital imposable à

114'021 francs.

Le 8 décembre 2000,

l'Administration cantonale des impôts, Section des personnes morales (ci-après:

l'autorité de taxation), a rendu une décision de taxation pour la période 1997,

fixant le bénéfice global imposable à 276'400 fr., le bénéfice imposable dans

le canton de Vaud à 242'500 fr., le capital imposable global à 114'000 fr. et

le capital imposable dans le canton de Vaud à 86'000 francs. Elle a ajouté au

bénéfice déclaré de 33'920 fr. 60 les montants de, respectivement, 125'000 fr.

correspondant à la somme reçue pour la cession des 5/8 du droit d'acquérir la

parcelle de 4******** et 117'500 fr. correspondant à une estimation

du bénéfice réalisé sur la villa d'2******** acquise et revendue en 1997.

Compte tenu de la part des actifs bruts localisés dans le canton de Vaud, elle

a fixé le capital imposable à 75,56% de celui qui avait été fixé globalement

dans le canton de Genève.

Le 21 décembre 2000, la société a

déposé une réclamation contre cette taxation. Elle a soutenu qu'elle avait

conclu une promesse d'achat le 15 décembre 1995 sur la parcelle de 4********

pour un montant de 700'000 fr., qu'elle avait ensuite acheté 3/8 de l'immeuble

au prix de 87'500 fr. la part de 1/8 (soit 262'500 fr.) et cédé au même prix de

87'500 fr. la part les 5/8 restant de son droit d'acquérir. Elle en a conclu

n'avoir réalisé aucun bénéfice. Concernant la villa d'2********, elle a précisé

qu'elle avait repris un immeuble en construction de G.________ SA pour un

montant de 300'000 fr. avant de mandater M. Y.________ pour la réalisation de

travaux qui avaient coûté 133'470 fr. 70. Ayant revendu cet immeuble à M. Z.________

au prix de 450'000 fr. et reversé le bénéfice de 16'532 fr. 80 à M. Y.________,

elle n'avait réalisé aucun bénéfice.

Dans une proposition de règlement

du 30 juillet 2002, l'autorité fiscale a modifié sa taxation du 8 décembre

2000. Elle a maintenu l'imposition de 125'000 francs correspondant au prix

perçu pour la cession des 5/8 du droit d'acquérir la parcelle sise à 4********

et réduit l'imposition du gain immobilier réalisé sur la vente de l'immeuble d'2********

à 16'530 francs (montant invoqué par la société). Elle a donc fixé le bénéfice

imposable à 141'500 fr., entièrement imposable dans le canton de Vaud, et

maintenu le capital global imposable à 114'000 fr., dont 87'000 fr. imposable

dans le canton. Elle précisé que la "part du capital vaudois était de 77%,

compte tenu de la valeur immobilière restant au bilan pour l'immeuble de 4********".

Le 7 août 2002, la société a

confirmé sa réclamation. Elle a déclaré n'avoir jamais encaissé 125'000 fr.

pour des cessions de droits d'acquérir et prié l'autorité fiscale de bien

vouloir produire les pièces permettant de démontrer l'existence de ces

encaissements. Le 12 août 2002, l'autorité de taxation a répondu que les cinq

cessions contestées, pour un montant de 25'000 fr. chacune, figuraient dans

l'acte authentique de vente du 2 mai 1997 (parcelle 3********) instrumenté par

Me Jean-Marc Emery. Elle a joint à sa réponse une copie de cet acte.

Le 28 août 2002, la société a

déclaré maintenir sa réclamation. Elle a fait valoir que les ventes réalisées à

4******** avaient été comptabilisées dans le bilan et qu'elles avaient été

taxées dans le canton de Genève, de sorte qu'il y aurait double imposition

intercantonale si l'autorité vaudoise maintenait sa décision. Elle a par

ailleurs déclaré que l'autorité de taxation n'avait pas tenu compte des

impenses nécessaires à la réalisation des immeubles d'2******** et de 4********.

C.

Période fiscale 1998:

Par acte notarié

du 29 mai 1998, la société a vendu l'immeuble sis sur la parcelle no 7********

de la commune de 4******** pour le prix de 388'000 francs. Le 2 décembre de la

même année, elle a vendu la parcelle no 6******** de la même commune pour le

prix de 410'000 francs.

Le 21 novembre 1999, la société a

déposé sa déclaration d'impôt 1998, dans laquelle elle a mentionné un bénéfice

imposable de 17'092 fr. et un capital imposable de 221'114 francs. Elle a

fourni en annexe à sa déclaration un document émanant de sa fiduciaire, la Fiduciaire

de Bernex, à Bernex (Genève), attestant qu'elle était propriétaire d'une part

d'immeuble à 4********, d'une valeur de 94'500 fr., qu'à la fin de l'opération,

le bénéfice escompté pour la société serait d'environ 150'000 fr. et que, par

ailleurs, elle avait avancé 81'201 fr. "pour 8********", qu'elle

devrait encore débourser 50'000 fr. pour terminer cette opération, et que, pour

cette promotion, la perte escomptée se monterait à 130'000 francs. Toutefois,

l'immeuble no 5******** dont elle était encore propriétaire ne figurait pas au

bilan du 31 décembre 1998. Seule une créance d'origine indéterminée intitulée

"immeuble 8********" y figurait pour un montant de 80'201 fr. 09.

Dans sa taxation du 27 octobre

1999, l'Administration fiscale cantonale de Genève a fixé le bénéfice imposable

à 17'092 fr. et le capital imposable à 131'114 francs.

Le 8 décembre 2000, l'autorité de

taxation a requis de la contribuable la production d'un relevé complet et

détaillé de l'inventaire des immeubles (parcelles no 5********, 6******** et 7********),

ainsi que le décompte de construction avec copie des attestations et la

justification de la non comptabilisation à l'actif du bilan de la valeur

résiduelle des immeubles et du résultat des ventes. Elle a également requis une

copie du rapport de l'organe de contrôle. La société n'a toutefois pas produit

ces documents pour la période fiscale 1998.

Le 25 mars 2003, l'autorité de

taxation a rendu une décision de taxation fixant le bénéfice global imposable à

144'700 fr., le bénéfice imposable dans le canton à 127'600 fr., le capital

total imposable à 258'000 fr. et le capital imposable dans le canton à 77'000

francs. En guise de motivation, elle a précisé: "à défaut de

renseignements précis de votre part sur les bénéfices engendrés sur les ventes

des immeubles sous numéro de parcelles 6******** et 7********, nous avons

procédé à une estimation du bénéfice vaudois, compte tenu que le revenu des

ventes d'immeubles de placements reviennent au canton où ces immeubles sont

situés. Bénéfice estimé: 144'772 fr., montant qui constitue une réserve

imposable".

En fait, l'autorité de taxation a

estimé le gain immobilier résultant des ventes à 127'600 francs, montant

qu'elle a additionné au bénéfice déclaré (17'092 fr.) pour fixer le montant

global imposable à 144'772 fr. (127'600 fr. + bénéfice déclaré de 17'092 fr.

81).

Le 27 mars 2003, la contribuable a

déposé une réclamation contre cette taxation, par l'intermédiaire de sa

fiduciaire. Elle a fait valoir qu'elle avait déjà déposé une réclamation pour

la période 1997 et qu'aucune décision n'avait encore été prise, qu'elle avait

fourni tous les éléments nécessaires pour les parcelles 6******** et 7********

et qu'aucun bénéfice n'avait été réalisé sur cette opération. Déplorant n'avoir

reçu aucune demande de renseignement, elle a contesté le bénéfice estimé de

144'772 fr. Elle a soutenu par ailleurs qu'elle avait déjà déclaré ces

bénéfices et payé ses impôts dans le canton de Genève.

D.

Période fiscale 1999:

Par acte notarié du 27 janvier

1999, la société a conclu avec Mme H.________ et M. I.________ une vente à

terme avec droit d'emption sur la parcelle 5********, propriété par étage, soit

125/1000 de la parcelle no3******** pour un prix de 390'000 francs. L'acte

prévoyait une échéance pour l'exécution au 31 mai 2003, ainsi que la

possibilité pour les futurs acquéreurs d'occuper les lieux dès le 1er

avril 1999, pour un loyer mensuel de 7******** francs, non déductible du prix

de vente. Il a été prévu que le prix serait payé comme suit:

"- 10'000 fr. d'ici au 31 mars 1999,

hors de la vue du notaire;

- Le solde, soit 380'000 fr., le jour de

l'exécution du présent acte."

Le point 8 de cet acte prévoyait

que "l'exécution pourra avoir lieu dès ce jour et jusqu'au 31 mars

2003…". L'exécution n'a pas eu lieu en 1999.

Le 25 septembre 2000, la société a

déposé sa déclaration d'impôt 1999 dans laquelle elle a déclaré une perte de

10'734 fr. et un capital imposable dans le canton de 94'266 francs. L'immeuble

de 4******** (immeuble no 5********) ne figurait pas au bilan de la société au

31 décembre 1999. Un bénéfice de 132'074 fr. d'origine inconnue figurait dans

le compte de pertes et profits sous la rubrique "résultat de diverses

affaires". La société a remis à l'autorité de taxation le décompte suivant

de l'opération effectuée sur l'immeuble de 4********:

"Situation

au 31.12.1999

X.________ est

toujours propriétaire d'une part de copropriété d'une valeur de 94'500

francs.

X.________ a

remboursé tous les prêts de Y.________

Solde du compte de

construction au 31.12.1999

CHF 115'706.-

Travaux encore à

réaliser

CHF 20'000.-

CHF 95'706.-

Solde dernier

appartement à vendre:

CHF 380'000.- -

rembours. cédule 260'000.- =

CHF 120'000.-

CHF 215'706.-

Remboursement à X.________

du solde des prêts initiaux de Y.________ (CHF 70'000.- du 13.12.95 + CHF 300'000.-

du 29.05.97) que X.________ lui a remboursé les 05.08.97 et 30.06.98. Soit CHF

370'000.- - CHF 100'000.- déjà remboursé à X.________ le 14.12.98

CHF 270'000.-

CHF 54'294.-

En outre, avec le compte de construction de

l'immeuble ont été réglées les factures du chantier de 8******** pour un

total de CHF 186'33********,35

L'opération "Immeuble

4********" va dégager un bénéfice de 186'368,35 - 54'294.- =

CHF 132'074,35"

Se référant à une demande de pièces

notifiée par l'autorité fiscale le 8 décembre 2000 et qui concernait 1998,

la société a fourni, le 5 février 2001, des justificatifs qui concernaient

l'année 1999.

Le 17 septembre 2002,

l'Administration fiscale cantonale de Genève a rendu une décision de taxation

fixant un bénéfice imposable nul et un capital imposable de

120'380 francs.

Le 17 décembre 2004, l'autorité de

taxation vaudoise a rendu une décision de taxation par laquelle elle a fixé le

bénéfice net imposable après imputation des pertes à 247'100 fr. et le bénéfice

imposable dans le canton à 435'100 francs. Ce bénéfice imposable dans le canton

de Vaud était constitué du prix de vente de la parcelle (390'000 fr.) et

du montant figurant dans le compte de profit de la société sous la rubrique

"S/2******** 5-6" (45'177 fr.). En guise de motivation elle a précisé

ce qui suit:

"Un bénéfice

de CHF 257'925.- lié à la parcelle n°5******** de 4******** a été ajouté au

résultat déclaré pour la période fiscale 1999. En effet, compte tendu du prix

de vente de l'immeuble de CHF 390'000.- selon l'acte de vente à terme du 27

janvier 1999 et d'une valeur comptable nulle selon les états financiers au 31

décembre 1998, il appert que l'entier du prix de vente doit être considéré

comme du bénéfice imposable sur le canton de Vaud. Etant donné le résultat lié

à l'immeuble de 4******** comptabilisé dans le compte de pertes et profits au

31 décembre 1999 de CHF 132'074.35, la différence de CHF 257'925.65 augmente le

bénéfice net imposable.

L'immeuble étant

sis sur le canton de Vaud, le bénéfice y relatif est intégralement imposable

sur le canton de Vaud.

En ce qui

concerne le capital imposable, il a été tenu compte du report du compte de

pertes et profits au début de l'exercice 1999, soit CHF 28'614.61. Ainsi, le

capital imposable s'élève à CHF 120'380.- en lieu et place de 94'266 francs.

Compte tenu du fait qu'il n'y a plus d'immeuble localisé sur le canton de Vaud

dans les actifs de X.________ SA au 31 décembre 1999, l'entier du capital est

imposable sur le canton de Genève."

Le 7 janvier 2005, la société a

déposé une réclamation contre cette décision. Elle a fait valoir la violation

de l'interdiction de la double imposition intercantonale, au motif que les

bénéfices réalisés avaient été déclarés et imposés dans le canton de Genève.

Elle a soutenu qu'il appartenait à l'autorité fiscale genevoise d'établir une

répartition intercantonale. Elle a par ailleurs reproché à l'autorité fiscale

de n'avoir pas tenu compte des impenses dans le calcul des bénéfices imposables.

E.

Période fiscale 2000:

Le 23 octobre

2001, la société a déposé sa déclaration d'impôt 2000, dans laquelle elle a

mentionné "pas d'activité sur le canton de Vaud". Elle a joint à sa

déclaration les comptes de l'année 2000, dont il ressort un bénéfice de 3'024

fr. 09 et un capital imposable global de 123'404 francs. Un montant de 114'850

fr. avait été comptabilisé sous la rubrique "honoraires et divers".

Le 23 juin 2005, l'autorité de

taxation a requis de la société la production des pièces suivantes, pour les

périodes 2000, 2001 et 2002:

"- détail du

compte "Honoraires et divers"

- Copie du

contrat de vente de l'appartement de 4******** vendu le 15.02. 2002

- Indication de

tous les revenus de cet appartement durant les exercices 2000, 2001 et

2002."

Le 11 août 2005, l'autorité de

taxation a notifié un rappel, dans lequel, elle a indiqué qu'à défaut de

réponse dans les dix jours, elle procèderait à une taxation d'office,

conformément à l'art. 180 al. 2 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les

impôts cantonaux (LI; RSV 642.11) et 130 al. 2 de la loi fédérale du 14

décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11). Par réponse du 29

août 2005, la contribuable a d'abord répondu qu'elle avait déjà produit les

pièces requises. Le 17 novembre 2005, elle a notifié par fax à l'autorité

de taxation la copie du compte "Honoraires et divers", dans lequel ne

figurait aucun loyer pour l'immeuble "5********". Elle a également

produit l'acte notarié de vente à terme avec droit d'emption du 8 février 2002 concernant

ce dernier bien situé à 4********, que la société avait conclu avec M. A.J.________

et Mme B.J.________. L'acte mentionnait que l'appartement était actuellement

loué à Mme H.________ et M. I.________ (cf. infra, période fiscale 2002). Dans

la lettre accompagnant le fax, la société a déclaré que cet appartement n'avait

généré aucun revenu et qu'il était resté inoccupé avant la vente. Interpellée

sur la présence de locataires dans l'immeuble litigieux, la société a répondu

le 22 novembre 2005 que les loyers encaissés avant la vente avaient été

comptabilisés dans le compte de construction. Le 28 novembre 2005, elle a

informé l'autorité fiscale que le montant des loyers encaissés était de 56'100

fr., soit 33 mois x 7********.- francs.

Le 1er décembre 2005,

l'autorité de taxation a fixé le bénéfice global imposable à 23'400 fr., dont

20'400 fr. imposable dans le canton de Vaud. Elle a fixé le capital global

imposable à 123'000.- francs, mais non imposable dans le canton de Vaud. Comme

motivation, elle a précisé: "Loyer appartement 4********. Aucun compte

sur lequel figurerait l'enregistrement des loyers de l'appartement appartenant

à la société, nous ajoutons le montant de Fr. 20'400.- (12 mois x 7********)

au résultat. Ce montant est imposable sur le canton de Vaud. Au niveau du

capital imposable, celui-ci est entièrement imposable sur le canton de Genève

compte tenu du fait qu'il n'y a pas d'immeuble vaudois dans le bilan

présenté".

Le 21 décembre 2005, la société a

déposé une réclamation contre cette taxation. Invoquant la violation du

principe de l'interdiction de la double imposition intercantonale, elle a fait

valoir que la taxation intercantonale avait déjà été effectuée par le canton de

Genève et que la société avait payé ses impôts. Elle a précisé que les loyers

encaissés de 20'400 fr. avaient été "déduit sur le prix de

construction".

F.

Période fiscale 2001:

Le 3 septembre 2002,

l'Administration fiscale genevoise a rendu une décision de taxation dans

laquelle elle a fixé un bénéfice imposable nul et un capital imposable dans le

canton de 103'369 francs.

Le 30 septembre 2002, la société a

déposé une déclaration d'impôt 2001 non signée, dans laquelle elle a mentionné

"pas d'activité sur Vaud". Elle a produit en annexe les comptes de

l'année 2001 qui mentionnaient une perte nette de 20'035 francs. Dans le compte

"Honoraire" dont le total se montait à 56'653 fr. figurait un produit

de 50'000 fr. enregistré le 31 décembre 2001 pour l'immeuble de 4********.

L'autorité fiscale lui a renvoyé sa déclaration pour signature.

Le 2 décembre 2005, l'autorité de

taxation a fixé le bénéfice global imposable à 300 fr. et le bénéfice imposable

dans le canton de Vaud à 20'400 francs. Elle a fixé le capital global imposable

à 103'000 fr. et le capital imposable dans le canton à zéro. Elle a motivé sa

taxation en précisant: "Loyer appartement 4********: Aucun compte sur

lequel figurerait l'enregistrement des loyers de l'appartement appartenant à la

société ne nous ayant été présenté, nous ajoutons un montant de Fr. 20'400 fr.

(12 mois x 7********.-) au résultat. Ce montant est imposable sur le canton de

Vaud. Au niveau du capital imposable, celui-ci est entièrement imposable sur le

canton de Genève compte tenu du fait qu'il n' y a pas d'immeuble vaudois dans

le bilan présenté."

Le 21 décembre 2005, la société a

déposé une réclamation contre cette taxation. Elle a fait valoir les mêmes

arguments que ceux qu'elle avait précédemment invoqués pour la période fiscale

2000.

G.

Période fiscale 2002:

Par acte notarié du 8 février 2002,

la société a conclu une vente à terme avec droit d'emption en faveur de A.J.________

et B.J.________ sur la parcelle no 5******** de 4********, pour le prix de

420'000 francs, soit:

- 385'000 fr. versés par

l'intermédiaire du notaire à la société

- 35'000 fr. versés hors la vue du

notaire à I.________ qui a occupé l'appartement et qui a investi des fonds pour

divers aménagements en sa qualité de bénéficiaire d'un droit d'emption.

L'acte précisait que l'appartement

était actuellement loué par H.________ et I.________ (cf. supra, période

fiscale 2000).

Le 21 mars 2003, la société a

déposé une déclaration d'impôt pour la période fiscale 2002. Elle a mentionné

une perte de 7'798 fr. et un capital imposable de 100'000 fr., en

précisant au début de sa déclaration qu'elle n'avait "aucune activité sur

Vaud". Elle a également produit ses comptes 2002 qui ne mentionnaient

aucune location relative à l'immeuble de 4******** (parcelle no 5********).

Elle a joint à sa déclaration les comptes 2002 dont les résultats correspondaient

à ce qui avait été déclaré.

Le 2 décembre 2005, l'autorité de

taxation a rendu une décision dans laquelle elle a fixé le bénéfice imposable à

413'900 francs, le bénéfice imposable dans le canton de Vaud à 427********

francs et le capital global imposable à 100'000 fr. dont zéro dans le canton de

Vaud. Elle a motivé sa taxation par l'explication suivante: "Appartement

4********. Loyer Un loyer de Fr. 7********.- pour le mois de janvier a

été ajouté au résultat. Vente Un bénéfice de Fr. 420'000.- lié à la

vente de la PPE de 4******** a été ajouté au résultat déclaré. En effet, compte

tenu du prix de vente de cette PPE de Fr. 420'000.- selon l'acte de vente à

terme du 8 février 2002 et d'une valeur comptable nulle selon les états

financiers, il appert que l'entier du prix de vente doit être considéré comme

du bénéfice imposable sur le canton de Vaud. La propriété étant sise sur le

canton de Vaud, tous les revenus et bénéfice y relatifs sont intégralement

imposable sur le canton de Vaud."

Le 21 décembre 2005, la société a

déposé une réclamation contre cette taxation. Elle a fait valoir les mêmes

arguments que ceux qu'elle avait invoqués pour les deux périodes précédentes

(double imposition intercantonale, loyers déduits du prix de construction).

Elle a ajouté qu'elle estimait aberrant de calculer le bénéfice des ventes de

l'appartement sans tenir compte du coût de l'achat du terrain ni du coût de

construction de ce dernier et que ceci ne reposait sur aucune considération

économique.

Le 26 janvier 2005, la société,

représentée par son conseil, a été entendue dans les locaux de l'Administration

cantonale des impôts (ci-après: ACI). Elle n'a fourni aucune pièce

supplémentaire, soutenant qu'elle avait déjà produit tous les documents utiles.

Elle a déclaré avoir payé ses impôts dans le canton de Genève et fait valoir

qu'une nouvelle imposition dans le canton de Vaud engendrerait une double

imposition intercantonale. Après l'avoir demandé oralement au cours de

l'entretien, l'autorité de taxation a requis de la société, par courrier du 28

janvier 2005, les pièces nécessaires à l'imposition des immeubles vaudois pour

les périodes 1997 à 2002.

H.

Après plusieurs

demandes de prolongations accordées puis refusées le 22 août 2005 par l'autorité de taxation, celle-ci a transmis le

dossier à l'ACI comme objet de sa compétence. La société a consulté un nouveau

mandataire, la fiduciaire Fidugère, à Echallens.

Le 1er octobre 2008,

l'ACI a proposé à la société d'arrêter les éléments imposables de la manière

suivante:

Période fiscale 1997

Bénéfice net:

Fr. 141'500.-

Bénéfice imposable dans le canton:

Fr. 141'500.-

Bénéfice déterminant pour le taux:

Fr. 141'500.-

Capital total imposable:

Fr. 114'000.-

Capital imposable dans le canton:

Fr. 87'000.-

Capital déterminant:

Fr. 107'000.-

Période fiscale 1998

Bénéfice net:

Fr. 144'700.-

Bénéfice imposable dans le canton:

Fr. 127'600.-

Bénéfice déterminant pour le taux:

Fr. 144'700.-

Capital total imposable:

Fr. 258'000.-

Capital imposable dans le canton:

Fr. 77'000.-

Capital déterminant:

Fr. 186'400.-

Période fiscale 1999

Bénéfice net:

Fr. 4'566.-

Bénéfice imposable dans le canton:

Fr. 15'300.-

Bénéfice déterminant pour le taux:

Fr. 4'566.-

Capital total imposable:

Fr. 120'000.-

Capital imposable dans le canton:

Fr. 35'800.-

Capital déterminant:

Fr. 189'400.-

Période fiscale 2000

Bénéfice net:

Fr. 23'400.-

Bénéfice imposable dans le canton:

Fr. 20'400.-

Bénéfice déterminant pour le taux:

Fr. 23'400.-

Capital total imposable:

Fr. 143'800.-

Capital imposable dans le canton:

Fr. 36'800.-

Capital déterminant:

Fr. 121'800.-

Période fiscale 2001

Bénéfice net:

Fr. 300.-

Bénéfice imposable dans le canton:

Fr. 20'400.-

Bénéfice déterminant pour le taux:

Fr. 300.-

Capital total imposable:

Fr. 103'000.-

Capital imposable dans le canton:

Fr. 30'700.-

Capital déterminant:

Fr. 113'300.-

Période fiscale 2002

Bénéfice net:

Fr. 413'900.-

Bénéfice imposable dans le canton:

Fr. 427********.-

Bénéfice déterminant pour le taux:

Fr. 413'900.-

Capital total imposable:

Fr. 100'000.-

Capital imposable dans le canton:

Fr. 0. -

Capital déterminant:

Fr. 101'600.-

Pour la période fiscale 1997, elle

a maintenu la reprise du montant de 125'000 fr. encaissé au titre de

la cession des droits découlant de la promesse de vente et d'achat du

bien-fonds de 4********. Concernant la villa d'2********, elle a confirmé sa

proposition de règlement du 30 juillet 2002 dans laquelle elle a réduit le

bénéfice découlant de la vente au montant allégué par la contribuable dans sa

réclamation du 21 septembre 2002 (16'532 fr. 80). Elle a toutefois refusé

d'admettre que le bénéfice était nul au motif que la société aurait reversé le

bénéfice de la vente à l'administrateur.

Pour la période fiscale 1998, l'ACI

a confirmé les éléments pris en compte dans la décision de taxation, soit un

bénéfice imposable de fr. 144'772.- issu de deux ventes immobilières, faute

pour la société d'avoir établi un détail des produits.

Pour la période fiscale 1999, l'ACI

a renoncé à la reprise de 257'925 fr. portant sur la vente à terme du 27

janvier 1999 de l'immeuble de 4********, parcelle 5********. Elle a relevé que

l'acte authentique du 27 janvier 1999 était une vente "à terme avec

droit d'emption" sur la parcelle 5******** et que cette vente n'avait

pas été exécutée durant la période fiscale 1999. Elle en a conclu que le

bénéfice n'avait pas été réalisé et qu'il n'était pas imposable durant cette

période. Constatant que les acheteurs potentiels avaient loué la maison dès le 1er

avril 1999 pour un loyer convenu dans l'acte de 7******** fr. par mois, elle a

ajouté au bénéfice 15'300 francs. Ainsi, elle a fixé le bénéfice imposable

après imputation des pertes à 4'566 fr. (15'300 fr. - la perte annoncée de

10'734 fr.) et le bénéfice imposable dans le canton de Vaud à 15'300 francs.

Elle n'a pas déduit du bénéfice imposable dans le canton de Vaud les pertes que

la société avait encourues dans le canton de Genève. Quant au capital

imposable, alors que l'autorité de taxation avait retenu qu'il n'y avait plus

d'immeuble à la fin de l'année dans le canton de Vaud, l'ACI a considéré pour

sa part que la société était toujours propriétaire de l'immeuble no 5********.

En considération de cet élément, elle a fixé le capital imposable sur Vaud à

35'800 fr. (29,88% x 120'000 fr.).

Elle a également ajouté au capital

imposable dans le canton 2000 et 2001, la valeur de l'immeuble de 4******** no 5********

qui appartenait encore à la société et qui pourtant ne figurait pas dans les

comptes.

Le 6 janvier 2009, l'autorité de

taxation a rendu une décision sur réclamation par laquelle elle a rejeté les

réclamations formées les 21 décembre 2000, 27 mars 2003, 7 janvier 2005 et 21

décembre 2005, concernant les périodes fiscales 1997 à 2002. Elle a repris sans

modification la proposition de l'ACI du 1er octobre 2008.

I.

Le 6 février 2009, la société a recouru auprès

de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal (ci-après:

CDAP) contre cette décision, par l'intermédiaire de son conseil. Elle a conclu

à ce que l'autorité admette "les déclaration telles que déposées par la

société pour les périodes 1997 à 2002, incluant le bénéfice immobilier de

132'074 fr. 50 et taxées par l'autorité genevoise, selon décisions ci-jointes,

ou de permettre de rétablir les comptes et ainsi déterminer le résultat

réellement obtenu par X.________ SA pour l'opération de 4********".

Elle a principalement fait valoir les arguments suivants:

Période fiscale 1997: Elle a reconnu avoir reçu le montant de 125'000 fr. pour la

cession partielle de son droit d'acquérir. Elle a toutefois fait valoir que ce

montant avait été déduit du coût de construction.

Période fiscale 1998: Elle a reconnu avoir vendu successivement les parcelles no 6********

et 7********. Elle dit toutefois avoir comptabilisé le bénéfice de ces ventes

(132'074 fr.) en 1999, au moment où la dernière opération aurait été effectuée.

Elle a reconnu que c'était à tort qu'elle n'avait pas comptabilisé d'immeubles

au bilan de sa société pour cette période. Elle a requis la possibilité de

corriger sa comptabilité.

Période fiscale 1999: Elle a fait valoir que les loyers qui avaient fait l'objet d'une

reprise avaient été "porté en diminution du coût de construction".

Période fiscale 2000 et 2001: Elle a fait valoir que les loyers qui avaient fait l'objet d'une

reprise avaient été "portés en diminution du coût de construction"

et qu'ils n'avaient pas été déduits du prix de vente.

Période fiscale 2002: Elle a contesté la reprise effectuée sur la totalité du prix de

vente au titre de gain immobilier. De son point de vue, il convenait de tenir

compte du coût de revient pour calculer l'éventuel bénéfice imposable. Elle a

fait valoir que les 35'000 fr. versés à l'ancien locataire au titre

d'aménagement réalisés par ce dernier devaient en tous les cas être déduits du

gain immobilier, au titre d'impense et que la reprise devait donc être à tout

le moins réduite à 385'000 francs.

Le 24 février 2009, la société a

produit un mémoire complémentaire dans lequel elle s'est déterminée sur le

calcul du gain résultant de la cession du droit d'acquérir la parcelle no 3********

et le gain résultant de la vente des 3/8 de cette parcelle (immeuble no 5********,

6******** et 7********). Elle a fait valoir que le droit de mutation

antérieurement perçu sur la cession du droit d'acquérir l'immeuble avait été

prélevé à tort sur la totalité du prix convenu. Elle a considéré que, pour

déterminer le gain immobilier résultant de la vente des trois lots, il fallait

fixer le prix de revient de la construction, puis le répartir

proportionnellement aux lots vendus, soit 375 ‰, chaque appartement couvrant le

même millième. Selon la base des relevés bancaires, le prix de revient total

pour la construction uniquement s'élèverait à 2'401'210 fr., déterminé de la manière

suivante:

"Coût total selon relevés

CHF 2'401'210.-

./. Demi droit de mutation sur cessions

CHF 7'218.75

./. Droit de mutation pour achat

CHF 9'355.50

./. Frais de notaire pour achat

CHF 3'412.50

CHF 19'987.-

Total

CHF 2'381'223.-

Par conséquent, le gain immobilier pour

chaque appartement est le suivant:

Coût

total selon relevés

CHF

2'401'210.-

./.

Demi droit de mutation sur cessions

CHF

7'218.75

./.

Droit de mutation pour achat

CHF

9'355.50

./.

Frais de notaire pour achat

CHF

3'412.50

CHF

19'987.-

Total

CHF

2'381'223.-

Ventes

1998

Prix

de vente parcelle 6********

CHF

410'000.-

Prix

d'achat part terrain

CHF

87'750.-

Droit

de mutation

CHF

3'118.50

Frais

de notaire

CHF

1'137.50

Coût

de construction 1/8

CHF

297'652.90

CHF

389'659.-

Gain

immobilier

CHF

20'341.-

Prix

de vente parcelle 7********

CHF

388'000.-

Prix

d'achat part terrain

CHF

87'750.-

Droit

de mutation

CHF

3'118.50

Frais

de notaire

CHF

1'137.50

Coût

de construction 1/8

CHF

297'652.90

CHF

389'659.-

Perte

CHF

1'659.-

Vente

2002

Prix

de vente parcelle 5********

+

acompte versé par M. I.________

CHF

385'000.-

Prix

d'achat part terrain

CHF

87'750.-

Droit

de mutation

CHF

3'118.50

Frais

de notaire

CHF

1'137.50

Coût

de construction 1/8

CHF

297'652.90

CHF

389'659.-

Gain

immobilier

CHF

5'341.-"

Concernant l'appartement (parcelle

no 5********), la recourante a déclaré qu'il avait été loué 33 mois. Elle a

toutefois fait valoir que la société avait une dette hypothécaire de 300'000

fr. sur laquelle elle payait des intérêts hypothécaires qui devaient être

déduits des revenus locatifs. Elle a également requis la déduction des frais

encourus pour cette propriété par étages.

Dans sa réponse du 2 avril 2009,

l'ACI a d'abord contesté la validité du mémoire complémentaire déposé par la

recourante le 24 février 2009. Elle a par ailleurs relevé que les ventes

d'immeubles n'avaient pas été intégralement comptabilisées. Elle a souligné une

confusion générale dans les comptes de la société, constatant notamment que le

récapitulatif manuscrit du bénéfice généré par la promotion de 4********

divergeait du compte bancaire. Concernant le bénéfice de 125'000 fr. issu de la

cession du droit d'acquisition des immeubles de la parcelle no 3******** (4********),

l'ACI a adhéré au principe que le droit de mutation payé par le cédant était

déductible du bénéfice imposable mais qu'il aurait appartenu à la contribuable

de l'invoquer en temps voulu. Faute de preuves, l'ACI a réfuté l'argument que

les loyers auraient été déduits du coût de construction. Elle a toutefois a

admis que, dans la vente du lot 5******** stipulée le 8 février 2002, 35'000 fr. avait été versés à l'ancien locataire au titre d'aménagements

réalisés et que le prix fiscalement déterminant se

montait à 385'000 francs.

Dans un dernier échange

d'écritures, les parties ont repris leurs arguments respectifs. La recourante a

requis l'attribution d'un préciput au canton du siège dans l'application de la

répartition intercantonale.

J.

La CDAP a statué par voie de circulation

K.

Les arguments respectifs des parties seront

repris ci-après dans la mesure utile.

Considérants

1.

Le litige porte tout d'abord sur le rattachement

économique du contribuable dans le canton de Vaud. La recourante invoque

l'interdiction de la double imposition intercantonale, en faisant valoir

qu'elle a déjà été imposée dans le canton de Genève sur les opérations

litigieuses.

2.

a) L'interdiction de la double imposition

s'oppose à ce qu'un contribuable soit soumis par deux ou plusieurs cantons sur

le même objet pendant la même période à des impôts analogues (double imposition

effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale

et, violant des règles de conflits jurisprudentielles, prélève un impôt dont la

perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition

virtuelle). La jurisprudence a, en outre, déduit de l'art. 127 al. 3 Cst. (46

al. 2 aCst). le principe selon lequel un canton ne peut imposer plus lourdement

un contribuable du fait qu'il n'est pas soumis entièrement à sa souveraineté

fiscale, mais qu'il est aussi assujetti aux impôts dans un autre canton. Ainsi,

le contribuable qui est soumis simultanément à plusieurs souverainetés fiscales

cantonales ne doit pas être traité de manière plus défavorable de ce fait que

celui dont l'imposition ne relève que d'un seul canton (« Schlechterstellungsverbot » ;

v. ATF 133 I 19 consid. 2.1, p. 20 ; 132 I 29,

consid. 2.1 p. 31/32 ; 132 I 220, consid. 2.1 p. 222/223 ; 125 I 54

consid. 1b p. 55; 123 I 264 consid. 2a p. 265; 111 Ia

44.

consid. 3 p. 47 et les arrêts cités).

Les règles de conflit ont, pour

l’essentiel, été posées par le Tribunal fédéral, lequel a pallié dans sa

jurisprudence l’absence de législation découlant des dispositions

constitutionnelles précitées.

b) Le bénéfice réalisé par une

personne morale est en principe imposable à son domicile fiscal principal, cela

même si une partie de son activité se déroule en dehors du for principal.

Lorsque celle-ci entretient des établissements stables en dehors du canton du

siège, le bénéfice imposable doit être ventilé entre les cantons concernés

(Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 2ème

édition Berne 2003, p. 91; Daniel de Vries Reilingh, La double imposition

intercantonale, Berne 2005, n° 342).

c) La loi vaudoise du 26 novembre

1956.

sur les impôts directs cantonaux (ci-après: aLI), qui était en vigueur

jusqu’au 31 décembre 2000, est applicable en l’occurrence pour les périodes

fiscales 1997, 1998, 1999 et 2000. Pour la période fiscale 2001, la loi

actuelle du 4 juillet 2000 (LI) est applicable. La disposition qui s'applique

n'a toutefois pas été modifiée et prévoit ce qui suit à l'art. 13 b al. 1 lit c

aLI et 86 al. 1 lit. c LI:

"Les

personnes morales qui n’ont ni leur siège, ni leur administration effective

dans le canton sont assujetties à l’impôt à raison de leur rattachement

économique, lorsque :

(…)

c) elles sont propriétaires d’un immeuble sis dans le canton ou lorsqu’elles

ont sur un tel immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels

assimilables économiquement à des droits de jouissance réels."

En vertu des règles régissant la

double imposition intercantonale, l'immeuble crée pour son propriétaire un for

fiscal spécial au lieu de situation. Lorsque le propriétaire est une

entreprise, il faut distinguer l'immeuble de placement qui crée un for fiscal

spécial exclusif, de l'immeuble d'exploitation qui crée un for spécial parce

qu'il abrite un établissement stable. Les personnes morales qui exercent leur

activité dans d’autres cantons que celui du siège au moyen d’établissements

stables y constituent des domiciles fiscaux secondaires, donnant aux cantons où

ils sont situés le droit à une imposition fractionnelle du bénéfice et du

capital de l’entité (Daniel de Vries Reilingh, op. cit., n° 236). Cependant,

l’entreprise imposable dans un canton uniquement en raison de la présence d’un

immeuble de placement n’y a pas d’établissement stable. Le canton de situation

de cet immeuble ne peut donc pas l’imposer sur une quote-part de son capital et

de son bénéfice puisqu’il n’exerce sa souveraineté que sur l’immeuble et son

rendement (Jean-Blaise Paschoud, Excédent de charges et report de pertes dans

les relations intercantonales, in Das schweizerische Steuerrecht, Festschrift

Zuppinger, Berne 1989, p. 611 ss, not. 613). Dans ce cas, l'immeuble de

placement situé hors du canton du siège crée un for exclusif d'imposition au

lieu de situation de l'immeuble pour la fortune, le rendement et le gain

immobilier. Il n'y a alors pas à proprement parler de répartition

intercantonale, mais imposition exclusive de la matière située dans le canton,

selon les règles applicable aux particuliers qui possèdent un immeuble hors du canton

de leur domicile principal (Höhn, Interkantonales Steuerrecht, p. 465).

L'imposition est dite "objective". Il s'agit d'une répartition selon

l'objet (Yersin/Noël, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Bâle

2008, ad art. 52, n. 10) qui, concrètement, s'effectue de la manière suivante:

ca) En principe, le canton du for

spécial de la propriété foncière a le pouvoir exclusif et complet d'imposer le

bénéfice relatif à l'immeuble de placement situé sur son territoire. Dans ce

cas, le bénéfice imposable de l'immeuble est égal au revenu immobilier, sous

déduction de tous les frais d'entretien, d'exploitation et d'administration, y

compris des impôts immobiliers, ainsi que de l'intérêt des dettes et, s'il

s'agit d'un immeuble commercial, des amortissements nécessaires.

Les gains immobiliers réalisés sur

des immeubles de placement appartenant à des entreprises qui n'ont pas

d'établissement stable dans le canton sont également imposés au lieu de

situation de l'immeuble (Höhn, Interkantonales Steurrecht, p. 475; Locher, op.

cit., §7 ID no 7, 8, 9, 11, 13, 16, 17, Dätwiler, p. 104). Cela vaut pour

toutes les plus-values, qu'elles soient d'origine comptable (amortissement

comptabilisés sur la valeur d'acquisition) ou conjoncturelle (augmentation de

la valeur du marché).

Les amortissements relatifs à des

immeubles qui, sans abriter d'établissement stable, sont affectés au commerce,

sont des charges grevant de manière directe et prioritaire le rendement de

l'immeuble. Le canton du lieu de situation doit donc supporter cette charge

seule, lui qui a également le droit d'imposer le gain immobilier résultant de

la reprise d'amortissement.

La répartition des frais

d'administration s'opère sur la base d'un pourcentage du rendement brut

immobilier. Le Tribunal fédéral a fixé à 5% du revenu brut la part des frais de

l'immeuble. La déduction du solde incombant au canton du siège (Locher, op.

cit., §7 IB, Höhn, Interkantonales, p. 468). La répartition des intérêts

passifs s'effectue proportionnellement aux actifs bruts localisés.

cb) Une personne morale dont le

siège se trouve dans un autre canton et qui est propriétaire d'un immeuble de

placement dans le canton, sans y avoir d'établissement stable, doit, pour cet

immeuble, l'impôt sur le capital et l'impôt complémentaire dans le canton. Dans

ce cas, l'assiette de l'impôt sur le capital est déterminée selon les

dispositions ordinaires de la LI (art. 112 ss LI). L'impôt porte donc sur la

part du capital social libéré, des réserves ouvertes et des réserves latentes

ayant payé l'impôt, qui est liée à l'immeuble sis dans le canton (art. 87 al. 2

LI). L'assiette de l'impôt se détermine en partant de la valeur comptable brute

de l'actif immobilisé, sous réserve d'éventuels correctifs liés à la

sous-capitalisation dont il faut déduire une quote-part de l'ensemble des

dettes de la personne morale. Cette quote-part est elle-même fixée en fonction

de la valeur des actifs bruts immobilisés de la personne morale dans les

différents cantons. Pour évaluer ces actifs, les autorités fiscales partent en

règle générale des valeurs figurant au bilan de la personne morale (Paschoud,

L'imposition des immeubles, p. 112), lorsque aucun amortissement n'a été

comptabilisé. Mais elles peuvent aussi partir des estimations fiscales

corrigées selon des coefficients de conversion définis par la Conférence des

fonctionnaires fiscaux d'Etat (Circulaire de l'Administration fédérale des

contributions, Règles concernant l'estimation des immeubles en vue des

répartitions intercantonales pour la période de taxation 1999/2000, Circulaire

du Comité du 11 décembre 1998), car le Tribunal fédéral ne prescrit pas de

façon contraignante la méthode d'évaluation. La répartition ne porte donc pas,

dans ce cas, sur le capital de la personne morale, mais seulement sur la totalité

de ses dettes, dont une fraction est déduite de l'actif brut localisé dans le

canton. Il n'y a pas de distinction entre les dettes commerciales et les autres

dettes de la personne morale qui sont toutes prises en considération dans la

répartition, sous réserve des dettes liées à la participation à une société de

personnes, dont seule la valeur nette est prise en considération au for

principal d'imposition (ATF 93 I 542 = Jdt 1969 I 116 = RDAF 25 (1969) 119;

Paschoud, L'imposition des immeubles, p. 81).

De son côté, le canton du siège

pourra imposer la totalité de la fortune de la personne morale, calculée selon

son droit, mais sous déduction de la valeur nette de l'immeuble déjà imposée

dans le canton de Vaud (Paschoud, L'imposition des immeubles, p. 86).

cc) Si le revenu immobilier réalisé

dans le canton est négatif, la perte doit être prise en charge par le canton du

domicile principal, en vertu des règles de l'interdiction de la double

imposition intercantonale. Afin d'éviter les pertes de répartition, le Tribunal

fédéral a également admis récemment que le canton de situation de l'immeuble

devait tenir compte d'une éventuelle perte d'exploitation dans le canton du

siège (ATF 132 I 220 consid. 4.4 p. 226, changement de jurisprudence). En cas

de vente d'un immeuble, le canton du lieu de situation doit déduire du gain de

plus-value l'éventuelle perte commerciale subie par la société dans le canton

du siège ou dans d'autres cantons avec établissement stable, la règle

s'appliquant tant aux entreprises de construction et de commerce d'immeubles

qu'aux entreprises intercantonales en général, lorsqu'elles vendent des

immeubles d'exploitation (ATF

131.

I 249, 262).

Cette règle a également été appliquée à l'immeuble privé de placement

appartenant à une personne physique (ATF

131.

I 285) ainsi qu'à l'immeuble de placement (et non seulement

d'exploitation) d'une entreprise intercantonale (active en l'occurrence dans le

commerce de textiles, ATF

132.

I 220).

3.

En l'espèce, la société

était propriétaire d'immeubles dans le canton de Vaud et n'y avait pas d'établissement stable. Conformément aux principes émis

par la jurisprudence du Tribunal fédéral énoncés ci-dessus, ces immeubles font

l'objet d'une imposition exclusive dans le canton de Vaud. Cette imposition

dite "objective" doit s'effectuer conformément aux principes énoncés:

les immeubles litigieux situés dans le canton de Vaud, hors du canton du siège,

créent un for exclusif d'imposition au lieu de situation de l'immeuble pour la

fortune, le rendement et le gain immobilier. Il n'y a alors pas à proprement

parler de répartition intercantonale, mais imposition exclusive de la matière

située dans le canton. Le fait que la société ait indûment payé des impôts dans

un autre canton ne prive pas l'autorité fiscale d'imposer le bénéfice et le

capital de la société, conformément aux règles de conflit posées par le

Tribunal fédéral. Il appartient à chaque canton de respecter les principes

régissant l'imposition intercantonale pour éviter la double imposition.

L'argument invoqué par la

recourante concernant la double imposition intercantonale n'est donc pas

pertinent, dans la mesure où l'autorité fiscale a respecté les règles de

l'imposition intercantonale posées par le Tribunal fédéral.

Avant de se prononcer sur le

bien-fondé des reprises, il convient d'examiner au préalable la requête émise

par la recourante de modifier sa comptabilité pour déterminer les bénéfices

litigieux.

4.

a) Dans son recours, la société requiert, au cas

où les bénéfices imposables ne seraient pas établis conformément à ses

déclarations fiscales, de "rétablir les comptes et ainsi déterminer le

résultat réellement obtenu par X.________ SA pour l'opération de 4********".

L'art. 957

CO,

dans sa teneur antérieure au 22 décembre 1999 (entré en vigueur le 1er juin

2002; RO 2002 949; FF 1999 4753), prévoyait que: "Quiconque a l'obligation

de faire inscrire sa raison de commerce sur le registre du commerce doit

posséder les livres exigés par la nature et l'étendue de ses affaires; il les

tiendra exactement et de manière qu'ils révèlent à la foi la situation

financière de l'entreprise, l'état des dettes et créances se rattachant à

l'exploitation, de même que le résultat des exercices annuels." En tant

que système d'information, la comptabilité commerciale doit être tenue avec

exactitude et correspondre aux faits (Gérald Bourquin, Comptabilité

commerciale, Obligations légales relatives à la tenue de la comptabilité, in:

L'expert-comptable suisse, 1997, p. 893; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse,

2ème éd., p. 346/347). Les comptes annuels d'une société anonyme sont dressés

conformément aux principes régissant l'établissement régulier des comptes, de

manière à donner un aperçu aussi sûr que possible du patrimoine et des

résultats de la société (art. 662a

al. 1 première phrase CO).

Les documents annuels de la société

anonyme, une fois signés par les directeurs ou les administrateurs, sont soumis

à la vérification par l'organe de contrôle (art. 727

ss CO).

Ce dernier établit à l'attention de l'assemblée générale un rapport dans lequel

il propose l'acceptation des comptes annuels avec ou sans réserve, ou leur

renvoi aux administrateurs (art. 729

al. 1 CO).

Quelle que soit la proposition de l'organe de contrôle, l'assemblée générale

des actionnaires, en tant que pouvoir suprême de la société, décide

l'approbation des comptes annuels, leur modification ou leur renvoi à

l'administration. Dès leur approbation par l'assemblée générale, les comptes

acquièrent leur forme définitive et ne sont plus susceptibles d'être modifiés

(v. art. 698

al. 1 et 698

al. 2 ch. 3 CO;

Christine Lochner, La prise en considération dans les comptes annuels des

événements postclôture, Zurich 1988, p. 41). L'assemblée générale des

actionnaires, au cours de laquelle les comptes annuels sont approuvés et

l'emploi du bénéfice décidé, doit se tenir dans les six mois qui suivent la

clôture de l'exercice (art. 699

al. 2 CO).

Par conséquent, les comptes annuels et, le cas échéant, les comptes de groupe

doivent être établis durant cette période de six mois, en prenant en

considération le temps nécessaire à l'audit des comptes et le délai de vingt

jours pour la convocation de l'assemblée générale (art. 700

al. 1 CO;

Manuel suisse d'audit 1998, vol. I, p. 97; Christine Lochner, op. cit., p.

42-43) (ATF 2A.392/2004 du 17 octobre 2005, cons. 2).

En l'espèce, s'agissant des comptes

annexés à la déclaration d'impôt, le recourant n'indique pas systématiquement

qu'ils ont été approuvés par l'assemblée générale des actionnaires; on ne peut

donc que présumer qu'ils remplissent les conditions formelles requises par le

droit commercial. Au demeurant, il s'agit d'un titre auquel l'autorité fiscale

doit pouvoir se fier.

Dès lors, la société ne peut

librement corriger à posteriori les comptes qu'elle a produits depuis 1997, au

gré des décisions prises par les autorités fiscales. Sa conclusion subsidiaire

par laquelle elle requiert le droit de modifier ses comptes pour déterminer le

bénéfice imposable dans l'hypothèse où les bénéfices déclarés devaient être

modifiés, doit être rejetée.

Il convient donc d'examiner

maintenant le bien-fondé des reprises effectuées pas l'ACI pour chacune des

périodes litigieuses.

5.

Conformément aux principes énoncés sur la double

imposition intercantonale, les immeubles litigieux constituent un for exclusif

d'imposition dans le canton. Pour chaque période fiscale, le rendement et le

gain immobilier des immeubles vaudois sont imposables dans le canton. Le

bénéfice imposable de l'immeuble est égal au revenu immobilier, sous déduction

de tous les frais d'entretien, d'exploitation et d'administration, y compris

des impôts immobiliers, ainsi que de l'intérêt des dettes et, s'il s'agit d'un

immeuble commercial, des amortissements nécessaires. En vertu du principe de

l'étanchéité des périodes fiscales, les contribuables doivent établir la

comptabilité d'une promotion immobilière de manière à ce que l'administration

fiscale puisse déterminer, pour chaque période fiscale, le revenu brut perçu

lors de la vente des lots et la part des frais qui viennent en déduction dudit

revenu (RDAF 1998 II 370).

A cet égard, les calculs de

bénéfice imposable et les récapitulatifs chronologiques produits par la

recourante à l'appui de ses conclusions sont manifestement faux. Ils prennent

en considération des coûts d'acquisition qui ont été ou auraient dû être

comptabilisés dans les années antérieures, au moment où ils ont été engagés. En

l'occurrence, c'est le bénéfice immobilier annuel qui doit être imposé, tel

qu'il ressort de la comptabilité dans laquelle sont enregistrés les frais

d'entretien, d'exploitation et d'administration, y compris des impôts

immobiliers, ainsi que de l'intérêt des dettes et, s'il s'agit d'un immeuble

commercial, des amortissements nécessaires, comptabilisés. Les précédentes

dépenses auraient dû être prises en considération dans les charges des années

antérieures, venant alors en déduction des bénéfices immobiliers des exercices

commerciaux correspondants.

Ainsi, les charges immobilières des

années précédant la réalisation d'un revenu immobilier ou d'un gain immobilier

ne peuvent être déduites du revenu ou des gains immobiliers réalisés durant des

périodes fiscales ultérieures. En vertu de l'étanchéité des périodes, les

charges immobilières viennent en déduction du bénéfice imposable durant l'année

au cours de laquelle elles sont engagées et comptabilisées. Si la société

encourt une perte dans le canton de situation de l'immeuble, le canton du siège

est contraint de prendre en considération cette perte qui vient en déduction du

bénéfice imposable dans ce canton.

En principe, la comptabilité de la

société sert donc de base à sa taxation (cf. Ernst Blumenstein/Peter Locher,

System des Steuerrechts, 5e éd., Zurich 1995, p. 398; Jean-Marc Rivier, Vérité

comptable et vérité fiscale?, in Das schweizerische Steuerrecht, Festschrift

zum 70. Geburstag von Prof. Dr Ferdinand Zuppinger,

Berne 1989, p. 405 ss, p. 405-406; Bruno Scherrer, Die Buchhaltung als

Veranlagungsgrundlage beim Selbständigerwerbenden, in L'Expert-comptable suisse

1986, p. 14; Francis Cagianut, Bedeutung der kaufmännischen Buchhaltung und

Bilanz im Steuerrecht, in Archives 37 p. 137 ss, p. 140-141). Les

autorités fiscales peuvent toutefois s'écarter de cette comptabilité si elle

est contraire à des dispositions impératives du droit commercial ou à des

prescriptions du droit fiscal (cf. ATF

119.

Ib 111 consid. 2c p. 115; Archives

65.

p. 51 consid. 3a p. 56, 63

p. 208 consid. 2c p. 214-215 et les références citées). Elles sont

en particulier autorisées à y apporter des corrections dans le but de rétablir

le bénéfice effectivement réalisé durant l'exercice en cause (cf. Christoph

Oesch, Die Vorgehensweise des Steuerkommissärs bei des steuerlichen Buch- und

Betriebsprüfung, in Revue

fiscale 1989 p. 205 ss, p.

212; Walter Storck, Die steuerrechtlichen Korrekturnormen, in Revue

fiscale 1960 p. 410 ss, p. 416).

Par ailleurs, un revenu provenant

notamment du commerce d'immeubles est réalisé lorsque le contribuable reçoit la

contre-prestation ou acquiert un droit ferme sur celle-ci et peut en disposer

(cf. ATF

113.

Ib 23 consid. 2e p. 26 , 105

Ib 238 consid. 4a-b p. 242-243; Archives

61.

p. 733 consid. 4 p. 738; arrêt du 13 décembre 1996 in Revue

fiscale 1997 p. 268 consid. 5d p. 272).

Période fiscale 1997:

a) Le litige porte premièrement sur

l'imposition du bénéfice réalisé sur la villa d'2********. En cours de

procédure, les parties se sont entendues sur le montant du gain de 16'532 fr.

80.

Ce point n'est donc plus contesté. La recourante refuse toutefois d'être

imposée sur ce gain, au motif qu'elle l'aurait reversé à l'administrateur de la

société.

La société a elle-même acheté, à

son nom, la villa d'2******** (parcelle no 1********) pour le prix de 300'000

francs. Après quelques travaux exécutés par l'administrateur unique, sous

contrat de mandat, c'est elle qui l'a revendue le 16 décembre 1997 à M. Z.________

pour le prix de 450'000 francs. La société apparaît donc dans les deux actes

notariés, respectivement comme acquisitrice puis comme venderesse de la maison.

Le bénéfice de 16'532 fr. 80 est donc imposable auprès de la société, qu'elle

ait ou non reversé ultérieurement ce bénéfice.

b) Le litige porte en second lieu

sur l'imposition, au titre de bénéfice, de la cession des 5/8 du droit

d'acquisition sur la parcelle 3********, pour un prix global de

125'000 francs.

Sur ce point, la société a

manifestement tenté de cacher ce montant. Elle ne l'a pas comptabilisé en 1997.

Dans son courrier du 7 août 2002, elle a déclaré n'avoir jamais encaissé

125'000 fr. pour des cessions de droits d'acquérir et prié l'autorité fiscale

de bien vouloir produire les pièces permettant de démontrer l'existence de ces

encaissements. Elle a donc obligé les autorités fiscales à faire des

recherches, alors que la société aurait spontanément dû enregistrer ce montant

dans les comptes. L'acte notarié de la vente du 2 mai 1997 et les cinq

taxations concernant le droit de mutation perçus pour la cession du droit

d'acquérir démontrent que ce contrat de cession a bien été conclu pour le prix

de 25'000 fr. pour chacune des cinq parts cédées. Confrontée à l'évidence, la

société l'a finalement reconnu dans son recours. Elle a toutefois soutenu que

ce montant avait été comptabilisé au débit du compte de construction. Mais elle

n'a jamais démontré ces enregistrements, qui paraissent peu crédibles au regard

des arguments contradictoires de la recourante. Faute de preuve, cet argument

doit être rejeté.

Dans son recours, la société a

produit un relevé de comptes 1997 démontrant qu'elle a elle-même payé au

Département des finances du Canton de Vaud les cinq droits de mutation frappant

les cessions du droit d'acquérir se montant à 962 fr. 50 chacun. Dans ces

conditions, il y lieu de déduire des 125'000 fr. la somme de 4'812 fr. au titre

d'impenses pour ces droits de mutation. La société n'a pas été en mesure de

démontrer d'autres dépenses susceptibles d'être déduites du prix convenu pour

la cession. La reprise sur cette opération est donc finalement de 120'188 fr.

après déduction des droits de mutation payés par la société. Le bénéfice

imposable dans le canton fixé à 141'500 francs dans la décision sur

réclamation est réduit à 136'720 francs (120'188 fr. + 16'532 fr.).

Période fiscale 1998:

Pour la période fiscale 1998, le

litige porte sur l'imposition d'un montant de 127'600 fr. au titre de bénéfice

immobilier réalisé sur les parcelles no 6******** et 7********. L'autorité de

taxation avait déclaré qu'"à défaut de

renseignements précis (…) sur les ventes des immeubles sous numéro de parcelles

6******** et 7********, nous avons procédé à une estimation du bénéfice

vaudois, compte tenu que le revenu des ventes d'immeubles de placements

reviennent au canton où ces immeubles sont situés. Bénéfice estimé: 144'772

fr., montant qui constitue une réserve imposable".

En fait, l'autorité de taxation a

estimé le gain immobilier résultant des ventes à 127'600 fr., montant imposable

dans le canton, et le bénéfice global à 144'772 francs (127'600 fr. +

bénéfice déclaré de 17'092 fr. 81)

Dans son recours du 6 février 2009,

la société a reconnu avoir vendu successivement les parcelles no 6******** et 7********.

Elle dit toutefois avoir comptabilisé le bénéfice de ces ventes (132'074 fr.)

en 1999, au moment où la dernière opération aurait été effectuée.

Les comptes de la société sont

confus, faux et lacunaires. Il apparaît d'abord que la société n'a pas

mentionné au bilan l'immeuble no 5******** qu'elle possédait encore au

31.

décembre 1998 dès lors qu'il n'a a été vendu qu'en 2002. Par ailleurs,

les prix de 410'000 fr. et 388'000 fr. découlant respectivement des ventes

de parcelles no 7******** et 6******** ne figurent pas clairement dans les

comptes de la société. Au demeurant, la société a d'abord déclaré dans sa

réclamation du 25 mars 2003 contre la taxation 1998 qu'elle avait fourni tous les éléments nécessaires pour les parcelles no 6********

et 7******** et "qu'aucun bénéfice n'avait été réalisé sur cette

opération". Elle a indiqué qu'elle n'avait reçu aucune demande de

renseignement pour l'année 1998 et que le bénéfice estimé de 144'772 fr. ne

reposait sur aucun élément réel. Dans son recours du 6 février 2009, elle a

fait valoir, en pleine contradiction avec les arguments précédents, qu'elle

avait comptabilisé le bénéfice global de la vente 1999 au moment où les

dernières opérations auraient été effectuées. Un montant de 132'074 fr. 35 a

effectivement été comptabilisé en 1999 dans le compte de profit intitulé "résultat

diverses affaires", sous la rubrique "S/4********-imm.".

Ce montant résulte d'une récapitulation manuscrite du bénéfice découlant de

l'opération sur la parcelle de 4******** au 31 décembre 1999 que la société a

produit a posteriori le 5 février 2001 et dont le total des paiements

s'élevait à 3'356'573 fr. 95 et le total des encaissements à 3'658'648 fr. 30.

Or, certains de ces montants ont été engagés après la vente des immeubles no 6********

et 7******** et ne correspondent pas exactement aux données ressortant du

compte bancaire produit par la recourante, de sorte que le résultat n'est

absolument pas fiable.

En conclusion, le Tribunal constate

que les ventes des immeubles no 6******** et 7******** ont été réalisées en

1998.

et que ces ventes n'ont pas été comptabilisées durant cet exercice, en

violation crasse des règles régissant le droit comptable. En l'absence de

comptabilité probante, les grands livres faisant défaut, le montant retenu par

l'autorité intimée de 127'600 fr. de bénéfice imposable dans le canton, réalisé

en 1998 pour ces deux opérations, doit être confirmé. Il est au demeurant

inférieur au montant que la société a elle-même calculé dans son récapitulatif

manuscrit du 5 février 2001 (132'074 fr. 35).

Période fiscale 1999:

Le 17 décembre 2004, l'autorité de

taxation a tout d'abord rendu une décision de taxation par laquelle elle a fixé

le bénéfice global imposable à 247'100 fr. et le bénéfice imposable dans le

canton à 435'100 francs. Un bénéfice de 257'925 fr. lié à la parcelle no 5********

de 4******** a été ajouté au résultat déclaré pour la période 1999. Compte tenu

du prix de vente de l'immeuble de 390'000 fr. selon l'acte de vente à terme du

27.

janvier 1999 et d'une valeur comptable nulle selon les états financiers au

31.

décembre 1998, l'autorité fiscale a considéré que l'entier du prix de vente

devait être considéré comme du bénéfice imposable sur le canton de Vaud. Etant

donné le résultat lié à l'immeuble de 4******** comptabilisé dans le compte de

pertes et profits au 31 décembre 1999 de 132'074 fr. 35, elle a augmenté le

bénéfice imposable de la différence, soit 257'925 fr. 65. L'immeuble étant sis

sur le canton de Vaud, elle a considéré que ce bénéfice était intégralement

imposable sur le canton de Vaud.

Dans sa proposition de règlement du

1er octobre 2008 et dans sa décision sur réclamation, l'ACI a

renoncé à la reprise de 257'925 fr. portant sur la vente à terme du

27.

janvier 1999 de l'immeuble de 4********, parcelle 5********, ainsi qu'à

toute imposition sur le bénéfice de cette vente. Elle a considéré que cette

vente n'avait pas été exécutée durant la période fiscale 1999 et qu'il n'était

donc pas juste d'en imposer le bénéfice durant cette année. Sans explication

particulière, elle a également renoncé à l'imposition du montant de 45'177 fr.

comptabilisé dans le compte de profits de la société, sous la rubrique "S/2********

5-6" et qu'elle avait soumis à l'imposition dans sa taxation du

17.

décembre 2004. Considérant que le bénéfice n'est réalisé que lorsque le

contribuable reçoit la contre-prestation ou acquiert un droit ferme sur

celle-ci et peut en disposer (cf. ATF

113.

Ib 23 consid. 2e p. 26, 105

Ib 238 consid. 4a-b p. 242-243; Archives

61.

p. 733 consid. 4 p. 738; arrêt du 13 décembre 1996 in Revue

fiscale 1997 p. 268 consid. 5d p. 272), c'est à juste titre que

l'ACI n'a taxé le gain qu'au moment de l'exécution de la promesse de vente et

d'achat. En outre, l'abandon de l'imposition du montant de 45'177 fr.

comptabilisé dans le compte de profits de la société, sous la rubrique "S/2********

5-6" est le corollaire logique de l'imposition sur le bénéfice global

de l'opération immobilière d'2******** en 1997.

L'acte de vente à terme avec droit

d'emption sur la parcelle 5******** du 27 janvier 1999 prévoyait que le prix

serait payé comme suit:

"- 10'000

fr. d'ici au 31 mars 1999, hors de la vue du notaire;

- Le solde, soit

380'000 fr., le jour de l'exécution du présent acte."

Le montant de 10'000 fr. n'a pas

été soumis à l'imposition du bénéfice dans le canton de Vaud. Considérant qu'il

a été payé en 1999, il doit être inclus dans le bénéfice imposable du canton de

Vaud et la décision sur réclamation doit être corrigée dans ce sens.

Concernant les locations qui

demeurent litigieuses, le Tribunal constate que l'appartement de l'immeuble 5********

a bien été loué depuis la conclusion de la vente à terme. Après avoir nié

l'existence de cette location, la société a prétendu que les loyers avaient été

portés en déduction du compte de construction. Faute de preuve, cet argument

doit être réfuté et les revenus locatifs de 15'300 fr. (9 x 1'700 fr.), doivent

être imposés dans le canton.

Toutefois, au vu de la

jurisprudence du Tribunal fédéral qui, pour éviter les perte de répartition, a

également admis récemment que le canton de situation de l'immeuble devait tenir

compte d'une éventuelle perte d'exploitation dans le canton du siège (ATF 132 I 220 consid. 4.4 p. 226, changement de jurisprudence), il

y lieu de déduire de ces loyers imposables dans le canton la perte encourue

dans le canton du siège (Genève) pour déterminer le bénéfice imposable dans le

canton de Vaud. Celui-ci doit donc être fixé à 14'566 fr. [(10'000 fr. + 15'300

fr.) - 10'734 fr.].

Quant au capital imposable, la

décision sur réclamation retient, pour corollaire au fait que la vente n'a pas

été exécutée en 1999, que la société était toujours propriétaire de l'immeuble

au 31 décembre 1999. L'ACI a donc considéré à juste titre qu'une partie du

capital était imposable dans le canton de Vaud.

Période

fiscale 2000-2001:

La société a loué l'immeuble de 4********

pendant toute l'année 2000 et 2001, sans comptabiliser les loyers. La société

fait valoir qu'elle les aurait déduit du prix de construction de l'immeuble.

Faute de preuve, cet argument doit être réfuté et la reprise des loyers annuels

de respectivement 20'400 fr. sur la période fiscale 2000 et 20'400 francs

sur la période fiscale 2001 doivent être confirmées.

Suivant la récente jurisprudence du

Tribunal fédéral qui, pour éviter les pertes de réparation, enjoint au canton

de situation de prendre en considération les pertes encourues dans le canton du

siège, l'autorité fiscale doit prendre en considération la perte que la société

a subi dans le canton de Genève (canton du siège). Il faut en effet déduire la

perte genevoise de 20'035 fr. 15 en 2001 du bénéfice imposable dans le canton

de Vaud. Compte tenu de cette perte, le bénéfice imposable dans le canton de

Vaud doit être fixé à zéro en 2001.

En 2000, la société n'a pas encouru

de pertes. Le bénéfice imposable dans le canton de Vaud, fixé à 20'400.- dans

la décision sur réclamation doit être confirmé.

La société était encore

propriétaire de l'immeuble no 5******** au 31 décembre 2000 ainsi qu'au 31

décembre 2001. Or elle n'a pas comptabilisé cet actif au bilan 2000 et 2001 de

sa société. La reprise de 36'800 fr. en 2000 et 30'700 fr. 2001 correspondant

au capital imposable dans le canton doit être confirmée.

Période fiscale 2002:

Le litige porte tout d'abord sur la

reprise d'un bénéfice immobilier résultant de la vente à terme avec droit

d'emption en faveur de A.J.________ et B.J.________ de la parcelle no 5********

à 4********, pour le prix de 420'000 fr., soit:

- 385'000 fr. versés par

l'intermédiaire du notaire à la société

- 35'000 fr. versés hors la vue du

notaire à I.________ qui a occupé l'appartement et qui a investi des fonds pour

divers aménagements en sa qualité de bénéficiaire d'un droit d'emption.

Dans sa proposition de règlement du

2.

avril 2009, l'ACI a admis que l'on tienne compte d'un prix de vente de

385'000 fr., 35'000 fr. destinés à M. I.________ devant être déduits du prix de

vente total. Il ressort effectivement de l'acte que 35'000 fr. ont été versés à

l'acheteur pour le dédommager des investissements effectués avant la vente. Le

prix de vente déterminant est donc bien de 385'000 francs.

Selon l'acte notarié, la vente

devait être exécutée le 15 février 2002. Elle n'a toutefois pas été

comptabilisée dans les comptes 2002. En omettant de comptabiliser cette vente,

la société a violé les règles régissant la comptabilité des sociétés.

Compte tenu du prix de vente de

l'immeuble de 385'000 fr. et d'une valeur comptable nulle selon les états

financiers au 31 décembre 2001, l'entier du prix de vente doit être considéré

comme du bénéfice imposable dans le canton de Vaud. Ainsi, le gain immobilier

se monte à 385'000 francs.

Le litige porte également sur les 3

trois loyers mensuels de 7******** fr. que l'autorité fiscale a rajouté au

bénéfice déclaré de la société. Pour les mêmes raisons que celles évoquées pour

les périodes 2000 et 2001, cette reprise doit être confirmée.

Suivant la récente jurisprudence du

Tribunal fédéral, qui, pour éviter les pertes de réparation, enjoint au canton

dans lequel se situe l'immeuble de placement de prendre en considération les

pertes encoures dans le canton du siège, l'autorité fiscale vaudoise doit

absorber la perte que la société a subi dans le canton de Genève. Il faut en

effet déduire la perte genevoise de 7'798 fr. du bénéfice immobilier déterminé

dans le canton de Vaud. Le bénéfice imposable dans le canton est donc de:

Gain immobilier

CHF

385'000.-

Loyer

CHF

1'700.-

./. Perte Genève

CHF

-7'798.-

Bénéfice

imposable dans le canton de Vaud

CHF

378'902.-

6.

Le recours doit dès lors être admis très

partiellement et la décision attaquée réformée, en ce sens que le bénéfice

imposable dans le canton de Vaud est fixé à:

a)

136'720 fr. pour la période fiscale 1997,

b)

14'566 fr. pour la période fiscale 1999,

c)

zéro pour la période fiscale 2001 et

d)

378'902 fr. pour la période fiscale 2002.

La cause est renvoyée à l’ACI pour

le calcul de l’impôt, le recours étant rejeté pour le surplus.

La décision sur réclamation rendue

le 6 janvier 2009 par l'Administration cantonale des impôts, en tant qu'elle

concerne l'impôt sur le bénéfice 1998 et 2000 et l'impôt sur le capital des

périodes fiscale 1997 à 2002, est confirmée.

7.

En l'espèce, les décisions de taxations

contestées ne portaient que sur l'impôt cantonal et communal. Or, la décision

sur réclamation mentionne à tort dans le titre de sa décision "Réclamation

des 21 décembre 2000, 27 mars 2003, 7 janvier 2005 et 21 décembre 2005 formées

par X.________ SA, à Bernex contre les décisions de taxation définitive du 25

mai 2000 concernant l'impôt cantonal et communal sur le bénéfice et le capital ainsi

que l'impôt fédéral sur le bénéfice pour les périodes fiscales 1997, 1998,

1999, 2000, 2001 et 2002 rendue par l'Office d'impôt des personnes morales le 8

décembre 2000, 25 mars 2003, 17 septembre 2004, 1er décembre 2005 et 2 décembre

2005". Le dispositif de la décision ne mentionne pas l'impôt fédéral

direct.

Dans cette affaire, le Canton de

Vaud n'est pas compétent pour percevoir l'impôt fédéral direct. En effet, selon

l'art. 105 LIFD qui règlement la compétence territoriale:

1.

Les autorités

cantonales perçoivent l’impôt fédéral direct auprès des personnes physiques

qui, au regard du droit fiscal, sont domiciliées dans le canton au début de la

période fiscale ou de l’assujettissement. Les art. 3, al. 5, et 107 sont

réservés.

….

3.

Les autorités

cantonales perçoivent l’impôt fédéral direct auprès des personnes morales qui

ont leur siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la

période fiscale ou de l’assujettissement.

L'art. 106 prévoit les cas dans

lesquels l'impôt fédéral direct est perçu en raison d'un rattachement

économique:

1.

L’impôt fédéral

direct dû en raison d’un rattachement économique est perçu:

– pour les

personnes physiques, par le canton dans lequel les conditions mentionnées

à l’art. 4 se

trouvent réalisées au début de la période fiscale ou de l’assujettissement;

– pour les

personnes morales, par le canton dans lequel les conditions mentionnées à

l’art. 51 se trouvent réalisées à la fin de la période fiscale ou de l’assujettissement;

– sont réservées

les dispositions de l’art. 107.

2.

Lorsque les

conditions d’assujettissement mentionnées aux art. 4 et 51 sont réalisées dans

plusieurs cantons, l’impôt est perçu par le canton où se trouve la plus grande

partie des éléments imposables.

L'art. 51 LIFD qui définit le

rattachement économique en matière d'impôt fédéral direct pour les personnes

morales prévoit que:

1.

Les personnes

morales qui n’ont ni leur siège ni leur administration effective en

Suisse sont assujetties à l’impôt en raison de leur rattachement

économique, lorsque:

a. elles sont

associées à une entreprise établie en Suisse;

b. elles

exploitent un établissement stable en Suisse;

c. elles sont

propriétaires d’un immeuble sis en Suisse ou qu’elles ont sur un tel

immeuble des droits de jouissance réels ou des droits personnels assimilables économiquement

à des droits de jouissance réels;

d. elles sont

titulaires ou usufruitières de créances garanties par un gage immobilier ou un

nantissement sur des immeubles sis en Suisse;

e. elles font le

commerce d’immeubles sis en Suisse ou servent d’intermédiaires dans des

opérations immobilières.

2.

On entend par

établissement stable toute installation fixe dans laquelle s’exerce tout ou

partie de l’activité de l’entreprise. Sont notamment considérés comme

établissements stables les succursales, usines, ateliers, comptoirs de vente,

représentations permanentes, mines et autres lieux d’exploitation de ressources

naturelles, ainsi que les chantiers de construction ou de montage d’une durée

d’au moins douze mois.

L'art. 106 qui réglemente la

compétence territoriale en cas de rattachement économique n'est donc pas

applicable. Il ne s'applique que si la personne morale n'a ni son siège ni son

administration effective en Suisse, ce qui, en l'espèce, n'est pas le cas.

C'est l'art. 105 al. 3 LIFD qui prévoit que "Les autorités cantonales

perçoivent l’impôt fédéral direct auprès des personnes morales qui ont leur

siège ou leur administration effective dans le canton à la fin de la période

fiscale ou de l’assujettissement" qui s'applique pour déterminer la

compétence territoriale.

Il découle de ces dispositions que

le canton de Vaud n'est pas compétent pour percevoir l'impôt fédéral direct.

En conclusion, l'impôt fédéral

direct doit être perçu pas le canton de Genève, où la société est domiciliée.

Dans le cadre de la collaboration intercantonale, la présente décision devra

être communiquée au canton de Genève qui procèdera elle-même à la perception

de l'impôt fédéral direct.

8.

La recourante n’obtenant que très partiellement

gain de cause, un émolument dont le montant sera légèrement réduit sera mis à

sa charge. Considérant que la contribuable a inutilement compliqué et prolongé

la procédure en donnant de faux renseignements à l'autorité fiscale, il ne lui

sera pas alloué de dépens.

Dispositif

Par ces motifs

la Cour de droit administratif et public

du Tribunal cantonal

arrête:

I.

Le recours est partiellement admis.

II.

La décision sur réclamation rendue le 6 janvier

2009 par l’Administration cantonale des impôts est réformée en ce sens que:

a.

Pour la période fiscale 1997, le bénéfice

imposable dans le canton de Vaud est fixé à 136'720 francs;

b.

Pour la période fiscale 1999, le bénéfice

imposable dans le canton de Vaud est fixé à 14'566 francs;

c.

Pour la période fiscale 2001, le bénéfice

imposable dans le canton de Vaud est fixé à zéro;

d.

Pour la période fiscale 2002, le bénéfice

imposable dans le canton de Vaud est fixé à 378'902 francs.

III.

La décision sur réclamation rendue le 6 janvier

2009 par l'Administration cantonale des impôts, en tant qu'elle concerne

l'impôt sur le bénéfice 1998 et 2000 et l'impôt sur le capital des périodes

fiscales 1997 à 2002, est confirmée.

IV.

La cause est renvoyée à l’Administration cantonale

des impôts pour nouvelle décision portant sur le calcul de l’impôt.

V.

Le recours est rejeté pour le surplus.

VI.

Un émolument de 4'500 (quatre mille cinq cents)

francs est mis à la charge de la recourante.

VII.

Il n’est pas alloué de dépens.

Lausanne, le 6 octobre 2009

Le

président:

Le présent

arrêt est communiqué aux destinataires de l'avis d'envoi ci-joint.

Il peut faire

l'objet, dans les trente jours suivant sa notification, d'un recours au

Tribunal fédéral. Le recours en matière de droit public s'exerce aux conditions

des articles 82 ss de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF - RS

173.110), le recours constitutionnel subsidiaire à celles des articles 113 ss

LTF. Le mémoire de recours doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer

les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. Les motifs

doivent exposer succinctement en quoi l’acte attaqué viole le droit. Les pièces

invoquées comme moyens de preuve doivent être jointes au mémoire, pour autant

qu’elles soient en mains de la partie; il en va de même de la décision

attaquée.