L'Université prépare régulièrement une planification stratégique sur une période de dix ans, qui est présentée au Conseil d'Etat qui en prend acte.
Tous les cinq ans, l'Université établit une planification pluriannuelle définissant ses objectifs, les modalités qu'elle entend mettre en œuvre pour les atteindre, les ressources nécessaires pour les financer et les critères permettant de déterminer si ces objectifs ont été atteints.
Tous les cinq ans, sur la base de la planification pluriannuelle, l'Etat et l'Université négocient et concluent une convention d'objectifs. Dans le cadre de celle-ci, le Conseil d'Etat fixe les enveloppes budgétaires annuelles nécessaires au fonctionnement de l'Université et à la réalisation de la convention d'objectifs. Selon la même procédure, il fixe les crédits d'investissements.
Dans le cadre de cette enveloppe, l'Université élabore une proposition de budget.
L'Université dispose librement de l'enveloppe budgétaire et du budget, dans les limites de la législation sur le personnel de l'Etat et de la convention d'objectifs fixant ses obligations. Elle bénéficie des dérogations aux principes de l'annualité et de la spécification du budget prévues dans le règlement financier approuvé par le Conseil d'Etat.
Les compétences budgétaires du Grand Conseil sont réservées.
L'Université présente au Conseil d'Etat un rapport sur la réalisation de la convention d'objectifs.