Le conseil de fondation peut constituer une commission des litiges, composée de 3 membres (et 3 suppléants), laquelle traite des litiges particuliers, notamment les aspects portant sur :
- le mode d'enregistrement et d'accès aux données personnelles;
- la sécurité des transmissions des données;
- l'accès aux données par le patient, le médecin de confiance et les autres prestataires de soins;
- le respect des règles fixées par la loi.
La commission des litiges s'organise librement, dans le respect des directives internes édictées par le conseil de fondation.
La commission précitée établit un projet de recommandation à l'attention du conseil de fondation, lequel est compétent pour statuer formellement.
Le conseil de fondation adresse sa recommandation aux parties ou entités concernées, les invitant à prendre les mesures indiquées et procéder aux corrections nécessaires.