Pendant une période transitoire, prenant fin au plus tard au terme de l'année académique 2010-2011, un enseignement professionnel est dispensé dans le cadre du Conservatoire de musique neuchâtelois.
Un directeur, nommé par le Conseil d'Etat, en assume de manière autonome la responsabilité pédagogique, artistique et administrative. Il est assisté par un administrateur.
Le département est chargé de la coordination entre les deux directions.
Une commission de l'enseignement professionnel, distincte de celle prévue aux articles 6 et 7, est nommée par le Conseil d'Etat, qui en détermine la composition et l'organisation. La commission, qui comprend sept membres, assiste le directeur dans tout ce qui se rapporte à l'enseignement professionnel du Conservatoire.
Le calendrier des cours est celui du domaine musique de la Haute école spécialisée de Suisse occidentale (HES-SO).