Le système de contrôle interne (ci-après: le SCI) est défini comme l'ensemble des activités, méthodes et mesures qui servent à garantir un déroulement conforme et efficace de l'activité de l'administration cantonale. Les mesures organisationnelles du contrôle interne sont intégrées dans le fonctionnement des départements, services et offices en ce sens qu'elles ont lieu parallèlement à l'activité, ou sont situées en amont ou en aval de l'exécution de l'activité.
Les contrôles internes ne sont pas regroupés dans une fonction indépendante du SCI mais sont intégrés dans les processus. Le SCI est mis en œuvre à tous les niveaux de l'administration cantonale et requiert un sens aigu des responsabilités de la part des collaborateurs.