Si, dans l'exercice de sa surveillance, le Conseil de la magistrature constate des dysfonctionnements graves, il en informe l'institution concernée et lui fixe un délai pour rétablir la situation.
Si, à l'échéance du délai, le Conseil de la magistrature constate que les dysfonctionnements graves persistent, il peut ordonner une enquête pour élucider les faits.
Dans ce cadre, et si cela est indispensable à l'exercice de sa mission, l'enquêteur peut consulter les dossiers d'affaires judiciaires en cours ou classées, à condition que cela ne s'oppose pas à un intérêt public ou privé prépondérant.
Lorsqu'il estime que des faits peuvent donner lieu à une sanction, le Conseil de la magistrature ouvre une procédure disciplinaire et en informe le Tribunal cantonal, respectivement le Ministère public.