L'instruction et le jugement des affaires traitées par le Tribunal neutre donnent lieu à la perception d'un émolument, ainsi qu'au recouvrement des frais qu'ils ont occasionnés.
L'émolument couvre les opérations accomplies par le Tribunal.
Les frais (ou débours) consistent dans les montants versés par le Tribunal neutre à des tiers pour l'accomplissement de certaines opérations. Ils comprennent notamment les honoraires d'expert, les indemnités de témoin et autres dépenses occasionnées par l'administration des preuves. Ils s'ajoutent à l'émolument.
Le montant de l'émolument et des frais est fixé par l'arrêt du Tribunal neutre mettant fin à la procédure.