Les coûts occasionnés par l'investigation, la surveillance et l'assainissement des sites pollués incombent aux responsables.
Les indemnités fédérales versées au canton pour les mesures d'investigation, de surveillance et d'assainissement des sites pollués sont déduites de la part des coûts incombant aux responsables.
Les coûts liés à l'investigation préalable demandée par le service sont pris en charge par le canton, après déduction des indemnités fédérales, s'il est démontré ultérieurement que le site n'est pas pollué. Il en va de même des coûts de l'investigation effectuée par le détenteur d'un site qui se révèle non pollué, pour autant que le programme d'investigation ait été approuvé par le service.
En sus des indemnités fédérales concernées, le canton participe aux frais des investigations préalables à charge des communes par une subvention de 50 pour cent.
La part des coûts à la charge d'un responsable inconnu ou insolvable incombe aux communes. En sus des indemnités fédérales concernées, le canton participe à la part communale de ces frais, par une subvention de 40 pour cent des coûts imputables. Les mesures d'investigation, de surveillance et d'assainissement respectent les exigences fédérales.
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Les montants sont attribués en fonction d'une liste de priorités établie par le département.