Zur Ausarbeitung und Umsetzung des Länderprogramms Ukraine besteht eine überdepartementale Projektorganisation.
Die Projektorganisation greift zurück auf die bestehenden Prozesse und Strukturen und das bestehende Fachwissen folgender Verwaltungseinheiten:
a. Direktion für Entwicklung und Zusammenarbeit (DEZA);
b. Abteilung Frieden und Menschenrechte im Staatssekretariat des Eidgenössischen Departements für auswärtige Angelegenheiten (AFM);
c. Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO).