Si à l'issue du réglage, l'installation n'est pas conforme, le service impartit au propriétaire un délai pour faire procéder à l'assainissement de l'installation par une entreprise spécialisée.
Au besoin, il impose une réduction de l'activité ou l'arrêt de l'installation pour la durée de l'assainissement.
Les installations en assainissement restent soumises au contrôle officiel. Elles bénéficient pendant la durée de l'assainissement de valeurs limites d'émissions allégées.
Suite aux travaux d'assainissement et dans ce même délai, le propriétaire a la responsabilité de faire parvenir au service une déclaration des émissions établie par une entreprise spécialisée ou un rapport de contrôle officiel établi par un contrôleur officiel.
A l'issue de l'assainissement, l'installation doit respecter les exigences concernant les nouvelles installations.