Sauf décision contraire du Conseil fédéral au sens de l'article 44 de la LE et sous réserve des indemnités versées par la Confédération, la caisse prend en charge les frais de lutte contre les épizooties et de prophylaxie, à l'exception des frais de gestion du système de lutte assuré par le service, et couvre les pertes d'animaux des espèces équines, bovines, ovines, caprines et porcines qui sont abattus ou éliminés sur ordre du vétérinaire cantonal ou succombent à l'une des épizooties mentionnées aux articles 3 et 4 de l'OE .
La caisse peut compléter les indemnités versées par la Confédération pour les pertes d'animaux assurés dues aux épizooties dites hautement contagieuses au sens de l'OE.
La caisse peut également verser des indemnités ou des prestations concernant les épizooties dites à éradiquer et à combattre au sens de l'OE.
La caisse prend en charge les frais d'élimination, à partir des centres collecteurs, des cadavres d'animaux assurés.