ATA/686/2026

Rubrum

POUVOIR JUDICIAIRE

COUR DE JUSTICE

Chambre administrative

Arrêt du 30 juin 2026

4ème section

dans la cause

représentée par B______, mandataire recourante

contre

ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE

ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS intimées

Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 juin 2025 (JTAPI/600/2025)

Faits

A.

a. Constituée en 2014 dans le canton de Vaud, A______ (ci-après : la société) a déplacé son siège dans le canton de Genève en 2017. Elle a pour buts statutaires «_______________________________ b. Le 22 novembre 2019, la société a rendu sa déclaration fiscale pour l'année 2018. Les comptes annexés à la déclaration ont été établis en USD et convertis en CHF. Ils faisaient notamment ressortir qu'il n'y avait eu aucune activité en 2017 et que, en 2018, le chiffre d'affaires (turnover) s'était élevé à CHF 29'855'366.- et le prix de revient des marchandises vendues (cost of sales) à CHF 31'084'589.-, générant un résultat brut négatif de CHF 1'229'223.-. La société ayant réalisé un produit extraordinaire de CHF 1'029'651.-, son résultat net, après prise en considération des charges et amortissements, était une perte de CHF 382'955.-. À l'actif du bilan figuraient des créances envers des sociétés du groupe (receivables from group companies) de CHF 1'839'753.- au 31 décembre 2017 et CHF 14'482'027.- au 31 décembre 2018. Les dettes envers les sociétés du groupe (due to group companies) s'élevaient à CHF 0.- au 31 décembre 2017 et à CHF 11'320'383.- au 31 décembre 2018. Figuraient également des dettes envers les fournisseurs (trade payables) de CHF 544'238.- au 31 décembre 2017 et de CHF 11'947'164.- au 31 décembre 2018. La déclaration faisait figurer à son annexe A la créance envers les sociétés du groupe dans la rubrique 1.2 (créances [ne résultant pas de ventes et de prestations] et prêts) avec comme intitulé « diverses filiales ». Les dettes envers les sociétés du groupe figuraient dans l'annexe B dans la rubrique 1.2.2, avec le même intitulé. Les bordereaux de taxation émis le 19 décembre 2019 par l’administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) retiennent un bénéfice nul et un capital propre de CHF 3'545'980.-. En l'absence de réclamation, ils sont entrés en force. Les avis de taxation mentionnent une reprise de CHF 1'333.- sur les frais forfaitaires de représentation et de CHF 20'405.- pour des prestations à un prix de faveur à des proches (insuffisance de marge dans le calcul des intérêts dus par une société proche). c. Dans sa déclaration 2019, la société a déclaré un bénéfice de l'exercice de CHF 385'923.- et demandé la déduction d'une perte reportée de CHF 361'217.-. d. Dans ses bordereaux de taxation pour l'impôt cantonal et communal (ci-après :

ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD) 2019 datés du 30 septembre 2019, l'AFC-GE a taxé la société sur un bénéfice de CHF 56'853.-, en la faisant bénéficier pour l'ICC d'un statut de société auxiliaire. Les avis de taxation mentionnent la reprise de CHF 32'147.- au titre d'une insuffisance de marge sur une créance ou prêt à des proches et la déduction d'une perte reportée de CHF 255'429.-. Ces bordereaux sont entrés en force, aucune réclamation n'ayant été formée à leur encontre. e. Par un courrier recommandé du 13 décembre 2023, la fiduciaire de la société a informé l'AFC-GE que, à la suite d'une révision de ses comptes par l'administration fédérale des contributions (ci-après : AFC-CH), division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé et des droits de timbre portant sur les exercices 2018 à 2022, il avait été constaté une insuffisance de marge pour l'exercice 2018 estimée à CHF 800'000.-. Elle indiquait qu'il s'agissait d'une erreur comptable qui tirait son origine dans un ajustement des prix par les fournisseurs, lequel n'avait pas été répercuté sur les ventes en raison d'une erreur non intentionnelle. Les contrôleurs de l'AFC-CH avaient constaté qu'il s'agissait du seul exercice pendant lequel une telle erreur était survenue. Le caractère coopératif de la société avait été reconnu, ainsi que le fait qu'il s'agissait d'une erreur plutôt que la volonté d'avantager une contrepartie. f. À la demande de l'AFC-GE, la société a transmis la copie d'un courrier de l'AFC-CH du 7 décembre 2023 confirmant la reprise d'un montant de CHF 800'000.- au titre d'insuffisance de marge de l'exercice 2018 et facturant un impôt anticipé de CHF 280'000.-.

B.

a. Par courrier recommandé du 12 février 2024, l'AFC-GE a informé la société de l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt et soustraction pour les années 2018 et 2019, indiquant envisager la reprise du montant précité de CHF 800'000.-, avec un effet sur le bénéfice de l'exercice 2018 et la perte reportée pour l'exercice 2019. b. Par courrier recommandé du 8 mars 2024, la fiduciaire de la société a accusé réception de cet envoi et indiqué n'avoir aucune objection à formuler s'agissant du montant envisagé de reprises. Il y avait toutefois lieu de tenir compte des autres éléments de revenu et charges et du recalcul des impôts, ainsi que du statut fiscal de société auxiliaire. Le capital imposable était également affecté par l'augmentation du résultat de l'exercice 2018. Elle demandait enfin à l'AFC-GE que celle-ci renonce à une éventuelle amende, dès lors qu'il n'y avait aucune intention d'économiser l'impôt et que l'insuffisance de marge était intervenue en raison d'une erreur comptable portant sur un seul exercice. c. En annexe à un courrier recommandé du 9 avril 2024, le service du contrôle de l'AFC-GE a transmis à la société des bordereaux de rappels d'impôt ICC et IFD 2018 et 2019 portant, en 2018, sur un bénéfice de CHF 393'783.- et un capital propre de CHF 3'500'980.- et, en 2019, sur un bénéfice de CHF 381'070.- et un capital propre de CHF 8'889'493.-. À ces bordereaux étaient annexés des bordereaux d'amende d'une quotité de 0.75 fois le montant des impôts soustraits, l'AFC-GE considérant que la soustraction avait été commise de manière intentionnelle, tout au moins par dol éventuel.

C.

a. Le 17 mai 2024, la société a formé une réclamation contre ces bordereaux. Le fait que les achats et vente de marchandises concernaient essentiellement des opérations au sein du groupe ressortait clairement des déclarations 2018 et 2019 ainsi que des états financiers. L'existence d'une marge brute négative résultant d'opérations avec des sociétés liées ressortait clairement des états financiers 2018. Il n'y avait dès lors aucun élément inconnu de l'autorité fiscale qui puisse justifier l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt, qui était clairement exclu en l'espèce. S'agissant des amendes, elle n'avait pas mis en place une structure de facturation manifestement abusive, et c'était en raison d'un élément fortuit, soit d'une erreur comptable, qu'une perte avait été présentée en 2018. Tout au plus, une négligence légère pouvait lui être reprochée. Elle concluait dès lors à l'annulation en totalité des bordereaux de rappels et d'amendes, subsidiairement à une baisse de ces dernières à 1/4 de l'impôt soustrait. b. Par décisions du 30 juillet 2024, l'AFC-GE a maintenu les rappels d'impôt, mais réduit la quotité des amendes à 2/3 des impôts soustraits. Celles-ci étaient ramenées à CHF 7'299.- (ICC 2018), CHF 22'309.- (IFD 2018), CHF 5'636.- (ICC 2019) et CHF 18'371.- (IFD 2019). L'insuffisance de marge, non contestée, ne lui était pas connue au moment de la taxation de la période 2018 et les comptes de cet exercice déposés en annexe à la déclaration étaient censés avoir été contrôlés et vérifiés par l'ensemble des organes de la société, si bien que l'autorité de taxation n'avait pas à effectuer des investigations complémentaires, à moins d'inexactitudes flagrantes, qui n'étaient pas perceptibles en l'espèce. Il en découlait qu'il existait bien des faits inconnus au moment des taxations initiales permettant l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôts. En ce qui concernait les amendes, une erreur d'une importance matérielle élevée avait été constatée suite à l'intervention de l'AFC-CH, et il y avait eu un manque de diligence des organes de la société dans l'établissement des comptes et des déclarations fiscales. Retenant une négligence en lieu et place d'une intention, mais prenant également en considération comme circonstance aggravante l'importance des montants en jeu, la quotité des amendes était réduite aux 2/3 des impôts soustraits.

D.

a. Par acte du 28 août 2024, la société a interjeté auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) recours contre cette décision, concluant à l'annulation des bordereaux de rappels d'impôt et d'amende 2018 et 2019, subsidiairement, à la réduction des amendes à 1/4 de l'impôt pour 2018 seulement. Après avoir rappelé le déroulement des faits, elle reprenait, en les développant, les arguments déjà soulevés dans sa réclamation. b. Dans sa réponse du 11 novembre 2024, l'AFC-GE a conclu au rejet du recours, se référant largement à sa décision sur réclamation. c. Par jugement du 2 juin 2005, le TAPI a rejeté le recours.

S'il était vrai que l'existence d'un bénéfice brut négatif ressortait clairement des comptes annexés à la déclaration fiscale 2018 de la recourante, le fait qu'il résultait exclusivement d'opérations avec des sociétés proches ne découlait de manière évidente ni de ceux-ci, ni du détail de la déclaration fiscale déposée pour cette période. Dans la mesure où ni les organes de la société, ni son réviseur n'avaient remarqué l'erreur comptable invoquée, la société ne pouvait reprocher à l'AFC-GE de ne pas l'avoir constaté elle-même. Aucune négligence grave ne lui était dès lors imputable, si bien qu'elle n'était pas déchue de son droit à procéder à un rappel d'impôts. S'agissant des amendes, il n'était pas contesté que les taxations 2018 et 2019 de la recourante étaient insuffisantes et qu’elles avaient donné lieu à des rappels d’impôts. Les éléments objectifs d’une soustraction fiscale étaient ainsi donnés. L’élément subjectif, soit la faute, apparaissait également réalisé, la prise en compte d'une simple négligence, telle que retenue de manière favorable par l'AFC-GE dans ses décisions sur réclamation, étant confirmée. La quotité de 2/3 des montants soustraits respectait le cadre légal et ne constituait pas un abus du pouvoir d'appréciation de l'AFC-GE.

E.

a. Par acte posté le 7 juillet 2025, A______ a interjeté recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) contre le jugement précité, concluant à son annulation et à l'octroi d'une indemnité de procédure. Il n'était pas contesté que les opérations d'achat et de vente de marchandises devaient être réalisées aux conditions de prix selon les termes du marché. Elle s'était toujours efforcée de suivre ce principe, et ce n'était que lors de l'exercice 2018 qu'il y avait eu une erreur dans le traitement fiscal des opérations comptables, à savoir que le prix d'achat des marchandises vendues avait été ajusté à la hausse par les fournisseurs et que cette différence n'avait pas été répercutée sur les ventes facturées. De ce fait, elle avait présenté une perte dans ses états financiers 2018, aussi bien au niveau de la marge brute que du résultat net. Il ressortait toutefois clairement des états financiers et de la déclaration fiscale 2018 que la marge brute et le résultat net étaient négatifs, et que ce résultat négatif résultait d'opérations avec des sociétés liées. La réalisation des conditions d'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt était contestée. Les faits ressortant des états financiers et de la déclaration fiscale 2018 étaient tout à fait clairs, et il n'était pas nécessaire de rechercher des informations dans le dossier historique de la société ou auprès d'autres contribuables. Le TAPI n'avait pas été convaincu par le fait que les comptes annexés à la déclaration 2018 présentaient des opérations réalisées exclusivement avec des sociétés proches. Cette interprétation était contestée, car lorsqu'il ressortait des états financiers 2018 qu'il existait un chiffre d'affaires annuel de CHF 31'000'000.- et que le poste des créances envers des sociétés du groupe (receivables from group companies) représentait CHF 14'482'027.- au 31 décembre, soit près de 50% du chiffre d'affaires annuel, l'AFC-GE devait partir de l'idée, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, que la totalité du chiffre d'affaires réalisé au cours de l'année comptable et fiscale concernait des sociétés proches. En effet, dans la pratique fiscale quotidienne, dès qu'il y avait des opérations avec des sociétés proches ou une suspicion de telles opérations, les contribuables recevaient

systématiquement des demandes de renseignements afin de vérifier la manière dont les prix pratiqués avaient été fixés. À cela s'ajoutait que le chiffre de l'année précédente, soit 2017, était nul et qu'il y avait d'autant plus de raisons de s'interroger au sujet de la nature des ventes réalisées au cours de l'exercice 2018. Il apparaissait ainsi que les faits avaient été présentés de manière claire. S'il n'était pas contesté qu'il eût pu y avoir une correction de marge dans le cadre de la taxation ordinaire, les conditions d'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt n'étaient pas réalisées. Il ne pouvait lui être reproché de manquement dans la tenue des comptes d'un point de vue de l'économie d'entreprise ou des principes comptables et il s'agissait plutôt d'une appréciation fiscale de la marge minimale à réaliser. Les conditions d'un rappel d'impôt n'étant pas remplies, il en allait de même pour le prononcé de l'amende, dont seul le principe – en l'absence de toute faute –, et non la quotité, était contesté. Il s'imposait d'autant plus de ne pas infliger d'amende que la pratique de toujours réclamer une amende, même dans le cadre d'une procédure de soustraction relative à des corrections de prix de transfert, était fortement contestée par la doctrine. b. Le 18 août 2025, l'AFC-GE a conclu au rejet du recours, en renvoyant à son écriture de réponse du 11 novembre 2024 devant le TAPI. c. Le juge délégué a fixé aux parties un délai au 10 octobre 2025 pour formuler toutes requêtes ou observations complémentaires, après quoi la cause serait gardée à juger. d. Les 16 et 23 septembre 2025 respectivement, les recourants et l'AFC-GE ont indiqué ne pas avoir de requêtes ni d'observations complémentaires à formuler.

Considérants

1.

Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10 ; art. 7 al. 2 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc - D 3 17 ; art. 145 de la loi fédérale sur l’impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 - LIFD - RS 642.11).

2.

La recourante conteste principalement que les conditions d'un rappel d'impôt aient été réunies, se prévalant de ce que sa déclaration fiscale et ses comptes pour l'année 2018 permettaient d'emblée à l'AFC-GE d'effectuer une taxation correcte.

2.1

Lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque-là inconnus de l’autorité fiscale lui permettent d’établir qu’une taxation n’a pas été effectuée, alors qu’elle aurait dû l’être, ou qu’une taxation entrée en force est incomplète ou qu’une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l’autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l’impôt qui n’a pas été perçu, y compris les intérêts (art. 151 al. 1 LIFD, 53 al. 1 1re phr. LHID et 59 al. 1 LPFisc).

2.2

Le rappel d’impôt est soumis à des conditions objectives. Il faut d’abord qu’une taxation n’ait, à tort, pas été établie ou soit restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale. Le rappel d’impôt suppose ensuite l’existence d’un motif de rappel. À cet égard, les dispositions précitées envisagent en premier lieu la découverte de moyens de preuve ou de faits jusque-là inconnus de l’autorité fiscale. Il y a ainsi motif à rappel d’impôt lorsque l’autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l’autorité fiscale au moment de la taxation (arrêt du Tribunal fédéral 2C_760/2017 précité consid. 6.1 et les références citées).

2.3

Le rappel d’impôt constitue la perception après coup d’impôts qui n’ont, à tort, pas été perçus dans le cadre de la procédure de taxation. Il constitue le pendant, en faveur du fisc, de la procédure de révision et permet à l’autorité de revenir sur une décision entrée en force. Le rappel d’impôt n’équivaut pas à un nouvel examen complet de la taxation, mais ne porte que sur les points pour lesquels l’autorité fiscale dispose de nouveaux éléments. L’existence d’un rappel d’impôt ne saurait ainsi autoriser le contribuable à revenir librement sur l’ensemble de sa taxation. Sous réserve d’une erreur manifeste, celui-ci peut uniquement demander que la taxation soit reprise en sa faveur sur les points qui, précisément, font l’objet du rappel d’impôt (arrêt du Tribunal fédéral 2C_277/2008 du 26 septembre 2008 consid. 5.3 ; ATA/472/2026 du 12 mai 2026 consid. 5.1.2).

2.4

Le rappel d'impôt peut intervenir lorsqu'une taxation incomplète est entrée en force. Dans ce cas, la condition de la perte fiscale est remplie dès que la taxation est entrée en force en étant incomplète (ATF 149 II 177 consid. 8).

2.5

Selon la jurisprudence, l’existence d’un motif de rappel d’impôt vise la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque-là, à savoir des faits ou moyens de preuves qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (ATF 148 V 277 consid. 4.2.2). L'autorité fiscale peut, en principe, considérer que la déclaration d'impôt est exacte et complète et elle n'est pas tenue, à défaut d'indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires. En raison de la maxime inquisitoire, l'autorité doit cependant procéder à une analyse plus approfondie, lorsqu'il ressort manifestement du dossier que les faits déterminants sont incomplets ou peu clairs. Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1).

En d'autres termes, l'autorité fiscale ne doit se livrer à des investigations complémentaires au moment de procéder à la taxation que si la déclaration contient indiscutablement des inexactitudes flagrantes. Des inexactitudes qui ne sont que décelables, sans être flagrantes, ne permettent pas de considérer que certains faits ou moyens de preuve étaient déjà connus des autorités au moment de la taxation (arrêts du Tribunal fédéral 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1 ;2C_396/2022 du 7 décembre 2022 consid. 6.1.4 et les références citées). La rupture du lien de causalité en raison de la négligence de l'autorité fiscale est toutefois soumise à des exigences sévères et ne peut intervenir qu'en cas de négligence grave (arrêts du Tribunal fédéral 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 9.1, in RDAF 2020 II 200 ;2C_1023/2013 du 8 juillet 2014 consid. 3.2, in RF 69/2014 p. 735, traduit in RDAF 2015 II 254).

2.6

Le contribuable est tenu de faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1 LIFD). Il doit en particulier remplir la déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2 LIFD) et fournir les documents nécessaires, dont les certificats de salaire (art. 125 LIFD). À la demande de l'autorité de taxation, il est tenu de fournir tout renseignement écrit ou oral, spécialement lorsque, au vu de la déclaration d'impôt, des questions surgissent par exemple à propos des revenus, des frais d'acquisition ou de l'évolution de la fortune (cf. art. 126 al. 2 LIFD). Le contribuable porte ainsi la responsabilité de l'exactitude de sa déclaration, et ce peu importe que d'autres autorités soient appelées à collaborer à l'application de la législation fiscale (arrêt du Tribunal fédéral 9C_723/2023 du 28 mars 2024 consid. 5.1).

2.7

En l'espèce, la recourante ne conteste pas la réalisation de la première condition du rappel d'impôt, à savoir que ses taxations 2018 et 2019 étaient incomplètes. Elle soutient cependant qu'il n'y a pas eu découverte de faits ou de moyens de preuve ne ressortant pas du dossier au moment de la taxation. Ainsi, même si elle ne contestait pas qu'il eût pu y avoir une correction de marge dans le cadre de la taxation ordinaire, les faits avaient été présentés de manière claire dans sa déclaration fiscale et ses comptes 2018, et que l'AFC-GE aurait pu et dû se rendre compte de l'erreur sur la base de ces documents. Elle ne saurait être suivie sur ce point, déjà car son argumentation est contradictoire, puisqu'elle plaide en substance que ni ses organes, ni son réviseur n'avaient pu déceler l'erreur – même au moment de demander, une année plus tard, le report de pertes –, mais qu'il eût été naturel que l'AFC-GE – qui pourtant, selon la jurisprudence précitée, ne portait pas la responsabilité de l'exactitude de la déclaration – pût le faire. Au surplus, le raisonnement opéré par le TAPI à ce sujet ne prête pas le flanc à la critique. S'il est vrai que l'existence d'un bénéfice brut négatif ressort des comptes annexés à la déclaration fiscale 2018 de la recourante, le fait qu'il résulte exclusivement d'opérations avec des sociétés proches ne découlait de manière évidente ni de ceux-ci, ni du détail de la déclaration fiscale déposée pour cette période. À cet égard, c'est à raison que l'AFC-GE souligne dans ses écritures que la contribuable indique dans sa réclamation et son recours que l'erreur commise résultait du fait que le prix d'achat des marchandises vendues avait été ajusté à la hausse par des fournisseurs et qu'elle n'avait pas répercuté cette différence sur les ventes facturées, alors que dans sa déclaration fiscale 2018, elle n'avait fait aucune mention de la présence de ventes intragroupe, dès lors que c'était sous la rubrique « créances (ne résultant pas de ventes et de prestations) » de l'annexe A de la déclaration fiscale qu'elle avait déclaré un montant de CHF 14'482'027.-, tandis qu'aucun chiffre n'était mentionné sous la rubrique « débiteurs (créances résultant de ventes et de prestations) » de l'annexe D à la déclaration fiscale 2018. Aucune négligence grave n'est dès lors imputable à l'AFC-GE, si bien qu'elle n'était

pas déchue de son droit à procéder à un rappel d'impôts, étant précisé que les montants retenus ne sont pas litigieux.

3.

La recourante conteste le prononcé d'une amende pour soustraction d'impôt.

3.1

Le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende (art. 175 al. 1 LIFD, 56 al. 1 LHID et 69 al. 1 LPFisc). Pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis : la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier. Les deux premières conditions sont des éléments constitutifs objectifs de la soustraction fiscale, tandis que la faute en est un élément constitutif subjectif (ATA/1427/2019 du 24 septembre 2019 et la référence citée).

3.2

La violation d'une obligation légale peut résulter d'une irrégularité dans la comptabilité ou du fait de remplir sa déclaration fiscale de manière non conforme à la vérité et non complète, en violation de l'art. 124 al. 2 LIFD (arrêt du Tribunal fédéral 2C_1018/2015 du 2 novembre 2017 consid. 9.4.2 et les références citées).

3.3

Comme cela ressort de la loi, la soustraction est punissable aussi bien intentionnellement que par négligence (ATF 135 II 86 consid. 4.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_874/2018 précité consid. 10.1.3 ; ATA/182/2024 du 6 février 2024 consid. 10.1 et l’arrêt cité). La preuve d’un comportement intentionnel du contribuable doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que celui-ci était conscient du caractère erroné ou incomplet des indications fournies. Si cette conscience est établie, il faut présumer qu'il a voulu tromper les autorités fiscales, afin d'obtenir une taxation plus favorable (arrêts du Tribunal 2C_792/2021 du 14 mars 2022 consid. 6.4.1 ;2C_1052/2019 du 18 mai 2020 consid. 3.7.1). Cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car l'on peine à imaginer quel autre motif pourrait conduire un contribuable à fournir au fisc des informations qu'il sait incorrectes ou incomplètes (arrêts du Tribunal fédéral 2C_1066/2018 du 21 juin 2019 consid. 4.1 ;2C_129/2018 du 24 septembre

2018 consid. 9.1). Le dol éventuel suffit pour retenir l'intention (arrêts du Tribunal fédéral 2C_78/2019 du 20 septembre 2019 consid. 6.2 ;2C_444/2018 précité consid. 9.2). Il suppose que l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, parce qu'il s'en accommode au cas où il se produirait (arrêt du Tribunal fédéral 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 17.3.1 et les arrêts cités ;

3.4

Le contribuable agit avec négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il ne se rend pas compte ou ne tient pas compte des conséquences de son acte. L'imprévoyance est coupable quand le contribuable n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle (art. 18 al. 3 du code pénal suisse du 21 décembre 1937 - CP - RS 311.0 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 9.1).

3.5

Lorsqu'une soustraction fiscale est commise par une personne morale, celle-ci est elle-même punissable d'une amende en matière d'IFD et d'ICC (art. 181 al. 1 LIFD et 74 al. 1 LPFisc) et le comportement de ses organes lui est imputable pour examiner les éléments subjectifs de l'infraction (ATA/222/2019 du 5 mars 2019 consid. 9b).

3.6

Dans sa jurisprudence, le Tribunal fédéral a à de nombreuses reprises confirmé des amendes pour soustraction d'impôt en cas de rappel d'impôt après découverte de l'existence d'une prestation appréciable en argent, y compris pour des questions d'estimation de prix de transfert entre sociétés du même groupe (arrêts du Tribunal fédéral 9C_678/2022 du 5 juin 2023 ;2C_907/2022 du 16 décembre 2022 ;2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 ;2C_343/2019 du 27 septembre 2019 ;2C_11/2018 du 10 décembre 2018 ;2C_508/2014 du 20 février 2015).

3.7

La quotité de l'amende est, en général, fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant ; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 175 al. 2 LIFD, 56 al. 2 LHID et 69 al. 2 LPFisc). Il convient notamment de réduire le montant de l'amende lorsque le contribuable a agi par négligence, celle-ci devant être considérée comme un cas de faute légère au sens de l'art. 175 LIFD (ATA/1427/2019 précité consid. 4a).

3.8

La quotité précise de l'amende doit être fixée en tenant compte des dispositions de la partie générale du CP. Ainsi, conformément à l'art. 106 al. 3 CP, l'amende doit être fixée en tenant compte de la situation de l'auteur, afin que la peine corresponde à la faute commise. Les principes régissant la fixation de la peine, tels que prévus à l'art. 47 CP, s'appliquent. En droit pénal fiscal, les éléments principaux à prendre en considération sont le montant de l'impôt éludé, la manière de procéder, les motivations, ainsi que les circonstances personnelles et économiques de l'auteur. Les circonstances atténuantes de l'art. 48 CP sont aussi applicables par analogie (ATF 144 IV 136 consid. 7.2.1). Il en va ainsi du temps écoulé depuis l’infraction (art. 48 let. e CP ; arrêts du Tribunal fédéral 2C_78/2019 précité consid. 9.4 ;2C_14/2021 du 27 mai 2021 consid. 7).

3.9

En l'espèce, la recourante conteste le prononcé d'une amende principalement en relation avec son grief lié au rappel d'impôt. Or, conformément à ce qui précède, les conditions du rappel d'impôts étaient en l'occurrence données, si bien que le grief tombe à faux. La recourante évoque en outre que la pratique consistant à réclamer systématiquement une amende en cas de rappel d'impôt, même dans le cadre d'une procédure de soustraction relative à des corrections de prix de transfert, était fortement contestée par la doctrine. Les conditions légales du prononcé d'une amende sont cependant ici toutes remplies. Les éléments constitutifs objectifs de la soustraction sont donnés pour les années fiscales 2018 et 2019. La comptabilité de la recourante et les déclarations déposées par celle-ci pour les années en cause étaient entachées d'irrégularités ou inexactes, dans la mesure où elles comportaient des charges en déduction du bénéfice qui n'étaient pas justifiées commercialement et qui correspondaient à des distributions dissimulées de bénéfice. Par ce biais, elle a engendré une perte financière à la Confédération et au canton de Genève. Par ailleurs, dans les circonstances d'espèce, le caractère non justifié commercialement des montants portés en déduction était manifeste et ne résultait pas d'une simple erreur d'appréciation de la valeur des prestations effectuées entre sociétés d'un même groupe, si bien que la référence faite par la recourante à la doctrine est sans pertinence pour l'issue du litige. Le prononcé d'une amende était ainsi justifié. La quotité de celle-ci n'est plus contestée et a du reste été revue à la baisse lors de la procédure de réclamation, l'AFC-GE ayant finalement retenu une négligence plutôt qu'une faute intentionnelle, ce qui peut être approuvé au vu des circonstances. Il résulte de ce qui précède que le recours est mal fondé et doit être rejeté.

4.

Vu l'issue du litige, un émolument de CHF 1'200.- sera mis à la charge de la société recourante, qui succombe (art. 87 al. 1 LPA), et aucune indemnité de procédure ne sera allouée (art. 87 al. 2 LPA).

*****

Dispositif

PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE

à la forme : déclare recevable le recours interjeté le 7 juillet 2025 par A______ contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 2 juin 2025 ;

au fond : le rejette ;

met un émolument de CHF 1'200.- à la charge de A______ ; dit qu’il n’est pas alloué d’indemnité de procédure ; dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, Schweizerhofquai 6, 6004 Lucerne, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession de la demanderesse, invoquées comme moyens de preuve, doivent être jointes à l'envoi ; communique le présent arrêt à B______, mandataire de A______, à l'administration fiscale cantonale, à l'administration fédérale des contributions ainsi qu'au Tribunal administratif de première instance.

Siégeant : Jean-Marc VERNIORY, président, Francine PAYOT ZEN-RUFFINEN, Eleanor McGREGOR, juges.

Au nom de la chambre administrative :

le greffier-juriste : le président siégeant :

F. SCHEFFRE J.-M. VERNIORY

Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties.

Genève, le la greffière :