Méthodes d'analyse et d'appréciation des cours d'eau en Suisse : Poissons

2024 | L’environnement pratique Eaux

Méthodes d’analyse et d’appréciation des cours d’eau en Suisse Poissons (état 2024)

2024 | L’environnement pratique Eaux

Méthodes d’analyse et d’appréciation des cours d’eau en Suisse Poissons (état 2024)

Publié par l’Office fédéral de l’environnement (OFEV) Berne, 2024

Impressum Valeur juridique Groupe d’experts pour les évaluations tests La présente publication est une aide à l’exécution élaborée par Lukas Boller (AquaPlus), Jakob Brodersen (Eawag), Danilo l’OFEV en tant qu’autorité de surveillance. Destinée en premier Foresti (Office de la chasse et de la pêche du canton du lieu aux autorités d’exécution, elle concrétise les exigences du Tessin), Joachim Guthruf (Aquatica), Guy Périat (TELEOS), droit fédéral de l’environnement (notions juridiques Armin Peter (FishConsulting) indéterminées, portée et exercice du pouvoir d’appréciation) et favorise ainsi une application uniforme de la législation. Si les Traduction autorités d’exécution en tiennent compte, elles peuvent partir Service linguistique de l’OFEV du principe que leurs décisions seront conformes au droit fédéral. D’autres solutions sont aussi licites dans la mesure où Photo de couverture elles sont conformes au droit en vigueur. Chevaines (Squalius cephalus) dans une zone de frai de la Trême, un affluent de la Sarine (canton de Fribourg). Éditeur © Michel Roggo / OFEV Office fédéral de l’environnement (OFEV) L’OFEV est un office du Département fédéral de Mise en page l’environnement, des transports, de l’énergie et de la Funke Lettershop AG communication (DETEC). Téléchargement au format PDF www.bafu.admin.ch/uv-2421-f Auteurs Nicolas Achermann (Fischwerk), Pascal Vonlanthen Il n’est pas possible de commander une version imprimée. Cette publication est également disponible en allemand. La (Aquabios) et Werner Dönni (Fischwerk) langue originale est l’allemand.

Groupe d’accompagnement © OFEV 2024 Régine Bernard (biol conseils), Daniel Bernet (Inspection de la pêche, Berne), Christoph Birrer (Office de la nature, de la chasse et de la pêche du canton de Saint-Gall), Lukas Boller (AquaPlus), Jakob Brodersen (Eawag), Arielle Cordonier (Service de l’écologie de l’eau, Genève), Diego Dagani (OFEV), Christiane Ilg (VSA), Bänz Lundsgaard-Hansen (OFEV), Armin Peter (FishConsulting), Heike Schmidt (Zentrum für Fisch- und Wildtiermedizin FIWI), Nele Schuwirth (Eawag) et Christine Weber (Eawag)

1 Introduction

1.1 Système modulaire gradué

Les ruisseaux et les rivières de Suisse font partie intégrante d’un paysage utilisé par l’homme de multiples façons et de manière intensive. Environnés de zones habitées, de terres agricoles, de routes et d’autres infrastructures, ils sont utilisés pour la production d’énergie et aménagés pour la protection contre les crues. Ils sont pollués par une multitude de substances provenant de l’agriculture, des zones habitées et de l’industrie. Ces influences → anthropiques (les mots en italique sont expliqués dans le glossaire au chap. 7) déterminent si un cours d’eau peut ou non remplir sa fonction d’habitat pour une faune et une flore diversifiées. Les influences humaines s’exercent également sur des services écosystémiques importants tels que l’approvisionnement en eau potable et la rétention des crues. Alors qu’autrefois la protection des eaux s’attachait avant tout à réduire la pollution chimique, c’est un principe de protection globale des eaux qui prévaut aujourd’hui. Pour assurer une protection intégrale des eaux, il importe de connaître parfaitement leur état. Dans le cadre du système modulaire gradué (SMG), l’Office fédéral de l’environnement (OFEV), les services cantonaux spécialisés, l’Institut fédéral suisse des sciences et technologies de l’eau (Eawag) et l’Association suisse des professionnels de la protection des eaux (VSA) élaborent des méthodes permettant d’analyser et d’apprécier de manière uniforme l’état des cours d’eau en Suisse. Ces méthodes publiées sous la forme d’aides à l’exécution ou de rapports d’experts couvrent les aspects physico-chimiques, hydromorphologiques, biologiques et écotoxicologiques de la qualité des eaux.

Les analyses biologiques sont un moyen efficace d’appréhender globalement les influences qui s’exercent sur les eaux. Elles permettent d’apprécier si les communautés animales et végétales (biocénoses) sont spécifiques à chaque type d’eau peu ou non polluée. Les méthodes d’analyse biologique du SMG ont pour objectif d’apprécier l’état écologique des eaux et de documenter son évolution dans le temps. Elles sont en outre un élément important du contrôle de l’efficacité des mesures dans le domaine de la protection des eaux.

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1.2 Bases légales

La loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux ; RS 814.20) charge la Confédération, à son art. 57, et les cantons, à son art. 58, d’établir le diagnostic de l’état des eaux. Il s’agit notamment d’effectuer des relevés afin d’établir si les objectifs écologiques fixés pour les eaux superficielles à l’annexe 1, ch. 1, de l’ordonnance du 28 octobre 1998 sur la protection des eaux (OEaux ; RS 814.201) sont atteints.

Annexe 1, ch. 1, al. 1, OEaux : Les communautés animales, végétales et de micro-organismes (biocénoses) des eaux superficielles et de l’environnement qu’elles influencent doivent : a. être d’aspect naturel et typiques de la station, et pouvoir se reproduire et se réguler d’elles-mêmes ; b. présenter une composition et une diversité d’espèces spécifiques à chaque type d’eau peu ou non polluée.

La Confédération et les cantons effectuent également des relevés afin d’établir si les exigences relatives à la qualité des eaux superficielles selon l’annexe 2, ch. 1, OEaux sont satisfaites.

Les cantons communiquent les résultats de leurs relevés sur l’état écologique des eaux (objectifs écologiques et exigences relatives à la qualité des eaux) aux services fédéraux compétents (art. 58, al. 1, LEaux).

La méthode uniforme décrite dans la présente publication permet d’effectuer de tels relevés en utilisant les poissons comme objets d’analyse.

1.3 Appréciation des cours d’eau sur la base de leur peuplement pisciaire

Un bon monitoring biologique aide à brosser un tableau cohérent sur l’état général des eaux, à suivre son évolution à moyen et long terme, à identifier à temps les développements problématiques et à formuler des contre-mesures adéquates. À cette fin, les poissons sont des indicateurs particulièrement appropriés puisqu’ils reflètent l’intégralité des facteurs environnants qui agissent sur eux, notamment les changements dans la diversité structurelle des habitats, les régulations de débit, la présence d’obstacles à la migration, la connexion des eaux avec leurs affluents ainsi que la qualité chimique de l’eau et les régimes de température. La communauté de poissons qui occupe un cours d’eau offre donc une bonne représentation de l’état général de l’écosystème.

Les mesures de protection des eaux s’inscrivent de plus en plus dans un cadre international. C’est ainsi que l’Union européenne (UE) impose à ses États membres de poursuivre des objectifs écologiques communs et d’étudier leurs eaux selon des procédés standardisés et comparables (directive-cadre sur l’eau1). Tous les pays voisins de la Suisse disposent donc de méthodes d’analyse leur permettant d’apprécier l’état de leurs cours d’eau sur la base des poissons 2. Ces méthodes d’analyse ont été prises en compte dans l’élaboration de la présente publication.

1 Directive 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l’eau

2 Par exemple, Allemagne : Dussling, U. (2009) ; France : Oberdorff, T. et al. (2002) ; Italie : Zerunian, S. et al. (2009) ; Autriche : Haunschmid, R. et al. (2006)

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1.4 Amélioration de la méthode « Poissons » du SMG

1.4.1 Méthode de 2004

La méthode « Poissons – niveau R (région) »3 du SMG a été publiée en 2004. Pendant près de 20 ans, elle a été en Suisse la seule méthode standard communément appliquée pour apprécier l’état écologique des cours d’eau en utilisant les poissons comme indicateurs. L’expérience ainsi acquise a confirmé la grande utilité de la méthode, tout en mettant clairement en évidence la nécessité de poursuivre son développement.

1.4.2 Amélioration de la méthode

La première étape a consisté à examiner les forces, les faiblesses et les possibilités de développement de la méthode élaborée en 2004. Puis les cantons et d’autres utilisateurs de la méthode ont été invités, dans le cadre d’une enquête, à faire part de leurs expériences (positives et négatives) et de leurs attentes concernant l’évolution de la méthode. Cette enquête a été suivie d’une vaste recherche bibliographique, qui s’est concentrée notamment sur les approches d’évaluation des pays voisins. Ces travaux ont permis d’envisager concrètement différents moyens de remédier aux faiblesses actuelles et de rendre l’évaluation plus précise. Ces moyens ont consisté, entre autres, à enrichir la typologie des cours d’eau sur la base des grands bassins versants et des → zones piscicoles et à définir, pour différents → paramètres d’appréciation du peuplement pisciaire, les → valeurs attendues dans des eaux d’aspect naturel. Ces bases ont été élaborées grâce à 1303 pêches quantitatives réalisées dans 1202 stations en Suisse.

Ensuite, 60 cours d’eau avec des classes d’état différentes (de « proche de l’état naturel » à « non naturel ») et des typologies différentes ont été sélectionnés dans ce jeu de données test, et ils ont servi de support pour affiner la méthode dans le cadre d’un processus itératif. Ce travail a également permis de définir des → fonctions d’évaluation adaptées et une méthode d’→ agrégation pour l’évaluation globale, qui ont été validées par le groupe d’accompagnement et par d’autres experts4. Lors de l’étape suivante, des experts ont évalué 65 secteurs de cours d’eau (qu’ils connaissaient déjà) avec la méthode de 2004 et avec la nouvelle méthode, puis ils ont comparé les résultats de ces évaluations avec leurs propres estimations d’experts. Enfin, le groupe d’accompagnement a passé au crible la nouvelle méthode et l’a approuvée.

Parallèlement à ce processus d’amélioration, les consignes relatives au relevé des données ont été adaptées et mises en adéquation avec le contrôle des effets des revitalisations de cours d’eau5. Ainsi, il existe désormais pour toute la Suisse une procédure uniforme de relevé et d’évaluation du peuplement pisciaire dans les cours d’eau de faible profondeur. Outre l’évaluation de l’état des cours d’eau, la méthode doit également être utilisée pour d’autres problématiques, par exemple dans le cadre de la gestion de la pêche. Effectuer des relevés dans plusieurs secteurs représentatifs permet d’énoncer des constats pour l’ensemble du cours d’eau.

3 Schager, E. et Peter, A. (2004)

4 Lors de certaines étapes, des spécialistes sont intervenus en complément du groupe d’accompagnement. Ils sont appelés « experts » dans la présente publication.

5 OFEV (éd.) (2019) : Jeu d’indicateurs 7 – Poissons

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1.4.3 Principales adaptations

· Saisie des données : contrairement à la méthode de 2004, la nouvelle méthode n’a pas pour objet principal d’évaluer plusieurs stations d’un réseau hydrographique au moyen d’un relevé semi-quantitatif (= un seul passage de pêche). Elle se concentre sur l’évaluation d’un tronçon d’étude représentatif d’un secteur de cours d’eau, au moyen d’une pêche quantitative (= trois passages de pêche). Pour en tirer des conclusions pertinentes sur l’état du cours d’eau dans son ensemble, il faut généralement plusieurs tronçons d’étude. La limitation aux cours d’eau peu profonds, et donc de petite ou moyenne taille, est conservée. · Typologie des cours d’eau : le type de cours d’eau, qui est déterminé par le bassin versant et la zone piscicole, permet des déductions quant au peuplement pisciaire attendu dans des conditions proches de l’état naturel et quant à la composition en espèces attendue (cortège d’espèces et dominance relative). La zone piscicole sert en outre à définir les valeurs attendues pour les densités des différentes espèces. Pour rendre cela possible, l’ancienne catégorisation par zone piscicole a été remplacée par une échelle de valeurs continues. Pour la détermination de la zone piscicole, des facteurs environnementaux supplémentaires (par rapport à la méthode de 2004) sont désormais utilisés (cf. point 4.4). Dans l’ensemble, cela permet de déterminer des valeurs attendues plus précises et plus typiques de la station. · Évaluation : les paramètres appréciés sont similaires à ceux de l’ancienne méthode. Toutefois, comme ils s’inscrivent dans une → hiérarchie d’objectifs, ils sont désormais appelés « objectifs ». Le calcul permettant leur notation est plus précis et plus complexe ; il n’est plus basé essentiellement sur la truite mais sur un vaste éventail d’espèces de poissons. Pour cette raison, les données sont désormais analysées et stockées dans l’application Excel « FishAssess », qui permet une évaluation semi-automatique des données collectées sur le terrain. Cette évaluation repose en grande partie sur des approches claires et standardisées ; elle est donc moins subjective. Elle accepte des valeurs comprises entre 0 et 1, qui sont mises en correspondance avec les cinq classes d’état utilisées jusqu’à présent dans le SMG.

1.4.4 Application

La méthode de 2004 et la nouvelle méthode n’aboutissent pas toujours aux mêmes résultats, car les approches d’évaluation des différents paramètres (= objectifs) ont changé. L’évaluation au moyen de la nouvelle méthode est plus précise et coïncide davantage avec les estimations des experts. Si elles proviennent d’une pêche quantitative, les anciennes données peuvent elles aussi être évaluées avec la nouvelle méthode. Quant aux données nouvellement collectées, elles peuvent être évaluées avec l’ancienne méthode également.

En complément à la présente aide à l’exécution, le site Internet www.modul-stufen-konzept.ch met à disposition des protocoles de terrain (numériques) ainsi que l’application Excel « FishAssess », qui permet la saisie standardisée des données. Comme FishAssess dispose d’une interface compatible avec les formats de base de données, les données saisies pourront à l’avenir être facilement exportées et insérées directement dans la base de données nationale MIDAT-Poissons6, qui est en cours de création par info fauna 7. Les données collectées avec la présente méthode doivent systématiquement être livrées à info fauna sous la forme de fichiers FishAssess.

6 apps.infofauna.ch

7 Centre national de données et d’informations sur la faune de Suisse

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2 Objectifs de la méthode

2.1 Finalité générale

La présente méthode permet d’évaluer l’état écologique d’un secteur de cours d’eau sur la base de son peuplement pisciaire. L’→ indice suisse des poissons FI-CH aide à apprécier si les biocénoses sont d’aspect naturel et typiques de la station (annexe 1, ch. 1, al. 1, let. a et b, OEaux). L’ampleur des influences anthropiques est également documentée. En évaluant le même secteur de cours d’eau à plusieurs reprises au fil des ans, il est possible de saisir les changements. Pour autant, analyser les influences anthropiques responsables des déficits observés n’est pas une préoccupation centrale de la méthode ; les relations qui existent entre les modifications d’un cours d’eau et son peuplement pisciaire sont souvent trop complexes pour pouvoir être identifiées sans d’autres analyses plus approfondies.

Les évaluations se font d’abord au moyen d’une échelle continue de valeurs comprises entre 0 (« mauvais ») et 1 (« très bon ») avant d’être mises en correspondance avec les cinq classes d’état écologique du SMG (cf. Tableau 1). Cette approche permet de comparer l’appréciation réalisée avec les résultats des méthodes SMG utilisées pour d’autres bioindicateurs. Dans le SMG, les classes d’état écologique « mauvais » à « moyen » signifient que les objectifs écologiques de l’annexe 1 OEaux ne sont pas atteints et que l’état du cours d’eau évalué est insuffisant. Les classes « bon » et « très bon » indiquent que les objectifs sont atteints et que le cours d’eau est d’aspect naturel.

Tableau 1 Classification de l’état écologique des cours d’eau sur la base d’une évaluation continue utilisant l’indice FI-CH

Classe État cologique Couleur Note FI-CH

1 très bon bleu 0,8 – 1 3 moyen jaune 0,4 – < 0,6 4 médiocre orange 0,2 – < 0,4 5 mauvais rouge 0 – < 0,2

L’état d’aspect naturel (classes 1 et 2) doit pouvoir être atteint par des mesures de protection des eaux. Si l’état d’un cours d’eau n’est pas satisfaisant (classes 3 à 5), il faut s’efforcer d’améliorer la situation par des mesures de protection des eaux également. En conséquence, l’évaluation doit être influencée en premier lieu par les atteintes anthropiques à la qualité des eaux qui sont susceptibles d’être traitées par des mesures de protection des eaux (p. ex. déficits morphologiques ou qualité insuffisante de l’eau). Elle ne doit pas être influencée trop fortement par les effets des changements climatiques sur les populations de poissons, puisque ces effets ne peuvent pas être traités par des mesures de protection des eaux. La prise en compte de la température de l’eau dans la détermination de la zone piscicole et des valeurs attendues qui en découlent est pertinente à cet égard.

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2.2 Hiérarchie des objectifs

L’évaluation de l’état écologique des eaux s’appuie sur une hiérarchie d’objectifs qui, au niveau de son → objectif principal (peuplement pisciaire typique de la station), permet d’obtenir par agrégation une évaluation globale. L’objectif principal est subdivisé en plusieurs → sous-objectifs, dérivés des objectifs écologiques de l’OEaux (cf. point 1.2) : → composition en espèces typique de la station, densités et biomasses typiques de la station, structure des populations typique de la station, déformations et anomalies (cf. Figure 1 ; le sous-objectif « Déformations et anomalies » n’est pas pris en compte dans l’évaluation de l’objectif principal ; cf. point 5.5). Les sous-objectifs sont à leur tour subdivisés en plusieurs → objectifs partiels. Le niveau inférieur de la hiérarchie est constitué par les attributs et les grandeurs de mesure qui servent à évaluer les objectifs partiels ; leur dénomination reprend celle des paramètres de l’ancienne méthode SMG.

Figure 1 Hiérarchie des objectifs avec leurs paramètres d’évaluation

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3 Schéma illustrant la méthode

La méthode servant à évaluer l’état écologique d’un secteur de cours d’eau est illustrée sur le schéma suivant.

Figure 2 Schéma illustrant l’évaluation de l’état écologique au moyen de la méthode Poissons du SMG

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4 Relevé des données

4.1 Sélection et caractérisation du tronçon de pêche

4.1.1 Localisation et représentativité

La présente méthode est applicable à tous les cours d’eau dans lesquels une pêche quantitative est possible. Pour déterminer un tronçon de pêche, il faut commencer par parcourir le cours d’eau lorsqu’il présente un débit d’étiage moyen. La première étape consiste à établir si le secteur de cours d’eau à étudier peut faire l’objet d’une pêche quantitative. Cette pêche est impossible par exemple s’il existe un grand nombre d’affouillements profonds, des accumulations importantes de bois mort ou des herbiers aquatiques denses.

Si un relevé s’avère possible, la seconde étape consiste à délimiter un tronçon d’étude représentatif, c’est-à-dire un tronçon dont le cortège d’espèces, la densité relative entre espèces et les classes d’âge sont représentatifs d’un secteur de cours d’eau de plus grande taille. Le tronçon doit donc avoir des propriétés (écomorphologie, utilisation du sol, pente, structures du fond du lit, etc.) similaires à celles du secteur que l’étude entend caractériser. Si cela n’est pas possible, il faut déterminer plusieurs tronçons d’étude ou interpréter les résultats avec prudence. L’aide de personnes connaissant bien les lieux est précieuse pour sélectionner un tronçon représentatif.

Dans le tronçon de pêche, les deux caractéristiques suivantes devraient être représentées de manière optimale : · influences anthropiques dominantes : de manière générale, il n’est pas pertinent d’examiner des tronçons soumis à des influences qui s’exercent à petite échelle et ne sont donc pas significatives pour le secteur de cours d’eau à représenter (p. ex. seuils, déversement d’eaux météoriques) ; · ichtyofaune : le tronçon à étudier doit être suffisamment éloigné de certains facteurs susceptibles d’entraîner une modification de la communauté piscicole, tels que : – des modifications du régime d’écoulement (p. ex. tronçon à débit résiduel, tronçon à éclusées, affluent plus important, débit temporaire), – des modifications de la morphologie (p. ex. saut de pente, obstacle à la migration, gorge, secteur de divagation, roche affleurante) ou de l’habitat (cf. point 4.3 ; p. ex. structures du fond du lit, types d’abri), – des modifications de la qualité de l’eau (p. ex. déversement d’eaux épurées, débit entrant, eaux stagnantes, embouchure), – des modifications de la biologie (p. ex. apparition de plantes aquatiques), – des modifications de l’espace environnant (p. ex. zone alluviale, forêt, zone agricole, zone d’habitation), – des modifications manifestes de la zone piscicole (cf. point 4.4).

La détermination du tronçon d’étude ne peut pas toujours respecter l’ensemble de ces consignes. Ainsi, la représentativité du tronçon par rapport à l’ensemble du secteur considéré est parfois difficile à garantir, en particulier pour les eaux caractérisées par des variations morphologiques fréquentes (p. ex. en zone alpine). Dans ce cas, les écarts éventuels doivent être mentionnés et justifiés, et ils doivent être pris en considération dans l’interprétation des résultats.

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4.1.2 Recommandations générales

Les recommandations générales suivantes peuvent aider à la détermination du tronçon de pêche : · les anciens relevés peuvent être pris en compte dans la détermination du tronçon d’étude pour autant qu’il s’agisse de relevés quantitatifs effectués avec une précision comparable ; · le tronçon doit être accessible sans le moindre danger. Il doit y avoir suffisamment d’espace près des rives pour installer et désinfecter les équipements et pour mesurer les poissons ; · le tronçon doit pouvoir faire l’objet d’une pêche, ce qui signifie qu’au moins 95 % de la surface mouillée doit être accessible avec l’→ anode ; · le tronçon doit être déterminé de telle sorte que son extrémité supérieure puisse être barrée ou qu’elle soit matérialisée par un obstacle à la migration ; · les extrémités supérieure et inférieure du tronçon de pêche doivent être localisées (coordonnées) et, dans l’idéal, signalées sur la rive de manière à pouvoir être retrouvées les années suivantes.

4.1.3 Longueur et largeur

On admet comme valeur indicative que le tronçon doit correspondre à 12 fois la largeur moyenne du fond du lit, mais doit couvrir au minimum une longueur de talweg de 100 m. Néanmoins, il importe en premier lieu que la longueur du tronçon soit fixée d’après la distribution représentative des structures du fond du lit et des structures de couverture (cf. point 4.3).

Pour calculer la surface pêchée, il faut multiplier la largeur moyenne du lit mouillé par la longueur du tronçon pêché. La largeur moyenne du lit mouillé s’obtient en mesurant au moins dix profils en travers répartis de façon équidistante le long du tronçon de pêche. Les zones à sec (bancs, îlots) ne sont pas prises en compte dans la largeur du lit mouillé, contrairement aux rives affouillées.

4.2 Coordination avec les mesures de repeuplement

La pertinence du relevé suppose une coordination préalable avec les mesures de repeuplement prévues. L’idéal serait de renoncer totalement à un repeuplement ou, pour le moins, de renoncer à un repeuplement à tous les stades de vie pendant l’année du relevé. Si cela n’est pas possible, le repeuplement ne peut avoir lieu qu’après le relevé, ou bien les poissons déversés doivent être reconnaissables grâce à une marque extérieure. Il faut par ailleurs renoncer à un repeuplement avec des œufs pendant l’automne qui précède l’année du relevé. Le périmètre dans lequel doit se faire la coordination avec le repeuplement obéit aux critères de l’Observation nationale de la qualité des eaux de surface NAWA. Il doit être délimité comme suit : · en amont du tronçon de pêche : – cours d’eau à étudier : au moins 5 km vers l’amont, – affluent : au moins 5 km vers l’amont (y c. la partie dans le cours d’eau à étudier) ; · en aval du tronçon de pêche : – cours d’eau à étudier : au moins 1,5 km vers l’aval, – affluent (pertinent uniquement si l’affluent débouche dans les 500 m en aval du tronçon de pêche) : au moins 5 km vers l’aval (y c. la partie dans le cours d’eau à étudier).

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4.3 Caractérisation des habitats

Les paramètres qui caractérisent l’habitat aquatique du tronçon de pêche sont la diversité, la fréquence et la surface des structures du fond du lit, ainsi que la surface des abris pour poissons (cf. Tableau 2). Comme le peuplement pisciaire réagit directement à la morphologie du cours d’eau, ces données peuvent fournir des indications sur les causes possibles des éventuels déficits observés dans le peuplement.

Tableau 2 Recensement des habitats La proportion des différents types de structure du fond du lit par rapport à la surface mouillée (pêchée) totale est estimée visuellement, une précision de 10 % étant suffisante. Les surfaces des bancs à sec et des abris pour poissons sont estimées avec une précision de 1 m2. Si le relevé des poissons s’effectue dans le cadre d’un contrôle des effets des revitalisations conforme aux instructions de la Confédération, les structures du fond du lit et les abris sont cartographiés sur la base du jeu d’indicateurs 1 « Diversité des habitats »8.

Habitat Description Surface Type de structure (estimation de la proportion par rapport à la surface mouillée totale) 100 % Fosse Forme d’érosion locale dans le fond du lit, formée par des courants secondaires et/ou des tourbillons % Chenal Tronçon du lit allongé, profond et avec un écoulement lent ; petit ratio entre la largeur du lit mouillé et la % profondeur d’écoulement (< 10:1) Plat Tronçon du lit large, plat, avec un écoulement lent, possédant une pente longitudinale faible ; grand ratio % entre la largeur du lit mouillé et la profondeur d’écoulement (> 10:1) Radier Tronçon du lit pentu, avec un écoulement rapide, possédant une pente longitudinale importante % Écoulement Zone mouillée, mais sans écoulement en période de débit faible (« impasse ») % secondaire Eaux peu Zone très peu profonde et de faible courant, située typiquement le long de la rive ou d’un banc % profondes Seuil Naturel ou artificiel ; provoque une chute se terminant par une mouille. Le seuil commence en amont de % celui-ci, c.-à-d. où le débit est accéléré vers la chute, et se termine là où le jet d’eau plonge dans l’eau en aval du seuil. S’ensuit alors la mouille. Mouille Affouillement (creusement) important en aval d’un seuil % Fond du lit Structure localement aménagée (p. ex. revêtement du fond), qui n’est pas relevée comme seuil % aménagé Autres structures (estimation de la surface) Banc Dépôt local de sédiment, non submergé en période de débit faible, au milieu du cours d’eau ou le long m2 de la rive Abri Différents types d’abri m2

8 D’après : OFEV (éd.), 2019 : Jeu d’indicateurs 1 – Diversité des habitats. Le relevé doit toujours se conformer à la dernière version de l’indicateur.

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4.4 Zonation piscicole

La zone piscicole est, avec le bassin versant, la base permettant de déduire la composition en espèces attendue. Par ailleurs, c’est elle qui exerce la plus grande influence sur les densités et les → biomasses attendues pour les différentes espèces. Les sections ci-dessous expliquent comment sont relevés les critères nécessaires à la détermination de la zone piscicole, à savoir la largeur moyenne du lit mouillé, la pente moyenne, l’altitude moyenne et la température moyenne de l’eau pendant le mois le plus chaud de l’année. La façon dont la zone piscicole est calculée à partir de ces critères est détaillée sous 5.1.2.

4.4.1 Largeur

Pour déterminer la zone piscicole, il faut, dans l’idéal, utiliser la largeur mouillée du cours d’eau dans son état naturel exempt d’influences anthropiques. Or cette situation est rarement donnée, faute d’un tronçon de référence naturel ou d’une source d’information pertinente (p. ex. anciennes photos, cartes ou peintures). Dans ce cas, la largeur naturelle du lit mouillé doit être estimée au mieux. Dans les secteurs de cours d’eau fortement dégradés et non naturels, la largeur mouillée peut occuper toute la largeur du fond du lit. Elle est alors souvent beaucoup plus petite qu’elle ne le serait à l’état naturel.

4.4.2 Pente

La pente est utilisée comme mesure de la vitesse d’écoulement moyenne. Dans l’idéal, il faut se référer à la pente du cours d’eau dans son état naturel exempt d’influences anthropiques. Dans un secteur dégradé, la pente calculée est généralement plus grande que la pente naturelle, si bien qu’elle ne peut pas être utilisée. La pente naturelle doit donc être estimée, si possible sur la base de cartes historiques.

La pente longitudinale moyenne se calcule sur un tronçon d’environ 1 km (500 m en amont et en aval du milieu du tronçon de pêche). Si le tronçon d’étude présente ponctuellement un saut de pente naturel relativement important (p. ex. une chute d’eau) dans un secteur par ailleurs plutôt plat, la différence de hauteur de la chute n’est pas prise en compte. Si le tronçon de pêche se trouve dans un secteur de cours d’eau avec de nombreux seuils, les hauteurs de seuil sont prises en compte dans le calcul de la pente.

4.4.3 Altitude

L’élévation par rapport au niveau de la mer entre dans la définition de la zone piscicole du fait qu’elle peut influencer la distribution des espèces et leur densité (surtout dans les zones piscicoles d’altitude). L’altitude doit être déterminée au milieu du tronçon de pêche.

4.4.4 Température de l’eau

Dans un cours d’eau, la composition en espèces et les densités sont influencées de manière déterminante par le régime de température local. Attribuer une zone piscicole sans tenir compte de la température de l’eau peut donc entraîner des estimations erronées, en particulier pour les cours d’eaux alimentés par des sources limnocrènes, les émissaires des lacs et les cours d’eau des hauts plateaux alpins.

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Le calcul de la zone piscicole se base sur la moyenne mensuelle de la température de l’eau du mois le plus chaud, idéalement sur les cinq dernières années. On utilise comme référence les stations de mesure à proximité ou les données des enregistreurs de température. Si aucune série de mesures n’est disponible, la température moyenne du mois le plus chaud de l’année doit être estimée 9. Si une estimation pertinente est impossible, la zone piscicole est calculée sans tenir compte de la température de l’eau (cf. point 5.1.2.2). Dans ces cas de figure, la zone piscicole peut être ajustée manuellement après le calcul (cf. point 5.1.2.2) si celui-ci s’avère imprécis faute de données sur la température de l’eau.

4.5 Pêche

4.5.1 Capture des poissons

Le bien-être des poissons, la sécurité du personnel, la conformité des appareils de pêche électriques (art. 11, al. 3, de l’ordonnance du 24 novembre 1993 relative à la loi fédérale sur la pêche [OLFP] ; RS 923.01) et la prévention de la propagation des maladies et des néobiotes doivent être pris en compte selon les normes usuelles10. Il faut donc prévoir pour la pêche suffisamment de personnel, de matériel et de temps – en particulier pour les grands cours d’eau avec beaucoup de juvéniles. La bonne exécution des captures massives suppose avant tout un nombre suffisant de porteurs de seau, un volume de stockage suffisant et des personnes ayant une connaissance suffisante des espèces pour pouvoir trier les poissons.

Le recensement des populations se fait au moyen d’une pêche électrique quantitative, idéalement entre août et octobre. Les cours d’eau avec une population de truites sont pêchés avant la période de frai lorsque la température de l’eau est inférieure à 20 °C. Il n’est possible de déroger à ces règles que dans certains cas exceptionnels (p. ex. épaisse couche de végétation aquatique, turbidité persistante en raison de la fonte des neiges ou des glaciers, problématique spécifique). La pêche doit se faire dans des conditions environnementales favorables (p. ex. faible débit, eaux claires, température de l’air supérieure à 0 °C). Si des mesures d’entretien des eaux ont été réalisées (p. ex. fauchage des plantes aquatiques), il faut attendre au minimum deux semaines avant d’effectuer la pêche.

Le tronçon de pêche doit être fermé au moins à son extrémité supérieure (p. ex. en installant un filet ou une grille), sauf s’il existe déjà un obstacle empêchant la montaison. La largeur de maille des filets et des grilles est fixée à 10 mm maximum. Dans les cours d’eau de grande taille où la pression de l’eau est forte et dans les périodes où les détritus flottants sont nombreux (p. ex. chute de feuilles), il est possible d’utiliser des filets ou des grilles avec une largeur de maille jusqu’à 25 mm. Il est recommandé de barrer également l’extrémité inférieure du tronçon de pêche.

La pêche s’effectue en direction de l’amont. Trois passages sont généralement nécessaires pour estimer correctement les effectifs. Il est possible de renoncer au troisième passage si aucun poisson ou presque n’a été capturé lors du deuxième passage. Dans les eaux où vivent exclusivement des truites et des chabots, deux passages suffisent si le nombre de truites capturées lors du deuxième passage n’atteint pas 20 % du nombre obtenu lors du premier passage.

9 Cette estimation peut s’appuyer sur le « Rapport d’experts en vue d’un module Température pour le système modulaire gradué » (Dübendorfer, C. et al. ; 2011). Ce rapport contient des courbes de température spécifiques au type de cours d’eau, à partir desquelles il est possible d’estimer la température moyenne du mois le plus chaud.

10 Par exemple ASGP (2018) et Gerner, T. (2018)

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Il faut utiliser au moins une anode par tranche de 5 m de largeur mouillée moyenne (ou 7 m maximum). Ainsi, la largeur du cours d’eau n’est pas un facteur limitant pour la pêche si le nombre d’anodes est adapté en conséquence. Pour empêcher autant que possible la fuite des poissons vers l’aval, la pêche doit s’effectuer à la même hauteur avec toutes les anodes11. Cette consigne est particulièrement importante pour les cours d’eau dans la zone à ombres et la zone à barbeaux. Il faut utiliser des épuisettes en tissu (et pas en acier) avec des mailles fines ne dépassant pas 4 mm. Ce matériel permet de capturer des poissons à partir d’une taille de 30 mm environ.

Toutes les espèces et toutes les classes d’âge doivent être pêchées dans une mesure comparable. Cela signifie que, dès le premier passage, il faut pêcher non seulement dans les → habitats des gros poissons (comme les fosses et les abris) mais également dans ceux des petits poissons (comme les surfaces limoneuses et sablonneuses, les eaux peu profondes et le substrat grossier plein de cavités). Les grands affouillements profonds doivent être pêchés avec plusieurs anodes afin de parer à la réaction de fuite des poissons.

La pêche électrique peut causer des dégâts aux crustacés décapodes de la famille des Astacidea. En vertu de l’art. 9, al. 1, let. d, de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche (LFSP ; RS 923.0), les cantons sont tenus d’empêcher cela en tenant compte des différents intérêts en présence. C’est pourquoi la gestion des écrevisses doit être réglée avant la pêche avec le service cantonal en charge de la pêche.

4.5.2 Saisie des données sur les poissons

Les données sur les poissons sont saisies séparément pour chaque passage (cf. point 4.6), les individus de moins de 30 mm étant ignorés. Les autres poissons doivent être déterminés au niveau de l’espèce12. Si cela n’est pas possible, la procédure est la suivante : · consigner seulement le nom du genre (p. ex. Phoxinus spp. pour des vairons), notamment s’il s’agit d’espèces apparentées qui proviennent à l’origine de différentes régions du pays. On ignore généralement si ces → espèces sœurs ont des qualités différentes qui sont indicatrices d’influences anthropiques. Dans FishAssess, elles sont automatiquement enregistrées ensemble en tant que groupe d’espèces (cf. Tableau 3) ; · consigner le nom de la famille s’il s’agit de petits individus de la famille des cyprinidés qui sont impossibles à déterminer. Ces poissons ne seront pas pris en compte dans l’évaluation. ➔ Si toute détermination est impossible, le poisson doit être enregistré avec l’attribut « espèce indéterminée » et ne sera pas pris en compte dans l’évaluation. S’il est possible d’établir de manière sûre que le poisson est typique de la station ou non typique de la station, cette information peut être enregistrée dans FishAssess ; elle sera prise en compte dans l’évaluation de l’objectif partiel 1b « Dominance relative typique de la station ».

Après la détermination de l’espèce, il y a lieu de mesurer la longueur totale 13 du poisson (à 1 mm près) ainsi que son poids (à 1 g près). Pour les captures massives de poissons d’une même espèce, la règle est la suivante : les 100 premiers poissons de moins de 10 cm sont mesurés individuellement et sont pesés individuellement ou en groupe. Pour tous les autres poissons de cette espèce, la longueur n’est pas mesurée ; les poissons sont dénombrés et pesés en groupe. Les anomalies sont consignées uniquement pour les poissons de plus de 10 cm appartenant aux espèces suivantes : anguille, chevaine, ombre de rivière, barbeau, truite et nase. Seul est pris en compte le côté du corps tourné vers le haut au moment de la mesure.

11 La pêche par bandes n’est plus pratiquée, car les poissons peuvent s’échapper par les côtés. Dans les lits ramifiés, les bras peuvent toutefois être pêchés les uns après les autres.

12 Les espèces disponibles dans FishAssess (cf. point 1.4.4) sont les espèces inscrites sur la liste actuelle de la Confédération (annexe 1 OLFP) et quelques espèces supplémentaires présentes en Suisse.

13 Longueur corporelle mesurée depuis l’extrémité de la bouche jusqu’à l’extrémité de la nageoire caudale déployée naturellement

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On distingue différentes anomalies identifiables visuellement : · parasites, · mycoses, · déformations (squelette, nageoires), · lésions de l’opercule, · pertes d’écailles sur une grande surface, · blessures (p. ex. dues à la pêche), · inflammations, · lésions oculaires (yeux exorbités, ensanglantés ou contenant des bulles de gaz), · blessures de prédateurs, · cas évidents de maladie rénale proliférative (Proliferative Kidney Disease, PKD), · autres (à définir).

Les crustacés décapodes de la famille des Astacidea doivent être consignés dans le protocole avec leur espèce et leur longueur, même si ces données ne sont pas prises en compte dans l’évaluation. La longueur à mesurer correspond à la distance entre le rostre (prolongement de la carapace en avant de la tête) et l’extrémité de l’éventail caudal.

Tableau 3 Saisie des espèces difficiles à déterminer et des espèces sœurs Espèces difficiles à déterminer ; exemple : différentes espèces de vairons sont recensées ensemble en tant que vairons et sont évaluées ensemble. Espèces sœurs différentiables ayant une niche écologique similaire ; exemple : le brochet et le brochet du sud des Alpes sont recensés séparément mais sont évalués ensemble en tant que brochets.

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Espèces sœurs différentiables ayant des niches écologiques différentes Exemple : le gardon et le pigo sont recensés séparément et évalués séparément.

Nom vernaculaire Dénomination scientifique Regroupement pour l’évaluation (genre, espèce) Nom vernaculaire Dénomination scientifique Ombre de rivière Thymallus thymallus Ombres Thymallus sp. Ombre du sud des Alpes Thymallus aeliani Chevaine Squalius cephalus Chevaines Squalius sp. Cavedano italiano Squalius squalus Truite atlantique de rivière Salmo trutta Truite atlantique de grand cours d’eau Salmo trutta Truite atlantique de mer Salmo trutta Truite atlantique lacustre Salmo trutta Truite adriatique de rivière Salmo cenerinus Truite adriatique de grand cours d’eau Salmo cenerinus Truite adriatique lacustre Salmo cenerinus Truite danubienne de rivière Salmo labrax Truites Salmo sp. Truite danubienne de grand cours d’eau Salmo labrax Truite danubienne de mer Salmo labrax Truite danubienne lacustre Salmo labrax Truite marbrée de rivière Salmo marmoratus Truite marbrée de grand cours d’eau Salmo marmoratus Truite marbrée lacustre Salmo marmoratus Truite zébrée de rivière Salmo rhodanensis Truite zébrée de grand cours d’eau Salmo rhodanensis Petite lamproie Lampetra planeri Lamproie de rivière Lampetra fluviatilis Lampetra sp. / Lamproies Lamproie marine Petromyzon marinus Petromyzon sp. Piccola lampreda Lampetra zanandreai Barbeau Barbus barbus Barbeaux Barbus sp. Barbo Barbus plebejus Barbo canino Barbus caninus Barbo canino Barbus caninus Vairon Phoxinus phoxinus Vairon du Danube Phoxinus csikii Vairons Phoxinus sp. Sanguinerola italiana Phoxinus lumaireul Vairon méditerranéen Phoxinus septimaniae Corégone Coregonus sp. Corégones Coregonus sp. Chabot Cottus sp. Chabots Cottus sp. Goujon Gobio gobio Gobio sp. / Gobio du Danube Gobio obtusirostris Goujons Romanogobio sp. Gobione italiano Romanogobio benacensis Brochet Esox lucius Brochets Esox sp. Brochet du sud des Alpes Esox cisalpinus Ablette Alburnus alburnus Ablettes Alburnus sp. Alborella Alburnus arborella Grande alose Alosa alosa Agone Alosa agone Aloses Alosa sp. Cheppia Alosa fallax Nase Chondrostoma nasus Nases Chondrostoma sp. Savetta Chondrostoma soetta Soiffe, sofie Parachondrostoma toxostoma Sofies Parachondrostoma toxostoma Gardon Rutilus rutilus Gardon Rutilus rutilus Pigo Rutilus pigus Pigo Rutilus pigus Triotto Rutilus aula Triotto Rutilus aula Rotengle Scardinius erythrophthalmus Rotengles Scardinius sp. Scardola italiana Scardinius hesperidicus Loche de rivière Cobitis taenia

Cobite italiano Cobitis bilineata Loches de rivière Cobitis sp. / Sabanejewia sp. Cobite mascherato Sabanejewia larvata Blageon Telestes souffia Blageons Telestes sp. Strigione Telestes muticellus

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4.6 Protocoles de terrain et traitement des données

Les protocoles de terrain pour la saisie des données de pêche sont disponibles à l’annexe A1 et sont mis à disposition en version électronique sous https://modul-stufen-konzept.ch/fr/poissons/. Le stockage numérique de toutes les données collectées sur le terrain ainsi que leur analyse s’effectuent via l’application Excel « FishAssess », disponible elle aussi sous le lien ci-dessus.

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5 Analyse et évaluation

Ce chapitre décrit la méthode permettant d’analyser les données de terrain et d’apprécier l’état écologique des cours d’eau. Toutes les opérations sont effectuées dans FishAssess de manière semi-automatique, selon l’ordre suivant : 1. saisie des données caractérisant le tronçon de pêche, par exemple la largeur du lit mouillé (cf. point 4.1) ; 2. saisie des données de pêche (cf. point 4.5) ; 3. attribution d’un grand bassin versant au cours d’eau à étudier (cf. point 5.1.1) ; 4. calcul de la zone piscicole (cf. point 5.1.2) ; 5. définition du cortège d’espèces attendu (cf. point 5.2.1) ; 6. évaluation : a) cortège d’espèces et dominance relative (cf. point 5.2), b) → densités de peuplement et biomasses : possibilité d’apporter des corrections aux valeurs attendues si elles sont justifiées (cf. point 5.3), c) structure des populations : appréciation du diagramme de fréquence des tailles caractéristique de l’espèce (cf. point 5.4), d) appréciation des anomalies (cf. point 5.5), e) vérification des évaluations des objectifs partiels et des sous-objectifs et de l’évaluation globale.

Toutes ces opérations doivent être réalisées par des spécialistes connaissant bien les lieux. À l’annexe A 2, des exemples de cas aident à mieux comprendre les différentes étapes de travail. À l’annexe A 4, un guide pratique récapitule les principaux points à traiter.

5.1 Détermination du type de cours d’eau

L’appréciation de l’état écologique des cours d’eau sur la base de leur peuplement pisciaire repose sur une comparaison entre le peuplement observé et le peuplement attendu dans des conditions proches de l’état naturel. Pour préciser les paramètres du peuplement attendu, il faut leur attribuer des valeurs attendues déduites du type de cours d’eau. La première étape pour déterminer le type de cours d’eau consiste à attribuer un grand bassin versant au cours d’eau à étudier, cette donnée étant importante pour la définition de la composition en espèces attendue. Il faut ensuite déterminer la zone piscicole ; à cette zone sont associées des valeurs attendues caractéristiques des espèces (cf. Tableau 6) qui sont nécessaires pour l’évaluation des sous-objectifs « 1 : Composition en espèces typique de la station », « 2 : Densités et biomasses typiques de la station » et « 3 : Structure des populations typique de la station ».

5.1.1 Grand bassin versant

L’attribution à un grand bassin versant 14 permet de déterminer quelles espèces pourraient en principe être présentes dans le cours d’eau étudié s’il était d’aspect naturel (cf. Figure 3). La proposition automatisée dans FishAssess correspond à un cortège d’espèces théoriquement possible. La plausibilité de cette proposition doit être vérifiée en vue de déterminer le cortège d’espèces attendu (cf. point 5.2.1).

14 Bassins versants naturels selon l’annexe 1 OLFP

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Figure 3 Grands bassins versants suisses selon l’OLFP La figure s’inspire de l’édition 2019 du jeu de données de l’OFEV « Bassins versants topographiques des eaux suisses ». Les bassins versants partiels ont été regroupés par bassin fluvial. Dans l’OLFP, les bassins versants de l’Adda, de l’Olona et de l’Adige ne sont pas mentionnés séparément, mais sont compris sous « Tessin ». Copyright des données de base : Swisstopo / OFEV.

5.1.2 Calcul de la zone piscicole

La zone piscicole est calculée à partir des quatre critères que sont la largeur, la pente, l’altitude et la température de l’eau. La façon de relever ces critères est décrite sous 4.4.

5.1.2.1 Principe

La composition du peuplement pisciaire évolue de l’amont vers l’aval du cours d’eau en fonction des conditions environnementales dominantes. Ces conditions influencent la présence des espèces typiques qui caractérisent la division du cours d’eau en zones piscicoles. Comme il n’existe aucune délimitation manifeste le long du cours d’eau, la zone piscicole à laquelle correspond le secteur étudié doit être décrite au moyen de valeurs continues comprises entre 1 (zone à truites la plus à l’amont) et 4 (zone à brèmes la plus à l’aval) (cf. Figure 4).

5.1.2.2 Calcul de la zone piscicole

FishAssess calcule automatiquement la zone piscicole à partir de quatre données collectées sur le terrain : la largeur du lit mouillé (état proche des conditions naturelles), la pente (état proche des conditions naturelles), l’altitude et la température de l’eau (cf. point 4.4). Pour chacun de ces quatre critères, une valeur comprise entre 1 et 4 est attribuée automatiquement d’après les courbes représentées sur la Figure 4. Puisque l’influence de la pente sur les poissons n’est pas la même selon la taille du cours d’eau, la courbe varie selon la largeur du cours d’eau. Les quatre valeurs sont ensuite agrégées automatiquement, selon un système de pondération tenant

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compte dans la taille du cours d’eau (cf. Tableau 4). La zone piscicole du secteur de cours d’eau à étudier correspond à la moyenne pondérée de ces quatre valeurs.

Figure 4 Calcul de la zone piscicole, d’après Huet (1949) et selon une échelle de valeurs continues comprises entre 1 et 4 (axe Y) Exemple d’interprétation (points rouges) : – largeur : pour un cours d’eau mesurant 20 m de largeur, la valeur à intégrer dans le calcul de la zone piscicole est « 2 » ; – pente : pour un cours d’eau avec une largeur de 20 m et une pente de 8 ‰, la valeur de calcul est « 1,69 » ; – altitude : pour un cours d’eau situé à 1500 m, la valeur de calcul est « 1 » ; – température de l’eau : pour un cours d’eau dont la température lors du mois le plus chaud est de 18 °C, la valeur de calcul est « 1,67 » ; – en appliquant à ces quatre valeurs le système de pondération 1 – 1 – 0 – 5 (valeurs dans l’ordre ci-dessus ; pondération correspondant aux cours d’eau de 20 m de largeur d’après le Tableau 4), on obtient la valeur de zone piscicole « 1,73 ».

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Tableau 4 Pondération des quatre critères servant au calcul de la zone piscicole Pour l’altitude et la température de l’eau, le coefficient de pondération change en fonction de la taille du cours d’eau (interpolation linéaire entre les différents coefficients de pondération définis). *L’altitude n’intervient dans la détermination de la zone piscicole que si des données sur la température de l’eau ont été fournies. Exemple d’interprétation : pour un cours d’eau de 20 m de largeur, les coefficients de pondération à appliquer sont ceux présentés sur la dernière ligne du tableau. Le calcul correct de la zone piscicole d’après les valeurs de la Figure 4 est donc : 1 × 2 (valeur de la largeur) + 1 × 1,69 (valeur de la pente) + 0 × 1 (valeur de l’altitude) + 5 × 1,67 (valeur de la température) / 7 = 1,72 (valeur de la zone piscicole).

Taille du cours d’eau Pondération Largeur Pente Altitude Température Cours d’eau de petite taille (≤ 6 m de largeur) 1 1 1* 1 Cours d’eau de taille moyenne 1 1 0 3 (> 6 m à 14 m de largeur) Cours d’eau de grande taille (> 14 m de largeur) 1 1 0 5

Comme la zone piscicole est l’une des bases les plus importantes pour l’évaluation des paramètres, il y a lieu de procéder à un examen critique de la zone piscicole calculée. En particulier lorsque la température de l’eau ne peut pas être prise en compte, des imprécisions de calcul sont possibles dans FishAssess. Si la zone piscicole calculée ne semble pas pertinente, elle doit faire l’objet d’un ajustement motivé (cf. Tableau 5).

Tableau 5 Motifs pouvant justifier un ajustement de la zone piscicole calculée par FishAssess

Type de cours d’eau Explication Eaux alimentées par des sources Le régime de température est déterminé par les eaux souterraines. La pente et la largeur à limnocrènes elles seules ne sont pas nécessairement déterminantes pour le cortège d’espèces attendu. Par conséquent, la valeur calculée pour la zone piscicole peut être trop élevée.

Émissaires des lacs Le régime de température est déterminé par l’eau du lac. La pente et la largeur à elles seules ne sont pas nécessairement déterminantes pour le cortège d’espèces attendu. Par conséquent, la valeur calculée pour la zone piscicole peut être trop basse.

Cours d’eau des hauts plateaux alpins Généralement, la pente est faible sur le tronçon étudié, mais nettement plus raide dans les environs. Le cortège d’espèces est déterminé par l’emplacement sur le cours longitudinal et par les limites locales de l’aire de répartition. Par conséquent, la valeur calculée pour la zone piscicole peut être trop élevée. Aucun des types de cours d’eau ci- Si la zone piscicole calculée sans tenir compte de la température de l’eau ne semble pas dessus, mais absence de données sur pertinente et si aucun des types de cours d’eau précités ne semble responsable de ce calcul la température de l’eau imprécis, il y a lieu de préciser pour quelle raison la zone piscicole calculée doit être ajustée (p. ex. trop forte pondération de la pente).

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5.2 Sous-objectif 1 : Composition en espèces typique de la station

L’évaluation de la composition en espèces repose sur une comparaison entre la présence et la fréquence des espèces telles qu’attendues dans des conditions proches de l’état naturel et celles effectivement observées.

L’objectif partiel « 1a : Cortège d’espèces typique de la station » (cf. point 5.2.1) permet d’établir combien d’espèces de poissons attendues dans des eaux d’aspect naturel sont effectivement présentes dans le tronçon considéré. L’objectif partiel « 1b : Dominance relative typique de la station » (cf. point 5.2.2) permet de vérifier si, parmi les poissons capturés, les espèces attendues dans des eaux d’aspect naturel sont dominantes (en termes de densité) par rapport aux espèces non attendues. Les évaluations des deux objectifs partiels sont ensuite agrégées pour obtenir l’évaluation globale du sous-objectif 1 (cf. point 5.2.3).

5.2.1 Objectif partiel 1a : Cortège d’espèces typique de la station

Principe : la communauté piscicole attendue se compose d’espèces qui diffèrent selon le grand bassin versant considéré (cf. point 5.1.1). En outre, la zone piscicole (cf. point 5.1.2) influence la composition en espèces locale, ainsi que la densité et la probabilité d’occurrence des différentes espèces.

Afin qu’il soit possible de comparer le cortège attendu avec le cortège capturé, une → classe attendue par zone piscicole a été définie pour chaque espèce (dans FishAssess, la classe attendue est abrégée sous la forme « CA » ; cf. Tableau 6). Elle exprime aussi bien la probabilité d’occurrence que la densité attendue, en rapport avec la zone piscicole. La classe attendue est une valeur comprise entre 0 et 100. La valeur « 0 » indique que l’espèce considérée n’est pas attendue ; la valeur « 100 » indique qu’elle est attendue avec une densité élevée (aire de répartition principale de l’espèce).

Tableau 6 Classe attendue (probabilité d’occurrence et densité attendue) caractéristique de l’espèce, par zone piscicole Classe attendue caractéristique de l’espèce (0 = espèce non attendue, 100 = aire de répartition principale) par zone piscicole. Les espèces indicatrices sont signalées par un fond bleu (cf. point 5.2.1). Les espèces recensées ici sont les espèces mentionnées dans l’OLFP (telles qu’elles figurent dans le Tableau 3 ci-avant), à l’exclusion des espèces pratiquement éteintes (esturgeon, grande alose) et des espèces vivant exclusivement dans les plans d’eau (omble-chevalier).

Espèce de poisson Zone piscicole Français Dénomination scientifique 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 1.7 1.8 1.9 2.0 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 3.0 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 Able de Stymphale Leucaspius delineatus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 16 24 32 40 48 56 64 73 75 78 81 84 86 89 92 95 97 100 Ablette Alburnus sp. 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 16 23 31 39 47 54 62 70 73 76 79 82 85 88 91 94 97 100 Anguille Anguilla anguilla 0 0 0 0 1 2 3 9 15 21 27 33 39 46 53 59 66 73 79 86 93 93 94 95 96 96 97 98 99 99 100 Apron, Roi du Doubs Zingel asper 0 0 0 0 0 0 0 20 40 60 80 100 97 94 92 89 86 83 81 78 75 68 60 53 45 38 30 23 15 8 0 Barbeau Barbus sp. 0 0 0 0 0 0 0 4 8 12 16 20 29 38 47 56 64 73 82 91 100 94 88 81 75 69 63 56 50 44 38 Barbeau canino Barbus caninus 0 0 0 0 17 33 50 60 70 80 90 100 89 78 67 56 44 33 22 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Blageon Telestes sp. 0 0 0 0 0 0 0 20 40 60 80 100 95 91 86 81 76 72 67 62 58 52 46 40 35 29 23 17 12 6 0 Blennie fluviatile Salaria fluviatilis 0 0 0 0 0 0 0 20 40 60 80 100 97 94 92 89 86 83 81 78 75 68 60 53 45 38 30 23 15 8 0 Bouvière Rhodeus amarus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 22 33 44 56 67 78 89 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 Brème bordelière Blicca bjoerkna 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 8 13 17 21 25 29 33 38 44 50 56 63 69 75 81 88 94 100 Brème franche Abramis brama 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 12 18 24 31 37 43 49 55 60 64 69 73 78 82 87 91 96 100 Brochet Esox sp. 0 0 0 0 0 0 0 4 8 12 16 20 27 34 41 48 55 62 69 76 83 84 86 88 90 91 93 95 97 98 100 Carpe Cyprinus carpio 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 18 28 37 46 55 64 73 83 84 86 88 90 91 93 95 97 98 100 Chabot Cottus gobio 80 85 90 95 100 95 90 82 74 66 58 50 46 42 38 34 31 27 23 19 15 14 12 11 9 8 6 5 3 2 0 Chevaine Squalius sp. 0 0 0 0 0 0 0 17 33 50 66 83 84 86 88 90 92 94 96 98 100 95 91 86 81 76 72 67 62 57 53 Corégone Coregonus sp. 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Épinoche Gasterosteus gymnurus 0 0 0 0 4 8 13 22 31 40 49 58 62 67 72 76 81 86 91 95 100 97 95 92 90 88 85 83 80 78 75

Gardon Rutilus rutilus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 15 23 30 38 45 53 60 68 71 74 77 81 84 87 90 94 97 100 Ghiozzo Padogobius bonelli 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 100 100 100 Goujon Gobio sp. 0 0 0 0 0 0 0 17 33 50 66 83 84 86 88 90 92 94 96 98 100 95 91 86 81 76 72 67 62 57 53 Grémille Gymnocephalus cernua 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 6 8 11 14 17 19 22 25 33 40 48 55 63 70 78 85 93 100 Lamproie Lampetra sp. 0 0 0 0 31 62 93 93 100 100 93 93 83 74 64 55 45 36 26 17 8 7 6 5 5 4 3 2 2 1 0 Loche d'étang Misgurnus fossilis 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 14 22 29 36 43 51 58 65 69 72 76 79 83 86 90 93 97 100 Loche de rivière Cobitis sp. 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 22 33 44 56 67 78 89 100 97 93 90 86 83 79 76 72 69 65 Méthodes d’analyse et d’appréciation des cours d’eau en Suisse © OFEV 2024

Loche franche Barbatula barbatula 0 0 0 0 16 32 48 54 61 67 74 80 84 88 92 96 100 96 91 87 83 74 66 58 50 41 33 25 17 8 0 Lotte Lota lota 0 0 0 0 3 7 10 23 35 48 60 73 76 79 82 85 88 91 94 97 100 95 89 84 78 73 67 62 56 51 45 Nase Chondrostoma sp. 0 0 0 0 0 0 0 9 18 27 36 45 52 59 66 73 79 86 93 100 93 83 74 65 56 46 37 28 19 9 0 Ombre Thymallus sp. 0 0 0 0 11 22 33 46 60 73 87 100 92 83 75 67 58 50 42 33 25 23 20 18 15 13 10 8 5 3 0 Perche Parca fluviatilis 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 14 22 29 36 43 51 58 65 69 72 76 79 83 86 90 93 97 100 Pigo Rutilus pigus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 100 100 100 Rotengle Scardinius sp. 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 6 9 12 15 18 21 24 28 35 42 49 57 64 71 78 86 93 100 Saumon atlantique Salmo salar 0 0 0 13 25 38 50 60 70 80 90 100 100 89 78 67 56 45 34 23 13 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Silure glâne Silurus glanis 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 2 2 2 3 12 22 32 42 51 61 71 81 90 100 Soiffe, Sofie Parachondrostoma taxostoma 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 17 25 33 42 50 63 75 88 100 86 71 57 43 29 14 0 0 0 0 Spirlin Alburnoides bipunctatus 0 0 0 0 0 0 0 12 23 35 46 58 62 67 72 76 81 86 91 95 100 90 80 70 60 50 40 30 20 10 0 Tanche Tinca tinca 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 51 56 62 67 73 78 84 89 95 100 Triotto Rutilus aula 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 100 100 100 Truite Salmo Trutta sp. 80 85 90 95 100 100 100 89 78 67 56 45 40 35 30 25 20 15 10 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Vairon Phoxinus sp. 0 0 0 0 18 35 53 64 76 88 100 93 84 76 68 59 51 43 34 26 18 16 14 12 11 9 7 5 4 2 0 Vandoise Leuciscus leuciscus 0 0 0 0 0 0 0 10 20 30 40 50 56 61 67 72 78 83 89 94 100 96 92 87 83 79 75 70 66 62 58 Tous les néozoaires - 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0

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Procédure : pour l’évaluation de l’objectif partiel 1a, FishAssess génère deux listes : celle des espèces capturées pendant la pêche et celle des espèces supplémentaires attendues d’après la zone piscicole calculée. Comme le cortège d’espèces proposé est généralement plus vaste que celui effectivement attendu, il faut vérifier si la proposition d’espèces supplémentaires attendues est plausible et reporter cette proposition, après ajustement, dans une troisième liste encore vide. Il convient de noter que des facteurs tels que la concurrence entre espèces, l’isolement d’un cours d’eau ou sa taille peuvent influencer le cortège d’espèces attendu. Par exemple, pour les petits cours d’eau de la zone à ombres, à barbeaux et à brèmes, le nombre d’espèces théoriquement présentes doit être sélectionné avec une certaine retenue, car les petits cours d’eau peuvent naturellement abriter moins d’espèces que le nombre attendu d’après la zone piscicole. Dans certains cas particuliers (p. ex. proximité avec un cours d’eau riche en espèces), on peut toutefois s’attendre à trouver un vaste cortège d’espèces dans un petit cours d’eau. Concernant les espèces sœurs, la prudence est de mise : en principe, ces espèces doivent être saisies et regroupées de la façon indiquée dans le Tableau 3.

Afin qu’il soit possible de définir le cortège d’espèces typique de la station, l’utilisateur de FishAssess doit ensuite indiquer, pour chaque espèce capturée, si elle est typique de la station ou non typique de la station. Pour toutes les espèces typiques de la station (aussi bien les espèces capturées que les espèces supplémentaires attendues), il doit ensuite préciser si leur présence est → obligatoirement attendue ou → pas obligatoirement attendue (voir l’exemple du Dorfbach à l’annexe A 2.1). Enfin, les classes attendues (propres à la zone piscicole ; cf. Tableau 6) de toutes les espèces attendues sont additionnées automatiquement par FishAssess pour obtenir une valeur attendue globale (commune à toutes les espèces). En procédant de la même façon avec les espèces capturées, on obtient non plus une valeur attendue mais une → valeur observée. Pour ces différents calculs, FishAssess applique automatiquement les pondérations suivantes (voir les exemples détaillés à l’annexe A 2) :

· → espèces indicatrices (sur fond bleu dans le Tableau 6) : particulièrement sensibles aux influences anthropiques, les espèces indicatrices jouent un rôle important dans l’appréciation des cours d’eau. À ce titre, leur classe attendue se voit attribuer un coefficient de pondération de 2 (dans FishAssess, les espèces indicatrices sont désignées par l’abréviation « EI » et la classe attendue pondérée est abrégée sous la forme « CAp ») ; · espèces obligatoirement attendues : espèces typiques de la station qui, dans des eaux d’aspect naturel, sont forcément présentes dans le tronçon pêché. Leur classe attendue se voit attribuer un coefficient de pondération de 1 ; · espèces pas obligatoirement attendues : espèces typiques de la station qu’on s’attendrait à trouver dans le tronçon pêché, mais qui pourraient aussi ne pas être présentes naturellement dans certaines situations. Il s’agit avant tout d’espèces vivant dans les eaux proches des lacs, pour lesquelles aucune présence avérée n’est attestée avec des densités significatives, et d’espèces migratrices dont la présence n’est que saisonnière ; il peut aussi s’agir d’espèces dont la présence est incertaine pour d’autres raisons. Leur classe attendue se voit attribuer un coefficient de pondération de 0,5 (possible également pour des espèces indicatrices) ; · → espèces non typiques de la station : espèces qui ne sont pas indigènes en Suisse ou qui ne sont pas indigènes dans un bassin versant spécifique, un cours d’eau ou un secteur de cours d’eau. Elles ont été introduites à ces endroits grâce à l’intervention directe de l’homme et ne font donc pas partie du cortège d’espèces attendu. Leur classe attendue se voit attribuer un coefficient de pondération de 0, ce qui signifie qu’elles ne sont pas prises en compte dans l’objectif partiel 1a. En revanche, ces espèces sont importantes pour le calcul de l’objectif partiel 1b.

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Évaluation : pour évaluer le rapport entre la valeur observée (somme des classes attendues pondérées des espèces capturées) et la valeur attendue (somme des classes attendues pondérées des espèces attendues), FishAssess applique automatiquement une fonction d’évaluation (cf. Figure 5). Avec cette fonction, l’absence d’espèces typiques de la station est rapidement mise en évidence dans l’évaluation, en particulier pour les cours d’eau dont les communautés piscicoles sont pauvres en espèces. La partie droite (pentue) de la courbe est très sensible aux écarts par rapport au cortège d’espèces attendu. Bien que la partie gauche soit plus plate et donc moins sensible, elle permet de mettre en évidence des améliorations de la situation même lorsque les valeurs calculées sont très petites. Cela est particulièrement utile pour les cours d’eau riches en espèces qui sont en très mauvais état.

Figure 5 Fonction d’évaluation pour le cortège d’espèces Expression de la valeur calculée (rapport entre la valeur observée et la valeur attendue) sur une échelle de notation continue allant de 0 (mauvais) à 1 (très bon) et mise en correspondance avec l’une des cinq classes d’état du SMG (sections colorées sur les axes du graphique).

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5.2.2 Objectif partiel 1b : Dominance relative typique de la station

Principe : dans un cours d’eau proche de l’état naturel, les espèces typiques de la station devraient être dominantes dans le peuplement pisciaire et les espèces non typiques de la station devraient, tout au plus, être présentes avec de faibles densités. L’objectif partiel 1b évalue la densité relative observée entre les espèces typiques de la station et les espèces non typiques de la station. L’évaluation est basée sur le nombre d’individus capturés par espèce.

Procédure : le cortège d’espèces attendu (cf. point 5.2.1) indique quelles espèces sont typiques de la station. FishAssess additionne automatiquement les densités de peuplement des espèces typiques de la station et calcule la part qu’elles représentent dans l’ensemble de la capture (voir les exemples détaillés à l’annexe A 2).

Évaluation : pour évaluer la proportion d’espèces typiques de la station dans l’ensemble de la capture, sur la base des densités de peuplement, FishAssess applique une fonction d’évaluation (cf. Figure 6). Si la présence d’espèces non typiques de la station se limite à quelques individus ou se caractérise par une faible densité, le paramètre est évalué positivement (« bon »). Si les densités sont plus élevées, la courbe de la fonction d’évaluation se met à grimper fortement, car les espèces non typiques de la station ne sont que très rarement dominantes dans le peuplement pisciaire.

5.2.3 Agrégation des évaluations des objectifs partiels 1a et 1b

L’agrégation des évaluations des deux objectifs partiels se fait selon le principe du malus. Cela signifie que l’évaluation du sous-objectif 1 correspond généralement à celle de l’objectif partiel 1a. L’évaluation de l’objectif partiel 1b n’est prise en compte que si elle est moins bonne que celle de l’objectif partiel 1a. Dans ce cas, l’évaluation du sous-objectif 1 équivaut à la moyenne des évaluations des deux objectifs partiels.

Figure 6 Fonction d’évaluation pour la dominance relative Expression de la valeur calculée (rapport entre les poissons capturés appartenant à des espèces typiques de la station et l’ensemble des poissons capturés) sur une échelle de notation continue allant de 0 (mauvais) à 1 (très bon) et mise en correspondance avec l’une des cinq classes d’état du SMG (sections colorées sur les axes du graphique).

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5.3 Sous-objectif 2 : Densités et biomasses typiques de la station

Principe : l’évaluation des densités typiques de la station concerne toutes les espèces capturées. Pour les densités de peuplement (nombre de poissons par hectare ; objectif partiel 2a) et pour les biomasses (kilogrammes de poissons par hectare ; objectif partiel 2b), elle consiste à comparer les résultats attendus dans des eaux d’aspect naturel avec les résultats effectivement observés.

Le principe est le même pour les deux objectifs partiels.

Dans FishAssess, les classes attendues par zone piscicole caractéristiques de l’espèce (cf. Tableau 6) sont assorties de valeurs attendues pour les densités de peuplement et les biomasses (cf. annexe A 3) ; il s’agit des valeurs attendues dans des eaux d’aspect naturel. Les densités attendues sont plus élevées à mesure que les classes attendues augmentent.

Au moyen du tableau présenté à l’annexe A 3, la densité observée pour chaque espèce capturée est convertie en une → classe observée (« CO » dans FishAssess). Cette classe observée est ensuite comparée avec la classe attendue (voir l’exemple d’interprétation dans le Tableau 7). Si la classe observée est inférieure à la classe attendue, FishAssess dégrade l’évaluation (réduction du score).

Lorsqu’un tronçon d’étude n’est pas situé dans l’aire de répartition principale d’une espèce (classe attendue inférieure à 50), une trop forte densité influence négativement l’évaluation pour les espèces non indicatrices. Cela se justifie par le fait qu’une très forte densité d’espèces non indicatrices en dehors de leur aire de répartition principale peut être le signe de déficits dans l’état écologique du cours d’eau.

Pour le calcul du sous-objectif 2, seules sont prises en compte les espèces capturées. Les espèces attendues qui n’ont pas été capturées sont prises en compte dans le sous-objectif 1.

Procédure : pour toutes les espèces typiques de la station qui ont été capturées, FishAssess procède à une estimation automatisée des effectifs. Le calcul se fonde sur la diminution du nombre de captures entre les différents passages 15. Si le calcul à la base de l’estimation n’est pas applicable, FishAssess utilise les nombres réels de poissons capturés, ce qui signifie que les nombres de captures par espèce saisis pour chaque passage sont additionnés entre eux. Si la probabilité de capture d’une espèce est inférieure à 20 % sur l’ensemble des passages, FishAssess utilise là aussi les nombres réels de poissons capturés.

Sur la base de l’estimation des effectifs, FishAssess calcule automatiquement les densités de peuplement et les biomasses, puis attribue aux valeurs observées les classes observées correspondantes (cf. Tableau 7). L’évaluation résulte des différences observées entre les classes observées et les classes attendues (cf. paragraphe suivant et exemple d’interprétation du Tableau 7 ; voir aussi les exemples à l’annexe A 2).

Évaluation : FishAssess commence par calculer pour chaque espèce la différence entre la classe observée et la classe attendue. Les différences calculées pour toutes les espèces sont ensuite additionnées, puis le résultat

15 Carle, F. L. et Strub, M. R. (1978)

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est divisé par le nombre de classes attendues16. Il en résulte une différence relative. L’évaluation est égale à « 1 » moins la différence relative. Enfin, une fonction d’évaluation convertit la valeur calculée en un score (cf. Figure 7).

Tableau 7 Exemple : valeurs attendues pour les densités de peuplement de la truite et du chevaine Toutes les étapes décrites ici s’exécutent automatiquement dans FishAssess. Pour chaque espèce de poissons, une classe attendue est d’abord déduite de la zone piscicole conformément au tableau 6 (pour chaque espèce et classe attendue, les plages de densité attendues dans un cours d’eau d’aspect naturel ont été définies). Pour déterminer la classe observée d’une espèce, la densité observée est recherchée dans le tableau, puis la classe observée correspondante lui est attribuée. Pour l’évaluation, FishAssess compare ensuite les classes observées et les classes attendues. Les valeurs de densité et de biomasse indiquées dans le tableau 7 pour les différentes classes se chevauchent. Pour déterminer la classe observée, FishAssess choisit toujours la plus grande classe observée possible. Exemple d’interprétation : dans cet exemple, l’espèce indicatrice « truite » s’est vu attribuer la classe attendue « 70 », ce qui signifie qu’au moins 1800 individus sont attendus. Or 2500 individus ont été capturés. Comme une espèce indicatrice ne peut jamais être « trop » fréquente (pas de limite supérieure), FishAssess n’applique aucune réduction de score pour la truite. Le chevaine s’est vu attribuer la classe attendue « 30 », ce qui signifie que le nombre d’individus attendus est compris entre 336 et 672. Or seuls 200 individus ont été capturés, ce qui correspond à la classe observée « 15 » (FishAssess choisit toujours la plus grande classe observée possible). Il existe donc une différence de 15 entre la classe observée et la classe attendue. Comme le chevaine n’est pas une espèce indicatrice et comme le cours d’eau (dans cet exemple) se situe en dehors de son aire de répartition principale (classe attendue < 50), FishAssess pourrait appliquer une réduction de score si la densité de chevaines était trop élevée. Si la pêche avait permis de capturer 1050 chevaines par exemple, la limite supérieure de la classe attendue « 30 » (soit 672 individus) aurait été dépassée et FishAssess aurait dû appliquer une réduction à l’évaluation. Puisque 1050 chevaines correspondent à la classe observée « 70 », la déduction aurait correspondu à la différence entre la classe observée et la classe attendue, soit

Classe Espèce attendue / 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100 classe observée limite inf. [n/ha] 0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1200 1400 1600 1800 2000 2400 2800 3200 3600 4000 Truite limite sup. [n/ha] INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF

limite inf. [n/ha] 0 56 112 168 224 280 336 392 448 504 560 672 784 896 1008 1120 1344 1568 1792 2016 2240 Chevaine limite sup. [n/ha] 56 112 224 336 448 560 672 784 896 1008 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF

Les densités attendues telles qu’elles ont été définies dans FishAssess pour l’état proche des conditions naturelles peuvent être atteintes par toutes les espèces de poissons dans les cours d’eau suisses ; dans les eaux d’aspect naturel, elles peuvent même souvent être dépassées. Il existe toutefois des types de cours d’eau dans lesquels les densités attendues sont naturellement moins importantes, par exemple en zone alpine. Pour ces types d’eau, il est possible de corriger les valeurs attendues (cf. Tableau 8 ; voir aussi l’exemple de la Maggia à l’annexe A 2.2). Toutefois, l’utilisateur ne doit procéder à des ajustements que s’il est suffisamment familier du cours d’eau considéré et s’il connaît des cours d’eau comparables qui se trouvent dans un très bon état. Il doit justifier chacune des corrections apportées aux valeurs attendues (cf. Tableau 9). Toutes les corrections doivent

16 Si les densités d’espèces non indicatrices en dehors de leur aire de répartition principale sont trop élevées, ce n’est pas la classe attendue que FishAssess utilise pour l’addition des classes attendues, mais la différence entre la classe observée et la classe attendue, si cette différence est plus grande que la valeur de la classe attendue. Ainsi, dans l’exemple d’interprétation du tableau 7, FishAssess ne prend pas en compte la classe attendue « 30 » qui correspond à 1050 chevaines, mais la différence entre la classe observée et la classe attendue, soit 70 – 30 = 40. Cette procédure s’exécute automatiquement dans FishAssess.

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être saisies au niveau de l’espèce ; il s’agit d’indications exprimées en nombre d’individus par hectare (n/ha). FishAssess conserve la trace des corrections apportées et des changements qui en résultent.

Tableau 8 Recommandations pour la correction des densités de peuplement et des biomasses attendues Dans certaines situations, les densités attendues telles qu’elles ont été définies dans FishAssess peuvent être trop élevées. Les facteurs de correction ci-dessous, qui font office de recommandations, ont été déterminés sur la base du jeu de données test. Ils peuvent être adaptés par les utilisateurs en fonction de la situation considérée. Dans FishAssess, les facteurs de correction peuvent être multipliés par les valeurs attendues calculées (n/ha).

Critère Situation ou valeur Espèce Facteur de correction Altitude Étage subalpin (env. 1500 à 2500 m d’altitude) Truite 0,33 Étage collinéen (env. 300 à 700 m d’altitude) Chabot 0,33 Étage subalpin (env. 1500 à 2500 m d’altitude) Chabot 0,33 Étage montagnard (env. 700 à 1500 m d’altitude) Blageon 0,5 Région biogéographique Versant nord des Alpes Truite 0,75 Versant sud des Alpes Truite 0,5 Alpes centrales orientales Truite 0,33 Versant nord des Alpes Chabot 0,33 Versant sud des Alpes Chabot 0,2 Plateau Vairon 0,25 Plateau Petite lamproie 0,25 Plateau Loche franche 0,33 Débit > 1 m3/s (MQ) Truite 0,5

Tableau 9 Motifs pouvant justifier un ajustement des densités de peuplement et des biomasses attendues

Motif Explication Altitude Les cours d’eau situés en altitude ont tendance à être moins productifs et peuvent donc présenter des densités plus faibles. Taille du cours d’eau Selon l’espèce de poissons, des cours d’eau plus grands ou plus petits peuvent être moins productifs et donc présenter des densités plus faibles. Région biogéographique Les cours d’eau situés dans l’espace alpin et préalpin ont tendance à être moins productifs et peuvent donc présenter des densités plus faibles. Espèces migratrices Si tous les habitats d’une espèce migratrice ne sont pas présents dans le tronçon de pêche, il faut s’attendre à des densités plus faibles en termes de biomasse (manque de poissons adultes) ou de peuplement (manque de juvéniles). Grande diversité des Lorsqu’un cours d’eau est occupé par de très nombreuses espèces, les densités des différentes espèces espèces peuvent être plus faibles que dans les cours d’eau où vivent moins d’espèces.

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Figure 7 Fonction d’évaluation pour la densité de peuplement et la biomasse Expression de la valeur calculée (écart entre la somme des classes observées et la somme des classes attendues) sur une échelle de notation continue allant de 0 (mauvais) à 1 (très bon) et mise en correspondance avec l’une des cinq classes d’état du SMG (sections colorées sur les axes du graphique). La fonction d’évaluation est la même pour les deux objectifs partiels.

L’évaluation du sous-objectif 2 équivaut à la moyenne des scores des deux objectifs partiels « 2a : Densités typiques de la station » et « 2b : Biomasses typiques de la station ». Les deux objectifs partiels décrivent des densités relatives, qui peuvent varier naturellement. Par exemple, si un grand nombre de → juvéniles ont été emportés par une crue, la densité de peuplement diminue sensiblement tandis que la biomasse ne diminue que faiblement. C’est pour cette raison que FishAssess applique une méthode d’agrégation qui permet une certaine compensation par l’autre objectif partiel.

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5.4 Sous-objectif 3 : Structure des populations typique de la station

Principe : l’évaluation de la structure des populations se fonde sur la présence et la fréquence des différentes classes d’âge. Elle se fait au moyen d’un diagramme de fréquence des tailles. Cette évaluation concerne uniquement les espèces indicatrices, car ce sont les espèces chez lesquelles les influences humaines se manifestent le plus facilement par des changements dans le diagramme de fréquence des tailles. Seules sont évaluées les espèces capturées dont la présence devrait être fréquente dans des conditions naturelles (→ classe attendue > 50 ; cf. Tableau 6). Pour les espèces dont la fréquence attendue est moindre, l’interprétation du diagramme n’est généralement pas pertinente, car toutes les classes d’âge ne sont pas obligatoirement attendues.

Sur le diagramme de fréquence des tailles, les classes d’âge « poissons 0+ » et « autres poissons juvéniles » sont généralement délimitées entre elles par un espace en creux (cf. Figure 8). Cet espace est particulièrement marqué chez les espèces de grande taille. Normalement, la fréquence diminue en allant des individus les plus petits ou jeunes vers les individus les plus grands ou âgés. Souvent, la délimitation entre les → adultes et les juvéniles n’est pas aussi claire ; pour délimiter les adultes des autres classes d’âge, des connaissances locales sont indispensables et il faudrait, dans l’idéal, mener des investigations supplémentaires (p. ex. au niveau des écailles). Comme les poissons ne grandissent pas à la même vitesse dans tous les cours d’eau, les limites entre les poissons 0+, les autres juvéniles et les adultes doivent être fixées spécifiquement pour chaque cours d’eau.

En raison de leurs exigences respectives en matière d’habitat ou de leur mode de vie, toutes les classes d’âge d’une espèce ne sont pas forcément présentes ensemble au même endroit. Si un tronçon de pêche, dans son état d’aspect naturel, n’offre pas d’habitats adaptés à chacune des classes d’âge, seules doivent être évaluées les classes d’âge attendues. De même, pour les espèces de petite taille, il peut être pertinent d’évaluer uniquement les classes d’âge « autres poissons juvéniles » et « poissons adultes ».

Procédure : FishAssess liste automatiquement toutes les espèces à évaluer et génère le diagramme correspondant à chacune. Chaque espèce est évaluée séparément. Les trois classes d’âge sont d’abord délimitées visuellement sur le diagramme de fréquence des tailles (cf. Figure 8), puis la présence de chaque classe d’âge est évaluée séparément. Pour cela, FishAssess évalue le nombre effectif de captures par classe d’âge ainsi que la densité relative par rapport aux autres classes d’âge, et il attribue en conséquence un nombre de points d’évaluation prédéfini (cf. Tableau 10 ; voir les exemples détaillés à l’annexe A 2).

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Figure 8 Diagramme de fréquence des tailles caractéristique de la truite dans la Petite Glâne (FR)

Tableau 10 Aide pour l’évaluation du diagramme de fréquence des tailles Pour évaluer le diagramme de fréquence des tailles, FishAssess utilise les densités de peuplement minimales attendues (cf. annexe A 3.1). Les valeurs à la base du diagramme sont les nombres effectifs de captures. FishAssess multiplie automatiquement les densités de peuplement attendues (objectif partiel 2a) par la surface pêchée (ha), de manière à pouvoir les comparer facilement avec les nombres effectifs de captures figurant dans le diagramme. Les valeurs indiquées constituent une aide approximative ; elles ne s’appliquent pas en l’état à tous les cours d’eau ni à toutes les espèces.

Classe Points d’évaluation d’âge 0 0,25 0,5 0,75 1 Poissons absents Quelques individus : Présence faible : Présence moyenne jusqu’à Présence adéquate : 0+ < 5 % de la densité 5 à 20 % de la densité densité suffisante : > 50 % de la densité minimale attendue minimale attendue 20 à 50 % de la densité minimale attendue nettement moins de un peu moins de ET/OU nettement plus de poissons 0+ que poissons 0+ que d’autres nombre de poissons 0+ poissons 0+ que d’autres d’autres classes d’âge classes d’âge comparable ou supérieur à classes d’âge celui des autres classes d’âge Autres absents Quelques individus : Présence faible : Présence moyenne jusqu’à Présence adéquate : poissons < 2 % de la densité 2 à 5 % de la densité densité suffisante : > 15 % de la densité juvéniles minimale attendue minimale attendue 5 à 15 % de la densité minimale attendue ET/OU ET minimale attendue ET nombre d’individus nombre d’individus entre ET nombre d’individus entre nettement inférieur à celui des poissons 0+ et nombre d’individus entre celui des poissons 0+ et celui des poissons 0+ celui des poissons celui des poissons 0+ et celui des poissons adultes celui des poissons adultes adultes Poissons absents Quelques individus : Présence faible : Présence moyenne jusqu’à Présence adéquate : adultes < 1 % de la densité 1 à 2 % de la densité densité suffisante : > 5 % de la densité minimale attendue minimale attendue 2 à 5 % de la densité minimale attendue minimale attendue

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Évaluation : FishAssess calcule d’abord l’évaluation moyenne des différentes classes d’âge pour chacune des espèces, puis calcule la valeur moyenne pour toutes les espèces ensemble. Une fonction d’évaluation convertit ensuite la valeur calculée en un score (cf. Figure 9). La partie droite (pentue) de la courbe est très sensible aux écarts par rapport à la structure attendue. Pour que l’évaluation soit bonne, il faut donc que la majorité des espèces et des classes d’âge présentent une densité moyenne à élevée. Bien que la partie gauche soit plus plate et donc moins sensible, elle permet de mettre en évidence des améliorations de la situation même lorsque les valeurs calculées sont très petites.

Figure 9 Fonction d’évaluation pour la structure des populations Expression de la valeur calculée (moyenne des évaluations individuelles de la répartition de la fréquence des tailles pour les espèces capturées typiques de la station) sur une échelle de notation continue allant de 0 (mauvais) à 1 (très bon) et mise en correspondance avec l’une des cinq classes d’état du SMG (sections colorées sur les axes du graphique).

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5.5 Sous-objectif 4 : Déformations et anomalies

Principe : le sous-objectif 4 est évalué sur la base des maladies, blessures et anomalies qu’il est possible d’identifier à l’œil nu chez une sélection d’espèces. Étant donné que beaucoup de maladies ou d’autres atteintes à la santé des poissons ne sont pas visibles extérieurement, la pertinence de ce paramètre pour apprécier l’état écologique du cours d’eau et pour évaluer la santé du peuplement pisciaire est plutôt limitée. Pour cette raison, le sous-objectif 4 n’est pas pris en compte dans l’évaluation globale.

Dans certains cas, les anomalies recensées peuvent toutefois révéler des déficits dans le cours d’eau (qualité de l’eau, blessures dues à des installations, etc.). Il est donc utile de saisir approximativement la prévalence des anomalies (proportion d’individus touchés par des anomalies).

Évaluation : la prévalence des anomalies est calculée pour chaque espèce. Puisque ce paramètre n’intervient pas dans l’évaluation globale, aucune fonction d’évaluation n’a été définie pour lui. La prévalence est évaluée verbalement d’après le Tableau 11 et peut être prise en considération dans l’interprétation des résultats. En cas de prévalence élevée, des investigations plus approfondies peuvent aider à en déterminer les causes, ainsi que les conséquences pour le peuplement pisciaire.

Tableau 11 Évaluation du paramètre « anomalies » sur la base de la prévalence

Prévalence Description 0à1% Pas ou peu d’anomalies 1à5% Anomalies récurrentes >5% Anomalies fréquentes

5.6 Agrégation des scores des différents sous-objectifs

L’évaluation globale sur la base de l’indice suisse des poissons FI-CH s’obtient en agrégeant les évaluations des trois sous-objectifs « Composition en espèces typique de la station », « Densités et biomasses typiques de la station » et « Structure des populations typique de la station ». La méthode d’évaluation doit, en premier lieu, mettre en évidence les influences anthropiques locales qui s’exercent sur les eaux étudiées. Différentes méthodes d’agrégation ont été testées, et plusieurs spécialistes les ont vérifiées à l’aide d’un jeu de données test. La méthode qui a été retenue est celle dont les résultats coïncident le mieux avec les estimations des experts. Elle a été élaborée sur la base des principes suivants :

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· les sous-objectifs 1 à 3 reflètent des aspects importants du peuplement pisciaire. Le sous-objectif 4 n’est pas pris en compte dans l’évaluation globale (cf. point 5.5) ; · les paramètres des sous-objectifs 1 à 3 sont sensibles aux influences anthropiques, mais à des degrés différents. C’est pourquoi une pondération différente est attribuée à chaque sous-objectif : – sous-objectif 2 (densités et biomasses typiques de la station) : coefficient de pondération de 4. Les densités caractéristiques de l’espèce réagissent très fortement aux influences anthropiques qui s’exercent sur un cours d’eau. Elles reflètent des changements à long, moyen et court terme et sont donc indispensables pour des analyses de séries temporelles. En outre, les influences anthropiques provoquent souvent un déficit d’habitats appropriés (manque d’espace), ce qui se répercute en particulier sur les densités et/ou les biomasses caractéristiques des espèces. C’est pour cette raison que le sous-objectif 2 est le plus fortement pondéré ; – sous-objectif 1 (composition en espèces typique de la station) : coefficient de pondération de 2. Ce sousobjectif reflète des changements à long terme et réagit fortement aux influences anthropiques. Il peut aussi être influencé par des déficits qui sont extérieurs au périmètre considéré (p. ex. obstacles à la dévalaison, absence de populations sources pour des recolonisations). Dans les eaux naturellement pauvres en espèces, toutes les espèces sont souvent présentes ; cela aboutit à une bonne évaluation du cortège d’espèces, même lorsque des influences anthropiques s’exercent sur le cours d’eau. Dans ce cas, les densités de peuplement et les biomasses sont souvent peu élevées. C’est pour cette raison que le sousobjectif 1 est pondéré moins fortement que le sous-objectif 2 ; – sous-objectif 3 (structure des populations typique de la station) : coefficient de pondération de 1. La structure des populations réagit fortement aux influences anthropiques. Elle réagit également à des influences autres que les modifications anthropiques des cours d’eau, et ce plus fortement que ne le font les paramètres des sous-objectifs 1 et 2. Par exemple, une crue qui façonne le lit du cours d’eau pendant la période d’incubation des œufs ou lors des premiers stades de vie entraîne naturellement une densité plus faible de juvéniles (il

s’agit là d’un changement à court terme). De tels effets naturels ne doivent pas se refléter trop fortement dans l’évaluation. C’est pour cette raison que le sous-objectif 3 est le plus faiblement pondéré.

La première étape de l’évaluation globale consiste à calculer la moyenne des trois évaluations pondérées (agrégation additive pondérée). Dans les situations où seul l’un des trois sous-objectifs relevés dans des eaux dégradées n’est pas bien noté, l’agrégation additive simple (c’est-à-dire non pondérée) a pour effet de compenser cette mauvaise note par les bonnes notes des deux autres sous-objectifs. La validation par les experts a montré que cette compensation aboutit souvent à une évaluation globale trop élevée. La seconde étape de l’évaluation globale consiste donc à pondérer le sous-objectif le moins bien noté (agrégation par le principe du minimum).

Finalement, la méthode permettant d’agréger les évaluations des sous-objectifs 1 à 3 est la suivante (agrégation additive par le principe du minimum, avec pondération ; cf. Figure 10) : · étape 1 : calculer la moyenne pondérée des trois évaluations, en appliquant un coefficient de pondération de 2 au sous-objectif 1, de 4 au sous-objectif 2 et de 1 au sous-objectif 3 ; · étape 2 : multiplier par 0,75 le résultat de l’étape 1 et par 0,25 l’évaluation la moins bonne des trois, puis additionner les deux résultats.

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Ces étapes s’exécutent automatiquement dans FishAssess. Si un seul sous-objectif ne peut pas être évalué, il est ignoré dans le calcul. Si aucun poisson n’est capturé, il est possible de calculer uniquement le paramètre 1a ; dans ce cas, l’évaluation globale équivaut à l’évaluation de l’objectif partiel 1a.

Les objectifs partiels, les sous-objectifs et l’objectif principal sont tous évalués grâce à l’attribution d’un score compris entre 0 (mauvais) et 1 (très bon). Dans ce système de notation continue, même les petits changements dans le peuplement pisciaire sont repérables. Pour la communication des résultats, l’évaluation obtenue avec l’indice suisse des poissons FI-CH est mise en correspondance avec l’une des cinq classes d’état du SMG (mauvais, médiocre, moyen, bon, très bon).

Figure 10 Agrégation des scores des différents objectifs partiels et sous-objectifs pour obtenir l’évaluation globale de l’objectif principal (d’après la hiérarchie des objectifs sous 2.2) Les évaluations des différents paramètres sont agrégées en plusieurs étapes pour obtenir d’abord les évaluations respectives des objectifs partiels et des sous-objectifs puis l’évaluation globale de l’objectif principal (de la droite vers la gauche). La méthode d’agrégation utilisée est indiquée au niveau de chaque nœud. S’il existe, le coefficient de pondération est signalé par la lettre (p). L’objectif partiel 1b est pris en compte dans l’agrégation du sous-objectif 1 selon le principe du malus (M). L’évaluation globale résulte de l’agrégation additive et pondérée des évaluations des sous-objectifs v1 (composition en espèces), v2 (densités) et v3 (structure des populations) selon le principe du minimum : évaluation globale FI-CH = (v1 × 2 + v2 × 4 + v3 × 1) / 7 × 0,75 + minimum (v1, v2, v3) × 0,25.

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6 Limites d’applicabilité

La méthode présentée dans cette publication convient pour tous les cours d’eau peu profonds dans lesquels une pêche quantitative est possible (cf. point 4.1.1). L’évaluation de l’état écologique d’un cours d’eau sur la base de son peuplement pisciaire n’est pas pertinente dans les cas suivants : · aucun poisson ne vit dans le cours d’eau ou le peuplement se maintient uniquement grâce à des mesures d’alevinage ; · le cours d’eau connaît d’importantes migrations saisonnières (p. ex. anciens bras).

Par ailleurs, les aspects suivants doivent être pris en compte : · avec cette méthode, l’évaluation globale n’a de sens que si les eaux étudiées peuvent faire l’objet d’une pêche quantitative (plusieurs passages). Dans les cours d’eau où la pêche est semi-quantitative (un seul passage), seuls peuvent être évalués les sous-objectifs 1 et 3. Pour que des données quantitatives puissent être comparées avec des données issues d’un relevé semi-quantitatif, il faut que la méthode de relevé corresponde au standard défini sous 4.5.1 (p. ex. nombre d’anodes, barrage des extrémités du tronçon) ; · le temps apporte son lot de fluctuations naturelles, qui peuvent influencer le peuplement pisciaire mais pas nécessairement la qualité de l’eau. La présente méthode est conçue de manière à ce que ces fluctuations naturelles ne se reflètent pas trop fortement dans l’évaluation ; · l’évaluation peut être influencée par des conditions exceptionnelles survenues avant l’étude (p. ex. épisode de forte sécheresse estivale, très forts débits pendant la période de frai). Ces événements doivent être pris en compte dans l’interprétation des résultats ; · les petits poissons et les poissons 0+ sont généralement sous-représentés dans les pêches. Il en va de même pour les espèces de poissons sans vessie natatoire et pour les poissons qui vivent dans le lit graveleux des cours d’eau. Les valeurs attendues pour ces espèces de poissons (cf. annexe A 3.1 et A 3.2) tiennent compte de ce constat.

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7 Glossaire

adulte Ayant atteint la maturité sexuelle.

agrégation Méthode consistant à évaluer le système complet en combinant entre elles toutes les valeurs de paramètre collectées pour les objectifs situés au plus bas niveau de la hiérarchie des objectifs. On obtient ainsi une évaluation pour le niveau directement supérieur et, ensuite, une estimation de l’atteinte de l’objectif principal. Les valeurs de paramètre sont toutes comprises entre 0 et 1. Il existe différentes méthodes d’agrégation, par exemple l’agrégation additive sans pondération, c’est-à-dire le calcul de la moyenne.

anode Électrode positive utilisée comme pôle électrique pour la capture des poissons.

anthropique Influencé ou provoqué par l’activité humaine.

biomasse Masse corporelle de poissons par surface [kg/ha].

classe attendue Classification de la probabilité d’occurrence ou de la densité d’une espèce dans une zone piscicole, telle qu’elle est attendue.

classe observée Classification de la fréquence d’une espèce dans une zone piscicole, telle qu’elle est observée.

densité de Nombre de poissons (abondance) par surface [n/ha]. peuplement

espèce indicatrice Espèce particulièrement sensible aux influences anthropiques et, à ce titre, très importante pour l’évaluation de l’état écologique des cours d’eau. Les espèces désignées comme des espèces indicatrices sont les mêmes pour toutes les zones piscicoles.

espèce non Espèce qui n’est pas indigène en Suisse ou qui n’est pas indigène dans un bassin versant spécifique, un cours d’eau typique de la ou un secteur de cours d’eau. Elle a été introduite dans cette station grâce à l’intervention directe de l’homme et ne station fait donc pas partie du cortège d’espèces attendu.

espèce Espèce typique de la station qui, dans des eaux d’aspect naturel, est forcément présente dans le tronçon pêché. obligatoirement attendue

espèce pas Espèce typique de la station à laquelle on peut s’attendre dans le tronçon pêché, mais qui peut aussi être obligatoirement naturellement absente. Il s’agit avant tout d’espèces vivant dans les eaux proches des lacs, pour lesquelles aucune attendue présence avérée n’est attestée avec des densités significatives, et d’espèces migratrices dont la présence n’est que saisonnière ; il peut aussi s’agir d’espèces dont la présence est incertaine pour d’autres raisons.

espèce typique de Espèce qui est indigène en Suisse, dans un bassin versant spécifique, dans un cours d’eau ou dans un secteur de la station cours d’eau et qui fait donc partie du cortège d’espèces attendu.

espèces sœurs Espèces ou groupes d’espèces apparentés ayant des représentants au nord et au sud des Alpes.

fonction Fonction qui convertit le résultat calculé pour un paramètre en un score compris entre 0 et 1. Ce score peut être mis d’évaluation en correspondance avec l’une des cinq classes d’état du SMG.

habitat Milieu naturel d’une espèce ou espace occupé par une espèce à un stade spécifique de sa vie.

hiérarchie des Représentation structurée et transparente qui décompose un problème décisionnel en plusieurs parties gérables. Elle objectifs associe chaque objectif à un objectif supérieur (plus élevé dans la hiérarchie) et le décompose en plusieurs objectifs plus détaillés (moins élevés dans la hiérarchie). Ainsi, chaque objectif est décrit par l’ensemble des objectifs qui lui sont subordonnés.

poissons méthode SMG décrite ici. FI-CH

juvénile Ayant achevé sa première année de vie mais n’ayant pas encore atteint la maturité sexuelle. Les poissons juvéniles forment la classe d’âge entre les poissons 0+ et les poissons adultes.

objectif partiel Objectif qui décrit plus précisément un sous-objectif, qui lui est supérieur dans la hiérarchie.

objectif principal Objectif occupant le plus haut niveau de la hiérarchie, défini par les sous-objectifs et les objectifs partiels qui lui sont subordonnés.

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paramètre Élément servant à mesurer l’atteinte d’un objectif. Chaque objectif défini au plus bas niveau de la hiérarchie doit pouvoir être quantifié à l’aide d’une grandeur mesurable. D’autres méthodes du SMG emploient le terme « attribut » plutôt que « paramètre ».

poisson 0+ Poisson n’ayant pas encore achevé sa première année de vie.

sous-objectif Objectif qui décrit plus précisément l’objectif principal de la hiérarchie.

valeur attendue Valeur décrivant la situation telle qu’elle est attendue dans un cours d’eau dont l’état est naturel ou d’aspect naturel. Lors de l’évaluation, la valeur attendue est comparée avec la valeur observée.

valeur observée Valeur décrivant la situation dans le cours d’eau étudié, telle qu’elle est observée grâce aux poissons capturés. Lors de l’évaluation, la valeur observée est comparée avec la valeur attendue.

zone piscicole Division d’un cours d’eau selon sa largeur, sa pente, son altitude et sa température.

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8 Bibliographie

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A Annexes A 1 Protocoles de terrain Informations générales Date et lieu Nom du cours d'eau: Date du relevé: Localité: Heure 1er passage: Début: Fin: Heure 2ème passage: Début: Fin: Heure 3ème passage: Début: Fin: N° d'identification du tronçon: Coordonnées: aval est-ouest aval nord-sud amont est-ouest amont nord-sud

Paramètres physiques Conditions de débit: bonnes moyennes mauvaises Turbidité: nulle légère moyenne Station de mesure hydrologique: OFEV Canton néant Nom de la station:

Débit [m3 /s]: Météo: bonne moyenne mauvaise Température de l'eau pendant la pêche [°C]: Conductivité [µS/cm]:

Informations concernant le relevé Responsable pêche: Responsable biométrie: Appareil de pêche: stationnaire mobile Marque Barrière supérieure: Filet B. électrique Seuil néant Puissance [kW]: Barrière inférieure: Filet B. électrique Seuil néant Nombre d'anodes:

Déroulement de la pêche (commentaires à noter dans la rubrique "Remarques") % de surface couverte avec l'anode (estimation): Problème de mortalité (espèce, %): aucun rencontré (-> Remarques) Problème de sélectivité des espèces: aucun rencontré (-> Remarques) Problème de sélectivité des tailles: aucun rencontré (-> Remarques) Problème de conductivité: aucun rencontré (-> Remarques) Pb de largeur / nb d'anodes: aucun rencontré (-> Remarques) Problèmes hydrologiques: aucun rencontré (-> Remarques)

Habitat Cours d'eau ramifiés : la somme des largeurs mouillées est relevée par mètre courant (largeur du bras principal + largeur du ou des bras secondaires)

Longueur du tronçon pêché [m]:

Mesures de Largeur Distance [m] Larg. Lit mouillé [m] Mesures de Largeur Distance [m] Largeur du lit mouillé [m] 1 11 2 12 3 13 4 14 5 15 6 16 7 17 8 18 9 19 10 20

Habitat Remarques Strukturtyp: Anteil/ Fläche Fosse (%) Chenal (%) Plat (%) Radier (%) Écoulement secondaire (%) Eaux peu profondes (%) Seuil (%) Mouille (%) Fond du lit aménagé (%)

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A 2 Exemples de cas

Les exemples présentés ici ont été calculés avec l’application Excel « FishAssess ». Les captures d’écran sont destinées à familiariser le lecteur avec l’interface de FishAssess. L’exemple du Dorfbach explique de manière détaillée comment saisir les espèces typiques de la station (obligatoirement / pas obligatoirement attendues). L’exemple de la Maggia montre comment apporter des corrections aux densités attendues. L’exemple de l’Allaine se concentre sur le traitement d’un peuplement pisciaire riche en espèces. Les exemples concernent des cours d’eau avec des états écologiques différents et des zones piscicoles différentes.

A 2.1 Dorfbach (canton d’Argovie) – Saisie d’espèces obligatoirement / pas obligatoirement attendues Le Dorfbach est un petit ruisseau qui se jette dans la Wyna à Teufenthal. Au niveau du tronçon d’étude, le cours d’eau est canalisé et son lit est bétonné (cf. Figure 11). Le ruisseau a fait l’objet d’une pêche quantitative en 2019, dans le cadre de l’observation spécifique NAWA SPE ; les résultats ont été évalués avec la méthode de 2004.

Les auteurs estiment que l’évaluation obtenue (état « moyen ») est trop positive au vu du très faible nombre de poissons capturés.

Figure 11 Dorfbach : vue sur l’extrémité supérieure du tronçon

Tableau 12 Détails spécifiques concernant la pêche

Cours d’eau Dorfbach Lieu Teufenthal (AG) Altitude 450 m Date 15.10.2019 Pente 12,9 ‰ Coordonnées début 2’650’865 1’242’452 Largeur du lit mouillé 2,9 m Coordonnées fin 2’651’013 1’242’410 Température – Longueur du tronçon de pêche 145 m

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Étapes 1 et 2 : attribution du grand bassin versant et déduction de la zone piscicole (cf. point 5.2)

Le Dorfbach fait partie du grand bassin versant du Rhin. Il a une largeur moyenne de lit mouillé de 2,9 m et une pente moyenne de 12,9 ‰. Le lit étant canalisé au niveau du tronçon d’étude, les auteurs ont estimé que la largeur moyenne du lit mouillé n’est pas représentative et ils l’ont corrigée en la faisant passer à 4,5 m (estimation de la largeur naturelle du lit mouillé). Le tronçon de pêche est situé à 450 m d’altitude. En l’absence de données sur la température, celle-ci a été estimée à 17,5 °C. La valeur calculée par FishAssess pour la zone piscicole est 1,549, ce qui correspond à la zone à truites inférieure. Les auteurs considèrent que cette zone piscicole est correcte et renoncent donc à la corriger.

Étapes 3 et 4 : déduction du cortège d’espèces typique de la station et évaluation des objectifs partiels 1a et 1b (cortège d’espèces et dominance relative ; cf. point 5.2)

Le tronçon d’étude est situé quelques mètres seulement en amont de l’embouchure de la Wyna. Comme les truites et les chabots sont des espèces naturellement attendues dans le Dorfbach, elles sont désignées comme typiques de la station et obligatoirement attendues. Les deux espèces sont utilisées comme des espèces indicatrices. Les pêches ont permis de capturer également des loches franches, des barbeaux et des chevaines. Dans un cours d’eau de la zone à truites, les loches franches doivent être considérées comme typiques de la station ; pour autant, elles ne sont pas obligatoirement présentes dans le Dorfbach, car elles y entrent probablement depuis la Wyna. Bien que les barbeaux et les chevaines ne soient pas attendus dans un petit cours d’eau de la zone à truites, la proximité de la Wyna oblige à les considérer comme « pas obligatoirement attendus » et non comme « non typiques de la station ». Le barbeau est une espèce indicatrice. Toutes les espèces capturées sont recensées automatiquement par FishAssess ; il ne reste qu’à indiquer si elles sont typiques de la station (oui/non) et si leur présence est obligatoirement / pas obligatoirement attendue. Aucune espèce supplémentaire attendue n’a été capturée lors de la pêche et ne doit donc être saisie manuellement.

FishAssess pondère les classes attendues par espèce (cf. point 5.2.1) puis calcule la valeur observée et la valeur attendue (cf. Tableau 13).

Tableau 13 Calcul des valeurs observées et des valeurs attendues CA = classe attendue, CAp = classe attendue pondérée

Espèce Classe attendue (CA) Pondération Classe attendue pondérée (CAp) observée attendue Truite 100 2 (espèce indicatrice : × 2, obligatoirement : × 1) 200 200 Chabot 95 2 (espèce indicatrice : × 2, obligatoirement : × 1) 190 190 Chevaine 0 0,5 (pas obligatoirement : × 0,5) 0 0 Barbeau 0 1 (espèce indicatrice : × 2, pas obligatoirement : × 0,5) 0 0 Loche franche 31,7 0,5 (pas obligatoirement : × 0,5) 15,8 15,8 Total des valeurs observées et des valeurs attendues (somme des CAp de toutes les espèces) 405,8 405,8

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Toutes les espèces attendues ont pu être observées. Pour l’objectif partiel 1a, cela signifie que la valeur observée (somme des CAp des espèces observées = 405,8) coïncide avec la valeur attendue (somme des CAp des espèces attendues = 405,8) (cf. Figure 12). Ainsi, la part de la valeur observée dans la valeur attendue est de 100 %, ce qui aboutit à l’évaluation « 1 = très bon ». Puisqu’aucune espèce non typique de la station n’a été trouvée, l’objectif partiel 1b obtient lui aussi la note de « 1 ».

Figure 12 Évaluation du cortège d’espèces et de la dominance relative dans le Dorfbach

Objectif partiel 1a : Cortège d'espèces typique de la station Valeur Objectif partiel 1b : Dominance relative typique de la station Valeur F1: Valeur observée (espèces observées) 405.8 F1: Somme espèces typiques [N0/ha] 614 F2: Valeur attendue (espèces attendues) 405.8 F2: Somme espèces atypiques [N0/ha] 0 Différence F1/F2 0.0 Proportion d'espèces typiques 100.0% Proportion F1 100.0% Évaluation dominance relative (valeur) 1.000 Évaluation cortège d’espèces (valeur) 1.000 Évaluation dominance relative (description) Très bon Évaluation cortège d’espèces (description) Très bon

Étape 5 : évaluation des objectifs partiels 2a et 2b (densités et biomasses typiques de la station ; cf. point 5.3) Pour l’évaluation du sous-objectif 2, seules sont prises en compte les espèces typiques de la station qui ont été capturées. Dans le Dorfbach, cela correspond de fait à toutes les espèces capturées. Pour chaque espèce, la densité est calculée sur la base d’une estimation des effectifs. Les densités observées sont recensées à droite sur la Figure 13, par densité de peuplement [n/ha] et par biomasse [kg/ha|. Ces deux valeurs sont automatiquement converties en une classe observée au moyen des tableaux présentés à l’annexe A 3.

Figure 13 Évaluation des densités de peuplement et des biomasses dans le Dorfbach CA = classe attendue, CO = classe observée, DN = densité numérique (peuplement), BM = biomasse.

Valeur attendue (VA) Valeur observée (VO) Différence spécifique à Espèce l'espèce de la CA Groupe d'espèces Densité Biomasse Densité Biomasse indicatrice CA min n/ha max n/ha min kg/ha max kg/ha CO n/ha CO kg/ha DN BM Barbeau Oui 0.0 0 0 0.0 0.0 5.0 31 0.0 0.05 0.0 0.0 Chabot Oui 95.0 5400 INF 36.0 INF 10.0 307 7.5 1.88 -85.0 -87.5 Chevaine Non 0.0 0 0 0.0 0.0 7.5 92 0.0 0.07 -7.5 0.0 Loche franche Non 31.7 2600 5200 5.2 10.4 0.0 169 5.0 0.84 -31.7 -26.7 Truite Oui 100.0 4000 INF 200.0 INF 0.0 15 0.0 0.54 -100.0 -100.0

La classe observée est ensuite comparée avec la classe attendue de manière à pouvoir évaluer la densité de peuplement et la biomasse. La classe attendue est automatiquement déduite par FishAssess d’après la zone piscicole (cf. Tableau 6). Les valeurs minimales et maximales attendues pour les densités de peuplement et les biomasses sont indiquées pour chacune des classes attendues. D’après les auteurs, les valeurs attendues pour le Dorfbach – qui est un petit cours d’eau de la zone à truites situé sur le Plateau – sont pertinentes et n’ont donc pas besoin d’être ajustées.

Pour les espèces non indicatrices qui se trouvent en dehors de leur aire de répartition principale (CA < 50), toute valeur différente de la valeur attendue, qu’elle soit inférieure ou supérieure, conduirait à une dégradation de l’évaluation. Dans le présent exemple, le chevaine est la seule espèce non indicatrice se trouvant en dehors de

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son aire de répartition principale. Comme les densités observées pour cette espèce pas obligatoirement attendue sont légèrement supérieures aux valeurs attendues, FishAssess procède à une légère réduction du score.

Les différences entre la classe observée et la classe attendue, calculées séparément pour chaque espèce (différences par rapport aux valeurs attendues, spécifiques à l’espèce), sont ensuite additionnées automatiquement par FishAssess (cf. Figure 14). Pour déterminer la différence maximale possible entre les classes observées et les classes attendues, FishAssess additionne les classes attendues de toutes les espèces. La somme des différences observées (CO - CA) est ensuite divisée par la somme de toutes les classes attendues (différence maximale). On obtient ainsi la différence relative par rapport aux valeurs attendues. L’évaluation est égale à « 1 » moins la différence relative.

Figure 14 Calcul de la différence relative par rapport aux valeurs attendues et évaluation pour le Dorfbach CA = classe attendue, CO = classe observée.

Objectif partiel 2a : Densités typiques de la station Valeur Objectif partiel 2b : Biomasses typiques de la station Valeur Somme de la différence observée (CO - CA) -224.2 Somme de la différence observée (CO - CA) -214.2 Somme de la différence maximale possible -234.2 Somme de la différence maximale possible -226.7 Différence relative 0.96 Différence relative 0.94 Évaluation des densités (valeur) 0.04 Évaluation des biomasses (valeur) 0.06 Évaluation des densités (description) Mauvais Évaluation des biomasses (description) Mauvais

Pour la plupart des espèces, le nombre de poissons capturés est nettement inférieur au nombre attendu dans des eaux d’aspect naturel. Seuls les barbeaux et les chevaines ont une classe observée légèrement supérieure à leur classe attendue. Globalement, la densité de peuplement obtient un score de 0,04 et la biomasse un score de 0,06.

Étape 6 : évaluation du sous-objectif 3 (structure des populations typique de la station ; cf. point 5.4) Pour l’évaluation du sous-objectif 3, seules sont prises en compte les espèces indicatrices typiques de la station se trouvant dans leur aire de répartition principale (CA > 50) qui ont été capturées. Dans le cas du Dorfbach, il s’agit de la truite et du chabot. Pour ces deux espèces, il faut se référer aux diagrammes de fréquence des tailles qui ont été générés automatiquement par FishAssess (cf. Figure 15).

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Figure 15 Diagrammes de fréquence des tailles pour les deux espèces indicatrices (truite et chabot) capturées dans le Dorfbach

Truite

Chabot

La pêche n’a permis de capturer qu’une seule truite, qui appartient en l’occurrence à la classe d’âge « autres poissons juvéniles ». Les poissons 0+ et les poissons adultes sont donc affectés à la catégorie « Néant / absents », tandis que les autres poissons juvéniles entrent dans la catégorie « Quelques individus » (cf. Figure 16). S’agissant des chabots, toutes les classes d’âge sont affectées à la catégorie « Quelques individus » puisque leur fréquence respective dans un cours d’eau de la zone à truites est nettement inférieure aux attentes.

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Figure 16 Évaluation de la présence des trois classes d’âge (poissons 0+, autres poissons juvéniles, poissons adultes) dans le Dorfbach CA = classe attendue, CO = classe observée.

Évaluation utilisateur/utilisatrice Attente* Observation* Valeur Groupe d'espèces moyenne Poissons 0+ Autres poissons juvéniles Poissons adultes évaluation CA n CO n Chabot 95.0 352 10.0 20 Quelques individus 0.25 Quelques individus 0.25 Quelques individus 0.25 0.25 Truite 100.0 261 0.0 1 Néant 0.00 Quelques individus 0.25 Néant 0.00 0.08

En considérant les deux espèces ensemble, FishAssess calcule d’abord l’évaluation moyenne de chaque classe d’âge (dans l’exemple, poissons 0+ = 0,13 ; autres poissons juvéniles = 0,25 ; poissons adultes = 0,13), puis la valeur moyenne de ces trois évaluations (= 0,17). Cette valeur moyenne est ensuite convertie en un score grâce à la fonction d’évaluation spécifique à la structure des populations. Finalement, la structure des populations se voit attribuer un score global de 0,08, qui correspond à l’évaluation « mauvais ». Toutes les classes d’âge des deux espèces sont soit très peu représentées (quelques individus seulement) soit totalement absentes.

Figure 17 Évaluation de la structure des populations dans le Dorfbach

Sous-objectif 3 : Structure des populations typique Valeur Évaluation des poissons 0+ (valeur) 0.13 Évaluation d'autres poissons juvéniles (valeur) 0.25 Évaluation des poissons adultes (valeur) 0.13 Valeur moyenne pour toutes les espèces (valeur) 0.17 Évaluation de la structure de la population (valeur) 0.08 Évaluation de la structure de la population (description) Mauvais

Étape 7 : évaluation du sous-objectif 4 (déformations et anomalies ; cf. point 5.5) Aucune anomalie n’a été constatée chez les poissons pêchés. Comme ce sous-objectif n’est pas pris en compte dans l’évaluation globale, l’absence d’anomalies n’est rapportée que verbalement.

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Étape 8 : évaluation globale (cf. point 5.6) L’évaluation globale est calculée automatiquement par FishAssess (cf. Figure 18). Elle se décompose en plusieurs étapes : · étape 1 – agrégation des évaluations des objectifs partiels 1a et 1b selon le principe du malus : les deux objectifs partiels ont obtenu la meilleure note possible, à savoir « 1 ». L’objectif partiel 1b serait pris en compte dans l’évaluation globale s’il était moins bien noté que l’objectif partiel 1a, ce qui n’est pas le cas ici. Le sousobjectif 1 obtient donc la note de « 1 » ; · étape 2 – agrégation additive des évaluations des objectifs partiels 2a et 2b : FishAssess calcule la moyenne des évaluations des objectifs partiels 2a et 2b ([0,043 + 0,055] / 2 = 0,049) ; · étape 3 – agrégation additive des évaluations des sous-objectifs 1, 2 et 3, avec pondération : FishAssess applique un coefficient de pondération de 2 à l’évaluation du sous-objectif 1 (2 × 1 = 2), de 4 à l’évaluation du sous-objectif 2 (4 × 0,049 = 0,196) et de 1 à l’évaluation du sous-objectif 3 (1 × 0,083 = 0,083). La somme des sous-objectifs pondérés est ensuite divisée par 7 ; la valeur qui en résulte est 0,325 ; · étape 4 – agrégation additive par le principe du minimum : FishAssess applique une pondération supplémentaire à l’évaluation la moins bonne des trois. Pour cela, FishAssess multiplie par 0,75 la valeur calculée à l’étape 3 (0,75 × 0,325 = 0,244) et par 0,25 l’évaluation du sous-objectif le moins bien noté (0,25 × 0,049 = 0,012). L’évaluation globale (= 0,256) résulte de l’addition de ces deux valeurs.

Une évaluation globale de 0,256 correspond à un état écologique médiocre. Seul le sous-objectif 1 (composition en espèces typique de la station) est jugé « très bon ». Les sous-objectifs 2 (densités et biomasses typiques de la station) et 3 (structure des populations typique de la station) sont jugés « mauvais ». Il y a donc des déficits importants dans le cours d’eau étudié. L’évaluation globale « médiocre » est conforme à l’estimation faite par les auteurs pour ce tronçon.

Figure 18 Évaluation globale du Dorfbach, avec scores des objectifs partiels et des sous-objectifs

Sous-objectifs Valeur Classe État Objectif partiel 1a : Cortège d'espèces typique de la station 1.000 1 Très bon Objectif partiel 1b : Dominance relative typique de la station 1.000 1 Très bon Objectif partiel 2a : Densités typiques de la station 0.043 5 Mauvais Objectif partiel 2b : Biomasses typiques de la station 0.055 5 Mauvais Sous-objectif 3 : Structure des populations typique de la station 0.083 5 Mauvais

Objectif principal : Peuplement pisciaire typique de la station Valeur Classe État Évaluation globale* 0.256 4 Médiocre

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A 2.2 Maggia (canton du Tessin) – Correction des densités attendues Le tronçon de pêche d’aspect naturel se trouve dans le cours supérieur de la Maggia (cf. Figure 19). Il a fait l’objet d’une pêche quantitative en 2019, dans le cadre de l’observation de longue durée NAWA TREND ; les résultats ont été évalués avec la méthode de 2004. Seuls ont été capturés des truites et des chabots.

Les auteurs sont d’accord avec l’évaluation obtenue (« bon »).

Figure 19 Maggia : vue sur l’extrémité supérieure du tronçon

Tableau 14 Détails spécifiques concernant la pêche

Cours d’eau Maggia Lieu Menzonio (TI) Altitude 633 m Date 27.8.2019 Pente 24,2 ‰ Coordonnées début 2’693’261 1’135’217 Largeur du lit mouillé 24,62 m Coordonnées fin 2’693’344 1’135’355 Température 15 °C Longueur du tronçon de pêche 160 m

Étapes 1 et 2 : attribution du grand bassin versant et déduction de la zone piscicole (cf. point 5.2)

La Maggia fait partie du grand bassin versant du Tessin. Elle a une altitude de 633 m, une pente moyenne de 24,2 ‰ et une largeur de lit mouillé de 24,6 m. La température moyenne de l’eau pendant le mois d’été le plus chaud est d’environ 15 °C. La valeur calculée par FishAssess pour la zone piscicole est 1,190, ce qui correspond à la zone à truites supérieure. Les auteurs considèrent que cette zone piscicole est correcte et renoncent donc à la corriger.

Étapes 3 et 4 : déduction du cortège d’espèces typique de la station et évaluation des objectifs partiels 1a et 1b (cortège d’espèces et dominance relative ; cf. point 5.2)

La pêche a permis de capturer des truites (CAp = 180) et des chabots (CAp = 180). Les truites pêchées sont des truites atlantiques, alors que les espèces attendues naturellement dans le bassin versant du Pô sont la truite marbrée et la truite adriatique. Pour l’évaluation, les différentes espèces de truites sont recensées ensemble, en

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tant qu’espèces sœurs ayant une niche écologique similaire (cf. Tableau 3). Les deux seules espèces de poissons attendues dans la zone à truites supérieure sont la truite et le chabot.

Comme la pêche a confirmé la présence de ces deux espèces, la valeur observée est identique à la valeur attendue (cf. Figure 20), si bien que l’objectif partiel 1a obtient la meilleure note possible (= 1). Comme aucune espèce non typique de la station n’a été observée, l’objectif partiel 1b obtient lui aussi la note de « 1 ».

Figure 20 Évaluation du cortège d’espèces et de la dominance relative dans la Maggia

Objectif partiel 1a : Cortège d'espèces typique de la station Valeur Objectif partiel 1b : Dominance relative typique de la station Valeur F1: Valeur observée (espèces observées) 360.0 F1: Somme espèces typiques [N0/ha] 2000 F2: Valeur attendue (espèces attendues) 360.0 F2: Somme espèces atypiques [N0/ha] 0 Différence F1/F2 0.0 Proportion d'espèces typiques 100.0% Proportion F1 100.0% Évaluation dominance relative (valeur) 1.000 Évaluation cortège d’espèces (valeur) 1.000 Évaluation dominance relative (description) Très bon Évaluation cortège d’espèces (description) Très bon

Étape 5 : évaluation des objectifs partiels 2a et 2b (densités et biomasses typiques de la station ; cf. point 5.3) Pour l’évaluation du sous-objectif 2, seules sont prises en compte les espèces attendues qui ont été capturées. Dans cet exemple, il s’agit de la truite et du chabot.

Une question se pose dans le cas de la Maggia : faut-il ajuster les valeurs attendues prédéfinies dans FishAssess ? En effet, les eaux du versant sud des Alpes (cf. Tableau 8) étant connues pour être naturellement moins productives (cours d’eau alpins granitiques et frais), les auteurs jugent pertinent de corriger les valeurs attendues pour les deux espèces. Selon eux, la présence de la truite dans un tel environnement est naturellement inférieure d’environ 50 % à la valeur attendue communément (ce qui correspond au facteur de correction défini dans le Tableau 8). Pour la même raison, le chabot se voit appliquer un facteur de correction de 0,2 (cf. Tableau 8). Ainsi, la densité attendue pour la truite a été abaissée manuellement à 1600 n/ha, et celle du chabot à 960 n/ha. Ces corrections sont automatiquement prises en compte lorsque FishAssess génère les classes observées.

Pour les deux espèces, le nombre d’individus capturés est légèrement inférieur au nombre attendu dans des eaux d’aspect naturel (cf. Figure 21). La différence entre la valeur observée et la valeur attendue est petite dans le cas de la truite (densité de peuplement : CO - CA = -5 ; biomasse : CO - CA = 0) et un peu plus grande pour le chabot (densité de peuplement : CO - CA = -17,5 ; biomasse : CO - CA = -17,5).

Figure 21 Évaluation des densités de peuplement et des biomasses dans la Maggia CA = classe attendue, CO = classe observée, DN = densité numérique (peuplement), BM = biomasse.

Valeur attendue (VA) Valeur observée (VO) Différence spécifique à Espèce l'espèce de la CA Groupe d'espèces Densité Biomasse Correction valeur attendue Densité Biomasse indicatrice CA min n/ha max n/ha min kg/ha max kg/ha min n/ha Explication CO n/ha CO kg/ha DN BM Chabot Oui 90.0 960 INF 6.4 INF 960.00 Versant sud des Alpes 72.5 599 72.5 3.86 -17.5 -17.5 Truite Oui 90.0 1600 INF 80.0 INF 1600.00 Versant sud des Alpes 85.0 1401 100.0 130.32 -5.0 0.0

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La « très bonne » évaluation qui en résulte (2a = 0,88 ; 2b = 0,90 ; cf. Figure 22) est pertinente. Sans les corrections apportées au sous-objectif 2, l’évaluation aurait été « moyenne » (2a = 0,43 ; 2b = 0,56), ce qui aurait été trop sévère d’après les auteurs.

Figure 22 Calcul de la différence relative par rapport aux valeurs attendues et évaluation pour la Maggia CA = classe attendue, CO = classe observée.

Objectif partiel 2a : Densités typiques de la station Valeur Objectif partiel 2b : Biomasses typiques de la station Valeur Somme de la différence observée (CO - CA) -22.5 Somme de la différence observée (CO - CA) -17.5 Somme de la différence maximale possible -180.0 Somme de la différence maximale possible -180.0 Différence relative 0.13 Différence relative 0.10 Évaluation des densités (valeur) 0.88 Évaluation des biomasses (valeur) 0.90 Évaluation des densités (description) Très bon Évaluation des biomasses (description) Très bon

Étape 6 : évaluation du sous-objectif 3 (structure des populations typique de la station ; cf. point 5.4) La truite et le chabot sont deux espèces indicatrices avec une classe attendue > 50. FishAssess évalue la structure respective de leurs classes d’âge (cf. Figure 23).

Figure 23 Diagrammes de fréquence des tailles pour les deux espèces indicatrices (truite et chabot) capturées dans la Maggia

Chabot

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Truite

Les poissons 0+ sont peu représentés chez la truite (« présence faible » ; cf. Figure 24) et très peu représentés chez le chabot (« quelques individus »). Les autres poissons juvéniles et les poissons adultes sont suffisamment représentés chez les deux espèces (« présence adéquate »).

Figure 24 Évaluation de la présence des trois classes d’âge (poissons 0+, autres poissons juvéniles, poissons adultes) dans la Maggia CA = classe attendue, CO = classe observée.

Évaluation utilisateur/utilisatrice Attente* Observation* Valeur Groupe d'espèces moyenne Poissons 0+ Autres poissons juvéniles Poissons adultes évaluation CA n CO n Chabot 90.0 378 72.5 236 Quelques individus 0.25 Adéquate 1.00 Adéquate 1.00 0.75 Truite 90.0 630 85.0 552 Faible 0.50 Adéquate 1.00 Adéquate 1.00 0.83

Globalement, la structure des populations se voit attribuer un score de 0,72, qui correspond à une « bonne » évaluation (cf. Figure 25). La catégorie des poissons 0+ présente de petits déficits chez les deux espèces.

Figure 25 Évaluation de la structure des populations dans la Maggia

Sous-objectif 3 : Structure des populations typique Valeur Évaluation des poissons 0+ (valeur) 0.38 Évaluation d'autres poissons juvéniles (valeur) 1.00 Évaluation des poissons adultes (valeur) 1.00 Valeur moyenne pour toutes les espèces (valeur) 0.79 Évaluation de la structure de la population (valeur) 0.72 Évaluation de la structure de la population (description) Bon

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Étape 7 : évaluation du sous-objectif 4 (déformations et anomalies ; cf. point 5.5) Pour le sous-objectif 4, seules sont évaluées les truites mesurant plus de 10 cm de longueur ; les chabots ne sont pas évalués (cf. point 5.5). Seul 0,2 % des truites de plus de 10 cm présentent des anomalies (cf. Figure 26), ce qui n’a pas d’impact négatif remarquable.

Figure 26 Présence d’anomalies chez les poissons pêchés dans la Maggia

Nombre de Nombre Proportion Groupe d'espèces poissons (E) avec avec Évaluation (description) >100 mm anomalies anomalies

Truite 425 1 0.2% Pas/peu d'anomalies

Étape 8 : évaluation globale (cf. point 5.6) Tous les objectifs partiels et sous-objectifs ont une évaluation « bonne » ou « très bonne » (cf. Figure 27). L’évaluation globale est calculée automatiquement par FishAssess, en plusieurs étapes : · étape 1 – agrégation des évaluations des objectifs partiels 1a et 1b selon le principe du malus : les deux objectifs partiels ont obtenu la meilleure note possible, à savoir « 1 ». L’objectif partiel 1b serait pris en compte dans l’évaluation globale s’il était moins bien noté que l’objectif partiel 1a, ce qui n’est pas le cas ici. Le sousobjectif 1 obtient donc la note de « 1 » ; · étape 2 – agrégation additive des évaluations des objectifs partiels 2a et 2b : FishAssess calcule la moyenne des évaluations des objectifs partiels 2a et 2b ([0,875 + 0,903] / 2 = 0,889) ; · étape 3 – agrégation additive des évaluations des sous-objectifs 1, 2 et 3, avec pondération : FishAssess applique un coefficient de pondération de 2 à l’évaluation du sous-objectif 1 (2 × 1 = 2), de 4 à l’évaluation du sous-objectif 2 (4 × 0,889 = 3,556) et de 1 à l’évaluation du sous-objectif 3 (1 × 0,722 = 0,722). La somme des sous-objectifs pondérés est ensuite divisée par 7 ; la valeur qui en résulte est 0,897 ; · étape 4 – agrégation additive par le principe du minimum : FishAssess applique une pondération supplémentaire à l’évaluation la moins bonne des trois. Pour cela, FishAssess multiplie par 0,75 la valeur calculée à l’étape 3 (0,75 × 0,897 = 0,673) et par 0,25 l’évaluation du sous-objectif le moins bien noté (0,25 × 0,722 = 0,180). L’évaluation globale (= 0,853) résulte de l’addition de ces deux valeurs.

Une évaluation globale de 0,853 correspond à un très bon état écologique. Malgré des déficits mineurs observés dans la densité de peuplement, la biomasse et la structure des populations, l’évaluation globale « très bon » est conforme à l’estimation faite par les auteurs pour ce tronçon.

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Figure 27 Évaluation globale de la Maggia, avec scores des objectifs partiels et des sous-objectifs

Sous-objectifs Valeur Classe État Objectif partiel 1a : Cortège d'espèces typique de la station 1.000 1 Très bon Objectif partiel 1b : Dominance relative typique de la station 1.000 1 Très bon Objectif partiel 2a : Densités typiques de la station 0.875 1 Très bon Objectif partiel 2b : Biomasses typiques de la station 0.903 1 Très bon Sous-objectif 3 : Structure des populations typique de la station 0.722 2 Bon

Objectif principal : Peuplement pisciaire typique de la station Valeur Classe État Évaluation globale* 0.853 1 Très bon

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A 2.3 Allaine (canton du Jura) – Peuplement riche en espèces de poissons Le tronçon de pêche délimité sur l’Allaine se trouve à Boncourt, un peu avant la frontière avec la France. Situé dans une zone urbanisée, il a été revitalisé il y a quelques années (cf. Figure 28). Le cours d’eau est connu pour son importante population de blageons. Il est présenté ici comme un exemple de cours d’eau riche en espèces. L’Allaine a fait l’objet d’une pêche quantitative en 2019, dans le cadre de l’observation de longue durée NAWA TREND ; les résultats ont été évalués avec la méthode de 2004. Son état a été jugé « bon ». Du point de vue des auteurs, cette évaluation est en principe adéquate. Il manque certes quelques espèces, mais les densités d'individus sont majoritairement bonnes.

Figure 28 Allaine : vue sur l’extrémité supérieure du tronçon

Tableau 15 Détails spécifiques concernant la pêche

Cours d’eau Allaine Lieu Boncourt (JU) Altitude 364 m Date 20.8.2019 Pente 3,2 ‰ Coordonnées début 2’567’861 1’261’223 Largeur du lit mouillé 9,94 m Coordonnées fin 2’567’802 1’261’083 Température 20,2 °C Longueur du tronçon de pêche 156 m

Étapes 1 et 2 : attribution du grand bassin versant et déduction de la zone piscicole (cf. point 5.2)

L’Allaine fait partie du grand bassin versant du Doubs. Elle a une largeur de lit mouillé de 9,9 m et une pente moyenne de 3,2 ‰. Le tronçon de pêche est situé à 364 m d’altitude. La température moyenne de l’eau pendant le mois d’été le plus chaud est d’environ 20,2 °C. La valeur calculée par FishAssess pour la zone piscicole est 2,27, ce qui correspond à la zone à ombres supérieure. Les auteurs considèrent que cette zone piscicole est correcte et renoncent donc à la corriger.

Étapes 3 et 4 : déduction du cortège d’espèces typique de la station et évaluation des objectifs partiels 1a et 1b (cortège d’espèces et dominance relative ; cf. point 5.2)

Au total, douze espèces de poissons ont été capturées : chevaine, truite, barbeau, vairon, chabot, goujon, gardon, rotengle, loche franche, perche soleil, épinoche et blageon. Le gardon, le rotengle, la perche soleil et

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l’épinoche n’étant pas des espèces attendues naturellement, les auteurs les ont désignées comme non typiques de la station. Toutes les autres espèces observées sont des espèces obligatoirement attendues à cet endroit.

D’après les auteurs, d’autres espèces seraient également attendues dans des eaux d’aspect naturel : le spirlin (obligatoirement), l’anguille (obligatoirement), la petite lamproie (obligatoirement), la vandoise (pas obligatoirement) et l’ombre de rivière (obligatoirement). Comme une part importante des espèces attendues n’a pas été observée, l’objectif partiel 1a se voit seulement attribuer une évaluation « moyenne » (= 0,537 ; cf. Figure 29). L’objectif partiel 1b est un peu mieux noté (0,769 = « bon ») du fait que 94,9 % des poissons capturés sont typiques de la station.

Figure 29 Évaluation du cortège d’espèces et de la dominance relative dans l’Allaine

Objectif partiel 1a : Cortège d'espèces typique de la station Valeur Objectif partiel 1b : Dominance relative typique de la station Valeur F1: Valeur observée (espèces observées) 747.7 F1: Somme espèces typiques [N0/ha] 21725 F2: Valeur attendue (espèces attendues) 1168.6 F2: Somme espèces atypiques [N0/ha] 1173 Différence F1/F2 420.8 Proportion d'espèces typiques 94.9% Proportion F1 64.0% Évaluation dominance relative (valeur) 0.769 Évaluation cortège d’espèces (valeur) 0.537 Évaluation dominance relative (description) Bon Évaluation cortège d’espèces (description) Moyen

Étape 5 : évaluation des objectifs partiels 2a et 2b (densités et biomasses typiques de la station ; cf. point 5.3) Seules sont évaluées les espèces attendues qui ont été capturées. Les espèces absentes, comme ici l’ombre de rivière et d’autres, sont déjà prises en compte dans l’objectif partiel 1a. Dans l’exemple de l’Allaine, FishAssess a donc évalué les densités spécifiques au chevaine, au barbeau, au vairon, à la truite, au chabot, au goujon, à la loche franche et au blageon.

Pour un cours d’eau aussi riche en espèces que l’Allaine, un ajustement des valeurs attendues pourrait être envisagé. Les auteurs estiment cependant qu’aucune correction n’est nécessaire dans le cas présent. Les nombres de truites, de goujons et de loches franches capturés sont inférieurs aux nombres attendus dans des eaux proches de l’état naturel (classes observées nettement inférieures aux classes attendues ; cf. Figure 30). Pour les autres espèces, les différences entre les densités de peuplement et les biomasses attendues et observées sont petites.

Figure 30 Évaluation des densités de peuplement et des biomasses dans l’Allaine CA = classe attendue, CO = classe observée, DN = densité numérique (peuplement), BM = biomasse.

Valeur attendue (VA) Valeur observée (VO) Différence spécifique à Espèce l'espèce de la CA Groupe d'espèces Densité Biomasse Densité Biomasse indicatrice CA min n/ha max n/ha min kg/ha max kg/ha CO n/ha CO kg/ha DN BM Barbeau Oui 37.8 195 INF 15.0 INF 67.5 445 87.5 62.51 0.0 0.0 Blageon Oui 90.6 2432 INF 51.2 INF 100.0 4243 100.0 80.39 0.0 0.0 Chabot Oui 42.2 1275 INF 8.5 INF 75.0 3134 32.5 6.95 0.0 -9.7 Chevaine Non 86.4 1680 INF 114.0 INF 80.0 1425 75.0 79.60 -6.4 -11.4 Goujon Non 86.4 3480 INF 18.0 INF 0.0 6 0.0 0.21 -86.4 -86.4 Loche franche Non 88.0 12000 INF 24.0 INF 27.5 2257 52.5 9.20 -60.5 -35.5 Truite Oui 35.0 700 INF 35.0 INF 7.5 161 30.0 32.00 -27.5 -5.0 Vairon Non 75.8 7000 INF 12.0 INF 85.0 10054 100.0 30.37 0.0 0.0

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D’après les auteurs, la « bonne » évaluation attribuée par FishAssess (2a = 0,67 ; 2b = 0,73) est justifiée (cf. Figure 31).

Figure 31 Calcul de la différence relative par rapport aux valeurs attendues et évaluation pour l’Allaine CA = classe attendue, CO = classe observée.

Objectif partiel 2a : Densités typiques de la station Valeur Objectif partiel 2b : Biomasses typiques de la station Valeur Somme de la différence observée (CO - CA) -180.8 Somme de la différence observée (CO - CA) -148.0 Somme de la différence maximale possible -542.2 Somme de la différence maximale possible -542.2 Différence relative 0.33 Différence relative 0.27 Évaluation des densités (valeur) 0.67 Évaluation des biomasses (valeur) 0.73 Évaluation des densités (description) Bon Évaluation des biomasses (description) Bon

Étape 6 : évaluation du sous-objectif 3 (structure des populations typique de la station ; cf. point 5.4) Dans l’Allaine, le blageon est la seule espèce indicatrice avec une classe attendue > 50. En conséquence, FishAssess évalue uniquement le diagramme de fréquence des tailles du blageon (cf. Figure 32).

Figure 32 Diagramme de fréquence des tailles pour l’espèce indicatrice (blageon) capturée dans l’Allaine

Blageon

Les poissons 0+ sont peu représentés (« présence faible » ; cf. Figure 33). Les autres poissons juvéniles et les poissons adultes sont suffisamment représentés (« présence adéquate »).

Figure 33 Évaluation de la présence des trois classes d’âge (poissons 0+, autres poissons juvéniles, poissons adultes) dans l’Allaine CA = classe attendue, CO = classe observée.

Évaluation utilisateur/utilisatrice Attente* Observation* Valeur Groupe d'espèces moyenne Poissons 0+ Autres poissons juvéniles Poissons adultes évaluation CA n CO n Blageon 90.6 377 100.0 658 Faible 0.50 Adéquate 1.00 Adéquate 1.00 0.83

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Globalement, la structure des populations se voit attribuer un score de 0,78, qui correspond à une « bonne » évaluation. La catégorie des poissons 0+ présente de petits déficits (cf. Figure 34).

Figure 34 Évaluation de la structure des populations dans l’Allaine

Sous-objectif 3 : Structure des populations typique Valeur Évaluation des poissons 0+ (valeur) 0.50 Évaluation d'autres poissons juvéniles (valeur) 1.00 Évaluation des poissons adultes (valeur) 1.00 Valeur moyenne pour toutes les espèces (valeur) 0.83 Évaluation de la structure de la population (valeur) 0.78 Évaluation de la structure de la population (description) Bon

Étape 7 : évaluation du sous-objectif 4 (déformations et anomalies ; cf. point 5.5) Pour le sous-objectif 4, FishAssess évalue les chevaines, les barbeaux et les truites. On observe chez les chevaines et les barbeaux une prévalence d’anomalies légèrement accrue (cf. Figure 35).

Figure 35 Présence d’anomalies chez les poissons pêchés dans l’Allaine

Nombre de Nombre Proportion Groupe d'espèces poissons (E) avec avec Évaluation (description) >100 mm anomalies anomalies Barbeau 58 2 3.4% Anomalies récurrentes Chevaine 84 3 3.6% Anomalies récurrentes Truite 20 0 0.0% Pas/peu d'anomalies

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Étape 8 : évaluation globale (cf. point 5.6) Tous les objectifs partiels et sous-objectifs ont une évaluation « moyenne » ou « bonne » (cf. Figure 36). L’évaluation globale est calculée automatiquement par FishAssess, en plusieurs étapes : · étape 1 – agrégation des évaluations des objectifs partiels 1a et 1b selon le principe du malus : l’évaluation de l’objectif partiel 1b (= 0,769) étant supérieure à celle de l’objectif partiel 1a (= 0,537), FishAssess n’en tient pas compte et attribue automatiquement au sous-objectif 1 la note de l’objectif partiel 1a (= 0,537) ; · étape 2 – agrégation additive des évaluations des objectifs partiels 2a et 2b : FishAssess calcule la moyenne des évaluations des objectifs partiels 2a et 2b ([0,667 + 0,727] / 2 = 0,697) ; · étape 3 – agrégation additive des évaluations des sous-objectifs 1, 2 et 3, avec pondération : FishAssess applique un coefficient de pondération de 2 à l’évaluation du sous-objectif 1 (2 × 0,537 = 1,074), de 4 à l’évaluation du sous-objectif 2 (4 × 0,697 = 2,788) et de 1 à l’évaluation du sous-objectif 3 (1 × 0,778 = 0,778). La somme des sous-objectifs pondérés est ensuite divisée par 7 ; la valeur qui en résulte est 0,663 ; · étape 4 – agrégation additive par le principe du minimum : FishAssess applique une pondération supplémentaire à l’évaluation la moins bonne des trois. Pour cela, FishAssess multiplie par 0,75 la valeur calculée à l’étape 3 (0,75 × 0,663 = 0,497) et par 0,25 l’évaluation du sous-objectif le moins bien noté (0,25 × 0,537 = 0,134). L’évaluation globale (= 0,631) résulte de l’addition de ces deux valeurs.

Une évaluation globale de 0,631 correspond à un état écologique tout juste « bon ». Ce résultat convient aux auteurs. L’évaluation se situe à la limite entre un bon état et un état moyen. Quelques espèces importantes sont absentes, et la densité de peuplement et la biomasse de la truite, du goujon et de la loche franche sont plutôt faibles. Globalement, ce tronçon est dominé par des espèces assez peu sensibles. Et des anomalies récurrentes ont été observées. En même temps, la densité de la plupart des espèces (chevaine, barbeau, vairon, chabot, blageon) est presque identique à celle attendue dans des eaux d’aspect naturel. La structure des populations de blageons est jugée « bonne ».

Figure 36 Évaluation globale de l’Allaine, avec scores des objectifs partiels et des sous-objectifs

Sous-objectifs Valeur Classe État Objectif partiel 1a : Cortège d'espèces typique de la station 0.537 3 Moyen Objectif partiel 1b : Dominance relative typique de la station 0.769 2 Bon Objectif partiel 2a : Densités typiques de la station 0.667 2 Bon Objectif partiel 2b : Biomasses typiques de la station 0.727 2 Bon Sous-objectif 3 : Structure des populations typique de la station 0.778 2 Bon

Objectif principal : Peuplement pisciaire typique de la station Valeur Classe État Évaluation globale* 0.631 2 Bon

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A 3 Valeurs attendues

Les valeurs attendues proviennent principalement de la publication de Degiorgi et Raymond (2000). Elles ont été déterminées à partir de pêches et d’estimations d’experts réalisées en France. Ces hypothèses ont été vérifiées à l’aide d’un jeu de données test provenant de 1303 pêches quantitatives réalisées dans 1202 stations en Suisse. Comme ces valeurs de référence n’ont jamais été atteintes pour le gardon, la valeur attendue pour cette espèce a été réduite de moitié. Aucune valeur attendue n’étant disponible en France pour la blennie fluviatile et la loche de rivière, les valeurs relatives à ces deux espèces ont été estimées à partir des résultats de pêche du jeu de données test. Pour quelques espèces méridionales, le manque de données disponibles dans la publication française ou dans le jeu de données test n’a pas permis de définir des valeurs attendues, ce qui a obligé à reprendre les valeurs relatives aux espèces septentrionales (p. ex. ombres de rivière du sud et du nord). Une interpolation linéaire a été effectuée entre les limites des classes définies par Degiorgi et Raymond (2000).

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A 3.1 Valeurs attendues pour les densités de peuplement

Tableau 16 Densité de peuplement attendue par espèce et par classe attendue Indications en n/ha par espèce et par classe attendue (CA) ou classe observée (CO) ; INF = pas de limite supérieure ; – = donnée non disponible ou non évaluable. Classe attendue/ Espéce 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100 Classe observée

limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Able de Stymphale limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 1000 2000 3000 4000 5000 6000 7000 8000 9000 10000 12000 14000 16000 18000 20000 24000 28000 32000 36000 40000 Ablette limite supérieure 1000 2000 4000 6000 8000 10000 12000 14000 16000 18000 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 24 28 32 36 40 48 56 64 72 80 Anguille limite supérieure 2 4 8 12 16 20 24 28 32 36 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 24 28 32 36 40 48 56 64 72 80 Apron, Roi du Doubs limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 26 52 78 104 130 156 182 208 234 260 312 364 416 468 520 624 728 832 936 1040 Barbeau limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 240 280 320 360 400 480 560 640 720 800 Barbeau canino limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 76 152 228 304 380 456 532 608 684 760 912 1064 1216 1368 1520 1824 2128 2432 2736 3040 Blageon limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1200 1400 1600 1800 2000 2400 2800 3200 3600 4000 Blennie fluviatile limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 36 72 108 144 180 216 252 288 324 360 432 504 576 648 720 864 1008 1152 1296 1440 Bouvière limite supérieure 36 72 144 216 288 360 432 504 576 648 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 60 120 180 240 300 360 420 480 540 600 720 840 960 1080 1200 1440 1680 1920 2160 2400 Brème bordelière limite supérieure 60 120 240 360 480 600 720 840 960 1080 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 120 140 160 180 200 240 280 320 360 400 Brème franche limite supérieure 10 20 40 60 80 100 120 140 160 180 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF

limite inférieure 0 4 8 12 16 20 24 28 32 36 40 48 56 64 72 80 96 112 128 144 160 Brochet limite supérieure 4 8 16 24 32 40 48 56 64 72 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 4 8 12 16 20 24 28 32 36 40 48 56 64 72 80 96 112 128 144 160 Carpe limite supérieure 4 8 16 24 32 40 48 56 64 72 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 150 300 450 600 750 900 1050 1200 1350 1500 1800 2100 2400 2700 3000 3600 4200 4800 5400 6000 Chabot limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 56 112 168 224 280 336 392 448 504 560 672 784 896 1008 1120 1344 1568 1792 2016 2240 Chevaine limite supérieure 56 112 224 336 448 560 672 784 896 1008 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Corégone limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 46 92 138 184 230 276 322 368 414 460 552 644 736 828 920 1104 1288 1472 1656 1840 Épinoche limite supérieure 46 92 184 276 368 460 552 644 736 828 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Esturgeon limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 170 340 510 680 850 1020 1190 1360 1530 1700 2040 2380 2720 3060 3400 4080 4760 5440 6120 6800 Gardon limite supérieure 170 340 680 1020 1360 1700 2040 2380 2720 3060 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Ghiozzo limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 116 232 348 464 580 696 812 928 1044 1160 1392 1624 1856 2088 2320 2784 3248 3712 4176 4640 Goujon limite supérieure 116 232 464 696 928 1160 1392 1624 1856 2088 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF

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Tableau 17 Densité de peuplement attendue par espèce et par classe attendue (suite) Indications en n/ha par espèce et par classe attendue (CA) ou classe observée (CO) ; INF = pas de limite supérieure ; – = donnée non disponible ou non évaluable.

Classe attendue/ Espéce 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100 Classe observée

limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Grande alose limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 126 252 378 504 630 756 882 1008 1134 1260 1512 1764 2016 2268 2520 3024 3528 4032 4536 5040 Grémille limite supérieure 126 252 504 756 1008 1260 1512 1764 2016 2268 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 240 280 320 360 400 480 560 640 720 800 Lamproie limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Loche d'étang limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 67.5 135 202.5 270 337.5 405 472.5 540 607.5 675 790 905 1020 1135 1250 1500 1750 2000 2250 2500 Loche de rivière limite supérieure 67.5 135 270 405 540 675 810 945 1080 1215 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 400 800 1200 1600 2000 2400 2800 3200 3600 4000 4800 5600 6400 7200 8000 9600 11200 12800 14400 16000 Loche franche limite supérieure 400 800 1600 2400 3200 4000 4800 5600 6400 7200 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 4 8 12 16 20 24 28 32 36 40 48 56 64 72 80 96 112 128 144 160 Lotte limite supérieure 4 8 16 24 32 40 48 56 64 72 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 192 384 576 768 960 1152 1344 1536 1728 1920 2304 2688 3072 3456 3840 4608 5376 6144 6912 7680 Nase limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 12 24 36 48 60 72 84 96 108 120 144 168 192 216 240 288 336 384 432 480 Ombre limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 6 12 18 24 30 36 42 48 54 60 72 84 96 108 120 144 168 192 216 240 Perche limite supérieure 6 12 24 36 48 60 72 84 96 108 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Pigo limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 8 16 24 32 40 48 56 64 72 80 96 112 128 144 160 192 224 256 288 320 Rotengle limite supérieure

8 16 32 48 64 80 96 112 128 144 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Saumon atlantique limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 4 8 12 16 20 24 28 32 36 40 48 56 64 72 80 96 112 128 144 160 Silure glâne limite supérieure 4 8 16 24 32 40 48 56 64 72 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 6 12 18 24 30 36 42 48 54 60 72 84 96 108 120 144 168 192 216 240 Soiffe, Sofie limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 12 24 36 48 60 74 88 102 116 130 154 178 202 226 250 300 350 400 450 500 Spirlin limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 6 12 18 24 30 36 42 48 54 60 72 84 96 108 120 144 168 192 216 240 Tanche limite supérieure 6 12 24 36 48 60 72 84 96 108 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Triotto limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 1000 1200 1400 1600 1800 2000 2400 2800 3200 3600 4000 Truite limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 350 700 1050 1400 1750 2100 2450 2800 3150 3500 4200 4900 5600 6300 7000 8400 9800 11200 12600 14000 Vairon limite supérieure 350 700 1400 2100 2800 3500 4200 4900 5600 6300 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 56 112 168 224 280 336 392 448 504 560 672 784 896 1008 1120 1344 1568 1792 2016 2240 Vandoise limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF

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A 3.2 Valeurs attendue pour la biomasse Tableau 18 Biomasse attendue par espèce et par classe attendue Indications en kg/ha par espèce et par classe attendue (CA) ou classe observée (CO) ; INF = pas de limite supérieure ; – = donnée non disponible ou non évaluable. Classe attendue/ Espéce 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100 Classe observée

limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Able de Stymphale limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 3.15 6.3 9.45 12.6 15.75 18.9 22.05 25.2 28.35 31.5 37.8 44.1 50.4 56.7 63 75.6 88.2 100.8 113.4 126 Ablette limite supérieure 3.15 6.3 12.6 18.9 25.2 31.5 37.8 44.1 50.4 56.7 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 12 14 16 18 20 24 28 32 36 40 Anguille limite supérieure 1 2 4 6 8 10 12 14 16 18 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.05 0.1 0.15 0.2 0.25 0.3 0.35 0.4 0.45 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1 1.2 1.4 1.6 1.8 2 Apron, Roi du Doubs limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 24 28 32 36 40 48 56 64 72 80 Barbeau limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 12 14 16 18 20 24 28 32 36 40 Barbeau canino limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 1.6 3.2 4.8 6.4 8 9.6 11.2 12.8 14.4 16 19.2 22.4 25.6 28.8 32 38.4 44.8 51.2 57.6 64 Blageon limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.15 0.3 0.45 0.6 0.75 0.9 1.05 1.2 1.35 1.5 1.8 2.1 2.4 2.7 3 3.6 4.2 4.8 5.4 6 Blennie fluviatile limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.08 0.16 0.24 0.32 0.4 0.48 0.56 0.64 0.72 0.8 0.96 1.12 1.28 1.44 1.6 1.92 2.24 2.56 2.88 3.2 Bouvière limite supérieure 0.08 0.16 0.32 0.48 0.64 0.8 0.96 1.12 1.28 1.44 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.6 1.2 1.8 2.4 3 3.6 4.2 4.8 5.4 6 7.2 8.4 9.6 10.8 12 14.4 16.8 19.2 21.6 24 Brème bordelière limite supérieure 0.6 1.2 2.4 3.6 4.8 6 7.2 8.4 9.6 10.8 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.8 1.6 2.4 3.2 4 4.8 5.6 6.4 7.2 8 9.6 11.2 12.8 14.4 16 19.2 22.4 25.6 28.8 32 Brème franche limite supérieure 0.8 1.6 3.2 4.8 6.4 8 9.6 11.2 12.8 14.4 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

0 0.4 0.8 1.2 1.6 2 2.4 2.8 3.2 3.6 4 4.8 5.6 6.4 7.2 8 9.6 11.2 12.8 14.4 16 Brochet limite supérieure 0.4 0.8 1.6 2.4 3.2 4 4.8 5.6 6.4 7.2 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 1.2 2.4 3.6 4.8 6 7.2 8.4 9.6 10.8 12 14.4 16.8 19.2 21.6 24 28.8 33.6 38.4 43.2 48 Carpe limite supérieure 1.2 2.4 4.8 7.2 9.6 12 14.4 16.8 19.2 21.6 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 12 14 16 18 20 24 28 32 36 40 Chabot limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 3.8 7.6 11.4 15.2 19 22.8 26.6 30.4 34.2 38 45.6 53.2 60.8 68.4 76 91.2 106.4 121.6 136.8 152 Chevaine limite supérieure 3.8 7.6 15.2 22.8 30.4 38 45.6 53.2 60.8 68.4 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Corégone limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 0.04 0.08 0.12 0.16 0.2 0.24 0.28 0.32 0.36 0.4 0.48 0.56 0.64 0.72 0.8 0.96 1.12 1.28 1.44 1.6 Épinoche limite supérieure 0.04 0.08 0.16 0.24 0.32 0.4 0.48 0.56 0.64 0.72 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Esturgeon limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 2.5 5 7.5 10 12.5 15 17.5 20 22.5 25 30 35 40 45 50 60 70 80 90 100 Gardon limite supérieure 2.5 5 10 15 20 25 30 35 40 45 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Ghiozzo limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 0.6 1.2 1.8 2.4 3 3.6 4.2 4.8 5.4 6 7.2 8.4 9.6 10.8 12 14.4 16.8 19.2 21.6 24 Goujon limite supérieure 0.6 1.2 2.4 3.6 4.8 6 7.2 8.4 9.6 10.8 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF

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Tableau 19 Biomasse attendue par espèce et par classe attendue (suite) Indications en kg/ha par espèce et par classe attendue (CA) ou classe observée (CO) ; INF = pas de limite supérieure ; – = donnée non disponible ou non évaluable.

Classe attendue/ Espéce 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95 100 Classe observée

limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Grande alose limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 0.6 1.2 1.8 2.4 3 3.6 4.2 4.8 5.4 6 7.2 8.4 9.6 10.8 12 14.4 16.8 19.2 21.6 24 Grémille limite supérieure 0.6 1.2 2.4 3.6 4.8 6 7.2 8.4 9.6 10.8 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.02 0.04 0.06 0.08 0.1 0.12 0.14 0.16 0.18 0.2 0.24 0.28 0.32 0.36 0.4 0.48 0.56 0.64 0.72 0.8 Lamproie limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Loche d'étang limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 0.25 0.5 0.75 1 1.25 1.5 1.75 2 2.25 2.5 3 3.5 4 4.5 5 6 7 8 9 10 Loche de rivière limite supérieure 0.25 0.5 1 1.5 2 2.5 3 3.5 4 4.5 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.8 1.6 2.4 3.2 4 4.8 5.6 6.4 7.2 8 9.6 11.2 12.8 14.4 16 19.2 22.4 25.6 28.8 32 Loche franche limite supérieure 0.8 1.6 3.2 4.8 6.4 8 9.6 11.2 12.8 14.4 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 1.2 2.4 3.6 4.8 6 7.2 8.4 9.6 10.8 12 14.4 16.8 19.2 21.6 24 28.8 33.6 38.4 43.2 48 Lotte limite supérieure 1.2 2.4 4.8 7.2 9.6 12 14.4 16.8 19.2 21.6 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 7 14 21 28 35 42 49 56 63 70 84 98 112 126 140 168 196 224 252 280 Nase limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 12 14 16 18 20 24 28 32 36 40 Ombre limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.8 1.6 2.4 3.2 4 4.8 5.6 6.4 7.2 8 9.6 11.2 12.8 14.4 16 19.2 22.4 25.6 28.8 32 Perche limite supérieure 0.8 1.6 3.2 4.8 6.4 8 9.6 11.2 12.8 14.4 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Pigo limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 0.08 0.16 0.24 0.32 0.4 0.48 0.56 0.64 0.72 0.8 0.96 1.12 1.28 1.44 1.6 1.92 2.24 2.56 2.88 3.2 Rotengle limite supérieure

0.08 0.16 0.32 0.48 0.64 0.8 0.96 1.12 1.28 1.44 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Saumon atlantique limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 0.8 1.6 2.4 3.2 4 4.8 5.6 6.4 7.2 8 9.6 11.2 12.8 14.4 16 19.2 22.4 25.6 28.8 32 Silure glâne limite supérieure 0.8 1.6 3.2 4.8 6.4 8 9.6 11.2 12.8 14.4 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.8 1.6 2.4 3.2 4 4.8 5.6 6.4 7.2 8 9.6 11.2 12.8 14.4 16 19.2 22.4 25.6 28.8 32 Soiffe, Sofie limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.06 0.12 0.18 0.24 0.3 0.36 0.42 0.48 0.54 0.6 0.72 0.84 0.96 1.08 1.2 1.44 1.68 1.92 2.16 2.4 Spirlin limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.6 1.2 1.8 2.4 3 3.6 4.2 4.8 5.4 6 7.2 8.4 9.6 10.8 12 14.4 16.8 19.2 21.6 24 Tanche limite supérieure 0.6 1.2 2.4 3.6 4.8 6 7.2 8.4 9.6 10.8 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Triotto limite supérieure

• - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - limite inférieure 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 60 70 80 90 100 120 140 160 180 200 Truite limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 0.6 1.2 1.8 2.4 3 3.6 4.2 4.8 5.4 6 7.2 8.4 9.6 10.8 12 14.4 16.8 19.2 21.6 24 Vairon limite supérieure 0.6 1.2 2.4 3.6 4.8 6 7.2 8.4 9.6 10.8 INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF limite inférieure 0 2.2 4.4 6.6 8.8 11 13.2 15.4 17.6 19.8 22 26.4 30.8 35.2 39.6 44 52.8 61.6 70.4 79.2 88 Vandoise limite supérieure INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF INF

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A 4 Guide pratique

Tableau 20 : Guide pour la mise en pratique de la méthode La méthode présentée dans cette publication est une approche de type systématique : elle s’articule autour de la zone piscicole (ZP), qui est la référence

servant à évaluer tous les objectifs partiels. Pour chaque espèce, la zone piscicole définit une classe attendue (CA) indiquant la probabilité d’occurrence ainsi

que les densités attendues. Le même système permet, a contrario, de classer les densités observées chez une espèce dans une classe observée (CO). Ce

guide pratique rappelle à l’utilisateur quels sont les paramètres pour lesquels il doit saisir des informations, quels sont les aspects auxquels il doit être attentif

et quelles valeurs doivent faire l’objet d’une évaluation, et comment. Il est utile de s’y référer pour procéder à une évaluation au moyen de l’application

FishAssess (FA).

Zone piscicole (ZP) Paramètre / objectif Paramètre / objectif Paramètres / Paramètre / sous- Paramètre / souspartiel 1a partiel 1b objectifs partiels objectif 3 objectif 4 cortège d’espèces dominance relative 2a et 2b densité et structure des déformations et biomasse populations anomalies Quelles sont – Toutes les espèces Toutes les espèces Espèces typiques Espèces indicatrices Anguilles, les espèces qui ont été qui ont été capturées de la station qui ont typiques de la station chevaines, ombres, concernées ? capturées, ainsi que été capturées (dans leur aire de barbeaux, truites et les espèces répartition principale ; nases > 10 cm supplémentaires CA > 50) qui ont été attendues qui sont capturées typiques de la station Quelles Largeur du lit mouillé, Espèce typique de la Aucune donnée à Correction Évaluations par Aucune donnée à indications pente, altitude, station : oui/non saisir (génération éventuelle des classe d’âge et par saisir (génération faut-il saisir température de l’eau Présence de automatique) densités attendues espèce automatique) dans lors du mois le plus l’espèce : (y c. le motif) FishAssess ? chaud obligatoire / pas obligatoire À quoi faut-il Classification au moyen Différents Agrégation selon le La pondération de la Des diagrammes de – être attentif ? d’un système continu coefficients de principe du malus : CA du paramètre 1a fréquence des tailles allant de 1 (zone à pondération pour les l’objectif partiel 1b est n’est plus valide ici. peuvent être créés truites) à 4 (zones à CA : pris en compte dans pour chaque espèce brêmes franches) espèces l’évaluation à évaluer. Ils sont indicatrices = CA × 2 uniquement s’il est indispensables pour moins bien noté que l’évaluation. espèce l’objectif partiel 1a. obligatoirement Dans ce cas, FA présente = CA × 1 calcule la moyenne espèce pas des deux évaluations. obligatoirement présente = CA × 0,5 Est-il possible Oui, la ZP peut être Indirectement. Une Indirectement, en Oui, les densités Non, une estimation Non, car ce d’apporter une adaptée si elle est adaptation de la ZP désignant certaines peuvent être par l’utilisateur est paramètre n’est pas correction ? jugée incorrecte. décale les CA de espèces capturées corrigées en cas de obligatoire. pertinent pour toutes les espèces. comme non typiques besoin par une l’évaluation. de la station personne (paramètre 1a). suffisamment familière du cours

d’eau considéré (connaissances locales). Qu’est-ce qui – Part des espèces Part des poissons Les densités Structure des Pas d’évaluation, est apprécié / capturées typiques typiques de la station observées (selon la populations des mais une simple évalué ? de la station (n/ha) dans l’ensemble CO) sont espèces à évaluer description verbale (pondération selon la de la capture comparées avec les de la prévalence des CA) dans l’ensemble densités attendues anomalies chez les des espèces (selon la CA). espèces à évaluer attendues (part d’individus) Évaluation ? Pas d’évaluation (somme des CA (somme n/ha espèces 1 – ((somme CO – Calcul de la Pas d’évaluation espèces capturées) / typiques) / (somme somme CA) / moyenne des (somme des CA n/ha toutes les (somme CA)), puis évaluations de toutes espèces attendues), espèces), puis copie copie de la valeur les classes d’âge puis copie de la de la valeur finale finale dans la d’une espèce, puis valeur finale dans la dans la fonction fonction d’évaluation calcul de la moyenne fonction d’évaluation d’évaluation pour toutes les espèces, puis copie de la valeur finale dans la fonction d’évaluation