A.________/Municipalité d'Ormont-Dessus, B.________, Direction générale du territoire et du logement, Direction générale de l'environnement

A.

La société coopérative B.________ est propriétaire de la parcelle no 3019 du registre foncier, sur le territoire de la commune d'Ormont-Dessus, sur les hauts des Diablerets. Cette parcelle d'une surface de 8'386 m2 accueille les anciennes installations d'arrivée de la télécabine du domaine skiable d'Isenau, ainsi que le restaurant d'altitude éponyme (bâtiment ECA no 1682). La télécabine, qui n'est plus en fonction depuis 2017, partait du village des Diablerets. Le secteur correspondant au domaine d'Isenau, situé au nord-est du territoire communal, est constitué de pâturages avec quelques constructions, essentiellement des chalets d'alpage. Le restaurant d'Isenau, situé à proximité de l'arrivée de l'ancienne télécabine, a été construit entre 1953 et 1954. Il a été agrandi à plusieurs reprises, parfois sans autorisation préalable.

Le secteur où se trouve la parcelle no 3019 est classé en zone agricole et alpestre selon le plan des zones d'Ormont-Dessus, adopté par le Conseil communal le 7 septembre 1981 et approuvé par le Conseil d'Etat le 10 septembre 1982. Il se trouve également à proximité immédiate du bas-marais d'importance nationale des Moilles (objet no 1618 de l'inventaire fédéral des bas-marais d’importance nationale; cf. art. 1 et annexe 1 de l'ordonnance sur la protection des bas-marais d'importance nationale [ordonnance sur les bas-marais; RS 451.33]). Cet objet est représenté en vert sur le Guichet cartographique cantonal (www.geo.vd.ch > Thème Environnement > Couche Inventaires fédéraux > Bas-marais). Le bas-marais des Moilles s'étend notamment sur le plateau des Moilles, traversé par la route reliant le lac Retaud au restaurant d'Isenau, sur le versant situé au nord-est du village des Diablerets. Selon la fiche descriptive de l'inventaire fédéral, ce bas-marais, situé à une altitude de 1'605 m, couvre une superficie de 36,17 ha. Sa végétation est décrite de la manière suivante: "marais à grandes laiches", "bas-marais alcalin", "bas-marais acide", ainsi que "mégaphorbiaie, prairie humide". Les milieux environnants sont décrits comme comprenant une agriculture extensive, des landes, des bosquets et forêts, des plans d'eau, cours d'eau et sources, ainsi que des constructions et voies de communications.

B.

En réponse à l'assèchement croissant des marais et au besoin d'agir en matière de protection de la biodiversité, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) a lancé, dans le cadre du Plan d'action Biodiversité Suisse, le projet pilote A2.1 "Atténuation du changement climatique: des utilisations durables sont bénéfiques pour les marais suisses", de 2021 à 2025. Les résultats de ce projet pilote figurent dans un rapport final daté du 30 novembre 2025. Selon ce dernier, l'objectif est de fournir aux cantons des outils permettant de préserver durablement les marais suisses en garantissant leur alimentation en eau. Face à l'assèchement progressif des marais, la protection ne peut se limiter au seul périmètre des biotopes, mais doit intégrer l'ensemble des surfaces qui influencent leur fonctionnement hydrologique. Le projet s'appuie sur le concept de biogéocénose marécageuse, qui désigne l'ensemble fonctionnel constitué du marais, de ses sols, de sa végétation et des processus hydrologiques qui assurent son maintien. Cette approche permet de considérer le marais comme un écosystème connecté à son bassin versant plutôt que comme une surface isolée.

Afin de protéger ces biogéocénoses, le projet a développé des périmètres hydrologiques indicatifs, qui remplacent l'ancienne notion de "périmètre de précaution" ou de "zone tampon hydrique". Ce changement de terminologie vise à mieux refléter leur fonction, qui consiste à préserver les apports en eau indispensables au bon fonctionnement des marais, tout en améliorant leur acceptation par les exploitants et les propriétaires. La délimitation de ces périmètres repose sur une méthode combinant des analyses en système d'information géographique (SIG), l'étude des bassins versants topographiques, des données géologiques, ainsi que des vérifications de terrain. Les périmètres comprennent la biogéocénose, un ourlet sensible et l'ensemble des surfaces alimentant le marais en eau. Les analyses permettent également d'identifier les perturbations hydrologiques, telles que les drainages, routes, fossés, captages d'eau ou modifications du relief, susceptibles d'altérer le régime hydrique. Le rapport souligne toutefois que ces périmètres constituent une base technique et non une délimitation réglementaire définitive. Leur validation nécessite une expertise locale et des investigations complémentaires afin d'adapter les limites aux réalités du terrain. La compétence de délimitation reste de la responsabilité des cantons, qui doivent appliquer la démarche "espace marais" et intégrer les périmètres hydrologiques dans leurs instruments de planification.

S'agissant du bas-marais des Moilles, huit biogéocénoses marécageuses ont été identifiées et cartographiées. L'objet no 1618 de l'inventaire fédéral a ainsi été subdivisé en huit objets partiels nos 261801 à 261808 (cf. documents produits par la DGE le 19 juin 2026). Pour chacun de ces objets partiels, les cartes établissent le périmètre hydrologique indicatif ainsi que la biogéocénose correspondante. Les cours d'eau concernés y sont également représentés.

C.

Le secteur d'Isenau fait l'objet d'un contentieux administratif. Entre 2009 et 2015, la commune d'Ormont-Dessus a élaboré un plan partiel d'affectation (PPA) pour le domaine skiable d'Isenau afin de moderniser les infrastructures et protéger les zones naturelles. Des propriétaires, C.________ et A.________, dont le terrain était traversé par la route d'accès aux installations, ont formé opposition en raison des impacts sur l'environnement et la circulation. En 2017, le Conseil communal d'Ormont-Dessus a adopté le PPA puis, en décembre 2017, le Département du territoire et de l'environnement (DTE; aujourd'hui le Département des finances, du territoire et du sport [DFTS]) l'a approuvé. Par arrêt AC.2018.0040 du 1er avril 2019, la Cour de droit administratif et public (CDAP) du Tribunal cantonal a rejeté le recours des opposants, estimant la planification suffisante et la protection des marais adéquate. Les recourants ont alors saisi le Tribunal fédéral qui, par un arrêt 1C_274/2019 du 28 septembre 2020, a considéré que le PPA n'examinait pas suffisamment la question des accès routiers et de l'équipement. Il constatait aussi que la protection du bas-marais traversé par la route reliant le lac Retaud à Isenau n'était pas garantie à long terme, une simple restriction de circulation étant insuffisante; le PPA devait donc être complété par des mesures de planification limitant le trafic pour préserver les milieux naturels. Le Tribunal fédéral relevait encore que les périmètres des marais d'importance nationale figurant dans le PPA différaient notablement de ceux de l'inventaire fédéral, sans justification valable ni consultation de l'OFEV. Le Tribunal fédéral a admis le recours et renvoyé la cause aux autorités inférieures pour réexamen complet du PPA, de l'équipement et des périmètres protégés.

D.

Les autorités communales en charge de l'aménagement du territoire procèdent actuellement à l'élaboration d'un nouveau plan d'affectation d'Isenau. Le plan des zones projeté classe le site d'Isenau (avec notamment son restaurant, le bâtiment de l'arrivée de la télécabine et leurs abords) en zone de tourisme et de loisirs 18 LAT A, cette zone étant destinée, selon l'art. 43 du projet de règlement relatif à ce plan d'affectation, aux activités touristiques (restauration, hébergement, équipements touristiques et équipements liés à l'entretien et l'exploitation des infrastructures de sports et de loisirs). Le site d'Isenau est également partiellement colloqué dans un secteur de protection de la nature et du paysage 17 LAT C. Ce secteur correspond à la zone tampon hydrique des bas-marais inscrits à l'inventaire fédéral. Ce secteur est inconstructible. Seuls sont admis les aménagements nécessaires au maintien, à l'entretien et à l'amélioration du biotope, à une activité agricole ou sylvicole servant à la sauvegarde du site et à la recherche scientifique. Dans la zone tampon, les aménagements répondant aux besoins de l'exploitation agricole et conformes aux buts de protection sont également admis (art. 13 du projet de règlement).

Le plan d'affectation d'Isenau, soumis à l'enquête publique du 11 janvier 2025 au 10 février 2025, a été adopté par le Conseil communal d'Ormont-Dessus le 5 novembre 2025. Il a fait l'objet d'une enquête publique complémentaire du 6 juin 2026 au 5 juillet 2026.

E.

Le 16 janvier 2025, la société coopérative B.________ a déposé une demande de permis de construire (CAMAC no 239070) portant sur la "Rénovation du refuge d'Isenau, Centre multifonctionnel", avec pour objectif de transformer le bâtiment en un centre multifonctionnel. Les travaux projetés concernaient principalement le restaurant d'Isenau (bâtiment ECA no 1682). Ils consistaient notamment en une réorganisation des espaces intérieurs ainsi qu'en une modification des volumes existants. Deux agrandissements étaient prévus aux angles sud-est et sud-ouest du bâtiment. Le premier consistait en la création d'un espace supplémentaire de 27,54 m2 destiné au "rangement vélos, fraiseuse…" selon les plans d'enquête, tandis que le second correspondait à la réalisation d'un dépôt d'une surface de 5,95 m2. Par ailleurs, les annexes existantes situées au nord et au sud du bâtiment, réalisées sans autorisation préalable, sont destinées à être démolies dans le cadre du projet. Ce dernier prévoyait également l'installation d'une station de traitement des eaux usées (mini-STEP): les eaux traitées devaient être rejetées dans une tranchée absorbante en aval, entre le refuge d'Isenau et le bas-marais des Moilles. La mini-STEP ne figure ni sur le plan de situation, ni sur les plans d'architecte soumis à l'enquête publique. Figure toutefois au dossier une offre, avec des plans illustratifs, préparée par D.________, le 16 janvier 2025.

F.

Le dossier de la demande de permis de construire a été mis à l'enquête publique du 1er février au 2 mars 2025. Durant le délai d'enquête, le projet a suscité l'opposition de A.________, copropriétaire des parcelles nos 3012 et 3014, situées sur le plateau des Moilles, à plus de 300 mètres. La parcelle no 3012 supporte un chalet et un garage. La route carrossable reliant le col du Pillon à la Marnèche (la route des Moilles ou encore, depuis le lac Retaud, la route Retaud-Isenau) traverse la parcelle no 3012 et longe la parcelle no 3014 située en amont.

Les services spécialisés de l'administration cantonale ont délivré leurs autorisations spéciales et préavis regroupés dans la synthèse no 239070 établie le 6 mai 2025 par la Centrale des autorisations en matière de construction (CAMAC).

Par décision du 27 mai 2025, la Municipalité d'Ormont-Dessus a levé l'opposition et délivré le permis de construire requis (no 4378-2025). Elle a notamment considéré que le projet respectait le cadre légal et avait été validé par les autorités cantonales compétentes. Elle a relevé que le bâtiment ECA no 1682 conserverait son affectation de restauration et d'hébergement, sans augmentation de l'exploitation, de sorte qu'aucune nouvelle analyse des accès ne se justifiait. Elle a également précisé que les questions relatives aux servitudes relevaient du juge civil et que les aspects liés aux eaux usées, aux déchets et à la station d'épuration ne faisaient pas obstacle au projet.

G.

Agissant le 3 juillet 2025 par la voie du recours de droit administratif, A.________ demande à la CDAP de prononcer la nullité de la décision municipale, subsidiairement de l'annuler. Le recourant soutient que le projet ne constitue pas une simple transformation, mais une reconstruction avec un agrandissement important du bâtiment existant. Il conteste également l'existence d'un équipement suffisant, en particulier l'accès routier. Il fait valoir que la disparition de la télécabine d'Isenau a modifié la situation et qu'une nouvelle analyse des accès était nécessaire. Selon lui, la route Retaud-Isenau ne répondrait pas aux exigences légales et les servitudes existantes ne permettraient pas l'exploitation projetée. Il invoque aussi l'absence de coordination avec la planification en cours du secteur d'Isenau et soutient que le projet ne serait pas conforme à l'affectation actuelle de la zone agricole et alpestre. Enfin, il critique les lacunes du dossier concernant la gestion des déchets, l'évacuation des boues de la mini-STEP et les eaux usées. Il estime que les ouvrages liés à l'épuration devraient figurer dans les plans d'enquête et pourraient constituer des constructions nouvelles.

Le 15 juillet 2025, le recourant a produit une attestation relative à l'introduction d'une procédure civile, soit le dépôt d'une requête de conciliation en lien avec les servitudes de passage. Il a requis la suspension de la présente procédure de recours, jusqu'à l'issue de la procédure de conciliation engagée auprès du juge civil.

Le 11 août 2025, la DGTL a répondu au recours en concluant à son rejet. Elle s'oppose à la suspension de la cause.

Dans sa réponse du 15 août 2025, la municipalité conclut également au rejet du recours et s'oppose à la suspension de la cause.

Dans sa réponse du 24 septembre 2025, la constructrice conclut à l'irrecevabilité du recours, faute de qualité pour agir, subsidiairement à son rejet.

Le 14 octobre 2025, le recourant a répliqué, en maintenant ses conclusions et en requérant notamment, à titre de mesure d'instruction, la tenue d'une inspection locale. Il a invoqué notamment une atteinte au bas-marais des Moilles. Selon lui, le trafic induit par le projet, ainsi que sa localisation en amont du marais, pourraient compromettre ce milieu protégé et son équilibre hydrique. Il a relevé que la parcelle no 3019 serait partiellement située dans une zone tampon hydrique prévue par le projet de plan d'affectation d'Isenau et que la compatibilité du projet avec les exigences de protection des bas-marais n'avait pas été suffisamment examinée.

Les 27 et 30 octobre 2025, la constructrice et la DGTL se sont déterminées sur la réplique.

Le recourant a pris position sur ces écritures le 31 octobre 2025, en réitérant sa requête tendant à la tenue d'une inspection locale. Puis, le 11 novembre 2025, il a adressé une nouvelle écriture au tribunal, en reprenant certains arguments développés dans ses précédentes lettres.

H.

Le 29 décembre 2025, au vu des arguments développés par le recourant dans sa réplique et ses écritures ultérieures, le juge instructeur a attrait la Direction générale de l'environnement (DGE) à la procédure en qualité d'autorité concernée et l'a invitée à se déterminer sur les griefs relevant de son domaine de compétence, en particulier ceux relatifs à la mini-STEP et à l'évacuation des eaux.

Le 2 mars 2026, la DGE s'est déterminée sur le recours. Elle a relevé que la parcelle no 3019 se trouvait dans un secteur comprenant des bas-marais d'importance nationale et que, dans le cadre de la révision du plan d'affectation d'Isenau, des échanges avaient eu lieu avec l'OFEV concernant la délimitation de zones-tampon destinées à assurer la protection hydrologique de ces milieux. Selon la DGE, il était envisagé d'intégrer la parcelle no 3019 dans un périmètre de prévention hydrologique correspondant au bassin versant alimentant le bas-marais. Elle a rappelé que, conformément aux exigences de protection des biotopes d'importance nationale, l'évaluation des effets d'un projet sur le régime hydrologique d'un marais pouvait nécessiter une expertise spécialisée. S'agissant du projet litigieux, la DGE a relevé que le dossier mentionnait l'existence d'une STEP ainsi que d'un raccordement à une tranchée absorbante, mais que ces éléments ne figuraient pas sur le plan de situation. Elle a indiqué ne pas être en mesure, en l'état, de se prononcer de manière complète sur les éventuels effets de ces installations sur l'alimentation en eau du bas-marais ou sur leur compatibilité avec les exigences de protection applicables. Elle a ainsi estimé qu'un complément d'analyse hydrologique était nécessaire afin d'examiner la compatibilité de la mini-STEP et de la tranchée avec le périmètre de prévention hydrologique envisagé. En l'absence d'une telle analyse, la DGE a indiqué ne pas pouvoir rendre une détermination définitive sur le projet sous l'angle de la protection des marais.

Les parties se sont déterminées sur la prise de position de la DGE.

I. Le 4 mai 2026, la constructrice a produit des pièces complémentaires en indiquant ne pas encore disposer de l'ensemble des informations techniques nécessaires pour répondre aux questions soulevées par la DGE dans sa détermination du 2 mars 2026. Puis, le 18 mai 2026, elle a produit une expertise intitulée "Avis hydrogéologique et hydrologique", établie le 13 mai 2026 par E.________, géologue EPFZ, relative à l'incidence du projet sur le bas-marais des Moilles.

L'expertise rappelle que le projet prévoit l'installation d'une nouvelle station de traitement des eaux usées, avec rejet des eaux traitées dans une tranchée absorbante existante située en aval du refuge d'Isenau, entre celui-ci et le bas-marais. Elle relève que cette installation se situe dans le bassin versant hydrologique du marais. Selon l'expertise, le système projeté, fondé sur un traitement biologique à boues activées, permettrait d'atteindre un taux d'épuration d'environ 97%, nettement supérieur au dispositif existant. Les eaux traitées seraient ensuite infiltrées dans la tranchée absorbante réalisée en 2004. L'analyse hydrogéologique conclut que les eaux infiltrées peuvent contribuer de manière diffuse à l'alimentation du bas-marais par l'intermédiaire des circulations souterraines et des sources présentes dans le secteur. Toutefois, l'expertise estime que l'augmentation des apports en eau liée au projet serait très limitée, de l'ordre de 0,6% du volume total alimentant le marais, et qu'elle ne remettrait pas en cause son équilibre hydrologique. S'agissant de la qualité des eaux, l'expertise retient que les concentrations résiduelles en carbone organique dissous, en azote et en phosphore après traitement seraient faibles. Les phénomènes de dilution et de filtration lors du cheminement souterrain réduiraient encore ces apports, de sorte qu'aucun risque significatif d'eutrophisation ou de pollution du bas-marais ne serait identifié. L'expertise conclut ainsi que le projet de rejet des eaux traitées dans la tranchée absorbante existante ne serait pas susceptible de porter atteinte à l'alimentation quantitative ou qualitative du bas-marais des Moilles.

Par lettre du 8 juin 2026, la municipalité a indiqué que, pour elle, la constructrice avait répondu au complément d'information sollicité par la DGE.

Le 9 juin 2026, dans un mémoire de 21 pages, le recourant a contesté la valeur probante de l'avis hydrogéologique et hydrologique, estimant qu'il ne remédiait pas aux lacunes d'instruction relevées par la DGE concernant la compatibilité du projet avec la zone de protection hydrologique du bas-marais des Moilles. Il critique notamment le dimensionnement et les performances annoncées de la mini-STEP, fondés selon lui sur des données théoriques et non vérifiées en conditions alpines. Il reproche également à l'avis de ne pas examiner suffisamment les impacts hydrogéologiques du projet, en particulier les risques liés aux excavations, aux écoulements souterrains et aux atteintes aux sources alimentant le bas-marais. Il conteste encore l'évaluation des charges polluantes, estimant que le risque d'eutrophisation n'a pas été écarté. Le recourant relève enfin des lacunes formelles du dossier, notamment l'absence de représentation de la mini-STEP dans les plans d'enquête. Il requiert ainsi une expertise hydrogéologique et écologique indépendante afin de vérifier la compatibilité du projet avec la protection du bas-marais des Moilles.

Le 9 juin 2026, la DGTL s'est déterminée sur le rapport d'expertise en s'en remettant à la prochaine prise de position de la DGE. Le même jour, cette dernière s'est déterminée en indiquant "qu'il a[vait] été répondu de manière satisfaisante à ses interrogations contenues dans son courrier du 2 mars 2026". Elle "p[ouvait] donc se prononcer favorablement sur les parties du projet concernant les bas-marais."

Le 14 juin 2026, le recourant a contesté la prise de position de la DGE fondée sur l'avis E.________, estimant que celui-ci ne permettait pas de démontrer la compatibilité du projet avec la protection du bas-marais des Moilles. Il reproche à l'autorité cantonale d'avoir validé une analyse lacunaire, reposant sur un périmètre hydrologique trop restreint et des données insuffisamment vérifiées. Selon lui, l'expertise ne permet pas d'exclure des atteintes au complexe marécageux, notamment en raison des particularités du contexte alpin et des circulations souterraines. Il critique également l'absence d'examen approfondi des impacts liés à l'augmentation du trafic et aux travaux de la mini-STEP, en particulier les excavations en secteur Au de protection des eaux. Le recourant considère ainsi que l'instruction demeure incomplète et maintient que l'absence d'atteinte au bas-marais d'importance nationale n'est pas démontrée. Il conteste dès lors la valeur probante de l'avis E.________ et requiert qu'une analyse indépendante soit réalisée.

Par lettre du 19 juin 2026, la DGE a contesté l’allégation d’une réduction artificielle du périmètre d’analyse hydrologique. Elle explique que la méthode de l’OFEV consiste à identifier les différentes biogéocénoses du complexe marécageux, puis à déterminer les périmètres de prévention hydrologique correspondants. Selon elle, seule l’une des huit biogéocénoses du bas-marais des Moilles est concernée par le secteur du refuge d’Isenau, et son périmètre hydrologique a été intégralement pris en compte dans l’avis E.________. La DGE estime ainsi qu’il n’était pas nécessaire d’étendre l’analyse à l’ensemble du bas-marais et considère que l’avis hydrogéologique constitue une base suffisante pour son préavis favorable.

Dans sa détermination du 26 juin 2026, le recourant conteste l’interprétation de la DGE selon laquelle les différents secteurs du bas-marais des Moilles pourraient être analysés séparément. Il soutient que ces objets partiels ne constituent pas des unités hydrologiques indépendantes et que les circulations souterraines dépassent leurs limites. Selon lui, une expertise de terrain était nécessaire et l’avis E.________ ne permet pas d’exclure une atteinte au biotope protégé. Il relève en outre des incohérences dans le périmètre hydrologique retenu et reproche à la DGE de ne pas avoir examiné certains autres impacts du projet, notamment le trafic, les déchets et les travaux liés à la mini-STEP en secteur Au de protection des eaux. Il maintient que l’instruction reste lacunaire.