F1 24 156

I. Procédure

1.

1.1 Le recours porte tant sur l’IFD que sur les ICC et peut être traité dans un seul arrêt (ATF 142 II 293 consid. 1.2). Interjeté dans le délai et les formes prescrits auprès de la juridiction compétente pour en connaître, il est recevable (art.140 LIFD ; art. 50 LHID ; art. 150 LF ; art. 81a, 80 al. 1 let. c et 48 LPJA), sous réserve de ce qui suit.

1.2 Un recours formé à l’encontre d’un prononcé d’irrecevabilité ne peut en principe porter que sur cette seule question, à l’exclusion de tout aspect touchant au fond de l’affaire (arrêts du Tribunal fédéral 2C_195/2018 du 2 mars 2018 consid. 2.1 ; ACDF F1 24 147 du 25 octobre 2025 consid. 1.2 ; RICHNER/FREI/KAUFMANN/ROHNER, Handkommentar zum DGB, 4ème éd. 2023, n° 44 ad art. 140 LIFD ; CASANOVA/DUBEY, in : NOËL/AUBRY GIRARDIN [édit.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2ème éd. 2017, n° 10 ad art. 140 LIFD). Dès lors que la CIPM a déclaré irrecevable la réclamation formée contre les taxations des périodes fiscales 2018 et 2019, le recours portant sur ces périodes ne pouvait être dirigé que contre ce refus d’entrer en matière. Partant, les conclusions et griefs de fond développés au sujet des reprises opérées sur ces périodes sont irrecevables et ne seront pas examinés.

1.3 Le SCC a déposé le dossier de la cause. La requête correspondante de la recourante est ainsi satisfaite.

II. Impôt fédéral direct

2. La recourante conteste l’irrecevabilité de la réclamation relative aux périodes fiscales 2018 et 2019, estimant qu’elle avait un intérêt digne de protection à contester les taxations concernées.

2.1 La qualité pour former réclamation est régie par l’art. 132 al. 1 LIFD, qui exige, à l’instar de toute voie de droit, un intérêt digne de protection à l’annulation ou à la modification de la décision attaquée (CASANOVA/DUBEY, op. cit., n° 16 ad art. 132 LIFD). La question de l’intérêt digne de protection, de fait ou de droit, actuel et pratique, présente une dimension spécifique dans le contexte du droit fiscal (ATF 150 II 409 consid. 2.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 9C_186/2024 du 18 juin 2024 consid. 6.2.2). Elle s’est avant tout posée dans le contexte des taxations dites « taxation zéro ». Ainsi, lorsqu’un contribuable reçoit une taxation sur un revenu nul et qu’il n’a, en conséquence, pas d’impôt à payer, le montant des pertes qui ont conduit à cette taxation constitue uniquement un motif de la décision de taxation, de sorte que ce montant ne bénéficie pas de la force de chose jugée matérielle. Une décision de taxation ne revêt, en effet, l’autorité de la chose jugée que pour la période fiscale concernée. Les circonstances de fait et celles de droit peuvent être appréciées différemment lors d’une période de taxation ultérieure ; elles ne revêtent que la qualité de motifs qui ne participent pas à l’autorité matérielle de la chose jugée (arrêt du Tribunal fédéral 2C_784/2017 du 8 mars 2017 consid. 3). Par conséquent, dans la mesure où un contribuable souhaite que le montant de la perte à reporter sur la période fiscale suivante soit arrêté, un intérêt actuel digne de protection lui fait défaut (ATF 140 I 114 consid. 2.4).

Il peut cependant en aller autrement lorsque la taxation zéro – malgré l’absence d’un impôt à payer durant la période fiscale litigieuse – peut déployer des effets juridiques immédiats, dont la clarification ne souffre d’être différée (ATF 150 II 409 consid. 2.3.2 et les références ; arrêt du Tribunal fédéral 9C_404/2023 du 7 mars 2025 consid. 4.3). Un intérêt de fait actuel et partant digne de protection peut également être admis si la décision attaquée contient des considérants fixant la perte à reporter, hypothèse dans laquelle la force de chose jugée s’étend exceptionnellement au-delà du dispositif (HUNZIKER/BIGLER, in : ZWEIFEL/BEUSCH [édit.], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 4ème éd. 2022 n° 23 ad art. 140 LIFD ; CASANOVA/DUBEY, op. cit., n° 16 ad art. 132 LIFD). A l’exception de ces cas particuliers, il n’existe un intérêt digne de protection à l’annulation ou à la modification d’une décision de taxation que lorsque le contribuable demande une diminution des facteurs fiscaux déterminants ou une charge fiscale globalement plus basse pour la période fiscale concernée, voire, dans certaines circonstances, pour une future période fiscale (ATF 150 II 409 consid. 2.3.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 9C_404/2023 précité consid. 4.3).

2.2 Le risque pour un actionnaire de voir des distributions dissimulées de bénéfice être qualifiées de prestations appréciables en argent dans son propre chapitre fiscal ne donne pas à la société un intérêt suffisant à recourir, puisque l’actionnaire peut contester ses propres facteurs fiscaux en usant des voies de droit prévues à cet effet (cf. l’arrêt du Tribunal cantonal zurichois SB.2012.00019 du 27 juin 2012 consid. 2.1 ; ACDF F1 24 147 précité consid. 3.2). En effet, le Tribunal fédéral a précisé à cet égard qu'il n'existait pas de véritable automatisme de taxation : le versement de la prestation appréciable en argent par la société constitue un indice, certes important, dont il faut tenir compte dans l'imposition du détenteur de parts, mais une nouvelle appréciation reste nécessaire au niveau de l'actionnaire, d'autant plus que la société et le détenteur de parts constituent des sujets de droit indépendants (arrêts du Tribunal fédéral 9C_566/2023 du 12 septembre 2024 consid. 5.2,9C_582/2023 du 6 décembre 2023 consid. 8.2).

2.3 En l’occurrence, s’agissant de l’impôt sur le bénéfice, les taxations des périodes fiscales 2018 et 2019 se sont soldées par un résultat imposable négatif. La recourante n’avait dès lors pas d’intérêt digne de protection à contester les reprises opérées en lien avec le chiffre d’affaires D _________ et les produits d’intérêts sur les prêts actifs. Elle se prévaut néanmoins du fait que ces taxations seraient susceptibles d’avoir des conséquences sur les pertes déductibles pour les périodes suivantes. Or, comme on l’a vu, cet élément ne suffisait pas à lui conférer la qualité pour former réclamation, étant relevé que les décisions de taxation ne comportaient aucune considération spécifique au sujet des pertes à reporter. L’on relève que l’entrée en force de ces taxations n’empêchera pas la recourante de contester au besoin le montant des pertes déterminantes lors des taxations des périodes ultérieures (ATF 140 I 114 consid. 2.4.1 ; HUNZIKER/BIGLER, op. cit., n° 12 ad art. 132 LIFD). Quant aux actionnaires de la recourante, ils disposent de voies de droit propres pour défendre leurs intérêts et pourront contester d’éventuelles impositions à titre de prestations appréciables en argent nonobstant l’entrée en force des reprises opérées au sein de la recourante. Partant, c’est à juste titre que l’autorité intimée n’est pas entrée en matière sur la réclamation déposée contre les taxations des périodes 2018 et 2019 s’agissant de l’impôt fédéral direct (pour l’impôt cantonal et communal, cf. infra consid. 6).

3. Sur le fond, la recourante conteste en premier lieu la taxation par estimation du chiffre d’affaires D _________, estimant que les conditions y relatives n’étaient pas réunies.

3.1 Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable de la société comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a) et les produits qui n'ont pas été comptabilisés (let. c). L’art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance, selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques (ATF 150 II 369 consid. 3.1). L’autorité fiscale peut donc s’écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 141 II 83 consid. 3.1).

3.2 En principe, on ne peut se fonder sur la comptabilité du contribuable en vertu du principe de déterminance que si l'exactitude des faits qui y sont consignés est garantie (arrêts du Tribunal fédéral 9C_435/2024 du 2 décembre 2024 consid. 5.4,2C_419/2010 du 13 octobre 2010 consid. 3.2). Tel n'est pas le cas dans deux hypothèses ; lorsque les livres ne sont pas tenus régulièrement du point de vue formel, mais aussi lorsqu'il est manifeste que les résultats comptabilisés ne concordent pas quant au fond avec l'état réel des faits, soit parce qu'il y a divergence entre ces résultats et l'évolution de la fortune du contribuable ou son train de vie, soit parce qu'il y a une divergence entre ces résultats et ceux qui, selon l'expérience, sont obtenus dans la branche de la profession en question, sans que des circonstances spéciales n'expliquent ces différences (arrêts du Tribunal fédéral 2C_370/2016,2C_371/2016 du 28 mars 2017 consid. 2.2,2C_419/2010 précité consid. 3.2).

La tenue d'un livre de caisse est par ailleurs indispensable, y compris pour les petites entreprises. Quiconque réalise principalement des recettes provenant de contrats conclus de manière informelle, est en règle générale payé en espèces et n’est pas tenu d’établir régulièrement des factures ou des reçus, est tenu de tenir un livre de caisse. Celui-ci constitue le pivot des enregistrements. Si le livre de caisse doit servir de preuve des transactions en espèces enregistrées, il est indispensable que les recettes et dépenses y soient consignées de manière continue, exhaustive et en temps réel, et qu'elles soient régulièrement contrôlées par des clôtures de caisse, soit quotidiennement dans les entreprises qui traitent beaucoup d'espèces. Seul un contrôle quotidien de la caisse permet de garantir que les recettes enregistrées correspondent à la réalité. L'importance d'un livre de caisse tenu correctement s'applique de la même manière à tous les types d'impôts (arrêts du Tribunal fédéral 2C_973/2018 du 9 janvier 2019 consid. 2.4.2,2C_849/2015,2C_850/2015 du 3 juin 2016 consid. 3.4).

3.3 Selon l’art. 130 LIFD, l’autorité de taxation contrôle la déclaration d’impôt et procède aux investigations nécessaires (al. 1). Elle effectue la taxation d'office sur la base d'une appréciation consciencieuse si, malgré sommation, le contribuable n'a pas satisfait à ses obligations de procédure ou que les éléments imposables ne peuvent être déterminés avec toute la précision voulue en l'absence de données suffisantes. Elle peut prendre en considération les coefficients expérimentaux, l’évolution de fortune et le train de vie du contribuable (al. 2). L’autorité peut également renoncer à la taxation d'office au profit d'un procédure de taxation ordinaire. Cela ne l’empêche toutefois pas d’établir les éléments imposables par appréciation en recourant aux méthodes d’estimation prévues pour la taxation d’office, dans le respect des règles relatives au fardeau de la preuve, lorsqu'il subsiste une incertitude sur certains éléments (arrêts du Tribunal fédéral 2C_74/2021 du 26 juillet 2021 consid. 6.1,2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 5.1.2 ; ALTHAUS-HOURIET, in : NOËL/AUBRY GIRARDIN [édit.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2ème éd. 2017, nos 14 et 27 ad art. 130 LIFD). L’autorité fiscale peut notamment procéder de la sorte lorsque la comptabilité du contribuable n’est pas probante (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_973/2018 précité consid. 2.4.3,2C_370/2016,2C_371/2016 précité consid. 2.4). L’art. 130 al. 2, 2ème phrase LIFD ne lui impose alors pas le choix d'une méthode d’estimation particulière. Les moyens d’estimation mentionnés dans cette disposition ne représentent en effet que des possibilités parmi d’autres d’établir les faits déterminants (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2A.561/2005 du 22 février 2006 consid. 3 ; ALTHAUS-HOURIET, op. cit., n° 27 ad art. 130 LIFD ; LOCHER, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Teil III, 2015, n° 48 ad art. 130 LIFD).

3.4 Les coefficients expérimentaux peuvent servir tant à vérifier la validité matérielle d'une comptabilité commerciale tenue en bonne et due forme qu’à arrêter un bénéfice imposable en application de l'art. 130 al. 2 LIFD lorsque la comptabilité n'a pas de valeur probante (cf. arrêts du Tribunal fédéral 2C_370/2016,2C_371/2016 précité consid. 2.3,

2C_419/2010 précité consid. 3.2). Dans les entreprises qui utilisent beaucoup d’argent liquide et qui ne tiennent pas de livre de caisse, il est souvent nécessaire de se fonder sur de tels coefficients (LOCHER, op. cit., n° 56 ad art. 130 LIFD et les références). Le Tribunal fédéral considère par ailleurs que la marge bénéficiaire brute (« Bruttogewinnmarge ») est le critère le plus approprié pour comparer les résultats d'une entreprise donnée avec les résultats moyens d'entreprises similaires. Cette marge n'est soumise qu'à de faibles fluctuations d'une entreprise à l'autre, contrairement au taux des frais d'exploitation et au bénéfice net qui en dépend (arrêt du Tribunal fédéral 9C_302/2024 du 27 novembre 2024 consid. 2.2.7). Il est approprié de déterminer le bénéfice brut I pour les entreprises purement commerciales et le bénéfice brut II pour les entreprises actives dans le secteur de la production (ibidem). L’autorité peut également, pour la taxation par estimation, avoir recours à des méthodes reconstructives qui visent à compléter ou reconstituer une comptabilité déficiente ; elle peut par exemple établir le chiffre d'affaires pour une brève période, puis appliquer le résultat ainsi obtenu à une période plus longue (extrapolation) (cf. en matière de TVA, arrêt du Tribunal fédéral 2C_657/2012 du 9 octobre 2012 consid. 3.1).

3.5

3.5.1 En l’occurrence, sur le plan formel, l’expert a constaté au terme d’une analyse circonstanciée l’existence de nombreuses irrégularités dans la comptabilité de la recourante, ainsi que des incohérences économiques (cf. supra let. B.a). A cela s’ajoute le fait que la société ne tenait ni livre de caisse, ni inventaire des stocks. Dans la mesure où la recourante n’a apporté aucun élément propre à remettre en cause ces constats, ces manquements suffisaient déjà, à eux seuls, à ôter aux comptes leur force probante, comme exposé ci-dessus.

Sur le plan matériel, les résultats comptabilisés par la société ne concordaient pas non plus avec la réalité économique selon les constats de l’expert. En effet, la marge brute de la période fiscale 2017 (de même que celle de la période 2018) se situait nettement en deçà du coefficient d’expérience applicable à la branche (soit 57% en lieu et place de 70%). Sans remettre en cause ces chiffres, la recourante conteste que ses résultats réels fussent supérieurs aux montants figurant dans sa comptabilité. Elle s’est d’une part prévalue de montants extournés anormalement élevés entre les exercices 2016 et 2018, qui auraient pu correspondre à des vols. A cet égard, l’expert a relevé que ces opérations pouvaient résulter de simples erreurs de saisie et que, même en les prenant en considération, les marges brutes demeuraient insuffisantes (soit 60% au lieu de 70% pour la période 2017), observations auxquelles la recourante n’a opposé aucun argument. Elle s’est d’autre part prévalue d’une mauvaise gestion du restaurant (tenue du livre de caisse, organisation des achats et des stocks) afin d’expliquer les résultats insuffisants constatés. Ces allégations ne sont toutefois nullement étayées, de sorte qu’elles doivent être écartées. Pour le surplus, les arguments développés par la recourante ne concernent pas la période fiscale 2017 et sont donc inopérants (vols et mauvaise gestion du restaurant imputables à L _________ durant son engagement en tant que chef d’établissement ; prétendus vols commis en 2018 à hauteur de 4750 fr. par une autre employée). Dans ces conditions, l’autorité fiscale était fondée à retenir que la comptabilité de la recourante n’était pas probante et à procéder à une estimation du chiffre d’affaires en cause.

3.5.2 La méthode d’estimation utilisée, à savoir l’extrapolation, ne prête pas non plus le flanc à la critique et n’a d’ailleurs fait l’objet d’aucune contestation de la part de la recourante. Elle apparaissait au demeurant plus favorable à cette dernière que l’application directe des coefficients d’expérience, compte tenu des taux de marge constatés. Partant, la reprise de 180'000 fr. sur la période fiscale 2017 doit être confirmée et les griefs y relatifs rejetés.

4. Dans un second grief, la recourante conteste le rattachement du produit de la vente de l’immeuble « F _________ » à la période fiscale 2017, invoquant une violation du principe de la périodicité.

4.1 Le principe de la périodicité, découlant des art. 79 al. 1 et 2 et 58 al. 1 let. a LIFD, exige que la totalité du bénéfice et des frais tombant dans une période donnée lui soient attribués temporellement (ATF 137 II 353 consid. 6.4.4). Il défend à l’entreprise de compenser entre eux les résultats des différentes périodes de calcul, de sorte à augmenter ou diminuer ceux afférents à une période déterminée en faveur ou à charge d'une autre période fiscale (ATF 137 II 353 consid. 6.4.4 ; DANON, in : NOËL/AUBRY GIRARDIN [édit.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2ème éd. 2017, n° 85 ad art. 57, 58 LIFD). Ce principe est également consacré par les règles matérielles comptables, en particulier par l’art. 958b al. 1 CO qui exige que les charges et les produits soient présentés conformément aux principes de la délimitation périodique (cf. ATF 137 II 353 consid. 6.4.4 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_667/2021 du 11 mars 2022 consid. 4.1 s. ; LOCHER/GIGER/PEDROLI, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Teil II, 2ème éd. 2022, n° 94 ad art. 58 LIFD). Le défaut de comptabilisation d'un élément nécessaire revient ainsi, en principe, à violer une norme impérative du droit commercial et justifie une correction du bilan par les autorités fiscales (ibidem).

4.2 Le principe de réalisation détermine le moment où un revenu peut et doit être comptabilisé (arrêt du Tribunal fédéral 2C_667/2021 précité consid. 4.1). Dans le domaine commercial, un produit est inscrit au compte de résultat lorsque la société acquiert une prétention juridique ferme et exécutable envers sa contrepartie (arrêts du Tribunal fédéral 2C_667/2021 précité consid. 4.1,2C_907/2012 du 22 mai 2013 consid. 5.2.2).

Selon la jurisprudence, la conclusion d’un contrat de vente, y compris d'un immeuble, donne en principe naissance à un droit ferme générateur d'un revenu imposable dans la mesure où son exécution ne paraît pas incertaine (arrêts du Tribunal fédéral 9C_90/2023,9C_120/2023 du 12 mars 2024 consid. 9.2,2C_339/2020 du 5 janvier 2021 consid. 8.2). La prétention est ferme lorsque le créancier peut en réclamer l'exécution au débiteur et que tant l'existence de la créance que son étendue sont certaines, cette exigence étant réalisée lorsque son ampleur peut être déterminée selon des critères objectifs. Une créance non exigible n'est pas exécutable, parce qu'avant l'exigibilité, l'exécution de la créance ne peut pas être exigée et le débiteur ne doit pas s'exécuter (ATF 149 II 400 consid. 4.3 ; arrêts du Tribunal fédéral 9C_90/2023,9C_120/2023 précité consid. 9.2,2C_339/2020 précité consid. 8.2). En matière d'aliénation d'immeubles, le Tribunal fédéral a précisé qu'il faut habituellement se baser sur l’acte de vente authentique (art. 216 al. 1 CO), sauf si l'exécution est incertaine. En revanche, l'acte de disposition (inscription au registre foncier ; art. 656 al. 1 CC en relation avec l'art. 971 al. 1 CC) ou le transfert des profits et des risques (art. 220 CO) n'ont généralement pas d'importance (arrêt du Tribunal fédéral 2C_705/2017 du 10 août 2018 consid. 2.2.1). Cette pratique, développée principalement pour les personnes physiques (non soumises à l'obligation de tenir une comptabilité), s'applique de la même manière aux sociétés de capitaux et aux sociétés coopératives (arrêt du Tribunal fédéral 2C_705/2017 précité consid. 2.2.1 ; cf. ég. arrêt du Tribunal fédéral 2C_1009/2017 du 28 septembre 2018 consid. 8.1).

4.3 En l’occurrence, il ressort des pièces au dossier que l’acte de vente objet de la reprise litigieuse a été conclu le 14 juin 2017, soit durant la période fiscale 2017. Son inscription au Registre foncier n’est certes intervenue qu’au cours de l’exercice 2018 (le 9 octobre 2018). Cet élément n’est toutefois pas déterminant s’agissant du moment de la réalisation du revenu correspondant, lequel dépend uniquement de la date de conclusion de l’acte de vente, comme on l’a vu. N’est pas davantage décisif le fait qu’une partie du prix de vente n’était due qu’au moment du transfert de propriété (à savoir les montants de 74’000 fr. et 415’000 fr., selon l’avenant du 8 novembre 2017), puisqu’aucun élément ne permet de retenir que l’exécution de la vente aurait été incertaine ou subordonnée à un événement futur. Le contrat ne prévoyait en particulier aucune condition suspensive, ce que la recourante ne conteste du reste pas. Les risques et profits sont par ailleurs passés à la recourante le 1er juillet 2017 (cf. ch. 5 du contrat). Partant, aucun élément ne permet de rattacher le produit de la vente à la période fiscale 2018. La reprise correspondante sur la période 2017 doit donc être confirmée et le grief y relatif rejeté.

5. Dans un dernier grief, la recourante conteste les reprises opérées au titre de produits d’intérêts insuffisants.

5.1 Selon l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice net imposable comprend notamment le solde du compte de résultats (let. a), ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde de ce compte, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial (let. b). Au nombre de ces prélèvements figurent les distributions dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (5ème tiret).

Il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque : 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante ; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près ; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers ; 4) la disproportion entre la prestation et la contreprestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 144 II 427 consid. 6.1, 140 II 88 consid. 4.1). Il faut ainsi examiner si la prestation faite par la société aurait été accordée dans la même mesure à un tiers étranger à la société, en d'autres termes si la transaction a respecté le principe de pleine concurrence (« Drittvergleich » ; « dealing at arm's length » ; ATF 140 II 88 consid. 4.1).

5.2 Selon la jurisprudence, l’octroi d’un prêt d’une société à son actionnaire (ou à un tiers qui lui est proche) est susceptible d’être qualifié de distribution dissimulée de bénéfice au sens de l’art. 58 al. 1 let. b LIFD. Ce prêt ne respecte pas le principe de pleine concurrence si le taux d'intérêt appliqué est inférieur au taux du marché ou s'il est accordé sans intérêt. La prestation appréciable en argent se mesure alors par la différence entre le taux d'intérêt conforme au principe de pleine concurrence et le taux effectivement appliqué (ATF 140 II 88 consid. 5 ; NOËL, in : NOËL/AUBRY GIRARDIN [édit.], Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2ème éd. 2017, n° 88 ad art. 20 LIFD). A cet égard, l’AFC édicte chaque année des directives sur les taux d'intérêts déterminants pour le calcul des prestations appréciables en argent, publiées sous la forme de lettrescirculaires, destinées à simplifier la mise en œuvre du principe de pleine concurrence en relation avec les taux d'intérêts de prêts conclus en francs suisses entre des sociétés et leurs actionnaires ou associés ou leurs proches (ATF 140 II 88 consid. 5.1).

Les lettres-circulaires 2017 à 2019, applicables aux périodes en cause, prévoient notamment des taux d'intérêts déterminants minimums en cas d'avances accordées aux actionnaires ou associés (ch. 1). Elles distinguent deux hypothèses à cet égard. Si le prêt est financé au moyen de fonds propres et si aucun intérêt n'est dû sur du capital étranger, le taux d'intérêt minimum s'élève à 0,25 % (ch. 1.1). En revanche, si le prêt est financé au moyen de capitaux étrangers, le taux d'intérêt minimum se calcule par référence à la charge d'intérêt due sur les capitaux étrangers par la société prêteuse, à quoi s'ajoute un pourcentage de 0,5 % ou de 0,25 %, selon que le prêt est inférieur (ou égal) ou supérieur à 10 millions de fr., le taux devant dans tous les cas s'élever à au moins 0,25 % (ch. 1.2).

5.3 Faisant partie des instructions et directives internes à l'administration, la lettrecirculaire n'appartient pas au droit fédéral. Elle ne lie donc ni le contribuable, ni l'autorité de taxation, ni les autorités judiciaires. Toutefois, dès lors qu'elle tend à une application uniforme et égale du droit, il ne convient de s'en écarter que dans la mesure où elle ne traduit pas une concrétisation convaincante des dispositions légales applicables (ATF 140 II 88 consid. 5.1.2).

Les taux d'intérêt déterminants fixés par l’AFC ne constituent que des « safe harbour rules ». En conséquence, l'irrespect de ces taux ne crée qu'une présomption réfragable d'existence de prestation appréciable en argent, qui renverse toutefois le fardeau de la preuve en défaveur de la société contribuable, cette dernière devant démontrer que la prestation octroyée est néanmoins conforme au principe de pleine concurrence (ATF 140 II 88 consid. 7 ; arrêt du Tribunal fédéral 9C_690/2022 du 17 juillet 2024 consid. 4.2). La société peut notamment démontrer qu'elle aurait accordé un prêt aux mêmes conditions à un tiers se trouvant dans une situation économique comparable à celle de son actionnaire (ATF 140 II 88 consid. 7.1.1).

5.4 En l’occurrence, l’expert a constaté que le bilan de la société indiquait l’existence de fonds étrangers rémunérés, ce qui ressort également des comptes déposés (cf. p. 220 du dossier du SCC s’agissant de la période fiscale 2017). Le taux d’intérêt appliqué aux prêts octroyés aurait dès lors dû correspondre, au minimum, au taux moyen rémunérant les capitaux étrangers, majoré de 0,5 %. Tel n’était cependant pas le cas selon les constats de l’expert. La recourante ne remet pas en cause cet élément mais soutient que ses taux d’intérêts étaient conformes au marché et ne présentaient pas de disproportion manifeste au regard des prêts octroyés. Cet argument est toutefois inopérant, dès lors qu’il fait abstraction des taux d’intérêts minimaux imposés par les directives précitées en présence de capitaux étrangers rémunérés au bilan.

La recourante fait également valoir qu’une partie des fonds étrangers pris en compte dans le calcul ont été rémunérés par des locations encaissées ou par l’activité opérationnelle du restaurant D _________, dans la mesure où il s’agissait de prêts hypothécaires pour ses biens immobiliers. Elle soutient en outre que ces fonds auraient également servi à différents investissements à l’actif générant des rendements sous forme d’intérêts et de loyers. L’on ne saisit toutefois pas ce que la recourante entend tirer de ces éléments, puisqu’il est inhérent à toute activité commerciale que les emprunts contractés soient affectés à une activité génératrice de revenus. Cet argument doit donc également être écarté.

En conséquence, l’autorité intimée était fondée à retenir l’existence d’une distribution dissimulée de bénéfices sur la base des produits d’intérêts perçus par la recourante. Pour le reste, celle-ci n’a pas remis en cause le calcul des reprises litigieuses, de sorte qu’il y a lieu de confirmer celles-ci et de rejeter les griefs y relatifs.

III. Impôts cantonaux et communaux

6.

6.1 En droit cantonal, la qualité pour former réclamation est régie par les art. 48 LHID et 139 ss LF. A l’instar de l’art. 132 al. 1 LIFD, ces normes exigent un intérêt digne de protection à l’annulation ou à la modification de la décision attaquée (ZWEIFEL/HUNZIKER, in : ZWEIFEL/BEUSCH [édit.], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 4ème éd. 2022, n° 13a ad. art. 48 LHID ; ACDF F1 24 147 précité consid. 3.1). Il peut donc être renvoyé aux considérants développés ci-dessus (cf. supra consid. 2) en ce qui concerne l’irrecevabilité de la réclamation formée en matière d’impôt cantonal sur le bénéfice pour les périodes fiscales 2018 et 2019.

6.2 La situation doit en revanche être appréciée différemment s’agissant de l’impôt sur le capital afférent à ces deux périodes, dès lors que celui-ci n’a pas été arrêté à des montants négatifs dans les décisions de taxation du 20 octobre 2023. La CIPM a en effet déterminé un capital imposable de 1’861’945 fr. pour la période fiscale 2018, et de 1'864'371 fr. pour la période 2019. La recourante disposait ainsi d’un intérêt digne de protection à contester ces décisions. Elle avait par ailleurs requis dans sa réclamation la déduction de provisions supplémentaires pour impôts du capital imposable. Or, en déclarant la réclamation intégralement irrecevable pour les périodes en cause, l’autorité intimée n’a pas statué sur ce grief, alors même que l’inspectorat fiscal s’était prononcé de manière favorable sur ce point dans son courrier du 28 mars 2024. Partant, la cause doit être renvoyée à l’autorité intimée afin qu’elle entre en matière sur la réclamation dirigée contre les taxations des périodes fiscales 2018 et 2019 en matière d’impôt sur le capital. Le recours doit donc être admis sur ce point.

7. Concernant la période fiscale 2017, l’art. 24 al. 1 let. a et b LHID prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet l'ensemble du bénéfice net, y compris notamment les charges non justifiées par l’usage commercial et les produits qui n’ont pas été portés au crédit du compte de résultat. Cette règle est concrétisée en droit cantonal par l’art. 81 al. 1 let. a à c LF, qui correspond à l’art. 58 al. 1 let. a à c LIFD. En outre, l’art. 137 al. 2 LF correspond à l’art. 46 al. 3 LHID et pose les mêmes règles que celles qui prévalent en matière d’IFD s’agissant de l’appréciation des éléments imposables (arrêt du Tribunal fédéral 2C_544/2018 du 21 décembre 2018 consid. 5). Il s’ensuit que la jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct est également valable pour l'application des dispositions cantonales harmonisées correspondantes (ATF 140 II 88 consid. 10). Il en va de même s’agissant du principe de la périodicité, qui s'applique de manière générale aux cantons (ATF 137 II 353 consid. 6.1). Il peut ainsi être renvoyé, s'agissant de l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2017, à la motivation développée en matière d'impôt fédéral direct.

IV. Conclusion, frais et dépens

8. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté en matière d’IFD pour les périodes fiscales 2017 à 2019. En matière d’ICC, il est rejeté pour la période 2017 et très partiellement admis pour les périodes 2018 et 2019. La décision attaquée doit être annulée s’agissant de l’irrecevabilité de la réclamation en matière d’impôt sur le capital et la cause renvoyée à l’autorité intimée pour qu’elle statue sur l’augmentation des provisions pour impôts requises par la recourante. Le recours est pour le reste rejeté et la décision attaquée confirmée (art. 150 al. 3 LF ; art. 143 al. 1 LIFD ; art. 81a al. 3, 80 al. 1 let. e et 60 al. 1 LPJA).

9.

9.1 Le sort du procès commande de faire supporter à la recourante un émolument de justice réduit d’un cinquième, à 1600 fr. (art. 144 LIFD ; art. 8 LALIFD ; art. 150 al. 3 LF ;

art. 89 al. 1 LPJA ; art. 3 al. 3, 11, 13 al. 1 et 25 LTar). Il n’y a pas d’autres frais (art. 89 al. 4 LPJA).

9.2 La recourante, qui a pris une conclusion dans ce sens, a droit à des dépens réduits à charge du fisc (art. 150 al. 3 LF ; art. 144 al. 4 LIFD et 64 al. 1 PA ; art. 91 al. 1 LPJA). Cette indemnité est fixée à 300 fr. (débours et TVA inclus) au vu notamment du travail effectué par l’avocat de la recourante, qui a consisté principalement en la rédaction d’un mémoire de recours de 6 pages (art. 150 al. 3 LF et art. 4, 27 et 39 LTar).