Contrôle de suivi: Protection de la biodiversité en Suisse. Rapport de la Commission de gestion du Conseil des États

3.1.1.1 Analyse d’impact et bilan du premier plan d’action (PA SBS I)

L’OFEV a présenté les résultats de l’analyse d’impact du PA SBS I dans un rapport publié en juin 2023 (ci-après: analyse d’impact de 2023)⁴⁴. Celui-ci rendait compte de la mise en œuvre du plan d’action et dressait un premier bilan de la réalisation des objectifs de la SBS. Ce rapport est arrivé à la conclusion que la Confédération, les cantons et les communes avaient renforcé leur engagement en faveur de la biodiversité et que les mesures prises allaient dans la bonne direction, mais que l’état général de la biodiversité en Suisse restait insatisfaisant⁴⁵.

L’analyse d’impact de 2023 se fondait notamment sur une évaluation intermédiaire du PA SBS I, menée dès 2021 avec le soutien d’experts externes⁴⁶. Celle-ci a montré qu’un tiers environ des mesures et projets pilotes du plan d’action étaient sur la bonne voie, qu’un tiers accusait un léger retard et qu’un tiers était très en retard ou avait vu son contenu entièrement remanié par rapport au début du projet⁴⁷. L’évaluation intermédiaire a également souligné que l’avancement des mesures et projets pilotes était freiné par le manque de ressources en personnel de la Confédération et des cantons.

En vue de la deuxième phase du PA SBS, l’évaluation a notamment recommandé d’accroître les ressources en personnel, d’optimiser la gouvernance du plan d’action, de mettre en place une gestion systématique des parties prenantes et d’établir une communication systématique.

Sur la base de cette évaluation intermédiaire, l’OFEV a apporté en 2022 diverses adaptations immédiates aux mesures et projets pilotes du PA SBS I⁴⁸. Selon l’analyse d’impact de 2023, ces adaptations ont permis d’accélérer la mise en œuvre⁴⁹; elle se sont toutefois accompagnées d’une réduction des objectifs et par conséquent d’une efficacité des mesures et projets inférieure à celle visée ou prévue par le PA SBS⁵⁰.

En revanche, l’analyse d’impact de 2023 n’a pas été en mesure d’évaluer de manière définitive l’impact du PA SBS sur l’environnement ni sur la réalisation des objectifs de la SBS. Faute d’indicateurs, une évaluation précise n’a été possible que pour 3 objectifs sur 10 (cf. chap. 3.1.1.6)⁵¹. Il ressort néanmoins du rapport que la plupart des objectifs de la SBS n’étaient pas encore atteints à fin 2022⁵².

Après avoir pris connaissance de l’analyse d’impact, le Conseil fédéral a décidé en juin 2023 de prolonger le PA SBS I jusqu’à fin 2024⁵³. Le but était d’achever les mesures et projets pilotes ayant pris du retard, mais également de tenir compte, pour la préparation du PA SBS II, des débats parlementaires relatifs à l’initiative biodiversité et du nouveau Cadre mondial de la biodiversité adopté en 2022 (cf. chap. 1.2)⁵⁴.

La mise en œuvre de chaque mesure et projet pilote du PA SBS à l’issue de la première phase est présentée sur une page dédiée du site Internet de l’OFEV⁵⁵. L’office y mentionne également les raisons ayant mené au report ou à l’abandon de 5 projets⁵⁶. La CdG-E a renoncé à une analyse approfondie de ces informations, qui dépasserait le cadre du présent contrôle de suivi. Elle a toutefois constaté qu’une vue d’ensemble de la mise en œuvre et de l’atteinte des objectifs des mesures et projets pilotes à l’issue du PA SBS I faisait défaut sur cette page. Par ailleurs, selon les informations disponibles sur le site Internet de l’OFEV (état: fin 2025), quelques projets du PA SBS I étaient encore en cours d’exécution ou ne contenaient pas d’informations sur leur achèvement⁵⁷.

La CdG-E s’est également renseignée sur les difficultés constatées lors de la mise en œuvre du PA SBS I. Les informations de l’OFEV⁵⁸ montrent que les délais de certains projets étaient trop optimistes au regard des ressources disponibles, de leur complexité et du grand nombre de partenaires impliqués. Par ailleurs, certains projets ont été confrontés à des difficultés de mise en œuvre qui n’ont pas pu être résolues durant le PA SBS I⁵⁹. L’OFEV a indiqué que ces projets seraient repris sous une forme adaptée, lorsque cela s’avérait pertinent, dans le PA SBS II (cf. chap. 3.1.1.2).

De manière générale, les clarifications de la CdG-E montrent que les ressources en personnel insuffisantes ont eu un impact négatif sur la mise en œuvre⁶⁰. Selon l’OFEV, l’analyse d’impact de 2023 a également montré l’importance d’associer davantage les autres politiques sectorielles dans la mise en œuvre du PA SBS et de mieux coordonner les objectifs nationaux et internationaux en matière de biodiversité⁶¹.

Le Conseil fédéral a admis face à la CdG-E que les objectifs de la SBS n’avaient pas été atteints durant la première phase de mise en œuvre⁶². Il n’a toutefois pas mentionné – ni face à la commission, ni dans sa communication publique – le fait que l’accélération de la mise en œuvre du PA SBS I décidée en 2023 s’était accompagnée d’une réduction des objectifs. Il n’a pas non plus fait référence à l’impact négatif du manque de ressources sur la mise en œuvre du PA SBS (cf. chap. 3.4).

3.1.1.2 Elaboration du deuxième plan d’action (PA SBS II)

Poursuite des objectifs de la SBS et conformité avec le GBF

Dans le cadre de l’élaboration du PA SBS II, l’OFEV a examiné la conformité des 10 objectifs de la SBS avec les cibles du Cadre mondial de la biodiversité adopté en 2022 (GBF, cf. chap. 1.2). Il est arrivé à la conclusion que ceux-ci conservaient toute leur pertinence⁶⁵. Lors de l’adoption du deuxième plan d’action, le Conseil fédéral a confirmé les objectifs de la SBS et prolongé leur validité jusqu’en 2030⁶⁶.

L’OFEV a présenté à la CdG-E la méthode utilisée pour identifier les recoupements entre les cibles du GBF et les objectifs de la SBS et déterminer la nécessité d’agir dans les domaines concernés⁶⁷. Le PA SBS II présente les liens entre les mesures et mandats d’examen du plan d’action, les objectifs de la SBS et les cibles du GBF⁶⁸.

L’OFEV a souligné face à la CdG-E que la réalisation des objectifs de la SBS et, par extension, des cibles du GBF, ne dépendait pas uniquement du PA SBS II, mais qu’elle reposait également sur la mise en œuvre des autres politiques sectorielles (cf. chap. 3.1.1.4)⁶⁹.

Illustration 1

Atteinte des objectifs de la SBS et du GBF

Source: OFEV, mars 2025.

Continuité des mesures du PA SBS I dans le PA SBS II

Le PA SBS II contient 15 mesures placées sous l’égide de l’OFEV⁷⁰. Face à la CdG-E, l’office a souligné que la continuité était un facteur de réussite pour le plan d’action. Il a indiqué qu’il avait tenu compte des conclusions de l’analyse d’impact de 2023 (cf. chap. 3.1.1.1) pour décider de reconduire, d’adapter ou d’ajouter des mesures en vue de la deuxième phase de mise en œuvre. Il a aussi examiné les 8 mesures du PA SBS I à étudier pour la deuxième phase et les mesures ayant été provisoirement suspendues ou prolongées⁷¹. Divers autres éléments ont été pris en considération (notamment plusieurs motions adoptées par le Parlement sur la mortalité des insectes⁷²).

Dans le PA SBS II, il est indiqué que «plusieurs mesures du PA SBS I sont devenues opérationnelles et ont été poursuivies» et que «d’autres seront complétées, poursuivies ou perfectionnées lors de la seconde phase»⁷³. Toutefois, les détails de la reprise (ou non) des mesures du PA SBS I n’apparaissent pas toujours de façon claire dans le nouveau plan d’action et il manque une vue d’ensemble. La CdG-E s’est donc informée à ce sujet auprès de l’OFEV et a compilé les informations qui lui ont été transmises⁷⁴ dans l’annexe 2.

De manière générale, les clarifications de la CdG-E montrent que la plupart des mesures et projets pilotes du PA SBS I a été reprise d’une manière ou d’une autre dans le PA SBS II. Quelques mesures et projets ont été abandonnés ou sont considérés comme achevés⁷⁵. Les raisons invoquées par l’OFEV sont principalement leur reprise dans d’autres instruments, l’évolution du contexte politique (notamment en lien avec l’initiative biodiversité) ou le manque de ressources financières. Certains projets du PA SBS I sont aussi poursuivis dans le cadre de tâches d’exécution⁷⁶.

Les 4 mesures urgentes du PA SBS I (4.1.1 à 4.1.4) ont été intégrées dès 2017 à diverses conventions-programmes avec les cantons⁷⁷. Elles sont désormais incluses dans les crédits d’engagement correspondants⁷⁸ et ne figurent donc plus dans le PA SBS⁷⁹. Selon l’OFEV, cela garantit l’ancrage à long terme des objectifs en matière de biodiversité dans la collaboration entre Confédération et cantons⁸⁰.

Enfin, la CdG-E s’est informée sur les suites données aux 8 mesures à étudier en vue du PA SBS II (5.1 à 5.8). Les explications de l’OFEV montrent que cinq d’entre elles ont été intégrées dans le nouveau plan d’action, tandis qu’une a été reprise dans le cadre d’un programme national de recherche⁸¹. En revanche, deux mesures liées au domaine de l’éducation et de la formation (5.5. et 5.6) ont été abandonnées en raison du manque de ressources. La commission s’est informée sur l’implication de leur abandon auprès de l’OFEV; l’office a indiqué que celui-ci «pourrait entraîner une perte de connaissance dans plusieurs branches professionnelles importantes»⁸².

La CdG-E n’a pas évalué le contenu matériel des mesures prévues dans le PA SBS II prises individuellement, un tel examen dépassant le cadre du présent contrôle de suivi (cf. chap. 2.2). Elle s’est néanmoins penchée plus en détail sur les mesures concernant les domaines de l’agriculture et des subventions dommageables à la biodiversité, qui font l’objet de ses recommandations 2 et 3 (cf. chap. 3.2 et 3.3). Elle a également approfondi le thème de la communication publique, particulièrement pertinent du point de vue de la gestion (cf. chap. 3.4).

La commission a par ailleurs pris note que le PA SBS II, lors de sa publication, a fait l’objet de vives critiques de la part de plusieurs organisations environnementales, qui ont notamment dénoncé le manque d’ambition du plan et la diminution des ressources allouées à sa mise en œuvre⁸³.

3.1.1.3 Moyens financiers pour la mise en œuvre du PA SBS II et ressources en personnel de l’OFEV

Ces dernières années, la Confédération a investi environ 600 millions de francs annuellement dans les instruments et mesures qui visent à protéger – directement ou indirectement – la biodiversité. La CdG-E s’est informée sur la répartition détaillée de ce montant; une vue d’ensemble est présentée à l’annexe 3. La majeure partie des fonds fédéraux concerne les contributions à la biodiversité dans l’agriculture, qui représentent 430 à 450 millions de francs par an (cf. chap. 3.2).

Pour la mise en œuvre du PA SBS II entre 2025 et 2030, le Conseil fédéral a alloué à l’OFEV un montant de 24 millions de francs, soit 4 millions par année⁸⁴. Cela représente une importante diminution par rapport à la première phase du plan d’action (2017–2023), qui prévoyait un financement de l’ordre de 10 millions de francs par an. Face à la CdG-E, le DETEC et l’OFEV ont justifié ces diminutions, pour l’essentiel, par la situation tendue des finances fédérales; le chef du DETEC a souligné que la marge de manœuvre du département était très réduite⁸⁵.

En outre, le Conseil fédéral n’a pas attribué de ressources en personnel supplémentaires à l’OFEV pour le PA SBS II. Dans ce contexte, la direction de l’office a décidé de procéder à des priorisations dans le cadre de son budget global; elle a alloué deux équivalents plein temps (EPT) supplémentaires à la mise en œuvre du PA SBS II par des compensations internes, considérant qu’il s’agit d’un projet prioritaire⁸⁶. Au total, le budget global de l’OFEV dans le domaine de la biodiversité (y compris le PA SBS) s’élève à environ 17,5 millions de francs par an.

La réduction de moyens alloués au PA SBS contraint également l’OFEV à procéder à une priorisation des mesures du plan d’action. Selon les explications de l’office⁸⁷, leur hiérarchisation se fonde, d’une part, sur certaines priorités fixées par le Conseil fédéral (p. ex. accent sur l’adaptation au changement climatique et la lutte contre la mortalité des insectes). D’autre part, les mesures ayant un impact direct sur la biodiversité sont traitées en premier lieu, tandis que celles avec un effet plus indirect sont reportées à plus tard. La mise en œuvre sera également échelonnée dans le temps. Le PA SBS II ne fournit néanmoins pas de précisions sur les critères de priorisation.

L’OFEV a indiqué que la réduction de moyens dédiée au PA SBS II était compensée, en partie, par un renforcement des synergies avec d’autres politiques sectorielles, qui contribuent aussi à l’atteinte des objectifs de la SBS (cf. chap. 3.1.1.4)⁸⁸. Néanmoins, les mandats confiés aux autres offices dans le cadre du PA SBS II devront être financés à partir des budgets réguliers de ces offices; il n’est pas prévu de fonds spécifiques supplémentaires à cet effet.

Le DETEC et l’OFEV ont également souligné que les conventions-programmes avec les cantons dans le domaine de l’environnement⁸⁹, dans lesquelles les mesures urgentes issues du PA SBS I sont désormais intégrées (cf. chap. 3.1.1.3), apportaient une contribution financière importante pour la protection de la biodiversité⁹⁰. Enfin, l’OFEV a précisé que diverses autres dépenses de l’office en dehors du PA SBS avaient un impact sur la protection de la biodiversité, notamment les moyens consacrés à la faune sauvage, à la chasse et à la pêche ainsi qu’au Parc national suisse⁹¹.

La CdG-E a également abordé avec le chef du DETEC l’impact sur le PA SBS du rejet de l’initiative biodiversité et de son contre-projet, qui prévoyaient tous deux la mise à disposition de moyens financiers supplémentaires⁹². Le chef du DETEC a assuré que ce rejet ne remettrait pas en cause la mise en œuvre du plan d’action et que le département s’efforcerait d’utiliser les ressources disponibles de manière encore plus ciblée et efficace⁹³. Plus généralement, il a souligné que, malgré la situation tendue des finances fédérales, l’objectif était de maintenir un engagement financier annuel global d’environ 600 millions de francs en faveur de la protection de la biodiversité⁹⁴.

Finalement, la CdG-E a noté qu’en décembre 2025, le Conseil fédéral a adopté une série de mesures et de mandats d’examen visant à renforcer les sources de financement existantes dans les domaines du climat et de la biodiversité et en trouver de nouvelles⁹⁵. Cette démarche vise notamment à mettre en œuvre les engagements de la Suisse en lien avec le Cadre mondial de la biodiversité. Le DETEC doit rendre compte au Conseil fédéral des résultats de ses clarifications d’ici fin juin 2027.

3.1.1.4 Participation des autres offices fédéraux, structure de pilotage du PA SBS II

Selon le chef du DETEC, l’analyse du PA SBS I a montré l’importance de collaborer avec l’ensemble des domaines concernés par la biodiversité. Pour cette raison, le deuxième plan d’action intègre de manière plus visible les autres politiques sectorielles⁹⁶. Parallèlement aux 15 mesures placées sous la responsabilité de l’OFEV, le Conseil fédéral a confié 7 mandats d’examen à six autres offices fédéraux⁹⁷, devant aboutir à l’élaboration de nouvelles mesures dans les domaines de compétences de ceux-ci⁹⁸. En décembre 2025, le Conseil fédéral a adopté une version actualisée du PA SBS II, détaillant les mesures confiées à ces offices (M16 à M22)⁹⁹.

Chaque office est responsable de la définition et de la mise en œuvre de ses propres mesures. Les offices concernés conservent leur autonomie en ce qui concerne leur organisation interne et la répartition des ressources. Aucun moyen financier supplémentaire n’a été mis à leur disposition. L’OFEV assure un rôle de soutien et de coordination, sans disposer de pouvoir d’instruction. La réussite du projet se fonde donc essentiellement sur le travail de conviction de l’OFEV et sur l’implication des offices concernés dans leur domaine de compétences¹⁰⁰.

L’OFEV a présenté à la CdG-E la structure de pilotage adoptée pour le PA SBS II, qui doit notamment permettre de garantir une meilleure coordination entre offices (cf. illustration 2)¹⁰¹. Cette structure, placée sous l’égide de l’OFEV, s’articule autour de deux organes principaux: le comité du programme (CP), composé des directions des offices, qui assure le pilotage du PA et veille à la réalisation des objectifs, et la coordination du programme (CoorP), qui réunit les cadres concernés des offices et mène les réflexions stratégiques liées à la mise en œuvre. En outre, un groupe d’accompagnement stratégique (GS), composé de représentants des cantons et d’une sélection de parties prenantes¹⁰², est appelé à se prononcer sur des questions stratégiques, telles que l’ordre de priorité des objectifs ou l’orientation de la communication. Au niveau de la conduite opérationnelle, la coordination générale du PA SBS II est assumée par la direction de programme (DP), rattachée à l’OFEV; les projets ou les offices fédéraux lui font rapport. Selon le DETEC, tous les organes de pilotage et de conduite opérationnelle du PA SBS II ont lancé leurs activités en 2025¹⁰³.

Les structures ont évolué par rapport à celles du PA SBS I: durant la première phase, la conduite stratégique était essentiellement assumée par l’OFEV seul et les autres offices siégeaient dans les organes d’accompagnement des projets.

Illustration 2

Organisation du programme

Source: PA SBS II, chap. 5.1.

L’OFEV estime être bien positionné sur les domaines clés du plan d’action et juge positivement la collaboration avec les autres offices¹⁰⁴. À titre d’exemple positif, l’OFEV a mentionné la collaboration avec l’OFROU pour le développement des passages à faune sur les routes nationales, qui seront poursuivis dans le PA SBS II¹⁰⁵. Selon la directrice, la nouvelle organisation de projet devrait permettre de garantir les échanges entre unités, le partage d’expériences et le suivi du programme. Début 2025, l’OFEV a organisé une réunion de lancement du PA SBS II à laquelle tous les offices associés ont participé. Plus généralement, l’OFEV est invité à prendre part aux groupes de travail de la Confédération lorsque ceux-ci touchent au thème de la biodiversité.

L’OFEV a souligné qu’une partie des mesures (p. ex. concernant la qualité des paysages ou la mise en réseau) reposaient aussi sur l’implication active des autorités cantonales et communales. Dans ces domaines, l’office se concentre sur la mise en place de conditions-cadres, la responsabilité de la mise en œuvre étant confiée aux cantons et communes, afin d’adapter les mesures aux réalités régionales¹⁰⁶.

3.1.1.5 Controlling annuel du PA SBS II

Le PA SBS II prévoit la réalisation d’un controlling annuel de mise en œuvre des mesures, qui fournit les informations nécessaires au pilotage du programme¹⁰⁷. Cet instrument est une nouveauté par rapport au PA SBS I. Il se base sur des rapports écrits établis par la direction du programme, qui sont transmis à la fois à l’interne de l’OFEV et aux organes de pilotage. Ces derniers reçoivent, en complément des rapports écrits, des informations orales sur l’état de mise en œuvre au cours de leurs réunions. Selon les explications de l’OFEV¹⁰⁸, les indicateurs utilisés pour le controlling concernent l’état de mise en œuvre des produits prévus par rapport à la planification initiale en termes de ressources et de temps. Les mesures du PA SBS II sont assorties de jalons programmés qui servent d’objectifs intermédiaires (concernant la fixation et l’évaluation des objectifs, cf. chap. 3.1.1.6).

3.1.1.6 Évaluation du PA SBS et de la SBS et indicateurs

L’analyse d’impact de 2023 a mis en évidence des lacunes concernant les indicateurs utilisés pour évaluer l’atteinte des objectifs de la SBS. Sur les dix objectifs, seuls trois ont pu être évalués de manière satisfaisante¹⁰⁹. En 2023, le Conseil fédéral a reconnu que les données et indicateurs disponibles étaient insuffisants pour permettre une évaluation globale de la réalisation des objectifs à l’issue du PA SBS I, contrairement à ce qu’il avait annoncé à la CdG-E dans son avis de 2021¹¹⁰.

Une évaluation finale du PA SBS II est prévue pour 2028. Selon les explications de l’OFEV¹¹¹, l’évaluation du plan d’action se fera principalement au niveau des mesures. Celles-ci sont structurées «selon un schéma uniforme qui s’appuie sur un modèle d’impact courant». Pour chaque mesure, des objectifs sont formulés selon la méthode SMART¹¹². Chaque mesure définit des résultats spécifiques (niveau output¹¹³) et des effets (niveau outcome¹¹⁴). Selon l’OFEV, les indicateurs nécessaires à cet égard peuvent être directement déduits des objectifs de la mesure en question.

Les outputs seront évalués sur la base des données collectées dans le cadre du controlling annuel du PA SBS II (cf. plus haut). En ce qui concerne l’évaluation des outcomes, en revanche, l’OFEV indique qu’il est indispensable de disposer d’informations supplémentaires, qui devront être collectées dans le processus de mise en œuvre. L’office a annoncé que les indicateurs nécessaires seront développés spécifiquement pour chaque mesure dans le cadre de l’évaluation globale du PA SBS II¹¹⁵. Le plan d’action précise à ce propos que «les mesures doivent être évaluées une fois la mise en œuvre terminée ou sur le point de l’être. Les mesures achevées avant 2030 sont évaluées aussitôt la mise en œuvre terminée, sinon vers la fin de la période de mise en œuvre du PA SBS II»¹¹⁶.

En revanche, il n’est pas prévu d’évaluation au niveau de l’impact¹¹⁷ pour les mesures du PA SBS II, ou alors seulement de manière ponctuelle¹¹⁸. Selon l’OFEV, l’impact des mesures ne peut être évalué indépendamment de l’interaction complexe d’autres facteurs d’influence (p. ex. pression sur l’utilisation des sols, changement climatique, politiques sectorielles). Considérant que le PA SBS ne constitue qu’une partie de la mise en œuvre de la SBS, l’office estime qu’une évaluation fiable des effets sur la biodiversité n’est possible qu’au niveau général de la SBS, en y incluant tous les champs d’action pertinents, les instruments politiques et les influences externes¹¹⁹.

La CdG-E s’est informée plus en détail sur les indicateurs utilisés pour mesurer l’impact de la SBS. Le DETEC a transmis à la CdG-E la liste détaillée de ces indicateurs (état à janvier 2026, cf. annexe 5). Le département a indiqué à la commission¹²⁰ que l’OFEV avait harmonisé ceux-ci avec les indicateurs prévus par le GBF¹²¹ dans le but d’assurer la cohérence entre les rapports internationaux et le suivi national. Des indicateurs supplémentaires, spécifiquement adaptés aux besoins nationaux, ont été développés par l’OFEV pour évaluer correctement la SBS¹²². Ceux-ci sont également utilisés comme indicateurs complémentaires pour les rapports internationaux adressés par la Suisse à la CDB. Il ressort de la liste transmise par le DETEC que 14 indicateurs sont opérationnels et que 17 indicateurs sont actuellement «en production». Par ailleurs, 6 indicateurs internationaux prévus par le GBF ne sont pas utilisés, car jugés non pertinents pour la Suisse.

Une évaluation globale de l’atteinte des objectifs de la SBS doit être menée d’ici fin 2028. Le Conseil fédéral a chargé l’OFEV d’actualiser la SBS en tenant compte des résultats de l’évaluation du PA SBS II et de lui soumettre, sur cette base, des propositions pour la suite de la mise en œuvre de la SBS à partir de 2031, en tenant également compte des évolutions relatives à la CDB¹²³.

3.1.1.7 Perspectives de la SBS après 2030

Le PA SBS II a été élaboré sur la base des objectifs de la SBS et du Cadre mondial de la biodiversité (cf. plus haut). Ce dernier définit une vision à l’horizon 2050, articulée autour de 4 objectifs généraux. La planification du PA SBS II se limite toutefois à 2030 et n’aborde pas les perspectives au-delà de cette date.

Interrogé par la CdG-E sur les perspectives de poursuite de la SBS après 2030, le Conseil fédéral a formulé en 2023 une réponse de même teneur que celle qu’il avait déjà exprimée dans son avis de 2021¹²⁴. Il a indiqué que la poursuite de la SBS dépendrait des résultats de son évaluation globale, du succès du PA SBS et des contributions des autres domaines politiques aux objectifs de la SBS.

Comme indiqué plus haut, le Conseil fédéral a chargé l’OFEV d’évaluer la mise en œuvre du PA SBS II d’ici fin 2030 au plus tard, de procéder à un examen global de l’atteinte des objectifs de la SBS d’ici fin 2028 au plus tard et de lui soumettre sur cette base des propositions pour la suite de la mise en œuvre de la SBS¹²⁵. L’OFEV a indiqué à la CdG-E que le Conseil fédéral était conscient de la nécessité de poursuivre la SBS au-delà de 2030¹²⁶.

3.1.2.1 Analyse d’impact et bilan du premier plan d’action (PA SBS I)

La CdG-E constate que l’OFEV a réalisé et publié, comme annoncé, une analyse d’impact du PA SBS I. Elle tire un bilan mitigé de cette analyse: elle estime que celle-ci fournit des informations importantes pour évaluer la mise en œuvre du plan d’action, mais qu’elle présente aussi certaines lacunes, qui sont détaillées plus bas.

En vue de cette analyse d’impact, la commission salue le fait que l’OFEV ait chargé en 2021 des experts externes de procéder à une évaluation intermédiaire des mesures et projets pilotes du PA SBS I. Elle note que les conclusions de cette évaluation étaient préoccupantes, puisqu’elles faisaient état de retards pour une majorité des mesures et projets du plan d’action. Les expertises ont également confirmé les craintes que la CdG-E avait déjà exprimées par le passé concernant l’impact négatif du manque de ressources de l’OFEV sur la mise en œuvre du plan d’action.

Dans ce contexte, la CdG-E juge compréhensible que le Conseil fédéral ait décidé de prolonger le PA SBS I jusqu’à fin 2024, afin de mener celui-ci à son terme. Pour la commission, le report du lancement du PA SBS II à 2025 était aussi justifié au regard des débats parlementaires de l’époque sur l’initiative biodiversité et de l’adoption du nouveau Cadre mondial sur la biodiversité (GBF). Enfin, elle juge opportun sur le principe que l’OFEV ait pris des mesures pour accélérer la mise en œuvre du PA SBS I. Il est toutefois regrettable que cette accélération se soit traduite par une réduction des objectifs et donc de l’impact du plan. Pour la commission, il est aussi problématique que le Conseil fédéral n’ait pas communiqué plus activement sur ce point au moment de la publication de l’analyse d’impact (à ce sujet, cf. chap. 3.4).

La CdG-E estime par ailleurs que l’analyse d’impact de 2023 manque de clarté sur certains points. Ainsi, dans le chapitre consacré à l’avancée du PA SBS I à fin 2022, après l’accélération du programme¹²⁷, l’OFEV indique que 60 % des mesures et projets du plan d’action sont désormais en bonne voie, mais ne précise pas quelles adaptations ont été apportées aux mesures et projets, ni quelle méthode a été appliquée pour calculer leur avancée. En outre, il n’est pas toujours clair si les conclusions du rapport se fondent sur l’évaluation intermédiaire de 2021 ou sur la situation à fin 2022¹²⁸. Enfin, l’OFEV n’indique pas comment les résultats de l’analyse d’impact seront pris en compte dans l’élaboration du deuxième plan d’action. La CdG-E invite le Conseil fédéral à s’assurer que de tels manquements ne se répètent pas dans le rapport d’évaluation du PA SBS II.

En outre, la CdG-E constate que l’analyse d’impact n’a – contrairement à ce que son titre laissait entendre – pas permis d’évaluer clairement l’impact du PA SBS I sur la biodiversité, en raison notamment de l’absence d’indicateurs adaptés. La commission juge indispensable que le set d’indicateurs du PA SBS soit amélioré, afin de fournir des bases appropriées aux décisions futures des autorités fédérales (cf. chap. 3.1.2.5).

En ce qui concerne les suites données à l’analyse d’impact, la CdG-E constate positivement que l’OFEV a tenu compte de plusieurs recommandations issues de celle-ci lors de la préparation du PA SBS II. L’office a notamment revu les structures de conduite du programme, renforcé l’implication des autres offices et porté une plus grande attention à la coordination du plan d’action avec les objectifs internationaux en matière de biodiversité. En revanche, le Conseil fédéral n’a malheureusement pas suivi la recommandation proposant de renforcer les ressources de l’OFEV (cf. plus bas).

Enfin, la commission salue que l’OFEV ait publié, sur son site Internet, les résultats des mesures et projets pilotes du PA SBS à l’issue de la première phase. Elle regrette toutefois l’absence de vue d’ensemble, faute de rapport global final.

3.1.2.2 Elaboration du deuxième plan d’action (PA SBS II)

La CdG-E salue le fait que l’OFEV ait procédé, lors de la préparation du PA SBS II, à un examen de la conformité des objectifs de la SBS avec les cibles du GBF, afin d’identifier les domaines présentant un besoin d’agir. La méthode utilisée par l’office lui semble appropriée. Par ailleurs, elle juge opportun que le PA SBS II soit davantage orienté vers les objectifs internationaux et qu’il mentionne désormais explicitement les liens entre les mesures du plan, les objectifs de la SBS et les cibles du GBF.

La poursuite et l’approfondissement des mesures et projets pilotes du PA SBS I ayant fait leurs preuves est un facteur de réussite déterminant pour la deuxième phase. La CdG-E note que l’OFEV semble avoir porté une attention particulière à cet aspect. L’analyse de la commission montre que la plupart des mesures et projets du PA SBS I seront poursuivis ou pris en compte d’une manière ou d’une autre dans le nouveau plan. De son point de vue, il aurait toutefois été souhaitable que le PA SBS II présente une vue d’ensemble plus systématique à ce sujet.

En ce qui concerne les mesures et projets pilotes du PA SBS I qui ont été abandonnés ou ne seront pas poursuivis, la commission estime que les indications fournies par l’OFEV (cf. annexe 2) sont globalement satisfaisantes. Elle relève malgré tout que certaines explications restent très sommaires, notamment celles qui justifient la suspension de projets par le dépôt de l’initiative biodiversité et le contre-projet du Conseil fédéral, sachant que tous deux ont finalement été rejetés¹³¹. La commission invite le Conseil fédéral à s’assurer qu’à l’avenir, l’abandon ou la modification de mesures du PA SBS fasse systématiquement l’objet d’une information publique transparente.

La CdG-E salue le fait que les 4 mesures urgentes du PA SBS I aient pu être intégrées aux conventions-programmes avec les cantons dans le domaine de l’environnement, garantissant ainsi leur poursuite à moyen terme. La commission invite le Conseil fédéral à s’assurer qu’elles soient prises en compte lors de l’évaluation de la SBS.

Enfin, la commission prend note avec satisfaction que plusieurs des 8 mesures à étudier en vue du PA SBS II ont été intégrées dans le nouveau plan d’action. Elle déplore toutefois la décision du Conseil fédéral de ne pas donner suite aux mesures portant sur la formation et l’éducation. Aux yeux de la commission, l’aspect de la sensibilisation est central pour la protection de la biodiversité. En conséquence, elle invite le Conseil fédéral à réexaminer ces mesures en vue de la prochaine phase du PA SBS.

Comme indiqué au chap. 3.1.1.2, la CdG-E ne se prononce pas sur le contenu matériel des mesures du PA SBS II prises individuellement. Elle a toutefois pris note des critiques formulées par les organisations environnementales à ce sujet. Elle s’interroge également sur la capacité de la Confédération à mener le PA SBS II à bien dans les délais convenus, au vu des ressources réduites qui lui sont consacrées (cf. chap. 3.1.2.3). Elle tirera un bilan global du PA SBS II en 2030, lors du deuxième contrôle de suivi.

3.1.2.3 Moyens financiers pour la mise en œuvre du PA SBS II et ressources en personnel de l’OFEV

La CdG-E regrette que le Conseil fédéral ait décidé de diminuer les ressources allouées à l’OFEV pour la deuxième phase de mise en œuvre du PA SBS, alors même que les évaluations ont montré l’impact négatif du manque de ressources sur la réalisation du PA SBS I (cf. plus haut). Elle prend acte que cette diminution s’explique notamment par la situation tendue des finances fédérales; en outre, le Parlement et le peuple ont rejeté l’initiative biodiversité et son contre-projet, qui prévoyaient tous deux une augmentation des ressources de la Confédération pour la biodiversité, ce qui constitue un signal politique.

De l’avis de la commission, la diminution des ressources de l’OFEV accroît les risques que le PA SBS II ne soit pas mis en œuvre dans les délais et qu’il ne permette pas d’atteindre les objectifs ambitieux de la SBS, que le Conseil fédéral a d’ailleurs récemment confirmés. La commission estime que le Conseil fédéral aurait dû communiquer de manière plus proactive, lors de l’adoption du nouveau plan d’action, sur la baisse des ressources allouées à l’OFEV et sur l’impact de cette diminution (cf. chiffre 3.4.2.2).

La commission prend note du fait que, selon le Conseil fédéral et le DETEC, la baisse de ressources allouées à l’OFEV est en partie compensée par l’intégration des mesures urgentes du PA SBS I dans les conventions-programmes avec les cantons et par l’implication renforcée d’autres offices dans la mise en œuvre du PA SBS. La CdG-E estime que ces mesures sont certes positives, mais doute qu’elles compenseront entièrement la diminution des moyens alloués à l’OFEV. En effet, les mesures urgentes soutenues par le Conseil fédéral entre 2017 et 2024 (désormais intégrées dans les conventions-programmes) n’étaient pas incluses dans l’enveloppe financière allouée au PA SBS I, mais faisaient déjà l’objet d’un financement séparé¹³². L’intégration des mesures urgentes dans les conventions-programmes n’a donc pas de lien direct avec l’enveloppe allouée à l’OFEV pour le PA SBS. La commission regrette en outre que le Conseil fédéral n’ait pas mis de moyens à disposition des autres offices fédéraux pour leur participation au PA SBS. Leur engagement nécessitera donc une priorisation interne des ressources, laissée au libre arbitre de chaque unité, ce qui pourrait affaiblir la mise en œuvre du plan d’action.

Dans ce contexte, la CdG-E salue la décision de l’OFEV de renforcer les ressources en personnel dédiées au PA SBS par des compensations internes. Elle juge également approprié que l’office procède à une priorisation dans la mise en œuvre des mesures du plan d’action. Pour la commission, il est important que cette priorisation soit réalisée selon des critères clairs. Elle part du principe que la priorisation sera régulièrement discutée dans les organes de conduite du PA SBS et prie le Conseil fédéral de s’assurer qu’elle fasse l’objet d’une communication appropriée.

Enfin, la commission a pris acte avec satisfaction de la décision du Conseil fédéral de chercher des sources de financement supplémentaires en faveur de la biodiversité au niveau international, et de confier au DETEC un mandat sur ce point. Elle approfondira cet aspect lors du deuxième contrôle de suivi.

3.1.2.4 Participation des autres offices fédéraux, structure de pilotage du PA SBS II

La CdG-E salue la volonté du Conseil fédéral d’impliquer davantage les autres offices fédéraux dans la mise en œuvre du PA SBS II, à travers l’attribution de mesures spécifiques dans leurs domaines de compétences. Elle prend toutefois acte que la réussite de ces mesures repose en grande partie sur la volonté propre des offices et leur décision d’investir une partie de leurs ressources dans la biodiversité. Elle relève un certain paradoxe dans le fait que l’OFEV soit désigné comme le mandant du programme, mais qu’il ne dispose dans les faits d’aucune compétence décisionnelle concernant les 7 mesures confiées aux autres offices, soit un tiers du plan d’action.

Dans ce contexte, la commission salue les efforts de l’OFEV pour associer les offices partenaires à la préparation du PA SBS II. Elle invite le DETEC et les autres départements compétents (DEFR et DFI) à s’assurer que les offices concernés collaborent activement à la mise en œuvre du plan d’action et à prioriser, lorsque cela est possible, les projets portés par les offices en lien avec le PA SBS.

La CdG-E salue également les nouvelles structures de pilotage mises en place pour le PA SBS II. De son point de vue, elles devraient contribuer à garantir la coordination entre offices et la cohérence globale de la mise en œuvre. Elle juge également positivement le fait que les acteurs concernés soient intégrés au programme travers le groupe d’accompagnement stratégique. À ce propos, elle souligne l’importance d’accorder une attention particulière à l’intégration des autorités cantonales et communales, au vu de leur rôle central dans les mesures liées à la biodiversité.

Enfin, la commission juge essentiel que la mise en œuvre du PA SBS II fasse l’objet d’un suivi homogène par l’OFEV, peu importe si les mesures concernées sont placées sous la responsabilité de l’OFEV ou d’autres offices. Le développement d’indicateurs harmonisés joue à ce titre un rôle central (cf. chap. 3.1.2.5).

3.1.2.5 Controlling annuel du PA SBS, évaluation du PA SBS et de la SBS

La CdG-E salue la mise en place d’un controlling annuel des mesures du PA SBS II. À ses yeux, il s’agit d’un instrument important pour la conduite du programme, notamment pour procéder si nécessaire à des ajustements et priorisations. Elle approfondira cet aspect lors du deuxième contrôle de suivi.

En revanche, la commission déplore que la Confédération ne dispose toujours pas d’un set d’indicateurs complet permettant d’évaluer clairement l’effet des mesures du PA SBS sur la biodiversité et, plus globalement, l’atteinte des objectifs de la SBS. Dans ce contexte, elle note qu’il n’est pas possible de déterminer avec certitude quel a été l’impact du PA SBS I et si les adaptations apportées en vue de la deuxième phase permettront réellement une meilleure atteinte des objectifs.

Au vu de l’importance de la protection de la biodiversité et des montants investis dans le PA SBS, la CdG-E juge indispensable que la Confédération développe rapidement des indicateurs permettant d’évaluer les effets du plan d’action en termes d’output et d’outcome. Ces indicateurs doivent garantir une évaluation harmonisée des mesures du PA SBS II, tous offices confondus. La commission salue les travaux en cours pour développer de tels indicateurs, mais constate que les informations à ce sujet demeurent pour l’instant peu précises. Elle invite le Conseil fédéral à s’assurer que l’ensemble des offices associés au plan d’action collaborent à la mise en place et à la mesure de ces indicateurs.

Pour la CdG-E, il est approprié que l’évaluation de l’impact des mesures de protection de la biodiversité ait lieu à l’échelon plus global de la SBS et qu’elle intègre l’ensemble des instruments de la Confédération, tous domaines confondus. Elle salue les efforts de l’OFEV pour harmoniser autant que possible les indicateurs relatifs à la SBS avec ceux du GBF et les compléter avec des indicateurs spécifiques applicables à la Suisse. Elle ne se prononce pas sur le contenu technique des indicateurs; elle examinera plus en détail la pertinence de ceux-ci lors du deuxième contrôle de suivi. Elle constate néanmoins qu’en l’état actuel, une majorité des indicateurs ne présentent pas encore de résultats concrets (statut «en production»; cf. annexe 5).

La CdG-E part du principe que le Conseil fédéral publiera les résultats de l’évaluation de la SBS dans un rapport spécifique. En outre, elle juge important que cette évaluation inclue un volet consacré à la contribution du PA SBS.

3.1.2.6 Perspectives de la SBS après 2030

La CdG-E peine à comprendre que le Conseil fédéral n’ait pas développé, jusqu’à présent, une vision concernant la protection de la biodiversité après 2030, considérant que la majeure partie des projets et mesures du PA SBS impliquent des investissements importants et visent des effets à moyen ou long terme. Il faut également considérer que le nouveau Cadre mondial de la biodiversité contient 4 objectifs à l’horizon 2050, qui s’appliquent également à la Suisse. Pour la commission, le fait que le Conseil fédéral souhaite attendre 2029 avant de plancher sur la prolongation de la SBS et de son plan d’action implique une incertitude de planification pour les acteurs concernés.

Dans ce contexte, la CdG-E estime que le Conseil fédéral devrait développer une conception générale relative à la protection de la biodiversité en Suisse pour la période 2030–2050, dans laquelle pourront s’insérer la SBS et son plan d’action après 2030. La commission estime qu’il serait notamment nécessaire que le Conseil fédéral approfondisse dans ce cadre les aspects suivants:

• – Mise à jour des objectifs de la SBS à l’horizon 2040 et 2050: les objectifs actualisés devraient fonder sur les objectifs internationaux assignés à la Suisse et les résultats des deux premières phases de mise en œuvre¹³³. Un accent particulier doit être mis sur les objectifs qui présentent les principaux déficits de mise en œuvre.

• – Lignes directrices pour la mise en œuvre de la SBS: les modalités des prochaines phases de mises en œuvre de la SBS jusqu’à 2050 devraient être clarifiées. Pour la commission, le Conseil fédéral devrait notamment prendre des décisions concernant la durée des plans d’action, les structures de conduite, la collaboration entre les unités fédérales concernées ainsi que les indicateurs pour l’évaluation des effets de la SBS.

• – Analyse des ressources nécessaires: pour la CdG-E, la SBS doit être assortie de moyens permettant de garantir que les objectifs fixés soient atteints d’ici 2050. Elle juge donc opportun que le Conseil fédéral évalue, dans le cadre de l’élaboration de la conception générale, quels moyens la Confédération et les cantons doivent investir dans les différentes politiques sectorielles pour garantir une mise en œuvre complète et cohérente de la SBS. Cette analyse doit permettre au Parlement de bénéficier d’une vision globale pour ses décisions financières futures dans le domaine de la biodiversité.

La commission juge toutefois important que l’élaboration de cette conception générale, le cas échéant, ne se fasse pas au détriment de la mise en œuvre du PA SBS II; de son point de vue, le Conseil fédéral devrait allouer des ressources spécifiques à ce projet.

3.2.1.1 Mesures de protection de la biodiversité dans l’agriculture prises jusqu’ici

Évolution des mesures depuis 2021

Les contributions à la biodiversité dans l’agriculture sont l’investissement financier le plus important de la Confédération en matière de protection de la biodiversité¹⁴⁰. Elles sont divisées en deux catégories principales: les contributions pour la qualité, qui visent à soutenir certains types de SPB¹⁴¹, et les contributions pour la mise en réseau, qui visent l’aménagement de SPB à des endroits spécifiques et la mise en réseau des habitats et espèces à l’échelle régionale¹⁴².

Comme il l’avait indiqué dans son avis de 2021, le Conseil fédéral a proposé dans son message sur la PA22+¹⁴³ différentes mesures en lien avec ces contributions, qui visaient notamment à combler les lacunes identifiées dans un rapport d’évaluation de 2019¹⁴⁴. Lors des débats sur la PA22+, le Parlement a néanmoins rejeté les propositions visant à encourager des prestations supplémentaires en faveur de la biodiversité¹⁴⁵. En 2023, le Parlement a adopté un projet allégé pour la PA22+, renonçant à formuler des exigences supplémentaires dans le domaine de la biodiversité¹⁴⁶. Le Parlement a également rejeté le contre-projet à l’initiative biodiversité (cf. chap. 1.2), qui proposait diverses mesures dans le domaine agricole¹⁴⁷. Ainsi, la majorité des mesures proposées par le Conseil fédéral n’ont pas abouti.

En parallèle, le Conseil fédéral a procédé entre 2022 et 2024 à différentes modifications en lien avec la biodiversité à l’échelon des ordonnances agricoles¹⁴⁸. Elles incluaient entre autres l’introduction d’une exigence de 3,5 % de SPB au minimum sur les terres assolées et la création d’un nouveau type de SPB. Plusieurs de ces mesures ont toutefois été assouplies ou abandonnées par la suite¹⁴⁹. En outre, en application de la loi fédérale sur la réduction des risques liés à l’utilisation de pesticides¹⁵⁰, le Conseil fédéral a pris des mesures pour réduire les pertes d’éléments fertilisants et les risques liés aux produits phytosanitaires; selon l’OFAG, ces mesures auront un impact favorable sur la biodiversité agricole¹⁵¹.

Le Parlement et le Conseil fédéral ont également procédé à des modifications dans la structure des contributions à la biodiversité. La principale adaptation est le regroupement, dès 2028, des contributions de type «mise en réseau» avec les contributions à la qualité du paysage¹⁵², pour former une nouvelle catégorie de paiements directs («contribution à la biodiversité régionale et à la qualité du paysage», CBrP)¹⁵³. Selon l’OFAG, cette réforme vise à simplifier le système et alléger les exigences administratives pour les agricultrices et agriculteurs, tout en maintenant les exigences de qualité, ce qui devrait renforcer l’impact des contributions. Le directeur de l’OFAG a assuré à la CdG-E que ce regroupement n’aurait pas d’impact négatif sur la qualité des SPB¹⁵⁴. Dans le cadre du programme d’allègement budgétaire 2027, le Conseil fédéral a toutefois proposé de réduire la contribution fédérale pour la CBrP de 90 % à 50 %, soit une baisse de 126 millions de francs par année¹⁵⁵. Cette proposition a été rejetée par le Conseil des États en première lecture, en décembre 2025¹⁵⁶.

En plus des contributions à la biodiversité citées précédemment, la Confédération dispose d’autres instruments pour promouvoir la biodiversité dans le domaine agricole¹⁵⁷. Face à la CdG-E, l’OFAG a en particulier cité le Programme d’utilisation durable des ressources¹⁵⁸, qui permet de soutenir divers projets pilotes innovants¹⁵⁹. Il a également mentionné le Plan d’action national pour la conservation et l’utilisation durable des ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture (PAN-RPGAA)¹⁶⁰ ainsi que diverses mesures d’amélioration structurelle à visée écologique, mises en œuvre principalement dans le cadre de projets de génie rural¹⁶¹. Les moyens alloués à ces instruments sont présentés à l’annexe 3.

Évaluation des mesures prises jusqu’ici

Le premier cycle de relevés du programme ALL-EMA (2015−2019)¹⁶² publié en 2021 a révélé un effet global positif des SPB sur la biodiversité, notamment lorsque celles-ci sont intégrées dans des projets de mise en réseau. Il a toutefois aussi montré que les objectifs n’avaient pas été atteints, notamment en termes de qualité des SPB, et que la biodiversité était plus faible dans les zones de plaine que celles de montagne¹⁶³.

Interrogé en 2023 par la CdG-E sur les suites données aux recommandations du programme ALL-EMA, le Conseil fédéral a confirmé la nécessité d’accroître la qualité écologique des SPB et d’aménager davantage de SPB dans les régions de grandes cultures. Il a également souligné l’importance d’adapter l’intensité de l’agriculture aux conditions locales, pour préserver la capacité de résilience des écosystèmes¹⁶⁴. Entre 2020 et 2024, il a proposé diverses mesures pour développer les contributions à la biodiversité (cf. plus haut). Face à la CdG-E, le directeur de l’OFAG a souligné la nécessité de mettre un accent sur les mesures de promotion de la biodiversité en zones de plaine¹⁶⁵. L’OFEV, de son côté, a confirmé à la CdG-E qu’il tiendrait compte des résultats de ALL-EMA dans l’élaboration du PA SBS II¹⁶⁶ (cf. chap. 3.2.1.3).

Par la suite, les résultats du deuxième cycle de relevés ALL-EMA (2020–2024) ont été publiés en juillet 2025¹⁶⁷. Agroscope arrive à la conclusion que, globalement, la biodiversité n’a guère évolué au cours des dix dernières années dans les zones agricoles. Certains indicateurs ont progressé favorablement, surtout au sein des SPB herbagères¹⁶⁸, tandis que d’autres se sont péjorés¹⁶⁹. Les zones de basse altitude présentent toujours un clair déficit en matière de biodiversité. La superficie des habitats particulièrement précieux sur le plan écologique est restée inchangée (11 %); elle n’atteint donc toujours pas la valeur cible prévue par les objectifs environnementaux pour l’agriculture (16 %). Le deuxième cycle a néanmoins confirmé l’effet positif des SPB sur la biodiversité¹⁷⁰.

Selon Agroscope, pour que la biodiversité évolue positivement dans le paysage agricole, il faudrait tenir davantage compte des spécificités locales et améliorer fondamentalement la qualité et la mise en réseau des SPB. Le rapport ALL-EMA arrive à la conclusion que des mesures supplémentaires urgentes et ciblées sont nécessaires dans les zones agricoles de basse altitude¹⁷¹.

En marge du programme ALL-EMA, les contributions à la biodiversité ont également fait l’objet, en 2025, d’un audit du Contrôle fédéral des finances (CDF)¹⁷². Ce dernier est arrivé à la conclusion que les contributions à la qualité étaient globalement bien conçues. Les quelques 40 millions de francs versés pour les surfaces de niveau de qualité I afin de satisfaire aux exigences PER constituent toutefois une exception. Le CDF estime que ces contributions sont inutiles, car la plupart des exploitations respectent de toute façon les PER pour avoir droit aux paiements directs. Le CDF a par ailleurs estimé que les contributions à la mise en réseau présentaient des risques élevés d’emploi inefficace des ressources et a jugé nécessaire que l’OFAG renforce sa surveillance à ce sujet. Le CDF a en outre recommandé de formuler des objectifs de biodiversité plus clairs pour les différentes zones agricoles, notamment la zone de plaine. Il a adressé 5 recommandations à l’OFAG, dont une en collaboration avec l’OFEV, qui les ont acceptées à l’exception de celle concernant les PER¹⁷³. L’OFAG entend mettre en œuvre ces recommandations, elles seront mises en œuvre notamment lors de l’implémentation des CBrP et dans le message sur la politique agricole après 2030 (PA30+) prévu pour 2027 (cf. plus bas).

3.2.1.2 Collaboration entre OFEV et OFAG dans le domaine de la biodiversité

La conception et la mise en œuvre des mesures de protection de la biodiversité dans l’agriculture sont placées sous la responsabilité de l’OFAG. Elles sont toutefois étroitement liées à la politique générale de la Confédération en matière de biodiversité. Dans ce contexte, la CdG-E s’est informée sur la manière dont la collaboration entre l’OFEV et l’OFAG dans ce domaine avait évolué depuis 2021.

Dans le cadre de la préparation de la PA22+, les deux offices ont créé un groupe de travail commun consacré à la biodiversité. Des experts issus des deux offices échangent désormais plusieurs fois par an dans ce groupe¹⁷⁴. Celui-ci a notamment servi de plateforme pour l’élaboration des volets du PA SBS II liés à l’agriculture (cf. chap. 3.2.1.3) et du contre-projet à l’initiative biodiversité. D’autres aspects y ont aussi été discutés, tels que l’effet des SPB, la création des CBrP et les mesures de protection en lien avec l’ordonnance sur la protection de la nature et du paysage (OPN)¹⁷⁵.

L’OFAG implique en outre l’OFEV dans les discussions relatives à l’évolution future de la politique agricole¹⁷⁶. Dans l’autre sens, l’OFEV a associé l’OFAG aux structures de pilotage du PA SBS II (cf. chap. 3.1.1.4).

Face à la commission, les deux offices ont émis une appréciation positive sur leur collaboration, qu’ils qualifient d’intensive, constructive et ouverte, malgré certaines divergences inhérentes à leurs rôles respectifs. L’OFAG a souligné à plusieurs reprises l’étroite interdépendance entre l’agriculture et la sauvegarde de la biodiversité et l’importance d’intégrer cet aspect dans la politique agricole¹⁷⁷.

3.2.1.3 Agriculture dans le PA SBS

Bilan du PA SBS I

Plusieurs mesures et projets-pilotes du PA SBS I concernaient le domaine agricole. La CdG-E s’est penchée sur leur bilan, en se fondant sur l’analyse d’impact de 2023 (cf. chap. 3.1.1.1) et les informations disponibles sur le site Internet de l’OFEV.

La principale mesure, «Adapter la production agricole aux conditions naturelles locales» (4.2.3), présentait en 2021 des retards importants, qui s’expliquaient selon l’OFEV par sa grande complexité et son caractère transdisciplinaire¹⁷⁸. L’objectif de la mesure a ensuite été ramené d’une solution prête à être mise en œuvre à une étude de faisabilité basée sur un projet pilote¹⁷⁹. Finalement, la mesure a débouché en 2023 sur la création d’un système d’analyse de la durabilité pour les exploitations agricoles (intitulé 3V), qui a été testé sur une vingtaine d’exploitations dans deux cantons¹⁸⁰. Le rapport final tire un bilan globalement positif de ce projet¹⁸¹. Selon l’OFEV, la mesure sera reprise dans un projet de suivi et sera poursuivie en partie dans le PA SBS II (mesure M4). Les résultats seront également considérés dans d’autres projets agricoles et dans la PA 2030+¹⁸².

Les informations de l’OFEV¹⁸³ montrent que d’autres mesures du PA SBS I ont apporté certains résultats utiles pour l’agriculture. Par exemple, dans le cadre de la mesure «Concevoir l’infrastructure écologique sur l’ensemble du territoire» (4.2.1), les cantons ont élaboré une planification de leur infrastructure écologique, qui doit notamment être utilisée dans les projets agricoles visant à promouvoir la biodiversité régionale. Le projet-pilote «Une utilisation durable est bonne pour les marais suisses» (A2.1) devrait contribuer à mieux délimiter les marais et mener les cantons à définir des zones-tampon suffisantes autour de ceux-ci. Enfin, l’analyse de l’impact des subventions fédérales (mesure 4.2.4) a mené à des adaptations pour deux subventions du domaine agricole; cet aspect est approfondi au chap. 3.3.

Préparation et mesures du PA SBS II

L’OFEV a associé l’OFAG aux travaux préparatoires du PA SBS II. Sur la base notamment du programme ALL-EMA, les offices ont identifié trois champs d’action dans le domaine agricole: services écosystémiques et résilience des écosystèmes, préservation des bases de la production et optimisation des SPB. L’OFAG a ensuite été chargé d’élaborer des mandats d’examen comme base pour de futures mesures¹⁸⁴.

La première version du PA SBS II adoptée par le Conseil fédéral en novembre 2024 incluait deux mandats d’examen dans le domaine de l’agriculture (E3 et E7). Ceux-ci ont ensuite été approfondis par l’OFAG et ont débouché, dans la deuxième version du plan publiée en décembre 2025, sur deux mesures¹⁸⁵:

• – «Services écosystémiques dans l’agriculture» (M18): Cette mesure vise notamment à élaborer des mesures et projets pilotes contre la mortalité des insectes. Des adaptations à la politique agricole seront proposées en ce qui concerne la pollinisation et la régulation des insectes nuisibles. La mesure prévoit aussi l’exploitation des projets issus du programme d’utilisation durable des ressources (cf. chap. 3.2.1.1) et des mesures pour une utilisation plus ciblée des produits phytosanitaires.

• – «Surfaces de promotion de la biodiversité dans l’agriculture» (M22): Cette mesure a pour objectif de développer des bases d’information pour déterminer quelles SPB doivent être valorisées en priorité, où et comment. L’OFAG prévoit par ailleurs de formuler, dans le cadre de la PA30+, des propositions visant à valoriser les SPB¹⁸⁶. Leur mise en œuvre sera testée à travers des projets pilotes.

La mise en œuvre de ces deux mesures est placée sous la responsabilité de l’OFAG. Comme indiqué plus haut, le Conseil fédéral n’a pas alloué à l’office de ressources financières supplémentaires pour celles-ci (cf. chap. 3.1.1.3).

Diverses autres mesures du PA SBS II placées sous la conduite de l’OFEV présentent également des liens avec l’agriculture¹⁸⁷. Dans ces cas, le domaine agricole est généralement considéré comme un aspect parmi d’autres. L’OFAG est impliqué dans ces mesures comme partenaire, à travers les structures de pilotage du plan d’action.

Formation et conseil en matière de biodiversité dans l’agriculture

Lors du contrôle de suivi, la CdG-E a également approfondi la question du renforcement de la formation et du conseil en matière de biodiversité dans l’agriculture, qu’elle avait abordée dans son rapport de 2021. Après que le Parlement a rejeté des propositions à ce sujet lors des débats relatifs à la PA22+, le Conseil fédéral a affirmé à la commission que le conseil restait un facteur clé pour que les exploitations améliorent, de leur propre initiative, la conservation de la biodiversité¹⁸⁸. Pourtant, la mesure à examiner en vue du PA SBS II qui proposait de renforcer la place de la biodiversité dans la formation et le conseil (mesure 5.6) n’a pas été retenue en raison du manque de ressources (cf. chap. 3.1.1.2 et annexe 2).

En 2025, l’OFAG a indiqué à la CdG-E qu’il comptait proposer une nouvelle fois, dans le message sur la PA30+, un renforcement de l’offre de conseil aux exploitations agricoles, au vu de l’impact positif de cette mesure sur la biodiversité¹⁸⁹. Les clarifications sur ce point sont incluses dans la mesure M22 du PA SBS II.

Le directeur de l’OFAG a également souligné le rôle important joué par les cantons et les organisations de branche pour développer les offres de formation. Il a indiqué que l’office n’avait pas d’influence directe sur ce point, mais que le versement des contributions aux agricultrices et agriculteurs pouvait être lié, dans certains cas, à des exigences en matière de formation¹⁹⁰.

3.2.1.4 Perspectives

Actuellement, l’OFAG poursuit les travaux de préparation du message sur la PA30+. Il est prévu que le projet soit soumis à consultation courant 2026 et finalisé par le Conseil fédéral en 2027¹⁹¹. Le directeur de l’OFAG a souligné que, conformément au mandat donné par le Parlement¹⁹², le projet devra notamment contribuer à réduire l’empreinte écologique de l’agriculture et donc développer la biodiversité. Comme mentionné dans le PA SBS II, l’office prévoit notamment de formuler des propositions pour valoriser les SPB – en mettant un accent sur la qualité et la simplification administrative¹⁹³ – et lutter contre la mortalité des insectes¹⁹⁴. L’OFEV est associé à la préparation des mesures concernées.

Le programme ALL-EMA sera quant à lui poursuivi de manière globalement similaire à l’avenir. Le 3^e cycle de relevés (2025–2029) a été lancé. Des adaptations méthodologiques sont prévues afin d’améliorer encore la pertinence et la comparabilité des données. Les observations du 3^e cycle doivent permettre de déterminer si les changements observés jusqu’à présent se confirment comme des tendances fiables¹⁹⁵.

3.2.2.1 Mesures de protection de la biodiversité dans l’agriculture prises jusqu’ici

Pour la CdG-E, il ne fait aucun doute que la protection de la biodiversité en Suisse passe en particulier par des mesures efficaces dans le domaine de l’agriculture. Les clarifications de la commission montrent que le Conseil fédéral et l’OFAG sont conscients de cet enjeu. Face à la CdG-E, ils ont montré leur volonté d’agir dans ce domaine. La commission estime toutefois que l’efficacité des mesures doit encore être améliorée.

La CdG-E note que le Conseil fédéral a procédé comme demandé à une évaluation de l’efficacité des mesures existantes de protection de biodiversité dans l’agriculture, en particulier à travers le programme ALL-EMA d’Agroscope. La commission salue la réalisation de ce programme, qui permet de vérifier de manière scientifique l’impact des SPB. La commission n’a pas identifié d’éléments mettant en doute la qualité et la pertinence de ce programme et salue sa poursuite au cours des prochaines années. Elle juge important que le Conseil fédéral et le Parlement tiennent compte de ses résultats dans leurs réflexions en lien avec l’agriculture. Elle formule toutefois une réserve sur la manière dont les conclusions du deuxième cycle du programme ALL-EMA ont été communiquées au public (cf. à ce sujet chap. 3.4).

La CdG-E a examiné les récents rapports sur l’efficacité des mesures de protection de la biodiversité dans l’agriculture, établis par Agroscope (résultats du deuxième cycle de relevés ALL-EMA) et le CDF (audit sur les contributions à la biodiversité). Ceux-ci montrent que la situation demeure insatisfaisante. Il ressort de ces rapports que les contributions à la biodiversité et les SPB ont certes un effet global positif sur la biodiversité, mais que les objectifs en termes de qualité ne sont pas atteints – en particulier dans les zones agricoles de plaine – et que le niveau global de biodiversité stagne à un bas niveau. Par ailleurs, la superficie des habitats particulièrement précieux sur le plan écologique demeure inférieure aux objectifs. Agroscope souligne que la qualité et la mise en réseau des SPB doit être fondamentalement améliorée et que les mesures de protection de la biodiversité doivent davantage tenir compte des spécificités locales. L’audit du CDF, de son côté, met en évidence un besoin d’amélioration des contributions à la mise en réseau et la nécessité de formuler des objectifs de biodiversité plus clairs pour les différentes zones agricoles.

Dans ce contexte, la commission relève positivement que le Conseil fédéral a proposé ces dernières années différentes mesures visant à développer les contributions à la biodiversité dans l’agriculture et renforcer leur efficacité. Le Conseil fédéral a donc tiré les enseignements du bilan mitigé des mesures prises par le passé. Toutefois, une grande partie des mesures proposées a été rejetée par le Parlement lors du traitement de la PA22+ et du contre-projet à l’initiative biodiversité.

Deux modifications législatives adoptées ces dernières années présentent un lien avec la biodiversité dans l’agriculture: premièrement la loi fédérale sur la réduction des risques liés à l’utilisation de pesticides, validée par le Parlement en 2021, et deuxièmement la fusion des contributions à la mise en réseau et des contributions à la qualité du paysage, qui sera effective dès 2028. Pour la CdG-E, il est trop tôt pour estimer quel sera l’impact de ces mesures sur la biodiversité agricole. Elle prie le Conseil fédéral de veiller à une mise en œuvre conséquente et tirera un premier bilan intermédiaire à ce propos lors de son deuxième contrôle de suivi.

La CdG-E constate par ailleurs que l’OFAG s’efforce d’encourager la protection de la biodiversité dans l’agriculture à travers divers autres instruments, tels que le Programme d’utilisation durable des ressources et le plan d’action PAN-RPGAA, ce qu’elle salue . Elle est toutefois consciente, que ces instruments, s’ils permettent de soutenir des projets bénéfiques à la biodiversité, n’ont pas une ampleur financière comparable à celle des contributions à la biodiversité.

Au vu des conclusions préoccupantes des évaluations menées ces dernières années, la CdG-E doute que les mesures prises jusqu’ici soient suffisantes pour que la situation en la matière s’améliore significativement et que la Suisse respecte les objectifs nationaux et internationaux en matière de biodiversité dans l’agriculture – ceci malgré les moyens considérables investis dans les contributions à la biodiversité. En conséquence, elle invite le Conseil fédéral et l’OFAG à poursuivre leurs efforts et utiliser autant que possible la marge de manœuvre disponible dans le cadre de la législation actuelle pour encourager les mesures favorables à la biodiversité agricole. En outre, elle juge opportun que le Conseil fédéral et l’OFAG formulent, comme déjà annoncé, des propositions de mesures pour améliorer la qualité des SPB et leur mise en réseau dans le cadre du projet de PA30+. Ces mesures doivent augmenter l’efficacité des contributions à la biodiversité – conformément au but voulu par le législateur – tout en veillant à ce qu’elles ne causent pas une charge disproportionnée aux agricultrices et agriculteurs. La commission prie le Conseil fédéral de s’assurer que l’OFAG tienne compte, dans son projet, des conclusions et recommandations du programme ALL‑EMA et de l’audit du CDF.

3.2.2.2 Collaboration entre OFEV et OFAG dans le domaine de la biodiversité

La CdG-E tire un bilan globalement positif de la manière dont l’OFEV et l’OFAG ont collaboré ces dernières années autour du thème de la biodiversité. Elle constate que les deux offices entretiennent des contacts réguliers et s’efforcent de coordonner leurs travaux sur ce thème. La commission salue en particulier la mise en place d’un groupe de travail commun consacré à la biodiversité. Au vu des liens étroits entre l’agriculture et la biodiversité, elle juge indispensable que les deux offices concernés continuent à travailler en étroite collaboration dans ce domaine.

3.2.2.3 Agriculture dans le PA SBS

Dans son rapport de 2021, la CdG-E avait regretté que l’agriculture n’occupe qu’une place marginale dans le PA SBS I. La commission constate que les mesures et projets pilotes issus de la première phase du plan d’action ont malgré tout apporté une certaine plus-value en lien avec l’agriculture, même si elle demeure modeste. La commission prie le Conseil fédéral de s’assurer que les résultats des projets du PA SBS I (comme le système 3V) soient poursuivis et valorisés autant que possible dans le cadre du PA SBS II et, plus généralement, dans la politique agricole de la Confédération.

La CdG-E constate par ailleurs avec satisfaction que l’agriculture jouit d’une place plus importante dans le PA SBS II, comme la commission l’avait recommandé. Elle salue le fait que l’OFEV ait associé l’OFAG à la préparation du plan et que ce dernier contienne deux mesures portant sur le domaine agricole (M18 et M22). Cette évolution traduit la volonté d’associer davantage les autres domaines sectoriels à la protection de la biodiversité (cf. chap. 3.1), ce que la commission juge opportun.

La commission ne se prononce pas sur le contenu matériel des mesures du PA SBS II. Elle relève toutefois que la mise en œuvre des mesures relatives à l’agriculture dépendra de la priorité accordée à celles-ci par l’OFAG, puisque le Conseil fédéral n’a pas alloué à l’office de ressources financières supplémentaires à cet effet (cf. chap. 3.1.1.3). La commission invite l’OFAG à s’assurer que les mesures placées sous sa responsabilité soient priorisées et menées à bien selon le calendrier prévu.

Le succès des deux mesures du PA SBS II relatives à l’agriculture dépendra aussi fortement des décisions prises par le Parlement en lien avec la PA30+. La commission juge opportun que les mesures de protection de la biodiversité qui nécessitent une modification des bases légales soient débattues dans le cadre de ce projet. Dans la mesure où l’élaboration et la discussion de ces mesures prendra encore beaucoup de temps, elle juge aussi important que l’OFAG continue de travailler autant que possible sur des mesures et projets en faveur de la biodiversité qui puissent être mis en œuvre dans le cadre légal actuel. En outre, elle invite l’OFEV et l’OFAG à collaborer étroitement pour la mise en œuvre des autres mesures du PA SBS II qui présentent un lien avec la biodiversité.

La commission invite également le Conseil fédéral à poursuivre ses réflexions en vue d’un renforcement de la formation et du conseil en matière de biodiversité dans l’agriculture. Elle salue la volonté de l’OFAG de proposer dans la PA30+ des mesures pour encourager le conseil. Elle juge aussi important que l’OFAG continue d’entretenir des échanges étroits avec les cantons et les organisations de branche concernant la mise en place de formations sur le thème de la biodiversité et que l’office utilise la marge de manœuvre à sa disposition pour encourager autant que possible de telles formations.

Plus généralement, de l’avis de la CdG-E, il est central que la Confédération sensibilise autant que possible les acteurs concernés sur l’importance de la biodiversité pour la résilience du système agricole; elle estime que les efforts de communication publique en ce sens doivent être renforcés (cf. à ce sujet aussi chap. 3.4).

3.3.1.1 Analyse approfondie des subventions dommageables

Dans le cadre du PA SBS I (mesure 4.2.4), l’OFEV a réalisé en 2022 une étude préliminaire visant à sélectionner les subventions devant faire l’objet d’une analyse plus approfondie en termes d’impact sur la biodiversité²⁰⁰. Pour procéder à cette sélection, les subventions été examinées à l’aune de deux critères: leur «pertinence écologique» et leur «potentiel de réforme»²⁰¹. Huit subventions ont été retenues, relevant des domaines de l’agriculture, de la gestion forestière et de la politique régionale²⁰², qui représentent environ 3,3 milliards de francs par an²⁰³. Sur cette base, le Conseil fédéral a chargé le DETEC (OFEV) et le DEFR (OFAG et Secrétariat d’Etat à l’économie [SECO]) de procéder à des évaluations approfondies de ces subventions.

En juin 2024, le Conseil fédéral pris connaissance des résultats des évaluations²⁰⁴. Sur cette base, il a décidé d’apporter des améliorations ciblées concernant cinq subventions. Pour les trois restantes, il a renoncé à prendre des mesures²⁰⁵.

Début 2025, l’OFEV a publié un rapport de progrès concernant l’impact des subventions sur la biodiversité²⁰⁶. Celui-ci présente les conclusions des évaluations concernant les huit subventions précitées et les mesures prises sur cette base, ainsi que divers autres développements en lien avec les subventions importantes pour la biodiversité (notamment dans les domaines de l’agriculture et des transports, cf. plus bas).

Dans ce rapport, sur la base des huit évaluations approfondies, l’OFEV arrive à la conclusion que des mesures simples – notamment une intégration précoce des sujets liés à la biodiversité dans les processus – permettent souvent de désamorcer les conflits d’objectifs liés aux subventions²⁰⁷. L’office considère qu’il n’est pas nécessaire de procéder à d’autres analyses approfondies à ce stade, car les principales subventions touchant à la biodiversité sont déjà examinées dans un contexte plus étendu, viennent tout juste d’être mises en place ou réformées ou arrivent bientôt à échéance²⁰⁸.

Le rapport de l’OFEV inclut aussi une analyse des processus de la Confédération liés aux subventions. L’office estime que les mécanismes pour examiner l’impact des subventions sur la biodiversité²⁰⁹ ont fait leurs preuves et qu’ils ont été améliorés ces dernières années. Néanmoins, selon le rapport, des améliorations pourraient être apportées pour renforcer la cohérence politique des processus. L’OFEV recommande d’améliorer la transparence des allègements fiscaux importants pour la biodiversité²¹⁰, d’évaluer les expériences acquises par l’Administration fédérale des finances (AFF) lors de l’examen périodique des subventions²¹¹ et de compléter la banque de données des subventions de la Confédération avec des informations sur la biodiversité²¹².

Sur la base du rapport de l’OFEV, le Conseil fédéral a renoncé à procéder à des approfondissements concernant d’autres subventions pour l’instant. Il a en revanche chargé le Département fédéral des finances (DFF) et le DETEC d’examiner les possibilités d’améliorer la transparence des allègements fiscaux. Il a en outre chargé le DETEC de lui rendre à nouveau compte, d’ici fin 2028, des progrès réalisés pour améliorer l’impact des subventions sur la biodiversité et de lui proposer, le cas échéant, des analyses approfondies et/ou des réformes²¹³. Face à la CdG-E, l’OFEV a estimé qu’il faudrait porter à l’avenir une attention particulière aux politiques sectorielles importantes pour la biodiversité, comme l’agriculture ou l’énergie²¹⁴.

Interrogé par la CdG-E sur les résultats de l’analyse des subventions, le chef du DETEC a souligné que celle-ci avait mené à certaines adaptations. Néanmoins, selon lui, on ne peut pas en conclure que toutes les subventions concernées doivent être supprimées. Il a fait valoir que ces subventions étaient le résultat de décisions politiques, qui devaient aussi être prises en compte dans la pesée d’intérêts. Il a toutefois précisé qu’il attendait de l’OFEV qu’il présente au département de manière objective et équilibrée l’impact de ces subventions sur l’environnement, afin que celui-ci puisse ensuite procéder à la prise de décision politique²¹⁵.

3.3.1.2 Subventions dommageables dans le domaine de l’agriculture

Sur les huit subventions soumises à une analyse approfondie, quatre concernaient l’agriculture. En juin 2024, le Conseil fédéral a approuvé des améliorations ciblées pour deux d’entre elles²¹⁶. Concernant la protection douanière pour les produits agricoles, il a chargé l’OFAG d’examiner dans le cadre de la PA30+ deux mesures visant à réduire l’impact négatif de cet instrument sur la biodiversité en Suisse²¹⁷. Concernant les contributions aux améliorations structurelles²¹⁸, le Conseil fédéral a chargé l’OFAG de passer au crible le système incitatif reposant sur des mesures écologiques volontaires et de concrétiser les exigences concernant les mesures de compensation écologique dans les améliorations foncières intégrales²¹⁹. Pour les deux autres instruments examinés, le Conseil fédéral a renoncé à prendre des mesures. Selon les analyses réalisées, les contributions à la sécurité alimentaire influent faiblement sur la biodiversité. L’impact de la promotion des ventes de lait, de viande et d’œufs n’a quant à lui pas pu être quantifié²²⁰.

Le rapport de l’OFEV de janvier 2025 montre qu’une grande partie des subventions fédérales considérées comme importantes pour la biodiversité et n’ayant pas encore été évaluées de manière approfondie relève du domaine de l’agriculture (34 sur 52). Selon le rapport, leur impact sur la biodiversité doit être pris en compte lors du développement des subventions agricoles dans le cadre de la PA30+ (cf. chap. 3.2)²²¹.

Enfin, le rapport de l’OFEV mentionne diverses autres évolutions récentes concernant certaines subventions agricoles liées à la biodiversité²²², notamment une augmentation des contributions au système de production²²³, un élargissement des contributions pour cultures particulières²²⁴, ainsi que la création des contributions à la biodiversité régionale et à la qualité du paysage (cf. chap. 3.2.1.1).

3.3.1.3 Subventions dommageables dans le domaine des transports

En marge de l’analyse approfondie des huit subventions, l’OFROU et l’OFT ont pris diverses mesures visant à réduire les effets dommageables des subventions dans le domaine des transports. Elles se fondent sur un rapport établi en 2021 sur mandat de la Commission des transports et des télécommunications du Conseil national (CTT‑N)²²⁵.

La CdG-E s’est informée sur le contenu de ces mesures et leur mise en œuvre²²⁶. Celles-ci visaient notamment l’intégration d’objectifs de biodiversité dans différents instruments de la politique des transports²²⁷, une meilleure prise en compte de la biodiversité dans les dispositions d’exécution de l’ordonnance sur les chemins de fer et dans les études d’impact sur l’environnement ainsi que l’examen des exonérations de l’impôt sur les véhicules automobiles. La majeure partie de ces mesures a été mise en œuvre entre 2021 et 2023²²⁸. Une des mesures étudiées, portant sur une campagne anti-détritus de long des routes nationales, n’a pas été mise en œuvre²²⁹.

3.3.1.4 Perspectives dans le cadre du PA SBS II

La cible n^o 18 du GBF, adoptée en 2022, prévoit que les incitations préjudiciables à la biodiversité soient globalement réduites d’au moins 500 milliards de dollars par an et que les incitations positives soient renforcées. La CdG-E s’est informée sur la manière dont cette thématique serait abordée dans le deuxième plan d’action.

Une mesure du PA SBS II est consacrée aux subventions et incitations²³⁰. Elle vise à ce que, d’ici à 2030, les effets des subventions fédérales sur la biodiversité soient systématiquement évalués et pris en compte dans les décisions d’octroi de subventions. La mesure charge les départements et les offices compétents d’examiner les effets des subventions sur la biodiversité dans le cadre des dossiers en cours. Elle inclut également le mandat d’examen sur la transparence en matière d’allègements fiscaux décidé par le Conseil fédéral en 2025 (cf. chap. 3.3.1.1). Elle prévoit aussi l’organisation d’échanges d’expériences entre Confédération et cantons au sujet de la réforme des subventions. Enfin, le thème des subventions sera abordé dans les rapports nationaux que l’OFEV adressera à la CDB en 2026, 2028 et 2030²³¹.

L’OFEV est responsable de la mise en œuvre de cette mesure, en collaboration avec les offices fédéraux concernés. Les travaux seront coordonnés avec le rapport que le Conseil fédéral a demandé au DETEC pour fin 2028, qui présentera les progrès réalisés dans le domaine des subventions dommageables à la biodiversité (cf. chap. 3.3.1.1)²³².

3.3.2.1 Analyse approfondie des subventions dommageables

La CdG-E constate que le Conseil fédéral a procédé à une analyse approfondie des recommandations issues de l’étude de SCNAT et de WSL de 2021 et qu’il a présenté les conclusions de cette analyse. L’étude préliminaire visant à sélectionner les subventions devant faire l’objet d’évaluations ainsi que lesdites évaluations ont été publiées. Le Conseil fédéral a informé le public des mesures adoptées sur cette base.

Globalement, la CdG-E considère que la méthodologie appliquée par l’OFEV en 2022 pour sélectionner les subventions devant faire l’objet d’une évaluation approfondie est claire. Elle constate néanmoins que le nombre de subventions finalement retenues (8 sur 156, représentant environ un quart des dépenses) est faible. La commission note que l’OFEV, au regard des ressources limitées à sa disposition, a focalisé sa sélection sur des subventions présentant des possibilités de réformes simples. Cette approche est pragmatique, selon la CdG-E, mais elle signifie que la Confédération a pour le moment renoncé à examiner certaines subventions parce qu’elles nécessitaient des adaptations plus complexes.

La commission constate que le Conseil fédéral a procédé, sur la base des évaluations approfondies, à des adaptations ciblées pour cinq subventions²³³. Elle note par ailleurs que d’autres adaptations ponctuelles ont été apportées à certaines subventions durant les dernières années, notamment dans le domaine des transports. Il est toutefois difficile, pour l’instant, d’évaluer l’impact concret de ces adaptations sur la biodiversité. La CdG-E juge particulièrement important que les adaptations réalisées fassent l’objet d’un suivi étroit quant à leur mise en œuvre et leurs effets; elle invite le Conseil fédéral à s’en assurer et à en rendre compte dans ses prochains rapports sur ce thème.

La commission salue également l’analyse réalisée par l’OFEV, dans son rapport de 2025, au sujet des processus de la Confédération liés aux subventions. Elle partage l’avis de l’office qu’il est important que la thématique de la biodiversité soit intégrée de manière précoce lors de l’élaboration et de l’examen périodique des subventions, afin d’identifier les ajustements possibles, et invite le Conseil fédéral à s’assurer que les mécanismes de contrôle soient optimisés en conséquence.

Globalement, la CdG-E arrive toutefois à la conclusion que les mesures prises jusqu’à présent en lien avec les subventions dommageables à la biodiversité, si elles constituent un pas dans la bonne direction, ne permettront pas d’atteindre les objectifs nationaux et internationaux dans ce domaine²³⁴. C’est d’ailleurs aussi le constat qui ressort de l’analyse d’impact du PA SBS I²³⁵.

3.3.2.2 Subventions dommageables dans le domaine de l’agriculture

La CdG-E constate que les modifications apportées jusqu’ici aux subventions agricoles dommageables à la biodiversité demeurent relativement peu nombreuses. Sur la base de l’évaluation approfondie, le Conseil fédéral a chargé l’OFAG d’examiner des adaptations concernant deux subventions (protection douanière pour les produits agricoles et contributions aux améliorations structurelles). Celles-ci seront approfondies, pour l’essentiel, dans le cadre de la PA30+ et d’une révision d’ordonnance. En l’état actuel, l’issue de ces adaptations et leur impact ne sont pas clairs. La CdG-E part du principe que l’OFAG soumettra dès que possible au Conseil fédéral et au Parlement les propositions d’adaptations correspondantes.

La CdG-E relève qu’une grande partie des subventions importantes pour la biodiversité qui n’ont pas encore été examinées de manière approfondie (34 sur 52) relèvent du domaine de l’agriculture. Dans ce contexte, les orientations qui seront décidées concernant ces subventions dans le cadre de la PA30+ seront déterminantes.

Pour la CdG-E, il est crucial que l’OFAG saisisse cette opportunité pour examiner si des ajustements ciblés permettraient de réduire l’impact néfaste de certaines subventions sur la biodiversité. La CdG-E aurait jugé adéquat que le Conseil fédéral définisse plus précisément quelles subventions agricoles devraient faire l’objet d’un examen approfondi²³⁶. La commission part du principe que l’office fera part de ses propositions dans le message relatif à la PA30+ prévu pour 2027 (cf. chap. 3.2).

3.3.2.3 Perspectives dans le cadre du PA SBS II

Pour respecter la cible n^o 18 du GBF, il faudrait que la Suisse prenne des mesures très étendues en lien avec les subventions dommageables à la biodiversité d’ici 2030. De nombreuses subventions devraient être adaptées, réduites ou supprimées, notamment dans les domaines de l’agriculture, de l’énergie ou des transports. La CdG-E est consciente que les subventions concernées sont le fruit de décisions politiques et visent aussi des objectifs importants pour notre pays – parfois ancrés au niveau constitutionnel – qui entrent dans certains cas en contradiction directe avec la protection de la biodiversité. Pour la commission, il est toutefois indispensable que le Conseil fédéral cherche des voies pragmatiques pour atteindre autant que possible les objectifs de la SBS et du GBF, au minimum en garantissant une plus grande transparence concernant l’impact de chaque subvention sur la biodiversité. Le gouvernement et le Parlement doivent pouvoir procéder à des pesées d’intérêts concernant les subventions concernées en toute connaissance de cause.

Dans ce contexte, la CdG-E regrette que le Conseil fédéral n’ait pas fixé d’objectifs plus ambitieux dans le PA SBS II concernant l’analyse des subventions dommageables à la biodiversité (mesure M10). La commission salue certes le mandat assigné au DFF et au DETEC pour améliorer la transparence en ce qui concerne les allègements fiscaux. Elle estime néanmoins que l’injonction faite aux départements et offices d’«examiner les effets des subventions sur la biodiversité dans le cadre des dossiers en cours» demeure très générale. Elle prie le Conseil fédéral de prendre les mesures nécessaires pour que cette demande ne reste pas lettre morte.

La commission peine également à comprendre que le Conseil fédéral ait renoncé – au-delà des mesures relatives aux allègements fiscaux mentionnées précédemment – à procéder à des approfondissements pour d’autres subventions dommageables, dans le prolongement des huit évaluations réalisées entre 2022 et 2024. Elle comprend certes que certaines subventions ne se prêtent pas à un tel examen, notamment si elles ont été adoptées récemment ou seront prochainement réformées. Elle estime toutefois que l’analyse présentée à ce sujet par l’OFEV dans son rapport de janvier 2025 manque de clarté²³⁷. En outre, elle est d’avis que le Conseil fédéral aurait pu définir de manière plus précise quelles subventions agricoles doivent être examinées en priorité dans le cadre de la PA30+ (cf. plus haut).

La commission procédera à un nouveau bilan sur ce point dans le cadre de son deuxième contrôle de suivi. Elle examinera notamment les conclusions du rapport de bilan que le DETEC élaborera d’ici fin 2028 à l’intention du Conseil fédéral.

3.4.1.1 Mesures de la Confédération concernant la communication sur la biodiversité

L’objectif 7 de la SBS adopté en 2012 et confirmé par le Conseil fédéral en 2024 porte sur le développement et la diffusion des connaissances relatives à la biodiversité²³⁸.

Le PA SBS I prévoyait un projet pilote portant sur la communication, intitulé «démocratiser la sauvegarde de la biodiversité» (A5.1)²³⁹. Ce projet visait à analyser les causes du déficit de perception de la perte de la biodiversité comme un problème par la population suisse, à mettre en évidence des méthodes appropriées pour combler ce déficit et à appliquer ces méthodes au moyen de mesures passant par des canaux appropriés. Le but était notamment de conduire la population à l’adoption de comportements respectueux de la biodiversité et de la sensibiliser à l’importance du déclin en cours de la biodiversité²⁴⁰. Le projet prévoyait entre autres la réalisation d’un appel d’offres pour un support d’agence et une planification média, la création d’un concept de communication visuelle et un travail de relations publiques au niveau national.

En décembre 2020, le DETEC a toutefois décidé d’interrompre le projet. Selon les explications de l’OFEV, cette décision s’explique par les développements politiques liés au dépôt de l’initiative biodiversité et au contre-projet du Conseil fédéral²⁴¹. Invité par la CdG-E à fournir des précisions sur les raisons de cette interruption, l’office n’a pas fourni d’indications supplémentaires²⁴².

L’évaluation externe mandatée par l’OFEV en 2022 dans le cadre de l’analyse d’impact du PA SBS I (cf. chap. 3.1)²⁴³ a tiré un bilan négatif de cette interruption. Les experts ont estimé que les objectifs de ce projet ne pourraient pas être atteints uniquement par le biais de la communication publique de l’OFEV. Le rapport a formulé cinq recommandations, notamment celle de reprendre le projet²⁴⁴; à la connaissance de la CdG-E, celles-ci n’ont toutefois pas été mises en œuvre. Les experts ont aussi souligné que l’interruption de ce projet avait un impact négatif global sur la communication concernant les mesures et projets du PA SBS et donc sur leur impact²⁴⁵. Les autres évaluations externes réalisées lors de l’analyse d’impact ont confirmé les conséquences négatives de cette interruption et, plus globalement, la nécessité de renforcer la communication sur le thème de la biodiversité.

La CdG-E s’est informée auprès de l’OFEV sur les mesures prises en matière de communication sur la biodiversité après l’interruption de ce projet. L’office a indiqué²⁴⁶ qu’il avait développé sa communication en suivant deux axes. Le premier vise à valoriser les produits de l’OFEV consacrés à la biodiversité (publications, conférences de presse, site Internet) et le deuxième à encourager la communication par l’intermédiaire de tiers à travers les subventions prévues par la loi sur la protection de la nature et du paysage (LPN)²⁴⁷.

La CdG-E a également examiné dans quelle mesure la thématique de la communication avait ensuite été reprise dans le PA SBS II. Elle a constaté que celui-ci ne contenait pas de mesure spécifique sur ce thème. Le Conseil fédéral relève dans le plan qu’une nécessité d’agir subsiste à ce niveau et reconnaît l’importance de favoriser l’accès aux connaissances sur la biodiversité. Il indique toutefois que «vu les mesures en cours et en raison des ressources limitées», aucune action supplémentaire ne sera entreprise à ce sujet dans le cadre du PA SBS II²⁴⁸. Le plan d’action se limite à indiquer que l’OFEV et les autres offices fédéraux concernés sont chargés de la communication sur les mesures du PA SBS et sur la biodiversité. Une seule mesure du PA SBS II présente une interface avec le thème de la communication (M14, «Gestion optimisée des données et des informations sur la biodiversité»), mais elle porte en priorité sur l’échange d’informations techniques entre spécialistes²⁴⁹. Deux autres mesures portant sur l’enseignement et la formation (5.5 et 5.6), examinées en vue de la deuxième phase, n’ont pas été retenues faute de moyens (cf. chap. 3.1.1.2 et annexe 2).

3.4.1.2 Contenu des communiqués de presse de la Confédération sur la biodiversité

Afin d’évaluer la manière dont les autorités fédérales ont communiqué au sujet de la biodiversité, la CdG-E a également analysé une sélection de communiqués de presse publiés ces dernières années sur ce thème:

• – communiqué du Conseil fédéral de juin 2023 concernant l’analyse d’impact du PA SBS I²⁵⁰;

• – communiqué du Conseil fédéral de juin 2024 concernant les améliorations apportées aux subventions fédérales²⁵¹;

• – communiqué du Conseil fédéral de novembre 2024 concernant le PA SBS II²⁵²;

• – communiqué du Conseil fédéral de janvier 2025 concernant l’impact des subventions sur la biodiversité²⁵³;

• – communiqué d’Agroscope de juillet 2025 concernant les résultats du deuxième cycle de relevés du programme ALL-EMA²⁵⁴;

• – communiqué du Conseil fédéral de décembre 2025 concernant l’adoption de mesures complémentaires dans le PA SBS II²⁵⁵.

La CdG-E a examiné si les communiqués concernés répondaient aux principes de l’information publique fixés dans la loi sur l’organisation du gouvernement et de l’administration (LOGA)²⁵⁶ et concrétisés dans les lignes directrices sur l’information et la communication²⁵⁷. Elle a en particulier analysé comment la situation de la biodiversité en Suisse y était présentée et si les principales mesures prises par le Conseil fédéral et l’administration fédérale en lien avec la biodiversité y étaient mentionnées.

3.4.2.1 Mesures de la Confédération concernant la communication sur la biodiversité

Globalement, la CdG-E est d’avis que la communication publique est un aspect central de l’action de la Confédération pour la protection de la biodiversité. Elle permet de sensibiliser la population à l’importance de cette thématique et d’inciter chaque personne à adopter un comportement respectueux de la biodiversité. Elle est aussi déterminante pour renforcer l’impact des mesures du PA SBS dans leur ensemble et garantir ainsi l’atteinte des objectifs de la SBS. La CdG-E estime donc que cet aspect revêt une importance systémique du point de vue de la gestion.

Dans ce contexte, la CdG-E regrette vivement que le DETEC ait interrompu le projet pilote du PA SBS I consacré à la communication publique en 2020. Comme les expertises externes l’ont montré, cette interruption a eu un impact négatif non seulement sur l’atteinte de l’objectif 7 de la SBS, mais également sur le PA SBS I en général. La commission peine à comprendre les explications qui lui ont été fournies pour justifier l’arrêt de ce projet, qui demeurent très générales.

Par ailleurs, au vu des conclusions de l’analyse d’impact du PA SBS I, la CdG-E est particulièrement surprise de constater qu’aucune mesure du PA SBS II ne porte sur le thème de la communication et de la sensibilisation à la biodiversité, alors même que le Conseil fédéral reconnaît explicitement l’importance d’agir dans ce domaine. Elle note que, sur ce point également, les explications fournies demeurent générales. La commission imagine certes que des mesures de communication spécifiques seront mises en œuvre en lien avec certaines mesures du plan d’action et le salue. Elle est néanmoins d’avis qu’il aurait été adéquat que le PA SBS II contienne une mesure transversale sur ce thème. En effet, elle juge nécessaire que la Confédération analyse de manière globale la perception de la biodiversité par la population suisse afin de plancher, sur cette base, sur des mesures de communication adaptées.

La commission salue les efforts de l’OFEV pour renforcer malgré tout sa communication sur le thème de la biodiversité. Elle estime néanmoins qu’une sensibilisation efficace de la population sur ce thème ne peut pas se baser uniquement sur la communication institutionnelle des autorités fédérales et nécessite des mesures complémentaires. Par ailleurs, la CdG-E est d’avis que la communication de la Confédération en matière de biodiversité pourrait être améliorée sur certains points (cf. chap. 3.4.2.2).

Pour la CdG-E, l’absence de mesure liée à la communication publique dans le PA SBS II augmente le risque que les objectifs de la SBS ne soient pas atteints en 2030. Elle estime que le Conseil fédéral n’a pas tenu compte de manière adéquate des conclusions du premier plan d’action concernant cet aspect. En sa qualité d’organe de haute surveillance parlementaire, elle estime donc qu’une nécessité d’agir subsiste sur le plan de la gestion des affaires. Elle invite le Conseil fédéral à veiller – dans le cadre des ressources disponibles – à ce que des mesures dans le domaine de la communication publique soient intégrées dans le PA SBS II. Elle tirera un bilan sur ce point dans le cadre du deuxième contrôle de suivi.

3.4.2.2 Contenu des communiqués de presse de la Confédération sur la biodiversité

Sur la base de l’analyse des communiqués de presse sélectionnés, la CdG-E arrive à la conclusion que les autorités fédérales ont, globalement, respecté les principes de communication fixés dans la loi et les directives en ce qui concerne le thème de la biodiversité. Elles ont informé de manière active, régulière et cohérente sur cette thématique et ont fait part de leurs principales décisions à ce sujet. La commission n’a pas identifié d’indices mettant en doute la véridicité des informations communiquées. Par ailleurs, à la connaissance de la CdG-E, les documents déterminants pour les décisions des autorités (p. ex. rapports internes et externes) ont tous été publiés.

La commission est par ailleurs consciente que la biodiversité est un sujet vaste et complexe, et que la communication sur ce thème nécessite une pesée d’intérêts entre la nécessité, d’un côté, que l’information soit aussi complète et transparente que possible et, de l’autre, qu’elle reste concise et adaptée au public-cible. Elle reconnaît également que les départements disposent d’une marge d’appréciation dans la manière dont ils formulent leur communication publique.

Néanmoins, sur la base de son analyse, la CdG-E estime que la communication des autorités fédérales sur le thème de la biodiversité n’a pas toujours été complète durant ces dernières années, au sens des lignes directrices de la communication fédérale²⁵⁸.

Premièrement, la commission note que les autorités ont adopté un ton plutôt neutre face à la situation précaire de la biodiversité en Suisse et ont davantage mis l’accent sur les mesures prises ou les évolutions positives dans ce domaine. À l’inverse, les évolutions plus négatives ou l’absence d’effet de certaines mesures, si elles ont été évoquées ponctuellement, ont été moins mises en avant.

• – Exemple 1: Le communiqué du Conseil fédéral de juin 2023²⁵⁹ souligne que de nombreuses mesures du PA SBS I ont été prises ou sont mises en œuvre. Il mentionne que leurs effets ne peuvent pas encore être évalués de manière définitive, mais ne fait pas mention des conclusions critiques de l’analyse d’impact de l’OFEV et du fait qu’une grande partie des objectifs de la SBS ne sont pas atteints.

• – Exemple 2: Le communiqué d’Agroscope de juillet 2025²⁶⁰ indique que la biodiversité dans l’agriculture n’a guère changé ces dernières années, sans préciser qu’elle se situe à un niveau bien inférieur aux objectifs. Le texte met essentiellement l’accent sur les évolutions positives constatées par le programme ALL-EMA.

Deuxièmement, la commission estime que certaines informations importantes liées à la mise en œuvre de la SBS auraient dû être mentionnées de manière plus explicite dans les communiqués de presse de la Confédération.

• – Exemple 1: Le communiqué du Conseil fédéral de juin 2023²⁶¹ ne mentionne pas le fait que l’accélération de plusieurs mesures et projets pilotes du PA SBS I en 2022 a mené à une réduction des objectifs de ceux-ci. Il ne fait pas non plus référence à l’impact négatif du manque de ressources sur la mise en œuvre du plan d’action (cf. chap. 3.1.1.1).

• – Exemple 2: Le communiqué du Conseil fédéral de novembre 2024²⁶² indique qu’un total de 24 millions de francs est disponible pour le PA SBS II jusqu’en 2030. Il ne précise toutefois pas que cela représente une importante diminution par rapport à la première phase du plan d’action, ni quelles seront les conséquences d’une telle diminution (cf. chap. 3.1.1.3).

Troisièmement, la CdG-E note que les communiqués de presse se focalisent généralement sur les aspects procéduraux ou techniques et ne font pas mention de la situation globale de la biodiversité en Suisse, à l’exception de celui d’Agroscope de juillet 2025²⁶³. La commission estime donc que les communiqués analysés ne contribuent que de manière limitée à sensibiliser la population sur l’état de la biodiversité.

• – Exemple 1: Le communiqué du Conseil fédéral de novembre 2024²⁶⁴ se limite à mentionner la «perte de diversité biologique», sans plus de détails.

• – Exemple 2: Le communiqué du Conseil fédéral de juin 2023²⁶⁵ indique que «la diversité des espèces continue de subir des pressions en Suisse».

• – Exemple 3: les communiqués du Conseil fédéral de juin 2024²⁶⁶, de janvier 2025²⁶⁷ et de décembre 2025²⁶⁸ ne font pas mention de la situation de la biodiversité en Suisse.

La CdG-E juge particulièrement important que le Conseil fédéral et les autorités fédérales portent à l’avenir une attention renforcée à la formulation de la communication publique sur le thème de la biodiversité. Sur la base des exemples précités, elle invite le Conseil fédéral à s’assurer que toutes les informations importantes – y compris les évolutions négatives de certains projets et les manquements dans la mise en œuvre de la SBS – soient communiquées de manière complète, transparente et engagée. Elle invite le Conseil fédéral à s’assurer que les autorités fédérales compétentes informent régulièrement le public sur la situation de la biodiversité en Suisse. La commission tirera un bilan de l’évolution des pratiques en la matière lors du deuxième contrôle de suivi.