2C_81/2022

I. Recevabilité

1.

1.1

Les deux recours déposés devant la Cour de céans sont dirigés contre le même arrêt cantonal. Ils s'inscrivent dans le même contexte procédural et factuel et sont tous deux recevables (cf. infra consid. 1.2 ss). Il se justifie par conséquent de joindre les causes et de les traiter en un seul arrêt (cf. art. 71 LTF et 24 PCF [RS 273]; cf. ATF 142 II 293 consid. 1.2 in fine). Une jonction se justifie d'ailleurs d'autant plus lorsque, comme en l'espèce, aussi bien l'administration fiscale que le contribuable déposent un recours.

1.2

L'arrêt attaqué a été rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) qui ne tombe sous le coup d'aucune des exceptions de l'art. 83 LTF, par une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Cette voie de droit est confirmée par l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et l'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), le rappel d'impôt et la soustraction d'impôt étant des matières harmonisées (cf. art. 53 et 56 LHID).

Le recours constitutionnel subsidiaire interjeté par la société recourante est dès lors irrecevable (art. 113 LTF a contrario).

1.3

L'instance précédente a traité dans un seul jugement de l'IFD et des ICC, ce qui est admissible (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1). Partant, le dépôt d'un seul acte de recours est aussi autorisé, dans la mesure où la partie recourante s'en prend clairement aux deux catégories d'impôts (cf. ATF 135 II 260 consid. 1.3.2), ce que font, en l'espèce, aussi bien la société recourante que l'Administration cantonale dans leurs recours respectifs.

1.4

La société recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Son recours a en outre été déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF). Le recours est ainsi recevable.

1.5

Le recours de l'Administration cantonale a également été déposé en temps utile (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 LTF), étant précisé que ladite autorité a qualité pour recourir en application du droit fédéral (cf. art. 146 LIFD; art. 73 al. 2 LHID et 89 al. 2 let. d LTF). Son recours est ainsi également recevable.

II. Objet du litige

2.

L'objet du litige, délimité par les conclusions des parties (cf. art. 107 al. 1 LTF), porte sur les rappels d'impôt IFD et ICC pour les périodes fiscales 2007 à 2009, ainsi que sur les amendes prononcées tant en matière de l'IFD que des ICC pour tentative de soustraction fiscale pour les périodes fiscales 2010 et 2011. L'Administration cantonale conteste le refus du Tribunal cantonal d'admettre les rappels d'impôt. La société recourante s'en prend pour sa part aux amendes confirmées dans l'arrêt attaqué.

III. Etablissement des faits

3.

3.1

Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). La partie recourante ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 145 V 188 consid. 2; 142 II 355 consid. 6). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, la partie recourante doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (ATF 145 V 188 consid. 2; 137 II 353 consid. 5.1). Les faits invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 145 I 26 consid. 1.3).

Il y a arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. ATF 146 IV 88 consid. 1.3.1; 144 II 281 consid. 3.6.2). La partie recourante ne peut pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves; elle doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont arbitraires (ATF 133 II 249 consid. 1.4.3).

3.2

En l'espèce, la société recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir retenu que sa collaboration ne pouvait être qualifiée de bonne. Elle s'en prend ainsi à l'établissement des faits. Dans une argumentation essentiellement appellatoire, elle n'invoque toutefois pas l'arbitraire, ni n'explique en quoi l'appréciation de l'autorité précédente, qui se fonde sur " l'absence de réponse ou de réponses partielles apportées aux demandes de l'autorité intimée " (consid. 4c), serait insoutenable. Le grief tiré de l'établissement inexact des faits doit partant être écarté.

3.3

L'Administration cantonale critique également l'établissement des faits.

3.3.1

Invoquant l'arbitraire, elle fait tout d'abord valoir que l'autorité précédente n'aurait, à tort, pas fait état des différentes étapes de la procédure de taxation, exposées en détail dans la décision sur réclamation du 12 mai 2020. Celles-ci révélaient, selon elle, que l'autorité de taxation avait procédé à des mesures d'instruction sur certains postes de la comptabilité, pour les périodes 2004 à 2006 et 2009, et que les réponses de la société n'avaient pas permis de détecter l'existence des éléments qui avaient été repris dans la procédure de rappel d'impôt.

Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal a retenu que les faits résultant de la décision sur réclamation du 12 mai 2020 ne permettaient pas d'établir que les conditions d'un rappel d'impôt étaient remplies.

En l'occurrence, le recours de l'Administration cantonale ne répond pas aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF. En effet, elle se contente de renvoyer de manière générale à sa décision sur réclamation du 12 mai 2020, sans expliquer précisément quelle mesure d'instruction pertinente l'autorité précédente aurait négligée dans son appréciation. Elle ne démontre pas en quoi les faits retenus sur ce point par le Tribunal cantonal seraient arbitraires.

3.3.2

L'Administration cantonale reproche ensuite au Tribunal cantonal d'avoir omis de prendre en compte dans le cadre de l'examen en droit de son arrêt que ni les charges du compte pertes et profits, ni l'annexe A/01c Prestations effectuées par la société, pour les périodes fiscales 2008 et 2009, ne révélaient que la société avait accordé des prestations à son actionnaire ou qu'il y avait eu des mouvements d'actifs entre celle-ci et ses actionnaires.

Dans l'arrêt attaqué, l'autorité précédente relève l'absence de toute indication relative aux prestations effectuées par la société dans la déclaration d'impôt, mais considère que, dans les présentes circonstances, l'Administration cantonale aurait dû procéder à des investigations complémentaires. Le Tribunal cantonal n'a ainsi pas négligé les éléments de fait mentionnés par la société recourante concernant l'absence de déclaration dans le compte pertes et profits et dans l'annexe susmentionnés. Savoir si, sur le vu de ces éléments, il pouvait conclure à l'absence de motif de rappel d'impôt relève du droit et sera examiné ci-après (cf. infra consid. 7).

3.3.3

L'Administration cantonale critique enfin l'autorité précédente lorsqu'elle retient qu' " une simple lecture des rubriques de la comptabilité détaillée aurait ainsi permis à l'autorité de taxation de constater l'acquisition, pour un montant non négligeable, de mobilier ancien par la [société] ". L'Administration cantonale relève à cet égard que les comptes détaillés précités n'ont été produits que dans le cadre de la procédure de rappel d'impôt.

Sur ce point également, l'argumentation ne porte pas sur l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves, mais sur la pertinence des éléments pris en compte par l'autorité précédente pour conclure à une négligence grave de l'Administration cantonale lors de l'instruction menée au cours de la procédure de taxation, ce qui relève de l'examen en droit (cf. infra consid. 7).

3.4

Le Tribunal fédéral statuera ainsi sur la seule base des faits retenus par l'autorité précédente, sous réserve de l'art. 105 al. 2 LTF.

4.

L'Administration cantonale reproche à l'autorité précédente d'avoir mal interprété la portée de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral 2C_116/2021 précité, en se sentant à tort liée par celui-ci concernant l'état de fait et, en particulier, concernant l'absence de faits nouveaux justifiant un rappel d'impôt. La société recourante estime au contraire que le Tribunal cantonal ne s'est à raison pas écarté des faits tels qu'ils avaient été présentés au Tribunal fédéral lorsque ce dernier a statué dans la cause 2C_116/2021 susmentionnée, puisque l'Administration cantonale n'avait pas produit de faits nouveaux devant l'instance précédente. Dans sa prise de position, le Tribunal cantonal fait le même constat.

4.1

Concernant l'établissement des faits, l'autorité précédente indique être liée par l'arrêt du Tribunal fédéral du 8 juillet 2021 lorsqu'il relève notamment que " rien dans l'arrêt entrepris ne permet de laisser penser que, lorsque l'Administration cantonale a procédé à l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt en mai 2012, elle ait eu à disposition de nouveaux éléments de fait qui lui permettaient de revenir sur les taxations déjà entrées en force. Au contraire, les faits tels qu'ils ont été établis par le Tribunal cantonal laissent bien plutôt penser que la [société] recourante a établi ses comptes de manière transparente en y indiquant ouvertement les frais (de véhicule, de voyage, d'entretien d'immeuble), les charges, les amortissements et les montants versés à une société tierce " (arrêt 2C_116/2021 précité consid. 6.5).

4.2

Selon l'art. 107 al. 2, 1re phrase, LTF, si le Tribunal fédéral admet le recours, il statue lui-même sur le fond ou renvoie l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision. Le principe de l'autorité de l'arrêt de renvoi découle du droit fédéral non écrit. Conformément à ce principe, l'autorité à laquelle la cause est renvoyée par le Tribunal fédéral est tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral. Elle est ainsi liée par ce qui a déjà été définitivement tranché par le Tribunal fédéral et par les constatations de fait qui n'ont pas été attaquées devant lui ou l'ont été sans succès. La motivation de l'arrêt de renvoi détermine dans quelle mesure la cour cantonale est liée à la première décision et fixe aussi bien le cadre du nouvel état de fait que celui de la nouvelle motivation juridique; les faits nouveaux ne peuvent être pris en considération que sur les points ayant fait l'objet du renvoi, lesquels ne peuvent être ni étendus, ni fondés sur une base juridique nouvelle (cf. ATF 148 I 127 consid. 3.1 et les références; arrêt 1C_296/2020 du 8 juillet 2021 consid. 3.1).

4.3

En l'occurrence, dans l'arrêt 2C_116/2021, le Tribunal fédéral relève que le Tribunal cantonal, dans son arrêt du 31 décembre 2020, n'a aucunement examiné si un motif de rappel d'impôt était donné (consid. 6.3). Il constate qu'au regard des faits constatés dans cet arrêt, on pouvait douter de l'existence de faits nouveaux (consid. 6.5). Toutefois, il estime également que l'on ne peut pas exclure que l'autorité précédente n'aurait à tort pas retenu de tels faits. Il lui renvoie ainsi la cause pour qu'elle procède le cas échéant à une instruction complémentaire sur ce point et rende une nouvelle décision (consid. 6.5). On ne peut donc pas considérer que l'autorité précédente était liée par les faits relatés par le Tribunal fédéral dans son arrêt du 8 juillet 2021 pour ce qui concerne l'existence d'un motif de rappel d'impôt.

IV. Grief formel

5.

Dans un grief d'ordre formel, la société recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Elle reproche à l'autorité précédente de ne pas avoir instruit la question des amendes et, par conséquent, de ne pas lui avoir permis de participer à la procédure d'instruction.

5.1

Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 167 consid. 4.1; 140 I 285 consid. 6.3.1 et les arrêts cités).

Le droit des parties d'être interpellées sur des questions juridiques n'est reconnu que de manière restreinte, lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, lorsque la situation juridique a changé ou lorsqu'il existe un pouvoir d'appréciation particulièrement large. L'autorité n'a donc pas à soumettre par avance aux parties, pour prise de position, le raisonnement qu'elle entend tenir. Cependant, lorsqu'elle envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence, le droit d'être entendu implique de donner au justiciable la possibilité de se déterminer à ce sujet (ATF 145 I 167 consid. 4.1 et les références).

5.2

En l'occurrence, dans son arrêt de renvoi du 8 juillet 2021, le Tribunal fédéral avait reproché au Tribunal cantonal d'avoir insuffisamment motivé son arrêt du 31 décembre 2020 concernant les amendes prononcées. Comme le relève à juste titre l'autorité précédente dans sa prise de position, le Tribunal fédéral n'avait pas exigé sur ce point un complément d'instruction.

En outre, il ressort de l'arrêt attaqué qu'à la suite de l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, le Tribunal cantonal a donné aux parties l'occasion de se prononcer sur les questions encore litigieuses. Dans sa prise de position du 18 août 2021, l'Administration cantonale avait alors intégralement confirmé les amendes prononcées, en renvoyant aux considérants de sa décision sur réclamation du 12 mai 2020. La possibilité de se déterminer sur cet écrit a été donnée à la société recourante par le Tribunal cantonal. Celle-ci s'est prononcée le 29 septembre 2021, mais sans remettre en question les sanctions en cause. La société recourante a ainsi eu l'occasion de se prononcer sur le bien-fondé des amendes prononcées.

Par ailleurs, la société recourante n'allègue, à raison, pas que le Tribunal cantonal aurait fondé son arrêt sur une norme ou un motif juridique qui n'aurait pas été invoqué dans la procédure antérieure.

Enfin, la société recourante invoque en vain l'art. 135 al. 1 LIFD. En effet, cette disposition concerne la procédure de réclamation, qui n'est pas concernée par le présent litige, et non pas la procédure de recours.

Le grief de violation du droit d'être entendu est ainsi infondé.

V. Prescription; péremption

6.

La prescription ou la péremption sont des questions de droit matériel que le Tribunal fédéral examine d'office lorsqu'elles jouent en faveur du contribuable (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.2) tant pour l'IFD que les ICC, lorsque celles-ci se fondent sur le droit fédéral (cf. ATF 138 II 169 consid. 3.4; arrêts 2C_872/2021 du 2 août 2022 destiné à la publication consid. 4;2C_15/2021 du 27 mai 2021 consid. 4).

6.1

L'art. 152 al. 1 LIFD prévoit que le droit d'introduire une procédure de rappel d'impôt s'éteint dix ans après la fin de la période fiscale pour laquelle la taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou pour laquelle la taxation entrée en force était incomplète. Le droit de procéder au rappel d'impôt s'éteint quinze ans après la fin de la période fiscale à laquelle il se rapporte (art. 152 al. 3 LIFD; cf. ATF 140 I 68 consid. 6.1). Les art. 208 al. 1 et 3 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RS 642.11) et 53 al. 2 et 3 LHID posent les mêmes principes. La problématique peut donc être examinée conjointement pour l'IFD et les ICC.

En l'occurrence, il ressort des faits de l'arrêt entrepris qu'un avis d'ouverture de la procédure de rappel d'impôt et soustraction d'impôt a été notifié à la société recourante en mai 2012 pour l'IFD et les ICC, notamment, 2007 à 2009. Le délai de péremption de dix ans des art. 152 al. 1 LIFD, 208 al. 1 LI/VD et 53 al. 2 LHID a ainsi été respecté. En application des art. 152 al. 3 LIFD, 203 al. 3 LI/VD et 53 al. 3 LHID, c'est à juste titre que l'Administration cantonale a relevé, dans son recours, la péremption du droit de procéder au rappel d'impôt de la période fiscale 2006, qui est survenue à la fin de la période fiscale 2021. Le droit de procéder au rappel d'impôt des années 2007 à 2009 n'est ni prescrit, ni périmé.

6.2

6.2.1

En matière d'IFD, l'art. 184 al. 1 let. a LIFD, modifié le 26 septembre 2014, dans sa teneur en vigueur depuis le 1 er janvier 2017 (cf. la loi fédérale du 26 septembre 2014 sur l'adaptation de la LIFD et de la LHID aux dispositions générales du code pénal [RO 2015 779]), prévoit notamment que, en cas de tentative de soustraction d'impôt, la poursuite pénale se prescrit par six ans à compter de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction a été commise. Sous l'ancien droit, le délai de prescription était de huit ans (cf. art. 184 al. 1 let. a LIFD [dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2016] cum art. 333 al. 6 let. b CP).

S'agissant de la prescription de la poursuite pénale pour tentative de soustraction d'impôt en matière des ICC, l'art. 58 al. 1 LHID, également modifié avec effet au 1 er janvier 2017, a une teneur identique à l'art. 184 al. 1 let. a LIFD. Il est directement applicable si les cantons n'ont pas adapté leur législation au 1 er janvier 2017 (ancien art. 72s LHID [RO 2015 779]; abrogé au 31 décembre 2021 par le ch. I 4 de la loi fédérale du 18 juin 2021 sur les procédures électroniques en matière d'impôts [RO 2021 673; FF 2020 4579]; l'actuel art. 72 LHID, entré en vigueur le 1er janvier 2022 [RO 2021 673; FF 2020 4579] prévoit l'obligation générale des cantons d'adapter leur législation aux dispositions de la LHID pour la date de leur entrée en vigueur [al. 1]; après cette date, ces dispositions sont d'application directe si le droit fiscal cantonal s'en écarte [al. 2]), adaptation à laquelle le canton de Vaud a procédé (cf. art. 254 LI/VD). Avant cette date également, le délai de prescription pour les ICC (art. 254 al. 1 let. a LI/VD et art. 58 al. 1 aLHID) était le même que pour l'IFD et courait à partir de la clôture définitive de la procédure au cours de laquelle la tentative de soustraction avait été commise.

En vertu des art. 205f LIFD et 78f LHID, le nouveau droit est applicable au jugement des infractions commises au cours des périodes fiscales précédant le 1 er janvier 2017 s'il est plus favorable que le droit en vigueur au cours de ces périodes fiscales.

6.2.2

En l'occurrence, il ressort de l'arrêt attaqué que les décisions de taxation pour les années fiscales 2010 et 2011 sont devenues définitives à la suite de l'arrêt du Tribunal fédéral du 8 juillet 2021. La prescription de la tentative de soustraction d'impôt, qui a commencé à courir dès cette date, n'est ainsi acquise ni sous l'ancien ni sous le nouveau droit.

VI. Impôt fédéral direct

a) Rappel d'impôt

7.

S'agissant du rappel d'impôt, le litige porte sur la question de savoir si le Tribunal cantonal a considéré à raison que les conditions d'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt n'étaient pas remplies pour les années fiscales concernées, faute pour l'Administration cantonale d'avoir mené une instruction suffisante lors des procédures de taxation.

7.1

Aux termes de l'art. 151 al. 1 LIFD, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Selon l'art. 151 al. 2 LIFD, lorsque le contribuable a déposé une déclaration complète et précise concernant son revenu, sa fortune et son bénéfice net, qu'il a déterminé son capital propre de façon adéquate et que l'autorité fiscale en a admis l'évaluation, tout rappel d'impôt est exclu, même si l'évaluation était insuffisante.

Un motif de rappel d'impôt peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque là, soit des faits ou moyens de preuves qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (cf. ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 et les arrêts cités; arrêt 2C_116/2021 du 8 juillet 2021 consid. 6.1;2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 9.1, in RDAF 2020 II 200). Le contribuable doit faire tout ce qui est nécessaire pour assurer une taxation complète et exacte (art. 126 al. 1 LIFD). Il doit ainsi remplir la formule de déclaration d'impôt de manière conforme à la vérité et complète (art. 124 al. 2 LIFD). Lorsque le contribuable se heurte à une incertitude quant à un élément de fait, il ne doit pas la dissimuler, mais bien la signaler dans sa déclaration. Dans tous les cas, il doit décrire les faits de manière complète et objective (arrêts 2C_129/2018 du 24 septembre 2018 consid. 6.1, in RF 74 2019 p. 64;2C_632/2012 du 28 juin 2013 consid. 3.4;2C_123/2012 du 8 août 2012 consid. 5.1 et les références).

Selon la jurisprudence, l'autorité fiscale peut, en principe, considérer que la déclaration d'impôt est exacte et complète et elle n'est pas tenue, à défaut d'indices correspondants, de rechercher des informations complémentaires (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 et les références; arrêt 2C_1073/2018 précité du 20 décembre 2019 consid. 9.1). En d'autres termes, l'autorité fiscale ne doit se livrer à des investigations complémentaires au moment de procéder à la taxation que si la déclaration contient indiscutablement des inexactitudes flagrantes (arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1 non publié aux ATF 140 I 68;2C_632/2012 du 28 juin 2013 consid. 3.4;2C_104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.3 et les références citées). Des inexactitudes qui ne sont que décelables, sans être flagrantes, ne permettent pas de considérer que certains faits ou moyens de preuve étaient déjà connus des autorités au moment de la taxation (cf. arrêts 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.1 non publié aux ATF 140 I 68;2C_632/2012 du 28 juin 2013 consid. 3.4;2C_123/2012 du 8 août 2012 consid. 5.1). Lorsque l'autorité fiscale aurait dû se rendre compte de l'état de fait incomplet ou inexact, le rapport de causalité adéquate entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète est interrompu et les conditions pour procéder ultérieurement à un rappel d'impôt font défaut (ATF 144 II 359 consid. 4.5.1 et les références; arrêt 2C_1073/2018 précité du 20 décembre 2019 consid. 9.1). Cette rupture du lien de causalité est soumise à des exigences sévères, à savoir une négligence grave imputable à l'autorité fiscale (arrêt 2C_1073/2018 précité du 20 décembre 2019 consid. 9.1 et les références).

7.2

De jurisprudence constante, il ressort des art. 57 et 58 LIFD que le droit fiscal renvoie au droit comptable pour déterminer le bénéfice net imposable et que les comptes établis conformément aux règles du droit comptable lient les autorités fiscales, à moins que des normes impératives du droit commercial ne soient violées ou que des normes fiscales correctrices ne l'exigent (principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance; cf. notamment ATF 147 II 209 consid. 3.1.1; 137 II 353 consid. 6.2; 136 II 88 consid. 3.1).

7.3

En l'occurrence, il ressort de l'arrêt attaqué que le libellé des rubriques de la comptabilité fournie en annexe des déclarations d'impôt était très général. A cet égard, l'arrêt révèle que des charges de près de 19'000'000 fr. par exercice étaient regroupées en sept catégories, parmi lesquelles les rubriques intitulées " internat, frais généraux et d'administration ", pour plus de 4'000'000 fr., et " informations, communications et promotions ", pour près de 3'000'000 fr. (let. C). En outre, la société recourante n'avait déclaré aucune prestation appréciable en argent pour les périodes fiscales concernées et le document A/01c relatif aux Prestations effectuées par la société, annexé aux déclarations 2008 et 2009, mentionnait qu'aucun montant n'avait été payé, respectivement encaissé, par la société aux actionnaires pour la mise à disposition de biens matériels.

Selon l'arrêt entrepris, les charges injustifiées n'ont été découvertes qu'à la suite de l'examen approfondi de la comptabilité de la société recourante mené par la Division de l'inspection fiscale dans le cadre des taxations 2010 et 2011. L'arrêt attaqué expose sur ce point que des mesures d'instruction complémentaires auraient permis à l'Administration cantonale de déceler le caractère injustifié de ces charges, mais non que ces éléments figuraient dans les documents à disposition de l'Administration cantonale lorsque celle-ci a procédé à la taxation des années 2007 à 2009. Il s'agissait donc, comme le relève à juste titre l'Administration cantonale, de faits nouveaux.

Par ailleurs, contrairement à ce que soutient l'autorité précédente, ces éléments ne figuraient pas dans les faits sur lesquels le Tribunal fédéral a fondé son arrêt de renvoi.

7.4

Reste à déterminer si, comme le retient implicitement le Tribunal cantonal, l'Administration cantonale ne pouvait pas, sans négligence grave, ne pas instruire davantage les faits lors des procédures de taxation 2007 à 2009. Autrement dit, il convient d'examiner si un éventuel défaut d'instruction de la part de l'Administration cantonale a conduit à une rupture du lien de causalité adéquat entre la déclaration lacunaire et la taxation insuffisante ou incomplète (cf. supra consid. 7.1).

En l'occurrence, aucun élément ne permet de penser que la comptabilité annexée aux déclarations fiscales des périodes 2007 à 2009 n'était pas conforme aux règles du droit comptable. Les documents comptables produits liaient ainsi l'Administration cantonale (cf. supra consid. 7.2). Sans indices particuliers, celle-ci pouvait considérer que ces déclarations d'impôt étaient exactes et complètes (cf. supra consid. 7.1 s.). Le regroupement des charges dans sept postes, désignés de façon très large, ainsi que l'importance des montants des déductions revendiquées ne permettaient pas de conclure que les déclarations fiscales contenaient indiscutablement des inexactitudes flagrantes. A cet égard, l'Administration cantonale relève à juste titre que le Tribunal cantonal se base en grande partie, et à tort, sur les éléments connus de l'Administration cantonale lorsque celle-ci a procédé au rappel d'impôt, mais non sur les informations en sa possession lors des procédures de taxation. Les documents comptables produits ne contenaient en particulier pas les libellés " véhicules " ou " mobilier ". En outre, le contenu de l'annexe A/01c, qui ne mentionnait ni mouvements d'actifs, ni de montants payés, respectivement encaissés, par la société recourante aux actionnaires ou à des proches pour la mise à disposition de biens matériels ou immatériels ou de distributions dissimulées de bénéfice, était de nature à induire l'Administration cantonale en erreur.

Si le libellé très général des rubriques des comptes produits et l'importance des montants réclamés en déduction du bénéfice auraient pu conduire l'Administration cantonale à instruire davantage, on ne peut pas retenir que, dans les présentes circonstances, l'absence d'instruction complémentaire résulterait d'une négligence grave de sa part (cf. notamment arrêt 2C_416/2013 du 5 novembre 2013 consid. 8.2 non publié in ATF 140 I 68, concernant un contribuable qui avait également fourni une déclaration contenant des indications apparemment complètes). Il est sur ce point rappelé qu'une rupture du lien de causalité est soumise à des exigences sévères (cf. supra consid. 7.1). Par ailleurs, retenir une telle négligence dans le cas présent aurait pour effet d'imposer aux autorités fiscales de systématiquement procéder à un examen approfondi des comptes du contribuable, chaque fois qu'une rubrique est libellée en termes généraux, sous peine de ne plus pouvoir procéder à un rappel d'impôt en cas de découverte ultérieure. Une telle exigence ne tient pas compte du fait que l'autorité fiscale peut en principe se fier au contenu de la déclaration déposée (cf. supra consid. 7.1) et serait en outre inconciliable avec les impératifs d'une administration de masse.

Il découle de ce qui précède qu'il existait des faits nouveaux propres à justifier le rappel des impôts en cause et que l'absence d'instruction complémentaire menée alors dans le cadre des procédures de taxation par l'Administration cantonale n'a pas conduit à une rupture du lien de causalité entre les déclarations lacunaires et les taxations insuffisantes ou incomplètes.

7.5

Les conditions pour procéder à un rappel d'impôt étaient partant remplies.

8.

Les reprises effectuées dans le bénéfice de la société recourante pour les années 2007 à 2009, qui portent sur des frais de véhicule, des loyers et des frais d'entretien d'immeuble, des frais de voyage et de représentation ainsi que sur des amortissements de biens mobiliers ne prêtent pas le flanc à la critique. En effet, les éléments à la base de ces reprises sont les mêmes que ceux qui ont conduit aux reprises des taxations 2010 et 2011, seul le montant différant parfois. Or, dans l'arrêt précité 2C_116/2021 du 8 juillet 2021, le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de confirmer le bien-fondé de celles-ci (cf. consid. 7). Il convient partant pour les mêmes motifs de confirmer les reprises opérées par l'Administration cantonale sur le bénéfice de la société recourante et ainsi les rappels d'impôt des années fiscales 2007 à 2009, dont aucun élément ne permet de remettre en question les montants. Dans son recours, la société recourante ne présente pas d'argumentation nouvelle au regard de ce qu'elle avait invoqué dans le cadre de la procédure 2C_116/2021 (cf. arrêt 2C_116/2021 du 8 juillet 2021, en particulier, consid. 7.3.1 ss).

9.

Le recours de l'Administration cantonale (cause 2C_102/2022) est ainsi bien fondé. L'arrêt attaqué doit partant être annulé dans la mesure où il porte sur les rappels d'impôt des années fiscales 2007 à 2009 et la décision sur réclamation prononcée par l'Administration cantonale le 12 mai 2020 doit être confirmée dans cette mesure.

b) Soustraction d'impôt

10.

La société recourante se plaint d'arbitraire et d'une violation de la LIFD en lien avec les amendes prononcées à son encontre. Elle reproche à l'autorité précédente d'avoir retenu une faute. La société recourante fait valoir que la pratique qui lui est reprochée pour les années 2010 et 2011 avait été appliquée par elle les années antérieures, soit de 2002 à 2009, sans que le fisc n'intervienne. Elle ne pouvait ainsi pas savoir que sa pratique était illicite et on ne peut partant pas lui reprocher d'avoir agi intentionnellement, même par dol éventuel, en ce qui concerne les déductions faites en 2010 et 2011.

10.1

Selon l'art. 176 al. 1 LIFD, celui qui tente de se soustraire à l'impôt sera puni d'une amende. La tentative de soustraction (art. 176 LIFD) se situe entre les actes préparatoires d'une soustraction, qui ne sont pas punissables, et la soustraction consommée (art. 175 LIFD), qui l'est. Le comportement illicite réprimé correspond, sur le plan objectif, à celui de la soustraction fiscale au sens de l'art. 175 LIFD. Dans la procédure de taxation, il suffit que le contribuable donne à l'autorité fiscale des renseignements inexacts, en particulier en fournissant une déclaration d'impôt incomplète et qui n'est pas conforme à la vérité au sens de l'art. 124 al. 2 LIFD. Pour qu'il y ait tentative, l'autorité de taxation doit découvrir que les renseignements fournis sont inexacts avant que la décision de taxation ne soit entrée en force, car, ensuite, la soustraction est consommée (arrêts 2C_1052/2020 du 19 octobre 2021 consid. 3.2.2, in StE 2022 B 101.21 22;2C_78/2019 du 20 septembre 2019 consid. 6.1 et les références).

10.2

Sur le plan subjectif, la tentative de soustraction suppose, contrairement à la soustraction consommée, qui peut être commise par négligence, un agissement intentionnel de l'auteur. Il faut donc que le contribuable ait agi avec conscience et volonté (cf. art. 12 al. 2 CP, applicable par renvoi combiné des art. 333 al. 1 et 104 CP; arrêts 2C_1052/2020 précité du 19 octobre 2021 consid. 3.2.2;2C_78/2019 du 20 septembre 2019 consid. 6.2 et les références). La faute ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci (art. 181 LIFD; ATF 135 II 86 consid. 4.2; arrêt 2C_1073/2018 du 20 décembre 2019 consid. 17.3.1). Le dol éventuel suffit pour retenir l'intention. Il n'est toutefois pas aisé de distinguer le dol éventuel de la négligence consciente. Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (ATF 135 IV 152 consid. 2.3.2). La négligence consciente se distingue du dol éventuel par l'élément volitif. Alors que celui qui agit par dol éventuel s'accommode du résultat dommageable pour le cas où il se produirait, celui qui agit par négligence consciente escompte - ensuite d'une imprévoyance coupable - que ce résultat, qu'il envisage aussi comme possible, ne se produira pas (ATF 133 IV 9 consid. 4.1; arrêts 6B_418/2021 du 7 avril 2022 consid. 3.2.1 et les autres références citées;2C_1052/2020 du 19 octobre 2021 consid. 3.2.5). S'agissant de savoir si une tentative de soustraction est intentionnelle ou procède d'une négligence non punissable, l'importance des montants en cause joue un rôle non négligeable, dès lors que l'absence d'un montant sur la déclaration d'impôt peut d'autant plus difficilement échapper au contribuable que la somme est élevée (arrêt 2C_78/2019 du 20 septembre 2019 consid. 6.2 et les références).

Etablir la conscience et la volonté relève de la constatation des faits qui lie le Tribunal fédéral (cf. art. 105 al. 1 LTF). En revanche, vérifier si l'autorité s'est fondée sur la notion exacte d'intention est une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement. Selon la jurisprudence constante, la preuve d'un comportement intentionnel en relation avec une tentative de soustraction fiscale doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi de façon suffisamment sûre que le contribuable était conscient que les informations données étaient incorrectes ou incomplètes, ce qui doit s'établir en fonction du comportement de l'intéressé dans son ensemble lors de la déclaration. Si tel est le cas, il faut présumer que le contribuable a volontairement voulu tromper les autorités fiscales, ou du moins qu'il a agi par dol éventuel, afin d'obtenir une taxation moins élevée; cette présomption ne se laisse pas facilement renverser, car l'on peine à imaginer quel autre motif pourrait conduire un contribuable à fournir au fisc des informations qu'il sait incorrectes ou incomplètes (arrêt 2C_78/2019 du 20 septembre 2019 consid. 6.2 et les références).

10.3

En l'occurrence, la réalisation de l'élément objectif de l'infraction, soit la remise à l'autorité fiscale de renseignements inexacts, n'est pas contestée. Concernant l'élément subjectif de celle-ci, il ressort des faits retenus dans l'arrêt attaqué que l'administrateur président et actionnaire majoritaire de la société recourante ne pouvait pas ignorer, compte tenu de sa position et de la nature des charges litigieuses, qu'il grevait indument la comptabilité de la société recourante de charges étrangères à son activité, relatives à des frais de véhicule, à des loyers, à des frais de promotion et de voyage, ainsi qu'à des amortissements de mobilier ancien. Il avait ainsi, au moins par dol éventuel, cherché à induire l'autorité fiscale en erreur afin d'obtenir une taxation moins élevée. Toujours selon l'autorité précédente, la société recourante, à laquelle le comportement de ses organes doit être imputé, savait donc que les informations données à l'autorité fiscale n'étaient pas correctes. La société recourante ne remet pas en question ces constatations de fait sous l'angle de l'arbitraire, lesquelles lient le Tribunal fédéral. Au demeurant, le fait de fournir des informations erronées à l'Administration cantonale pendant plusieurs années sans que celle-ci ne réagisse ne saurait supprimer le caractère intentionnel des opérations effectuées. L'argumentation de la société recourante sur ce point confine à la mauvaise foi.

Les éléments constitutifs de l'infraction sont ainsi donnés. La poursuite des infractions en cause ayant été introduite avant l'entrée en force des taxations concernées, l'autorité précédente a, à raison, retenu une tentative de soustraction fiscale pour les années fiscales 2010 et 2011.

10.4

Aucun élément ne vient remettre en question le montant des amendes prononcées. En confirmant un montant d'amende arrêté au deux-tiers de l'impôt soustrait, l'autorité précédente n'a pas violé le droit fédéral (art. 176 al. 2 LIFD).

10.5

Le recours de la société recourante (procédure 2C_81/2022) est infondé.

VII. Impôts cantonal et communal

11.

Dès lors que les dispositions légales applicables en matière des ICC ont un contenu identique à l'art. 151 al. 1 LIFD (cf. art. 53 al. 1 phr. 1 LHID et 207 al. 1 LI/VD), il convient de se référer de manière générale aux développements qui précèdent relatifs à l'IFD. Partant, le recours de l'Administration cantonale devra également être admis et l'arrêt attaqué annulé dans la mesure où il porte sur les rappels d'impôt des années fiscales 2007 à 2009.

Les conditions de la tentative de soustraction d'impôt, conformément à l'art. 56 al. 2 LHID et 243 LI/VD, correspondent à celles de l'art. 176 LIFD. Par conséquent, les considérations développées pour l'IFD s'appliquent aussi aux ICC pour les périodes fiscales sous examen. Partant, le recours de la société recourante devra également être rejeté en tant qu'il porte sur les amendes ICC.

VIII. Conclusion, frais et dépens

12.

12.1

Le recours de l'Administration cantonale se révèle bien fondé. L'arrêt attaqué est annulé dans la mesure où il porte sur le rappel d'impôt IFD et ICC pour les périodes fiscales 2007 à 2009 (ch. II du dispositif), ainsi que sur les frais et dépens (ch. IV et V du dispositif). Il convient de confirmer la décision sur réclamation du 12 mai 2020 en tant qu'elle porte sur les rappels d'impôt 2007 à 2009, tant en matière de l'IFD que des ICC. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours interjeté par la société recourante, tant en ce qui concerne l'IFD que les ICC. Le ch. III du dispositif de l'arrêt attaqué est confirmé. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour que celui-ci statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale antérieure (art. 67 et 68 al. 5 LTF).

12.2

Succombant, la société recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).