TA - AC.1999.0027 - 2005-09-30 - Pro Natura Vaud et Suisse/CORNAZ et consorts, Conservation de la faune et de la nature, Département de la sécurité et de l'environnement, Hoirie Georges Perrin et Jean Perri n, Municipalité de Coinsins, PERRIN, RONCHI SA, Service de l'aménagement du territoire, Service des eaux, sols et assainisseme

1.

a) Le Tribunal administratif examine d’office et avec un plein pouvoir d’examen la recevabilité des recours qui lui sont soumis (art. 53 de la loi sur la juridiction et la procédure administrative du 18 décembre 1989 ; ci-après : LJPA). La qualité pour recourir devant le Tribunal administratif est régie par l’art. 37 LJPA, dont la teneur est la suivante :

« Le droit de recours appartient à toute personne physique ou morale qui est atteinte par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu’elle soit annulée ou modifiée.

Sont réservées :

a) les dispositions des lois spéciales légitimant d’autres personnes ou autorités à recourir,

b) les dispositions du droit fédéral. »

b) La définition de la qualité pour recourir donnée par l’art. 37 al. 1 LJPA correspond à celle de l’art. 103 lit. a de la loi fédérale d’organisation judiciaire (ci-après: OJ) selon laquelle la qualité pour recourir est reconnue à « quiconque est atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu’elle soit annulée ou modifiée ». La jurisprudence du Tribunal fédéral sur l’art. 103 lit. a OJ est ainsi directement applicable à l’art. 37 al. 1 LJPA pour définir l’étendue du cercle des administrés autorisés à contester devant le Tribunal administratif une décision susceptible de recours. Selon la jurisprudence fédérale, l’intérêt digne de protection peut être de fait ou de droit. Il permet au recourant de faire valoir ses droits lorsqu’il est menacé dans ses intérêts de nature matérielle, économique, idéale ou autre, par la décision contestée. Le recourant peut en outre invoquer la violation de dispositions de droit public qui n’ont pas pour but de protéger ses intérêts ; mais lorsque la décision contestée favorise un tiers, il y a lieu, selon la jurisprudence récente, pour éviter l’action populaire, que le recourant soit touché dans une mesure et avec une intensité plus grande que quiconque, de façon spéciale et directe. Il doit être dans un rapport spécial, digne d’intérêt et particulièrement étroit avec l’objet du litige (ATF 121 II 174 consid. 2b ;120 Ib 51-52 consid. 2a ; 119 Ib 183-184 consid. 1c). la qualité pour agir est en principe reconnue au destinataire de la décision,

c) Le destinataire de la décision peut aussi bien être le propriétaire du bien-fonds touché par la décision, le titulaire d’un droit réel restreint ainsi que le titulaire d’un droit personnel tel qu’un locataire, à condition qu’il soit touché dans sa situation personnelle (AC 2002/0085 et la référence citée). L’intérêt invoqué, qui n’est pas nécessairement un intérêt juridiquement protégé, peut être un intérêt de fait, mais il doit se trouver, avec l’objet du litige, dans un rapport particulier, digne d’être pris en considération. L’admission du recours doit ainsi procurer au recourant un avantage de nature économique, matérielle ou idéale. La question est donc de savoir si Pro Natura, en sa qualité de locataire, se trouve dans une relation suffisamment étroite avec l’objet du litige pour pouvoir se prévaloir d’un intérêt digne de protection au sens de l’art. 37 LJPA. En l’espèce, l’association recourante a déjà procédé à des travaux et des investissements relativement important pour l'aménagement du biotope qu'elle entretien au bénéfice d'un contrat de location. La décision attaquée entraînerait la disparition du biotope et d’un milieu favorable à la nature, en particulier pour des espèces pionnières et les hirondelles de rivage. Elle est donc touchée de manière spéciale et directe par la décision attaquée dont l'annulation permettrait le maintien du biotope; elle peut donc se voir reconnaître un intérêt digne de protection à conteste la décision cantonale et sa qualité pour recourir peut donc être admise en tant que locataire.

La résiliation du contrat de location par J. Perrin et l’hoirie de Monsieur G. Perrin, pour la prochaine échéance, soit le 31 décembre 2005 ne permet pas de nier l’intérêt de Pro Natura Vaud à contester cette décision dès lors qu'elle peut en tous les cas maintenir et continuer d'entretenir le biotope jusqu'à la fin de l'année au moins. Au demeurant, la qualité d'un biotope n'est pas dépendante de l'existence d'un contrat de bail avec l'association recourante; dès lors que le biotope fait partie des objets régis par la législation fédérale sur la protection de la nature, les obligations d'entretien et de conservation s'appliquent directement au propriétaire.

2.

La qualité pour recourir des associations à but idéal peut aussi être admise en vertu de dispositions légales spécifique qui leur accorde le droit de recourir dans certains domaines spécifiques de droit, tels que des art. 90 de la loi sur la protection de la nature, des monuments et des sites du 10 décembre 1969 (ci-après : LPNMS) et 12 de la loi fédérale sur la protection de la nature du 1er juillet 1966 (ci-après : LPN).

a) Selon l’art. 90 LPNMS, les associations d’importance cantonale, qui, aux termes de leurs statuts, se vouent à la protection de la nature, des monuments et des sites sont habilitées à recourir contre les décisions prises en application de cette loi et susceptibles de recours.

aa) Dans le cadre de l’art. 90 LPNMS, la qualité pour recourir des associations n’est pas subordonnée à l’existence d’un intérêt digne de protection, mais résulte directement de la loi qui limite celle-ci à la sauvegarde des intérêts inhérents à la protection de la nature, des monuments et des sites et ne s’étend pas à d’autres intérêts publics (AC 2002/0013 du 10 décembre 2002 ; AC 1995/108 du 11 octobre 1995, confirmé par l’ATF 1P.644/1995 du 4 mars 1996, RDAF 1996 p. 485). En effet, il en va de la qualité pour recourir de l’art. 90 LPNMS comme de celle de l’art. 12 LPN (ATF 112 Ib 543 = JT 1988 I 694 ; ATF 109 Ib 342 = JT 1985 I 548). Seuls sont donc recevables de la part des associations les griefs afférents à la protection de la nature, des monuments et des sites ; il s’agit notamment des décisions sur les plans d’affectation ou les autorisations de construire qui doivent tenir compte des impératifs de protection résultant de cette législation (voir art. 2 et 28 du règlement du 22 mars 1989 d’application de la LPNMS et l’arrêt AC 1994/102 du 3 mai 1995 ; voir aussi RDAF 1986 p. 219).

bb) En l’espèce, la première condition selon laquelle il doit s’agir d’une association d’importance cantonale est remplie. En effet, en tant que section vaudoise de la Ligue suisse pour la protection de la nature, elle-même reconnue d’importance nationale, Pro Natura Vaud revêt incontestablement une importance cantonale. S’agissant de la seconde condition, l’art. 90 LPNMS doit être interprété en ce sens que la qualité pour agir des associations leur est pour le moins reconnue à l’encontre des décisions cantonales touchant des objets classés, mis à l'inventaire ou soumis à la protection générale prévue par l'art. 4 LPNMS. Selon cette disposition, tous les objets, territoires, paysages, sites, localités, immeubles, meubles, qui méritent d’être sauvegardés en raison de l’intérêt général, notamment esthétique, historique, scientifique ou éducatif qu’ils présentent sont protégés. Le biotope litigieux entre dans le champ d’application de cette disposition et Pro Natura Vaud fait notamment valoir que le biotope en cause devrait être préservé en raison de son intérêt scientifique quant à la reproduction d’espèces pionnières en voie de disparition. Ainsi, la qualité pour recourir à Pro Natura Vaud doit aussi être reconnue sur la base de l’art. 90 LPNMS (AC 1996/0001 du 27 mai 1997).

b) Selon l’art. 12 al. 1 LPN les communes et les organisations d’importance nationale à but non lucratif qui existent depuis dix ans au moins et se vouent à la protection de la nature, à la protection du paysage, à la conservation des monuments historiques ou à des tâches semblables ont qualité pour recourir contre les décisions du canton pouvant faire l’objet d’un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Ces organisations sont désignées par le Conseil fédéral (art. 12 al. 2 LPN). L’annexe à l’ordonnance relative à la désignation des organisations habilitées à recourir dans les domaines de la protection de l’environnement ainsi que de la protection de la nature et du paysage (ODO, RS 814.076) mentionne Pro Natura Suisse, comme organisation habilitée à intervenir dans le domaine de la protection de la nature et du paysage.

aa) Il convient d’examiner si l’on est en l’espèce en présence d’une décision pouvant faire l’objet d’un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Selon l’art. 97 de la loi fédérale d’organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ, RS 173.110), il doit s’agir d’une décision au sens de l’art. 5 al. 1 de la loi fédérale sur la procédure administrative du 20 décembre 1968 (PA, RS 172.021); c'est-à-dire une mesures fondée sur le droit public fédéral et ayant pour objet: de créer, de modifier ou d’annuler des droits ou des obligations (let. a). Il faut que les conclusions du recours mettent en cause le droit public fédéral directement applicable. C'est ainsi que le recours de droit administratif est aussi recevable contre une décision fondée à tort sur le droit cantonal et qui aurait dû appliquer le droit fédéral, ou contre une décision dans laquelle le droit fédéral a été appliqué au lieu du droit cantonal ou encore contre une décision mixte ou lorsque la décision est fondé sur le droit cantonal de procédure et empêche l'application du droit fédéral (voir notamment ATF 120 Ia 29 consid. 2a, 228 consid. 2a, 119 Ib 338 consid. 1b, 118 Ib 329 consid. 1b, 392 consid. 2b, 117 Ib 143 consid. 3a, 218 consid. 5b). Le recours de droit administratif est également recevable lorsque la décision est fondée sur une norme de droit cantonal, qui ne constitue qu'une simple réglementation d’exécution du droit fédéral (voir notamment ATF 109 Ib 142 consid. 2c p. 144 ; ATF 112 Ib 238 c. 2a p. 237). En revanche, si la décision est fondée sur le droit cantonal qui conserve une portée propre par rapport au droit fédéral, seule la voie du recours de droit public (art. 84 OJ) est ouverte. Tel est le cas de l’adoption de plans d’affectation (ATF 112 Ib 70 consid. 4b p. 75) ou d’un plan routier (ATF 120 Ib 27 consid. 2 pp. 30 ss.), sauf si le plan applique le droit public fédéral et concerne une nombre restreint de parcelles pour un projet déterminé en présentant ainsi les caractéristiques d'une décision (ATF 123 II 88 consid. 1a p.92, 121 II 72 consid. 1c p. 76, et 115 Ib 505ss). Font en revanche partie des décisions relevant du droit public fédéral, les autorisations prévues par les art. 24 et 25 de l’ancienne loi fédérale sur la pêche (RO 1975 p. 2345, soit art.

8 et 9 de l’actuelle loi fédérale sur la pêche, RS 923.0) pour les interventions techniques dans les cours d’eau (ATF 117 Ib 178 consid. 2 p. 185), ainsi que les autorisations de supprimer la végétation des rives de l’art. 22 al. 2 LPN (ATF 118 Ib 1 consid. 1b p. 6) et les autorisations pour les constructions situées hors des zones à bâtier fondées sur l'art. 24 LAT (ATF 119 Ib 224 consid. 1b, 115 Ib 340 consid. 4b, 479 consid. bb).

bb) Le Tribunal fédéral a jugé que la protection des biotopes d’importance régionale et locale était une tâche de la Confédération, car le mandat impératif de protéger ces biotopes se dégageait avec suffisamment de netteté des art. 18 al. 1 bis et 18b LPN compte tenu de la large compétence attribuée à la Confédération en matière de protection de la faune et de la flore par l'ancien art. 24 sexies al. 4 aCst. et l'actuel art. 78 al. 4 Cst. (ATF 116 Ib 203 consid. 3a p. 208). Ce mandat impératif est encore précisé par l’art. 14 de l’ordonnance sur la protection de la nature et du paysage (OPN, RS 451.1). Le nouvel art. 4a de la loi vaudoise du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature des monuments et des sites (LPNMS) prévoit que les biotopes au sens des art. 18 ss. LPN sont protégés (al. 1), et que toute construction ou installation portant atteinte à un biotope doit faire l’objet d’une autorisation spéciale du Département de la sécurité et de l’environnement (al. 2). L’art. 21 de la loi du 28 février 1989 sur la faune (LFaune) prévoit que le Conseil d'Etat prend toutes mesures pour maintenir les biotopes propres aux diverses espèces indigènes, notamment par la conservation d'un nombre suffisant de haies vives, boqueteaux, buissons, rideaux de verdure, clairières, zones marécageuses et roselières. Toute atteinte à un milieu qui risque de porter préjudice à la faune locale doit faire l'objet d'une autorisation de la Conservation de la faune ou de la commune au bénéfice d'une délégation, qui fixe dans chaque cas les mesures conservatoires à prendre (art. 22 LFaune). Ces principes posés aux art. 4a LPNMS et 22 LFaune en font des dispositions cantonales qui assurent la mise en œuvre da la protection des biotopes au sens des art. 18 al. 1bis et 18b LPN. Elles constituent ainsi des dispositions d’exécution des art. 18 ss. LPN et 14 OPN et elles peuvent faire l'objet d'un recours de droit administratif au Tribunal fédéral (ATF 121 Ib 161 ss).

cc) La jurisprudence a précisé par la suite que le simple fait d’affirmer, de manière abstraite, que la décision touche un biotope au sens des art. 18 et 18b LPN ne suffit pas pour reconnaître la qualité pour recourir en application de l'art. 12 LPN. Encore faut-il que l'organisation en cause allègue, avec une certaine vraisemblance, que l'on est en présence d'un biotope digne de protection soumis à la réglementation fédérale. L’existence d’un biotope au sens de l’art. 18b LPN doit être jugée suffisamment sérieuse et crédible (ATF 123 II 5 consid. 2c p. 7). En l’espèce, la falaise constitue un site de nidification de l'hirondelle de rivage (riparia riparia) qui fait partie des espèces animales protégées selon la loi fédérale du 20 juin 1986 sur la chasse et la protection des mammifère et des oiseaux sauvages (LCh, RS 922.0) et des espèces strictement protégées par la Convention internationale du 16 septembre 1979 relative à la conservation de la vie sauvage et du milieu naturel de l'Europe (RS 0.455; voir l'annexe I qui désigne les toutes les espèces d'Hirundinidae). L'hirondelle de rivage est aussi mentionnée dans la liste rouge des espèces menacées, établie par la station ornithologique de Sempach figure dans la catégorie des espèces potentiellement menacées en raison de leur dépendance à un biotope déterminé. Des indices suffisamment importants permettent d'établir l'existence d'un biotope digne de protection au sens de l'art. 18b LPN, ce que confirme l'avis de la Station ornithologique de Sempach du 28 janvier 2005. Or, la protection fait partie des tâches fédérale que le législateur à mis à la charge des cantons et les travaux touchant un tel biotope sont soumis aux autorisations requises par les art. 4a LPNMS et 22 LFaune. La qualité pour recourir de l'association Pro Natura Suisse doit donc être admise sur la base de l'art. 12 LPN.

3.

Pro Natura soutient en substance que la parcelle en question constitue un biotope digne de protection, que les travaux de remise en état de la gravière détruiraient. L’art. 78 al. 4 Cst. donne à la Confédération un pouvoir étendu pour légiférer dans le domaine de la protection de la faune et de la flore.

a) L’art. 18 al. 1 LPN dispose que "la disparition d’espèces animales et végétales indigènes doit être prévenue par le maintien d’un espace vital suffisamment étendu (biotopes), ainsi que par d’autres mesures appropriées". L’art. 18 al. 1 bis LPN énumère les biotopes qu’il y a lieu de protéger en particulier les rives, les roselières et les marais, (…) et autres milieux qui jouent un rôle dans l’équilibre naturel ou présentent des conditions particulièrement favorables pour les biocénoses. Le Conseil fédéral a toutefois constaté que ces dispositions n'avaient pas permis de protéger avec suffisamment d'efficacité les biotopes. Dans son message concernant l'initiative Rothenthurm, il a relevé que de nombreuses espèces végétales et animales indigènes diminuaient ou étaient même menacés d'extinction. La gravité des menaces qui pèsent sur la faune et la flore indigène pouvait se constater par l'allongement des listes rouges des espèces végétales et animales menacée et rares établies par les institutions scientifiques. Ces menaces n'étaient pas dues uniquement à l'expansion de la construction et des activités de loisir, ni au morcellement du paysage résultant d'un réseau de communication toujours plus dense, mais aussi aux méthodes d'exploitation du sol. Le message du Conseil fédéral précise que pour des motifs éthiques, les plantes et les animaux méritaient d'être protégés "en tant que partie de la création" (FF 1985 II p. 1468). Dans un contre projet à l'initiative Rothenthurm, le Conseil fédéral a ainsi proposé de renforcer les dispositions concernant la protection des biotopes en soumettant directement à la protection du droit fédéral les biotopes d'importance nationale (art. 18a LPN) et en chargeant les cantons de protéger les biotopes d'importance régionale et locale (art. 18b LPN). Ces dispositions, adoptées le 19 juin 1987, sont entrées en vigueur le 1er février 1988.

b) Le droit fédéral ne définit pas précisément la notion de biotope. Il ressort toutefois de la jurisprudence du Tribunal fédéral, que les exigences de l’art. 18 LPN ne s’appliquent pas à tout milieu biotique offrant à un peuplement animal et végétal bien déterminé des conditions d’habitat relativement stables ; le concept de biotope auquel se réfère la législation fédérale en la matière se rapporte à « un espace vital suffisamment étendu ». (voir ATF 121 II 161, consid. 2a/bb ; 116 Ib 203, consid. 4b). L’art. 18 al. 1 ter LPN prévoit par ailleurs que seules les atteintes aux « biotopes dignes de protection » doivent en principe être évitées. La notion "d'espace vital suffisamment étendu" implique une grande marge d'appréciation; l'imprécision de la notion ainsi que la diversité des situations impliquent que les cantons désignent les biotopes entrant en ligne de compte et fixent les buts visés par leur protection, car ceux-ci ne ressortent tout simplement pas des notions imprécises dont se sert la loi. La jurisprudence fédérale précise que les cantons sont tenus d'assurer leur devoir de protection des biotopes d'importance locale et régionale au sens de l'art. 18b LPN et qu'il leur incombe à cet effet de réglementer la procédure de désignation des biotopes pour assurer la mise en œuvre le mandat impératif qui leur est assigné (ATF 116 Ib 203 consid. 5e p. 212). L'art. 14 al. 5 OPN prévoit à cet effet que les cantons doivent prévoir une procédure de constatation appropriée pour prévenir toute détérioration de biotopes dignes de protection. En outre, l'art. 14 al. 6 OPN précise qu'une atteinte d’ordre technique qui peut entraîner la détérioration de biotopes dignes de protection ne peut être autorisée que si elle s’impose à l’endroit prévu et qu’elle correspond à un intérêt prépondérant. Cette disposition a pour effet de soumettre au régime d'une autorisation préalable tous travaux touchant un biotope digne de protection, procédure qui a été instaurée par l'adoption du nouvel art. 4a LPNMS.

c) Le canton de Vaud n'a toutefois pas encore adopté une procédure claire permettant de désigner les biotopes dignes de protection alors même que la procédure de l'inventaire prévue par les art. 12 ss LPNMS se prête à la procédure de constatation de biotopes d'importance régionale et locale, exigée par la jurisprudence (ATF 116 Ib 203 consid. 5i p. 215) et aussi par l'art. 14 al. 5 OPN. Si le canton ne satisfait à son obligation de désigner les biotopes d'importance régionale et locale ou si la désignation de ces biotopes est incomplète ou encore si elle ne peut, en raison de la diversité des situations, être exhaustive, cela ne signifie pas que la protection voulue par législateur fédéral ne s'applique pas. Les autorités sont simplement privées de l'instrument de coordination permettant de prévenir les éventuelles atteintes à des biotopes qui n'ont pas été répertoriés ni identifiés comme étant digne de protection et soumis à la protection du droit fédéral. Dès lors, nonobstant le fait que les cantons n’ont pas délimité de manière anticipée des zones à considérer comme biotopes d’importance régionale ou locale, c’est lors de l’octroi d’autorisation particulière que leur existence et leur emplacement doivent être déterminés au moyen d’une pesée des intérêts en jeu (ATF 121 II 161 consid. 2b/bb p. 164, 118 Ib 485; voir aussi Keller/Zufferey/Fahrländer/Maurer, op. cit., art. 18 no 22 ).

d) Aussi bien la délimitation du biotope digne de protection que la définition des objectifs de protection imposent à l’autorité de procéder à la pesée des intérêts publics et privés en présence. Plus les espèces en question sont rares, et plus les mesures à prendre quant à la protection des espèces dont la survie est menacée doivent être sévères (voir ATF 118 Ib 485 114 Ib 272, consid. 4a). Les restrictions au droit de propriété que nécessitent les mesures de protection des biotopes doivent être justifiées par un intérêt public important et respecter le principe de proportionnalité. Il est toutefois nécessaire de déterminer le plus rapidement possible les divers intérêts en cause, et d'assurer la coordination dans les cadre des plans directeurs notamment; le cas échéant, la protection d'un biotope peut nécessiter la modification d'un plan d'affectation lorsque les conditions fixées par l'art. 21 LAT sont remplies (ATF 116 Ib 213 consid. 5g). La protection des biotopes que le droit fédéral impose peut entraîner une modification des conditions d'utilisation du sol définies par les plans d'affectation (art. 14 al. 1 LAT) qui devrait s'accomplir dans le cadre du processus de planification prévu par la loi fédérale sur l’aménagement du territoire, le cas échéant, par la création de zones protégées au sens de l’art. 17 al. 1 LAT ou par d’autres mesures du droit cantonal selon l'art. 17 al. 2 LAT (voir Moor, Commentaire LAT ad. art. 17 n° 65 à 72), pour autant que celles-ci soient adéquates (ATF du 19 novembre 1999, publié in DEP 2000, 369).

4.

a) Pour déterminer si l’on se trouve en présence d'un biotope d'importance régionale ou locale au sens de l'art. 18b LPN, il faut se reporter notamment aux critères que pose l’art. 14 al. 3 OPN (voir Keller/Zufferey/ Fahrländer/Maurer, op. cit., art. 18b no 17). Cette disposition prévoit que les biotopes peuvent être qualifiés de dignes de protection notamment sur la base des espèces de la flore et de la faune protégées en vertu de l’art. 20 OPN (let. b) et des espèces végétales et animales rares et menacées, énumérées dans les listes rouges publiées ou reconnues par l’OFEFP (let. d).

b) Il a déjà été constaté que l'hirondelle de rivage fait partie de la liste des espèces menacées et vulnérables en raison de la disparition progressive de leur biotope naturel. En effet, les mesures d'endiguement des cours d'eau ont conduit à la quasi disparition des sites naturels de nidification que constituaient les rives escarpées de sable ferme. L'espèce est aujourd'hui presque entièrement liée aux gravières et au mode d'exploitation. L'atlas des oiseaux nicheurs de suisse révèle un déclin de l'espèce avant tout dans les régions périphériques. L'espèce recule à long terme car on dénombrait en 1960 18'400 galeries dans 194 colonies, puis en 1975-77 9'639 galeries dans 143 colonies et en 1980, 4600 couples dans 123 colonies. Toutefois, en 1995-1996 il était dénombré 5'550 à 6'500 couples dans au moins 131 colonies. Ainsi, même si la situation de l'hirondelle de rivage paraît relativement stable, une attention suffisante doit être accordée à cette espèce, ce qui implique de développer des concepts en vue de remédier à la raréfaction des sites favorables (Avifaune, Rapport Sempach 2001, p. 309-310).

Lors de l’audience du 18 novembre 2003 à Coinsins, la recourante a produit une étude réalisée sur une période de cinq ans, montrant l'évolution de la colonie. Il en ressort que si le nombre de nichées a été relativement stable entre 1999 et 2001 (62 en 1999, 44 en 2000 56 en 2001), il avait connu une forte baisse en 2001 (6) pour reprendre en 2003 (50). Le maintien du biotope présente dont une importance non négligeable en assurant le maintien d'une colonie dans une région qui ne dispose pas ou peu de sites appropriés pour cette espèce. A cela s'ajout le fait que le site abrite d'autres espèces d'oiseaux protégés telles que les passereaux et les linottes. On y trouve également les grenouilles rousses, mais aussi et surtout les crapauds calamites plus rares. Le tribunal estime ainsi que le site présente un intérêt suffisant pour le qualifier de biotope d'importance régionale. Il est vrai que le maintien de la falaise à long terme n'est pas garanti en raison de l'érosion naturelle, mais les travaux d'entretien que la recourante s'est engagée à réaliser permettent précisément son maintien à moyen terme ce qui justifie d'accorder à ce site la protection prévue par le droit fédéral à l'art 18b LPN pour les biotopes d'importance régionale et locale. La Station ornithologique suisse de Sempach relève dans son avis que la quasi totalité des effectifs suisses d'hirondelles de rivage niche dans des biotopes secondaires, à savoir dans les falaises abruptes de gravières actives ou désaffectées. Afin que ces sites de nidification se maintiennent à long terme, il est nécessaire de les entretenir régulièrement pour éviter que l'érosion ne les rendent inutilisables. C'est précisément grâce à de telles mesures de conservation que l'espèce est considérée comme seulement potentiellement menacée dans la Liste rouge suisse; car sans cette aide ciblée, les effectifs déclineraient si fortement que l'espèce devrait être classée dans une catégorie de danger plus élevée. Toutefois, malgré ces mesures de protection, les effectifs vont probablement décliner à long terme en raison de la diminution du nombre de gravières se prêtant à l'établissement d'une colonie. Cette tendance est constatée dans les cantons de Berne, de Soleure et de Fribourg, qui bénéficient d'un bon suivi.

En fait, l'hirondelle de rivage fait partie des 50 espèces prioritaires pour lesquelles des mesures de protection sont considérées comme urgentes et judicieuses en Suisse. Il est donc nécessaire que la colonie de Coinsins, dans le site de la gravière de Condamine, soit protégée et maintenue, et que l'Etat, en particulier le Centre de conservation de la faune et de la nature, en collaboration avec le Service des eaux, sols et assainissement, la recourante et les propriétaires, prennent toutes les mesures nécessaires pour maintenir et entretenir le biotope afin de conserver le plus longtemps possible le site de nidification, qui présente un intérêt dépassant le cadre régional.

c) Le refus du permis d'aménagement du biotope implique le maintien des conditions de remise en état de la gravière telles qu'elles ont été définies lors de l'octroi du permis d'exploiter du 23 août 1989. Pour savoir si une telle décision peut être révoquée, il convient de procéder à une pesée des intérêts. Il y a lieu de mettre en balance d’une part, l’intérêt visant à modifier la décision pour la rendre conforme au droit (respect de la légalité), et d’autre part, l'intérêt à la sécurité des relations juridiques (sécurité du droit) visant à protéger l'administré dans la confiance qu'il a placée dans le maintien de la décision en cause (André Grisel, Traité de droit administratif, volume I p. 431). Lorsque la loi ne règle pas la question de la révocation d'une décision, le principe de la sécurité du droit doit l'emporter si la décision en cause a créé un droit subjectif au profit de l'administré ou lorsque l'administré a déjà fait usage d'une autorisation qui lui a été délivrée, ou encore, lorsque la décision est intervenue au terme d'une procédure au cours de laquelle les divers intérêts en présence ont fait l'objet d'un examen approfondi. Cette règle n'est cependant pas absolue et la révocation peut intervenir même dans une des trois hypothèses précitées lorsqu'elle est commandée par un intérêt public particulièrement important, ou encore en cas de survenance de faits nouveaux ou de nouvelles découvertes scientifiques comme en cas de changement de législation ou lorsqu'il existe des motifs de révision au sens des art. 136 et 137 OJ ou de l'art. 66 PA. Dans certains cas, la révocation pourra intervenir seulement contre une juste indemnité. Mais les exigences de la sécurité du droit peuvent aussi être prioritaires lorsque aucune de ces trois hypothèses n'est réalisée (ATF 119 Ia 305 consid. 4c p. 310; 115 Ib 152 consid. 3a p. 155; 109 Ib 246 consid. 4b p. 252; 107 Ib 35 consid. 4a p. 36s).

aa) En l’espèce, un intérêt public important impose de révoquer la décision fixant les conditions de remise en état de la gravière. La remise en état de la gravière aurait pour effet de supprimer un biotope digne de protection au sens des art. 18 al. 1bis et 18b LPN, que le droit fédéral impose de préserver. La protection du biotope nécessite une modification des conditions de remise en état de la gravière de manière à assurer son maintien et à fixer les travaux d'entretien qui s'impose pour préserver le site de nidification dans la falaise. Il est vrai que le maintien du biotope implique des restrictions au droit des propriétaires du terrain. Mais de telles restrictions ne sauraient être qualifiées de graves dès lors qu'elles sont limitées dans le temps et que la remise en état des lieux, classés en zone agricole, ne permet qu'un usage agricole. Il est vrai que l'entreprise Ronchi SA est provisoirement privée de la possibilité d'exploiter l'excavation comme décharge, mais elle a prévu à cet effet un dédommagement par la recourante.

bb) Les exploitants du vignoble du Clos de Barin se sont plaints des éventuels inconvénients qui seraient liés au maintien du biotope. Toutefois, Le tribunal a constaté que le vignoble du Clos de Barin est déjà entouré de milieux boisés (forêts, rives boisées, haies et bosquets) et que le talus buissonnant limitant le secteur de l'ancienne gravière de la Condamine n'est pas un élément nouveau pouvant nuire à la viticulture. Le sommet de ce talus correspond approximativement au niveau du terrain naturel antérieur à l'exploitation de la gravière et la pente raide du talus coté vignoble date du creusement du terrain pour la construction du chemin AF situé en limite du vignoble. Au surplus, l'hirondelle de rivage se nourrit essentiellement d'insectes, notamment de mouches, moustiques, pucerons éphémères, plécoptères, trichoptères, puniases et cicadelles (voir rapport Werren de septembre 2003), sans porter préjudicie aux récoltes du vignoble du Clos de Barin. A la suite de l'avis délivré par la Station ornithologique suisse de Sempach, les vignerons du Clos de Barin ont d'ailleurs admis que le projet de Pro Natura était plus favorable dans la mesure où il permettait l'érosion progressive du sommet de la falaise en limitant ainsi l'importance et la hauteur de ce talus.

cc) En définitive, les intérêts liés à la conservation du biotope, qui résultent de l'application de dispositions fédérales impératives (art. 18 al. 1 bis et 18b LPN), apparaissent prépondérants aux intérêts des propriétaires concernés tendant au maintien des conditions de remise en état de la gravière, telles qu'elles avaient été fixées par le département dans la décision du 23 août 1989. Le maintien du biotope est compatible avec la garantie de la propriété et il respecte aussi le principe de proportionnalité par la limitation dans le temps, liée à la durée de vie de la falaise dans les conditions favorables qu'elle offre à l'hirondelle de rivage. Enfin, dans la mesure où le maintien et l'entretien du biotope serait compromis par la résiliation du contrat de bail de Pro Natura, il appartiendrait au Centre de conservation de la faune de prendre les mesures appropriées pour assurer sa conservation et son maintien, autant que le permettent l'état de la falaise et l'avancement de l'érosion.

5.

Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être admis et la décision attaquée annulée. Le dossier est renvoyé au département afin qui modifie les conditions de remise en état de la gravière de manière conforme aux considérants qui précèdent. Au vu de ce résultat, il convient de laisser les frais de justice à la charge de l'Etat; il n'y a en outre pas lieu d'allouer de dépens. En revanche, les indemnités aux témoins (550 fr.), et les frais d'expertise (1029.30 fr.) sont laissés à la charge de l'autorité intimée, conformément à l'art. 55 al. 1 LJPA.