CDAP - AC.2016.0049 - 2017-11-09 - A.________ /Direction des travaux de la Ville de Lausanne, Direction générale de l'environnement, Service Immeubles, Patrimoine et Logistique

1.

a) A.________ fait partie des organisations de protection de la nature, du paysage ou du patrimoine ayant qualité pour déposer un recours en matière de droit public en vertu de l'art. 12 al. 1 et 2 de la loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) en relation avec l'art. 1er de l'ordonnance du 27 juin 1990 relative à la désignation des organisations habilitées à recourir (ODO; RS 814.076) et le ch. 5 de l'annexe à cette ordonnance. L'habilitation prévue par l'art. 12 al. 1 LPN concerne toutefois exclusivement le recours contre des décisions prises dans l'accomplissement de tâches de la Confédération selon les art. 78 al. 2 Cst. et 2 LPN (arrêt 1C_426/2009 du 17 mars 2010 consid. 1 et les arrêts cités). D'une manière générale, cette notion ne couvre pas toute application du droit fédéral susceptible de préjudicier la protection de la nature et du paysage. Au contraire, une tâche concrète de la Confédération doit être en jeu dans l'exécution de laquelle il y a lieu de ménager l'aspect caractéristique des paysages, des localités et des sites évocateurs du passé ou, lorsque l'intérêt général prévaut, d'en préserver l'intégrité (cf. art. 3 al. 1 LPN; arrêt 1A.185/2006 du 5 mars 2007 consid. 5.1 in ZBl 109/2008 p. 327; arrêt 1A.71/1993 du 12 avril 1994 consid. 2a in ZBl 96/1995 p. 144).

b) Le projet litigieux est une construction publique cantonale, destinée aux musées et jardins botaniques cantonaux et ne concerne pas un ouvrage ou une installation de la Confédération au sens de l'art. 2 al. 1 let. a LPN. Il s'implante en zone à bâtir et ne requiert aucune autorisation relevant du droit fédéral selon l'art. 2 al. 1 let. b LPN (cf. arrêt 1A.115/2001 du 8 octobre 2001 consid. 1e). Le fait qu'il prenne place dans une ville inscrite à l'inventaire fédéral au sens de l’art. 5 LPN ne suffit pas en soi pour admettre que l'octroi de l'autorisation de construire litigieuse relève de l'accomplissement d'une tâche de la Confédération. La loi fédérale sur la protection de la nature et du paysage n'impose pas directement aux cantons de protéger les sites naturels ou les monuments historiques, même s'ils sont reconnus d'importance nationale; les règles pertinentes relèvent du droit cantonal selon l'art. 78 al. 2 Cst. et les cantons ne reçoivent du législateur fédéral aucun mandat à cet égard (ATF 121 II 190 consid. 3c/bb p. 197; 120 Ib 27 consid. 2c/cc p. 32). La protection des monuments historiques n'est ainsi une tâche fédérale que lorsqu'elle concerne des objets d'importance nationale (cf. arrêt 1A.278/2000 du 26 avril 2001 consid. 1b/aa in fine). Lausanne est mentionnée depuis le 2 novembre 2005 en tant que ville dans l'annexe à l'ordonnance concernant l'inventaire fédéral des sites construits d'importance nationale à protéger en Suisse (OISOS; RS 451.12). Cela ne signifie pas encore que tous les immeubles de la ville présentant un intérêt architectural ou historique seraient protégés et que toute intervention sur ceux-ci relèverait de l'accomplissement d'une tâche fédérale. En vertu de l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates; cette protection renforcée n'emporte pas une interdiction absolue de construire dans un périmètre aussi étendu que celui de la Ville de Lausanne (ATF 127 II 273 consid. 4c p. 281; cf. JÖRG LEIMBACHER, Commentaire LPN, 1997, n. 5ss ad art. 6 LPN).

Pour déterminer ce que signifie, dans un cas d'espèce, l'obligation de conserver intact un site protégé, il faut se référer à la description du contenu de la protection dans l'inventaire (ATF 123 II 256 consid. 6a p. 263). En l’espèce, l’inventaire ISOS de la Commune de Lausanne a été établi en septembre 2013. Il recense le Parc de Milan et la Colline de Montriond comme un périmètre environnant PE XX avec un objectif de sauvegarde « a ». La description de l’inventaire mentionne la Colline de Montriond accueillant sur ses flancs des plantages et le jardin botanique cantonal, et les nombreux cheminements aménagés généralement fin XVIII début XXème siècle, comme site à protéger. Mais, elle ne fait pas état de la perspective de l’allée centrale du jardin botanique comme un élément essentiel à sauvegarder, ni du portique d’entrée ou du pavillon à l’est de l’allée. La question de savoir si la recourante A.________ peut se voir reconnaître la qualité pour recourir en application de l’art. 12 LPN peut toutefois rester ouverte dès lors que le recours formé par sa section vaudoise apparaît recevable.

c) En effet, la qualité pour recourir de la section vaudoise de A.________ a été admise par le Tribunal administratif et par la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal sur la base de l'art. 90 de la loi sur la protection de la nature et des monuments et des sites du 10 décembre 1969 (LPNMS; RSV 450.11), lorsque les intérêts protégés par cette législation sont mis en cause par le recours (voir les arrêts AC.2009.0209 du 26 mai 2010, consid. 1b; AC.2009.0001 du 26 février 2010; AC.2009.0260 du 4 février 2010 et les références citées; AC.2008.0276 du 21 juillet 2009; AC.2004.0277 du 20 juin 2005; ainsi que les arrêts AC.2000.0122 du 9 septembre 2004, AC.1997.0049 du 24 juillet 1998, AC.1997.0208 du 8 octobre 1998 et AC.1994.0102 du 3 mai 1995). En l'espèce, le bâtiment projeté se situe sur un jardin qui a obtenu la note *2* au recensement architectural du canton de Vaud. Selon la brochure, la note *2* recense les monuments d'importance régionale. Le monument est ainsi mis à l'inventaire et a une valeur qui justifierait un classement. La décision attaquée porte donc sur des travaux à réaliser sur les jardins botaniques mis à l'inventaire au sens de l’art. 49 LPNMS, de sorte qu'elle entre dans le champ d'application de la législation cantonale sur la protection de la nature, des monuments et des sites et le recours est recevable dans la mesure où il émane de la Section vaudoise de l'association A.________.

2.

a) Les recourantes invoquent les différentes bases légales justifiant à leur avis la protection du site du jardin botanique. Elles se réfèrent tout d'abord à la clause d'esthétique de la législation cantonale sur l’aménagement du territoire, puis au dispositif prévu par la législation cantonale sur la protection des monuments et des sites notamment en ce qui concerne la protection générale et l'inventaire ainsi que le recensement architectural. Elles font référence également au recensement des jardins d'intérêt historique (ICOMOS), à l'inventaire des sites construits d'importance nationale (ISOS); elles invoquent également les dispositions du règlement communal sur le plan général d'affectation concernant l'esthétique et la protection des objets, des sites ou des ensembles figurant au recensement architectural ou des jardins d'intérêt historique.

Les recourantes estiment que l'application de ces différentes règles devait conduire au refus du permis de construire. Elles relèvent que dans la synthèse CAMAC, le Conservateur cantonal avait exposé de manière détaillée les qualités du site. Elles font également état des critiques de la Déléguée communale à la protection du patrimoine bâti. Elles soutiennent aussi que l'agencement géométrique de l'allée centrale du jardin relevé par l'inventaire ICOMOS serait anéanti par le projet contesté et que la vue depuis le haut de la Colline de Montriond en serait gravement altérée. Selon les recourantes, le projet aurait pour conséquence d'abîmer un ensemble architectural digne de protection en estimant qu'il ne s'intègre pas dans le site et n'en respecterait ni l'originalité ni le caractère. Les recourantes estiment que la première variante étudiée dans le cadre de l'étude préliminaire des architectes Demetriades et Papadaniel, dans le prolongement de l'allée centrale à l'arrière du collège de Floréal, présentait de meilleures qualités d'intégration. Les recourantes estiment aussi que le projet, autorisé sur la base d'une décision du Conseil d'Etat, contre l'avis du Conservateur cantonal, ne respecterait pas les règles de répartition des compétences prévues par l'art. 17 LPNMS. La décision autorisant le projet contesté ne tiendrait pas compte non plus des règles fédérales, cantonales et communales ayant pour but un aménagement du territoire harmonieux et respectueux de la valeur des sites et monuments. La décision attaquée ne serait pas le fruit d'une pesée consciencieuse des intérêts qui aurait dû amener l'autorité à reconnaître les qualités du site en particulier l'existence d'un intérêt public prépondérant à la préservation du site du jardin botanique que ce soit en raison de sa qualité intrinsèque ou de l'attachement de la population.

b) La loi sur la protection de la nature des monuments et des sites de 1969 a notamment pour but de ménager l'aspect caractéristique du paysage et des localités, sites évocateurs du passé et de protéger et conserver les monuments de la préhistoire, de l'histoire, de l'art ou de l'architecture et les antiquités immobilières situées ou trouvées dans le canton (art. 1 let. b et c LPNMS). La LPNMS distingue, d'une part, la protection spéciale de la nature et des sites (chapitre III) de la protection spéciale des monuments historiques et des antiquités (chapitre V). La protection spéciale est organisée par l'établissement d'un inventaire des monuments naturels et des sites comprenant la description de l'objet inscrit et les mesures de protection déjà prises ou à assurer (art. 12 et 13 LPNMS). L'inventaire n'est pas exhaustif (art. 14 LPNMS) et il est public (art. 15 LPNMS). Le propriétaire d'un objet mis à l'inventaire a l'obligation d'annoncer au département en charge les travaux qu'il envisage d'y apporter (art. 16 LPNMS). Le département compétent peut alors soit autoriser les travaux annoncés soit ouvrir une enquête en vue du classement (art. 17 LPNMS). L'enquête doit être ouverte les trois mois suivant l'annonce des travaux projetés à défaut de quoi les travaux sont réputés autorisés (art. 18 LPNMS).

Des mesures comparables sont prévues pour la protection spéciale des monuments historiques et des antiquités. Un inventaire est dressé de tous les monuments de la préhistoire, de l'histoire, de l'art et de l'architecture et des antiquités immobilières situés dans le canton qui méritent d'être conservés (art. 49 LPNMS). L'inventaire comprend la désignation de l'objet inscrit, cas échéant de ses abords et l'intérêt qu'il présente avec les dangers qui le menacent, cas échéant des photographies ou un relevé et les mesures de protection déjà prises ou les mesures de conservation de restauration nécessaires (art. 50 LPNMS). Les dispositions des art. 14 et 19 LPNMS sont également applicables à l'inventaire des monuments historiques et des antiquités prévues par l'art. 49 LPNMS. L'inventaire n'est ainsi pas exhaustif et il est public, le propriétaire de l'objet étant tenu d'annoncer au département compétent les travaux envisagés, le département pouvant soit autoriser les travaux soit ouvrir une enquête en vue du classement dans les trois mois dès l'annonce des travaux (art. 14 et 18 LPNMS).

c) En l'espèce, le Parc de Milan avec la Colline de Montriond sont, d'une part, inscrits à l'inventaire des monuments naturels et des sites (IMNS) au sens des art. 12 et ss LPNMS et, d'autre part, à l'inventaire des monuments historiques et des antiquités au sens des art. 49 et ss LPNMS. L’emprise et le périmètre de l'inventaire IMNS sur le jardin botanique n'apparaît pas très clairement sur la base du relevé figurant au guichet cartographique cantonal. Il semble en effet que la partie du jardin botanique située de part et d'autre de l'allée principale n'est pas comprise dans le périmètre de l'inventaire cantonal, en tout cas la partie prévue pour la construction de la serre. Mais, cette question n'est pas déterminante dès lors que l'autorité compétente en matière de protection de la nature des monuments et des sites n'est pas intervenue et n'envisage pas un classement du Parc de Milan et de son jardin botanique.

La Colline de Montriond ainsi que le jardin botanique font aussi l'objet de l'inventaire des monuments historiques au sens des art. 49 et ss LPNMS. Une fiche du recensement architectural, élaborée en 1998, mentionne la note *2* attribuée à l'ensemble. Mais dans ce cas également, le Conseil d'Etat, et par conséquent le département en charge de la protection du patrimoine, a renoncé à ouvrir une procédure de classement, de sorte que les travaux sont réputés autorisés en application de l'art. 18 LPNMS, applicable par le renvoi de l'art. 51 LPNMS. Les recourantes ne semblent pas contester expressément, dans leur recours, les décisions refusant d'ouvrir une enquête publique en vue du classement du jardin botanique. Elles estiment en revanche que la valeur attribuée au site par le recensement architectural et par les différents inventaires cantonaux et fédéraux justifierait de refuser le permis de construire.

a) L'art. 3 al. 2 let. b LAT prévoit que les autorités chargées de l'aménagement du territoire doivent notamment tenir compte de la nécessité de préserver le paysage et veiller à ce que les constructions prises isolément ou dans leur ensemble ainsi que les installations s'intègrent dans le paysage. La jurisprudence a précisé que la portée de cette disposition dépend avant tout du degré de protection que requiert le paysage en question. S'il s'agit d'un site sensible, porté à l'inventaire ou présentant des caractéristiques particulières, une exigence d'intégration plus élevée qu'en présence d'un paysage de moindre intérêt peut se justifier (Waldmann/Hanni, Raumplanungsgesetz, 2006, n. 27 ad art. 3 LAT, p. 85). Par ailleurs, le Tribunal fédéral a relevé qu'une construction ou une installation s'intègre dans le paysage lorsque son implantation et ses dimensions n'affectent ni les caractéristiques, ni l'équilibre du site et si, par sa forme et les matériaux utilisés, elle en respecte l'originalité (DFJP/OFAT, Etude relative à la LAT, Berne 1981, n. 28 ad art. 3 LAT). La jurisprudence fédérale a interprété l'art. 3 al. 2 let. b LAT comme une disposition de droit fédéral directement applicable, permettant d'interdire un projet de construction dans le cadre de la procédure de demande de permis de construire pour des motifs touchant le défaut d'intégration au paysage.

Mais, pour qu'un projet puisse être interdit sur la base de l'art. 3 al. 2 let. b LAT, il doit porter une atteinte grave à un paysage d'une valeur particulière qui serait inacceptable dans le cadre d'une appréciation soigneuse des divers intérêts en présence (arrêt 1C_82/2008 du 28 mai 2008 consid. 6.3 non publié in ATF 134 II 117;1A.92/1998 du 30 décembre 1998 consid. 5 publié in RDAF 1999 I p. 410). La clause générale d'esthétique dans le cadre de la procédure d'autorisation de construire peut renforcer la mise en œuvre de ce principe (Pierre Tschannen, Commentaire de la LAT, n. 50 ad art. 3 LAT).

L'art. 86 LATC est une clause générale d'esthétique et d'intégration des constructions. Cette disposition prévoit que la municipalité veille à ce que les constructions, quelle que soit leur destination, ainsi que les aménagements qui leur sont liés, présentent un aspect architectural satisfaisant et s'intègrent à l'environnement (al. 1). Elle refuse le permis pour les constructions ou les démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue, ou de nuire à l'aspect d'un édifice de valeur historique, artistique ou culturelle (al. 2). L'alinéa 3 de cette disposition prévoit que les règlements communaux doivent contenir des dispositions en vue d'éviter l'enlaidissement des localités et de leurs abords.

Pour appliquer et interpréter les dispositions relatives à l’esthétique des constructions, l'autorité communale peut se référer aux documents de la protection de l'inventaire ISOS, à l'inventaire des monuments naturels et des sites prévus par les art. 12 et suivants de la loi vaudoise du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (LPNMS; RSV 450.11), ainsi qu'aux critères d'évaluation qui ont été utilisés pour procéder au recensement architectural des bâtiments du canton au sens de l'art. 30 du règlement d'application du 22 mars 1989 de la LPNMS (RLPNMS; RSV 450.11.1). Dans ce cadre, l’inventaire ISOS a toutefois une portée propre, qui a été récemment précisée et développée par le Tribunal fédéral (AC.2016.0005 du 3 mai 2016 consid. 3).

b) Selon la jurisprudence, les inventaires fédéraux prévus à l'art. 5 LPN;‑ dont fait partie l'ISOS (art. 1 de l'ordonnance fédérale du 9 septembre 1981 concernant l'Inventaire fédéral des sites construits à protéger en Suisse - OISOS; RS 451.12) – sont assimilés matériellement à des conceptions et à des plans sectoriels au sens de l'art. 13 al. 1 LAT. Dans le cadre de leur obligation générale de planifier de l'art. 2 LAT, les cantons doivent tenir compte, dans leur planification directrice, de ces inventaires en tant que forme spéciale des conceptions et plans sectoriels de la Confédération au sens de l’art. 13 LAT (voir l’art. 6 al. 4 LAT). Ainsi, en raison de la force obligatoire des plans directeurs pour les autorités (art. 9 LAT), les conditions de protection figurant dans les inventaires fédéraux doivent se retrouver dans les plans d'affectation (art. 14 ss LAT), dont la conformité au plan directeur cantonal doit être examinée par l’autorité d’approbation en vertu de l’art. 26 al. 2 LAT. L’inventaire ISOS doit ainsi être transcrit dans les plans directeurs cantonaux, puis dans la planification locale au moyen des instruments prévus à l'art. 17 LAT. Ces mesures lient non seulement les autorités dans l'exécution de leurs tâches, mais également les particuliers (ATF 135 II 209 consid. 2.1 p. 213; arrêts 1C_545/2014 du 22 mai 2015 consid. 5.3;1C_130/2014 du 6 janvier 2015 consid. 3.2). L'art. 4a OISOS, introduit le 14 avril 2010, confirme d’ailleurs expressément que les cantons tiennent compte de l'ISOS lors de l'établissement de leurs plans directeurs, conformément aux art. 6 à 12 LAT. L’art. 28 RLPNMS prévoit une règle similaire pour les objets protégés en application de la LPNMS en précisant que les autorités communales prennent les mesures appropriées pour protéger les paysages, localités ou sites construits dignes d'être sauvegardés selon la loi en élaborant leurs plans directeurs ou d'affectation ou lorsqu'elles délivrent un permis de construire.

En l’espèce, le plan directeur cantonal prévoit une mesure E11 intitulée "Patrimoine naturel et développement régional", qui est formulée dans les termes suivants:

"Dans la mesure où les objectifs de sauvegarde sont respectés, les autorités compétentes soutiennent la mise en valeur économique du patrimoine naturel. La synergie avec les acteurs du patrimoine et de l’économie est recherchée. Les inventaires relatifs à la protection du patrimoine naturel sont intégrés dans toutes les planifications et constituent des données de base pour les projets cantonaux ou communaux. Le Plan directeur cantonal synthétise ces inventaires en deux catégories, les inventaires contraignants et les inventaires d'alerte."

Les inventaires culturels et naturels sont ainsi présentés selon leur effet (contraignant ou d’alerte) en une seule liste, car plusieurs d’entre eux concernent ces deux dimensions. La mesure E11 du PDcn (2008) précise la distinction entre effet contraignant et effet d’alerte dans les termes suivants:

"- Effet contraignant : inventaire, planification ou mesure induisant des restrictions d’usage d’un bien‐fonds (directement opposable à un tiers). Effets directs sur l’affectation du sol.

- Effet d’alerte : inventaire, planification ou mesure restreignant les possibilités d'aménagement et de modification des objets qu’il protège. Se traduit généralement par des dispositions permettant d'assurer leur protection."

c) L'inventaire ISOS est mentionné dans la liste des inventaires ayant un effet d’alerte, tout comme les inventaires cantonaux prévus aux art. 12ss et 49 ss LPNMS. Cela signifie que ces inventaires n’ont pas en eux-mêmes un effet juridique sur le statut du sol. Mais, ils doivent être pris en considération lors de l’élaboration d’un plan d’affectation par des dispositions permettant d’assurer la mise en œuvre des objectifs de protection. L’inventaire peut dans cette mesure lier les particuliers car la procédure d’approbation des plans d’affectation assure la protection juridique prévue par l’art. 33 LAT, nécessaire à la validité des mesures restrictives qui en découlent; cette procédure permet d’assurer la pesée globale des intérêts à prendre en considération dans la procédure de planification, dont celui des propriétaires grevés (art. 3 OAT). Ainsi, les objectifs de protection résultant de l'inventaire ISOS doivent en principe être transcrits dans la planification locale pour déployer un effet juridique contraignant (ATF 135 II 209 consid. 2.1 p. 213). En revanche, dans le cadre de la procédure de demande de permis de construire, l’inventaire intervient comme un élément d’appréciation à prendre en considération dans le cadre de la pesée des intérêts requise par l’application de la clause d’esthétique ou des dispositions communales relatives à l’intégration des constructions ou encore celles concernant la protection du milieu bâti.

aa) L’inventaire ISOS est fondé sur une méthode d’analyse des sites construits et de leur environnement. Les sites sont considérés dans leur globalité, c’est-à-dire que l’inventaire tient non seulement compte de la valeur intrinsèque des éléments du site, mais aussi de la qualité de leur relation. Le site est ainsi divisé en différents périmètres (P) et en ensembles construits (E), en périmètres environnants (PE) et en échappées dans l'environnement (EE). Les critères retenus portent sur les qualités historiques et spatiales du tissu, ainsi que sur l'état, la signification et l'objectif de sauvegarde de chacune des composantes du site. Les périmètres et les ensembles se différencient par leur taille, mais souvent également par l’évidence et l'intensité de leur cohésion spatiale ou historique. Selon les explications relatives à l’ISOS:

- le périmètre P est une composante bâtie de taille honorable, pouvant être perçue comme entité de par ses caractéristiques historico-architecturales et spatiales ou de par sa spécificité régionale;

- un ensemble E est une composante bâtie de petite taille, pouvant être perçue comme entité de par ses caractéristiques historico-architecturales et spatiales ou de par sa spécificité régionale;

- un périmètre environnant PE est une aire limitée dans son extension, en général en rapport étroit avec les constructions à protéger; espaces verts, par exemple les vergers, prés ou surfaces herbeuses, coteaux viticoles, parcs, etc;

- une échappée dans l’environnement EE est une aire ne présentant pas de limites clairement définies mais jouant un rôle important dans les rapports entre espaces construits et paysage, par exemple premier plan/arrière-plan, terrains agricoles attenants, versant de colline, rives, espace fluvial, etc.

L'appréciation de la valeur des périmètres environnants PE et des échappées dans l’environnement EE est définie par des catégories d’inventaires et des objectifs de sauvegarde :

- La catégorie d’inventaire "a" signifie qu’il s’agit d’une partie indispensable du site construit, libre de construction ou dont les constructions participent à l’état d’origine de l’environnement.

- La catégorie d’inventaire "b" indique qu’il s’agit d’une partie sensible pour l’image du site, souvent construite.

- L’objectif de sauvegarde "a" préconise la sauvegarde de l’état existant en tant qu’espace agricole libre, la conservation de la végétation et des constructions anciennes essentielles pour l’image du site, la suppression des altérations.

- L’objectif de sauvegarde "b" préconise la sauvegarde des caractéristiques essentielles pour les composantes attenantes au site.

Cette appréciation est complétée par une évaluation de la qualité spatiale, de la qualité historico-architecturale et de la signification dans le périmètre ou dans le site. Ces critères sont évalués sur trois niveaux; par exemple, la qualité spatiale peut être "prépondérante" (X), "évidente" (/) ou "peu évidente" ( ).

bb) Selon l'art. 1 OISOS, l'inventaire fédéral des sites construits comprend les objets énumérés en annexe. La Commune de Lausanne est mentionnée dans l'annexe à l'OISOS en tant que ville depuis 2005. Lausanne fait donc partie d'un inventaire fédéral d'objets d'importance nationale au sens de l'art. 5 LPN. Le plan général d’affectation de Commune de Lausanne a été approuvé en 2006. Même si la description de l’inventaire conforme à l’art. 5 LPN n’a été publiée qu’en 2014, l'art. 6 al. 1 LPN accordait déjà en 2006 une portée juridique à l’inscription de la ville de Lausanne à l’inventaire ISOS en précisant que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquat.

cc) Selon la description de l’inventaire publiée en 2014 pour la Ville de Lausanne, l'ensemble du Parc de Milan avec la Colline de Montriond est répertorié comme un périmètre environnant PE sous chiffre XX avec la description suivante:

"Important espace public verdoyant, multifonctionnel et très fréquenté; à l'Ouest, parc de Milan, grande surface plane engazonnée, cernée d'une majestueuse allée de feuillus, vaste fontaine circulaire; à l'Est, colline de Montriond, éminence boisée dans sa partie Nord et accueillant sur ses flancs des plantages et le Jardin Botanique cantonal, nombreux chemins aménagés généralement fin XVIII début XXème siècle, complété au cours du XXème siècle."

Le musée botanique cantonal est répertorié comme un objet individuel sous le n° XX.0.6 avec la description suivante:

"Musée botanique cantonal, construction très modeste de type modulaire au sein du Jardin Botanique aménagé en 1937-46, bâtiment de deux niveaux appuyé contre la pente, béton, toit plat, 1967."

Le musée est mentionné sous la rubrique "observations" indiquant qu'il s'agit d'un élément qualitativement neutre. En revanche, le portique d’entrée tout comme le pavillon à l’est de l’allée centrale ne sont pas mentionnés dans l’inventaire. S'agissant de l'ensemble du Parc de Milan avec la Colline de Montriond, il bénéficie de la catégorie d'inventaire "ab" recensé avec une signification prépondérante et un objectif de sauvegarde "a". Selon les explications relatives à l'ISOS, l'objectif de sauvegarde "a" préconise la sauvegarde de l'état existant en tant qu'espace agricole ou libre". Il implique la conservation de la végétation et des constructions anciennes essentielles pour l'image du site et la suppression des altérations. Il doit être relevé que l'allée centrale et les plates-bandes situées de chaque côté de cette allée ne figurent pas dans la description de l'inventaire ISOS. Sans dénier la valeur architecturale de l’allée centrale du jardin botanique, le tribunal constate qu’elle n’est pas désignée comme faisant partie des objets significatifs à protéger dans le périmètre environnant PE XX, alors que le bâtiment du musée contigu au jardin fait l’objet d’une appréciation.

d) Il est vrai que l'ensemble de la Colline de Montriond, avec les aménagements du jardin botanique, est référencé comme jardin certifié ICOMOS sous la référence 132-62. La fiche de l'inventaire ICOMOS comporte une description des parties constituantes du jardin botanique, en mentionnant le portique d'entrée, les chemins et cours en graviers et dalles de pierres, les murets et les escaliers en appareil de pierres, la rocaille, le bassin rond, la pièce d'eau, le bassin rectangulaire en simili-pierres, les bancs de bois, les couches en béton et les serres. La fiche précise aussi que le jardin comporte une collection de 6'000 espèces sur une surface de 1,8 ha comprenant notamment un arboretum, un alpinum, des plantes aquatiques, des plantes utilitaires, des plantes médicinales, des plantes grasses, des plantes carnivores et des plantes de serre tropicales. La fiche souligne que le jardin est composé d'un parc paysagé et d'un jardin régulier avec un parterre délimité par des traits de chèvres-feuilles nains. Au titre des remarques générales, la fiche mentionne que le jardin botanique s'étale sur la partie sud de la Colline de Montriond qu'il s'agit d'un très bel aménagement qui fait un tout avec la Colline de Montriond et la place de Milan. En ce qui concerne la substance historique, il est précisé qu'il s'agit d'un aménagement typique et bien préservé. La protection du jardin résulte d’une inscription à l'inventaire du 11 février 2002 sur l'ensemble du jardin avec une note 2 au recensement.

e) Le musée et le jardin botanique sont aussi répertoriés en tant que biens culturels d'importance nationale (A) en application de la loi fédérale sur la protection des biens culturels en cas de conflit armé, de catastrophe ou de situation d'urgence du 20 juin 2014 (LPBC; RS 520.3); mais cette inscription n’a pas été effectuée en raison de la qualité des aménagements extérieurs et de la configuration des lieux, mais pour la valeur de la collection du musée (Inventaire suisse des biens culturels d’importance nationale, 2009 p 406; http://www.babs.admin.ch/fr/aufgabenbabs/kgs/inventar/a-objekte.html).

f) La réglementation communale prévoit encore une règle spécifique pour les objets figurants dans un recensement. L’art. 73 du règlement du plan général d'affectation communal du 26 juin 2006 (RPGA) prévoit que tous travaux concernant des bâtiments, des objets ou des sites figurant au recensement architectural ou au recensement des jardins d'intérêt historique doivent faire l'objet d'un préavis du délégué communal à la protection du patrimoine bâti précisant ses déterminations (al. 2); sur la base de ce préavis la municipalité peut alors imposer des restrictions au droit de bâtir et interdire les constructions, transformations ou démolitions (al. 3). En l'espèce, la déléguée à la protection du patrimoine bâti a délivré le 21 octobre 2015 le préavis suivant:

"Le Jardin botanique figure au recensement ICOMOS des parcs et jardins historiques de la Suisse avec une note *1* (intérêt national)

L'ensemble, musée et jardin botanique cantonaux, a été inscrit à l'inventaire des monuments historiques non classés le 11 février 2002

Selon l'ISOS, le Jardin botanique est compris dans le « périmètre environnant » n° XX, avec un objectif de sauvegarde « a »

Le projet de construire une serre destinée à abriter la collection de plantes carnivores propriété du jardin botanique cantonal, est en soi séduisant. Cependant, force est de constater que la serre qui est soumise à enquête publique ne peut être réalisée qu'en portant atteinte au concept de jardin botanique développé par l'architecte Alphonse Laverrière. L'emplacement choisi condamne ce qui subsiste des broderies géométriques de petits buis du côté sud de l'allée principale. La perspective qui ouvre vers l'est sur le pavillon édifié à l'extrémité de l'allée principale serait bordée en son côté sud par une construction de plus de 30 mètres de longueur, créant ainsi un effet de corridor. De plus, les gabarits mettent en évidence la proximité défavorable de la serre avec la couronne du feuillu implanté à droite de l'entrée ; il serait regrettable de devoir la tailler pour y « encastrer » une construction nouvelle.

En raison de l'impact négatif de cette nouvelle serre sur le site du jardin botanique et de la disparition de certains éléments caractéristiques du dessin de ce jardin, nous formulons un préavis défavorable à ce projet. Nous invitons ses promoteurs à envisager un emplacement qui porte moins atteinte au Jardin botanique et préserve mieux le potentiel d'évolution des bâtiments du musée, ceci en collaboration avec les instances en charge de la conservation du patrimoine, en particulier le conservateur cantonal des monuments.

Il faut encore rappeler que la réglementation communale comporte à l'art. 69 RPGA une règle comparable à la clause d'esthétique de l'art. 86 LATC en précisant que les constructions, transformations ou démolitions susceptibles de compromettre l'aspect et le caractère d'un quartier, d'un site, d'une place ou d'une rue ou de nuire à l'aspect d'un édifice de l'art historique, culturel ou architectural sont interdites.

d) Il ressort de ces explications que la décision sur l'admissibilité du projet de serre dans le jardin botanique est de la compétence exclusive de la municipalité. Les autorisations requises par la mise à l'inventaire du site, en tant qu’ensemble construit en tant que jardin historique bénéficiant d'une note *2* au recensement architectural, n'a pas suscité une opposition du département compétent de l'Etat de Vaud en vue de l'ouverture d'une enquête publique pour classement. Il n'en demeure pas moins que la valeur du site, telle qu'elle résulte du recensement et de l'inventaire, doit être prise en considération par la municipalité pour appliquer la clause d'esthétique, tout comme la valeur attribuée au site par l'inventaire ISOS (voir l’art. 28 RLPNMS ainsi que les arrêts AC.2016.0005 du 3 mars 2016 consid. 3f; AC.2015.0174 du 27 novembre consid. 4c; AC.2013.0397 du 19 août 2014, consid. 5d; AC.2010.0141 du 16 novembre 2011, consid. 4b; .2008.0328 du 27 novembre 2009 consid. 4, AC.2007.0147 du 31 juillet 2008, consid. 3c, AC.2006.0113 du 12 mars 2007, consid. 7c/cc, AC.2004.0031 du 21 février 2006; AC.2004.0003 du 29 décembre 2005 consid. 2c; 4b AC.2002.0128 du 12 mars 2004 consid. 4b et AC.2000.0122 du 9 septembre 2004 consid. 3c).

Pour effectuer cette appréciation, l'autorité communale doit procéder à une pesée de l'ensemble des intérêts en jeux dont font partie les valeurs intrinsèques du site et les différentes qualifications portées à ce site par les inventaires cantonaux et fédéraux, mais aussi la fonction et l'utilité publiques du projet en cause et sa destination ainsi que l'environnement dans le cadre duquel il s'insère et l'ensemble des autres circonstances pertinentes à prendre en considération pour juger de l'admissibilité du projet. En ce qui concerne l'insertion du projet dans le site, le tribunal a requis l'avis de la Commission qui a formulé un préavis favorable en tenant compte du fait que la serre permettrait de remplacer les deux serres existantes, qu'il s'agit d'une construction d'une durée de vie plus limitée, réversible et démontable à moyen terme, sans que des solutions alternatives d'implantation puissent entrer en ligne de compte dans des délais raisonnables pour répondre aux besoins du musée, déjà avérés il y a plus de quinze ans.

A ces différents éléments, le tribunal relève encore que la serre est conforme à la destination du jardin botanique. Elle présente une utilité évidente pour répondre aux besoins à la fois de la science mais aussi du public en rendant plus attractive la visite du jardin botanique. Elle peut améliorer la lisibilité du jardin botanique, encore peu connu de la population lausannoise, depuis la place de Milan. Par ailleurs, le jardin botanique n’a pas pour vocation de figer la conception et la réalisation de l'architecte Laverrière, mais il est appelé à s'adapter aux différents besoins. Il n’est pas une exposition d'une œuvre architecturale inamovible et immuable, mais l'aménagement d'un espace pour répondre aux besoins de la science et de l'éducation et à l'attrait du public en matière de botanique, qui sont en évolution. Aussi, l’absence d’un emplacement réservé à une serre résulte probablement d’une erreur de conception du jardin botanique à l’origine, lors de l’élaboration du programme en 1937. La serre (jardin d’hiver) du jardin botanique de Genève a été construite en 1911 et on ne pouvait donc pas ignorer au moment de la conception du jardin botanique de Lausanne, la nécessité d’un tel élément.

Les recourantes insistent sur le fait que la variante n° 1, établie par les architectes Demetriades et Papadaniel dans le rapport préliminaire du 4 décembre 2000, serait nettement préférable et permettrait de conserver intacte la conception d’origine de l’allée centrale avec la perspective donnant sur le portique des locaux de service. Mais, cette variante n’est pas réalisable sans une modification des règles d’affectation. En effet, l’implantation prévue pour la variante n°1 dans le rapport préliminaire des architectes Demetriades et Papadaniel s’appuie sur la façade est du pavillon et empiète de manière non négligeable sur la zone de parcs et espaces de détente inconstructible (art. 138 RPGA), alors que seule la partie sud-est de la serre serait comprise dans la zone d’utilité publique réservée aux constructions et installations publiques (art. 127 RPGA).

Cela étant précisé, l’avis de la Commission insiste sur le fait que la serre envisagée est une construction légère qui n’entraîne pas une atteinte définitive par rapport à la conception du jardin, car on peut concevoir que la serre ait une durée de vie limitée et soit réversible et démontable à moyen terme. C’est d’ailleurs le sens de la proposition transactionnelle présentée par le SIPAL aux recourantes tendant à limiter la durée de vie de la serre à un délai de l’ordre de 15 ans environ, ce qui correspond vraisemblablement aux intentions de l’Etat par rapport à cet investissement limité.

Cette période de 15 ans représente d’ailleurs le délai qui a été nécessaire pour élaborer le projet contesté et correspond vraisemblablement à la période qui sera nécessaire pour permettre une nouvelle réflexion et pour voir aboutir une nouvelle planification. La Commission recommande aussi dans ses conclusions « qu’une réflexion sérieuse soit réalisée par la suite sur l’ensemble du site pour anticiper d’autres interventions ». Elle insiste sur ce point dans les termes suivants:

« Il est regrettable qu’il n’y ait pas eu de réflexion d’ensemble depuis les aménagements inaugurés en 1946, malgré la réalisation de nouvelles constructions, en particulier du musée botanique ou les deux serres dans la partie est du site, mais qui ne font plus partie du concept original »

La Commission relève aussi que la construction de la nouvelle serre permet de remplacer les deux serres provisoires aménagées autour du pavillon dont « l’élimination » est un élément essentiel pour accepter le projet ».

En définitive et en résumé, les éléments à prendre en considération dans la pesée des intérêts sont les suivants:

- Le site du jardin botanique présente des qualités architecturales et d’aménagements paysagers évidentes, qui ont justifié sa mise à l’inventaire au sens des art. 49 ss LPNMS avec une note *2* au recensement architectural; il figure aussi au recensement ICOMOS des parcs et jardins historique de la Suisse avec une note *1* (intérêt national). Le recensement ICOMOS n’a toutefois pas une portée juridique propre en dehors de la mise à l’inventaire cantonale, qui retient un intérêt régional et non pas un intérêt national. Le périmètre de l’inventaire IMNS au sens de l’art. 12 LPNMS ne semble pas s’étendre à la partie ouest de l’allée centrale du jardin botanique sur laquelle le projet de serre est prévu.

- L’inventaire ISOS s’attache à la protection de l’ensemble du Parc de Milan avec la Colline de Montriond, mais ne fait pas mention de l’allée principale du jardin botanique au pied de la colline. Et l’inventaire des biens culturels d’importance nationale a pour objet les collections du musée et non pas l’aménagement paysager du jardin botanique en tant qu’un ouvrage architectural à protéger.

- Le projet de serre est limité en surface et en volumétrie par rapport à l’ensemble du jardin botanique dont les éléments les plus caractéristiques sont la rocaille, les itinéraires sur la Colline de Montriond avec leurs nombreux aménagements, tels que la pergola et l’escalier principal notamment, qui restent intacts avec le projet contesté, de sorte qu’on ne saurait parler d’une atteinte sensible au site.

- Le projet de serre prend place sur une partie seulement des plates-bandes situées sur le côté sud de l’allée principale, en parallèle avec l’annexe de la villa Verdeil, et comble en quelque sorte une lacune dans la conception du jardin botanique, qui ne prévoyait pas d’emplacement pour la construction de serres à l’origine.

- Le projet de serre est une construction légère, réversible et démontable, prévue pour une période limitée (vraisemblablement 15 ans) et pour répondre aux besoins considérés déjà comme urgents en 2000, tout en permettant d’engager une réflexion sur l’ensemble du périmètre du jardin botanique pour anticiper les nouveaux besoins et, le cas échéant, adapter les règles de la planification communale aux nouveaux besoins des musées et jardins botaniques cantonaux.

- La réalisation du projet de serre permet de remplacer avantageusement les deux serres « bricolées » autour du pavillon à l’est de l’allée centrale, qui portent atteinte aux qualités architecturales de la construction, elle apporte ainsi une amélioration de la situation actuelle.

- Le projet de serre est conforme à la destination du jardin botanique. Il présente une utilité évidente pour répondre aux besoins de la science, mais aussi du public en rendant plus attractive la visite du jardin botanique. Il améliore la lisibilité du jardin botanique depuis la place de Milan.

- Chargée de se prononcer sur les questions relevant de l’urbanisme et de l’architecture, notamment dans le domaine de la protection des sites (art. 16 al. 1 LATC), la Commission, composée d’experts et de professionnels éprouvés, a formulé un préavis favorable au projet.

Dans ces circonstances et indépendamment de la valeur des aménagements extérieurs liés à la conception originale du jardin botanique par l'architecte Laverrière, la municipalité est restée dans les limites de son pouvoir d'appréciation en délivrant le permis de construire. Il convient de rappeler que ce pouvoir d’appréciation est protégé par la garantie constitutionnelle de l’autonomie communale, à laquelle le Tribunal fédéral accorde une importance toujours plus grande. La jurisprudence récente formule la garantie de l’autonomie communale dans les termes suivants :

« (…) l'autorité communale qui apprécie les circonstances locales dans le cadre de l'octroi d'une autorisation de construire, en matière d'esthétique des constructions, bénéficie d'une liberté d'appréciation particulière, que l'autorité de recours contrôle avec retenue (cf. art. 3 al. 2 LAT). Dans la mesure où la décision communale repose sur une appréciation soutenable des circonstances pertinentes, l'instance de recours doit la respecter. En dépit de son pouvoir d'examen complet, elle ne peut intervenir et, cas échéant, substituer sa propre appréciation à celle des autorités communales que si celle-ci n'est objectivement pas soutenable ou contrevient au droit supérieur » (arrêt 1C_92/2015 du 18 novembre 2015 consid. 3.1.3 et les arrêts cités; dans ce sens: Olivier Schuler, Kognition zwischen Rechtsweggarantie und Gemeindeautonomie in bau- und planungsrechtlichen Verfahren, 2015, p. 75-77).

Il est vrai que la déléguée à la protection du patrimoine bâti a formulé un préavis défavorable au projet en date du 21 octobre 2015. Mais la municipalité n’est pas liée par le préavis (art. 73 al. 3 RPGA), qui est l’un des éléments pris en considération dans la pesée des intérêts. De la même manière, le canton n’est pas lié par le préavis du Conservateur cantonal, qui fait aussi partie des éléments pris en considération dans le cadre de la pesée des intérêts à effectuer pour autoriser le projet contesté en application des art. 18 et 51 LPNMS. Au demeurant, le Conservateur cantonal a donné son accord à la proposition transactionnelle formulée par le SIPAL à l’issue de l’audience du 28 avril 2016, tendant à limiter l’utilisation de la nouvelle serre à une durée de l’ordre de 15 ans environ à l’emplacement prévu et pour engager dans ce délais les études nécessaires permettant de trouver une solution alternative (détermination du SIPAL du 13 juillet 2017). Aussi, le SIPAL a confirmé, dans ses déterminations du 28 mars 2017, qu’il faisait sienne la recommandation de la Commission pour engager une réflexion sur l’ensemble du site afin d’établir les besoins et anticiper d’autres interventions.

Cela étant précisé, la Commission a relevé que la durée de vie limitée de la serre, ainsi que son caractère réversible et démontable à moyen terme (avis de la Commission n° 226/2017 p. 5), résultait de sa conception. Le projet est posé à même le sol, avec des fondations ponctuelles, et ne nécessite aucun terrassement ou mouvement de terre; ainsi, sa durée de vie est nécessairement plus limitée que les bâtiments du musée déjà réalisés sur le site (avis de la Commission n°226/2017 p.2). En revanche, l’obligation de démolir les deux serres à proximité du pavillon ne ressort pas clairement du permis de construire, tout comme la nécessité d’engager des études sur l’ensemble du site pour déterminer les nouveaux besoins et pour coordonner et anticiper les nouvelles interventions, de sorte que la décision communale devra être réformée sur ce point.

3.

Les recourantes demandent que la Commission fédérale des monuments historiques soit saisie, pour le motif qu’elle est spécialisées dans le domaine historique et paysager. Or, les expertises prévues par l’art. 7 LPN concernent des tâches de la Confédération et il est douteux que le projet de serre temporaire en cause puisse constituer une tâche de la Confédération.

En tous les cas, la perspective de l’allée centrale du jardin botanique n’est pas mentionnée dans la description des objets à protéger selon l’inventaire ISOS. Aussi, la partie du jardin botanique aménagée sur les flancs sud et ouest de la Colline de Montriond est conservée intacte; il s’agit d’ailleurs des éléments caractéristiques du jardin botanique constitués par les nombreux cheminements sur les flancs de la Colline de Montriond - mentionnés dans l’inventaire ISOS - avec les aménagements qui leur sont liés (rocaille, pergola, escaliers etc.), lesquels ne sont pas touchés par le projet contesté. Il est douteux que l’on soit en présence d’une altération sensible du site du Parc de Milan et de la Colline de Montriond, qui font l’objet de la protection principale de l’inventaire ISOS.

Le tribunal a déjà demandé l’avis de la Commission, expressément requis par les associations recourantes. Si la Commission ne présentait pas, dans sa composition, les compétences requises pour se prononcer sur le projet litigieux, il est certain que les associations recourantes se seraient abstenues de demander son intervention. Enfin, pour apprécier la valeur du site du point de vue historique et paysager, le tribunal dispose déjà des préavis de la déléguée lausannoise à la protection de patrimoine bâti, de l’avis du Conservateur cantonal ainsi que de l’expertise privée produite par les associations recourantes. Il ne parait donc pas nécessaire de solliciter un avis supplémentaire sur cette question.

4.

a) Les associations recourantes relèvent encore que le plan général d’affectation de la Commune de Lausanne de 2006 est entré en vigueur en 2008 et que la Commune de Lausanne a été inscrite à l’inventaire ISOS en 2014. Elles estiment que les circonstances prévalant au moment de l’adoption du plan général d’affectation se seraient modifiées au point de justifier une adaptation du plan des zones pour prendre en compte les impératifs de conservation qui résulteraient de l’inventaire ISOS. Le plan général d’affectation ne serait pas conforme à la jurisprudence fédérale qui impose la prise en considération de l’inventaire ISOS dans les plans d’affectation, ni d’ailleurs à la mesure C11 du plan directeur cantonal qui fixe les modalités et conditions dans lesquelles cet inventaire doit être pris en considération dans la planification communale. Comme la planification communale serait ainsi « obsolète », la décision prise en application de cette planification ne devrait pas être maintenue.

b) En l’espèce, la ville de Lausanne est inscrite à l’inventaire ISOS depuis le 2 novembre 2005 en tant que ville d’importance nationale au sens de l'annexe 1 à l'ordonnance concernant l'inventaire fédéral des sites construits d'importance nationale à protéger en Suisse (OISO). Il est vrai toutefois que la ville de Lausanne n’a fait l'objet d'une description des objets à protéger, des dangers qui pourraient les menacer et des buts de protection au sens de l’art. 5 al. 1 LPN que depuis décembre 2014.

c) La question de savoir si la publication de la documentation décrivant les objets à protéger impose on non une révision du plan général d’affectation au sens de l’art. 21 al. 2 LAT peut toutefois rester ouverte. En effet, les recourantes n’indiquent pas en quoi la planification communale serait contraire à la description de l’inventaire ISOS pour le projet contesté. La description de l’inventaire ISOS concernant le Parc de Milan et la Colline de Montriond ne porte pas sur les aménagements spécifiques du jardin botanique constitués par le porche d’entrée, l’allée centrale et le pavillon à son extrémité est, mais bien sur les cheminements se trouvant sur les flancs de la Colline de Montriond qui, comme cela a déjà été relevé, ne sont pas touchés par le projet contesté. Alors même que la description de l’inventaire ISOS s’attache à décrire le bâtiment du musée, il n’est toutefois fait aucune référence à la conception architecturale du jardin au pied de la colline, en particulier à la perspective de l’allée centrale aboutissant au pavillon des jardiniers, ni même au portique d’entrée. La description de l’inventaire comporte une abondante documentation photographiq e (295 photographies) et le tribunal constate que ni le portique d’entrée, ni l’allée principale et ni le pavillon situé à son extrémité ne font l’objet d’une photographie. Pour le surplus, le plan général d’affectation de 2006 classe les flancs sud et sud-ouest de la Colline de Montriond en zone de parc, qui est en quelque sorte une zone de verdure ou une zone de protection au sens de l’art. 17 al, 1 let. c LAT. Les associations recourantes n’indiquent pas en quoi cette mesure de planification ne serait pas appropriée par rapport aux impératifs de protection résultant de la description de l’inventaire ISOS pour le Parc de Milan et la Colline de Montriond.

5.

Les associations recourantes critiquent l’autorisation délivrée pour l’abattage d’un aulne glutineux d’un diamètre de 50 – 60 cm. Elles reprochent à la municipalité d’avoir autorisé sans aucune compensation l’abattage de cet arbre en se fondant sur la législation cantonale sur la protection de la nature et des sites.

Selon l’art. 5 LPNMS, les arbres que les communes désignent par voie de classement ou de règlement communal sont protégés s’ils doivent être maintenus soit en raison de leur valeur esthétique, soit en raison des fonctions biologiques qu'ils assurent (let. b). Par exemple, les arbres formés par une ancienne haie de Thuyas non entretenue avec un diamètre supérieur à 30 cm ne présentent aucune qualité esthétique et ne remplissent pas de fonctions biologiques déterminantes et n'entrent pas dans le champ de protection de l'art. 5 LPNMS et elles ne permettent pas de bénéficier de la protection du règlement communal sur les arbres (arrêt AC.2010.0329 du 29 avril 2011). L’art. 56 RPGA précise que tout arbre d’essence majeure est protégé sur le territoire communal, c’est-à-dire, les arbres qui peuvent atteindre 10 m de haut, présentant un caractère de longévité spécifique et ayant une valeur dendrologique reconnue (art, 25 RPGA), le terme dendrologique signifiant « la science ou l’étude des arbres ».

a) Les arbres “protégés” ne peuvent être abattus qu'à certaines conditions. L’art. 6 LPNMS fixe les conditions suivantes:

Art. 6 Abattage des arbres protégés

1 L'autorisation d'abattre des arbres ou arbustes protégés devra être notamment accordée pour les arbres dont l'état sanitaire n'est pas satisfaisant et pour les arbres, les haies et boqueteaux lorsqu'ils empêchent une exploitation agricole rationnelle ou lorsque des impératifs techniques ou économiques l'imposent (création de routes, chemins, canalisation de ruisseau, etc.).

2 L'autorité communale peut exiger des plantations de compensation ou, si les circonstances ne le permettent pas, percevoir une contribution aux frais d'arborisation. Un règlement communal en fixe les modalités et le montant.

3 Le règlement d'application fixe au surplus les conditions dans lesquelles les communes pourront donner l'autorisation d'abattage.

La liste de l'art. 6 al. 1 LPNMS est complétée, en exécution de son al. 3, par l'art. 15 du règlement d'application du 10 décembre 1969 de la LPNMS (RLPNMS; RS 450.11.1). Cette disposition précise les conditions auxquelles les communes peuvent donner l'autorisation d'abattage un arbre protégé:

Art. 15 Abattage (loi, art. 6, al. 3)

1 L'abattage ou l'arrachage des arbres, cordons boisés, boqueteaux, ou haies vives classés est autorisé par la municipalité lorsque:

1.

la plantation prive un local d'habitation préexistant de son ensoleillement normal dans une mesure excessive;

2.

la plantation nuit notablement à l'exploitation rationnelle d'un bien-fonds ou d'un domaine agricoles;

3.

le voisin subit un préjudice grave du fait de la plantation;

4.

des impératifs l'imposent tels que l'état sanitaire d'un arbre, la sécurité du trafic, la stabilité des rives bordant un cours d'eau, la création d'une route ou la canalisation d'un ruisseau.

2 Dans la mesure du possible, la taille et l'écimage seront ordonnés en lieu et place de l'abattage ou de l'arrachage.

b) La jurisprudence a encore précisé que les communes avaient conservé la compétence de compléter les dispositions de la réglementation cantonale fixant les conditions d’abattage sur la base de l'art. 98 LPNMS (AC.2012.0379 du 14 novembre 2013 consid. 2b). L’art. 59 prévoit dans ce cadre que si le quota des arbres exigibles selon l’art. 53 RPGA n’est pas rempli, l’autorisation d’abattage implique l’obligation de replanter. L’art. 53 LPNMS exige au minimum un arbre d’essence majeure pour chaque tranche ou fraction de 500 m2 de surface de parcelle, le choix des essences se portant si possible sur des essences indigènes. La municipalité a autorisé en l’espèce l’abattage de l’arbre sans exiger de compensation.

c) Pour statuer sur une demande d'autorisation d'abattage, l'autorité communale doit procéder à une pesée complète des intérêts en présence et déterminer si l'intérêt public à la protection de l'arbre classé l'emporte sur les intérêts publics ou privés qui lui sont opposés. Dans le cadre de cette pesée d'intérêts, il convient notamment de tenir compte de l'importance de la fonction esthétique ou biologique des plantations en cause, de leur âge, de leur situation dans l'agglomération et de leur état sanitaire (cf. AC.2000.0138 du 27 mars 2001). Parmi les différents intérêts en jeu figure également l'intérêt, concrétisé par la planification locale, à la densification des constructions (cf. AC.2008.0333 du 15 octobre 2009 consid. 4a; ATF 1C_24/2009 du 29 avril 2009 consid. 5.3). Lorsque la protection instaurée par le droit communal procède non pas d'un classement individuel des arbres, mais d'un règlement général déclarant protégés les plantes revêtant certaines caractéristiques, il faut tenir compte du caractère schématique de la protection et analyser les caractéristiques et la valeur de la plantation pour statuer sur l’autorisation d’abattage en rapport avec une construction et sur le remplacement éventuel de la plantation (arrêt AC.1997.0084 du 2 décembre 1997 consid. 6c).

L'intérêt à la conservation d'un arbre protégé doit en outre être comparé à l'intérêt visant à permettre une utilisation rationnelle des terrains à bâtir conforme aux plans des zones et aux objectifs de développement définis par les plans directeurs; autrement dit, même si cela ne résulte pas explicitement du texte de la loi, il y a lieu d'interpréter de manière objective les intérêts du constructeur, au regard des droits conférés au propriétaire du bien-fonds par les plans et règlements d’aménagement en vigueur (cf. AC.2010.0264 du 14 février 2011 consid. 2b, relatif à l'abattage de 37 arbres; AC.2011.0020 du 21 novembre 2011 consid. 4a; AC.2009.0289 du 31 mai 2010 consid. 8, relatif à l'abattage de 54 arbres; AC.2009.0254 du 12 mai 2010 consid. 5; AC.2008.0317 du 18 septembre 2009 consid. 4b, relatif à l'abattage d'une trentaine d'arbres; AC.2007.0102 du 23 décembre 2008 consid. 8; AC.2007.0159 du 4 mars 2008 consid. 2; AC.1997.0010 du 2 avril 1997; l'arrêt AC.1995.0051 invoque l'ATF 116 Ib 203 consid. 5g, qui concerne un biotope, pour l'appliquer par analogie au cas des arbres).

En l’espèce, lors de l’inspection locale, Dominique Iseli, spécialiste nature et paysage, a précisé que l’arbre en question est « vieux et devra vraisemblablement être remplacé d’ici cinq à dix ans ». Il a relevé que l’arbre était beau, mais pas remarquable, car complétement envahi par le lierre; aussi, pour la faune, « la conservation de cet arbre à cet endroit n’était pas ce qu’il y a de mieux ». De son côté, la Commission a relevé lors de la visite des lieux qu’un « aulne moribond, situé au milieu de la platebande serait voué à disparaître. Compte tenu de son état et du lierre grimpant qui l’a complétement envahi, il est de toute façon condamné à court terme. » Le tribunal a aussi constaté que l’arbre ne présentait pas des qualités esthétiques justifiant son maintien.

En autorisant l’abattage de l’arbre, la municipalité est restée dans les limites d’une pesée consciencieuse des intérêts en présence. L’arbre en question ne présente pas une grande valeur esthétique, il est condamné à court terme et n’a pas de valeur pour la faune à cet emplacement. De plus, cet arbre ne fait pas partie de la conception d’origine du jardin botanique dessiné par l’architecte Laverrière. La municipalité pouvait considérer, sans excéder son pouvoir d’appréciation, que l’intérêt visant à répondre aux besoins urgents des musées et jardins botaniques cantonaux primait sur l’intérêt à la conservation de cette plantation, vouée de toute manière à disparaître à court terme. Au surplus, la municipalité pouvait considérer que la proportion d’un arbre par 500 m2 requise selon l’art. 53 RPGA était déjà respectée sur la parcelle n°5081, compte tenu de l’arborisation abondante sur la Colline de Montriond et dans le Parc de Milan.

6.

Les associations recourantes invoquent encore différents griefs, ayant trait à l’arbitraire, ainsi qu’à la précision des plans et à la motivation de la décision

a) En ce qui concerne le grief d’arbitraire, les recourantes reprochent à la municipalité de n’avoir développé aucun motif justifiant la construction de la serre, alors que les éléments du dossier devaient conduire à un refus du permis de construire. Les motifs pour écarter la solution alternative à l’arrière du collège de Floréal répondaient à des impératifs d’ordre pratique plutôt qu’à un éventuel besoin d’extension ; et l’intervention du Conseil d’Etat était critiquable car la décision d’autoriser les travaux en application de l’art 17 LPNMS relevait de la compétence du Conservateur cantonal en application d’une délégation de compétence.

En l’espèce, le grief d’arbitraire soulevé par les recourantes se confond avec les griefs soulevés au fond pour s’opposer au projet de serre, à la différence que le pouvoir d’examen du tribunal limité à l’arbitraire est beaucoup plus restreint que le libre examen requis par l’art. 33 al. 3 let. b LAT. En ce qui concerne les motifs invoqués pour ne pas retenir la solution de la variante 1 du rapport préliminaire des architectes Demetriades et Papadaniel, le tribunal a déjà constaté que les règles d’affectation, actuellement en vigueur, ne permettent pas d’autoriser la construction de la serre à l’arrière du collège de Floréal, car l’angle nord-ouest de la serre empièterait clairement sur la zone de verdure assurant la protection du parc et de la colline.

b) S’agissant de la délégation de compétence accordée au Conservateur cantonal pour autoriser les travaux en application de l’art. 17 LPNMS, le tribunal constate que cette délégation est partielle, c’est-à-dire qu’elle ne comporte que la compétence d’autoriser les travaux et non pas celle d’interdire les travaux aux monuments et sites portés à l’inventaire. Le refus implique en effet l’ouverture d’une procédure de classement avec des conséquences financières que l’autorité politique doit accepter expressément.

Le fait que le Conseil d’Etat se prononce sur l’autorisation était donc nécessaire pour savoir si un classement de l’objet devait être envisagé et l’autorisation refusée. Comme membre du Conseil d’Etat, le chef du département concerné a statué pour décider si les travaux devaient ou non être autorisés. Le Conservateur cantonal ne pouvait à lui seul prendre la décision de les refuser, la délégation de compétence étant insuffisante à cet égard. Au surplus, le Conservateur cantonal a bien donné son accord à la solution visant à autoriser la serre pour une durée limitée de 15 ans, de sorte qu’il y a concordance entre la prise de position du Conservateur cantonal et la décision du chef du département compétent avec la solution qui est retenue en définitive.

b) Les recourantes relèvent que les plans du projet de serre mis à l’enquête publique ne mentionneraient pas les canalisations d’eau et d’égouts. Le dossier serait alors incomplet, la municipalité n’aurait donc pas pu former son opinion en connaissance de cause. Il est vrai que l’art. 69 al. 1 ch. 5 RLATC prévoit que le dossier de la demande de permis de construire doit comprendre les plans des canalisations d’eau et d’égouts et que les plans du projet de serre mis à l’enquête publique ne comportent pas d’indications à cet égard. Toutefois, le permis de construire contesté fixe en annexe des « charges avant exécution » sur lequel la condition suivante est inscrite : « Un plan du réseau d’évacuation des eaux sera transmis au service d’assainissement pour approbation avant le démarrage des travaux ». La municipalité était habilitée à poser une telle condition en application de l’art. 117 LATC. Au surplus, les éléments techniques du dossier des canalisations ne présentent pas une influence déterminante dans la pesée des intérêts à prendre en considération pour statuer sur la demande de permis de construire.

c) Les associations recourantes se plaignent d’un déni de justice formel par le fait que la décision communale ne serait pas suffisamment motivée.

Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (ATF 139 IV 179 consid. 2.2 p. 183; 138 I 232 consid. 5.1 p. 238 et les références).

Le droit d'exiger qu’une décision défavorable soit motivée tend à éviter que l'autorité ne se laisse guider par des considérations subjectives ou dépourvues de pertinence. L'objet et la précision des motifs à fournir dépend de la nature de l'affaire et des circonstances particulières du cas; néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée (ATF 112 Ia 107 consid. 2b p. 109; voir aussi ATF 133 III 439 consid. 3.3 p. 445; 126 I 97 consid. 2b p. 102; 125 II 369 consid. 2c p. 372). L'autorité peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (ATF 138 IV 81 consid. 2.2 p. 84; 134 I 83 consid. 4.1 p. 88; 133 I 270 consid. 3.1 p. 277; 130 II 530 consid. 4.3 p. 540; 125 II 369 consid. 2c p. 372 et les références). La motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêts 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434;2C_14/2014 du 27 août 2014 consid. 3.2, non publié in ATF 140 II 345).

Les recourantes relèvent le fait que la décision attaquée renvoie aux déterminations du SIPAL en ce qui concerne les aspects relatifs à la protection du patrimoine et que ces déterminations ne seraient pas compréhensibles pour le motif qu’elles comportent à la fois une description du site faite par le Conservateur cantonal et ensuite une explication selon laquelle le Conseil d’Etat a décidé de renoncer au classement du jardin botanique et a autorisé le projet sans expliquer les raisons pour lesquelles le Conseil d’Etat n’avait pas suivi la position du Conservateur cantonal.

En l’espèce, on a vu que l’exigence de motivation de la décision a pour but essentiel de permettre au justiciable de comprendre la décision et de la contester utilement s'il y a lieu et d’exercer son droit de recours à bon escient (ATF 138 IV 81 consid. 2.2 p. 84). Or, la décision du SIPAL renonçant au classement du site et autorisant implicitement les travaux contestés selon l’art. 17 LPNMS a pour avantage essentiel la transparence du processus de décision. Les associations recourantes ne prétendent pas n’avoir pas compris la décision, ni n’avoir pas été en mesure de la contester, de sorte que les exigences essentielles du droit d’être entendu ont été respectées. Il est vrai que l’avis du SIPAL dans la synthèse CAMAC ne détaille pas les motifs de la position prise par le Conseil d’’Etat, mais cela n’a pas empêché les recourantes d’apprécier correctement la portée de la décision et de la soumettre au contrôle de l’autorité de recours.

7.

En définitive, le recours doit être très partiellement admis. Si le caractère temporaire, amovible et démontable de la serre à moyen terme ressort de sa conception, le permis de construire ne mentionne pas en revanche l’obligation de démolir les deux serres situées à proximité du pavillon ni la nécessité d’entreprendre une réflexion sérieuse sur l’ensemble du site pour déterminer les nouveaux besoins et anticiper les interventions, ce qui pourrait impliquer, le cas échéant, l’élaboration d’une réglementation adaptée aux besoins des musées et jardins botaniques cantonaux par l’adoption d’un plan spécial.

La décision doit ainsi être réformée sur ces deux points, tous nouveaux permis de construire devant alors être fondés et justifiés sur l’étude à entreprendre. La réflexion devra alors nécessairement porter sur les différents impacts du projet contesté, non seulement sur le site, mais aussi sur sa fréquentation et analyser, le cas échéant, son éventuel déplacement à moyen terme ou les conditions de son maintien, ou encore les adaptations et améliorations qui pourraient y être apportées.

Au vu de ce résultat, un émolument de justice légèrement réduit à 2500 fr. est mis à la charge des associations recourantes (art. 49 al. 1 LPA-VD). Par ailleurs, la commune, qui a consulté un homme de loi pour la défense de ses intérêts, et qui obtient gain de cause pour l’essentiel, a droit aux dépens qu'elle a requis, également légèrement réduits pour tenir compte de l’admission très partielle du recours (art. 55 al. 1 LPA-VD).

I. Le recours est très partiellement admis.

II. La décision de la Municipalité de Lausanne du 12 janvier 2016 est réformée en ce sens que les deux serres provisoires réalisées à proximité du pavillon situé à l’est de l’allée principale seront démontées au plus tard trois mois après la mise en exploitation de la nouvelle serre, et que tout nouveau permis de construire dans le périmètre des Musées et jardins botaniques cantonaux sur la parcelle n°5081 de Lausanne est subordonné à la réalisation d’une étude sur l’ensemble du site dans le sens du consid. 7 ci-dessus. Elle est maintenue pour le surplus.

III. Un émolument de justice de 2’500 (deux mille cinq cents) francs est mis à la charge des associations recourantes, solidairement entre elles.

IV. Les associations recourantes sont solidairement débitrices de la Commune de Lausanne d'une indemnité de 2'000 (deux mille) francs à titre de dépens.

Lausanne, le 9 novembre 2017

Le président: La greffière: