Après avoir traité le décompte, l'Intendance des impôts facture au débiteur ou à la débitrice de la prestation imposable l'impôt retenu à la source que ce dernier ou cette dernière doit lui reverser. Les intérêts moratoires sont régis par l'article 26 de l'ordonnance du 18 octobre 2000 sur la perception des redevances et autres créances transmises à l'encaissement, sur les facilités de paiement, sur la remise, sur les éliminations de créances irrécouvrables ainsi que sur les intérêts que portent les créances à recouvrer (ordonnance sur la perception, OPER).
La commission de perception (art. 186, al. 3 LI) est retranchée du montant à reverser si le décompte a été remis dans le délai indiqué à l’article 20. Le décompte n'est réputé remis dans le délai que s'il est déposé complet et exact à la date prescrite, sans irrégularité nécessitant son renvoi.
La commission de perception s'élève à deux pour cent des montants facturés et reversés dans le délai. Elle se monte à un pour cent si le décompte n'est transmis ni via le cyberportail du canton, ni via la procédure unifiée de communication des salaires (PUCS).
Tout débiteur ou toute débitrice de la prestation imposable qui ne reverse pas dans le délai le montant d'impôts à la source qui lui a été facturé perd le bénéfice de la commission de perception. La commission qui a été retranchée de l'impôt dû est réclamée a posteriori.