Dans la mesure du possible, les cantons signataires règlent leurs différends par voie de conciliation ou de médiation.
En cas d’échec, les litiges découlant de l’interprétation et de l’application du présent concordat sont soumis à l’arbitrage d'un tribunal formé de trois arbitres.
Chaque partie désigne un arbitre. Les deux arbitres choisissent le troisième qui préside le tribunal arbitral. Il ou elle doit être juriste.
En cas de désaccord entre les parties, la présidente ou le président du tribunal arbitral est désigné par la présidente ou le président de la Cour administrative du Tribunal cantonal jurassien.
Le tribunal arbitral peut statuer selon l’équité à défaut d'une base légale ou d'une règle de jurisprudence applicable.
Il applique la procédure administrative jurassienne, sous réserve des dispositions impératives du Code de procédure civile du 19 décembre 2008 (CPC) en matière d’arbitrage qui s’applique par analogie. Il peut proposer une convention d’arbitrage.
Les cantons signataires sont liés par la décision motivée rendue par le tribunal arbitral.
Pour le surplus, il est renvoyé aux dispositions du CPC qui s'applique par analogie.