9C_321/2025

1.

1.1

Die Beschwerdeführerin ersucht um Aufhebung entweder des angefochtenen Urteils oder der definitiven Veranlagungen des Kantons Zug mit Rückerstattung der vereinnahmten Steuern.

1.2

Die Beschwerde wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) eingereicht und richtet sich unter anderem gegen einen Entscheid einer letzten, oberen kantonalen Instanz in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Dieser Entscheid hat die Veranlagungszuständigkeit des Kantons Zürich zum Gegenstand (sog. Steuerdomizilentscheid). Unabhängig davon, ob Steuerdomizilentscheide als Vor- oder als Endentscheide zu betrachten sind, ist die Beschwerde dagegen bzw. gegen den betreffenden Entscheid der oberen kantonalen Instanz zulässig, weil es um die Zuständigkeit des betroffenen Kantons geht (Urteil 9C_73/2024 vom 26. Februar 2025 E. 1.1 mit diversen Hinweisen, zur Publikation vorgesehen [nachfolgend: Urteil 9C_73/2024]).

Die Beschwerdeführerin ist als Steuerpflichtige gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG und Art. 73 Abs. 2 StHG (SR 642.14) demnach zur Beschwerde legitimiert, soweit damit die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils gefordert wird.

1.3

Alternativ wird um Aufhebung "der definitiven Veranlagungen des Kantons Zug mit Rückerstattung der vereinnahmten Steuern" ersucht.

1.3.1

Auf dem Gebiet des Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV) kann nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung grundsätzlich auch eine bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mitangefochten werden (Art. 100 Abs. 5 BGG), obwohl es sich dabei in der Regel nicht um ein Urteil im Sinne von Art. 86 BGG handelt. Für die Ausnahme von Art. 86 BGG ist aber immerhin vorauszusetzen, dass die Veranlagung im anderen Kanton nicht mehr mit einem ordentlichen Rechtsmittel angefochten werden kann (Urteil 9C_73/2024 E. 1.2 mit diversen Hinweisen).

1.3.2

Da diese Voraussetzung für die Anfechtung der rechtskräftigen definitiven Veranlagungsverfügungen der Steuerverwaltung des Kantons Zug betreffend die Steuerperioden 2016 bis 2019 erfüllt ist (zum hier nicht geltenden Novenverbot nach Art. 99 BGG siehe nachstehende E. 2.2), erweist sich die Beschwerde auch insoweit grundsätzlich als zulässig. Dies gilt ebenfalls für das damit verbundene Rechtsbegehren um Rückerstattung der gestützt darauf bereits an den Kanton Zug bezahlten Steuern (vgl. Urteil 9C_73/2024 E. 1.3 mit Hinweisen). Nicht aufzuheben ist mangels Rechtskraft demgegenüber die provisorische Veranlagungsverfügung der Steuerverwaltung des Kantons Zug vom 21. Februar 2021 betreffend die Steuerperiode 2020.

2.

2.1

Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Eine Berichtigung oder Ergänzung der vorinstanzlichen Feststellungen ist von Amtes wegen (Art. 105 Abs. 2 BGG) oder auf Rüge hin (Art. 97 Abs. 1 BGG) möglich. Von den tatsächlichen Grundlagen des vorinstanzlichen Urteils weicht das Bundesgericht jedoch nur ab, wenn diese offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang zudem entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; BGE 142 I 135 E. 1.6). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet "willkürlich" (BGE 140 III 115 E. 2). Eine entsprechende Rüge ist hinreichend zu substanziieren (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. BGE 150 II 346 E. 1.6; 147 I 73 E. 2.2).

2.2

Die Bindung an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG) und das Novenverbot (Art. 99 Abs. 1 BGG) gelten grundsätzlich auch für Beschwerden in Sachen der interkantonalen Doppelbesteuerung. Ausgenommen davon sind jedoch Tatsachen und Beweismittel, die der Kanton vorbringt, dessen Veranlagung bereits rechtskräftig ist, oder die durch solche Vorbringen veranlasst werden. Insoweit kommt das Bundesgericht nicht umhin, den Sachverhalt frei zu prüfen, und ist auch das Novenverbot zu relativieren (BGE 139 II 373 E. 1.7 mit Hinweisen; Urteil 9C_73/2024 E. 2.2 mit Hinweisen).

2.3

Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) nur die vorgebrachten Argumente, falls weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (BGE 142 I 135 E. 1.5). Es prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition, jene des nicht-harmonisierten, autonomen kantonalen Rechts hingegen bloss auf Verletzung des Willkürverbots und anderer verfassungsmässiger Rechte (BGE 143 II 459 E. 2.1; 134 II 207 E. 2). Mit freier Kognition ist zu prüfen, ob das kantonale Recht mit dem Bundesrecht, namentlich dem StHG, vereinbar ist (Urteil 9C_73/2024 E. 2.3 mit Hinweisen). In Bezug auf die Verletzung der verfassungsmässigen Rechte gilt nach Art. 106 Abs. 2 BGG eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (BGE 150 II 346 E. 1.5; 147 I 73 E. 2.1; 143 II 283 E. 1.2.2).

3.

3.1

Streitgegenstand bildet die Frage, ob die Vorinstanz harmonisiertes kantonales Steuerrecht und damit Bundesrecht verletzte, indem sie davon ausging, die tatsächliche Verwaltung der Beschwerdeführerin habe in den Steuerperioden 2016 bis 2020 im Kanton Zürich (Gemeinde W.________) stattgefunden, sodass die Gesellschaft nach den einschlägigen steuerrechtlichen Grundsätzen der zürcherischen Steuerpflicht unterliege. Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, die effektive Leitung und Geschäftsführung sei von ihrem damals im Kanton Zug gelegenen statutarischen Sitz aus erfolgt, weshalb der relevante steuerrechtliche Anknüpfungspunkt dort anzusiedeln sei.

3.2

Juristische Personen sind nach harmonisiertem kantonalem Steuerrecht (vgl. § 55 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; LS 631.1]; vgl. auch Art. 20 Abs. 1 StHG und § 51 des Steuergesetzes des Kantons Zug vom 25. Mai 2000 [StG/ZG; BGS 632.1]) einem Kanton gegenüber persönlich zugehörig und deshalb unbeschränkt steuerpflichtig, wenn sich ihr Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung resp. Geschäftsleitung auf dem Gebiet dieses Kantons befindet.

3.2.1

Nach der Praxis liegt die tatsächliche Verwaltung einer juristischen Person am Ort, wo die Fäden der Geschäftsführung zusammenlaufen, die wesentlichen Unternehmensentscheide fallen, die normalerweise am Sitz sich abspielende Geschäftsführung besorgt wird und die Gesellschaft den wirklichen, tatsächlichen Mittelpunkt ihrer ökonomischen Existenz hat. Die so verstandene tatsächliche Verwaltung einer juristischen Person ist abzugrenzen von der blossen administrativen Verwaltung einerseits und der Tätigkeit der obersten Gesellschaftsorgane andererseits, soweit sie sich auf die Ausübung der Kontrolle über die eigentliche Geschäftsleitung und gewisse Grundsatzentscheide beschränkt.

Massgebend ist somit zusammenfassend die Führung der laufenden Geschäfte im Rahmen des Gesellschaftszwecks; findet sie an mehreren Orten statt, ist der Schwerpunkt der Geschäftsführung entscheidend (BGE 150 II 321 E. 3.2; Urteile 9C_223/2025 vom 24. September 2025 E. 3.2.1;9C_73/2024 E. 4.1; je mit Hinweisen).

3.2.2

Das Bundesgericht hat vor diesem Hintergrund unlängst in seinem Urteil 9C_73/2024 weitere grundlegende Fragen geklärt. Es hat festgehalten, aus den konkreten Umständen des Einzelfalls könne sich zwar ergeben, dass die wesentlichen Unternehmensentscheide einer juristischen Person zumindest schwergewichtig am Wohnsitz ihres Geschäftsführers getroffen worden seien, sodass sich die Annahme der tatsächlichen Verwaltung an diesem Ort rechtfertige. Das bedeute jedoch nicht, dass der Wohnsitz des Geschäftsführers gewissermassen ein subsidiäres Steuerdomizil der juristischen Person begründe, wenn nicht bestimmt werden könne, wo ihre Unternehmensentscheide schwergewichtig getroffen und ihre Geschäfte schwergewichtig geführt worden seien. Denn Anknüpfungspunkte für die persönliche Zugehörigkeit und die unbeschränkte Steuerpflicht einer juristischen Person seien nach harmonisiertem Steuerrecht allein der Sitz und der Ort der tatsächlichen Verwaltung. Könne unter Würdigung der gesamten Umstände nicht mit dem erforderlichen Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit festgestellt werden, dass an einem bestimmten Ort schwergewichtig die wesentlichen Unternehmensentscheide getroffen und die Geschäfte geführt worden seien, könne die juristische Person an diesem Ort nicht ihre tatsächliche Verwaltung haben; eine unbeschränkte Steuerpflicht ausserhalb des Sitzkantons scheide in diesem Fall aus (E. 4.5.1; vgl. auch Urteil 9C_223/2025 vom 24. September 2025 E. 3.2.2 mit diversen Hinweisen).

3.2.3

Anzumerken ist, dass die Geschäftsführung bei Holdinggesellschaften, jedenfalls denjenigen im "klassischen" Sinne, in der Regel weniger umfangreich ausfällt und in geringerem Masse gegen aussen in Erscheinung tritt als die eines Handels- oder Fabrikationsunternehmens, das naturgemäss mehr "operatives" Handeln erfordert. Vielmehr beschränkt sich die betreffende betriebliche Tätigkeit auf die Verwaltung der Beteiligungen, d.h. im Wesentlichen auf die Aufbewahrung und den gelegentlichen An- und Verkauf von Wertschriften, die Buchführung, das Inkasso der Erträgnisse und die Beschlussfassung über den Gewinn. Die relevanten Handlungen bestimmen sich nach dem Gesellschaftszweck; wenn dieser zur Hauptsache vermögensverwaltende oder administrative Verrichtungen umfasst, ist der Ort deren Ausübung massgeblich. Entscheidend ist also, ob diejenigen Tätigkeiten, die in ihrer Gesamtheit der Erreichung des Gesellschaftszwecks dienen, am zivilrechtlichen Sitz oder an einem anderen Ort vorgenommen werden (zum Ganzen Urteile 9C_558/2024 vom 29. April 2025 E. 3.2.3;9C_424/2024 vom 29. April 2025 E. 3.2.3; je mit diversen Hinweisen).

Inwieweit diese Aussagen im Lichte der aktuellen Wirtschafts- und Arbeitsformen gegebenenfalls weiterzuentwickeln sind, braucht im vorliegenden Fall nicht vertieft zu werden.

3.3

3.3.1

Die Verteilung der (objektiven) Beweislast erfolgt nach ständiger Rechtsprechung auch im Steuerrecht sinngemäss nach Art. 8 ZGB (BGE 150 II 321 E. 3.6.1; 148 II 285 E. 3.1.3; 144 II 427 E. 8.3.1; 142 II 488 E. 3.8.2). Die Frage nach der objektiven Beweislast stellt sich allerdings erst, wenn eine relevante Tatsache trotz allen zumutbaren Untersuchungsaufwands seitens der untersuchungspflichtigen Steuerbehörde beweislos bleibt (BGE 148 II 285 E. 3.1.3; 147 II 209 E. 5.1.3). In der Regel gilt der statutarische Sitz einer Gesellschaft auf Grund des Handelsregistereintrags als erwiesen und kann in erster Linie der entsprechende Sitzkanton die Steuerhoheit beanspruchen. Denn im Einklang mit dem Zivilrecht ist zu vermuten, dass die Statuten jenen Ort als Sitz bezeichnen, von dem aus die juristische Person tatsächlich geleitet wird, sich also der Schwerpunkt der Geschäftsführung befindet.

Macht ein anderer Kanton oder die juristische Person selber geltend, der Ort der tatsächlichen Verwaltung - und damit die persönliche steuerrechtliche Zugehörigkeit - befinde sich an einem bestimmten Ort in diesem anderen Kanton, sind die entsprechenden Umstände mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit darzutun. Gelingt dieser Beweis nicht, trägt der Kanton resp. die juristische Person die Konsequenzen der Beweislosigkeit (BGE 150 II 321 E. 3.6.4; Urteil 9C_73/2024 E. 4.2 und 4.5.3).

3.3.2

Die Steuerbehörden tragen also grundsätzlich für sämtliche relevanten Tatsachen - mithin auch für solche, die sich zugunsten der steuerpflichtigen Person auswirken - die sogenannte Beweisführungs- oder subjektive Beweislast. Der Untersuchungspflicht der Steuerbehörde stehen allerdings (gewisse) Mitwirkungspflichten der steuerpflichtigen Person gegenüber, und zwar auch dann, wenn die Steuerhoheit des Kantons zur Diskussion steht und die Steuerbehörde deshalb vorab einen Steuerdomizilentscheid trifft (BGE 148 II 285 E. 3.1.1 mit zahlreichen Hinweisen). Verletzt die steuerpflichtige Person ihre Mitwirkungspflichten mit Bezug auf Tatsachen und Indizien betreffend die Veranlagungszuständigkeit, kann dieses Verhalten ein Indiz für oder gegen die Verwirklichung einer steuerrelevanten Tatsache bilden (BGE 148 II 285 E. 3.1.2 mit Hinweisen).

4.

Die Vorinstanz hat in Übereinstimmung mit dem Steuerrekursgericht erwogen, der Beschwerdegegner habe begründeten Anlass gehabt, eine mögliche Steuerpflicht der Beschwerdeführerin im Kanton Zürich näher abzuklären. Dies zum einen auf Grund des Umstands, dass mit F.________ (Verwaltungsratspräsident der Beschwerdeführerin, einzelzeichnungsberechtigt, wohnhaft in X.________ [Kanton Zürich]) und G.________ (Mitglied des Verwaltungsrats der Beschwerdeführerin, kollektivzeichnungsberechtigt zu zweien, wohnhaft in Y.________ [Kanton Zürich]) zwei der drei zeichnungsberechtigten Verwaltungsräte im entscheidwesentlichen Zeitraum im Kanton Zürich gewohnt hätten. Weiter sei F.________ in einem Vollzeitpensum bei der in W.________ (Kanton Zürich) domizilierten Tochtergesellschaft E.________ AG angestellt, die als operativ tätiges Unternehmen über Büroräumlichkeiten und Mitarbeitende vor Ort verfüge. Demgegenüber weise die Beschwerdeführerin für ihren statutarischen Sitz in der Stadt U.________ kaum Infrastrukturkosten aus. Gestützt auf diese Fakten habe der Beschwerdegegner von einer natürlichen Vermutung im Sinne eines Anfangsverdachts ausgehen dürfen, dass es sich bei der Domiziladresse der Beschwerdeführerin um ein reines Briefkastendomizil handle.

Die weiteren Erhebungen durch den Beschwerdegegner hätten sich in der Folge - so die Vorinstanz weiter - mangels Mitwirkung der Beschwerdeführerin als schwierig gestaltet; insbesondere seien keine überprüfbaren Nachweise betreffend ihr angebliches Domizil in der Stadt U.________ wie etwa ein Miet- oder Domizilvertrag, Spesenabrechnungen, Bankbezüge und/oder anderweitige Präsenznachweise ihrer Organe beigebracht worden. Die behaupteten geschäftlichen Kontakte zu einem Vermögensverwalter und zu in der Kryptobranche tätigen Unternehmen in U.________ seien vage und unsubstanziiert geblieben. Die blosse Berufung auf angebliche wesentliche Vorteile beim Kontakt mit in U.________ ansässigen Personen genüge hierfür nicht, zumal es an Anhaltspunkten für weitere Aktivitäten der Verwaltungsräte in U.________ fehle. Die blosse Verbuchung eines Verwaltungsratshonorars sei jedenfalls nicht geeignet, einen dortigen Personalaufwand oder eine Geschäftstätigkeit zu belegen. Es fänden sich in den Akten somit keine Hinweise für eine in U.________ ausgeübte Tätigkeit der Beschwerdeführerin. Insgesamt lägen folglich hinreichend konkrete Gründe vor, die es als sehr wahrscheinlich erscheinen liessen, dass der formelle Sitz der Beschwerdeführerin ein blosses Briefkastendomizil darstelle. Dem Beschwerdegegner sei damit der Nachweis über eine im Kanton Zürich gelegene tatsächliche Verwaltung gelungen. Die Beschwerdeführerin habe demgegenüber keinerlei beweiskräftige Unterlagen eingereicht, die den Gegenbeweis betreffend eine von U.________ aus geführte Geschäftstätigkeit bzw. einen dort befindlichen Mittelpunkt ihrer ökonomischen Existenz zu erbringen vermöchten.

Schliesslich sei unbestritten, dass sich in den streitbetroffenen Steuerperioden innerhalb der Konzernstruktur der Beschwerdeführerin mit der E.________ AG, einer Tochtergesellschaft, ein operativ tätiges Unternehmen mit Geschäftsräumen und Mitarbeitenden in der zürcherischen Gemeinde W.________ befunden habe. Als deren Verwaltungsratspräsident fungiere ebenfalls F.________, der zugleich bei der E.________ AG in einem Vollpensum angestellt sei. Es könne daher auch bezogen auf die Beschwerdeführerin überwiegend wahrscheinlich von einer von W.________ aus erfolgten tatsächlichen Verwaltung ausgegangen werden, wohin das an die Beschwerdeführerin gerichtete Schreiben des Beschwerdegegners vom 30. Juni 2021 zufolge Nachsendeauftrags denn auch direkt weitergeleitet worden sei.

Vor diesem Hintergrund sei die vom Beschwerdegegner vorgenommene und steuerrekursgerichtlich bestätigte Anknüpfung an den Arbeitsort des Verwaltungsratspräsidenten, an dem dieser sich quantitativ schwerpunktmässig aufhalte und die Geschicke der Tochtergesellschaft leite, wie die Vorinstanz abschliessend festhält, nicht zu beanstanden.

5.

5.1

Die Beschwerdeführerin wiederholt vor dem Bundesgericht weitgehend ihre bereits im vorinstanzlichen Verfahren vorgebrachten Einwendungen.

5.2

Sofern sie sich erneut gegen die Eröffnung des Steuerhoheitsverfahrens durch den Beschwerdegegner an sich wehrt, ist dem entgegenzuhalten, dass es die von den kantonalen Behörden benannten Indizien ohne Weiteres rechtfertigten, ein entsprechendes Prozedere einzuleiten, in dem die Beschwerdeführerin nach Massgabe der dargestellten Grundsätze mitwirkungspflichtig war (E. 3.3.2 hiervor). Zwar enthielt das erste Schreiben des Beschwerdegegners an die Beschwerdeführerin vom 30. Juni 2021, mit dem diverse Unterlagen betreffend deren Geschäftstätigkeit eingefordert wurden, noch keine genaueren Angaben dazu, worauf sich der Anfangsverdacht stützte. Dieser Umstand führt indessen nicht dazu, dass das gesamte Verfahren neu aufgerollt werden müsste. Vielmehr wäre eine allfällige Verletzung des rechtlichen Gehörs spätestens mit Erlass des Steuerhoheitsentscheids vom 1. November 2021 resp. jedenfalls mit Einspracheentscheid vom 18. Oktober 2023, worin sich der Beschwerdegegner eingehend mit den Verdachtsmomenten befasste, geheilt worden. Überdies hätte es der Beschwerdeführerin offen gestanden, jederzeit ein Gesuch um Akteneinsicht zu stellen, was aber ausweislich der Akten nicht geschehen ist.

5.3

Weiter führt die Beschwerdeführerin an, da sie bis anhin nicht im Kanton Zürich steuerpflichtig gewesen sei, obliege die entsprechende Beweislastpflicht (für einen sog. Zuzug) vollumfänglich dem Beschwerdegegner. Anders als bei einem angeblichen Wegzug unterstehe die als steuerpflichtig ins Auge gefasste Person - und damit auch sie - grundsätzlich keiner Mitwirkungspflicht.

5.3.1

Darauf hinzuweisen ist vorab, dass die Frage, ob eine juristische Person ihren Ort der tatsächlichen Verwaltung in einem Kanton hat und deshalb diesem persönlich zugehörig sowie unbeschränkt steuerpflichtig ist, das harmonisierte kantonale Steuerrecht betrifft. Aus Sicht des Kantons, der seinen Steueranspruch auf die tatsächliche Verwaltung stützt, interessiert deshalb allein, ob an einem bestimmten Ort in seinem Kantonsgebiet zumindest schwergewichtig die wesentlichen Unternehmensentscheide getroffen werden und die Geschäftsführung besorgt wird (vgl. E. 3.2.1 vorstehend). Ausgangspunkt für die Untersuchung dieser Frage kann namentlich die am betreffenden Ort unterhaltene Infrastruktur und sonstige Substanz sein. Es ist zwar oft sachgerecht, in einem zweiten Schritt auch zu berücksichtigen, ob die juristische Person am Sitz oder an einem dritten Ort ebenfalls Substanz unterhält, weil solche kantonsfremde Substanz ein Indiz dafür sein kann, dass sich die tatsächliche Verwaltung nicht im eigenen Kanton abspielt. Hat der Kanton aber festgestellt, dass an einem bestimmten Ort in seinem Kantonsgebiet zumindest schwergewichtig die wesentlichen Unternehmensentscheide getroffen werden und die Geschäftsführung besorgt wird, schadet (e) kantonsfremde Substanz seinem Steueranspruch nach harmonisiertem kantonalen Steuerrecht nicht (so nunmehr ausdrücklich Urteil 9C_73/2024 E. 4.5.2).

5.3.2

Die Vorinstanz hat mehrere Anhaltspunkte bezeichnet, die sie zur Überzeugung haben gelangen lassen, die Geschäftsführung der Beschwerdeführerin sei in den Steuerperioden 2016 bis 2020 vom Sitz ihres im zürcherischen W.________ domizilierten Tochterunternehmens, der E.________ AG, aus erfolgt, weshalb der Ort der tatsächlichen Verwaltung im hier verstandenen Sinne dort zu lokalisieren sei. Überdies setzte sie sich im angefochtenen Urteil einlässlich mit den Argumenten der Beschwerdeführerin auseinander und legte dar, weshalb anhand dieser nicht von einem schlüssig erbrachten Gegenbeweis auszugehen sei.

Das Bundesgericht kann die derart vorgenommene Würdigung nur sehr eingeschränkt überprüfen: Zum einen gelangt für die Bestimmung des Orts der tatsächlichen Verwaltung, wie kürzlich entschieden, auf Grund der notorischen Beweisschwierigkeiten das Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit zur Anwendung (BGE 150 II 321 E. 3.6.4). Zum andern steht es dem Bundesgericht lediglich zu einzuschreiten, wenn sich die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz - unter Vorbehalt von Noven, die der erstveranlagende Kanton vor Bundesgericht einbringt (vgl. E. 2.2 hiervor) - als offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich erweisen (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. E. 2.1 und 2.3 hiervor; BGE 150 II 321 E. 3.7; Urteil 9C_73/2024 E. 4.5.3). Die von der Steuerverwaltung des Kantons Zug aufgelegten Noven erfordern, wie hiervor erwogen (E. 1.3.2), keine vertiefte (re) Sachverhaltskontrolle durch das Bundesgericht. Konkret müssten die Überlegungen, welche die Vorinstanz zum Schluss führten, mit überwiegender Wahrscheinlichkeit seien die wesentlichen Unternehmensentscheide betreffend die Beschwerdeführerin schwergewichtig in W.________/ZH getroffen worden, daher qualifiziert fehlerhaft sein, bevor das Bundesgericht eingreifen könnte (vgl. auch BGE 150 II 321 E. 3.7). Dies ist hier angesichts der vom Verwaltungsgericht genannten Indizien zu verneinen.

Eine wie auch immer geartete Anknüpfung an den Kanton Zug ist vorbehältlich des statutarischen Sitzes der Beschwerdeführerin demnach nicht erkennbar und wird von der dortigen Steuerverwaltung denn auch nicht geltend gemacht.

5.4

Die Vorinstanz konnte mithin willkürfrei darauf schliessen, dass die Geschäftsführung der Beschwerdeführerin in den Steuerperioden 2016 bis 2020 mit überwiegender Wahrscheinlichkeit von der Gemeinde W.________/ZH aus erfolgte. Aus dieser für das Bundesgericht nach dem Gesagten verbindlichen Feststellung resultiert, dass sich der Ort der tatsächlichen Verwaltung im damaligen Zeitraum im Kanton Zürich befand, der ausserkantonale Sitz also nur formeller Art war, und die Beschwerdeführerin nach harmonisiertem kantonalen Steuerrecht daher einer unbeschränkten Steuerpflicht im Kanton Zürich unterstand.

Die Beschwerde ist somit insoweit abzuweisen, als sie sich gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 2. April 2025 richtet.

6.

6.1

Gutzuheissen ist die Rechtsvorkehr demgegenüber, soweit sie auf die rechtskräftigen Veranlagungsverfügungen 2016, 2017, 2018 und 2019 der Steuerverwaltung des Kantons Zug abzielt. Die juristische Person ist zwar nach harmonisiertem kantonalem Steuerrecht an ihrem Sitz unbeschränkt steuerpflichtig, und dies auch dann, wenn sie dort nur einen Briefkasten unterhält. Steht indes - wie hier - fest, dass sich der Ort der tatsächlichen Verwaltung nicht im Sitzkanton befindet, wird dessen kantonalrechtlicher Besteuerungsanspruch nach den Grundsätzen des Bundesrechts über das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung durch den Besteuerungsanspruch des Kantons verdrängt, in welchem sich die tatsächliche Verwaltung abspielt. Der Sitzkanton kann die juristische Person (bei einem den Sitz verdrängenden Ort der tatsächlichen Verwaltung in einem anderen Kanton) nur noch besteuern, falls und soweit sie im Sitzkanton ein Nebensteuerdomizil (z.B. eine Betriebsstätte oder ein Grundstück) unterhält (BGE 150 II 321 E. 3.1; Urteil 9C_73/2024 E. 5.2 mit Hinweisen). Dass derlei vorliegend gegeben wäre, wird von keiner Seite vorgebracht. Die fraglichen definitiven Veranlagungsverfügungen sind daher grundsätzlich aufzuheben und allenfalls entrichtete Steuern zurückzuerstatten.

6.2

Soweit die Steuerverwaltung des Kantons Zug sich in diesem Zusammenhang letztinstanzlich auf die sog. "Verwirkungseinrede" beruft, gemäss der die Beschwerdeführerin ihr Beschwerderecht gegenüber dem Kanton Zug infolge treuwidrigen Verhaltens verwirkt habe, ist auf Folgendes hinzuweisen.

In BGE 149 II 354 (E. 4.4.2 mit Hinweisen) wurde erkannt, dass die von gewissen Stimmen in der Lehre vertretene Auffassung, wonach steuerpflichtige Personen ihren Anspruch auf Beseitigung der interkantonalen Doppelbesteuerung aus Art. 127 Abs. 3 BV materiell-rechtlich verlören, wenn sie sich widersprüchlich oder anderweitig missbräuchlich verhielten (materiell-rechtliche "Verwirkung des Schutzes des Doppelbesteuerungsverbots"), zwar nicht von vornherein als ausgeschlossen erscheine. Bei der Berufung auf das Verbot widersprüchlichen Verhaltens sei jedoch praxisgemäss - insbesondere bei passivem Verhalten - Zurückhaltung angebracht, da dies stets auf eine Verkürzung der gesetzlichen Rechtspositionen der Bürgerinnen und Bürger hinauslaufe. Vor diesem Hintergrund könne die Beseitigung einer grundsätzlich verfassungswidrigen interkantonalen Doppelbesteuerung nur dann verweigert werden, wenn sich das Verhalten einer doppelt besteuerten Person als qualifiziert missbräuchlich erweise und der betroffene Kanton zugleich ausnahmsweise ein legitimes Interesse daran habe, bezogene Steuern einzubehalten, obschon er nach interkantonalem Doppelbesteuerungsrecht oder sogar bereits nach harmonisiertem Steuerrecht keinen Steueranspruch habe.

6.2.1

Die Steuerverwaltung des Kantons Zug bringt diesbezüglich zur Hauptsache vor, die Anfang Dezember 2007 mit Sitz in U.________ gegründete Beschwerdeführerin habe seither innerhalb der Stadt U.________ zwei Sitzwechsel vorgenommen, nämlich in den Jahren 2021 und 2022. Sie habe sich somit bewusst für ihren Sitz im Kanton bzw. in der Stadt U.________ entschieden und diese Sitzwahl noch zweimal bestätigt, wobei, soweit gemäss Handelsregisterauszug ersichtlich, die erste Sitzverlegung nach dem Schreiben des Beschwerdegegners vom 30. Juni 2021 und die zweite nach Eröffnung des Steuerhoheitsentscheids vom 1. November 2021 vorgenommen worden sei. Bei einer Sitzverlegung handle es sich um eine prioritär strategische, ganz wesentliche Geschäftsentscheidung von beträchtlicher finanzieller und behördenbezogener Tragweite. Für einen derart wichtigen strategischen Schritt die rechtlichen Auswirkungen offenkundig gänzlich ungeprüft gelassen - also beispielsweise auf den Beizug eines externen steuerrechtlichen Experten verzichtet - zu haben, sei unter dem Gesichtspunkt einer sorgfältigen und vorausschauenden Geschäftsführung kaum nachvollziehbar (Urteil 2C_274/2019 vom 13. September 2019 E. 4.3.1). Nicht anders könne es sich auch bei der erstmaligen Sitzwahl verhalten.

Der Beschwerdegegner habe des Weitern spätestens im Jahr 2021 begonnen, die Steuerhoheit der Beschwerdeführerin näher abzuklären. Die Beschwerdeführerin habe dazu nichts bzw. nur in sehr spärlichem Umfang beigetragen, obgleich ihr rechtsprechungsgemäss zumindest eine "gewisse Mitwirkung" im Sinne einer Substanziierung ihres abweichenden Standpunkts zumutbar gewesen wäre. Laut dem angefochtenen Urteil bestünden hinreichende Hinweise, die überwiegend wahrscheinlich für den Kanton Zürich resp. die Gemeinde W.________ als Ort der tatsächlichen Verwaltung der Beschwerdeführerin sprächen, wohingegen keine derartigen Tätigkeiten an deren Domiziladresse erkennbar seien. Die Beschwerdeführerin bestreite zu Recht nicht, dass sie die in diesem Kontext vom Beschwerdegegner eingeforderten Belege zumutbarerweise hätte einreichen können und diese zur Feststellung des Mittelpunkts ihrer ökonomischen Existenz geeignet und erforderlich gewesen wären.

Die Verweigerung der Mitwirkung der Beschwerdeführerin habe sich demnach bereits im Vorverfahren zu ihren Lasten ausgewirkt. Zumindest indirekt habe dies, wie die Steuerverwaltung des Kantons Zug weiter vorträgt, auch zu nachteiligen Folgen für sie geführt: Wären durch die Beschwerdeführerin schon in einem frühe (re) n Verfahrensstadium weitere Unterlagen im Sinne von Art. 42 Abs. 2 StHG ins Recht gelegt worden, hätte anstatt einer groben Indizienwürdigung eine effektivere Prüfung stattfinden können, ob die wesentlichen Unternehmensentscheide wirklich zumindest schwergewichtig im Kanton Zürich gefällt worden waren oder ob nicht - aus Sicht des Kantons Zürich - kantonsfremde Substanz überwogen hatte. Vor Bundesgericht sei der Beschwerdeführerin dies einerseits nicht mehr möglich (Art. 99 Abs. 1 BGG). Anderseits unterstehe er, der Kanton Zug, als bis anhin nicht Verfahrensbeteiligter zwar nicht dem letztinstanzlichen Novenverbot, könne aber nichts ins Recht legen, was sich nicht bereits an Belegen und Urkunden ergänzend zur Steuererklärung und deren Beilagen (Art. 42 Abs. 3 StHG) in den Steuerakten befinde.

Nachdem die Beschwerdeführerin vor Jahren eine bewusste Sitzwahl getroffen und diese durch innerkantonale Sitzwechsel (innerhalb der Stadt U.________) auch noch nach dem Beginn der Abklärung bzw. Inanspruchnahme der Steuerhoheit durch den Kanton Zürich mehrfach untermauert habe, erweise sich ihr Verhalten als ihm, sprich dem Kanton Zug, gegenüber qualifiziert treuwidrig. Entsprechend sei ihr Beschwerderecht als verwirkt zu betrachten.

6.2.2

Zwar ist einzuräumen, dass die beschriebene Vorgehensweise der Beschwerdeführerin gewisse Rückschlüsse auf ein nicht immer widerspruchsfreies Verhalten zulassen. Entgegen der zugerischen Betrachtungsweise ist die in E. 6.2 hiervor hinsichtlich der Verwirkungseinrede beschriebene Ausnahmekonstellation vorliegend indessen nicht gegeben. Weder ist erkennbar, inwiefern das Verhalten der Beschwerdeführerin gegenüber dem Kanton Zug aus steuerrechtlicher Sicht besonders schwer - im Sinne eines hierfür erforderlichen qualifizierten Missbrauchs - wiegen sollte, noch erscheinen dessen Interessen in spezieller Art beeinträchtigt, wenn er zur Rückerstattung der ohnehin nicht beträchtlichen bezogenen Steuern verpflichtet wird.

Inwieweit das (Fehl-) Verhalten der Beschwerdeführerin allenfalls dazu führt, dass ihr (sämtliche) Verfahrenskosten aufzuerlegen sind, wie von der zugerischen Steuerverwaltung (eventualiter) vorgebracht, ist nachstehend unter dem Titel der Verlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen zu erörtern.

7.

7.1

Die Beschwerdeführerin dringt mit ihrem Antrag hinsichtlich der Aufhebung der vorgenannten (definitiven) Veranlagungsverfügungen der Steuerverwaltung des Kantons Zug (samt Rückerstattung der gestützt darauf entrichteten Steuern) durch, nicht hingegen mit ihrem Hauptanliegen betreffend die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils vom 2. April 2025.

7.2

Es rechtfertigte sich vor diesem Hintergrund grundsätzlich, der Beschwerdeführerin - gemessen an ihrem Obsiegen und Unterliegen - zwei Drittel der Gerichtskosten zu überbinden. Einen Drittel der Kosten hätte der Kanton Zug zu tragen; er würde kostenpflichtig, da er in seinen Vermögensinteressen berührt ist (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 und Abs. 4 BGG; Urteil 9C_229/2023 vom 20. Juli 2023 E. 4.3). Auch hätte er der Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten, wohingegen dem Kanton Zürich keine solche zustünde (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Es ist jedoch zu prüfen, ob es sich angesichts des Verhaltens der Beschwerdeführerin nicht aufdrängt, die Kosten- und Entschädigungsfolgen anders zu verlegen.

7.2.1

Die Verwirkung des Beschwerderechts bezweckt in erster Linie den Schutz des erstveranlagenden Kantons, der ein legitimes Interesse daran hat, keinen unnötigen Veranlagungs- oder sonstigen Aufwand betreiben zu müssen (vgl. eingehend BGE 149 II 354 E. 2). Dieses Interesse rechtfertigt es aber im Regelfall, wie auch hier, nicht, diesen Kanton durch Annahme der Verwirkung des Beschwerderechts bezogene Steuern behalten zu lassen, zu deren Erhebung er nach harmonisiertem kantonalen Recht oder doppelbesteuerungsrechtlich nicht berechtigt ist, insbesondere wenn diese Steuern in keiner vernünftigen Relation zum verursachten Aufwand stehen. Stattdessen kann diesem Interesse Rechnung getragen werden, indem die steuerpflichtige Person im bundesgerichtlichen Verfahren ausnahmsweise verpflichtet wird, den erstveranlagenden Kanton für den verursachten Verfahrensaufwand zu entschädigen (Art. 68 Abs. 3 und 5 BGG; BGE 149 II 354 E. 2.5.1, 5.2 und 5.3, je mit Hinweisen; Urteil 9C_591/2023 vom 2. April 2024 E. 5.3, nicht publ. in: BGE 150 II 321).

7.2.2

Der Steuerverwaltung des Kantons Zug ist insofern beizupflichten, als es befremdlich anmutet, dass die Beschwerdeführerin, noch nachdem ihr die Anhebung näherer Abklärungen betreffend die Steuerhoheit durch den Beschwerdegegner Ende Juni 2021 angekündigt worden war, zweimal ihren (statutarischen) Sitz innerhalb der Stadt U.________ verlegte. Auch hat die fehlende Mitwirkung ihrerseits während des gesamten Steuerhoheitsverfahrens nicht zu einer beförderlichen Beurteilung beigetragen. Inwiefern dem Kanton Zug dadurch indessen ein beträchtlicher Mehraufwand hätte entstanden sein sollen, ist nicht ersichtlich und geht aus seinen Vorbringen auch nicht hervor. Vielmehr wurde die zugerische Steuerverwaltung schon Ende Juni 2021 auf die entsprechenden Schritte des Beschwerdegegners hingewiesen mit der Bitte, mit den Einschätzungen der noch offenen Steuerjahre zuzuwarten. Dem wurde, soweit erkennbar, nachgelebt. Einer Entschädigung an den Kanton Zug bedarf es somit nicht. Jedoch erschiene es unangebracht, diesem Kosten für den vorliegenden Prozess aufzuerlegen resp. ihn dazu zu verpflichten, der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung auszurichten. Von beidem ist deshalb abzusehen; der Beschwerdeführerin sind die gesamten Verfahrenskosten zu überbinden.