Si une personne autre que l’inculpé a commis un acte délictueux relevant des tribunaux militaires, le juge d’instruction propose à l’autorité compétente (art. 101 PPM) de rendre une ordonnance d’enquête.
Lorsque des personnes justiciables des tribunaux ordinaires ont participé à l’infraction reprochée à l’inculpé ou si celui-ci a commis d’autres actes délictueux relevant des tribunaux ordinaires, le juge d’instruction soumet le dossier, avec sa proposition, à l’auditeur en chef. Celui-ci rend la décision que les art. 220 et 221 CPM attribuent au Conseil fédéral. Si le cas est déféré au tribunal militaire, le juge d’instruction étend l’enquête en conséquence.
Lorsque, outre les cas délictueux de l’inculpé relevant du tribunal militaire, le juge d’instruction constate qu’une infraction indépendante, soumise à la juridiction ordinaire, a été commise par une autre personne, il la dénonce au tribunal ordinaire compétent.
Si, lors d’une enquête en complément de preuves ou d’une enquête ordinaire, il est constaté qu’aucun état de fait relevant des tribunaux militaires n’est donné, mais qu’il se présente un acte délictueux soumis à la juridiction ordinaire qui doit être poursuivi d’office, le juge d’instruction le dénonce à l’autorité civile compétente.